Biologi Molekuler Sumatif 2

Biologi Molekuler 2010
1
Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

- FARMAKODINAMIK -

Jumpa lagi.. hahaha..
Nah berhubung materi ini ada yang penting dan ngga (keluar ujian ato ngga kan dikasih
tau tuh..), yang katanya keluar itu yang ada bintang-bintang yak.. tapi materi yang lain
dibaca juga, ntar ga sesuai perkiran berbahaya.. keh.. lanjuuut..

Baiklah, sekarang kita belajar mengenai farmakodinamik. Apa seh **bedanya** antara
farmakodinamik dan farmakokinetik??
Farmakokinetik mempelajari akan nasib obat di dalam tubuh jadi tubuh ngerjain si obat,
nah kalo farmakodinamik mempelajari akan nasib tubuh karena obat jadi obat ngerjain
tubuh, hehehe..
Kalo diliat, farmakokinetik mempelajari berapa dosis yang harus diberikan, obatnya
berapa banyak? Apa bentuknya? Seberapa sering? Dimasukan ke tubuh mau lewat
mana? Ya begitulah..
Kalo farmakodinamik mempelajari akan respon tubuh atau dampaknya dari kerja obat
tersebut. Ada yang bikin seneng, ada yang bikin tenang, dan lain-lain.
Kedua sub-materi dari farmakologi ini dihubungkan lewat keadaan obat di dalam
plasma darah dan resptornya di sel. Ini neh yang jadi jembatan keduanya.

Secara ilmiah, **definisi dari farmakodinamik** itu adalah.
Ilmu biokimia yang mempelajari kerja obat secara fisiologik dalam tubuh dan
mekanisme kerjanya, yang merupakan dasar dari terapi pemberian obat dan
pembuatan obat baru. Hal ini dilihat dari interaksi antara obat dengan reseptor yang
akan memberikan efek bagi tubuh.

Mekanisme dari kerja obat itu tergantung reseptor neh kawandz..
Reseptor akan memodulasi tingkat fungsi kerja dari tubuh dan fungsi fisiologis nya.
Jadi rumusnya, obat + reseptor = fungsi (inget materi apa gtu.. hehehe )
Contohnya : hormon, growth factor, neurotransmiter, enzymes (Ach [asetilkolin]
transferase, dihodrofolat reduktase, dan transpor elektron kayak Na/K-
ATPase)
Reseptor fisiologis itu memiliki 3 bentuk kerja :
- Agonis, kerjanya menyerupai kerja senyawa yang berasaal dari dalam sel individu
- Antagonis, obat yang memiliki aktivitas intrinsik sehingga menimbulkan efek yang
menghambat kerja agonis
- Inverse Agonis (Agonis negatif), obat tersebut menimbulkan efek yang
berlawanan dengan efek agonis
Mekanisme ini tergantung dari ikatan antara obat dan reseptor, yaitu ikatan ion,
hidrogen, hydrofobik, van der Waals hingga kovalen. (umumnya reversible)

Mekanisme kerja reseptor ini bisa diliat dari
pompa Na/K-ATPase yang bisa
meningkatkan kadar Ca
2+
dalam sel dan
membuat terjadinya kontraktilitas
(kontraksi).
Struktur dan hubungan antara reseptor dan
molekul obat tergantung pada struktur
kimia dari obat tersebut terhadap reseptor
(affinitas dan aktivitas intrinsik) serta
modifikasi diantara keduanya. Contohnya
Rasio Efek terapi/efek racun yang jika
makin tinggi makin baik adanya,
selektivitas obat dan profil dari
farmakokinetiknya.
(Kalo di slide contohnya ada senyawa
thiazolidinedione yang beda struktur dari
Troglitazone, Pioglitazone dan Rosiglitazone
[nice to know aja, ga keluar.. hehehe])

**Sifat reseptor** ini tergantung dari hal-hal berikut.
- Daerah fungsional, yaitu tempat berikatan dengan ligan (ekstrasel) dan yang tidak
berikatan dengan ligan (intrasel)
- Reseptor occupancy, ada yang langsung ke target selulernya (protein efektor),
pake protein efektor lalu kirim second messenger, atau transducer yang
memediasi molekul sinyal seluler
- Reseptor protein efektor/transducer/second messenger target nya
merupakan sebuah sistem efektor atau jalur transduksi sinyal.
- Merupakan amplifier dari sinyal biokimia


2

Diagram ini menggambarkan interaksi antara reseptor inversagonis (Ri) dan Reseptor
agonis nya (Ra) serta keadaan berikatan dengan obat (D-Ri dan D-Ra)

**Grafik diatas** memperlihatkan mekanisme kerja obat dan kecenderungan rekasi
terjadi. misalnya, untuk full agonis, maka reaksi akan cenderung bergerak ke Ra. Begitu
seterusnya.

Reseptor ini ada apa aja seh???
**Jenis reseptor fisiologik** yang ada yaitu
- Reseptor enzymes, kalo ada teks book yang bilang resptor sitokin, salah satunya
contohnya.
- Kanal ion, udah tau lah ya.. gerbang perpindahan ion gtu..
- G protein, ini lagi mpe bosen.. hehe
- Faktor trankripsi, satu-satu nya reseptor di intrasel yang temenan nya sama sinyal
yang berupa lipid.

Ne die gambarnye.. udah ringkasan jadi pahamin ye (cara kerja, ligannya, protein
efektornya, second messengernya).. hehhehe

**Keterangan gambarnya**. (Afalin neh guyz..)
1. Enzim
- Tirosin Kinase, ligannya: insulin, EGF, PDGF, lymphokins
- Sherine/ threonine protein kinase : TGF beta
- Guanilil siklase : reseptor ANF, reseptor guanilin
- Tirosin fosfatase
2. Ligand-gate ion channel
- Reseptor asetilkolin nikotinik
- Reseptor GABA
A

- Reseptor glutamat, aspartat and glysin
3. G protein-coupled receptor
- Reseptor amin biogenik
- Reseptor eikosanoid
- Resptor hormon peptida
Untuk protein efektornya ada:
- Enzyme : adenyl siklase, PLA
2
, C, D.
- Kanal ion : Ca
++
, K
+
, Na
+

- Protein transpor
4. Faktor transkripsi
Reseptor hormon tiroid, steroid, retinoid, dan Vitamin D.

ENZIM (PROTEIN KINASE)
Jenisnya udah ada diatas, wat protein ini targetnya bisa enzim lain (kinase lainnya),
protein regulator, atau protein struktural.
Contohnya yang paling gampang ya insulin (santai aja ne Nice 2 Know)
**RESEPTOR SITOKIN (JAK-STAT receptor)**
Merupakan reseptor tirosin kinase, yaitu 2 protein tirosin kinase yang terpisah (Janus
Kinase, JAK family)
JAKs ini akan menfosforilasi protein STATs ato signal transducers and activator of
transcription (udah pinter
lah ya bhs.inggrisnya..
hehehe).

Jadi fungsinya ntu,
meregulasi transkripsi dari
gen yang spesifik.

Ligand nya ada growth
hormones, erythropoeitin,
interferon, etc dah.


3

KANAL ION
Sesuai namanya, reseptor ini mengatur potensial membran dan komposisi ion di dalam
sel.

Untuk jenis ligannya kaya jenis yang dah disebutin
diatas, ada asetilkolin nikotinik (nicotinic
cholinergic receptor), Reseptor GABA
A
, glutamat,
aspartat and glysin (merupakan **tranmitter
sinapsis**)

Contohnya reseptor asetilkolin nicotinik, merupakan
pentamer (2, , , chains) dengan berat 43000-
50000. Asetil kolin berikatan pada subunit sehingga Na
+
masuk.

