Teknik Isolasi DNA

Dapatkah Kita Melihat DNA ?

ukuran DNA terlalu
kecil untuk diihat oleh
mata

Bahkan dengan
menggunakan
miskroskop terbaik
pun, yang dapat kita
lihat hanya kromosom
Dapatkah Kita Melihat DNA ?
Meskipun demikian,
banyak sekali jumlah
DNA di dalam sel tubuh
manusia. Bila DNA dari
suatu sel dibentangkan,
panjangnya sekitar 2
meter

Bila seluruh DNA di
dalam tubuh
dibentangkan,
panjangnya 9 juta km
(jarak dari bumi ke bulan
pulang pergi 13 kali)
Bahan (Material)
1. Kita harus menyiapkan bahan yang mengandung
DNA


3. Kita akan mengisolasi DNA dari kacang hijau
(kenapa? karena murah)
2. Karena DNA adalah "blueprint" kehidupan, maka
semua makhluk hidup mempunyai DNA
Bahan
1. kacang hijau
2. garam
3. deterjen / sabun cair
4. isopropil alkohol
5. pelunak daging
6. tabung reaksi
7. batang pengaduk
Safety First !
1. Jangan makan atau minum
2. Tetap di tempat duduk
3. Gunakan googles
4. Hati-hati dengan bahan yang digunakan

Tahap 1
Blender kacang hijau
untuk memisahkan
sel dari komponen
lainnya

Blender dengan air
dan sedikit garam
sampai diperoleh
bentuk seperti sup
Filtrasi
Untuk memisahkan
cairan berisi sel dari
residu kacang hijau
Tahap 2
Tambahkan Deterjen/
sabun cair

Masukkan sup kacang
hijau ke dalam tabung
reaksi dan tambahkan
deterjen

Diaduk
Apa fungsi deterjen ?
Setiap sel dilindungi oleh membran sel
DNA berada di dalam nukleus dari sel, yang
juga dilindungi oleh membran
Membran sel tersebut
harus dipecahkan
supaya DNA bisa
dikeluarkan dari sel
Apa fungsi deterjen ?
Deterjen
Membran Sel
Deterjen
memecahkan
membran sel yang
melindungi sel

Bagaimana?
deterjen
menempel pada
lipid (lemak) dan
protein pada
membran sel
Apa fungsi deterjen ?
Apa fungsi deterjen ?
Membran di sekitar
sel dan nukleus
sudah dipecahkan

Yang tersisa adalah
: Protein,
Karbohidrat, DNA
Tahap 3
Tambahkan pengempuk daging (enzim) ke dalam campuran
Pelunak daging adalah suatu enzim

Enzim adalah protein yang mengkatalis reaksi agar
lebih cepat membentuk produk

Enzim pada pelunak daging mempercepat reaksi
pemotongan molekul protein
DNA di dalam nukleus
dikelilingi oleh protein

Enzim memotong
protein dari DNA
Tahap 4
Perlahan tambahkan alkohol
Miringkan tabung reaksi dan perlahan masukkan
satu lapisan alkohol di atas campuran sup kacang
hijau
DNA akan mengapung di lapisan alkohol
Semua residu dan protein dari sel kacang akan
ada di dasar, di lapisan air
DNA adalah molekul
panjang yang berikatan
satu sama lain
DNA Sequencing

Protein Purification
1. Ammonium Sulfate Precipitation
2. Column Chromatography
Flow-through
Eluate
3. Ion-Exchange Chromatography
Ion exchange chromatography
DEAE cellulose
anion exchanger
CH
2
-CH
2
-NH
+
(CH
2
CH
2
)
-
-
-
-
Negatively
charged (acidic)
protein or enzyme
CM cellulose
cation exchanger
CH
2
-COO
-

CH
2
-COO
-

+
+
+
+
Positively
charged (basic)
protein or enzyme
CH
2
-CH
2
-NH
+
(CH
2
CH
2
)
Ion exchange chromatography
CM cellulose
cation exchanger
CH
2
-COO
-

CH
2
-COO
-

+
+
+
+
Positively charged protein
or enzyme bind to the
column
For protein binding, the pH is fixed (usually near neutral) under low salt
conditions. Example cation exchange column
-
-
-
-
-
-
-
-
Negatively
charged proteins
pass through the
column
Ion exchange chromatography
CM cellulose
cation exchanger
CH
2
-COO
-

CH
2
-COO
-

+
+
+
+
To elute our protein of interest, add increasingly higher amount of salt
(increase the ionic strength). Na
+
will interact with the cation resin and Cl
-

will interact with our positively charged protein to elute off the column.
CM cellulose
cation exchanger
CH
2
-COO
-

CH
2
-COO
-

+
+
+
+
Na
+

Na
+

Cl
-

Na
+2

Cl
-

Cl
-

Cl
-

Na
+2

+ Increasing
[NaCl] of the
elution buffer
4. Affinity Chromatography
5. Gel Filtration Chromatography
Using SDS-PAGE to Assess Purity