MAKALAH

EVOLUSI GENOM




Untuk memenuhi tugas matakuliah Evolusi
yang dibina oleh Prof. Dr. agr. H. Mohamad Amin, S.Pd., M.Si



oleh:
Husamah
Purnamasari Widyastuti
Maulidin Alwi








UNIVERSITAS NEGERI MALANG
PASCASARJANA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
April 2013
1

BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Banyak hal yang masih dapat dipertanyakan atau dipersoalkan
sehubungan dengan teori evolusi biologis, antara lain bagaimana terjadinya
mahluk hidup dari benda mati, bagaimana mungkin proses evolusi itu dapat
berlangsung dari mahluk hidup berderajat rendah menjadi mahluk hidup lain yang
berderajat tinggi, bagaimana asal-usul manusia atau hal-hal lain yang sangat
sederhana misal proses evolusi yang bagaimana yang memungkinkan terjadinya
susunan kimiawi yang disebut klorofil atau hemoglobin. Evolusi merupakan kata
yang umum dipakai orang untuk menunjuk adanya perubahan, perkembangan atau
pertumbuhan secara berangsur-angsur.
Perubahan tersebut dapat terjadi karena pengaruh alam atau rekayasa
manusia. Teori evolusi sesungguhnya adalah sebuah hipotesis tentang asal-usul
mahluk hidup. Fakta bahwa banyak jenis mahluk hidup yang ada disaat sekarang
tidak dijumpai pada kehidupan di masa jutaan bahkan milyaran tahun yang lalu
(Widodo,2002) Organisme hidup yang ada di dunia ini sangat beragam, memiliki
system organisasi yang sangat komplek sehingga cenderung tidak mudah untuk
dianalisis, dan didiskusikan kecuali dengan cara deskriptif. Atas dasar inilah maka
dalam mempelajari system kehidupan ada kecenderungan orang membuat model
atau penyederhanaan (reduksi) kompleksitas obyek kajian. Tujuannya adalah agar
sistem organisasi kehidupan dapat lebih mudah diamati, dianalisis dan
didiskusikan untuk mengembangkan konsep-konsep baru. Melalui cara ini
berkembanglah bidang-bidang ilmu seperti Biologi sel, biokimia dan Biologi
Molekuler (termasuk di dalamnya genetika molekuler).
Dengan demikian teori evolusi pun tidak lepas dari sasaran kajian-kajian
bidang ilmu tersebut karena evolusi menyangkut konsep asal-usul kehidupan.
Biologi molekuler adalah bidang ilmu yang berkembang dari genetika molekuler
yang diperluas. Bahasan Biologi molekuler meliputi semua aspek proses hidup,
tidak saja hanya menyangkut sifat-sifat yang diturunkan melalui gen, melainkan
juga ekspresi dan pelaksanaan program-program kehidupan dalam proses
2

fisiologi, perkembangan reproduksi dan taksonomi sampai dengan bahasan
tentang adaptasi dan interaksi dengan spesies lain (Sumito,2002). Dengan
demikian biologi molekuler merupakan bidang kajian yang mengadung unsur
biokimia maupun biofisika dan hanya dapat dibahas dengan baik apabila cukup
memiliki penguasaan bidang biologi secara mendasar.
Hingga akhir-akhir ini, genom hanya dapat dipelajari secara tidak langsung,
digunakan sebagian dan terkadang tidak mewakili sekuen genom. Perkembangan
begitu pesat hingga tersedia sekuen genom lengkap. Genom organel yang pertama
menjadi sekuen; sekuen mitokondria lengkap yang pertama (~17.000 bp)
dikemukakan pada tahun 1981, dan genom kloroplas yang pertama (~156.000 bp)
pada tahun 1986. Sekuen genom lengkap pertama pada organisme yang hidup
bebas ialah eubacterium Haemophilus influenzae (~1.830.000 bp), diselesaikan
pada tahun 1995, diikuti pergantian cepat oleh sekuen lengkap archaeon,
Methanococcus jannaschii (~1.660.000 bp), dan 16 kromosom ragi uniseluler,
Saccharomyces cerevisiae (~12.000.000 bp). Genom organisme multiseluler
lengkap pertama, pada nematoda Caenirhabditis elegans (~97.000.000 bp), yang
dilaporkan pada tahun 1998, dan proyek genom untuk Drosophila melanogaster,
manusia, tikus, padi, dan jagung diharapkan akan dilengkapi di masa pada masa
yang akan datang. Dalam pembahasan kali ini dikhususkan, untuk mempelajari
evolusi genom secara sederhana dengan menggunakan sekuen genom.
Pembahasan yang akan disajikan berisi tiga topik yang berbeda. Topik yang
pertama evolusi genom. Topik yang kedua adalah ukuran genom, yang mana
sangat bervariasi antara organisme. Bagaimana variasi ini dipertahankan, dan
mekanisme apa yang dapat meningkatkan atau menurunkan ukuran genom dalam
menghasilkan variasi? Selain itu, juga dibahas terkait informasi genetik yang
termasuk di dalam genom. Dapatkah genom berisi banyak gen DNA, atau genom
terbuat dari sebagian besar sekuen nongenik? Apakah fraksi nongenik memiliki
fungsi, atau itu hanyalah sampah? Terdapat banyak pengulangan sekuen pada
genom dan jika demikian apa fungsi dan pola distribusi kromosom? Topik yang
terakhir, berkaitan dengan evolusi kode genetik.

3

B. RUMUSAN MASALAH
1. Bagaimanakah definisi dari evolusi genom?
2. Bagaimanakah penjelasan adanya variasi ukuran genom di antara
organisme?
3. Bagaimanakah penjelasan terkait dengan adanya peristiwa evolusi pada
kode genetik?

C. TUJUAN PENULISAN MAKALAH
1. Menjelaskan definisi evolusi genom.
2. Menjelaskan adanya variasi ukuran genom di antara organisme.
3. Menjelaskan adanya peristiwa evolusi pada kode genetik.


4

BAB II
PEMBAHASAN

A. Definisi Evolusi Genom
Sebelum sistem organisasi genom pada jasad yang mengalami evolusi akan
dibahas lebih lanjut, perlu dipaharni terlebih dahulu perbedaan pengertian antara
gen dengan genom. Gen adalah unit molekul DNA atau RNA dengan panjang
minimum tertentu yang membawa informasi mengenai urutan asarn amino yang
lengkap suatu protein, atau yang menentukan struktur lengkap suatu molekul
rRNA (RNA ribosom) atau tRNA (transfer RNA). Genom adalah satu kesatuan
gen yang secara alami dimiliki oleh satu set atau virus, atau satu kesatuan
kromosom jasad eukaryot dalam fase haploid. Dengan batasan semacam ini maka
dapat dimengerti bahwa sepotong molekul DNA yang tidak membawa informasi
genetik yang lengkap tidak dapat disebut Sebagai gen melainkan hanya sebagai
frogmen DNA, Demikian juga, sata kromosom suatu jasad yang mempunyai lebih
dari satu kromosom juga tidak dapat disebut sebaggi genom jasad tersebut
(Triwibowo Yunano, 2002) Keanekaragaman mahluk hidup yang ada di bumi
sekarang ini merupakan produk dari peristiwa alam yang melibatkan peranan gen
dalam mengontrol ekspresi gen sehingga menghasilkan sesuatu yang lebih
sempurna dan adaptif dalam kategori evolusi gen. Gen yang mengotrol
perkembangan berperan penting dalam pemunculan struktur baru akibat evolusi.
Gen yang memprogram perkembangan suatu organisme, mengontrol laju,
waktu dan pola perubahan spasial bentuk organisme ketika ia mengalami
perubahan bentuk dari zigot hingga dewasa. Evolusi struktur kompleks, seperti
sayap dan bulu dari struktur yang mendahuluinya memerlukan sangat banyak
tulang sehingga kemungkinan melibatkan sejumlah besar lokus gen. Pada kasus
lain, perubahan relatif sedikit dalam genom sudah dapat menyebabkan modifikasi
struktur yang penting. (Chambel, 1999). Bagaimana perubahan genetik yang
sangat sedikit dapat diperbesar sehingga menghasilkan perbedaan yang signifikan
pada berbagai organisme? Para sains yang bekerja di bidang antara biologi
perkembangan dan biologi evolusi sedang berada dalam proses menemukan
jawaban atas pertanyaan ini. Gen yang memprogram perkembangan suatu
5

organisme mengontrol laju, waktu, dan pola perubahan spasies bentuk organisme
ketika ia mengalami perubahan bentuk dari zigot hingga menjadi dewasa. Sebagai
contoh, pertumbuhan alometrik (Bahasa Yunani, iillos, yang lain, dan metrin,
ukuran), yaitu suatu perbedaan dalam laju penumbuhan relatif berbagai bagian
tubuh, membantu membentuk suatu organisme, Bagaimana pertumbuhan
alometrik mengubah perbandingan tubuh manusia selama perkembangan.
Mengubah sedikit saja laju pertumbuhan relarif ini sudah cukup untuk mengubah
bentuknya secara signifikan saat dewasa. Sebagai contoh, pola alometrik yang
berbeda turut mempengaruhi perbedaan yang mencolok antara bentuk tengkorak
manusia dan simpanse. Alometri merupakan salah satu mekanisme dari sedikit
perubahan pada perkembangan yang akan memberikan pengaruh yang sangat
besar pada masa dewasa. Selain mempengaruhi laju pertumbuhan, perubahan
genetik dapat juga mengubah pengaturan waktu peristiwa perkembangan itu
sendiri urutan bagian tubuh yang berheda multi dan berhenti berkembang.
Pada beberapa spesies, perubahan dalam waktu perkembangan
mengakibatkan pacdomorfosis (Bahasa Yunani, paedos, anak, dan morphfisis,
pembentukan), di mana suatu organisme yang secara seksual sudah dewasa
masih tetap mempertahankan sifat-sifat dan ciri yang sebenamya merupakan
struktur juvenil pada evolusioner tetuanya. Sebagai contoh, sebagian besar spesies
salamander melalui tahapan larva yang mengalami metamorfosis menjadi hewan
dewasa. Akan tetapi, banyak spesies tumbuh mencapai ukuran dewasa dan
menjadi dewasa secara seksual namun masih terap mempertahankan insang dan
ciri-ciri lain tertentu dari larva.
Perubahan evolusioner dari waktu perkembangan seperti itu dapat
menghasilkan hewan yang tampak sangat berbeda dari tetuanya, meskipun
keseluruhan perubahan generiknya mungkin lianya sedikit. Yang hampir sama
pentingnya dalam evolusi adalah homeosis, yaitu perubahan dalam apa yang
sering disebut para ahli biologi sebagai bauplan suatu organisme, rancangan dasar
tubuh, atau pengaturan spasial bagian-bagian tubuh. Kumpulan gen yang relatif
kecil berfungsi sebagai saklar utama perkembangan. Sebagai contoh, gen
homeotik memulai peristiwa perkembangan yang menentukan ciri dasar seperti
6

