Anda di halaman 1dari 9

LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER


PERCOBAAN III
ANALISIS DOMAIN PROTEIN FUNGSIONAL
I. TUJUAN PERCOBAAN
Mencari identitas domain yang berperan dalam regulasi apoptosis, tirosin kinase,
serta faktor transkripsi dengan menggunakan Gene Bank Database.
II. DASAR TEORI
Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling
utama") adalah senyaa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan
polimer dari monomer!monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain
dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen,
nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. "rotein berperan penting dalam struktur
dan fungsi semua sel makhluk hidup dan #irus.
$ebanyakan protein merupakan en%im atau subunit en%im. &enis protein lain
berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang
membentuk batang dan sendi sitoskeleton. "rotein terlibat dalam sistem kekebalan
(imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen
penyimpanan (dalam bi'i) dan 'uga dalam transportasi hara. (ebagai salah satu
sumber gi%i, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak
mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
"rotein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida,
lipid, dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. (elain
itu, protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam
biokimia. "rotein ditemukan oleh &)ns &akob Ber%elius pada tahun *+,+.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. $ode genetik yang
dibaa D-. ditranskripsi men'adi /-., yang berperan sebagai cetakan bagi
translasi yang dilakukan ribosom. (ampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya
tersusun dari asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi,
terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi
"rotein merupakan komponen penting atau komponen utama sel hean
ataumanusia. 0leh karena sel itu merupakan pembentuk tubuh kita, maka protein
yangterdapat dalam makanan berfungsi sebagai %at utama dalam pembentukan
dan pertumbuhan tubuh. $ita memperoleh protein dari makanan yang berasal dari
hean atau tumbuhan.
"engetahuan mengenai struktur biologi saat ini men'adi sangat penting, misalnya
pemahaman mengenai struktur protein. $arena dengan itu kita akan dapat
mempela'ari dan memahami mekanisme ker'a en%im, ikatan ligan yang mengatur
suatu fungsi, serta desain obat dan inhibitor obat baru.
(truktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai
rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai
bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut1
alpha helix (-helix, "puntiran!alfa"), berupa pilinan rantai asam!asam amino
berbentuk seperti spiral2
beta-sheet (-sheet, "lempeng!beta"), berupa lembaran!lembaran lebar yang
tersusun dari se'umlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan
hidrogen atau ikatan tiol ((!3)2
beta-turn, (-turn, "lekukan!beta")2 dan
gamma-turn, (-turn, "lekukan!gamma").
struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur
sekunder. (truktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat
berinteraksi secara fisik tanpa ikatan ko#alen membentuk oligomer yang stabil
(misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.
4 contoh struktur kuartener yang terkenal adalah en%im /ubisco dan insulin.
(truktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode1
(*) hidrolisis protein dengan asam kuat (misalnya, 5- 36l) dan kemudian komposisi
asam amino ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer,
(7) analisis sekuens dari u'ung!- dengan menggunakan degradasi 8dman,
(,) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan
(9) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
(truktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi
circular dichroism (6D) dan Fourier Transform Infra Red (:;</). (pektrum 6D dari
puntiran!alfa menun'ukkan dua absorbans negatif pada 7=+ dan 77= nm dan lempeng!
beta menun'ukkan satu puncak negatif sekitar 7*=!7*5 nm. 8stimasi dari komposisi
struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari spektrum 6D. "ada spektrum
:;</, pita amida!< dari puntiran!alfa berbeda dibandingkan dengan pita amida!< dari
lempeng!beta. &adi, komposisi struktur sekunder dari protein 'uga bisa diestimasi dari
spektrum inframerah.
(truktur protein lainnya yang 'uga dikenal adalah domain. (truktur ini terdiri
dari 9=!,>= asam amino. "rotein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain.
"ada protein yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya.
3ubungan rantai polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah
fungsi baru berbeda dengan komponen penyusunnya. Bila struktur domain pada
struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis masing!masing komponen
domain penyusunnya tidak hilang. <nilah yang membedakan struktur domain dengan
struktur kuartener. "ada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya berpisah,
protein tersebut tidak fungsional
Domain merupakan suatu unit dari protein yang independent secara
structural yang memiliki karakteristik berupa protein globular kecil. Bentuk domain
antara lain 1 b?a barrel, forn heli@ bundle, b?a saddle, b?b sandich. Domain
bertanggung 'aab terhadap akti#itas protein dan biasanya memiliki fungsi yang
spesifik. "embagian domain menurut fungsinya1 D-. binding domains, /-.
binding domains, ligand (regulatory) domains, oligomeri%ation domains. Gen Bank
Database dapat dimanfaatkan untuk melacak keberadaan motif dan domain tersebut.
