Anda di halaman 1dari 52

Endang S.

Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Lecture 3
Overview of cell structure and significance of
smallness
Cytoplasmic membrane: structure
Cytoplasmic membrane: function
Cell wall of prokaryotes: peptidoglycan
Outer membrane of gram negative bacteria
Cell wall synthesis and cell division
Arrangement of DNA in prokaryotes
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Mikrobia pada makanan
Spiral
Bacteria
Rod-Shaped
Bacteria
Molds
Yeast
Staph aureus
Cocci
Bacteria
C. botulinum
Listeria
E.coli 0157:H7
Salmonella
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Sel prokariot dan eukariot
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Bakteri
Sel tunggal (uniseluler)
Tidak memiliki membran inti (prokariot)
Bentuk :
Bulat (cocci) dengan ukuran 0.4-1.5
m
Contoh : Staphylococci (kluster
seperti buah anggur) Streptococci
(berantai)
Batang (rods) dengan ukuran 0.25-1.0
m atau 0.5-6.0 m
Contoh : bacilli (batang lurus)
Spirilla (batang spiral)
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Endospora
Beberapa bakteri mampu membentuk endospora
Endospora dihasilkan saat bakteri mengalami stress
lingkungan seperti kekurangan nutrisi, kekeringan, dsb.
Endospora digunakan untuk mempertahankan diri
Endospora tidak melakukan metabolisme (berada dalam
bentuk dorman) dan tahan terhadap suhu tinggi,
disinfektan, sinar UV
Saat kondisi lingkungan membaik, endospora melakukan
germinasi dan tumbuh menjadi sel bakteri
Contoh bakteri penghasil endospora : Bacillus dan
Clostridium
Diperlukan sterilisasi untuk membunuh spora
Spora Clostridium
Spora Bacillus
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Endospora
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Bakteri - Reproduksi / Berkembang
biak
Aseksual melalui pembelahan sel (fission)
Waktu ganda (waktu generasi) : 20 menit
Satu sel setelah 11 jam dapat menjadi 1,0 x 10
6
Namun demikian di alam pertumbuhan bakteri
dibatasi oleh kekurangan nutrisi, akumulasi
toksin dan metabolit, suhu yang tidak sesuai,
kekeringan, dll
Jumlah maksimum bakteri 1x10
9
CFU/g atau ml
CFU - Colony Forming Unit
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Reproduction Binary
fission
1 2 4 8 16 32 64 128Millions
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Waktu yang diperlukan bakteri
untuk tumbuh
Dalam kondisi ideal, beberapa bakteri dapat melakukan duplikasi
dalam waktu 15-30 menit
Contoh bakteri dengan doubling time 20 menit
START
20 menit
40 menit
1 jam
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Latihan
(diasumsikan waktu ganda =20 menit)
1 bakteri terdapat pada hamburger
dengan suhu kamar (30 C)
Berapa jumlah bakteri setelah 1 jam? 4
jam? 8 jam?
Apa yang terjadi jika jumlah bakteri awal
pada hamburger tersebut adalah 10.000 ?
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Yeast
Ukuran lebih besar
dari bakteri
Memiliki membran inti
(eukariot)
Uniseluler (bentuk :
bulat, elip, silinder, 5-
8 m
Pseudohifa
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Yeast - Reproduksi
Aseksual :
Fission : pembelahan sel

Budding : pembentukan tunas
Seksual :
Pembentukan spora
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Mold
Berfilamen,
multiseluler, ukuran
lebih besar dari
bakteri dan yeast (10-
40 m)
Hifa (masing-masing
filamen)
Miselia (kumpulan
hifa)
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Mold - Reproduksi
Aseksual :
Fragmentasi
Pembentukan spora
aseksual (konidia,
sporangium)
Seksual :
Pembentukan spora
seksual
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Molds
Mucor Rhizopus Penicillium Geotrichum
Fusarium Neurospora Botrytis Alternaria
Aspergillus
Penicillium

Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Mold
Pertumbuhan
Aw rendah
Interval pH yang luas
Mesophilic and Psychrotrophic
aerob
Significance
Pembusukan
Index sanitasi
Health Issues
Menghasilkan makanan
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Different Shapes
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Different Sizes
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Surface Area vs. Volume
Fig. 3.15
Size affects rate of nutrient
and waste transport across
the cell membrane

