BIOSINTESIS NUKLEOTIDA

Prof. Dr. Mulyadi, Apt

Biosintesis Nukleotida Mulyadi 2
Pustaka :
1. Stryer, L., 1995, Biochemistry, 4
th
Ed.,
W.H.Freeman and C., New York.
2. Nelson, D.L., and Cox, M.M., 2002,
Lehninger Principles of Biochemistry,
3
rd
Ed., Worth Publishers, New York.
3. Murray, R.K., Granner, D.K., Mayes,
P.A. Rodwell, V.W., 2003, 26
th
Ed.,
a Lange Medical Book, New York.

Biosintesis Nukleotida Mulyadi 3
Biosintesis nukleotida
1. Pendahuluan
2. Tatanama basa, nukleosida, dan nukleotida
3. Cincin purin disintesis dari asam amino,
derivat tetrahidrofolat, dan CO2
4. Cincin purin disusun pada ribosa fosfat
5. AMP dan GMP dihasilkan dari IMP
6. AMP, GMP, dan IMP inhibitor umpan balik
biosintesis nukleotida purin
7. Cincin pirimidin disintesis dari karbamoil fosfat
dan aspartat
8. Orotat menghasilkan nukleotida pirimidin
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 4
Tujuan instruksional umum(TIU)
Mahasiswa setelah mengikuti kuliah
bagian dapat memahami peran
kunci, basa-nukleosida, komponen,
sintesis yang terkait dengan
nukleotida
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 5
Tujuan instruksional khusus(TIK)
Mahasiswa setelah mengikuti kuliah ini mampu:
1. Menyebutkan dan menjelaskan peran kunci dari
nukleotida
2. Menyebutkan basa, nukleosida, dan nukleotida
menyusun DNA dan RNA
3. Menyusun dan menunjukkan cincin purin berasal dari
asam amino, derivat tetrahidrofolat dan CO2
4. Menjelaskan cincin purin disusun pada ribosa fosfat
5. Menjelaskan AMP dan GMP dihasilkan dari IMP
6. Menjelaskan AMP,GMP, dan IMP inhibitor biosintesis
nukleotida purin
7. Menjelaskan cincin pirimidin disintesis dari karbamoil
fosfat
8. Menjelaskan orotat memperoleh ribosa fosfat dari PRPP
menghasilkan nukleotida pirimiidn
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 6
Pendahuluan
Peran kunci nukleotida:
1. Prekursor aktif untuk DNA & RNA
2. Derivat nukleotida zantara aktif banyak
proses biosintesis
3. ATP nukleotida adenin,suatu penukar
energi universal pada sistem biologi
4. Nukleotida adenin: NAD, FAD, & KoA
5. Nukleotida sbg regulator metabolik
(AMP siklik)
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 7
Basa, nukleosida, nukleotida
Basa: purin: A; G. pirimidin: C; T; U.
Nukleosida: basa purin atau pirimidin
yang terikat pada suatu pentosa
Nukleotida: ester fosfat dari
nukleosida
DNA: polideoksiribonukleotida
RNA: poliribonukleotida
GUGUS FOSFAT
Catatan:
Gula ribose + Basa = Nukleosida
Gula ribose + Basa +Fosfat (satu atau
lebih) = Nukleotida
8 Biosintesis Nukleotida Mulyadi
Basa N, pada DNA dan pada RNA
Dikelompokkan menjadi dua golongan,
yaitu purin dan pirimidin.
Basa purin mempunyai dua buah
cincin (bisiklik), sedangkan basa
pirimidin hanya mempunyai satu cincin
(monosiklik).
Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri
atas adenin (A) dan guanin (G).
Akan tetapi, untuk pirimidin ada
perbedaan antara DNA dan RNA.

