LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

KLASIFIKASI MIKROBIA DENGAN METODE KLASIFIKASI NUMERIK

Disusun Oleh :

Nama : faradlina mufti

NIM : 07640002

Kelompok : 6

Asisten : Lela susilowati, M,si

LABORATORIUM TERPADU

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN KALIJAGA

YOGYAKARTA

2009
KLASIFIKASI MIKROBIA DENGAN METODE KLASIFIKASI NUMERIK
I. Tujuan praktikum :memperkenalkan dan mempraktekkan penggunaan

Prosedur klasifikasi numerik fenetik dalam klasifikasi mikrobia.

II. Prosedur kerja

Tabel 1.

Unit Karakter Unit Karakter

Morfologi koloni Pertumbuhan pada pH 3,5

Bentuk Pertumbuhan pada pH 5,5
Warna Pertumbuhan pada pH 8,0
Tepi Pertumbuhan pada pH 8,5
Elevasi Pertumbuhan pada pH 9,5
Struktur Dalam Produksi gas
Morfologi Sel Glukosa
Bentuk Manitol
Motilitas Laktosa
Gram Sukrosa
Susunan sel Dekstrosa
Karakter Fisiologis Ptoduksi asam
Kebutuhan O2 Glukosa
Pertumbuhan pada suhu 40C Manitol
Pertumbuhan pada suhu 150C Laktosa
Pertumbuhan pada suhu 200C Sukrosa
Pertumbuhan pada suhu 400C Dekstrosa
Pertumbuhan pada suhu 500C Karakter biokimiawi
Pertumbuhan pada NaCl 5% Katalase
Pertumbuhan pada NaCl 6,5 % Pembentukan H2S
Pertumbuhan pada NaCl 10 % Hidrolisis gelatin
Pertumbuhan pada NaCl 18 % Hidrolisis pati
Hidrolisis kasein

III. Hasil pengamatan

 Tabel 2. n dan t

Strain mikrobia (OTU)

Unit karakter EC BS SA A B

Morfologi koloni
Bentuk + + + + +
Elevasi + - - + +
Tepi + + + + -
Warna + - - + +
Struktur dalam + + + - -
Morfologi sel
Bentuk + + - + -
Reaksi gram - - + - -
Susunan sel + - - + +
Motillitas - - - - -
Karakter
biokmiawi
Katalase + + + + +
Pembentukan + + - - -
H2S
Hidrolisis pati + + + + +
Hidrolisis kasein + - + + +
Fermetasi KH
Penghasil gas + - - + +
Glukosa + - + - -
Laktosa - + - - +
Sukrosa - - - - +
Manitol - - - - -
Dekstrosa - - -
Penghasil asam
Glukosa + + + + +
Laktosa + + + + +
Sukrosa + + + + +
Mannitol + + + + +
Dekstrosa + + + + +
Karakter
fisiologis
Kebutuhan + + + + +
O2(NB) 48 jm
Pertumbuhan - - - - -
pada suhu 4oC
 Pertumbuhan - - - - -
pada suhu 15OC
Pertumbuhan - + + - +
pada suhu 45OC
Pertumbuhan - + + - +
pada suhu 40OC
Pertumbuhan + + + + +
pada NaCl 3,5%
Pertumbuhan + + + + +
pada NaCl 6.5 %
Pertumbuhan + + + + +
pada NaCl 9%
Pertumbuhan - - - -
pada pH 3,5
Pertumbuhan - - - - -
pada pH 4
Pertumbuhan + + + + +
pada pH 8,0
Pertumbuhan + + + + +
pada pH 12

Keterangan :