PROTEIN G
**Ligannya** yaitu..
Amin biogenik (norepinefrin, ACh, histamin, tiramin, dopamin, dll).
Eikosanoid (LT [leukotrine], PG [prostaglandin], TX [thromboxan], dll)
Hormon peptida (LH, FSH, ACTH, etc)

**Protein efektornya** yaitu
adenyl siklase, PLA
2
(PhospoLipase A
2
)

, C, D, Kanal ion (Ca
++
, K
+
, Na
+
), protein transpor.

Protein G ini memiliki 3 sub unit yaitu (, , ) yang akan mencari protein efektor. Lalu
protein efektor akan
berasosiasi dengan second
messenger untuk meneruskan
sinyal ke dalam sel.
Kompleks protein ini memiliki
7 buah protein transmembran
yang memiliki bentuk
bermacam-macam. Gugus
yang berikatan dengan ligan
adalah gugus amina dan yang
berikatan dnegan protein G
adalah gugus karboksil.

Jadi, ke 7 protein ini
sebenarnya berbentuk
melingkar dengan faktor
agonis ada di tengah-tengahnya (abstrak seh, gw juga bingung.. pizzz).

G alfa yang teraktivasi akan mencari protein efektor targetnya dan bagian ini spesifik
untuk setiap protein efektor yang ada. Berikut tabel yang memperlihatkan spesifisitas
dari efektor yang ada. (JANGAN PANIK!!! INI NICE TO KNOW AJA.. HEHEHE..)

Waktu untuk interaksi nya berbeda-beda, yang paling lama itu pada saat protein G
mencapai protein efektornya. Reseptor yang kemudian akan mengaktifkan efektor lalu
sinyal yang ada di dalam sel akan berakumulasi dan menimbulkan efek.
OIA, PROTEIN INI PALING FAMOUS DI KEBANYAKAN SEL.

FAKTOR TRANSKRIPSI
Reseptor spesial yang ada di dalam sel dan bisa mengakibatkan terjadinya trankripsi
karena bisa berikatan dengan DNA.

**Ligan nya**, yaitu steroid, tiroid, vitamin D dan retinoid.

Bagian yang berada di dekat karboksil akan menjadi kontrol atau regulator dari
transkripsi DNA yang kemudian akan berikatan dengan DNA untuk menghambat atau
mengaktivasi transkripsi gen.

***SECOND MESENGEEEEEEER***

4

Karakteristiknya, konsentrasinya sangat rendah, prosuksinya cepat dan mekanisme nya
daur ulang.

**Contohnya**,
cAMP, cGMP, Inositol triphospate (IP3) dan diacylglycerol (DAG), Ca
++
, serta NO
(Signaling nya dan contoh nya apa aja di slide NICE TO KNOW AJA.. )

**REGULASI DARI RESEPTOR**
Reseptor yang ada di regulasi oleh fungsi fisiologi dan biokimia agar terciptanya
homeostasis di dalam sel melalui proses sintesis dan degradasi. Baik reseptro,
transducer maupun efektor itu diregulasi.

Pemberian stimulasi yang sama secara berkelanjutan dari agonis akan memberikan efek
negatif yaitu desensitisasi (kecanduan hingga faktor regulatornya menurun)

Mekanisme feedback inhobition nya ada yang
- Homolog desensitisasi (dari reseptor yang terstimulasi)
- Heterolog desensitisasi (dari banyak reseptor yang sharing jalur sinyal yang sama)

Untuk yang homolog, desensitisasi terjadinya hanya pada molekul reseptor itu saja.
Bisa mengalami fosforilasi, proteolisis, hingga penurunan sintesis.

Untuk yang heterolog, desensitisasi terjadi dengan adanya penghambatan atau
hilangnya satu hingga lebih protein yang ikut berpartisipasi dalam jalannya sinyal dari
reseptor yang lain. Jadi karena dia ikutan ngelanjutin sinyal dari resptor itu, dia juga
ikut-ikutan mengalami desensitisasi.

Ada lagi yang PARAAAH, hehe... namanya supersensitisasi yaitu pengurangan fungsi
secara kronik dari stimulasi reseptor itu. Contohnya pada beta-blocker.

Untuk grafik yang ada di atas, ceritanya begini. Kalo mengalami desensitisasi pasti
responnya akan menurun. Kalo homolog, bila dikasih stimulasi agonis yang lain (b) dia
akan kembali seperti respon semula. Tapi, kalo yang heterolog karena reseptor yang
kena banyak, maka dikasih stimulasi agonis b,c,d juga ga akan balik ke respon semula.
Hal ini dikarenakan reseptor yang satu mungkin bisa kembali, tapi kalo reseptor yang
lain ngga ya sama juga boong. Lah kerjanya juga bareng-bareng. Hehehe..

Nah terakhir ne.. **PENYAKIT KARENA MALFUNGSI RESEPTOR**
- Sindrom feminisasi testis, karena kekurangan reseptor ANDROGEN
- Myasthenia gravis, yaitu deplesi autoimun gara-gara reseptor cholinergic nicotinic
- Insulin-resistant DM, yaitu deplesi autoimun karena reseptor insulin
- Multiple endocrine disorder, karena defisiensi dari Gs (heterogen)
- Malignancy, aberasi reseptor yang bersifat onkogen

5

- Retinitis pigmentosa, precocious puberty, dan malignant hipertiroidisme yaitu
mutasi reseptor yang memicu aktivasi dari kompleks protein G
(Hafalin ya temandz, yang sabar ngafalinnya biar apal.. hehehe.. semangaaaadz)

Yang paling ujungz...
**KERJA OBAT YANG TIDAK DI MEDIASI OLEH RESEPTOR**
(Jadi langsung tancep gas ngasih efek ke tubuh.)

Ada macem-macem yaitu.
- Kerjanya Berikatan dengan molekul lain atau ion, contohnya antasida (obat maag)
- Efek koligatif, contohnya mannitol (obat sembelit)
- Yang memiliki struktur analog dengan molekul kimia biologis, contohnya
beberapa agen antiviral dan antikanker (jadi salah kenal gitu virus nya.. hhehe)
- Desinfektan, detergen, alkohol yang LANGSUNG merusak membran tanpa
pamrih.. hehehe

Baiklah, mungkin itu dulu.. sebenarnya ini ada di buku rujukan farmakologi bab yang
depan-depan kayak:
Farmakologi FKUI (yang hejo), Katzung, Goodman-Gilman, dan laen-laen..

Sory ya kalo mirip banget ma slide, hehehe..
Met belajar guyz.. GBU!!!

- MUTASI GENETIK -
PROLOG
- DNA merupakan informasi genetik yang berupa molekul asam nukleat.
- Gen merupakan DNA yang diekspresikan menjadi protein
- DNA yang tidak diekspresikan berfungsi hanya sebagai pembentuk struktur dan juga
fragmen perantara antara satu gen dengan gen lainnya (disebut juga junk DNA).
Namun, di dalam organisme prokariot, terutama bakteri, DNA yang terdapat di dalam
bakteri hampir semuanya diekspresikan.
- Basa nitrogen selalu berpasangan pada rantai DNA double helix dengan
komplemennya. Yakni Adenin dengan Timin, serta Citosin dengan Guanin.