letak sepasang sayap dan sepasang kaki yang akan berkembang pada burung, dan
bagaimana bagian-bagian bunga tumbuhan diatur.
Pada banyak kasus, mutasi yang diinduksi secara eksperimental pada gen
homeotik menciptakan perubahan drastis dalam bauplan. Perubahan yang sama
dalam gen yang mengatur peristiwa perkembangan mungkin telah memainkan
peranan penting dalam sejarah evolusi. Sebagai contoh, sekkar 520 juta tahun
silam, duplikasi sekelompok gen homeotik yang disebut dengan kompleks Hox
mungkin telah menjadi peristiwa awal dalam asal mula vertebrata (hewan
bertulang belakang) dan invertebrata. Vertebrata memiliki banyak kumpulan
(cluster) gen homeotik ini, sementara sebagian besar invertebrata tampaknya
hanya memiliki satu kumpulan tunggal gen Hox.
Dalam penciptaan pemunculan struktur baru akibat evolusi, perubahan
dalam dinamika perkembangan, baik temporal (heterokroni) maupun spasial
(homeosis), sudah tidak diragukan lagi memainkan peranan penring dalam
makroevolusi. Suatu upaya pemberian yang bersemangat akan mernberikan
harapan kepada kita untuk menggali lebih banyak informasi mengenai kaitan dan
hubungan antara mutasi dalam gen yang mengatur perkembangan dan sejarah
evolusi. Nenek moyang vertebrata hipotesis (invertebrata) yang memiliki satu
kumpulan (cluster) Hox tunggal. Vertebrata awal hipotesis Duplikasi Hox untuk
pertama kalinya (sekitar 520 juta tahun silam) dengan dua kumpulan Hox
Duplikasi Hox untuk kedua kalinya (sekitar 425 juta tahun silam) Vertebrata
(berahang) dengan empat kumputan Hox. Sebagian besar invertebrata memiliki
sekumpulan (cluster) tunggal gen-gen homeotik (kompleks Hox), yang
ditunjukkan di sini sebagai kotak-kotak berwarna pada kromosom. Gen Hox akan
mengarahkan perkembangan bagian-bagian tubuh utama. Para peneliti menduga
bahwa suatu mutasi (duplikasi) pada kompleks Hox tunggal tersebut terjadi
sekitar 520 juta tahun silam dan kemungkinan telah menyediakan bahan genetik
yang berkaitan dengan asal mula vertebrata pertama.
Pada vertebrata awal, duplikat kumpulan gen itu kemungkinan mengambil
peran yang benar-benar baru, seperti mengarahkan perkembangan tulang
belakang, yang merupakan ciri khas vertebrata. Duplikasi kompleks Hox yang
kedua kalinya, yang menghasilkan empat kumpulan yang ditemukan pada
7

sebagian besar vertebrata, terjadi belakangan dan mungkin telah menyebabkan
terjadinya perkembangan rahang pertama dalam garis keturunan vertebrata.
Kompleks Hox vertebrata mengandung banyak gen yang sama, yang terdapat
hampir pada urutan yang sama dalam kromosom, dan mereka mengarahkan
perkembangan berurutan daerah tubuh yang sama pada hewan seperti yang
dilakukan kumpulan gen tunggal invertebrata, sehingga, kompleks Hox vertebrata
tampaknya homolog dengan kumpulan gen tunggal yang ada pada hewan
invertebrata.

B. VARIASI UKURAN GENOM DI ANTARA ORGANISME
1. Nilai C
Pada organisme haploid seperti bakteri, ukuran genom ditunjukkan oleh
total jumlah DNA di dalam genom. Pada organisme diploid ataupun poliploid,
ukuran genom didefinisikan sebagai jumlah DNA dalam genom haploid yang
tidak direplikasi, seperti halnya pada inti sperma. Ukuran genom juga disebut nilai
C, dimana C diartikan sebagai konstan atau karakteristik yang menunjukkan
kenyataan bahwa ukuran genom haploid menunjukkan variabilitas intraspesifik
yang kecil, yang cukup konstan dalam setiap satu spesies. Sebaliknya, nilai C
memiliki variasi yang luas dari spesies satu ke spesies yang lain baik pada
prokariot maupun eukariot.
Ukuran genom inti pada eukariot biasanya dalam satuan picograms (pg) dari
DNA (1pg=10
-12
g). Genom terkecil prokariot umumnya dinyatakan dalam satuan
dalton, suatu unit dari atom relatif atau massa molekul. Ukuran dari genom yang
masih tergolong terkecil, serta ukuran spesifik untaian DNA, lebih sering
dinyatakan dalam base pairs (bp) atau kilobase pairs (Kb) dari DNA atau RNA
untai ganda (1 Kb = 1000 bp). Sekuens genom yang lengkap biasanya dinyatakan
dalam megabase pairs (1Mb = 1000 Kb). Faktor konversi ini ditunjukkan dalam
Tabel 2.1.
Tabel 2.1. Faktor Konversi Ukuran Genom Organisme
Unit
Faktor Konversi
Picograms Dalton Base Pairs
Picogram 1 6,02 x 10
11
0,98 x 10
9

Dalton 1,66 x 10
-12
1 1,62 x 10
-3

Base Pair 1,02 x 10
-9
618 1
8

2. Evolusi Ukuran Genom pada Prokariot
Ukuran genom bakteri bervariasi berkisar antara 20-30 kali, dari yang
terlecil yakni 6x10
5
bp pada beberapa intraseluler parasit obligat, sampai lebih
dari 10
7
bp pada beberapa spesies cyanobakteri (Tabel 2.2). Mollicutes, yang tidak
memiliki dinding sel dan prokariot terkecil yang hidup bebas dan mampu
melakukan reproduksi sendiri, umumnya memiliki genom yang sangat kecil.
(Kelas Mollicutesterdiri darienammarga, di antaranya Mycoplasmaadalah yang
palingterkenal.Pada kenyataannya,istilah Mycoplasmasudah seringdigunakan
untuk menunjukkansemua spesiesmollicute).

Tabel 2.2 Kisaran Nilai C pada Beberapa Prokariot.


Genom terkecil yang kita ketahui adalah pada patogen urogenital
Mycoplasma genitalium, yang mengandung sekitar 470 gen pengkode protein, 3
gen rRNA spesifik, dan 33 gen tRNA spesifik. Gen pembawa informasi yang
terkandung dalam genom M. genitalium dipercaya hanya sedikit yang lebih besar
dari jumlah minimal yang dibutuhkan untuk kehidupan yang mandiri. Sejumlah
pada bakteri lain kurang lebih pada kisaran 500 hingga 8000 (kira-kira berkisar 20
kali). Dengan kata lain, variasi gen kira-kira hampir sama dengan variasi pada
nilai C.
Rata-rata ukuran gen pengkode protein pada bakteri adalah sekitar 1 Kb,
ukuran fraksi gen pada genom diperkirakan berkisar antara 500 Kb hingga sekitar
10
4
Kb. Kita dapat menyimpulkan bahwa prokariot tidak mengandung DNA
nongenik dalam jumlah yang besar. Memang, mayoritas sekuen pengkode protein
pada spesies bakteri lebih banyak mencapai 87-94% dari genom, sehingga fraksi
nongenik nampak sedikit lebih kecil. Kecuali hingga sampai saat ini ialah pada
9

genom intraseluler parasit Rickettsia prowazekii, yang mengandung 24% DNA
noncoding. Untuk eubakteria mempunyai sekuens yang lengkap, ini
memungkinkan untuk memperhitungkan korelasi antara ukuran genom dan
jumlah genom (Gambar 2.1). Korelasiyang hampir sempurnamenunjukkanbahwa
variasipada ukuran genombakteridapat sepenuhnyadijelaskan
olehjumlahgen.Korelasi yang sama nampak pada Archaea, tetapi saat ini data
sangat terbatas untuk menggambarkan kesimpulan pastinya.

Gambar 2.1. Hubungan antara jumlah gen dan ukuran genom pada sekuen lengkap
spesies eubakteria dengan 12 genom sirkuler dan satu genom linier.

Genom bakteri dibagi menjadi 3 fraksi yaitu (1) DNA kromosomal, (2)
DNA yang berasal dari plasmid, dan (3) transposableelements. Fraksi
kromosomal mengandung gen pengkode protein yang dibutuhkan untuk
pertumbuhan dan fungsi metabolisme (90-95%), pengaturan jarak dan jenis sinyal
(~5%), gen spesifik RNA (~1%), dan jumlah dari sekuen berulang, umumnya
pada urutan panjang beberapa pasang basa. Beberapa bakteri mungkin membawa
plasmid sebagai elemen genetik ekstrakromosomal. Pada beberapa contoh, gen
diturunkan dari plasmid yang ditemukan menyatu pada koromosom bakteri.
Transposable elements umunya merupakan komponen dari genom bakteri.
Sebagai contoh, wild strain dari Eschericia coli mengandung 1-10 kopi pada
paling sedikit dari 6 tipe yang berbeda dari sekuen insersi (penyisipan). Fraksi
nongenik dari genom (mencakup sekuen insersi, termasuk plasmid dan
bekteriofag yang diturunkan dari gen) nampak pada satu urutan yang ukurannya
lebih kecil dari fraksi kromosom. Yang lebih menarik, pada semua spesies bakteri
yang memiliki sekuen genom yang lengkap, kami juga menemukan petunjuk
untuk gen fungsional yang ditemukan melalui transfer gen horisontal. Pada
10

banyak kasus, transfer gen horisontal telah disimpulkan melalui daerah unik
kandungan GC dan pemanfaatan kodon.
Distribusi dari ukuran genom pada bakteri adalah diskontinu, menunjukkan
ujung mayor dengan nilai berkisar antara 0,8 x 10
6
, 1,6 x 10
6
, dan 4,0 x 10
6
bp,
dan beberapa ujung minor pada 7,2 x 10
6
dan 8,0 x 10
6
bp. Distribusi ini
membawa Roley dan koleganya untuk mengusulkan bahwa genom yang besar
seperti pada E. coli dapat berkembang dari genom kecil melalui siklus yang
berurutan pada duplikasi genom. Meskipun begitu, ukuran genom sudah
terakumulasi. Ujung pada distribusi ini cenderung menghilang. Namun,
karenalebih banyak data padaukurangenom yang diakumulasi, puncak dalam
distribusicenderungmenghilangsebagaikesenjangan dalamdistribusi,dalam
serangkaianstudiyang lebih baru,labedandan rileytidak menemukan adanya
buktiuntukduplikasi genomdalamevolusisejarahE. coli.Saat ini, hanya bakteri
gram-negatif yang menunjukkandistribusidiskontinu.
Semenjak dikemukakan pembahasan antara ukuran genom dan filogeni
bakteri, hal ini mendukung bahwa bertambahnya ukuran genom secara
berkelanjutan terjadi pada garis keturunan bakteri (Wallace dan Morowitz 1973).
Penggunaan filogeni bakteri sebagai dasar untuk membandingkan sekuen rRNA,
Herdman (1985) menghubungkan perubahan dalam ukuran genom yang
dipergunakan dalam sejarah filogeni. Hasil penyelidikan ini mengindikasikan
bahwa bertambahnya ukuran genom terjadi secara independen atau bebas pada
beberapa garis keturunan bakteri. Menariknya, bahwa banyak pertambahan
ukuran genom terjadi secara kebetulan pada beberapa garis keturunan bakteri dan
pada spesifik waktu yang lain dari sejarah evolusi di planet, yakni pada saat
jumlah oksigen di atmosfer bumi tidak dapat diperkirakan, kira-kira 1,8 milyar
tahun yang lalu.
Distribusi ukuran genom pada bakteri dapat dijelaskan melalui kombinasi
beberapa proses: (1) banyak gen independen dan duplikasi operon, (2) delesi
dalam skala kecil dan insersi, (3) transposisi duplikatif, (4) transfer horisontal gen
terutama dari plasmid dan bakteriofag, tetapi juga dari spesies lain, dan (5)
hilangnya ujung masif DNA dalam sebagian besar parasit.

11

3. Genom Minimal
Pencarian genom dari wujud replikasi autonom terkecil telah dimulai pada
akhir 1950an oleh Morowitz dan rekannya. Dimulai dengan mempelajari
Mollicutes, yang mana merupakan organisme seluler dengan genom terkecil dan
jumlah gen terkecil di alam. Tidak ada bukti, bagaimanapun juga bahwa468gen
pengkode proteindalam M.genitaliumbenar-benar mewakilikebutuhanminimal
untukmempertahankanhidup.Ada kemungkinan bahwaderajat
tertenturedundansigenetikada bahkandalam genomyang palingefisien.Berikut
iniakandijelaskan duapendekatan untukmenyimpulkansetgenminimal
untukkehidupanselular.
a. Pendekatan Analitis
Perkiraan awalkomplemengenminimaldilakukandengan
mengidentifikasihimpunan semuagenortologyang umum
untuksekelompokorganisme. Salah satu contohnya, mengenai
perbandinganproteomesE. coli, H. influenzae,dan M.genitalium, ditunjukkan pada
Gambar2.2.Dari perbandingan, dapat disimpulkan perkiraan gen
minimalialah239gen.