Small size more
efficient exchange, support
of higher metabolic rate
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Phospholipid Bilayer
Fig. 3.16
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Structure of Cytoplasmic
Membrane
Fig. 3.18
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Lipids in Bacteria and Archaea
have different chemical bonds
Ester - Bacteria
Ether - Archaea
Fig. 3.20
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Table 3.1 Comparative Permeability of
Membranes to Various Molecules
Substance Rate of Permeability
Water 100
Glycerol 0.1
Tryptophan 0.001
Glucose 0.001
Cl
-
0.000001
K
+
0.0000001

Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Fuction of Cytoplasmic
Membrane
Permeability Barrier
only small, uncharged, hydrophobic
molecules can pass through by diffusion (see
Table 3.1)
Protein Anchor
transport, generation of energy, chemotaxis
Generation of proton motive force
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Different types of transport
Accumulation of solutes against the concentration gradient
Specificity
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Cell Walls of Bacteria
Peptidoglycan is found only in bacteria
Keeps cells from lysing, due to turgor pressure
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Protoplast Formation
High solute solution
Low solute solution
Lysozyme -- a protein that breaks 1,4-
glycosidic bonds in peptidoglycan
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Peptidoglycan Structure
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Peptidoglycan Sheet
Glycosidic links
Peptide cross-links
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Teichoic Acids
Acidic polysaccharides found in gram positive cell walls
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Gram Positive Cell Wall
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Archaeal Pseudopeptidoglycan
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Lipopolysaccharide (LPS)
Only in gram negative bacteria
Part of the outer membrane
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Gram Negative Outer Membrane
Porins - proteins that allow small molecules to cross membrane
-- specific and non-specific
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Cell Wall Synthesis
Cell wall is opened up by autolysins, and new peptidoglycan is deposited
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Peptidoglycan Synthesis
Bactoprenol (a C
55
isoprenoid alcohol) -- lipid carrier that transports
dissacharide pentapeptide from cytoplasm to periplasm and inserts it
into growing cell wall
The next step, transpeptidation, is inhibited by penicillin
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Transpeptidation
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Genome Size
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Chromosomal DNA
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Lecture 4.
Flagella and motility
Bacterial behavior: chemotaxis,
phototaxis
Bacterial cell surface structures and
cell inclusions
Gas vesicles
Endospores
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
The Flagellum
> 40 genes involved
1000 H+ / rotation
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Absence of chemical attractant
Presence of chemical attractant
chemical gradient sensed in a temporal manner
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Other types of taxes
phototaxis - light
aerotaxis - oxygen
osmotaxis - osmotic strength
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Cell structures and inclusions
fimbriae - aid cell adherence to surfaces
pili - conjugation, attachment to host cell
glycocalyx - polysaccharide layer outside cell, attachment to host
cells, protection from host immune system, resistance to dessication
polyhydroxyalkanoate deposits - intracellular carbon and energy
store
polyphosphate - intracellular reserves
elemental sulfur - intracellular granules
magnetosomes - intracellular magnetite crystals (iron oxide)
gas vesicles - cell buoyancy


Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Poly--hydroxybutyrate (PHB)
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Poly-3-hydroxybutyrate
(PHB)
Carbon and energy reserve
Accumulates intracellularly when carbon
source is not limiting for growth
Can be utilized under carbon starvation
conditions
Biodegradable bioplastics
CH
3
OCHCH
2
C
O
[ ]
n ~ 25,000
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Gas Vesicle Proteins
watertight, gas-permeable structure
(hydrophobic proteins)
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Endospores
Resistant to heat, radiation, acids, drying, chemicals
Do not contain RNA
Dehydrated (only 10-30% H
2
O as vegetative cell)
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
Dipicolinic acid
Characteristic of endospores
Endang S. Rahayu
Fak Teknologi Pertanian UGM
How long can spores survive?
See page 92, report that 25-40 million year
old spores have been revived
These spores were preserved in the gut of
a bee that was trapped in amber