Mutasi adalah perubahan pada materi genetik (DNA) yang dapat diturunkan.
Mutasi mengacu pada : 1. Perubahan materi genetik, 2. Proses perubahan materi
genetik tersebut.
TIdak semua mutasi itu negatif, contoh : evolusi tanpa adanya mutasi, evolusi
tidak akan terjadi makhluk hidup tidak dapat beradaptasi dengan membentuk alel.
Mutan Organisme yang mengalami mutasi akan membentuk fenotip dan
genotip baru.
Mutasi dapat terjadi pada sel apapun dan kapanpun ketika perkembangan dari
organisme multiseluler. Mutasi dapat terjadi pada 2 jenis sel:
1. Germinal mutation terjadi pada sel sperma dan sel telur, akibatnya akan
diteruskan ke keturunan selanjutnya
2. Somatic mutation terjadi pada seluruh sel tubuh kecuali sel sperma dan
ovum, dan pada mutasi ini tidak akan diturunkan pada keturunan berikutnya
Mutasi dapat terjadi dalam skala kecil hanya satu molekul DNA yang berubah
(point mutation), hingga terjadi dalam skala besar hingga satu kromosom yang
berubah.

Jenis-jenis mutasi titik (point mutation):
1. Substitusi satu nukleotida digantikan oleh nukleotida lain, contoh : tautomeri
2. Delesi hilangnya nukleotida, bisa satu pasang saja atau satu fragmen besar,
misalnya disebabkan oleh radiasi sinar-sinar radioaktif
3. Insersi masuknya satu atau lebih nukleotida ke dalam sekuens DNA

Delesi dan insersi dari satu atau dua pasang basa pada sebuah gen dapat
menyebabkan perubahan pada pembacaan kodon pembacaan kodon menjadi
bergeser, sehingga dapat terjadi perubahan asam amino yang dikode pada proses
translasi. Mutasi semacam ini disebut frameshift mutation.

(perhatikan pada pembacaan kodon ketiga dst pada gen yang wild-type (normal) dan
pada gen yang mutant, terjadi perubahan pengkodean asam amino akibat insersi C-G)

6

Mutasi yang terjadi pada gen normal sehingga menghasilkan fenotip yang mutan
disebut forward mutation.
Sementara itu, ketika terjadi mutasi kedua yang menyebabkan fenotip kembali
menjadi normal (original), maka mutasi tersebut disebut reverse mutation. biasanya
terjadi pada organisme yang mudah mengalami mutasi, ex. bakteri.

Reverse mutation dapat terjadi melalui 2 cara :
1. Back mutation mutasi kedua terjadi pada tempat yang sama dari mutasi
yang pertama sehingga fenotip yang dihasilkan kembali normal
2. Suppressor mutation mutasi kedua terjadi pada lokasi yang berbeda, tapi
akibat dari mutasi kedua tersebut meniadakan (menekan = suppress) efek
dari mutasi yang pertama.

Mutasi titik yang menyebabkan perubahan pasangan nukleotida pada gen, yang
pada akhirnya mengakibatkan perubahan pada asam amino yang dikode, disebut juga
missense mutation.
Sementara itu, apabila mutasi titik yang menyebabkan perubahan pasangan
nukleotida pada gen, tetapi pada akhirnya tidak menyebabkan perubahan asam amino
yang dikode (hal ini disebabkan karena terdapat asam amino yang dikode oleh
beberapa kodon) disebut juga silent mutation.
Jika point mutation yang terjadi menyebabkan terciptanya stop kodon (UAG, UGA,
atau UAA), disebut juga nonsense mutation.
Akan tetapi, ada mutasi yang terjadi tetapi tidak menimbulkan efek pada fenotip
(jadi kayak mutasinya itu gak ngaruh), oleh karena itu disebut sebagai neutral
mutation. Hal ini terjadi misalnya pada mutasi pada DNA yang bukan gen junk DNA.
Namun, kebanyakan mutasi yang terjadi menyebabkan perubahan fenotip. Dan
perubahan fenotip ini adalah akibat dari tidak adanya protein yang terbentuk atau
aktivitas protein yang terbentuk itu berkurang akibat terjadinya mutasi.

Alel resesif yang mutan seringkali menyebabkan gangguan metabolisme. Contoh :
ada 5 gangguan/penyakit yang disebabkan oleh mutasi autosomal resesif sehingga tidak
dihasilkan enzim yang berperan dalam metabolisme, akibatnya adalah adanya
gangguan pada metabolisme phenylalanine-tyrosin, yakni :
Phenylketonuria (tidak adanya enzim phenylalanine hydroxylase)
Tyrosinosis (tidak adanya enzim tyrosine transaminase)
Tyrosinemia (tidak adanya enzim p-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase)
Alkaptonuria (tidak adanya enzim homogentisic acid oxidase)
Albinism (ada dua kemungkinan penyebab, defek pada enzim tyrosinase atau
gangguan pada perubahan 3,4 dihydroxyphenylalanine menjadi pigmen
melanin)
*Untuk lebih mudah memahami, sebaiknya lihat bagan yang ada di slide*

Berdasarkan penyebab terjadinya mutasi, ada 2 jenis mutasi:
Mutasi spontan (spontaneous mutation)
Terjadinya tanpa diketahui penyebabnya. Pada eukariot, mutasi ini dapat
terjadi dengan perbandingan 1: 10juta hingga 1: 1 milyar. (artinya : dari setiap
10 juta hingga 1 milyar pasang nukleotida yang terdapat di DNA, dapat terjadi
mutasi pada 1 pasang nukleotida).
Sementara pada DNA yang merupakan gen, mutasinya terjadi dengan
perbandingan 1: 10ribu hingga 1:10juta.
kesimpulan : pada SELURUH DNA, perbandingan mutasi 1: 10 juta hingga
1: 10 milyar, sementara pada DNA yang merupakan Gen, perbandingan
1: 10ribu hingga 1:10 juta). Jadi kemungkinan mutasi pada DNA yang
merupakan Gen lebih tinggi daripada seluruh DNA.
Contoh : Orangtuanya normal, tapi tiba-tiba ketika punya anak, anaknya
mengidap sickle cell anemia.
Induced mutation
Dihasilkan karena tereksposenya organism ke agen fisik dan kimia (physical
and chemical agent) disebut mutagen.

Mutagenic Agent, ada 3:
1. Chemical Agents (note : struktur kimianya bisa dilihat di slide) :
- Alkylating agent mentransfer gugus alkil (CH3-, CH3CH2-, etc) ke basa DNA
Contoh : Mustard Gas [Di-(2-chloroethyl) sulfide]
EMS (Ethyl methane sulfonate)
- Basa Analog analog dari suatu basa nitrogen, memiliki struktur yang mirip
dengan basa nitrogen normal dan masuk ke dalam DNA selama replikasi.
Contoh : 5-Bromouracil (BU)
2-Aminopurin (2-AP)
- Deaminating Agent mendeaminasi (menghilangkan gugus amino) pada
basa nitrogen. Contoh : Nitrous Acid (HNO
2
)
- Hydroxylating agent menghidrolasi gugus amino pada basa nitrogen.
Akibatnya, dapat terjadi mutasi transisi (mutasi titik yang menyebabkan
nukleotida purin menjadi purin lainnya (AG, vice versa) atau pirimidin
menjadi pirimidin lainnya). Contoh : hydroxylamine.
- Acridine dyes menginterkalasi (masuk) pada celah DNA (groove), sehingga
rigiditas dari DNA bertambah mengubah konformasi DNA yang double helix
menjadi abnormal. Contoh : Prolavin, Acridine orange. *keduanya merupakan
zat pewarna pakaian.