Gambar 2.2 Diagram venn ortolog yang umum untuk gen pengkode proteinantara
tigaspesiesbakteri.M.genitaliumdan H.influenzaememiliki240kesamaan
orthologs,M.genitaliumdan E.coli memiliki257,dan H.influenzaedan E.
colimemiliki1,128. Terdapat 239orthologsyang umum untukketigaspesies.

Dalam penambahan pada gen pengkode protein, pada beberapa gen vital
harus disertakan perangkat minimal. Gen ini tidak dapat diidentifikasi pada tahap
pertama analisis karena adanya fenomena pemindahan gen nonorthologous,
yang salah satu bentuk konvergen fungsionalnya terbawa ketika digunakan dalam
protein yang tidak mempunyai hubungan untuk menunjukkan beberapa fungsi
12

yang vital (Gambar 2.3). Sebagai contoh, fungsi dari enzim glikolitik pada mutasi
phosphoglycerate yang dilakukan pada bakteri yang berbeda pada dua jenis
protein yang tidak mempunyai hubungan satu sama lain. Salah satunya dikode
oleh gen gpm dan itu merupakan 2,3-biphosphoglycerate-dependent, dan yang
lain dikode oleh yibO dan itu merupakan 2,3-biphosphoglycerate-independent.
Pada M. genitalium fungsi mutasi phosphoglycerate ditunjukkan oleh produk gen
yibO, sedangkan dalam H. influenzae fungsi yang sama ditunjukkan oleh protein
yang dikode gen gpm. Karena dua mutasi phosphoglycerate yang tidak
berhubungan ini terletak pada sekuennya sendiri, perpotongan dua perangkat
proteom tidak mengandung keduanya, meskipun begitu fungsi katalitiknya itu
kemungkinan diperlukan untuk hidup. Kira-kira dua dosin gen diketahui
dilibatkan dalam pemindahan gen nonorthologous, dan itu ditambahkan untuk
awal perangkat minimal.

Gambar 2.3 Sebuah skenariohilangnyagen diferensialuntukperpindahangennonortholog.
Berasal dari nenek moyang yang memiliki duaprotein(lingkarandan
segitiga) melakukan fungsiserupa. Pengkodeangensalah satu dari
merekahilang dalamketurunan1, sedangkanyang lainnyahilang
dalamketurunan2.hasilnya adalahkonvergensifungsional

Akhirnya, gen yang muncul khusus pada bakteri parasit atau gen yang
menunjukkan fungsi redundan telah dipindah, yang menunjukkan bahwa gen
minimal pada bakteri itu adalah 256 gen.
Dari pendekatan ini, perangkat gen minimal yang telah ditemukan
mencakup: (1) sebuah sistem yang hampir sempurna dari translasi; (2) mesin
replikasi DNA yang hampir lengkap; (3) sebuah perangkat dasar dari gen untuk
rekombinasi dan perbaikan DNA; (4) sebuah perangkat transkripsi yang terdiri
13

dari empat unit RNA polimerase; (5) seperangkat besar protein penjaga; (6)
sedikit gen pengkode protein yang terlibat dalam metabolisme anaerob; (7)
beberapa gen yang mengkode enzim untuk lemak dan biosintesis kofaktor; (8)
beberapa protein transport pada transmembaran; dan (9) seperangkat dari 18
protein yang tidak diketahui fungsinya. Yang perlu diperhatikan pada perangkat
minimal ini tidak mengandung mesin esensial untuk biosintesis asam amino dan
nukleotida, yang sebelumnya dipercaya harus sudah didapatkan dari lingkungan
dalam bentuk siap pakai.
b. Pendekatan Eksperimental
Sebuah pendekatan eksperimental untuk masalah genom dengan 79 lokus
pengkode protein terpilih secara acak pada bakteri gram positif Bacillus subtilis
yang keluar melalui mutagenesis (Gambar 2.4). Mutasi yang hanya pada 6 dari
semua lokus membuat B. subtilis tidak mampu tumbuh dan membentuk koloni,
selama mutan istirahat 73 lokus mempertahankan kemampuannya untuk
membelah. Hanya tiga dari enam lokus keluar mengkode protein yang telah
diidentifikasi secara jelas fungsinya. Ini adalah dnaA dan dnaB, yang terlibat
dalam inisiasi pada replikasi DNA, dan rpoD, yang merupakan bagian hasil dari
sintesis RNA.

Gambar 2.4 Lokasi genomikdari79lokusyang dipilih secara acak(baris) dalamBacillus
subtilisyang telahtersingkir olehmutagenesis. Enamlingkaranyang
solidmenunjukkanlokusyang sangat diperlukan, tiga yang teridentifikasi

Untuk memastikan keluarnya gen yang tidak mempengaruhi pertumbuhan
berlebihan yang bukan famili multigen, bakteri juga menunjukkan berbagai
14

mutasi. Menariknya,bahkan ketika33lokusyangtidak mampusecara simultan,
bakteri dan turunannyamempertahankankemampuan mereka untukmembentuk
koloni. Maka, 73 dari 79 gen diduga benar-benar tidak diperlukan, selama hanya
sekitar 7,5% genom dianggap diperlukan. Panjang genom B. subtilis adalah 4,2 x
10
6
bp, dan diasumsikan bahwa perbandingan genom yang diperlukan dibanding
gen yang tidak diperlukan adalah sama, panjang genom yang diperlukan
diperkirakan mencapai 4,2 x 10
6
x 0,075 = 3,2 x 10
5
bp. Memakai 1,25 Kb
sebagai ukuran rata-rata dari gen pengkode protein, kita peroleh sebuah perkiraan
perangkat minimal gen dari 320.000/1.250 = 254 gen. Mengingat bahwaanalitis
danpendekataneksperimentalmenggunakanmetodologidan data yang tidak
terkait,kesesuaian antarakedua hasil tersebut sangatlah menakjubkan.

4. Miniaturisasi Genom
Beberapa kesimpulan umum telah dicapai pada pokok bahasan evolusi
morfologi. Pada perbandingannya, salah satu aturan terkecil yang jelas dapat
disimpulkan mencakup pengaruh dari tidak digunakannya tingkatan molekuler:
reduksi drastis pada ukuran genom (miniaturisasi genom) selalu diasosiasikan
dengan kehilangan fungsi. Khususnya, bentuk hidup parasit atau endosimbiotik
yang ditemukan mempengaruhi ukuran genom secara mendalam dan jika kita
melihat sebelumnya, genom bakteri terkecil yang dimiliki oleh parasit
endoseluler.
Miniaturisasi genom mungkin terjadi melalui dua proses: transfer gen atau
gen yang hilang. Penjelasan berikutnya terkait dengan reduksi ukuran genom yang
dikarenakan endosimbiosis dan parasit secara terpisah.
a. Reduksi Ukuran Genom yang Mengiringi Endosimbiosis
Miniaturisasi menyeluruh pada genom mengikuti kejadian endosimbiosis
yang memunculkan peristiwa pada mitokondria dan kloroplas. Beberapa organela
kemungkinan redundan dan hilang tanpa adanya penggantian melalui delesi;
lainnya ditransfer secara massal menuju genom inti. Sebagai contoh, inti genom
yeast mengandung sekitar 300 gen pengkode protein yang fungsinya secara
khusus pada mitokondria. Genom mitokondria ini, hanya mengandung 8 gen
pengkode protein. Kiranya, beberapa gen inti yang menghasilkan fungsi dalam
15

mitokondria dahulu merupakan bagian genom mitokondria, yang saat ini kapasitas
kodenya sangat terbatas. Meskipun genom mitokondria dengan kapasitas kode
terbesar, pada flagela heterotrop Reclimonas americana, hanya mengandung 62
gen pengkode protein, jauh lebih kecil dari jumlah gen yang dibutuhkan untuk
kehidupan.
Selain mitokondria dan kloroplas, banyak organela eukariotik lain yang
diturunkan melalui endosimbiosis di antara organisme independen. Margulis, dkk
(1979) mengusulkan bahwa flagel, silia, dan organel yang lain dari sel motil
diturunkan dari spirochetes yang lalu diasosiakan bersimbiosis dengan nenek
moyang eukariot. Jikausulan tersebutternyatabenar, makaorganeliniharustelah
mengalamiminiaturisasi genom maksimalyaitu, mereka telah kehilanganseluruh
genommereka.
Contoh menarik reduksi genom yang mengikuti endosimbiosis mencakup
Chlorarachniophyta, sekelompok amoeba berflagel yang memperoleh kapasitas
fotosintesis dengan menelan dan mempertahankan flagel alga hijau (kelas
Ulvophyceae). Alga endosimbian mempertahankan kloroplas, nukleus,
sitoplasma, dan membran plasma. Sisa nukleus, yang disebut nukleomorph,
mengandung tiga kromosom linear kecil dengan jumlah total ukuran genom
haploid sekitar 380.000 bp, yang diketahui sebagai genom eukariot terkecil.
Genom nukleomorph merupakan intisari dari kepadatan: ruangrata-rata
antaragenyang berdekatanlebih65bp, beberapa gen tumpang tindihdan
lainnyaditranskripsi, dan gentersebut
tergangguolehintronspliceosomalterkecilyang pernah ditemukan (18-20 bp).
Seperti yang diharapkan,sebagian besarproteindalamendosimbionakan diimpor
darihost.
b. Reduksi Ukuran Genom pada Parasit
Parasitisme melibatkan hubungan yang intim antara dua organisme: sebuah
inang yang menyediakan banyak keperluan metabolik dan fisiologis bagi yang
lain, yaitu yang memparasit. Parasitisme selalu mengakibatkan kehilangan fungsi
genetik pada parasit dan sebagai akibatnya reduksi pada ukuran genom. Sebagai
contoh, tumbuhan Epiphagus virginiana, sebuah parasit nonfotosintesis keluarga
dari lavender, basil, dan catnip, yang mempunyai genom kloroplas sangat kecil
16

(~70.000 bp) yang mengandung hanya 42 gen. Dapat dipahami, semua gen untuk
fotosintesis dan klororespirasi tidak tersedia. Belum jelas, mengapa semua
kloroplas yang dikode gen RNA polimerase, gen pengkode protein ribosom dan
banyak gen sepesifik tRNA yang akan hilang.
Sebelumnya, parasit seluler dari Mycoplasma genitalium diiringi dengan
miniaturisasi genome akibat kehilangan gen. Namun, harga genomik dalamarah
yang berlawananyang harus dibayaruntuk mempertahankanparasitisme:
Selaingen.yaitu,sejumlah besargenyang unik dalamMycoplasmayang dikhususkan
untukpengkodean adhesins(proteinadhesif), lampiran organel,dan permukaan
membran yang bervariasi terhadap antigendiarahkanmenghindari sistemimun.

