1

BAB I
PENDAHULUAN

1. Latar belakang
Era penemuan materi genetik telah dibuka oleh F Miescher dengan menggunakan
mikroskop sederhana, dia telah menetapkan bahwa bahan aktif yang ada di dalam nukleus
disebut sebagai nuclein. Peneliti ini belum bisa menetapkan apakah nuclein ini kromosom
ataukah DNA. Kromosom ditemukan pada awal abad ke 19 merupakan struktur seperti
benang pada nukleus sel eukariot yang nampak pada saat sel mulai membelah.
Kromosom berjumlah diploid pada setiap selnya, dan pada autosomal maupun seks-
kromosom membawa gen-gen yang berpasangan, kecuali pada kromosom -Y




Gambar 1. Diagram skematik kromosom, gene dan struktur heliks DNA.
Gena adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam material
genetik organisme, yang kita kenal sebagai molekul DNA, atau RNA pada beberapa
virus, dan ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal atau eksternal seperti
perkembangan fisik atau perilaku dari organisme itu. Gena tersusun atas daerah urutan
basa nukleotida baik yang mengkode suatu informasi genetik (coding-gene region as
exon) dan juga daerah yang tidak mengkode informasi genetik (non-coding-gene region
as intron ), hal ini penting untuk pembentukan suatu protein yang fungsinya diperlukan
ditingkat sel, jaringan, organ atau organisme secara keseluruhan. Molekul DNA
membawa informasi hereditas dari sel dan komponen protein (molekul-molekul histon)
dari kromosom mempunyai fungsi penting dalam pengemasan dan pengontrolan molekul
DNA yang sangat panjang sehingga dapat muat didalam nucleus dan mudah diakses
ketika dibutuhkan. Selama reproduksi, Jumlah kromosom yang haploid dan material
genetik DNA hanya separuh dari masing-masing parental, dan disebut sebgai genom.


2

2. Rumusan Masalah
1) Bagaimana komposisi kimia DNA ?
2) Apa fungsi dan peranan DNA dan RNA?
3) Apa yang dimaksud dengan sintesis protein ?
4) Bagaimana tahapan sintesis protein ?
5) Bagaimana hubungan sintesis protein dengan DNA ?

3. Tujuan
Adapun tujuan pembuatan makalah ini adalah :
1) mengetahui bagaimana komposisi kimia DNA .
2) mengetahui fungsi dan peranan DNA dan RNA
3) mengetahui pengertian sintesis protein.
4) Mengetahui tahapan dari sintesi protein.
5) mengetahui hebungan sintesis protein dengan DNA.





















3

BAB II
PEMBAHASAN

DNA adalah rantai double heliks berpilin yang terdiri atas polinukleotida. Berfungsi
sebagai pewaris sifat dan sintesis protein.
Struktur DNA (deoxyribosenucleic acid) yaitu:
1. gula 5 karbon (deoksiribosa)
2. gugus fosfat
3. basa nitrogen.
Bentuk DNA adalah rantai double heliks berpilin ke kanan. Dalam DNA terdapat
struktur-struktur di atas. Namun, jika diambil 1 lempeng yang mengandung ikatan fosfat,
gula dan basa nitrogen, maka lempeng tersebut disebut nukleotida. Jika plat itu hanya basa
nitrogen dan gula saja maka disebut nukleosida. Maka, DNA adalah polimer dari nukleotida.
Gula deoksiribosa pada DNA merupakan gula lima karbon yang kehilangan 1 atom oksigen.
Gula deoksiribosa memegang basa nitrogen pada atom karbon nomor 1, sedangkan atom C
nomor 5 berikatan dengan gugus fosfat. Gugus fosfat ini saling berikatan dengan gugus fosfat
lainnya membentuk ikatan fosfodiester. Karena DNA merupakan rantai ganda dan atom-atom
karbon mempunyai aturan diatas untuk mengikat basa nitrogen dan gugus fosfat maka satu
rantai DNA terlihat berdiri tegak sedangkan rantai pasangannya justru terbalik. Maka pada
notasi penulisan kode genetik DNA, ditulis 5-kode genetik-3, sedangkan untuk rantai
pasangannya justru ditulis 3-kode genetik-5. Pengaturan ini disebut konfigurasi antiparalel.
Ada 2 kelompok basa nitrogen yang berikatan pada DNA yaitu
Purin, terdiri dari basa nitrogen adenine dan guanin.
Pirimidin, terdiri dari basa nitrogen sitosin dan timin . pada RNA, timin diganti dengan
urasil.
Basa Purin selalu berpasangan dengan basa pirimidin melalui ikatan hidrogen. Adenine selalu
berpasangan dengan timin melalui 2 ikatan hidrogen sedangkan sitosin berpasangan dengan
guanine melalui 3 ikatan hidrogen.