7

2. Physical Agent
- Ionizing radiation = sinar berenergi tinggi menyebabkan elektron lepas
menyebabkan free radical ion.
Sinar tersebut menyebabkan
perubahan yang sangat besar pada
kromosom. Contoh : X-rays,
gamma rays, dan cosmic rays.
- Non-ionizing radiation
energinya lebih rendah dibanding
ionizing radiation penetrasinya
hanya pada lapisan permukaan
pada sel tidak menyebabkan
ionisasi. Contoh : Sinar UV
menyebabkan pyrimidine hydrate
dan pyrimidine dimer.

3. Transposable Genetic Material
(transposons)
Elemen dari gen itu sendiri yang
dapat berpindah. Berasal dari kata
(transposable = dapat berpindah).
Pada sel eukariota, jarang
ditemukan adanya transposons.
Perpindahan akibat insersi dari transposon itu tentu saja akan menyebabkan
gen tersebut menjadi tidak fungsional.

Faktor utama mengapa mutasi dapat terjadi :
1. Tingkat keakuratan dari proses replikasi DNA
2. Efisiensi dari mekanisme yang dapat memperbaiki kerusakan DNA (DNA Repair)
3. Tingkat keterpajanan terhadap mutagenic agent

Mekanisme dari mutasi :
1. Tautomerisasi pada proses Replikasi DNA
Tautomerisasi adalah proses dimana terjadinya perpindahan atom hidrogen
dari satu posisi ke posisi lain pada basa purin atau pirimidin. Hal ini mungkin
disebabkan karena adanya sinar yang menyebabkan atom hidrogen loncat.
Mutasi yang disebabkan karena tautomerisasi :
Mutasi transisi : penggantian purin menjadi purin lainnya (contoh : G
menjadi A) atau pirimidin menjadi pirimidin lainnya.
Mutasi transversi : penggantian purin menjadi pirimidin lainnya dan
sebaliknya.

Pada pirimidin, perpindahan atom hidrogen terjadi pada atom karbon nomer 3
ke atom karbon nomer 4. Sementara pada purin, perpindahan atom hidrogen
terjadi pada atom karbon 1 dan 6. Perpindahan atom karbon ini menyebabkan
potensi mereka untuk berikatan dengan basa nitrogen pasangannya berubah.

Contoh : Seharusnya dalam keadaan normal, yang terjadi adalah ikatan antara
Adenin dan Timin. Namun, karena terjadi tautomerisasi, yang terjadi adalah
ikatan antara Adenin dan Citosin. Hal ini disebabkan karena perpindahan atom
hidrogen tersebut merubah
konformasi dari Citosin
yang dalam keadaan
normal adalah amino form,
menjadi imino form.
Citosin dengan bentuk
amino form berpotensi
untuk berikatan dengan
Guanin, sementara Citosin
dengan bentuk imino form
berpotensi untuk berikatan
dengan Adenin.

* Untuk lebih mudah memahami, sebaiknya lihat gambar yang ada di slide*

2. Kegagalan dalam proses repair DNA.
Mekanisme dari DNA repair diklasifikasikan menjadi :
1. Excision (memotong) repair:
Terdiri dari 3 tahap :
a. DNA glycosilase enzyme mengenali bagian DNA yang mengalami
mutasi kemudian memotongnya.
b. DNA polymerase mengisi nukleotida yang hilang dengan nukleotida
yang sesuai karena dipotong.
c. DNA ligase menyambungkan potongan tadi sehingga untaian DNA
menjadi seperti semula
Apabila terjadi kegagalan dalam proses repair ini, maka dapat terjadi
mutasi yang permanen.

2. Light-dependent repair (photoreactivation)

8

Proses repair yang dibantu oleh adanya sinar. Hanya terjadi di prokariota,
pada organisme tingkat tinggi seperti manusia jarang atau hampir tidak
pernah terjadi. Enzim yang berperan adalah DNA photolyase.
Contoh : prokariota sangat sensitive terhadap sinar UV menyebabkan
timin menjadi dimer DNA photolyase mengenali dan memisahkan timin
dimer sehingga molekul timin-timin tersebut dapat berpisah kembali.
Enzim ini aktif karena adanya sinar.

Penyakit-penyakit heritable yang disebabkan karena adanya mutasi DNA :
- Sickle Cell Anemia
Ditemukan pertama kali oleh Pauling et al. (1949). Penyakit ini merupakan
pencetus istilah molecular disease. Pada penyakit ini terjadi substitusi
nukleotida A menjadi C asam amino glutamat berubah menjadi valin Hb A
(normal) berubah menjadi Hb S (defective, gak normal).
- Tay-Sachs disease
Mutasi terjadi pada gen HEXA yang mengkode hexosamidase A untuk
mengubah ganglioside G
M2
into G
M3
di dalam sel saraf. Jika tidak ada enzim
tersebut, maka G
M2
akan terakumulasi, padahal G
M2
bersifat toksik pada sel
saraf.

Penyakit-penyakit heritable yang disebabkan oleh defek pada proses perbaikan DNA:
- Xeroderma Pigmentosum : penderita sangat sensitive terhadap sinar matahari.
Disebabkan karena adanya defek pada proses perbaikan DNA akibat sinar UV.
- Cockayne syndrome : Defek pada excision dalam DNA repair.

Mutasi adalah penyebab terjadinya polimorfisme. Polimorfisme itu sendiri adalah
adanya dua atau lebih dari alternatif fenotip yang normal. Jadi misalnya, dalam
golongan darah ABO, kita tau kan kalo golongan darah itu ada banyak. Namun, dari
bermacam-macam golongan darah ABO tersebut,, semuanya normal.
Menurut para ahli genetika, disebut genetic polymorphism apabila frekuensi dari
adanya 2 atau lebih alel dalam satu lokus lebih dari 1% di dalam populasi. Misalnya
golongan darah ABO dan MN. Sementara itu, alel dengan frekuensi kurang dari 1%
(misalnya Golongan darah O Bombay) disebut varian yang jarang (rare variant) bukan
disebut polimorfisme.
Polimorfisme merupakan penyebab banyaknya perbedaan yang normal pada
populasi manusia seperti warna mata, warna rambut, dan golongan darah.
Meskipun polimorfisme tidak memiliki efek negatif pada kesehatan seseorang,
beberapa variasi tersebut mungkin meningkatkan risiko terjadinya suatu penyakit atau
kelainan.

Bentuk-bentuk dari polimorfisme:
1. Single Nucleotide Polymorphism (SNP)
Polimorfisme pada DNA sequence yang berisi variasi dari basa nitrogen.
Contoh missense mutation akibat substitusi nukleotida sickle cell anemia.
2. Variable Number of Tandem Repeats (VNTR) disebut juga macrosatellites
Suatu tipe dari DNA polimorfisme yang dihasilkan oleh adanya pengaturan
besar tandem (perulangan dari fragmen DNA yang pendek, misalnya masing-
masing fragmen terdiri dari sekitar 10 untaian nukleotida, kemudian fragmen
tersebut diulang-ulang).
Contoh: ada orang yang VNTRnya 6, ada yang VNTRnya 5, etc.

3. Microsatellites (Short Tandem Repeat Polymorphism (STRP))
Mirip VNTR, bedanya pada STRP nukleotida yang berulang hanya terdiri dari
2-6 nukleotida tiap fragmen yang berulang, sementara pada VNTR bisa sekitar
10-20 nukleotida tiap fragmen yang diulang.
Setiap jumlah fragmen STRP yang berbeda terdapat dalam alel yang berbeda.
Misalnya : seorang anak memiliki 2 alel STRP, salah satunya berisi 14 fragmen
yang berulang dan alel satunya lagi berisi 10 fragmen yang berulang.
*Lihat gambar di slide untuk memudahkan pemahaman*

Penurunan dari VNTR dan STRP mengikuti hukum Mendel.

