La ciudad fue establecida en el valle del ro Rmac.
Tena bastante agua. Sus tierras eran frtiles y
estaban bien conservadas; buen clima, grandes bosques, un articulado sistema de acequias de riego y una importante red de a caminos. Adems, siendo ciudad de costa, estaba muy cerca del puerto, pero suficientemente lejos como para prevenir el ser atacados por sorpresa.
Informado Pizarro de la buena nueva, determin que era el lugar aparente para la fundacin de Lima; lo cual se realiza el 18 de enero de 1535.
Las primeras casas se construyeron alrededor de la plaza mayor. Ms tarde, llegaron algunos naturales de Jauja y de Sangalln, inicindose el paulatino crecimiento de Lima. Las primeras viviendas consistan de un solo piso y fueron hechas de esteras, carrizos y madera de mangles. Lima se convirti poco a poco en la ciudad ms importante de Amrica, por su directa relacin cultural y comercial con Espaa y su corona. Interiormente, la nueva urbe era controlada por los grupos ms influyentes; conformados por hombres de fortuna, quienes ejercan influencia, tanto sobre el gobierno, como las tierras, los negocios comerciales, la compra de tierras comunales y la cesin de tierras a cambio de proteccin y tributo. Lima debi afrontar los disturbios causados por las disputas entre diferentes grupos de espaoles. Al mismo tiempo, aument su prestigio al ser designada capital del Virreinato del Per y sede de una Real Audiencia en 1543. La primera universidad fue establecida en 1551 y la primera imprenta en 1584. La ciudad se convirti en un centro religioso, en 1541 se convirti en sede de una dicesis de la Iglesia Catlica.
Lima prosper en el siglo XVII como el centro de una vasta red comercial que integraba el Virreinato del Per con Amrica, Europa y Asia Oriental. Los comerciantes canalizaban la plata peruana a travs del cercano puerto del Callao y la intercambiaban por bienes en la feria comercial de Portobello, en la actual Panam. Esta prctica era sancionada, la Corona haba estipulado que el comercio del virreinato deba pasar por el Callao en su camino hacia y desde mercados del exterior.
Las primeras casas de adobe han sido destruidas casi todas y edificndose ms costosas con enmaderamientos fuertes y curiosas, de gruesa vigas y tabln de roble.
los seores de Lima gozan del paraso en el mundo, pues Lima tiene el mejor temple, pues se sabe el da que va a hacer maana. Si bien las mujeres son hermosas y gallardas, los hombres son galanos y bizarros, todos generalmente traen buenos vestidos de seda y fino pao- todos calzan medias de seda. Son prdigos a gastar, gastan sin cuenta ni razn. Todos se jactan de grande nobleza. El lugar de paseo es una bella avenida muy ancha, que se pierde de vista, con cuatro filas de rboles, naranjos o limeros muy hermosos, dos arroyos de agua clara que corren a los lados, y al fondo, la portada de un convento de los mejores construidos. El mercado en la cuidad se llama gato, se vende de todo gnero de frutas y viandas; todo lo cual venden negras e indias, en tanto numero que parece hormiguero.
Tiene la cuidad en 1625, ocho capitanes de infantera. Cada compaa tiene cien y cincuenta hombres. De gente de a caballo tiene seiscientos hombres, que no son soldados de paga, son mercaderes, zapateros, sastres y de otros oficios. Los de caballo son arrieros y chacareros; stos son labradores en nombre espaol, y son mayordomos de chacras o estancias. Y tiene la cuidad veinte y cuatro regidores que entran en la cuenta de los cien caballos, porque todos los regidores lo son y son lo principal, porque ellos son el gobierno de la ciudad.
la ciudad no estuvo libre de peligros. El 20 de octubre y 21 de diciembre de 1687, fuertes terremotos destruyeron parte de la ciudad. El desastre fue seguido por epidemias y falta de alimentos lo que provoc el descenso de la poblacin a menos de 40.000 para 1692. Una segunda amenaza era la presencia de piratas y corsarios en el Ocano. Los terremoto de 1687 marc un punto de quiebre en la historia de Lima pues coincidi con una recesin en el comercio, el declive de la produccin de plata y una mayor competencia econmica con ciudades como Buenos Aires. Durante la segunda mitad de la poca virreinal, durante el gobierno de los reyes de la Casa de Borbn, el desarrollo urbano de Lima estuvo marcado por las ideas de la Ilustracin sobre la salud pblica y el control social. Pesca: Como en toda cultura costera la pesca fue una actividad fundamental(pejerrey, corvina, cojinoba , liza, etc.). Agricultura: La agricultura se convirti en una actividad intensa. Ganaron tierras de cultivo mediante una red de canales o acueductos, algunos de los cuales todava estn en uso. Sus principales cultivosfueron: maz, pallar, frijol, zapallo, c alabaza, camote, man, chirimoya, pacae, etc.
Una expedicin dirigida por el general Jos de San Martn desembarc al sur de Lima el septiembre de 1820, pero no atacaron la ciudad. Enfrentado a un bloqueo naval y a la accin de guerrillas en tierra firme, el virrey Jos de la Serna se vio forzado a evacuar la ciudad en julio de 1821 para salvar al ejrcito realista. Temiendo un levantamiento popular y careciendo de recursos para imponer el orden, el consejo de la ciudad invit a San Martn a entrar en Lima y firm una Declaracin de Independencia a su solicitud.. hubo un cambio en las iglesias: de la planta isabelina a la cruz latina. No obstante, la catedral de Lima escapa a esta clasificacin. Fue construida sobre una planta procesional de tres naves con capillas laterales y coro de cannigos colocado en medio de la nave central. Es del tipo de iglesia saln con las bvedas a la misma altura. Las iglesias del siglo XVII destacaron tambin por la construccin de portadas-retablo en sus fachadas. Construidas principalmente en piedra, tuvieron un papel simblico y evangelizador, ya que anunciaban a los transentes la importancia de la iglesia, su carcter monumental e invitaban a su contemplacin . La iglesia fue la propulsora de una arquitectura monumental. Conventos y monasterios fueron los edificios ms grandes y bellos durante todo el virreinato.