Anda di halaman 1dari 8

Latar Belakang

Ketika mendengar kata DNA, seolah kita berhadapan dengan sesuatu yang begitu abstrak dan
sangat kecil. Apalagi jika berbicara tentang isolasi DNA, sering terpikirkan sebuah proses yang
sangat rumit dengan alat-alat yang sangat canggih.Padahal tidak selamanya isolasi DNA
demikian, beberapa teknik isolasi DNA sederhana terbukti efektif untuk mengisolasi DNA,
bahkan selain prosedurnya yang sederhana, bahan-bahan yang dipakaipun mudah didapatkan
dari lingkungan sekitar. Sangat cocok untuk praktikum pengenalan DNA pada siswa MTs/SMP
juga MA/SMA. Berikut ini pembahasan tentang isolasi DNA secara seddasan Teori 5
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme.
DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat
yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan
ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini
merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen
dan kedua benang polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui
ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan
dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai
cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi
hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain.
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diisolasi. Zubaidah
(2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melauli tahapan-
tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA.
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau
bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol
dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi
DNA dilakukan dengan sampel buah,
maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda
pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan
dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan
hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari
sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik
dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan
pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat
dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah
deterjen.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan
rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan
protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks.
Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.

1.2 Tujuan Penelitian
Untuk mengetahui cara/metode yang benar untuk memisahkan (mengisolasi) DNA dari buah-
buahan.
Mengetahui keefektifan deterjen dan buah yang dipakai untuk melakukan percobaan isolasi
DNA
1.3 Rumusan Masalah
Bagaimana metode yang benar dalam melakukan percobaan isolasi DNA?
Bagaimana kefektifan buah dan deterjen yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA


1.4 Landasan Teori
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. DNA ini
tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang
tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan
ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini
merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen
dan kedua benang polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui
ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan
dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai
cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi
hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain.
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diisolasi. isolasi
DNA dapat dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang
berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka
kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah
dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah
berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan
semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.


BAB II
METODE PRAKTIKUM
2.1. Waktu dan tempat
Waktu : Senin, 01 Oktober 2012
Pukul : 10.45 12.00 WIB
Tempat : Laboratorium SMA NEGERI 1 SLIYEG
<w:lsan","serif"; font-size:="" 13.0pt;="" line-height:="" 115%;"="">2.2. Alat dan
bahan</w:lsan","serif";>
Alat
1. Gelas ukur
2. Plastik es
3. Penyaring (tissu)
4. Corong
5. Spatula
6. Tabung reaksi dan rak tabung
7. Tabung reaksi dan rak tabung
Bahan
1. Buah (pepaya, semangka, melon, kersem, jeruk)
2. Sunlight
3. Alkohol dingin (alkohol didinginkan dengan es batu)
4. Garam dapur
2.3. Prosedur kerja
1. Siapkan alat dan bahan
2. Masukkan tiap buah pada masing-masing plastik es untuk di haluskan
3. Setelah buah sudah halus, saring untuk memisahkan serat dengan estraknya
4. Butlah campuran garam dapur satu takaran spatula dengan sunlight dua takaran spatula
di dalam plastik es (buatlah 5 campuran untuk masing-masing yang akan dicampurkan
dengan ekstrak buah)
5. Satukan campuran garam dan sunlight dengan ekstrak buah
6. Takarlah untuk mengetahui seberapa banyak campuran pada point 5 dengan
menggunakan gelas ukur
7. Masukkan campuran yang telah diketahui takarannya dalam tabung reaksi
8. Tambahkan alkohol dingin secara perlahan agar tidak merusak DNA
9. Amati proses timbulnya DNA serta banyak sedikitnya DNA yang terbentuk



BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1 Data Hasil Pengamatan







\














3.2 Tabel Hasil Pengamatan
JENIS BUAH
HASIL PENGAMATAN
BENTUK WAKTU
Jeruk Benang cepat
Kersem Benang cepat
Semangka Tidak Terbentuk lambat
Melon Benang sedang
Pepaya Benang sedang
3.3 Pembahasan
Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam
sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Upaya untuk mengeluarkan
DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding dan membrane sel dan juga membran inti. Cara
yang digunakan untuk merusak membran-membran tersebut sangat beraneka ragam, misalnya
dengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil. Selain perusakan secara fisik,
membrane dan dinding sel dapat pula dirusak dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia.
Perusakan dinding sel dan membrane sel pada praktikum isolasi DNA kali ini dilakukan dengan
cara penggerusan. DNA yang didapatkan dalam pengamatan kali ini adalah DNA yang berupa
benang-benang halus.
Apabila dilihat dari sumber DNA yang digunakan untuk pengisolasian ini, macam buah
yang digunakan menunjukkan perbedaan yang nyata. Masing-masing buah untuk sumber DNA
menghasilkan DNA yang berbentuk benang-benang halus berwarna sesuai dengan warna asal
buah tersebut. Kelima macam buah yang digunakan dalam proses pengisolasian DNA kali ini
adalah jenis buah yang memiliki kadar air yang tinggi. Tidak ada perbedaan yang ditunjukkan
untuk perlakuan variasi jenis buah ini. Suatu sumber menyatakan bahwa dalam proses
pembuatan sumber DNA untuk isolasi DNA hendaknya jangan terlalu encer karena semakin
encer sumber DNA, DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Karena sel yang lisis di
dalam air tentunya lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih kental
(Anonim, 2005). Namun, masalah pengaruh keenceran terhadap hasil isolasi DNA dapat diatasi
dengan pengurangan jumlah air yang digunakan sehingga walaupun sumber DNA yang
digunakan adalah buah dengan kadar air tinggi, tetap dapat diperoleh ekstrak yang cukup kental.
Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan yang disebabkan oleh
pengaruh senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia yang mampu merusak membrane ataupun
dinding sel antara lain lisozim yang mampu mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga
kekakuan sel tidak lagi dapat terjaga. Selain itu, ada pula senyawa EDTA
(etilendiamintetraasetat) yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg
2+
yang penting untuk
mempertahankan struktur selubung sel serta menghambat enzim yang dapat merusak DNA.
Dalam proses isolasi DNA, deterjen berfungsi menggantikan senyawa-senyawa kimia tersebut di
atas. Deterjen mengandung sodium dodesil sulfat (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya
molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membrane akan rusak dan melisiskan isi sel.
Pada Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk memekatkan
DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na
+
yang dikandung oleh garam mampu membentuk
ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na
+
garam berikatan dengan
fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul. Sedangkan penambahan alcohol pada permukaan
larutan betujuan untuk melakukan presipitasi sehingga DNA yang telah terkumpul tadi mampu
memisah dari larutan dan terbentuklah lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi unsur
penyusunnya.
3.4 Diskusi
1. Teknik isolasi DNA, merupakan suatu cara/metode untuk memisahkan DNA dari sel, baik dari
inti, mitokondria maupun kloroplas.
2. Garam: Menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan yang kemudian
tersaring pada proses penyaringan, serta berperan sebagai lysing buffer, yakni menjaga pH
larutan agar tetap konstan, sehingga diharapkan tidak terjadi denaturasi DNA.
Penghalusan : Merusak dinding sel secara mekannik sehingga DNA dapat keluar dari dalam sel.
sabun krim : Merusak membran sel dan membran inti sehingga DNA yang diinginkan dapat
dikeluarkan dari dalam sel.
Penyaringan : Agar komponen sel selain DNA tidang mengkontaminasi DNA yang hendak
diisolasi.
Alkohol : Mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik untuk meningkatkan
konsentrasi DNA.
3. Penghalusan disini digunakan untuk memecahkan sel-sel secara mekanik. Jika proses penghalusan
dilakukan terlalu lama, dikhawatirkan tidak hanya memecahkan sel tetapi juga akan mencabik-
cabik DNA, sehingga DNAnya hancur. Sedangkan jika terlalu sebentar, sel-sel belum seluruhnya
terpacahkan.
5. Alkohol berfungsi untuk memperitifikasi DNA. Alkohol dingin akan mempercepat proses
tersebut.



BAB IV
PENUTUP

KESIMPULAN
Kesimpulan yang dapat diambil dari analisis data dan pembahasan di atas
adalah:
DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan
larutan deterjen dan alkohol serta garam untuk membantu presipitasi DNA.
Perbedaan jumlah DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi disebabkan oleh suhu
alkohol yang digunakan serta macam buah yang dipakai sebagai sumber DNA.














DAFTAR PUSTAKA


Arhan. 2009. Laporan Pratikum isolasi DNA.
(http://endikdenibiotransmitther.blogspot.com/2009/01/praktik um-iso lasi-d na-buah.html)