5. Ukuran Genom pada Eukariot dan Nilai C Paradox
Nilai C pada eukariot biasanya lebih besar daripada prokariot, tetapi ada
pengecualian. Contohnya, yeast S. cerrevisiae mempunyai genome yang
ukurannya hampir sama dengan beberapa bakteri gram positif, seperti
Streptomyces coelicolor dan S. rimosus, dan lebih kecil dari kebanyakan spesies
Cyanobacteria terutama genus Calothrix. Namun,
karenagenomintieukariotikberasal dari replikasi
gandasementaraprokariotasekiranyahanya memiliki satu, eukariota
dapatmengalami replikasi DNA dalam jumlah yang lebih besar dari DNAtiap
satuan waktudaripadaprokariota.
Variasi nilai C dalam eukariot jauh lebih besar daripada bakteri, dari 8,8 x
10
6
bp sampai 6,9 x 10
11
bp, kira-kira 80.000 kali lipat (Tabel 2.3). Protista
uniseluler, terutama amoeba sarcodine menunjukkan variasi nilai C yang terbesar
melebihi kisaran 20.000 kali lipat. Dalam perbandingannya, rentangan dari nilai C
pada seluruh kingdom animalia, dari porifera sampai manusia, kira-kira hanya
3.000 kali lipat. Tiga kelas amniota (mamalia, burung, dan reptilia) tidak termasuk
diantara eukariot dalam variasi ukuran genom mereka yang kecil (hanya sampai
empat kali lipat). Untuk kelas yang lain, dari data nilai C yang ada, menunjukkan
variasi minimal 100 kali lipat.


17

Tabel 2.3 Kisaran Nilai C pada Beberapa Kelompok Eukariot
Takson Genome Size Range (Kb)
Ratio
(Highest/Lowest)
All Eukaryotes 8,800-686,000,000 77,955
Alveolata 23,500-201,000,000 8,553
Apicomlexians 9,400-201,000,000 21,383
Ciliates 23,500-8,620,000 367
Dinoflagellates 1,370,000-98,000,000 72
Diatoms 35,300-24,500,000 694
Amoebae 35,300-686,000,000 19,433
Euglenozoa 98,000-2,350,000 24
Fungi 8,800-1,470,000 167
Animals 49,000-139,000,000 2,837
Sponges 49,000-53,900 1
Cnidarians 323,000-715,000 2
Aschelminthes 80,000-2,450,000 31
Annelida 882,000-5,190,000 6
Mollusks 421,000-5,290,000 13
Crustaceans 686,000-22,100,000 32
Insects 98,000-7,350,000 75
Echinoderms 529,000-3,230,000 6
Non-vertebrate chordates 157,000-1,470,000 9
Agnathes 637,000-2,790,000 4
Elasmosbranch 1,470,000-15,800,000 11
Bony Fishes 340,000-139,000,000 409
Amphibians 931,000-84,300,000 91
Reptiles 1,230,000-5,340,000 4
Birds 1,670,000-2,250,000 1
Mammals 1,700,000-6,700,000 4
Monotremes 3,470,000-3,700,000 1
Marsupials 3,470,000-4,560,000 1
Placentals 1,700,000-6,700,000 4
Plants 50,000-307,000,000 6,140
Algae 80,000-30,000,000 375
Pteridophytes 98,000-307,000,000 3,133
Gymnosperms 4,120,000-76,900,000 17
Angiosperms 50,000-125,000,000 2,500

Menariknya, variasi interspesifik yang sangat besar dalam ukurangenom
diantara eukariotiktampaknyatidak
berhubungandengankekompleksanorganismeatau jumlahkemungkinangen yang
dikode olehorganisme. Contohnya, beberapa protozoa uniseluler memiliki lebih
banyak DNA daripada mamalia, yang diperkirakan lebih komplek. Organisme
yang memiliki kemiripan morfologi dan anatomi yang komplek (bawang dan lili,
18

Paramecium aurelia dan P. caudatum) menunjukkan luasnya perbedaan nilai C
(Tabel 2.4). Kurangnya kecocokan antara nilai C dan banyaknya perkiraan dari
informasi genetik membuat genom menjadi lebih dikenal dalam literatur sebagai
nilai C paradox. Nilai C paradox juga terbukti dalam perbandingan beberapa
spesies (spesies yang morfologinya sangat mirip antara yang satu dengan yang
lain sehingga tidak dapat dibedakan fenotipnya). Pada protista, ikan bertulang,
amfibi dan tanaman bunga, beberapa spesies tertentu memiliki perbedaan nilai C
yang besar. Spesies yang sesaudaramemiliki banyak perbedaan dalamnilaiC,
meskipunmenurut definisitidak ada perbedaandalam
kompleksitasorganismik.Karena itu tidak dapat diasumsikan
bahwaorganismememilikiDNAkurangdari jumlah yang dibutuhkanuntuk fungsi-
fungsivitalnya, harusnya dijelaskan mengapatampaknyabegitu banyak
spesiesmengandungkelebihanDNA yang cukup besar.
Pertanyaan pertama untuk mengklarifikasi apakah ada hubungan antara
ukuran genom dengan jumlah gen. Dengan kata lain, perbedaan khusus dalam
ukuran genom dapat disebabkan oleh DNA genik dan DNA nongenik? Jika
variasi nilai C disebabkan oleh gen, maka variasi nilai C dapat dibedakan ke
dalam 1). Jumlah protein-pengkode gen, 2). Ukuran protein, 3). Ukuran protein-
pengkode gen, 4). Jumlah dan ukuran gen lain dari protein pengkode.
Tanpa adanya penentuan sekuen genomyang sepenuhnya,
pemastianjumlahgen dalamspesies adalahtugas yang sangat sulit. Pada gen
pengkode protein, dilakukan dengan menggunakan elektroforesis gel dua dimensi,
protein dipisahkan oleh tekanan pada dimensi pertama dan oleh titik isoelektrik
(pH pada protein tidak bermuatan) pada dimensi kedua. Hasilnya adalah
kumpulan bintik yang ukurannya berbeda-beda yang tersebar ke seluruh gel.
Jumlah bintik tersebut akan membantu kita dalam memperkirakan jumlah protein
dalam sebuah sel. Pada kenyataannya pemisahan tersebut sulit terjadi, biasanya
bintik yang terbentuk biasanya kurang jelas atau suram. Jumlah gen yang
ditentukan dengan metode ini biasanya diremehkan. Contohnya, jumlah protein-
pengkode gen pada S. cerrevisiae telah diperkirakan dengan elektroforesis dua
dimensi sekitar 3.000. Jumlah protein-pengkode gen bisanya dikenali dalam
unting genom lebih dari dua kali (sekitar 6.200 gen). Meskipun demikian kita
19

tetap menggunakan perkiraan yang berasal dari beberapa metode untuk
menyamakan tujuan, kita juga dapat menggunakan jumlah ini sebagai indikator
relatif dari jumlah gen yang benar.

Tabel 2.4 Nilai C Beberapa Organisme Eukariot yang Diurutkan Berdasarkan
Ukuran Genom

Jumlah protein pengkode gen pada eukariot biasanya hampir melebihi 50
kali lipat. Variasi ini tidak cukup jelas untuk menjelaskan mengenai 80.000 kali
20

lipat variasi dalam DNA inti. Jumlah gen berkorelasi positif dengan kompleksitas
sedangkan ukuran genom tidak. Kompleksitas adalah variabel yang sulit
didefinisikan, variasi khusus pada rantai molekul mRNA menjelaskan tentang
nilai C paradox. Sementara perbedaan kecil pada daerah pengkode dan non-
pengkode diantara organisne yang berbeda, tidak ada hubungannya dengan
panjang gen dan ukuran genom. Contohnya mRNA hanya sedikit lebih panjang
pada organisme multiseluler daripada protista (1.400-2.200 bp dibanding 1.200-
1.500 bp). Meskipun demikian organisme dengan genom yang lebih besar tidak
selalu menghasilkan protein yang lebih besar. Perbedaan pada ukuran gen
(panjang intron dan daerah non-kode lainnya) tidak dapat menunjukkan jumlah
variasi pada ukuran genom. Gen hewan 3-7 kali lebih panjang dibandingkan
panjang rata-rata gen protista dan gen dari vertebrata 2-4 kali lebih besar daripada
semua invertebrata, tidak ada hubungan antara ukuran genome dan rata-rata
panjang gen.
Mengenai jenis lain dari DNA genik, berkorelasi positif antara duplikat dari
beberapa RNA-gen spesifik dan ukuran genom. Korelasi tersebut tampak pada
ukuran genom dan jumlah copian dari gen yang tidak diterjemahkan yang terlibat
dalam replikasi kromosom segregasi, dan rekombinasi selama miosis dan mitosis.
Meskipun demikian gen hanya menyusun fraksi dari genom, misalnya variasi
pada jumlah RNA-gen spesifik dan gen yang tidak diterjemahkan tidak dapat
menjelaskan adanya variasi pada ukuran genom.
Cara lain untuk membandingkan jumlah gen antara dua genom adalah
membandingkan polysomal polyadenilated RNA complexity. Panjang total dari
berbagai molekul mRNA dihasilkan oleh suatu jaringan khusus. Perbandingan ini
juga menunjukkan tidak adanya korelasi antara jumlah gen dan ukuran genome.
Contohnya polysomal RNA complexity pada hati ayam adalah 2 x 10 nukleotida,
sedangkan polysomal RNA complexity pada hati tikus adalah setengah dari
jumlah pada hati ayam, walaupun pada kenyataannya ukuran genom pada tikus
lebih dari dua kali ukuran genom ayam.
Ringkasnya,fraksiDNAnongenicsebagai pelakutunggal untuknilai C
paradoks. Dengan kata lain,sebagian besardari genomeukariotikterdiri dari
DNAyang tidak mengandunginformasi genetik. Telah diperkirakanbahwajumlah
21

DNAnongenicpergenombervariasipada eukariotik sekitar 3.0 x 10
3
Kb sampai 10
8

Kb (kisaran 300.000 kali lipat) dan tersusun kurang dari 30% sampai 99,998%
dari genom.
Dalam upayauntuk menjelaskankeberadaansejumlah
besarDNAnongenicdalam genomeukariota, pertama kita harus berurusan
denganproses yang dapatmembawapeningkatanukurangenom.Kita
membedakanantara dua jenispeningkatangenom: (1) kenaikan global, di mana
seluruh genomeatau bagianutama dari itu, seperti kromosom,diduplikasi, dan
(2)peningkatandaerah,di manaurutan
tertentudilipatgandakandenganmenghasilkanDNA berulang.
a. Poliploidi
Sejak genom eukariot bertambah besar secara signifikan daripada semua
bakteri, evolusi eukariot dari prokariot sebagai nenek moyangnya telah
menyebabkan pertambahan ukuran genom. Adabeberapamekanisme molekulerdi
mana dapat menyebabkan peningkatan ukurangenom. Salah satunya adalah
mekanisme polyploidisasi, penambahan satu set kromosom atau lebih. Satu
organisme yang memiliki sel mengandung 4 copian dari autosom lain dinamakan
tetraploid, satu dengan enam copian dinamakan hexaploid dan seterusnya. Gamet
dari organisme polyploid tidak haploid, dan gamet dengan jumlah autosom ganjil,
misalnya tanaman pisang triploid (Musa acuminata) tidak dapat mengalami
meiosis dan reproduksi seksual.
Ada dua tipe utama dari polyploidy: allopolyploidy keadaan yang muncul
dari turunan kromosom tertentu dan autopolyploidy pembelahan berkali-kali dari
serangkaian kromosom dasar. Allopolyploidy umumnya terdapat pada tanaman.
Contohnya gandum (Triticum aestivum) adalah sebuah allohexaploid yang terdiri
dari tiga set kromosom yang berasal dari tiga macam spesies diploid (Aegilops).
Pada bagian ini kita dapat menemukan adanya autotetraploidy (tetraploid
sederhana), juga disebut dengan duplikasi genom atau genom ganda.
Penggandaan genom terjadi sebagai akibat dari kurangnya pemisahan kromosom
betina selama replikasi DNA.
Tetraploid adalah mutasi yang sering terjadi di alam. Sebenarnya tetraploid
somatik dijumpai hampir pada seluruh organisme, meliputi protista, alga,
22

