Isolasi DNA memiliki dua prinsip, yaitu sentrifugasi dan presipitasi.

Prinsip utama
sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara
memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar,
sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Prinsip presipitasi adalah
pengendapan DNA agar terpisah dari zat lain yang terdapat dalam sel (Kimball 2005:
4; Kent & Carr 2001: 317).
Sentrifugasi merupakan salah satu metode dasar yang Sangat penting dalam studi
biologi sel maupun molekular. Sentrifugasi tidak hanya berguna untuk memisahkan sel atau
organel subselular, melainkan juga digunakan untuk pemisahan molekular. Teknik
sentrifugasi pada pengisolasian DNA berfungsi untuk memisahkan DNA dari zat lain dalam
sel berdasarkan berat molekulnya. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan mengunakan alat
yang berupa rotor yang digerakan oleh motor elektrik yang merupakan tempat
berpegangnya tabung yang akan disentrifugasi. Pergerakan mesin sentrifugasi
berhubungan dengan massa, kerapatan dan usuran dari molekuk yang disentrifugasi, serta
massa , kerapatan dan viskositas dari lingkungan larutan (Triwibowo 2005: 33; Wolfe 1995:
124).

Isolasi DNA dapat juga dilakukan pada khamir. Khamir adalah fungi uniseluler yang
menempati habitat cair dan lembab. Khamir bereproduksi secara aseksual dengan cara
pembelahan sel sederhana atau dengan cara melepaskan sel tunas dari sel
induk. Beberapa khamir juga bereproduksi secara seksual, yaitu dengan cara mementuk
aski atau basidia (Campbell dkk. 2003: 193).

Tabung yang telah diinkubasi selanjutnya disentrifugasi. Prinsip kerja sentrifugasi
berhubungan dengan massa, kerapatan, dan bagian struktur atau molekul yang
disentrifugasi serta berhubungan dengan massa, kerapatan dan kekentalan
larutan. Berdasar berat molekulnya, maka akan dihasilkan dua bagian yang mudah untuk
dipisahkan. Dua bagian tersebut terdiri dari supernatan dan pelet. Supernatan adalah
bagian yang berat molekulnya ringan dan terdapat pada bagian atas tabung sedangkan
pelet adalah bagian yang berat molekulnya lebih berat dan terdapat pada bagian dasar
tabung. Sebelum disentrifugasi, tabung ditutup terlebih dahulu menggunakan parafilm. Hal
tersebut dilakukan untuk mencegah tumpahnya isi tabung saat disentrifugasi (Boyer 1993
191--196).