Sekitar 1 dari 1000 DNA dalam genom manusia termasuk polimorfisme genetik ada 3
juta SNP yang terdapat di dalam genom manusia. Dapat dilihat dari berbagai macam
perbedaan dari produk-produk gen yaitu protein.

Penggunaan Polimorfisme :
- Dalam forensik mengidentifikasi individu
- Dalam farmakogenetik respon tubuh terhadap obat berbeda-beda tiap
individu

9

- Genetic relationship molecular evolution untuk melihat kekerabatan,
apakah dekat atau tidak. Ex. suku batak ternyata dekat kekerabatannya dengan
suku Toraja

Mutasi genetik atau polimorfisme dapat diketahui dengan beberapa cara:
- RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
- PCR (Polymerase Chain Reaction)
- PCR DNA Sequencing
- Southern Blot

- GENE REARRANGEMENT -

1. DNA rearrangement = Perubahan struktur & komposisi gen pada khromosom
yang mengakibatkan pengaturan ulang urutan gen dalam genom (berbeda
dengan rekombinasi DNA pada saat meiosis yang hanya mengalami pertukaran
gen tapi tidak merubah urutan gen pada genom).
2. Rearrangement dapat terjadi pada virus, prokariota & eukariota untuk mengatur
& mengontrol perubahan ekspresi gen pada tipe sel tertentu. Penemuan
mengenai adanya gen yang mampu berpindah ke lokasi kromosom yang berbeda
lalu mengubah ekspresi gen sekitarnya berasal dari ilmuwan yang tak asing bagi
kita yaitu Barbara Mcclintock.
3. Rekombinasi DNA pada gene rearrangement melibatkan site-specific
recombination yang ada pada sekuens DNA dari segmen (gen) yang mengalami
rekombinasi. Interaksi DNA yang terlibat rekombinasi dimediasi oleh protein
(enzim) yang mengenal sikuens spesifik pada DNA target.
4. Gene rearrangement pada prokariot
- Tujuan : menghasilkan varian protein
yang diperlukan untuk beradaptasi
pada perubahan lingkungan, seperti
resisten terhadap antibiotik dan
penghindaran dari intervensi sistem
imun host.
- Rekombinasi DNA bakteriofag pada
genom bakteri
Apabila bakteriofag menginfeksi E.
coli, DNA akan direplikasi untuk
menghasilkan virion baru hingga sel
lisis, atau terintegrasi ke genom bakteri
membentuk profag. Pada siklus tsb (lisogenik), profag akan ikut direplikasi
didistribusikan ke sel baru generasi berikutnya. Pada kondisi tertentu, profag
dapat dieksisi & direplikasi kembali membentuk virion baru.
Baik integrasi maupun eksisi DNA akan melibatkan site- specific
recombination sequens pada virus dan sel host (bakteri). (gambar dapat
dilihat di slide,,gak muat dimasukin di sini hehe).
Rekombinasi (rearrangement) bakteriofag DNA dan genom bakteri
dimediasi oleh protein bakteriofag disebut integrase (int). Protein integrase
(enzim ini dikode oleh gen virus) mengenal site- specific recombination
sequens pada virus (attP) dan sel host/bakteri (attB). Keduanya dipotong &
diintegrasikan seperti gambar di samping.

- Mekanisme rekombinasi yang lebih detail : attP (merah) dan attB (biru)
Int awalnya mengikat attP, membentuk sebuah kompleks di mana DNA attP
dibungkus oleh sekitar
beberapa protein
Int. Kemudian kompleks
Int-attP mengikat attB,
dengan menyelaraskan
dari situs att fag bakteri
yang homolog (1). Baik
attP maupun attB akan
mengalami pemotongan
oleh int pada site
tertentu (2). attP dan
attB yang sudah
terpotong pada urutan
yang homolog
kemudian mengalami
pertukaran dan
direkatkan oleh enzim
ligase (3). Int protein
juga berperan pada
eksisi profag yang
prosesnya merupakan
kebalikan dari proses
integrasi. (materinya
agak susah kalo ingin
baca lebih lanjut

10

kunjungi http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?
book=cooper&part= A828)

- Transposisi gen / DNA
Gen yang tidak akif (silent gene) diaktifkan dengan memindahkannya ke situs
ekspresi yang akhirnya akan mengubah ekspresi gen sebelumnya. Gen yang
mengalami transposisi disebut transposon. Transposisi melibatkan enzim
transposase.
Salah satu bentuk ekspresi gen yang dirubah oleh gene arrangement
transposisi yaitu perubahan antigen permukaan (berupa komposisi protein
pilin) oleh Neisseria gonorhoeae (bakteri penyebab kencing nanah) guna
menghindar respon dari sIgA memori. Gambarnya ada di bawah tuuuh

- Inversi gen
Segmen DNA dipotong & disambung kembali dengan orientasi berbeda
(terbalik) dari sebelumnya. Contohnya pada Campylobacter fetus (bakteri
gram positif dan patogen pada sapi peternakan dan manusia). C.fetus
mengekspresikan SLP (S-layer protein) di permukaan selnya SLP dapat
bereaksi dengan c3b yang berperan dalam opsonisasi. Ternyata C.fetus dapat
mengalami rearrangement pada SLP-nya dengan membentuk 6,2 kb invertible
element sehingga SLP berubah dan tidak bereaksi dengan c3b -> terhindar
dari fagositosis. (gambarnya juga ada di samping tuuh).

5. Gene arrangement pada eukariota
a. Pathological Gene Rearrangement
Contohnya : gene arrangement pada gen bcr/abl karena translokasi
khromosom 9 dan 22. Simbolnya yaitu t (9;22)(q34;q11). Pada kasus ini gen
bcr pada khromosom 22 berekombinasi dengan gen abl pada khromosom 9
menghasilkan rekombinan bcr/abl. Rekombinan ini menimbulkan penyakit
chronic myeloblastic leukemia. Gambar nya tuuh +


11

b. Natural gene rearrangement
Terjadi pada reseptor antigen manusia : reseptor sel T (TCR) dan
immunoglobulin. Mengapa? Karena bentuk gen Ig dan TCR itu ada dua :
Bentuk germline = gen nonfungsional pada presel T dan presel B.
Bentuk rearrangement = gen fungsional pada sel T dan sel B yang telah
matur. Gen fungsional tsb berasal dari rekombinasi segmen gen somatik
bentuk germline pada waktu diferensiasi sel T dan sel B.
Kenapa siih si gen Ig dan TCR butuh di arrangement supaya fungsional??
Jadi ceritanya gini kan jumlah antigen ada milyaran. Berarti kan butuh
milyaran sel T dan B juga agar spesifik untuk tiap antigen. Sayangnya, total
DNA genom kita aja cuman ada sekitar 3 milyar itu juga banyak yang non
pengkode. Nah. Ternyata memang Tuhan tahu segalanya yaah..Tuhan
mensiasatinya dengan melakukan rekombinasi gen gen limfosit yang unik
pada saat perkembangan sistem imun. Mau tahu gimana rekombinasinya??
Makanya jangan ngantuk dulu yaah..baru setengah jalan nhh
semangat!!!..langsung ke nomor selanjutnya aja deeh..
6. Gene rearrangement pada TCR
TCR terdiri dari dua rantai polipeptida (o dan |) yang menembus membran plasma
dan terikat oleh ikatan sulfide. Rantai o dan | tersusun atas variable region dan
constant region. Bagian variable berfungsi untuk antigen binding sedangkan
constant untuk aktifitas biologis.