Strain (A)EC : Escherechia coli ATTC

Strain (B)BS : Bacillus subtilis

Strain (C)SA : Staphylococcus aureus ATCC

Strain (D)A : Strain

Strain (E)B : Strain

Perhitungan indeks similaritas

SSM strain AB : a = 18; b= 5; c=3; d= 8 maka nilai SSM = 76,4

SSM strain AD : a = 21; b= 2 ; c= 1; d= 19 maka nilai SSM = 91,1

SSM strain AC : a = 18; b= 5; c=2; d= 9 maka nilai SSM = 79,4

SSM strain AE : a = 19; b= 4; c=3; d= 8 maka nilai SSM = 79,4

SSM strain BC : a = 19; b= 2; c=1; d= 12 maka nilai SSM = 91,1

SSM strain BD : a = 16; b= 5; c=6; d= 7 maka nilai SSM = 67,6

SSM strain BE : a = 15; b= 6; c=7; d= 6 maka nilai SSM = 82,3

SSM strain CD : a = 16; b= 4; c=6; d= 8 maka nilai SSM = 70,5

SSM strain CE : a = 16; b= 4; c=6; d= 8 maka nilai SSM = 70,5

SSM strain DE : a = 19; b= 3; c= 3; d= 9 maka nili SSM = 82,3

Tabel 3. Matriks simililaritas(%) berdasarkan perhitungan SSM

OTU

Strain A 100

Strain B 76,4 100

Strain C
79,4 91,1 100
Strain D
91,1 67,6 70,5 100
Strain C

Strain E 79,4 61,7 70,5 82,3 100

A B C D E

Tabel 4. Analisis pengklasteran

Clustering analisis dengan metode UPGMA (Average lingkage)

Similaritas (%) Strain

100 ABCDE
91,1 (AD) (BC) E
85,25 (ADE) (BC)
71,01 (ABCDE)
C. Kontrusksi dendogram

71,1 82,25 91,1

D. Analisis kofenetik korelasi

1.Matrik similaritas original (X)

Tabel 5. Matrik similaritas original

OTU

Strain A 100

Strain B 76,4 100

Strain C
79,4 91,1 100
Strain D
91,1 67,6 70,5 100
Strain C

Strain E 79,4 61,7 70,5 82,3 100

A B C D E
Tabel 6.

Matrik similaritas dari dendogram (Y)

A 100

B 76,4 100

C 79,4 91,1 100

D 91,1 67,6 70,5 100

E
79,4 61,7 70,5 82,25 100

A B C D E

Tabel 7. Analisis kofenetik korelasi

SSM X Y X2 Y2 XY
AB 76,4 71,02 5638,96 5043,8 5425,9
AC 79,4 71,02 6304,36 5043,8 5638,9
AD 91,1 91,1 8299,21 8299,21 8299,21
AE 79,4 82,25 6304,36 6765,06 6037,15
BC 91,1 91,1 8299,21 8299,21 8299,21
BD 67,6 71,02 4569,76 5043,8 4800,9
BE 61,7 71,02 3806,89 5043,8 4381,19
CD 70,5 71,02 4970,25 5043,8 5006,9
CE 70,5 82,25 4970,06 6765,06 5798,6
DE 82,3 82,25 6765,06 6765,06 6765,06

Jumlah 769,95 784,05 60126,28 62112,6 60453,02

Koefisien Korelasi (r)

 n ∑ XY −∑ X ∑ Y
koefisien korelasi(r)=
√ (n (∑ X )−(∑ X ) ¿.( n( ∑ Y )−(∑ Y ) ))
2 2 2 2

(10.60453,02)−(769,95.784,05)
¿
√ ¿¿ ¿

850,91
¿
√( 8459,8 ) (6391,6)
850,91
¿
√54071657,68
850,91
¿
73553,34

= 0,1157X100%

= 11,57 %

Berdasarkan hasi kofenetik bahwa dendogramnya di tolak karena hasilnya kurang dari 60%.