tumbuhan, moluska, insekta, dan mamalia. Meskipun demikian dalam sejarah
evolusi sangat jarang sekali tetraploid yang dapat bertahan hidup. Alasannya pada
beberapa kasus tetraploid bersifat merugikan dan akan diseleksi lebih ketat lagi.
Pengaruh yang merugikan tersebut meliputi: 1) semakin lamanya waktu
pembelahan sel, 2). Pertambahan volume nukleus, 3). Pertambahan jumlah
kromosom yang memisah selama meiosis, 4). Ketidakseimbangan genetik, 5).
Percampuran diferensiasi seksual terjadi saat jenis kelamin suatu organisme
ditentukan oleh sebab lain di antara jumlah kromosom kelamin dan jumlah
autosom (pada Drosophila) atau oleh urutan poliploid (pada Hymenoptera).
Pada beberapa kasus, tetraploid (tingkat poliploid yang lebih tinggi) tampak
tidak berpengaruh pada fenotip, contohnya diploid dan poliploid spesies
Chrysantemum mengalami perubahan jumlah kromosom dari 18 sampai 198,
meskipun demikian kebanyakan dari mereka tidak dapat dibedakan antara yang
satu dengan yang lainnya. Keadaan yang sama juga ditemukan pada roses (Rosa),
katak leptodactyl (Odontophrynus), dan ikan emas (Carasius). Kejadian
mengejutkan pada beberapa kasus kejadian tertraploidisasi mungkin
menguntungkan. Pada tanaman, contohnya, poliploidi mengurangi hibrid yang
tidak subur. Dan pada beberapa kasus tanaman yang habitatnya di tepi dapat
bereproduksi melalui penyerbukan sendiri.
Baru-baru ini terbentuk tetraploid. Salah satunya tidak dapat dikatakan
sebagai pertambahan nilai C, sejak nilai ini diwakili oleh ukuran genom haploid
dan tidak tergantung pada tingkat poliploid. Meskipun demikian, sebagai dua
genom yang tidak mengalami mutasi, translokasi, pengaturan kromosom, dan
perubahan jumlah kromosom, mereka mungkin akan menjadi sebuah genom
tunggal yang baru, keadaan tersebut dinamakan cryptopoliploid. Dengan kata lain
poliploid purba menjadi berbeda dengan diploid. Cryptopoliploid menjelaskan
jumlah dari variasi ukuran genom pada tanaman, amfibi, dan ikan bertulang
(Tabel 2.3).
Distribusi polymodal dari ukuran genom telah terdaftar pada beberapa
kelompok eukariot. Hal ini terdapat pada monokotiledon dimana ukuran genom
menunjukkan suatu distribusi polymodal dengan puncak pada 0,60 x 10
6
, 1,18 x
10
6
, 4,51 x 10
6
, dan 8,53 x 10
6
Kb (gambar 2.5). Distribusi yang sama telah
23

diamati pada echinodermata, serangga, dan fungi, dan jumlahnya lebih kecil
daripada dalam amfibi dan ikan bertulang. Penggandaan genom tampak menjadi
mekanisme utama dari evolusi dalam ukuran genom pada eukariot. Lingkaran lain
dari penggandaan genom akan melibatkan sebagian kecil DNA yang hilang,
seperti jumlah DNA setelah lingkaran lain ditambahkan oleh faktor ringan yang
lebih kecil dari dua.
Genom mamalia kira-kira 1.000 kali lebih besar daripada genom bakteri dan
diasumsikan bahwa genom duplikat jarang terlibat dalam perbesaran genom, kita
dapat menyimpulkan bahwa kira-kira hanya sepuluh lingkaran genom duplikat
yang diperlukan untuk memperbesar genom dari ukuran bakteri primordial.
Duplikat genom terjadi rata-rata sekali setiap 300-350 juta tahun. DNA
menyebabkan pertambahan dalam kelangsungan model oleh penambahan
potongan kecil dari DNA, dapat diartikan dari transposisi atau pindah silang,
kemudian genom berkembang dari ukuran bakteri ke ukuran mamalia seharusnya
mendekati 6-7 nukleotida per tahun. Meskipun genom ganda dan penambahan
nukleotida bukan proses yang saling menguntungkan.

Gambar 2.5 Distribusi frekuensiukurangenomdalam 80spesiesrumput (FamilyPoaceae).
Puncakdalam distribusimultimodalditandai dengan anak panah.Diketahui
bahwaabsisadalahdalam skalalogaritmik.

Selama polyploidisasi, hilangnya gen duplikat terjadi sangat cepat. Contoh
yang umum adalah gandum Triticumaestivum merupakan allohexaploid yang
yang ada sekitar 10.000 tahun yang lalu. Dalam waktu yang singkat beberapa
lokus rangkap tiga telah menghilang. Aragoncillo diperkirakan merupakan bagian
24

dari enzim yang dihasilkan oleh lokus triplet, duplet, dan tunggal pada gandum
masing-masing 57%, 25%, dan 18%.
Poliploidi merupakan suatu faktor penting dalam spesiasi. Khususnya
reproduksi seksual autotetraploid diisolasi secara otomatis dari progeni diploid
karena mereka menghasilkan gamet diploid, dan akan membentuk kombinasi
dengan gamet haploid dari diploid, mereka akan menjadi progeni triploid.
Organisme dengan jumlah autosom ganjil tidak dapat bereproduksi secara seksual,
jadi poliploidi menggambarkan mekanisme isolasi reproduksi.
b. Polisomi
Aneuploidi menunjukkan pada kondisi yang mana jumlah kromosom dalam
sel tidak terintegrasi dari tipe susunan haploid pada spesies. (Euploidymengacu
pada sejumlahkromosom yangmerupakan kelipatanyang tepat dari
jumlahkromosomhaploid).Karena berhubungandengan mekanismeyang
bertanggung jawab untukpeningkatan ukuran genom, hanya ada dua tipe
Aneuploidi: duplikasi dari kromosom yang kompleks (polisomi) dan duplikasi
dari bagian terbesar kromosom (polisomi sebagian).
Polisomi lebih sering merugikan. Misalnya pada mamalia yang sering
dikaitkan dengan keletalan dan infertilitas. Pada manusia contoh polysome yaitu
sindrom Downs (trisomy 21) dan trysomy 18. Demikian pula, perusakan parah
dari manifestasi ini sering dikaitkan denganpolisomisebagian. Jadi, duplikasi
kromosom baik yang secara keseluruhan atau yang sebagian tidak diharapkan
berkontribusi meningkatkan ukuran genom.
c. Genome Yeast: Tetraploidi atau Daerah Duplikasi?
Saccharomyces cerevisiaetelah lamadicurigai
sebagaisebuahcryptotetraploid. Secara sistematikhasil
pencarianproteomeragilengkap untukwilayah yang diduplikasi ditunjukkan pada
Gambar 2.6. Kriteria yang digunakan untuk mendefinisikan dua daerah duplikasi
ialah: (1) Sebuah sekuen yang sama diantara dua wilayah yang bergabung dengan
kemungkinan lebih kecil dari 10
-18
dari fortuitous. (2) Pada umumnya kurang dari
tiga gen, dengan jarak intergen kurang dari 50 Kb. (3) Konservasi dari jenis gen
dan relatif berorientasi pada gen. Berdasarkan kriteria ini, Wolfe and Shields
25

(1997) mengidentifikasi 54 bagian non-overlapping dari bentuk wilayah yang
berduplikasi sekitar 50% dari genom yeast (Gambar 2.6).


Gambar 2.6 Lokasi dari 54 daerah duplikasi yang tidak tumpang tindih (kotak yang solid)
dalam genome yeast. Terdapat dua salinan pada tiap daerah duplikasi yang
memberikan jumlah yang sama dibawah kotak (jumlah yang ditunjukkan
dalam urutan kejadian kromosomal). Jumlah gen homolog dalam tiap
daerah duplikasi ditunjukkan pada kotak diatasnya. Jumlah kromosom
diberikan dalam angka romawi.

Terdapat dua kemungkinan penjelasan, salah satunya (1) daerah yang
diduplikasi dibentuk secara mandiri dengan banyak duplikasi regional yang terjadi
pada waktu yang berbeda selama evolusi S. cerevisiae, atau (2) daerah duplikasi
yang dihasilkan secara simultan dengan kejadian tunggal tetraploidisasi, diikuti
26

dengan penataan ulang genom dan hilangnya banyak gen duplikasi redundan.
Terdapat dua alasan yang mendukung model yang terakhir. Pertama, 50 di daerah
yang diduplikasi dipertahankan dengan orientasi sama dengan mengarah ke
sentromer. Yang kedua, berdasarkan pada distribusi Poisson, 54 daerah duplikasi
independen yang diharapkan menghasilkan sekitar 7 daerah triplikasi, tetapi tidak
ada yang diamati.
Wolfe dan Shields (1997) mengajukan teori bahwa S. Cerevisiae pada masa
lalu sebagai individu tetraploid, dibentuk dari fusi 2 nenek moyang genom khamir
diploid, terjadi kira-kira 100 juta tahun yang lalu pada 4 nenek moyang spesies
Saccharomyces setelah penyimpangan dari S. kluyveri. Spesies baru kemudian
menjadi cryptotetraploid dan kira-kira 92% dari duplikasi sekuen gen yang hilang
atau delesi. Terdapat 70-100 gangguan yang dipetakan (misalnya translokasi
secara regional) diperlukan untuk menjelaskan duplikasi kromosom yang terjadi
saat ini (Gambar 2.7)

Gambar 2.7 Skenario skematis dari jumlah gen dan evolusi urutan gen dalam
penduplikasian genom seperti halnya pada yeast. Genom skematik
ditunjukkan dengan dua kromosom (satu kotak) dan 26 gen (A sampai Z).
27

Huruf besar dan huruf kecil digunakan untuk membedakan diantara dua
rangkaian asli dari kromosom. Pada tahap terakhir, pengaruh dari kejadian
rekombinasi dalam jangka waktu dua gen paralog yang ditunjukkan.
Kejadian ini menghasilkan dua gen hibrid yang baru dan urutan gen yang
baru.
d. Poliploidi dari Genom Vertebrata
Telah diketahuibahwavertebratamemilikigenlebih besar
dariinvertebrata.Sebuah surveiyang luasdari keluargagen aldolasesuntukzincfaktor
transkripsiyang mengungkapkan bahwagen tunggal
invertebratabiasanyaberhubungan hingga empatgendengan vertebratapada
kromosom yang berbeda. Apalagi,tampaknya bahwaurutandari
banyaksalinanempat kali lipatyangberjarak samasatu sama lain.pola inipertama
kalidiamati untukkelompok genHox, tetapi, menurut ke Spring(1977),fenomena
ini adalahumum. Ia mengemukakanhipotesis,menurutnyamunculnyavertebrataini
dimungkinkan olehdua putarantetraploidization, sehingga terbentuk
quadruplicationgenom. dengan demikian,vertebratamungkin
sebenarnyacryptooctoploids.

6. Pemeliharaan DNA Nongenik
Pertanyaan yang mendasar ialah apa fungsiDNA nongenik ini. Berbagai
usahatelah dilakukan untukmemecahkanparadoksnilaiC, danberikut akan
dijelaskanempathipotesisdanbuktiemprik yang bersangkutan.
a. Hipotesis
1) Hipotesis Seleksionis
Hipotesis Seleksionis yang menyatakan bahwa yang dikenal sebagai DNA
nongenik menunjukkan fungsi yang esensial seperti regulasi global pada ekspresi
gen. Menuruthipotesis ini, kelebihan DNAhanyasemu danDNAitu
seluruhnyafungsional.akibatnya, jika terjadi delesi pada DNA akan
mempengaruhi kemampuan organisme.
2) Hipotesis Netralis
Hipotesis ini menyatakan bahwa fraksi DNA nongenik kurang berfungsi
secara genetika dan fisiologi. Bahkan Ohno (1972) menyebut DNA ini sebagai
sampah DNA untuk menjelaskan ketidakberfungsiannya. Menurut pandangan
hipotesis ini, DNA nongenik hanya merupakan hasil kebetulan semata selama
28

proses evolusi dan tidak mempengaruhi kemampuan organisme, tetapi ini akan
diteruskan dari generasi ke generasi yang tak terbatas.

