Page 1

1
MIKRO DAN OBAT DI nanoteknologi:
CHIPS ATAU DNA microarray
Ana Dopazo Gonzalez
Bertanggung jawab untuk Genome Unit Analisis
National Cancer Research Center
Pengantar
Penerapan nanoteknologi untuk penelitian biomedis kembali setidaknya
Beberapa dekade yang lalu, ketika teknik rekayasa genetika dimungkinkan
manipulasi
DNA (atau DNA). Bahkan, makhluk hidup dan antara manusia, obyek studi
kedokteran,
adalah hasil dari suatu proses nanoteknologi alami. Dibentuk oleh sel-sel skala
mikrometer yang perilakunya diatur oleh pengoperasian molekul diatur
hukum nano menurut kimia, fisik dan biologis.
Tidak mengherankan kedokteran dan kesehatan adalah daerah istimewa di mana
penelitian dan mengembangkan
kemajuan multidisiplin di bidang mikro dan nanoteknologi, dan di mana
penerapannya menjanjikan
Hasil revolusioner: tidak hanya memungkinkan penciptaan struktur nano
diagnostik dan potensi terapi, tetapi karena memberikan cara baru untuk mengatasi
pengetahuan rinci tentang bagaimana tubuh manusia, sehingga membuka
perspektif baru dalam
pencegahan dan pengobatan penyakit.
Meskipun apa yang dikenal hari ini sebagai Nanoteknologi masih merupakan
disiplin ilmu baru, antara
penelitian utama dan pengembangan aplikasi di bidang kedokteran dan kesehatan
termasuk penciptaan produk medis baru yang memfasilitasi pemberian obat secara
in situ,
skrining obat baru, metode diagnostik, pemantauan pasien dan
Prosedur bedah minimal invasif, antara lain.
Jadi kita berbicara tentang berbagai jenis "pil pintar" yang mendukung terapi
agresif, misalnya. selama proses pemberian obat, sehingga mereka
mencapai organ target mereka tanpa menimbulkan efek samping yang tidak
diinginkan, untuk pembuatan organ, jaringan
dan implan buatan menggunakan Nanomaterials biokompatibel, penggunaan
biosensor untuk diagnosis pencegahan dan awal, dll.
Konsep yang paling futuristik mencakup pengembangan perangkat terintegrasi
mampu mencapai
sel khusus diubah (sel tumor misalnya), mendeteksi cacat pada RNA, DNA atau
protein, memilih obat yang sesuai berdasarkan karakteristik ini, menyebabkan
tidak ada perawatan
Dokumen respon pengobatan invasif dan mengidentifikasi sel-sel sakit sisa.
Dalam kedokteran molekuler menggunakan alat mikro dan nanotechnological telah
dan perubahan revolusioner dipicu oleh prestasi besar di bidang genomik.
Urutan genom manusia adalah contoh dari prestasi ini, namun daftar semua
gen tidak memberitahu kita apa gen lakukan, bagaimana sel, bagaimana sel
membentuk
organisme, yang berubah menyebabkan penyakit, dll. dan teknologi baru
diperlukan
membantu menjawab pertanyaan-pertanyaan.
Diantara teknologi baru ini, pantas disebutkan secara khusus untuk teknologi
potensi mereka
yang perkembangannya telah dimungkinkan berkat kemajuan proses miniaturisasi
yang berdampak pada
daerah biomedis telah dimulai: teknik chip DNA atau microarray.

Page 2
2
Ibu Ana Dopazo Gonzalez
Sebuah microarray DNA itu sendiri merupakan dukungan yang solid, misalnya
kristal
Mikroskop, yang diwakili secara teratur (tersusun) ribuan gen;
Setiap gen diwakili oleh fragmen spesifik DNA (cDNA atau oligonukleotida)
bergerak di permukaan dan yang telah disimpan oleh robot atau disintesis in
situ (dalam kasus
chip komersial dari Affymetrix).
Ini teknik dan penerapannya dalam bidang kedokteran, khususnya pada kanker,
didedikasikan
artikel ini.
DNA microarray SEBAGAI ALAT UNTUK ANALISIS
PERBANDINGAN EKSPRESI GEN.