9 Biosintesis Nukleotida Mulyadi
BASA PIRIMIDIN DAN PURIN
Perhatikan struktur cincinnya
10 Biosintesis Nukleotida Mulyadi
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 11
Basa/nukleosida/nukleotida
Basa/ribonukleo
sida
Adenin/Adenosin
Guanin/Guanosin
Urasil/Uridin
Sitosin/Sitidin
Ribonukleotida(5-
monofosfat
Adenilat(AMP)
Guanilat(GMP)
Uridilat(UMP)
Sitidilat(CMP)
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 12
Basa,deoksiribonukleosida,deoksi
nukleotida
Basa/deoksinukleo
sida
Adenin/Deoksiade
nosin
Guanin/Deoksigua
nosin
Timin/Deoksitimi
din
Sitosin/Deoksisiti
din
Deoksinukleotida
(5-monofosfat)
Deoksiadenilat
(dAMP)
Deoksiguanilat
(dGMP)
Deoksitimidilat
(dTMP)
Deoksisitidilat
(dCMP)
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 13
Cincin purin dari aa,FH4,CO
2
Cincin purin disusun de novo dari
berbagai prekursor yang sederhana
Glisin memberikan atom-atom C-4,
C-5, dan N-7. Atom N-1 berasal dari
aspartat.
N-3 dan N-9 dari gugus amida rantai
samping glutamin
FH4 aktif menjadi C-2 dan C-8
C-6 berasal dari CO2
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 14
Purin: dan Unsur penyusunnya
C
N
N
N
N
C
C
C
C
N
10
-formyl-THF

N
10
-formyl-THF

Amino group of
aspartate

Amide N of
glutamine

Glycine

CO
2

Biosintesis Nukleotida Mulyadi 15
Experiments with radioactive tracers showed that the purine
ring is assembled from 5 different types of building block
A common pathway of 11 steps beginning with phosphoribosyl-
pyrophosphate (PRPP) and glutamine leads to inosine
monophosphate (IMP). Separate branches then lead to AMP
and GMP.
PRPP +
Gln
AMP
IMP
GMP
THF =
tetrahydrofolate

C

C

HN

O
OH OH
-O-
CH
2

P

N
N

CH

N

HC

C
O

IMP
C
N
N
N
N
C
C
C
C
N
10
-formyl-
THF

N
10
-formyl-THF

Amino group
of aspartate

Amide N of
glutamine

Glycine

CO
2

Biosintesis Nukleotida Mulyadi 16
PRPP donor ribosa fosfat
Bagian ribosa fosfat pada nukleotida
purin dan pirimidin berasal dari 5-
fosforibosil-1-pirofosfat (PRPP)
PRPP disintesis dari ATP dan ribosa
5-fosfat
Ribosa 5-fosfat + ATP PRPP + AMP
enzim yang berperan PRPP sintetase
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 17
Sintesis cincin purin
PRPP + Glutamin 5-fosforibosil-1-
amin + Glutamat.
Enzim:amidofosforibosil transferase
PRPP fosforibosilamin
ribonukleotida glisinamid ribonukle
otidaformilglisinamid ribonukleoti
daformilglisinamidin ribonukleotida
5-aminoimidazol
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 18


ribonukleotida 5-aminoimidazol 4-
karboksilat ribonukleo tida 5-
aminoimidazol 4-N-suksinokarbok
samid 4-karboksamid
ribonukleotida 5-formamidoimidazol-
4-karboksamid Inosinat (IMP)
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 19
AMP dan GMP dari IMP
IMP adenilosuksinat adenilat
(AMP)

IMP xantilat guanilat (GMP)
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 20
AMP,GMP,&IMP inhibitor umpan
balik biosintesis nukleotida purin
Ribosa 5-fosfat x1 PRPP x1
fosforibosilamin IMP
X1 = dihambat oleh IMP,AMP,& GMP
IMP x2 adenilosuksinat AMP
X2 = dihambat oleh AMP
IMP x3 xantilat GMP
X3 = dihambat oleh GMP
Mekanisme kontrol pada de novo
sintesa purin nukleotida
Fase pertama : thd amidotransferase
(oleh inhibitor-inhibitor dan atau
PRPP)
Pengaturan kadar ATP dan GTP
(ATP diperlukan dlm sintesa GMP
GTP diperlukan dlm sintesa AMP)
Ada beberapa feedback inhibition

