NAMA : Hanny Herzegovina

NIM : 1108104010024
RESUME
Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi
informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari
perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam
bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.
Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat
didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak
pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu
contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat
yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan
teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya
beberapa tahun).
Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya
bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam
rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari
bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan
manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.
Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000
nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh
pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang
menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu
lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA,
GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.
Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk
mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode
matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama
yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini
meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence
alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA,
analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu
kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-
bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma
untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.
Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak
awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan
teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun
1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir
1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European
Molecular Biology Laboratory).
Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi
landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan
1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom,
yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya
menyebabkan lahirnya bioinformatika.
Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika.
Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam
mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens
biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika
melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan
kemudian memudahkan pengembangannya.
Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan
sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif
sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam
nukleat.
Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika
Serikat), EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data
Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara
harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data
sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti individual, proyek
sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam
pangkalan data sekuens asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang jenis asam
nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu
yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.
Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan sekuens
primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa),
dan TrEMBL (Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut telah digabungkan dalam UniProt, yang
didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang
sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang
pada umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.
Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data
sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST
(BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens
baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini
berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa
keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang
mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.
PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang
menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental
(dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan
data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam
protein atau pun asam nukleat.

Penerapan Bioinformatika
Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran
1. Bioinformatika dalam bidang klinis
Perananan Bioinformatika dalam bidang klinis ini sering juga disebut sebagai informatika
klinis (clinical informatics). Aplikasi dari clinical informatics ini adalah berbentuk
manajemen data-data klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang
dikembangkan oleh Clement J.
2. Bioinformatika untuk penemuan obat
Penemuan obat yang efektif adalah penemuan senyawa yang berinteraksi dengan asam
amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut.
Karena itu analisa struktur dan fungsi enzim ini biasanya difokuskan pada analisa asam
amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut..
Dengan adanya Bioinformatika, data-data protein yang sudah dianalisa bebas diakses
oleh siapapun, baik data sekuen asam amino-nya seperti yang ada di SWISS-PROT
(http://www.ebi.ac.uk/swissprot/) maupun struktur 3D-nya yang tersedia di Protein Data
Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/). Dengan database yang tersedia ini, enzim yang
baru ditemukan bisa dibandingkan sekuen asam amino-nya, sehingga bisa diperkirakan
asam amino yang berperan untuk active site dan kestabilan enzim tersebut. Hasil
perkiraan kemudian diuji di laboratorium. Dengan demikian, akan lebih menghemat
waktu dari pada analisa secara random.
Bioinformatika dalam Sistem Informasi Geografi (SIG)
1. SIG adalah Pengintegrasian data sistem informasi geografi (SIG) seperti peta, sistem
cuaca, dengan hasil kesehatan dan data genotipe, akan membantu kita untuk memprediksi
hasil sukses dari penelitian agrikultural.

Dengan adanya bioinformatika yang sudah menjalar pada beberapa bidang membuat kita
lebih dimudahkan dalam menyelesaikan masalah. Ini membuktikan bahwa setiap
waktunya teknologi berkembang sangat pesat dan kita sangat membutuhkannya untuk
mempermudah hidup. Tentu diharapkan kemajuan ini tidak hanya berhenti sampai disini,
melainkan ada inovasi-inovasi baru dalam bioinformatika yang dapat dibuat dibidang
lain.

2.