Meskipun penggunaan penelitian DNA microarray yang disediakan dengan
beberapa tujuan (misalnya untuk studi polimorfisme nukleotida tunggal atau SNP
yang
menentukan variasi alami antara urutan DNA dapat menunjukkan kecenderungan
untuk tertentu
penyakit genetik), aplikasi yang paling penting untuk saat ini adalah memantau
ekspresi gen (pembawa pesan kelimpahan RNA) dari sistem biologi yang
diberikan, baik sel,
organ atau jaringan.
Dijelaskan secara sederhana dan sesuai dengan "dogma sentral" dari biologi
gen molekul menjalankan misinya melalui transkripsi DNA menjadi RNA
(MRNA Juga dikenal atau mRNA) yang, pada gilirannya, diterjemahkan menjadi
protein, yang merupakan
mengakhiri fungsi gen efektor. Hanya sebagian kecil dari gen yang berisi DNA sel
manusia yang digunakan atau "menyatakan" dalam sel yang diberikan pada waktu
tertentu. Oleh
Contoh spesifik eritrosit gen, seperti hemoglobin, tidak dinyatakan dalam
sel-sel otak.
The set gen yang diekspresikan atau ditranskripsi dari DNA genomik, dan
merupakan apa yang disebut "Transkriptome" atau "ekspresi profil", merupakan
faktor penentu penting dari
fenotip dan fungsi sel. Sebuah sel atau organ apapun, misalnya. hati yang sehat
dapat
molekuler didefinisikan dalam hal ekspresi gen, menggambarkan populasi mRNA,
yang
sebagian kecil dari RNA yang akan diterjemahkan menjadi protein. Perbedaan
dalam ekspresi gen yang
bertanggung jawab untuk perbedaan morfologi dan fenotipik, jika dua sampel yang
dianalisis secara paralel

Page 3
3
biologis yang sama, seperti hati yang sakit dengan hati yang sehat dan fungsi gen
yang menunjukkan tingkat ekspresi yang berbeda dalam dua situasi secara
langsung atau tidak langsung
terlibat dalam presentasi normal atau patologis.
DNA microarray memungkinkan kita untuk menganalisis mRNA dari sampel yang
diteliti oleh
hibridisasi tes: setiap mRNA spesies sampel diinterogasi, sekali
diekstraksi dan diberi label, mampu membentuk rantai ganda atau "pasangan"
dengan molekul-molekul
DNA bergerak pada permukaan chip memiliki urutan komplementer untuk mereka,
sesuai dengan sifat dasar saling melengkapi struktur lemak
Nukleat. Strategi teknik ini ditunjukkan pada Gambar 1.
Sebuah chip yang diwakili ribuan gen dapat hibridisasi
bersamaan dengan dua probe diferensial berlabel (misalnya dengan pewarna
fluorescent Cy3 dan
Cy5) yang dihasilkan dari mRNA dari sampel yang akan dibandingkan (misalnya,
jaringan normal dibandingkan
Jaringan tumor). Setelah hibridisasi, menggunakan scanner, dapat diukur pada
setiap posisi
Intensitas fluoresensi DNA untuk setiap fluorophores, dalam setiap kasus, tingkat
sinyal
terdeteksi pada posisi yang telah ditentukan sebanding dengan jumlah salinan
mRNA gen
diinterogasi dalam sampel, rasio intensitas fluoresensi (Cy3/Cy5) adalah ukuran
Ekspresi gen komparatif relatif terhadap gen diwakili dalam posisi chip.
Meskipun platform yang berbeda telah dikembangkan untuk melaksanakan analisis
komparatif
ekspresi gen menggunakan microarray (mRNA yang diteliti dapat ditandai untuk
berbagai
Namun, DNA bergerak pada chip mungkin oligonukleotida atau cDNA, dll) semua
berbagi kesederhanaan eksperimental desain yang ditunjukkan pada Gambar 1.

Page 4
4
POTENSI THE ART OF DNA microarray
Secara konseptual, teknik DNA microarray bukanlah hal baru. Sudah di tahun 80-
an
teknik ada seperti pemeriksaan diferensial, yang memungkinkan mendeteksi gen
yang tingkat ekspresi
berbeda dalam situasi biologis yang berbeda, misalnya antara sel-sel tumor dan
normal, atau antara daerah otak yang berbeda. Namun, berkat perkembangan
teknik
Miniaturisasi, saat ini banyak gen dapat dianalisis pada saat yang sama, ribuan
gen. Dan
sequencing lebih lanjut dari ribuan gen diketahui, dengan urutan genom manusia.