Gambar 2. Ikatan Hidrogen
4


I . Dogma sentral Biologi Molekuler
Dogma sentral Biologi Molekuler merupakan salah satu konsep penting untuk menjelaskan
kerja gen dalam membentuk rantai polipeptida . Dogma sentral tersebut adalah sebagai
berikut.
1. DNA membentuk RNA melalui proses yang disebut transkripsi. Pada proses
transkripsi, kode atau informasi genetik didalam DNA di alihkan ke RNA.
2. RNA dengan kode genetik yang diterima dari DNA membentuk protein melalui
proses translasi.
Menurut Crick, bahwa : begitu informasi diterjemahkan menjadi protein maka informasi
tersebut tidak dapat berbalik lagi. Artinya, bahwa bDogma sentral biologi molekuler
berlangsung satu arah, yaitu transkripsi informasi genetic dari DNA ke RNA dan akhirnya
ditranslasi menjadi protein.
1. REPLIKASI DNA
Replikasi DNA berarti penggandaan. Ada 3 model replikasi DNA yaitu :
Model konservatif.
Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA bereplikasi tanpa memisahkan rantai-
rantainya.
Model semi konservatif.
Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA berpisah kemudian bereplikasi.
Model dispersi.
Model ini menyatakan bahwa DNA terpecah menjadi potongan-potongan yang
kemudian bereplikasi.










Gambar 3. Replikasi DNA
5

Pada Sintesis protein, salah satu rantai DNA akan dikodekan oleh mRNA. Rantai
yang dikodekan tersebut disebut DNA Sense atau DNA template, sedangkan rantai
pasangannya
yang tidak dicetak disebut DNA Antisense atau DNA Komplementer. Triplet kode-kode
genetik DNA yang dikodekan oleh mRNA disebut kodogen.
2. RNA
Berbeda dengan DNA, RNA merupakan rantai panjang lurus yang berfungsi dalam sintesis
protein. Terdapat 3 jenis RNA yaitu:
1. mRNA(messenger RNA atau RNA duta/RNAd), bertugas untuk mengkodekan kode
genetik dari DNA untuk sintesis protein. Terdapat di anak inti.sel. Triplet kode genetik pada
mRNA disebut kodon.
2. tRNA(transfer RNA atau RNAt), bertugas untuk mencocokkan triplet yang ada pada
mRNA dengan protein yang sesuai. Terdapat di sitoplasma. Triplet kode genetik pada tRNA
disebut antikodon.
3. rRNA(ribosomal RNA atau RNAr), bertugas untuk memasangkan kodon mRNA dengan
antikodon tRNA dan menggeser rantai-rantai supaya terbentuk polipeptida(protein). Terdapat
di ribosom.

Struktur RNA(ribosenucleic acid) yaitu
- Gula 5 karbon ribosa.
- Gugus fosfat.
- Basa nitrogen yang persis sama dengan basa nitrogen DNA namun pada mRNA
thymine diganti dengan urasil.

3. PRA SINTESIS PROTEIN
Sebelum sintesis protein dilakukan, perlulah diadakan persiapan yang menyeluruh,
salah satunya pemasangan asam amino pada salah satu ujung tRNA. 1 asam amino harus
diikatkan pasada salah satu ujung tRNA dengan antikodon yang benar, namun protein ini
sesuai dengan kodon bukan antikodon. Enzim yang melakukan proses ini adalah enzim tRNA
aminoasil sintetase. Enzim ini mengikatkan asam amino pada bagian sisi asam amino
kemudian tRNA dengan antikodon spesifik untuk asam aminonya. tRNA dan asam amino
berikatan pada enzim sebelum akhirnya dilepaskan.