29

3) Hipotesis seleksionis intragenome
Hipotesisseleksionis intragenom menganggapDNAnongeniksebagai "parasit
fungsional"(Ostergren 1945), atau "Simbion genetik"(Cavalier-Smith 1983)yang
terakumulasi digenom dansecara aktifdipertahankanoleh
seleksiintragenomikkarena tingginya dalam tingkat
reproduksidibandingkandengan yang darifraksigenom(Cavalier-Smith 1980).Pada
literatur, adalah umum untuk menemukanDNAselfish, sebuah istilah yang
diterapkanpada fraksinongenik(Orgel dan
Crick1980;DoolittledanSapienza1980).DNASelfishmemiliki duasifat yang
berbeda: (1) akan muncul ketikaurutan DNAmenyebardengan membentuksalinan
tambahandari dirinya sendiridalamgenom,dan (2)baiknyatidak membuatkontribusi
khususuntukkesesuaianorganisme inang, atau yang sebenarnyajustru
merugikan.Mekanismeutama
untukmemperkuatDNAselfishadalahtransposisiduplikasi,dan yang paling
umumadalah elementransposabeldan retro-transposabel. Perbedaanpentingantara
DNAselfish danDNA sampahadalah
bahwasebelumnyamampumelakukanamplifikasisendiri,sedangkan yang
keduadilakukansecara pasifdalam genom.Jadi, DNA sampahdipertahankandalam
populasisecara random, hanyutan genetik, sedangkan DNAselfishdipertahankan
olehjenisinsersi-delesi kesetimbangansemu, dimana proses eliminasioleh
seleksiDNAselfishterlalu lambatuntuk
mengimbangilajuakumulasi.DNAselfishmemilikikecenderungan meningkatdalam
genom.Namun, tidakdapat meningkat tanpa batas waktu, karena
organismedenganjumlah DNAnongenicyang berlebihanakan dimetabolisme, dan
karenanyaselektif,relatif merugikan untuk satu denganjumlah yang kecil.
4) Hipotesis Nukleotipik
Hipotesisnukleotipik(Bennett1971)menghubungkanfungsistruktural
untukDNA nongenik, yaitu, fungsiyang tidak berhubungan dengan sifatnya yang
membawa informasi genetik.Salah satu skemanukleotipiktersebut telahdiusulkan
olehCavalier-Smith (1978,1985 a), yang berpendapat bahwa harus adasuatu
"kekuatanevolusi besar" yang mempertahankan genom besar.Hipotesisini
menyatakan bahwaDNAbertindak sebagai "nukleoskeleton" yang
30

mempertahankanvolumeintipada ukuranproporsionaldengan
volumesitoplasma.Karena selyang lebih besarmembutuhkanintiyang lebih
besar,pilihanuntuk volumesel tertentusecara sekunderakan
menghasilkanpilihanuntuk ukurangenomtertentu.Menurutskema ini, kelebihan
DNA dipertahankanoleh seleksi, tetapi komposisinukleotidadapat berubahsecara
acak.Banyakfungsinukleotipiktambahan telahdikaitkan denganfraksinongenik,
tapi semua hipotesisnukleotipik memiliki satukesamaan:mereka
semuamenganggapgenomsebagai unitstrukturaldari arsitektur inti- sebuahblok
pembangunyang terbuat dariasamnukleat, bukan sekedarpembawainformasi
genetik.
b. Bukti
Sangat sedikit sekali bukti tentang hipotesis seleksionis.Bahkan,
kebanyakan indikasi menjelaskan bahwasebagian besarapa yang
sekarangdianggapDNAnongenikmemangtidak memilikiinformasigenetik,
dandapat dihapustanpa efekfenotipik yangjelas.Oleh karena itu tampaknyabahwa
kelebihan DNApada eukariotatidakmenghasilkansistem metabolismesampai batas
yang signifikan, dan bahwa kebutuhan (misalnya,dalam energidan nutrisi) akan
mempertahankandan mereplikasisejumlah besarDNAnongenikyang tidak
berlebihan.Namun, mungkin ada beberapa kelemahandalam
mempertahankansejumlah besarDNAnongenik. Pertama,genom yangbesar
telahditemukan menunjukkansensitivitas yang lebih
besaruntukmutagendarigenom yangkecil (Heddle
danAthanasiou1975).Kedua,mempertahankandan mereplikasisejumlah
besarDNAnongenikmungkinmempersulit atau membebaniorganisme
tertentu,terutama ketikasebagian besargenom adalahnongenik. Oleh karena
itudapat diterimabahwa DNAnongenikhanyadapat dikumpulkansampai
kebutuhanuntukorganismebereplikasimenjadisignifikan.
Sangat sulituntuk membedakan antarahipotesisseleksionis intragenomik dan
hipotesisnetralisdalam tingkatankonseptual,apalagiuntuk menguji berdasarkan
data yang empirik.DNAselfishmungkin memangmenjadi kontributor utamadari
DNAnongenik, meskipun ada mekanismepenting lainnyauntuk
menghasilkanDNAtersebut. Namun,juga benar bahwasebagian
31

besarfraksinongenikdari genomberasaldari DNAselfishtidak lagiditerima.Banyak
yangsaat ini mengalami kondisi degenerasielementransposabel-dimana
dihadapkan pada kematian apabila tidak lagi mampu melakukan transposisi.
Yang membedakanantaraeksperimenDNA
sampahdanpenjelasannucleoskeletalmemang
cukupsulit,PageldanJohnstone(1992)mengusulkan duaekspektasiyang berasal
darimasing-masing duateori, bahwa harga utamadariDNA sampahadalah waktu
yang diperlukanuntuk melakukan penggandaan.Organismeyang berkembanglebih
lambatkarena itu mungkinbisa "mentoleransi" jumlah yang lebih besardariDNA
sampah, dan dengan demikian korelasi negatifdi seluruh spesiesantara
ukurangenomdan tingkatperkembanganakan diperkirakan.
Sebaliknya,perkiraanhipotesisnucleoskeletaladalah untukkorelasi positifantara
ukurangenom danukuran sel. Sayangnya, organisme dengan selyang besar
jugacenderungberkembang secara perlahan,sedangkanorganismeyang lebih
cepattumbuhbiasanya memilikisellebih kecil.Jadi,
menuruthipotesisDNAskeletalkorelasinegatif antaratingkatperkembangan
dannilaiC jugadiharapkan.Namun, menuruthipotesisnucleotypic, hubungan antara
tingkatperkembangan danukuran genomterjadi kemudian, sebagai akibat
darihubungan antaratingkatperkembangan danukuran sel.
PageldanJohnstone(1992)mempelajari 24spesiessalamander.
Ukurangenominti ditemukanberkorelasinegatifdengan
tingkatperkembangan,bahkansetelah penghapusan efekvolumeinti
dansitoplasmik.Namun,korelasiantara ukurangenom,di satu sisi, dan volumeinti
dansitoplasma, di sisi lain,menjaditidak signifikandilihat dari statistikdengan
adanya penghapusan nilai perkembangan.Hasil ini mendukungteoriDNA sampah.
Apakah hasilPageldanJohnstonetersebut merupakanfenomenaumum atauterbatas
padasatuSalamandratidak diketahuisaat ini(Martindan
Gordon1995;Jockusch1997).Tidak ada penjelasantunggal
yangmemecahkanparadoksnilai C. Semua mekanismedi atas, danbanyak
tambahanyang-bekerja sendiri atau dalam sinergi(Xia 1995)-dapat berkontribusi
pada pemeliharaanukurangenomberlebih, dantugas kitadi masa depanadalah untuk
menentukankontribusi relatifmasing-masing.
32

c. Mengapa Spesies yang Sama Memiliki Ukuran Genom yang Berbeda?
Terdapatperbedaandalam ukurangenomantara organismeyang terkait erat,di
manaparadoksnilaiC tidakdapat dijelaskandengan menerapkanfungsinukleotipik,
karena tidak adanyaperbedaannukleotipik.Yang tersisa hanyalah dua
kemungkinanmekanistik: baik ada perbedaandalam tingkatakumulasiDNA
sampah, atau ada perbedaandalam tingkatorganisme berbedayang
menghilangkanDNA sampah.
Untukwaktu yang cukup lamatelah diketahuibahwa
genomspesiesDrosophilamengandungpseudogenyang sangat sedikit (Vanin
1985;Weinerdkk1986;. Wildf1986).Baru-baru ini, Fetrovdkk.(1996) danPetrov
danHartl(1998)menemukan bahwakematianHelenaretroposonsakibat
kehilanganDNA padatingkatyang luar biasatinggi
selamaevolusi.Merekamenempatkan dua dankeduanya, serta menyarankan bahwa
maraknya pengahapusan daerah DNAyangtidak mengikutitingkat
kendalaselektif,danmereka lebih lanjutterekstrapolasipada tingkat penghapusan
yang berbeda, bukantingkatakumulasi,yang dapat menyebabkanperbedaandalam
ukurangenomantarataksa. Asumsimereka adalah bahwatingginya
tingkatpenghapusantidak terbatas padaelemenHelenasendiri, tetapibahwa
fenomena tersebutyang berlaku umumuntuksemua wilayahseleksiyang tidak
terbatas.
Untuk mengujiasumsi ini, mereka membandingkan ukuranintrondi antara
duaspesies Drosophila. D.virilismemilikigenomdua kali lebih besardari D.
melanogaster(Moriyama etal.1998).Perbedaanini dapat dikaitkan
denganheterokromatin, tetapi bahkan jika faktor
inidiperhitungkan,genomD.virilismasih sekitar36%lebih besar
dariDmelanogaster. Dalamperbandingannya 115intronlengkapdikumpulkan
dari42genortolog, mereka menemukan bahwa perbedaanpanjangintronantara
kedua spesiesDrosophilayangsignifikan secara statistik. Perbedaanpanjangrata-
rataantaraintronD.virilisdan D.melanogaster(masing-masing 394dan 283;
bp,)adalah 39%, yang mengherankandekat denganukuran yang berbedadalam
fraksinonrepetitiveantara genom.Dengan demikian, tampaknya bahwa beberapa
33

organismelebihefisien dalam"membuang sampah" dari yang lain(Petrov dan
Hartl1997).

7. Struktur Urutan yang Berulang dari Genom Eukariotik
Genomeukariotikditandai dengandua fiturutama:pengulangansekuen,dan
komposisi kompartementalisasimenjadi fragmenyang berbedaditandai
dengankomposisinukleotida spesifik.
DNA berulangterdiri darisekuen nukleotidadari berbagai panjangdan
komposisiyang terjadibeberapa kalidalam genom, baik bersama-
samaatausecaratersebar. SegmenDNAyang tidakberulangyang disebut sebagai
salinan tunggalatau DNA unik. Proporsigenomdiambil olehsekuens
berulangsangat bervariasiantarataksa. Dalam ragi,proporsi iniberjumlahsekitar
20% darigenom.Pada hewan, proporsinya berkisar darisekitar 5% pada
nonbitingnyamukChironomustetansuntuk menutupnyasampai 90% pada
kadalNecturusmasculosus. Pada mamalia, hingga 60% dari
DNAadalahberulang.Pada tumbuhan, proporsinya bisa melebihi80%,dan nilai-
nilaiyang jauh lebih tinggijuga telahterdaftar (Flavell 1986).
Studiklasikkinetika reaksireasosiasiDNA
denganBrittendanKohne(1968)menunjukkan bahwagenomeukariotatingkat
tinggidapat dibagisecara kasarke dalam empatfraksi(Gambar2.8).Fraksipertama
disebutDNAfoldback, dan terdiri dariurutanpalindromikyang dapat
membentukjepit rambutberuntai strukturgandasegera
setelahDNAterdenaturasiyang kemudian diizinkan untukrenaturasi.
FraksiDNAfoldbackbiasanya sangatkecil,meskipun di
beberapaorganismemungkin mencapainilailebih dari 10%.
34


Gambar2.8Sebuah profilreasosiasiDNAmamalia.DNAdimurnikan, dipotong, dilelehkan
dengan panaske dalamuntai tunggal,dan kemudian
dibiarkanreasosiasimelalui pendinginanbertahap.PersentasereasosiasiDNA
untai gandapada sumbuvertikalditunjukkansebagai fungsidari
produkkonsentrasiDNAdan waktu (C0t) pada sumbuhorisontal.