Dengan teknik DNA microarray dapat dianalisis dalam seluruh chip DNA tunggal
genom.
Kemampuan ini sangat besar, analisis simultan yang telah memungkinkan lonjakan
kemungkinan teknik ini tidak hanya menawarkan kuantitatif (banyak gen yang
dianalisis), tetapi
kualitatif: kekuatan teknik terletak pada kemampuan untuk memberikan pandangan
yang komprehensif dari molekul
Proses penyakit tertentu, misalnya jenis tumor tertentu. Pengetahuan global ini
mengatur operasi untuk gen sekilas, bagaimana mereka, dan karenanya protein
untuk encoding, berinteraksi satu sama lain dalam keadaan tertentu. Dan apa yang
berbeda
antara normal dan keadaan patologis.
Microarray DNA APLIKASI DI BIOMEDICAL DAN
OBAT DISCOVERY PROSES: Y DNA microarray
KANKER
Meskipun teknologi DNA microarray sedang diuji di berbagai bidang
obat-obatan, yang menekankan aplikasi di bidang kanker, di mana dalam tiga tahun
terakhir
pertumbuhan jumlah publikasi ilmiah yang menunjukkan peran revolusioner dari
jenis ini
teknik dalam aplikasi klinis kanker telah eksponensial. Hasil dari
Menggunakan teknik seperti DNA microarray dalam memerangi banyak penyakit,
terutama kanker, mempromosikan:
Menguraikan mekanisme molekuler yang mendasari penyakit. Analisis
pola ekspresi gen sistematis berkontribusi untuk pemahaman yang lebih baik
molekuler dari berbagai penyakit. Jika Anda tahu lebih tepatnya apa yang terjadi,
Anda memiliki lebih
senjata untuk mencegah atau memerangi hal itu. Studi tentang penyakit yang
kompleks dan
melibatkan perubahan genetik, seperti kanker, tampaknya tepat ditujukan dari
perspektif global.
mengidentifikasi gen penanda baru. Dalam kasus tertentu gen baru
penanda kanker, dengan skrining massal dari semua gen yang membentuk
genom manusia, menganalisis mereka menunjukkan ekspresi gen yang berbeda
antara
sel normal dan tumor. Tumor tertentu saat didiagnosis pada
tahap awal penyakit ini melalui metode yang sederhana dan non-invasif seperti
deteksi dalam penanda serum kanker tertentu (misalnya PSA,
antigen prostat spesifik untuk kanker prostat).
Meskipun kanker adalah penyakit yang kompleks dan multifaktorial, dapat
dibayangkan
yang masih masih harus ditemukan penanda khusus yang memungkinkan diagnosis
Dini dan akurat.
Penemuan alat-alat diagnostik baru dan klasifikasi tumor.
Sampai saat ini, tumor telah diklasifikasikan sesuai dengan kriteria histologis, ini
kategorisasi, meskipun nilai besar, telah terbukti tidak cukup: tumor di bawah

Halaman 5
5
mikroskop meliputi terlihat sama dengan proses neoplastik yang berbeda
manifestasi klinis dan respon terhadap obat.
Baru beberapa publikasi dalam jurnal ilmiah bergengsi seperti Alam dan
Ilmu pengetahuan telah menunjukkan bagaimana pertimbangan data molekuler
yang disediakan oleh
analisis sistematis ekspresi gen menggunakan microarray DNA telah
memungkinkan
membedakan kelas baru tumor pada kelompok yang sudah dikenal, sehingga dapat
memprediksi
klinis dan respon terhadap terapi pada kasus-kasus tertentu di mana
metode tradisional tidak cukup untuk memberikan informasi tersebut. Alizadeh et
al. On "Berbeda
jenis limfoma sel-B menyebar Diidentifikasi oleh ekspresi gen profiling "(Alam,
2000),
menunjukkan bagaimana penggunaan microarray khusus, "linfochip"
memungkinkan
membedakan, dalam tumor tradisional diklasifikasikan sebagai non-Hodgkin
limfoma,
dua jenis penyakit dengan prognosis yang berbeda. Golub e t al di "Molekul
klasifikasi kanker: penemuan kelas dan prediksi kelas dengan ekspresi gen
pemantauan "(Science, 1999) melaporkan bagaimana data berbasis molekuler
perilaku gen tunggal tidak dapat membedakan antara dua jenis leukemia
akut, namun kokoh dibedakan ketika prediksi didasarkan
di tingkat ekspresi gen 50 (dipilih dari lebih dari 6.000
direpresentasikan pada array yang digunakan).