Feedback
Inhibition in
Purine Nucleotide
Biosynthesis
Katabolisme dan salvage purin nukleotida
Dalam usus : asam nukleat oleh
ribonuklease atau deoksiribonuklease
polinukleotida nukleotida (fosfodiesterase)
nukleosida (nukleosidase) :
basa pur / pir + ribosa (lumen usus)
basa pur / pir + Ribose 1-fosfat (dR
1-P)
(dlm sel: nukleosid fosforilase)
Basa Pur / Pir dipecah (usus, hepar)
salvage nukleotida
R 1-P (dR 1-P) R 5-P (dR 5-P)
R 5-P PRPP
MHP Shunt
Allopurinol menghambat
Xanthine oksidase dan
Xanthine dehidrogenase
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 28
Cincin pirimidin dari karbamoil
fosfat dan aspartat
C-2 dan N-3 berasal dari karbamoil
fosfat
N-1, C-6, C-5, dan C-4 berasal dari
aspartat
Karbamoilfosfat umtuk sintesis
pirimidin dibentuk di sitosol, untuk
membuat urea di mitokondria
Karbamoil fosfat + aspartat N-
karbamoilaspartat
29 Biosintesis Nukleotida Mulyadi
1. Tahap pertama : Glutamin + Bikarbonat + 2ATP
Karbamoil fosfat + glutamat + 2ADP + Pi
Enzim , karbamoil fosfat sintase II (CPS II),
Berbeda dengan CPS I pada sintesa urea.
-Memakai glutamin
-Tidak perlu N-asetil glutamat
2. Tahap kedua : Gugus karbamoil yg aktif di-
transfer ke N dari aspartat karbamoil
aspartat
(aspartat transkarbamoilase ATCase)
3. Tahap ketiga : Penutupan cincin
(dihidroorotase) (enzim-enzim di sitoplasma)
30 Biosintesis Nukleotida Mulyadi
Tahapan Penyusunan Pirimidin









31 Biosintesis Nukleotida Mulyadi
Tahap 1: Reaksi sintesis
pyrimidine
CPS-II is the major site of regulation in animals: UDP
and UTP inhibit the enzyme and ATP and PRPP
activate it
It is the committed step in animals
32 Biosintesis Nukleotida Mulyadi
Tahap 2: Sintesis karbamoyl
aspartat
Enzyme aspartate transkarbamoilase
(ATCase)
Katalizis Karbamoilfosfate Kondensasi
dengan aspartat mengeluarkan Pirofosfat
ATCase enzim ini anyak ditemukan dalam
bakteri dan mengatur proses pembuatan
karbamoil fosfat; dikatalisis oleh ATP dand
dihambat CTP
Karbamoil fosfat suatau senyawa yang
teraktivasi sehingga tak perlu tenaga dari
luar.
33 Biosintesis Nukleotida Mulyadi
Tahap 2: Reaksi pirimidine
34
Biosintesis Nukleotida
Mulyadi
Tahap 3:
Reaksi
pirimidine
35
Biositesis Nukleat
Mulyadi
Step 4: pirimidin (oxidation of
dihydroorotate to orotate)
Reaksi yang irreversibel enzyme: dihydroorotate
dehydrogenase
36 2014
Biositesis Nukleat
Mulyadi
Tahap 5: sintesis pirimidin
Enzyme: orotate phosphoribosyl transferase
Ribose
phosphate
originates
from PRPP
37 Drs. Sumarno, M.Sc. Apt 2014
Step 6: decarboxylation of OMP
Enzyme: OMP decarboxylase
product: uridine monophosphate
(UMP)
in animals, steps 5 and 6 are
catalyzed by a single polypeptide
with 2 active sites
38 Drs. Sumarno, M.Sc. Apt 2014
Tahap 6. Orotidin jadi Uridin
39 Drs. Sumarno, M.Sc. Apt 2014
O
CH
2
H
H
OH
O
OH
H
P O
O
O-
P
O
O-
O-
O P HO
O
OH
H
HN
N
O
O COO-
H
orotate phosphoribosyl transferase
PRPP
PPi
O
CH
2
H
OH
H
OH
H
O P HO
O
OH
N
HN
O
O COO-
H
orotidine monophosphate (OMP)
O
CH
2
H
OH
H
OH
H
O P HO
O
OH
N
HN
O
O
H
CO
2
OMP decarboxylase
(uses no cofactors)
40
Mulyadi 2014
The big picture again
41 Drs. Sumarno, M.Sc. Apt 2014
Biosintesis UMP
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 42
Urotat memperoleh ribosafosfat
dari PRPP nukleotida pirimidin
N-karbamoilaspartat Dihidroorotat
Orotat Orotidilat Uridilat
(UMP)
Nukleosida mono,di,&trifosfat dapat
terjadi interkonversi:
UMP + ATP UDP + ADP
AMP + ATP 2 ADP
UDP + ATP UTP + ADP
Katabolisme pirimidin nukleotida
Tahapan awal = purin
CMP dan UMP -alanin + CO
2
+ NH
3