Dari database tersebut dapat diketahui protein yang berbeda yang memiliki motif dan
domain yang sama, dan mereka digolongkan dalam satu family.
"ada dasarnya protein menun'ang keberadaan setiap sel tubuh, proses
kekebalan tubuh. (etiap orang deasa harus sedikitnya mengonsumsi * g protein per
kg berat tubuhnya. $ebutuhan akan protein bertambah pada perempuan yang
mengandung dan atlet!atlet.
$ekurangan "rotein bisa berakibat fatal1
$erontokan rambut (/ambut terdiri dari AB!*==C dari "rotein !$eratin)
Yang paling buruk ada yang disebut dengan $asiorkor, penyakit kekurangan
protein Biasanya pada anak!anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari
yang namanya busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam
pembuluh darah sehingga menimbulkan odem.(imptom yang lain dapat
dikenali adalah1
o hipotonus
o gangguan pertumbuhan
o hati lemak
$ekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat
kematian.
III. ALAT DAN BAHAN
*. .lat
! (atu perangkat komputer
! <nternet
7. Bahan
! (itus -6B<
IV. CARA KERJA
Buka situs eb http1??.ncbi.nlm.nih.go#?
Masuk ke halaman protein yang akan dianalisis conser#ed domainnya
$lik 6onser#ed Domains, for1 isikan target protein, klik Go
;ampilan kedua, akan muncul accession number dari protein target. $lik accession
number tersebut untuk melihat profil dari protein target.
;ampilan ketiga, akan muncul keterangan mengenai protein, struktur ,D, kaitan
dengan protein lain dan perbandingan asam amino pada domain fungsional dengan
domain pada protein lain. $lik bagian!bagian tertentu untuk melihat keterangan lebih
lan'ut.
$lik (ee full description untuk melihat keterangan lengkap mengenai protein target.
$umpulkan semua informasi mengenai struktur protein, domain dan fungsinya
V. HASIL PENGAMATAN
a. Latihan
$ode Gen 1 -MD===*7>
-ama gen 1 3omo sapiens estrogen reseptor
$ode protein 1 -"D===**5.7
&umlah domain 1 9
. T!"a#
$ode Gen 1 -MD==*B>7
-ama gen 1 3omosapiens 6atalase ( 6.; )
$ode protein 1 -"D==*B9,.*
&umlah domain 1 7

-o . -ama Domain :ungsi Domain
* 6atalase E clade , of the heme!
binding en%yme catalase
Mengkatalisis kon#ersi 3
7
0
7
men'adi
3
7
0 dan 0
7,
Membagi flip katalase dan
mengikat heme
7 $ate, catalase (ebagai transport ion anorganik dan
metabolime.
VI. PEMBAHASAN
-o -ama domain :ungsi domain
*
Figand binding domain of
estrogen reseptor (cd=AA9A)
Mengatur proses fisiologi termasuk
reproduksi, integritas tulang, kesehatan
'antung dan prilaku
7
D-. binding domain of
estrogen reseptor (cd=B*B*)
Memicu dimerasi dan pengikatan dimer
/8, sehingga dapat mengatur
perkembangan reproduksi dan
homeostatis
,
0estrogen reseptor
(pfam=7*>A)
!
9
0estrogen type nuclear final
6!terminal (pfam*7B9,)
Memodulasi transkripsi .p!*
dependent melalui 7 mekanisme yaitu
melalui interaksi protein!protein pada
D-. dan melalui tindakan non!genom.
"ada praktikum ini dilakukan analisis domain dari suatu protein yang
mempunyai peran tertentu dalam regulasi apoptosis, tirosin kinase, atau factor
transkripsi dengan menggunakan gene bank database. "rotein yang membangun
tubuh disebut Protein tru!tural sedangkan protein yang berfungsi sebagai
en%im,antibodi atau hormon dikenal sebagai Protein Fungsional"
Gene bank database dapat dimanfaatkan untuk melacak keberadaan motif
dan domain. Beberapa protein murni -helix# dan beberapa protein lainya murni -
sheet" -amun kebanyakan adalah kombinasi dari keduanya. $ombinasi tertentu dari
-helix dan -sheet disebut struktur super sekunder atau disebut M0;<:. .da
beberapa macam motif, yaitu 1
*. :up motif (the most common)
7. hairpin (anti parallel stronds connectedby re#erse turn)
,. - motif (to successi #aenti!parallel a helicesich are packed hit their
ues inclined)
9. barrel ( sheet rolling up into barrels)
>. heli@!loop!heli@ (heli@ turn heli@)
5. leusin %ipper motif (dimeri%ation=trimeri%ation motif)
Dalam praktikum, dilakukan analisis domain suatu protein. Domain
merupakan suatu unit dari protein yang independen secara struktural yang memiliki
karakteristik berupa protein globular kecil. Domain memiliki beberapa macam bentuk
antara lain 1 $ barrel, forn heli@ bundle, $ saddle # $ sand%ich" "rotein yang
membangun tubuh disebut Protein tru!tural sedangkan protein yang berfungsi
sebagai en%im,antibodi atau hormon dikenal sebagai Protein Fungsional"
.nalisis domain dilakukan pada protein estrogen receptor isoform dan
catalse clade.. Dari analisis, didapatkan data sebagai beriktu 1
*. ;erdapat 9 domain dari protein estrogen receptor isoform *, yaitu 1
Figan binding domain dari reseptor estrogen, yang diaktifkan oleh
hormon *Bbeta! estradiol (estrogen). Mekanisme utama aksi dari reseptor
estrogen adalah sebagai faktor transkripsi dengan mengikat elemen respon
estrogen gen target pada saat akti#asi oleh estrogen, kemudian merekrut
protein coacti#ator yang bertanggung 'aab untuk transkripsi gen target .