Kanker payudara memiliki manifestasi klinis beragam, Vant Veer et al.
dalam "Profil ekspresi gen Memprediksi hasil klinis kanker payudara" (Alam,
2002),
menggunakan chip DNA, menunjukkan bagaimana penampilan pola tertentu
ekspresi
gen dalam beberapa kasus kanker payudara berhubungan dengan manifestasi
agresif
penyakit ini.
Hari ini, banyak dari mereka yang menderita jenis kanker yang diobati hanya
menguntungkan beberapa, tetapi semua menderita efek samping. Dengan aplikasi
teknik klinis seperti diharapkan untuk mengetahui obat terbaik untuk setiap pasien
dan
praktek kedokteran lebih personal.
Identifikasi target terapi baru. Priori pengetahuan tentang obat
yang satu jenis tertentu kanker tidak merespon, tidak hanya pasien yang menderita
sparing
efek samping yang tidak perlu, namun akan memungkinkan penggunaan perawatan
alternatif tanpa penundaan. Namun mendesak potensi obat antikanker baru.
Teknik DNA microarray memberikan kontribusi bagi identifikasi
target baru terapeutik melalui dasarnya ada dua cara: 1) oleh
penemuan gen baru sebagai calon potensial untuk target terapi dan 2)
berkontribusi mengartikan dari jalur biokimia yang terlibat dalam proses penyakit
yang memungkinkan rute alternatif untuk pengobatan.
Percepatan proses penemuan obat. Selain peran kunci
DNA microarray dalam penemuan dan validasi target potensial
aplikasi terapi teknik ini juga diperkenalkan ke dalam proses
validasi obat baru. Karena identifikasi target terapi diduga untuk
ketersediaan pasar obat baru, adalah pergi sebuah proses yang lambat,
sulit dan mahal. Meskipun kemajuan teknologi dalam berbagai tahap
penemuan obat membutuhkan waktu beberapa tahun untuk mengubah target
molekuler dalam
produk di pasar, dan tidak selalu tercapai.
Sudah ada banyak contoh dalam literatur yang menunjukkan bagaimana
penggunaan chip
DNA dapat memfasilitasi studi tentang sifat dasar obat baru,

Page 6
6
sebagai kemanjurannya, mekanisme kerjanya atau toksisitas. Dalam wilayah
Toksikologi, pesatnya perkembangan Toxicogenomics, disiplin terbalik di
memahami efek pada seluler dan molekuler bahan kimia penyebab
dalam organisme hidup, adalah contoh pentingnya diberikan kepada jenis analisis
genomik untuk melengkapi studi toksikologi klasik.
Salah satu sinyal pertama dari satu sel ke penghinaan beracun
mRNA perubahan tingkat. Membandingkan profil ekspresi gen dari sel
diobati dengan obat baru yang potensial yang menunjukkan sel diperlakukan
dengan
zat beracun yang dikenal dapat memprediksi perilaku obat baru
toksisitas mereka. Meski masih menunggu suatu pemahaman yang lebih dalam
racun menginduksi perubahan pada tingkat ekspresi gen dan identifikasi
penanda baru dan dapat diandalkan toksisitas, penggunaan jenis pengujian
menjanjikan
merevolusi cara di mana senyawa yang dipilih untuk lebih lanjut
pengembangan obat. Furness dalam "Analisis ekspresi gen dan protein untuk mode
obat
toksisitas "(Opin Obat Discov Development 2002) meninjau beberapa contoh
terbaru
penerapan teknologi array untuk studi toksikologi.
Demikian pula, efek dari senyawa baru diproduksi dalam sel
penelitian dapat dievaluasi dengan menguji yaitu transkripsi menganalisis apa
mRNA-dan berapa banyak-mengekspresikan sel-sel, dan membandingkannya
dengan apa yang mereka
mengekspresikan sel sendiri ketika diobati dengan senyawa dan dikarakterisasi dan
diuji
efektivitas pengobatan.