BeberapaDNAhanyareannealspada nilai C
0
ttinggi (dibaca "cot"). Fraksi
initerdiri darisatusalinansekuen,dankarena sifatpewarnaandalam
persiapankaryological, kadang-kadang disebut sebagaieukhromatin. Di antara
kurang lebih dua definisikomponengenom, terdapatsekuens
DNAyangreannealsebesar nilaiC
0
tmenengah.Iniadalah kebiasaan
untukmembagiurutan inike dalam DNAyang sangatrepetitif danDNA
berulangmenengah.Fraksisangat berulangterdiri dariurutan pendek, dari beberapa
ratusanpanjangnukleotida, yang diulangribuan
bahkanjutaankali.Dalampersiapankaryological, fraksi sangat berulangtampak
gelapdan sangatbernodadan disebutheterokhromatin. Fraksiberulangtengahterdiri
lebih dari ratusan atau ribuanurutanpasangan basarata-rata, yang muncul dalam
genomhingga ratusankali. Terdapat suaturangkaiandari
keduaukuranpengulangandan nomorpengulangandalam genom.Oleh karena itu,
istilah DNAsangat repetitifdan DNAberulangtidak mewakilikelasDNAbenar-
benarberbeda.
Pada pola pokokpenyebaranpengulangan, fraksi berulangditemukanterdiri
daridua jenisfamilies:lokasi sekuen berulangdan penyebaran sekuen berulang.
a. Lokasi Sekuen Berulang
35

Kebanyakangenomeukariotikmengandungurutan DNAberulang secara acak.
Dalam beberapaspesies,lokasi pengulangan sekuen DNAdapat
menjelaskankeutamaanDNAdalam genom.Sebagai contoh, padatikuskanguru,
Dipodomysordii, lebih dari 50% dari genomterdiri dari tigasekuensberulang:
AAG2,4x 10
9
kali;TTAGGG, 2,2 x10
9
kali, dan ACACAGCGGG, 1,2 x
10
9
kali.Tentu saja,families initidak sepenuhnyahomogentetapi berisibanyak
varianyang berbeda dariurutan konsensusdalam satu atau duanukleotida.Sebagai
contoh, beberapaurutandalam family"TTAGGG" sebenarnya TTAGAG.
Bahkangenomyang jauh lebih kecilmungkin berisisebagianbesarurutanyang
sangat berulang. Sebagai contoh,40% darigenomDrosophilavirilisterdiri dari
tigaurutanyang sangatberulang: ACAAACT1,1x 10
7
kali;ATAAACT, 3,6x 10
6
kali
danACAAATT, 3,6x 10
6
kali.Anehnya, 35% genomdari kode
pencetakanuniseluler, Absidiaglauca, yang hanya sembilan kalilebih besar dariE.
coli, tersusun dari DNA berulang.
Banyaknyalokasi sekuen berulang memiliki
sebuahkomposisinukleotidayang seragamyang menunjukkan bahwa, pada
saatfraksionalisasiDNAgenomik danpemisahan dengangradienkerapatan, mereka
membentuk satu atau lebihpitatebalyangjelas dibedakan dariapusanyang
diciptakan olehfragmenDNA lainnyadengan banyak komposisi heterogen.Pita ini,
yang berukuran jauhlebih beratataulebihringan dariurutan genomlain,yang disebut
DNAsatelit.BeberapaDNAsatelitmungkin sangatkayaG+ Catau sangatkaya A
+T;GCdalam rentangsatelitdari yang terendah1% padakepiting Cancergracilis
danC. antenarius,sampai mencapai 73% pada patogen trypanasomal
LeishmaniainfantumdannyamukChironomusplumosus. Genom mamaliabiasanya
terdiri dariDNAsatelit5-30%. Jumlah DNAsatelitpada tanamandapat
mencapai40%dari genomtotal.
Dalam beberapa spesies, urutan berulang yang tersusunsecara
tandemditemukanpada semuakromosom,sementara lainnyadibatasipada
lokasikromosomtertentu.Sebagai contoh, lebihdari 60%
darigenomDrosophilanasutoidesterdiri dari DNAsatelit, dansebagian
besarterlokalisasi padasalah satu dari empatautosom dankromosom
Y(Gambar2.9), yang tampaknya mengandungdalam jumlah sedikit(Miklos
36

1985).Tidak semualokasi pengulangan DNA terdiri
daripengulanganpendek.Misalnya,pauspembunuh,Orcinusorca,mengandung
sekitarsetengah juta kopidari sekuenpanjang 1.579bp, terhitung sekitar 15%
darigenom(Widegren etal.1985).

Gambar 2.9 Sekuens DNAyang sangat repetitif(daerahhitam)yang sebagian
besarterlokalisasi paling besardaritigaautosomdankromosom Y
Berdasarkanbukti yang adapada saat ini, dimungkinkanbahwa lokasi sekuen
berulang adalah tanpafungsi.Selain itu, adalah mungkin bahwa jumlahlokasi
sekuen berulang tidakmenurunkanataumeningkatkanketahanan
individu.Akibatnya, evolusi sekuenstersebuttidak dipengaruhi olehseleksi
alam.Jumlah dankomposisiiniterulang secara bervariasi melalui mutasi seperti
konversigen danpindah silang yang tidak merata, danfiksasidalam populasiterjadi
melaluihanyutan genetiksecara acak. Konversi gen danpindah silang yang tidak
merataakan menghasilkandua hasil untuksekuen ini: (1) urutanhomogenitas,dan
(2)jumlah fluktuasidari waktu ke waktu(Charlesworth etaL1986).Ini juga
telahmenyarankanbahwa tingkatpergantianlokasi sekuen berulang
yaitu,susunanyang adaakan dihapus olehpindah silang yang tidak merata,
sedangkan susunanbaru dapatterus menerusdiciptakan olehprosesduplikasi
DNA(Walsh1987).
Usulanbahwa pengulangan sekuensecara tandempada DNA sampahpada
dasarnyamenunjukkan tidak adanyaefekfenotipik. Selain itu,diasumsikan
bahwakehadiran mereka atau tidakdalam jumlahyang bervariasitidak
mempengaruhikeberadaanoperator.Meskipun inimungkin benar dalamkebanyakan
kasus, ada bukti yang berkaitan denganserangkaiansekuen berulang tertentuyang
37

menunjukkanbahwa hal ini tidakselalu terjadi.Respondenlokus (Rsp) dalam
populasi alamiDrosophilamelanogasterterdiri dari20-2,500salinandari sekuen
kaya AT, panjang 120-bp- (Wu etal.1988).Dalam sebuah kompetisipercobaanyang
melibatkanpopulasi campuranyang terdiri darilalatdengan
700salinanpengulangandanlalat dengan20copian,diamati bahwafrekuensi darilalat
dengan20 kalimenurun seiring waktu(Wuetal.1989).Oleh karena itu, disimpulkan
bahwa lalatdengan 700kopian memilikikeberadaanlebih tinggi darilalat
denganhanya 20kopian.Kecuali untukperannyadalam sistemdistorsisegregasi,
fungsi lokusRspsaat ini tidakdiketahui, tetapijelas bukanDNA sampah, karena
ketiadaanmempengaruhikeberadaanorganisme.Namun, kamitidak mengetahui
adanyakasus lain di manasekuenberulang secara tandemditunjukkan
untukmempengaruhiketahanan.
b. Penyebaran Sekuen Berulang
Kelas keduadari pengulangan DNAterdiri dariurutanyangtersebar di
seluruhgenom.Salinandari penyebaran sekuen berulang ditemukan
diintron,mengapitdaerahgen/daerahantargen, dan DNA nongenik.
Terdapat duakategori utama daripenyebaran sekuen berulang: pengulangan
sekuens berupa tandem yang sederhana danpengulangan yang berseling. Tabel
2.5menunjukkanklasifikasipengulangan sekuen berupatandem yang
sederhanasesuai dengan ukurandari unityang berulang,jumlah tiap
susunanunitberulang, dan lokasi genomdari susunantandem.Perhatikan lokasi
sekuen berulangpada sebagian besar satelit danminisatellites,meskipunsebagian
kecil dariminisatellitestersebar. Telah diperkirakanbahwa
terdapat300.000trinucleotide dantetranucleotidepengulangan tandem pendek pada
genom manusia atau satu susunan setiap 10 Kb genom DNA (Beckmann dan
Weber1992).Umumnya mikrosatelit manusia terdiri
daripengulangandinukleotidaCA.Terdapatsekitar 50.000salinanmikrosatelitdalam
genom manusiayaitu, satu susunansetiap 30Kb(Hudson et al1992.).

Tabel 2.5 Klasifikasi Pengulangan Sekuen
38


Genommanusia jugaberisi empatkelas utamapengulangan yang berseling:
(1) SINEs, (2) LINEs(3)seperti retrovirus danelemen retrotransposon, dan
(4)DNAyang dimediasifosil transposabel.Kelimpahan dandistribusirelatif
genomdari kelas-kelaspengulanganyang berseling ditunjukkan pada Gambar2.10.




Gambar 2.10 Kelimpahan relatif dan distribusi genom manusia melalui kelas
pengulangan yang berseling pada daerah dengan kandungan
GC.Distribusi hampir komplementer dengan pengulangan dari Alu dan
LINE1.
39


Genommanusia mengandungdua families, LINE1(LI) dan
LINE2(L2).Terdapat sekitar600.000pengulangan LIdalam genom manusia, atau
sekitar 15% darigenom.FamilyLItelah aktif dalamgenom
mamaliasebelumterjadinya perbedaanantaramarsupialdanplacentals.Asal dari
familyL2jauh lebih kecil (
~
271.000 pengulangan) yang mungkin sangatkuno,
kemungkinan besar terjadinya perbedaan amfibidarivertebrataamniote. Sekitar
95% dari semua urutanLItersebut dipotongdi
ujung5dantidakditranskripsiatauretrotransposed. TingkatperbedaanurutanLIantara
spesiesjauh lebih besar daripadaderajatperbedaanantarasalinanLIyang
sejenis.Sebagai contoh, urutan LIdari tikusdan manusiarata-rata berbeda satu sama
lainsekitar 30%,dibandingkan denganperbedaansebuahsekuendari sekitar 4%
dalam tikus(Hutchison etal.1989).
ElemenL1yang rusakberkembangjauh lebih cepat daripadaelemenyang
masih utuh.Selain itu,garis keturunanevolusidari sekuen L1 yang rusak tidak
mengandungcabang, yang menunjukkan bahwa elemen-elementidak
mampumelakukan replikasi transposisi. Kemudian berbentuk
pseudogendariretroposons, di mana kendalafungsionaltidak lagiberoperasi,dan
dengan demikianmengikuti asimilasikomposionaldanlamanya pembatasansampai
merekatidak lagidikenalsebagai LINEs.Faktanyabahwa sebagiansekuen L1yang
rusakmenyiratkan bahwapenyebaranelemenL1dalam genomtergantung
padasejumlah kecilelemensumber.Akibatnya,elemen L1dalam
genomsangathomogendan tingkatpergantiansekuenssangat tinggi.Memang,pada
hewan pengerattelah diperkirakanbahwa lebih darisetengah darielemenL1hanya3
jutatahun atau bahkan lebih muda.
Genom manusiajuga mengandungdua familiesSINE,7SLyang
diturunkanfamilyAlu, dengan sekitar 1.100.000salinanatau 10%
darigenom,dantRNAyang diturunkanfamilyMIR, dengan sekitar 400.000 salinan.
Pada daftar pengulangan berseling yang lengkap dalam genom manusiajuga harus
disebutkanelemen-retrovirus danretrotransposon(
~
5%dari genome), sisa-sisa
elemen DNAtransposabel(
~
2%), dan sekitar 60.000salinan tidak terklasifikasidari
pengulangan berseling(
~
1%).Kesimpulannya,lebih dari sepertigadari genom
40

manusiaberasal darimobile elementsdaribeberapafamilies.Keutamaan pengulangan
sekuen berseling tersebut, tidak lagi memiliki kemampuan untukberpindah.