dTMP -amino isobutirat + CO
2
+ NH
3
Hasil katabolisme bisa masuk ke TCA
Cycle
-alanin Asetil-KoA
-amino isobutirat Suksinil-KoA
Pada bakteri : -alanin KoA
KELAINAN METABOLISME PIRIMIDIN
Hasil akhir metabolisme pirimidin larut
dalam air, tidak banyak kelainan yang
disebabkannya.
Ada dua penyakit bawaan
(mempengaruhi sintesa pirimidin)
eksresi asam orotat (orotat
aciduria).
Kelainan ini disebabkan karena
kekurangan enzim yang mempunyai
dua fungsi sebagai :
Orotat fosforibosil transferase
OMP dekarboksilase

:
hambatan pertumbuhan (retarded
growth)
anemia berat hipokhromik
sumsum tulang megaloblastik
(megaloblastic bone marrow).
Leukopeni juga sering dijumpai.

Kelainan ini bisa diobati dengan uridin dan
atau sitidin. Uridin &/ sitidin UMP
(nukleosida kinase). UMP akan menghambat
CPS II, dengan demikian mengurangi
pembentukan asam orotat.

Gejala dan tanda-tanda
Khemoterapi
Kanker, pembelahan sel tak terkontrol
Khemoterapi : menghentikan pembelahan
dan membunuh sel
5-fluoro deoksiuridin monofosfat ( FdUMP )
menghambat timidilat sintase (thydimidylate
synthase) secara irriversibel. Tapi karena
FdUMP bermuatan, senyawa ini tidak bisa
masuk ke dalam sel.
Yang diberikan pada pasen adalah 5-fluoro
urasil ( FUra) atau 5-fluorodeoksiuridin
(FdUrd). Setelah FUra dan FdUrd massuk
kedalam sel akan diubah menjadi FdUMP
melalui jalur salvage.
5-fluoro urasil ( Fura) untuk terapi
Metotreksat (methotrexate= 4-amino,
10-methyl folic acid) dan aminopterin
( 4-amino folic acid) adalah analog
asam folat.
Dapat menghambat
dihidrofolat reduktase.
menghambat sintesa de novo
nukleotida purin dan dTMP.
Kedua senyawa tersebut sangat toksik
dan diberikan dibawah pengawasan
yang ketat.
Metotreksat Pengobatan kancer
4-amino folat
4-amino, 10metil folat
Biosintesis Nukleotida Mulyadi
Biosintesis Nukleotida Mulyadi 51
Sebagai catatan :
Saudara-saudara telah mengetahui:
Basa, nukleosida, nukleotida
Asal usul inti purin maupun pirimidin
Basa nukleosida nukleotida
polinukleotida (DNA RNA)
protein (enzim)