(elain itu beberapa 8/s dapat berikatan dengan protein membran lain dan
dapat dengan cepat diaktifkan oleh paparan sel terhadap estrogen.
Berfungsi sebagai pengatur berbagai proses fisiologis, termasuk
reproduksi, integritas tulang, kesehatan 'antung, dan perilaku.
D-.!binding domain reseptor estrogen (8/) terdiri dari dua 'enis tipe 69!
%inc finger yang berfungsi memicu dimerasi dan pengikatan dimer /8,
sehingga dapat mengatur perkembangan reproduksi dan homeostatis
mengatur perkembangan, reproduksi dan homeostasis.
8strogen reseptor (pfam=7*>A) tidak diketahui fungsi domainnya, karena
tidak ada pen'elasan lebih lan'ut tentang domain tersebut
8strogen!'enis reseptor nuklir akhir 6!terminal dimana fungsinya adalah
memodulasi transkripsi .p!* independent melalui dua mekanisme yang
berbeda yaitu melalui interaksi protein!protein pada D-. dan melalui
tindakan non!genom. Mekanisme yang digunakan tergantung pada
lokalisasi selular reseptor.
7. .nalisis domain yang dilakukan pada protein 3omosapien 6atalase
didapatkan 7 domain , yaitu 1
6atalase Eclade , of the heme binding en%yme catalase.
$atalase merupakan en%im yang banyak ditemukan baik pada prokariota
dan eukariota yang terlibat dalam perlindungan sel terhadap efek racun
peroksida. Berfungsi dalam mengkatalisis kon#ersi 3
7
0
7
men'adi 3
7
0 dan
0
7
Membagi flip katalase dan mengikat heme tetapi tidak selalu memiliki
akti#itas katalase.
$ate, catalase berfungsi sebagai transport ion anorganik dan metabolism.

VII. KESIMPULAN
*. .nalisis domain dilakukan pada protein -"D===**5.7 (estrogen receptor isoform
*) dan -"D==*B9,.* ( 6atalase 3omosapiens ).
7. ;erdapat 9 domain dari protein -"D===**5 (estrogen receptor isoform *), yaitu
Figan binding domain dari reseptor estrogen, yang diaktifkan oleh hormon
*Bbeta! estradiol (estrogen), D-.!binding domain reseptor estrogen (8/) terdiri
dari dua 'enis tipe 69! %inc finger, estrogen reseptor (pfam=7*>A) dan 8strogen!
'enis reseptor nuklir akhir 6!terminal.
,. ;erdapat 7 domain dari protein -"D==*B9,.* ( 6atalase 3omosapiens ) yaitu
6atalase!clade , heme!binding en%yme catalase, dan $ate catalase.
DAFTAR PUSTAKA
Brock ;D, Madigan M;. &iology of 'icroorganisms" (th ed. "rentice 3all. -e
&ersey. *A++
(uharsono dan Gidyastuti, Htut. 7==5. Pelatihan ing!at Te!ni )asar Peng!lonan
*en" Pusat Penelitian umberdaya +ayati dan &iote!nologi-,embaga
Penelitian dan Pemberdayaan 'asyara!at IP& dengan )I-TI-)I-./.
Bogor.
(usanto, ..3 (7==7), &ahan /0ar *eneti!a )asar, :akultas Biologi H-(08D,
"urokerto
Yuono, ;., 7==+, &iologi 'ole!ular, 8rlangga, &akarta
http1$$%%%"ncbi"nlm"nih"go2
http1$$digilib"unsri"ac"id$do%nload$apoptosis"pdf
http1$$id"%i!ipedia"org$%i!i$Protein