Gen yang mengkode dua polipeptida ini adalah rekombinasi antara V, J, C
segments (rantai alfa) atau antara V, D, J, dan C segmen (rantai beta). (V= variable,
D = diversity, J = joining, C = constant).
Gen pengkode rantai alfa :

Gen pengkode rantai beta :


12

Bagaimana siiih gen2 ini menghasilkan bermilyar rantai polipeptida yang spesifik??
Mekanisme umumnya ditunjukkan oleh gambar di atas ini. Gambar ini adalah
mekanisme umum pembentukan rantai TCR beta. Perbedaannya yang atas pake gen
D2, J2, C2 sedangkan yang bawah pake gen D1, J1, C1. Jadi ngerti
kan..tapiPertanyaannya kok bisa bermilyar2??pdhal di gambar ini ada dua aja
variasinya. Sebentar..kan belum selesai ternyata V, D, J, C itu masing2 punya banyak
ekson sehingga variasinya menjadi besar. Ingat prinsipnya hanya 1 ekson saja yang
dipakai untuk DNA sel T yang matur . Lebih jelasnya ditunjukkan oleh table berikut.

Domain (exon) TCRa TCRb
Bentuk germline
V 50 70
D -- 2
J 50 13
C 1 2
Bentuk rearrangement
Kombinasi 2,5 X 10
3
3,6 X 10
3

Tambahan N-sequence 2,5 X 10
5
3,6 X 10
5

Diversitas TCR ab ~ 10
11
kombinasi

7. Gene rearrangement pada Ig (Immunoglobulin)
Immunoglobulin tersusun atas 2 heavy
chains (H) dan 2 light chains (Lk dan L)
yang terikat oleh ikatan disulfide. Keduanya
terdiri atas region variable dan constant.
Prinsip rekombinasi spesifik dalam
pembentukan gen Ig pertama kali
diungkapkan oleh Susumu Tonegawa. Gene
rearrangement pada gen Ig dapat
membentuk sekitar 10
12
Ig yang spesifik
untuk setiap antigen. Sama seperti TCR, gen
yang menentukan kedua chain tsb adalah V,
D, J, dan C. Untuk Lk dan L dikode oleh
region gen V, J, dan C sedangkan H ditambah
region gen D.

Sekedar tambahan nihh saya kasih gambar mekanisme rearrangement light chain (1)
dan heavy chain (2) :


13

Lagi lagi seperti TCR,,alasan kenapa kombinasinya bentuk bisa banyak karena tiap
region gen (V, D, J, C) punya hingga ratusan ekson (lebih hebat dari TCR hehe). Lebih
jelasnya diuraikan oleh table di bawah ini.

Domain (exon) Rantai Lk Rantai Ll Rantai H
Bentuk Germline
V 300 300 300
D -- -- 50
J 5 -- 8
C 1 5 9
Bentuk Rearrangement
Kombinasi 1,5 X 10
3
1,5 X 10
3
11 X 10
4

Tambahan N-sequence 1,5 X 10
5
1,5 X 10
5
11 X 10
6

Diversitas Ig ~ 16,5 10
11
kombinasi

8. Mekanisme rekombinasi VDJ
Bagian ini beda dengan sebelumnya kalo tadi (TCR dan Ig) kan hanya mekanisme
rearrangement secara umum untuk pembentukan gen fungsional keduanya
sedangkan bagian ini akan menjelaskan bagaimana cara segmen VDJ itu saling
join an yang nantinya akan membentuk gen fungsional. Pembahasan ini akan
kembali ke prinsip awal kita dimana rearrangement melibatkan dua komponen
penting yaitu site specific recombination dan protein (hayo hayo masih ingat
gak).Tambah penasaran..ayuuk lanjut bacanya.
Ternyata segmen coding dari Ig dan TCR (V, D, J, dan C) diapit oleh dua
recombination signal sequence (RSS) yang terletak dihulu & dihilir exon. RSS
dikenali dan di eksisi oleh 2 protein kompleks RAG1 & RAG2.
Setelah eksisi noncoding sequence antara dua segmen (misal V dan D), maka akan
terjadi rekombinasi (rearrangement) antara kedua segmen yang akhirnya
menghasilkan gen fungsional (Ig & TCR) yang sangat bervariasi. Gambarnya sebagai
berikut.

9. Deteksi gene rearrangement TCR dan Ig
Prinsip deteksi ini dimulai karena ditemukan bahwa rearrangement gen TCR dan Ig
merupakan penanda galur dan distribusi klon sel T dan sel B. Penanda galur
maksudnya adalah tiap galur TCR dan Ig memiliki pola rearrangement yang khas
sedangkan distribusi klon berarti anggota dari satu klon pasti mempunyai
gambaran rearrangement yang sama.
Cara deteksi rearrangement gen TCR dan Ig :
RFLP (determinasi fragmen restriksi pada blot Southern)
Situs restriksi pada intron gen germline akan terinterupsi oleh rekombinasi
segmen gen yang berpartisipasi/mengalami rearrangement sehingga komposisi
fragmen restriksi akan berubah (berbeda dari bentuk germline). Akibatnya jika
dilakukan Hibridisasi dengan DNA pelacak (probe) menyebabkan gambaran
hibridisasi pada radioautogram blot Southern akan berubah dan berbeda dari
gambaran germline.
Amplifikasi gen dengan PCR
Menggunakan primer yang komplementer dengan intron segmen gen
pasangannya. Akibatnya, rearrangement akan menyebabkan segmen gen yang
berkombinasi tidak teramplifikasi. Oleh karena itu, dengan amplifikasi ini kita bisa
tahu segmen ekson mana yang berkombinasi berdasarkan intron yang hilang tsb.
10. Rearrangement gen TCR dan Ig sebagai alat untuk memantau kelainan dan
patologi limfoproliferasi

14

Leukemia limfositik dan limfoma
Sel leukemia dan neoplasma limfoblastik berasal dari satu sel ansestor yang
berproliferasi lebih agresif dari pada sel normal, membentuk satu klon
dominan dalam sirkulasi atau kelenjar limfa. Oleh karena itu jika dilakukan
analisa rearrangement pada limfosit yang diisolasi dari darah tepi atau
kelenjar limfe maka akan menunjukkan ekspansi klonsel neoplasia limfositik /
limfoblastik
Penyakit-penyakit autoimun
Analisa limfosit yang diisolasi dari organ atau jaringan yang mengalami lesi
karena reaksi autoimun, menunjukkan adanya proliferasi sel T monoclonal
(stau jenis klon yang dominan) atau oligoklonal (beberapa jenis klon yang
dominan) yang spesifik.
- rhematoid arthritis (reaksi autoimun pd persendian)
- autoimun chronic active hepatitis
- psoriasis (lesi pada kulit, cth : dermatosis squamosa)
Penyakit-penyakit infeksi virus dan bakteri intraseluler
Respon imun thd antigen virus menyebabkan proliferasi sel T spesifik dalam
sirkulasi dan jaringan/organ target. Jika dilakukan analisa rearrangement pada
limfosit dari sirkulasi/organ memperlihatkan ekspansi monoklonal atau
oligoklonal sel T tertentu.
Cth : pada penderita hepatitis, sel hati yang terinfeksi akan mengekspresikan
antigen hepatitis lalu dikenali oleh sel T CD 8 yang akan merusak sel2 hati
yang terinfeksi.
11. Sedikit data tambahan nhh teman2..btw kalo materi ini agak susah usahain jangan
menghapal terus baca berulang2 ajah dan perhatikan gambarnya soalnya itu
membantu sekali hehe,,sukses sumatif 2 yaaa
Table lokus gen yang mengkode polipeptida TCR dan Ig