MASA DEPAN BEBERAPA
Untuk teknologi DNA microarray untuk menjadi benar-benar revolusioner
harus menjadi bagian integral dari kegiatan sehari-hari dari laboratorium
klinis. Mungkin
ini terjadi segera sebagai metode diagnostik dalam 3-10 tahun ke
depan. Diharapkan,
Seperti yang terjadi dengan komputer dan perangkat berteknologi tinggi lainnya,
mereka mulai mereka
karir sebagai instrumen eksotis dan mahal, segera menjadi alat luas
ketersediaan, mudah digunakan, lebih murah dan lebih kuat. Beberapa isu yang
beredar adalah
cara untuk diselesaikan.
Meskipun kemajuan mengesankan dan cepat dalam teknologi ini adalah kamar
untuk
perbaikan teknis. Selain itu, adanya platform yang berbeda untuk analisis profil
ekspresi gen (DNA bergerak pada permukaan microarray dapat memiliki berbagai
karakteristik: tidak ada microarray oligonukleotida, cDNA, dll) menimbulkan
kunci
standarisasi dan portabilitas teknologi seperti konsistensi, kompatibilitas dan
reproduksibilitas antara metode yang berbeda. Tidak boleh dianggap remeh
kesulitan pertanyaan
sebagai pengumpulan sampel eksperimental penting (RNA adalah molekul yang
sangat labil, untuk
sering tersedia hanya jumlah menit jaringan, dll) dan desain percobaan.
Tapi mungkin tantangan terbesar pemantauan global ekspresi gen adalah
manajemen
cocok untuk sejumlah besar data dari percobaan dengan array. Tidak begitu banyak
untuk yang
volume, sering sejumlah besar tindakan memfasilitasi tampilan pola-pola tertentu
yang lain tidak akan menjadi jelas atau memiliki signifikansi cukup
statistik. Kesulitan
terletak pada integrasi sistematis dan terorganisasi dari semua data yang baru
dengan orang-orang dari
sumber lain dan ada dalam literatur ilmiah, sehingga dimungkinkan untuk
menyusun
informasi biologis yang bermakna. Dalam tugas ini menangani bioinformatika dan
luar biasa
usaha manusia yang ditujukan untuk pekerjaan ini mulai berbuah.

Page 7
7
Selain itu, keberhasilan DNA microarray dalam mendapatkan sejumlah besar
Informasi dalam percobaan tunggal, telah mendorong komunitas ilmiah untuk
memperluas teknologi
luar chip DNA microarray dan saat ini mengabdikan banyak upaya untuk
pengembangan teknologi yang mirip seperti mikroarray protein, untuk
mempercepat karakterisasi
proteoma. Transkripsi DNA genom untuk menghasilkan mRNA hanya merupakan
langkah pertama dalam
sintesis protein proses tapi ini adalah, protein, molekul efektor, yang bertanggung
jawab
fenotipe selular tertentu langsung.
Meskipun sebagian besar gen perubahan dalam kelimpahan mRNA yang
berkorelasi dengan perubahan dalam ekspresi produk gen mereka, hal ini tidak
selalu terjadi sejak
yang lain proses pasca-transkripsi yang terlibat dalam modulasi
fungsi protein. Tapi tidak seperti apa yang terjadi dengan asam nukleat (DNA dan
RNA), yang
protein masing-masing memiliki sifat fisik dan kimia yang berbeda, yang membuat
studi global
secara bersamaan, meskipun penelitian saat ini dalam intensitas bidang ini, kita
perlu baru
Metode analisis yang memungkinkan protein studi sistematis besar seluruh
proteome
sel.
Di masa depan diharapkan array, mungkin nanoarrays, DNA, peptida, protein,
mRNA, jaringan, sel, dan bahkan organisme multiseluler menjadi
kebiasaan. Menggunakan
kombinasi dari metode ini bersama-sama dengan alat komputasi, integrasi database
Data dan kemajuan dalam analisis urutan dan informasi yang mereka memprediksi
perkembangan baru dalam
pemahaman tentang fungsi dan regulasi dari semua gen dan protein, mengartikan
elemen seluler, mekanisme penyakit dan cara-cara baru untuk mencegah proses
seluler
menyimpang dan meningkatkan kesehatan dan kesejahteraan manusia