c. Urutan yang Berulang: Penyebab Variasi dalam Ukuran Genom
Seperti disebutkan sebelumnya,komponen utamadari paradoksnilai Cadalah
kenyataanbahwa organismeyangsecara morfologisdananatomismirip
menunjukkannilaiCyang sangat berbeda.Ini lebihjelas daripadadalam
perbandinganantaraspesies yang termasuk dalamgenus yang
sama.Perbedaandalam ukurangenomdapat dijelaskanoleh perbedaandalam
pecahanberulang.Darihewan pengeratsepertiCtenomys(tuco-tucos) untuk tanaman
sepertiAvena(gandum), dan dari Hylobates(gibbon) sampaiDrosophila, setiap
spesiescongenericberbeda satu sama lainnilaiC-nya, perbedaan dapat
sepenuhnyadijelaskan olehpengulangan fraksinongenicdari
genom,seringpuladengan perbedaan dalamjumlahpengulangan
tandemsederhana.Selain itu, setiap kali taksonditemukandi
manaukurangenomjauh lebih kecildaritaksayang terkait, kamiselalumenemukan
bahwaperbedaan adalahsepenuhnya karenasekuens berulang. Sebagai contoh,
beberapakelelawarmemilikigenomyangsekitar 50% ukuran
mamaliaeutherianlainnya.Perbedaan tersebutdisebabkan
olehkurangnyamikrosatelit AT danGC, yang pada mamalia laintersedia
cukup.Demikian juga, kurangnya variasiukuran genomrelatif pada
burung(Tabel2.3)mungkin karenakelangkaanmikrosatelitpada genomburung.


8. Mekanisme untukMeningkatkanDaerahdalam UkuranGenom
Peningkatan regional dalam ukuran genom dapat dijelaskan dengan
beberapa mekanisme. Duplikasi transposition adalah salah satu mekanisme yang
telah diketahui yang bisa menghasilkan sekuens berulang yang terpisah.
Mekanisme lainnya menghasilkan lokasi sekuen berulang. Telah disarankan
bahwa seluruh pengulangan fraksi DNA pertengahan pada eukariotik berasal dari
elemen transposable. Sebagian besar elemen tidak lagi bisa berpindah karena telah
mengalami kerusakan akibat mutasi atau insersi pada elemen yang lain.
41

Peristiwa pindah silang yang tidak merata kemungkinan merupakan
mekanisme yang bertanggungjawab terhadap peningkatan dan jumlah salinan dari
satelit dan minisatelit. Meskipun demikian, fakta peristiwa pindah silang yang
tidak merata ini biasanya menghasilkan sekuens yang terdiri dari pengulangan
panjang. Dilain pihak, beberapa lokasi sekuen berulang seperti mikrosatelit dan
pengulangan tandem yang pendek.
Ditemukan adanya bukti bahwa jumlah salinan pada lokus minisatelit bisa
mengalamai peningkatan dengan cepat. Contohnya pada manusia, sebuah lokus
MS32 terdiri dari 600 pengulangan. Sedangkan pada monyet purba, lokus
homolog terdiri dari 3-4 pengulangan. Karakter terakhir agaknya mewakili
keadaan nenek moyang dan jumlah ulangan yang tinggi pada manusia mewakili
keadaan sekarang. AmplifikasiDNAmengacu pada setiapmekanismeyang
meningkatkanjumlah salinangenatau sekuenDNA
untuktingkatkarakteristikorganisme.Khususnya,amplifikasiDNA yang mengacu
padaperistiwa yang terjadidalam kehidupansuatu organismedan
menyebabkanpeningkatan secara tiba-tiba dalamjumlah salinandari
sekuenDNA.Dalam hal ini dibedakan menjadi 2 amplifikasi,
yaituamplifikasivertikal danamplifikasi horisontal. Amplifikasivertikalmengacu
padaproses yang melalui pelipatgandaan sekuen tertentudi
luarkromosom.Amplifikasihorisontalmengacu padaprosespenciptaanbeberapa
salinandari sekuenDNA tertentudan penggabungannya dalamgenom yang
diwariskandari organisme.
Salah satu metode yang dapat menjelaskan mekanisme amplifikasi ialah
model rolling circle dari replikasi DNA (Gambar 2.11). Tipe replikasi ini
digunakan dalam amplifikasi gen rRNA pada oosit Amphibi. Dalam hal
ini,amplifikasimelibatkan pembentukansalinanextrachromosomal sirkuler sekuen
DNA, yangkemudian dapat menghasilkanbanyak
unitextrachromosomaltambahanyang mengandungpengulangantandemdari
urutanasli.Jikaunit tersebutmenjadi terintegrasikembali ke dalamkromosom, akan
ada tambahangenom yang terdiri dariurutanberulang yang identik.
42


Gambar 2.11. Model Rolling Circle dari Amplifikasi Gen pada Oosit Amphibi. rRNA
kromosomal disusun dalam susunan tandem yang berisi bagian
transkripsi (hitam) dan daerah nontranskripsi (putih). Amplifikasi
melibatkan pembentukan salinan ekstrakromosom sirkuler yang berisi
jumlah variabel pengulangan, yang kemudian diamplifikasi melalui
beberapa putaran dari replikasi rolling circle. Keperiodikan akan berubah
mengikuti amplifikasi rolling circle.
C. PERISTIWA EVOLUSI PADA KODE GENETIK
1. Distribusi Gen dan Eklemen Genetik lainnya diantara Isokor
Posisi isokor manusia dan vertebrata lain pada banyak genom ditentukan
banyak metode. Hampir 30% semua gen manusia merupakan komponen berat
(H
3
) yg hanya mewakili 3-5% genom. Sangat jarang gen panjang pada isokor
yang kaya GC. Perbedaan daerah gen yang kaya dan miskin GC hampir
seluruhnya dijelaskan oleh intron, yang rata 3x lebih panjang di daerah miskin
GC.Banyak kasus, terjadi penempelan gen pada fragmen DNA yang memiliki
konten GC mirip dengan gen itu sendiri.Melalui degradasi acak fragmen membuat
preparasi DNA, jarak sempit dari komposisi fragmen pembawa gen menunjukkan
bahwa komposisi basa nitrogennya homogen seperti fragmen mereka sendiri.
Observasi ini untuk isolasi gen dan pengelompokan gen, mengindikasikan bahwa
isokor itu berukuran besar jika dibandingkan dengan klaster gen yg diperiksa,
beberapa berukuran 40Kb atau lebih. Ini mnunjukkan bahwa isokor lebih besar
dari 300 Kb. Kadang gen ditemukan pada fragmen yang menutupi jarak level GC
43

yang lebar. Ini bisa terjadi jika gen pemeriksa berada dekat dengan batas antara
dua isokor, sehingga kerusakan acak menghasilkan fragmen pembawa gen dengan
komposisi berbeda.
Korelasi positif antara level GC pada gen, ekson dan intron dan level GC
pada daerah DNA yang besar dimana mereka menempel. Berlawanan dengan
klaster dan globin pada manusia berisi GC rendah. dan gen globin seperti
mengandung GC rendah dan menempel pada daerah yang miskin GC. Sedangkan
dan gen globin seperti , pada sisi yang lain merupakan dearah kaya GC dan
menempel pada daerah tersebut. Konten GC yangberada pada derah pengkode
memelihara lebih tinggi daripada yang berada di daerah sisi (gb. 8.32). level GC
pada posisi kodon ketiga lebih merata daripada yang berada pada daerah intron,
yang berbelok lebih tinggi daripada yang berada di daerah sisi ujung 5 dan 3.

2. Asal Dari Isokor
Asal dari isokor yang kaya GC masih sebagai misteri atau kontroversi.
Cenderung merupakan segmen DNA panjang (300Kb atau lebih) salah satu dari
GC yang kaya /GC miskin, tidak ditempatkan pada variasi GC, seperti yang
diperiksa diantara daerah variasi gen. Bernardi dkk, mengusulkan bahwa isokor
muncul sebagai keuntungan yang fungsional. Ini telah diklaim bahwa pada darah
cacing, sebuah peningkatan konten GC dapat melindungi DNA, RNA, dan protein
dari kerusakan pemanasan. In imerupakan hipotesis seleksionis.
Wolfe dkk, mengusulkan bahwa isokor muncul dari dugaan mutasi yang
berkaitan dengan perubahan komposisi pada pool prekursor nukleotida selama
replikasi DNA germline. Isokor yang kaya GC dibawa pada replicon yang
mereplikasi pada awal siklus sel germline, selama prekursor pool memiliki
konten GC yang tinggi, dengan demikian memiliki kecenderungan untuk mutasi
menjadi GC. Isokor yang kaya AT, disisi lain direplikasi lebih lambat dalam
siklus sel, ketika prekursor nukleotida memiliki konten AT yang tinggi. Ini
disebut hipotesis Mutasi.



44


45

BAB III
PENUTUP

A. KESIMPULAN
1. Evolusi genom adalah kajian evolusi pada tingkat genom yang mengarah pada
petunjuk adanya evolusi pada organisme.
2. Variasi ukuran genom di antara organisme sangat bervariasi. Variasi ini dapat
dilihat dari nilai C yang menentukan ukuran genom tiap-tiap organisme.
3. Peristiwa evolusi pada kode genetik dapat diketahui dengan melihat distribusi
gen dan elemen genetik lainnya diantara isokor. Hampir 30% semua gen
manusia merupakan komponen berat (H
3
) yg hanya mewakili 3-5% genom.
Sangat jarang gen panjang pada isokor yang kaya GC. Asal dari isokor yang
kaya GC masih sebagai misteri atau kontroversi. Cenderung merupakan
segmen DNA panjang (300Kb atau lebih) salah satu dari GC yang kaya /GC
miskin, tidak ditempatkan pada variasi GC, seperti yang diperiksa diantara
daerah variasi gen.

B. SARAN
Pembahasan terkait dengan korelasi negatif antara ukuran genom dengan
tingkat perkembangan perlu dikembangkan lagi untuk menemukan kontribusi
relatif pada tiap-tiap organisme. Hal ini dilakukan mengingat mekanisme yang
mempengaruhi ukuran genom tersebut dapat bekerja secara mandiri atau
bakkan secara simultan.

46

DAFTAR PUSTAKA

Campbell Reece-Mitchell. 1999. Biologi Jilid 2. Jakarta: Erlangga
Graur; Li, Wen Hsiung. 2000. Fundamentals of Molecular Evolution Second
edition. Massabhussets: Sinauer Associates, Inc

Triwibowo Yunano, 2002. Biologi Molekular. Penerbit erlanggga.

Widodo. 2002 Perkembangan Teori Evolusi dan Darwinisme. Makalah disajikan
dalam Seminar Nasional Teori Evolusi. Malang: Universitas
Negeri Malang


Pembagian
Husamah: latar belakang, definisi genom (hal. 4) -sampai- reduksi ukuran
genom pada parasit.
Dida: ukuran genom pada eukariotik dan nilai C paradox (hal.16) -sampai- bukti-
bukti
Maul: mengapa spesies yg sama memiliki ukuran genom berbeda (hal.30) -
sampai- selesai (hal.43)

ppt.nya nyusul...ntar malem..