Gen Lokus
TCR o 14 q 4
| 7 q 32 35
7 p 15
o 14 q 4
Ig Lk 2
L 22
H 14 q 9

- DIAGNOSIS MOLEKULER DAN TERAPI GEN -

Sebelum memasuki diagnosis molekuler dan terapi gen lebih jauh, teman-teman perlu
mengetahui beberapa hal di bawah ini:
Replikasi
Transkripsi
Translasi
Kodon

Sejarah
Pada awal tahun 90an, implementasi dari biomol adalah sebagai alat diagnostik, baik
untuk penyakit genetik maupun penyakit infeksi. Inilah yang kemudian mengarah ke
suatu diagnosis yang dinamakan diagnosis molekular. Saat ini, diagnostik molekuler bisa
diterapkan di berbagai kebutuhan medis, termasuk untuk mendeteksi malignansi,
penyakit genetik, identity assignment, farmakogenetik, dan penyakit infeksi.

Metode dan Spesimen
Kelainan yang berhubungan dengan mutasi dapat dideteksi dengan metode:
PCR
PCR-RFLP
Oligo spesifik probe
ARMS
Real time PCR for quantitaion
Spesimen yang digunakan dapat berupa:
Darah tepi/limfosit cord blood
Vili choriales
Cairan amnion
Circulating Asam nukleat, etc.

Deteksi mutasi terjadi di berbagai level DNA pada penyakit genetik. Mutasi dapat terjadi
belakangan setelah proses differensiasi sel. Untuk mendeteksi mutasi gen paternal, kita
tidak harus mengambil sel sperma ayah, cukup diambil limfositnya. Untuk mendeteksi
ada tidaknya gen yang bermutasi, diambil DNA nya karena gen yang ada di inti sel sama
urutannya di semua jaringan. Sedangkan, RNA sudah merupakan hasil ekspresi dari gen.
RNA di sel otot berbeda dengan RNA di sel saraf.
Meskipun ditemukan adanya mutasi di DNA, tidak semua gen akan digunakan.
Misalnya, sel darah merah tidak mensistesis imunoglobulin. Gen imunoglobulin ada,
tetapi RNA nya tidak ada. Imunoglobulin diproduksi sel limfosit B. Klo mau lihat RNA
nya, lihat sel limfosit B. Kalau sel T? tidak ada juga karena tidak diekspresikan.

15

Jadi, deteksi mutasi pada DNA menunjukkan bahwa mutasi itu ada. Tapi apakah akan
diekspreskan? Lihat RNAnya!

Circulating Asam Nukleat
Merupakan asam nukleat DNA maupun RNA yang tidak berada di dalam sel (DNA
radikal). Misalnya DNA dari sel kanker. Sel ini pertumbuhannya sangat cepat dan
banyak pula yang mengalami kematian. Sel yang lisis akan mengeluarkan materi genetik
ke bagian darah yang tidak mengandung sel. Darah terdiri dari sel dan cairan yang
berupa plasma ataupun serum. Plasma masih mengandung faktor-faktor koagulasi.
Ketika clotting, koagulasi memeras suatu cairan yang disebut serum. Dalam serum
inilah terdapat circulating DNA. Beberapa hal yang dapat dideteksi:
1. Ca DNA bisa digunakan untuk mendeteksi:
Apakah ada mutasi onkogen yang memicu terjadinya kanker.
Keberadaan asam nukleat virus. Di mana, beberapa jenis kanker terkait
dengan virus. Misalnya, HPV pada kanker serviks dan Absetrat(sp?) virus pada
kanker nasofaring.
2. DNA fetus ada yang lolos ke sirkulasi ibu, meskipun jumlahnya sedikit. Untuk
menghindari diagnosis prenatal yang melibatkan pengambilan plasenta yang pake
acara tusuk2 segala dan beresiko, DNA fetal dapat diperoleh pada sirkulasi
maternal/ibu untuk mendeteksi kelainan maternal:
Beta thalasemia
Akondroplasia
Hiperplasia adrenal congenital
Sayangnya, kebanyakan dari DNA di plasma sirkulasi maternal merupakan DNA ibu,
sehingga tidak dapat dipastikan bila DNA yang diambil bersasal dari DNA fetal. DNA
dari dari bayi, jumlahnya sangat sedikit, sehingga akan terencerkan dikalahkan
oleh DNA ibu. Di samping itu, materi genetik fetal setengahnya berasal dari ibu.
Meskipun hasilnya positif, bagaimana ketahuan ini memang dari bayi atau malah
ibunya. Oleh sebab itu, cairan amnion untuk PND tetap digunakan.

Penggunaan circulating DNA ini juga dapat mendeteksi kerusakan jaringan pada
emboli paru (kerusakan jaringan paru), infark miokard(kerusakan jaringan otot
jantung), stroke (kerusakan jaringan otak), dan transplantasi organ (kerusakan
jaringan transplantasi). Caranya, dengan mengambil circulating Asam Nukleat di
sirkulasi. Tapi, yang diambil RNA nya, bukan DNA nya. Sebelumnya, kita harus
mengetahui RNA spesifik hasil ekspresi gen-gen oleh organ-organ tersebut.

Mt DNA
DNA yang mengalami mutasi bisa berasal dari nukleus atau mitokondria.
Karakteristik mtDNA:
Diturunkan secara maternal. Saat pembuahan, sitoplasma sel sperma tidak
ikut masuk, melainkan hanya materi genetiknya saja. Interaksi hanya terjadi
antara membran ovum dan membran sperma. Namun, kemungkinan ada
kebocoran cairan sitoplasma ayah yang akan direduksi, termasuk mtDNAnya.
Jika satu pasang kromosom inti berasal satu dari ayah dan satu dari ibu, mt
DNA memiliki banyak kopi dalam satu mitokondria, dan tidak sama satu
dengan lainnya.
mtDNA tidak memiliki sistem repair seperti DNA inti sel. DNA inti jika
mengalami mutasi/tidak normal sel itu akan masuk ke aptosis. Kalo mitosis
gagal akan menghadapi sistem imun selnya akan
dihancurkan/difagositosis. Kalau sistem imun kewalahan kanker. mtDNA
memiliki rate of mutation yang tinggi.
mt DNA menggunakan istilah heteroplasmi dan homoplasmi. Homoplasmi
terjadi bila dalam satu sel, mtDNA nya mengalami mutasi semua atau normal
semua, sedangkan heteroplasmi berarti dalam 1 sel, mtDNA yang mengalami
mutasi bisa ada beberapa, tetapi terdapat pula yang tidak. Dari 1 sel dengan
komposisi tertentu, dapat berkembang menjadi sel dengan mtDNA bermutasi
yang lebih banyak, dan sel dengan mutasi mtDNA yang justru sedikit.
Pada pembuahan, hasilnya pun bervariasi derajat penyakit yang berbeda.
Misalnya sel ovum matang dengan komposisi:
80% mutan dibuahi sel sperma severe disease
50% mutan dibuahi sel sperma mild disease
20% mutan dibuahi sel sperma no disease
Kelainan pada mtDNA ada 2 macam, kelainan sel somatik dan sel germinal.
Rate of mutation pada sel somatis dikaitkan dengan usia, proses menua, dan
kejadian kanker. Kelainan yang berasal dari ovum/germline akan
menimbulkan penyakit neurodegenartive dan myopati (kelainan otot dan
saraf). Di Indonesia, sering ditemukan Lebers Hereditary Optic Neuropathy
(LHON). Kelainan ini pernah ditemukan di keluarga-keluarga di suatu desa di
Bali. Diduga karena pernikahan antar keluarga dekat. LHON diakhiri dengan
kebutaan. Kebutaan tidak terjadi mendadak dan gejala tidak ditemukan sejak
lahir, bersifat progressif. MELAS (Myopathy Encelopathy Lactis Acidosis Stroke
like episode ini seperti stroke dan terkait dengan metabolisme. Karena DNA
bertugas memproduksi energi, melalui produksi molekul ATP. Penderita lama
kelamaan akan mengalami kelumpuhan.