IV. Pembahasan

Taksospecies merupakan dua strain dianggap dalam satu kelompok species yang sama
karena memiliki indeks similaritas ≥70 %

Berdasarkan analisa data dapat diketahui bahwa dari kelima strain tersebut
mempunyai perbedaan yang dari berbagai unit uji karakter. Jika dilihat dari hasil tabel analisa
pengklasteran pada similaritas 100% strain A(Esherichia coli), B(Bacillus subtilis),C(
Staphylococcus aureus),D( Aeromonas) dan E ( BS2) masih terpisah artinya kelima strain
tersebut tidak terdapat persamaan yang siginifikan. Persamaan disini adalah persamaan dalam
hal unit karakter yang telah di ujikan antara lain ; morfologi

Dapat diketahui dari tabel,bahwa antara strain A dengan D (Escherechia coli dengan
Aeromonas) dan strain B dengan C(Bacillus subtilis dengan Staphylococcus aureus) pada
prosentase 91,1% indeks similaritas bergabung. Jika mengacu pada konsep
taksospecies,strain tersebut dapat dikatakan bahwa strain tersebut dianggap satu kelompok
species.

Kemudian pada prosentase 82,25% indeks similaritas antara strain A( Escherichia

coli), D (aeromonas ) dan E (Bs2 ) seperti halnya diatas, jika mengacu konsep taksospecies
dari ketiga strain tersebut dapat dianggap satu species. Sedangkna strarin B(Bacillus subtilis)
dan strain C( Staphylococus) masih belum bergabung, sehingga dari sini dapat diartikan
bahwa dari kedua strain tersebut mempunyai pebedaan yang mencolok. Namun pada
presentase 71,1% strain A,B,C,D, dan E dapat mengelompok. Sehingga jika berdasarkan
konsep taksopsecies strain A,B,C,D dan E dapat dianggap satu kelompok species.

Namun jika, setelah dilakukan analisis kofenetik korelasi. Dimana analisis ini
bertujuan untuk mengevaluasi dendogram. Sementara dendogram itu sendiri dipeoleh dari
hasil analisis pengklasteran. Diperoleh hasil 11,57 %, padahal syarat untuk dendogram
diterima jika hasil koefisien korelasinya sebesar ≥ 60%. Sehingga dapat disimpulkan bahwa
untuk dendogram tidak diterima karena prosentasenya kurang dari 60 %.

Jika mengacu pada nama strain yang di isolasi, misal pada strain A dengan D
(Escherechia coli dengan Aeromonas ) maka untuk dua species tersebut merupakan
mempunyai perbedaan yang mencolok. Jika dilihat dari genusnya. Untuk strain A genusnya
Escherechia,sedangkan untuk strain D genusnya Aeromonas. Sehingga dari sini dapat
diketahui bahwa antara tidak terjadi hubungan korelasi positif antara hasil pengklasteran dan
species/ isolat. Hal ini disebabkan oleh faktor human erorr. Artinya disini banyak terjadi
kesalahan dalam pengamatan.

Kesimpulan
 Diperoleh hasil 11,57 %, padahal syarat untuk dendogram diterima jika hasil
koefisien korelasinya sebesar ≥ 60%. Sehingga dapat disimpulkan bahwa untuk dendogram
tidak diterima karena prosentasenya kurang dari 60 %.

DAFTAR PUSTAKA

Brown, A. E. 2005. Benson’s Microbiological Aplication complate Version Laboratory

Manual in Gonoral Microbiology Ninth Edition. McGraw Hill Companies, inc,
1211, Avence of the Amonical. New York. Ny 10020

Harly, J. P. 2005. Laboratory Exorcises in Microbiology sixth Edition. McGraw Hill

Companies, inc, 1211, Avence of the Amonical. New York. Ny 10020.

Loy, B. W. 1994. Annalisis Mikrobia Di Lahro . Jakarta : PT Raja Grafindo Persada.

Priest, F & B. Austin. 1993. Modern Bacterial Taxonomy Second Edition. Champman
dan Hall. London.

Waluyo. 2008. Teknik Dan Metode Dasar Dalam Mikrobiologi. Malang : UMM Press.

http//www.mikrobiologi umum.com diunduh tgl.21 November 2009