6


4. SINTESIS PROTEIN
Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang diatur
susunannya oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan
ribosom. Sintesis protein terdiri dari 2 tahapan besar yaitu:
1.Transkripsi
DNA membuka menjadi 2 rantai terpisah. Enzim yang dikenal sebagai RNA
polymerase melaksanakan proses ini.Enzim-enzim ini berikatan dengan untai
cetakan DNA di tempat promotor dan terlepas di tempat terminator. Karena
mRNA berantai tunggal, maka salah satu rantai DNA ditranskripsi
(dicopy).Walaupun kedua untai pada DNA untai-ganda dapat berfungsi sebagai
cetakan,namun hanya satu untai yang digunakan. Rantai yang ditranskripsi
dinamakan DNA sense atau template dan kode genetik yang dikode disebut
kodogen. Sedangkan yang tidak ditranskripsi disebut DNA
antisense/komplementer. RNA Polimerase membuka pilinan rantai DNA dan
memasukkan nukleotida-nukleotida untuk berpasangan dengan DNA
sense.Enzim-enzim bergerak di sepanjang untai cetakan DNA denagan arah 3 ke
5,yang menghasilkan trnskipsi primer yang terbentuk dalam arah 5 ke 3. RNA
primer juga diapit oleh nukleotida-nukleotida tambahan, sebuah molekul guanin di
ujung 5 dan beberapa molekul adenin di ujung 3 transkipsi primer. Penambahan-
penambahan berfungsi meningkatkan stabilitas transkip primer sewaktu berpindah
ke sitoplasma.
Transkipsi awal terbentuk di inti sel dan bukan merupakan bentuk akhir RNA.
Protein terbentuk di sitoplasma sehingga RNA harus berpindah dari nukleus.
Proses ini melibatkan banyak tahapan kunci, yang salah satunya adalah
splicing(penyambungan). Pada sebagian besar gen structural,tahapan ini
melibatkan proses eksisi rentang-rentang (stretches) RNA yang dikenal sebagai
intron (penghambat rangkaian) dan menyatukan ekson (rangkaian yang
diekspresikan) yang tertinggal. mRNA adalah hasil dari penggabungan dan proses
pengolahan lainnya. Proses penggabungan ini diatur secara ketat, sehingga pada
mRNA terakhir dapat ditemukan ekson-ekson yang berbeda dan dapat dibentuk
produk protein yang berlainan dari gen yang sama. RNA matang kemudian dapat
meninggalkan inti sel dan berpindah ke sitoplasma.
7



Gambar 4. Proses splicing dari pematangan mRNA
2.Translasi
Setelah berada di dalam sitoplasma , mRNA berfungsi sebagai cetakan untuk
membentuk rantai asam amino. Namun, mRNA tidak mampu berikatan secara
langsung dengan asam-asam amino. Karena itu, translasi berlangsung di organel
khusus yang disebut ribosom. RNA ribosom (rRNA) dan protein membentuk satu
kompleks dengan mRNA dan RNA transfer (tRNA). tRNA mengambil satu asam
amino spesifik dan mengangkutnya ke ribosom. Sewaktu bergerak di sepanjang
mRNA, ribosom membaca transkrip dalam kelompok-kelompok yang terdiri dari
tiga basa nukleotida. Rangkaian tiga basa ini disebut kodon.
Rangkaian tiga basa di mRNA dan tRNA berikatan secara komplementer.
Sewaktu rangkaian dibaca , asam-asam amino di ujung tRNA saling dikaitkan
untuk membentuk rantai asam amino yang semakin panjang. Rantai ini
dibebaskan dari ribosom di kodon berhenti. Korespondensi sebuah kodon dengan
sebuah asam amino spesifik dikenal sebagai kode genetik. Terdapat dua puluh
asam amino yang berbeda, dengan 64 kemungkinan kombinasi nukleotida.
Jelaslah, lebih dari satu kodon dapat mengkode suatu asam amino tertentu.
Kode genetic memperlihatkan sifat berlebihan, memperkecil kemungkinan
bahwa perubahan atau substitusi sebuah asam amino akan menyebabkan deficit
fungsional. Terdapat tiga kodon yang tidak mengkode asam amino tetapi
dianggap sebagai kodon berhenti ( kodon stop) : UAA,UGA,dan UAG. AUG yang
mengkode asam amino metionin, juga berfungsi sebagai kodon mulai. Protein
yang terbentuk ditentukan oleh urutan asam-asam amino. mRNA / RNAd yang
sudah terbentuk keluar dari anak inti sel menuju rRNA. Disana mRNA masuk ke
rRNA / RNAr diikuti oleh tRNA / RNAt. Ketika antikodon pada tRNA cocok dengan
kodon mRNA kemudian rantai bergeser ke tengah. Kodon mRNA berikutnya
dicocokkan dengan tRNA kemudian asam amino yang pertama berikatan dengan
asam amino kedua. tRNA pertama keluar dari rRNA. Proses ini berlangsung
8

