Anda di halaman 1dari 3

PENGGUNAAN PCR UNTUK ANALISIS SIDIK-JARI DNA MENGGUNAKAN

SATU PRIMER TUNGGAL


Analisisi sidik-jari DNA (DNA fingerprinting) adalah suatu metode analisis
genetik yang didasarkan atas pola RFLP suatu materi genetik. Diketahui bahwa pola
lokus polimorfik tersebut spesifik untuk masing-masing individu. Spesifitas pola
polimorfisme tersebut dapat dideteksi dengan melakukan hibridisasi menggunakan
suatu pelacak DNA tertentu. Pelacak DNA tersebut akan berhibridisasi dengan suatu
daerah minisatelit hipervariabel. Analisis sidik jari-DNA dilakukan dengan cara
memotong sampel DNA dengan satu atau lebih enzim restriksi, kemudian dilakukan
elektroforesis pada gel agarose. DNA pada gel kemudiam dipindahkan ke suatu
membran dan dihibridisasikan dengan suatu pelacak.
Dengan adanya metode PCR, analisis sidik-jari DNA dapat dilakukan pada
sampel DNA dalam jumlah sangat sedikit. Tenik analisisi sidik-jari DNA tersebut
telah banyak digunakan untuk kepentingan forensik, analisis genom manusia,
diagnosa antenatal, penentuan hubungan kekeluargaan dan lain-lain. Amplifikasi
lokus-tunggal suatu minisatelit dengan PCR memerlukan informasi mengenai urutan
nukleotoda DNA yang akan diamplifikasi karena hal ini akan menentukan primer
yang digunakan. PCR biasannya dilakukan dengan menggunakan dua macam
primer yang sangat spesifik. Caetano-anolles et al.(1991) telah mengembangkan
analisis sidik jari DNA dengan amplifikasi, tetapi hanya menggunakan satu primer
tunggal. Metode ni tidak memerlukan pelacak DNA tertentu dan tidak memerlukan
informasi mengenai urutan DNA yang akan diamplifikasi. Oleh karena tidak perlu
dihibridisasi dengan suatu pelacak maka dalam metode ini juga tidak perlu dilakukan
pemindahan fragmen-fragmen DNA dari gel ke suatu membran. Metode ini dikenal
sebagai metode DNA Amplification Fingerprinting (DAF).
Primer yang digunakan dalam metode ini dapat berupa oligonukleotida yang
panjangnya hanya 5 nukleotida. Oleh karena hanya ada satu primer pendek dengan
urutan nukleotida yang tidak sangat spesifik maka tempat awal sintetis DNA dapat
terletak dibeberapa tempat di masing-masing untaian DNA. Meskipun demikian,
urutan nukleotida template yang dapat diamplifikasi hanya daerah yang terletak di
antara suatu tempat awal sintetis dengan suatu urutan nukleotida yang terletak di
dekatnya yang juga berhibridisasi dengan primer. Dengan adanya siklus inkubasi
pada beberapa suhu yang berbeda selama amplikasi maka akan dihasilkan
sekelompok fragmen DNA dengan ukuran pendek dan mempunyai panjang yang
berbeda-beda. Jika fragmen-fragmen tersebut dipisahkan dengan elektroforesis
pada gel akrilamid, akan dihasilkan suatu pola sidik-jari. Metode ini telah berhasil
digunakan unutk melakukan analisis sidik-jari DNA yang berasal dari Bradyrhizobium
sp, Candida albican, Azolla amma, Glycine soja dan lain-lain. Beberapa primer yang
digunakan untuk analisis adalah sebagai berikut:
1. 5-CGCGGCCA-3
2. 5AATGCAGC-3
3. 5-GCCCGCCC-3
4. 5-CGGCGGCGG-3
Metode sidik-jari DNA dengan amplifikasi ini dapat dikembangkan lebih lanjut
dengan menggunakan primer yang berbeda ururtan nukleotidanya. Primer yang
berbeda tersebut akan menghasilkan pola sidik-jari yang berbeda karena primer
tersebut akan menempel pada daerah DNA tempalte yang berbeda. Modifikasi
semacam ini telah digunakan untuk amplifikasi DNA genom Staphylococcus aureus,
kedelai (Glycine max L. Meer. Cv. Bragg), dan DNA dari manusia. Diketahui bahwa
primer yang mengandung lebih banyak G+C akan menghasilkan lebih banyak
produk amplifikasi.
Salah satu potensi metode ini adalah untuk deteksi perbedaan genetis pada
suatu genom manusia. Jika digunakan primer yang tertentu untuk amplifikasi genom
manusia maka individu-individu yang tidak mempunyai hubngan kekeluargaan akan
menunjukan polimerfisme yang berbeda dibanding individu-individu yang
mempunyai hubungan kekeluargaan.
(Yuwono,Triwibowo.2006.Teori dan aplikasi Polymerase Chain
Reaction.Yogyakarta: ANDI)