hingga kodon stop, ribosom subunit besar dan kecil terpisah, mRNA dan tRNA
keluar dari ribosom.
Kodon stop : UAA,UAG, UGA
Rumus cepat : mRNA=DNA komplementer=DNA antisense=kode protein
tRNA=DNA template=DNA sense=kodogen. Berikut ini adalah gambar proses sintesis
protein.



Gambar 5.Translasi
Proses translasi terbagi atas 3 tahap:
a. Inisiasi. Untuk memulai biosentesis protein diperlukan kompleks inisiasi dimana
translasi dimulai. Komponen-komponen kompleks inisiasi adalah : formil methionin
tRNA, Guanosisn trifosfat (GTP), kodon triplet (AUG), Ribosom ringan (30s), factor-
faktor protein(F1, F2, F3, dll) yang membantu dimulainya proses sintesis protein.
Asam amino methionin berperan sangat penting untuk memulai proses sintesis protein
. Replikasi tidak berlangsung pada titik acak pada DNA namun berlangsung pada
awal yang disebut tempat awal replikasi. Protein inisiator menempel pada daerah
tersebut kemudian berikatan menyebatkan rantai heliks terbuka untuk menunjukkan
satu rantai yang digunakan untuk membangun rantai baru.
b. Elongasi atau dikenal juga dengan pemanjangan Polipeptida. DNA polimerase
bertugas untuk memasangkan basa nitrogen baru dengan rantai DNA lama sehingga
terbentuklah rantai DNA yang baru. DNA polymerase menambahkan basa-basa baru
ke ujung 3 rantai yang ada, kemudian mereka mensintesis dari arah 5 ke 3 dengan
menyediakan rantai basa pasangan untuk cetakan. Triplet AUG merupakan sinyal
untuk memulai proses sintesis, sehingga triplet ini dinamakan kodon start.
c. Terminasi. Replikasi berakhir saat DNA polimerase mengenali daerah basa nitrogen
yang diulang-ulang, daerah ini disebut telomer.Maka terbentuklah rantai DNA yang
baru. Dan pada proses terminasi akan berlanjut terus sampai ribosom tiba di kodon
stop dan mRNA. Pada saat ini polipeptida selesai disentesis dan dilpeas. Kodon stop
disebut pula kodon nonsense.
9

BAB III
PENUTUP
1. Kesimpulan

Dapat disimpulkan dari proses biosintesis protein, bahwa urutan base N pada
rantai DNA yang ditranskripsi (satu gen yang diekspresikan) menentukan urutan
asam amino pada protein yang terbentuk . Antara urutan base N pada DNA dengan
urutan asam amino pada protein (polipeptida)yang terbentuk ada kolinieritas. Karena
urutan asam amino menentukan jenis protein, maka DNA, meskipun tidak secara
langsung, menentukan jenis protein. Dari uraian di atas disusun teori : Satu Gen-Satu
Polipeptida.

2. Kritik dan saran

- Kritik

- Saran

10

DAFTAR PUSTAKA

Price,Sylvia A, dkk, 2003, Patofisiologi :konsep klinis proses-proses penyakit:, EGC :Jakarta.
2009 , Sintesis Protein . http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genoms.section.5234
26 Oktober 2009