Aplikasi Diagnosis Molekuler
Diagnosis molekuler dapat diaplikasikan untuk mendeteksi kelainan bawaan. Caranya
bermacam-macam:
1. Diagnosis differensial

16

Contoh:
Kelumpuhan terkait mutasi satu gen di kromosom X yang menyandi
protein distrofin Tidak berkembangnya otot (distrofi otit). Gejala
klinisnya lumpuh biasa, tetapi tidak lumpuh total. Namun lumpuh dapat
disebabkan oleh banyak hal, sehingg diperlukan deteksi untuk
membedakan.
Retardasi mental terkait fragile X-syndrome. Kelainan kromosom X
gampang patah. Manifestasinya dapat bergradasi dari ringan hingga
severe.

2. Deteksi karir/pembawa sifat dalam keluarga
Contoh:
Suatu penyakit Hiperplesia Adrenal Congenital yang disebabkan oleh
defisiensi enzim hidroxylase 21. Produksi enzim tersebut berkurang
sehingga menyebabkan gangguan berupa kehilangan garam pada awal
kelahiran. Dapat dideteksi karier dalam keluarga.
Pada pathway pembentukan, diketahui enzim hydroxylase 21 berperan
merubah konformasi kolesterol menjadi kortisol. Kolesterol juga
merupakan asal pembentukan testosteron. Enzim yang tidak ada
kortisol berkurang pengaturan keseimbangan elektrolit terganggu
nenatus kehilangan garam fatal. Bila diketahui sebelumnya bayi akan
menderita salt lost, dokter dapat mepersiapkan obat-obatan untuk
membypass konversi konversi dari kolestorol kortisol.
Apabila jalur ini terhambat terbentuk jalur lain pada bayi wanita
meningkatkan testosteron klitoris rusak ambigous
genitalia/kebingungan terhadap jenis kelamin bayi diperlukan
pemeriksaan kromosom.

Intermezo: Sehari-hari dokter kita berjuang menghadapi kasus demam
berdarah, di mana masalah yang utama sebenarnya bukan penurunan
trombosit (tidak bermasalah selama tidak terjadi perdarahan),
melainkan bagaimana menyeimbangkan elektrolit di dalam sirkulasi
pasien makanya penggunaan infus sangat penting.

3. Deteksi kelainan genetik yang disebabkan oleh autosomal resesif di
populasi.
Syaratnya, frekuensinya tinggi.
Contoh: sistic fibrosis di populasi Kaukasia. Penyakit ini disebabkan
mutasi gen yang menyandi Transmembrane Conductance Regulator yang
mengatur saluran klorida dari dalam dan keluar sel. Mutasi fungsinya
terganggu terbentuk mukosa/lendir yang dibentuk di saluran napas
kental menghambat jalan napas gampang terkena infeksi
disebut juga sebagai infeksi sekunder karena ada pemicunya.
Di Indonesia Thallasemia frekuensinya sangat tinggi (14-15%).
Kemungkinan 1 karier akan bertemu dengan karier lainnya sangat
besar.
Namun, mutasinya lebih dari 200an (sulit) deteksi di populasi
tidak dilakukan, tapi deteksi carier di keluarga.
Di populasi dapat dilakukan screening hematologi sel eritrosit
yang ukurannya sangat kecil (tetapi dapat pula disebabkan
defisiensi besi atau infeksi kronis). Jadi, untuk inherited disease
harus dibuat dulu pedigree/riwayat family sebelum pemeriksaan
untuk medeteksi apakah kelainan berupa maternal inherited
(mtDNA atau X linked) atau nuclear inherited.
4. Diagnosis prenatal (PND) sebelum kelahiran
Tidak semua perlu didiagnosis prenatal, seperti PKU (kelainan
metabolisme) karena dapat diobati.
PND dapat dilakukan pada penyakit yang muncul gejalanya saat kanak-
kanak, gejalanya berat dengan prognosis yang buruk dan tidak ada terapi
yang efektif.
Contoh:
Thalasemia Thalasemia sintesis hemoglobin berkurang
anemia.
Meskipun dapat ditransfusi, tetapi membawa masalah karena
memasukkan darah orang lain ke resipien komplikasi, seperti
penyakit infeksi akibat donor tidak diseleksi. Terkadang donor
mendonorkan hepatitis, serta menyebabkan kelebihan besi yang
harus dikeluarkan dengan bantuan obat. Jika tidak, akan menumpuk
di organ-organ.
Thalasemia beta terkait globulin beta, gejalanya muncul saat 3
bulan. Thalasemia alfa terkait globulin alfa, gejala lansung muncul
pada saat kelahiran.
Globulin terdiri dari alfa dan beta. Hemoglobin orang dewasa terdiri
dari 2 alfa dan 2 beta, serta delta dan gamma (HbA). Bayi yang baru
lahir hanya terdiri dari 2 alfa dan 2 gamma (HbF). Perubahan dari
gamma ke beta terjadi pada usia 3 bulan, tetapi beta dapat
mengalami kerusakan. Kalau alfa hilang tidak terdapat
hemoglobin mati sebelum kelahiran.

17

Gradasinya bermacam-macam ada 4 gen yang menyandi. Satu
mengalami kerusakan, masih ada 3 tidak masalah. Kalo 3, hilang
parah! kerusakan terjadi saat pembentukan janin.
Pada beta, ada 2 gen yang menyandi. Salah satu gen mengalami
kerusakan tidak bermasalah, kalau 2 berat. Tiap bulan harus
ditransfusi, kalau bagus transfusinya, besi dihilangkan, screening
donor dilakukan baik dapat bertahan hidup sampai dewasa. PND
harus disertai genetic counseling untuk memberitahukan apa yang
dilakukan dan apa yang akan terjadi.
Meskipun bayi meninggal dengan sendirinya dalam kandungan,
tetap perlu PND karena kerusakan bayi dalam kandungan ibu
mengalami resiko perdarahan, ecamplasia.
5. Diagnosis presimptomatik.
Misalnya kebutaan progressif yang dapat dideteksi sebelum mengalami
kebutaan, seperti pada kelainan mtDNA.
Syaratnya:
Untuk kelainan genetik yang manifestasinya ketika dewasa
dipersiapkan dan gejalanya ditunda kemunculannya.
Mutasinya mutasi beta pada thalasemia bermacam-macam
mutasi di tiap etnik 1-5 macam yang dominan klinisi tinggal
menanyakan asal suku pasien.
Koleksi data dikumpulkan 500 di tiap etnik untuk memperoleh peta
jenis mutasi dapat dilihat yang dominan yang mana. Jika tidak
ketemu, dilihat mutasi kedua terbanyak. Bila tidak ketemu
mutasinya sama sekali dilakukan sekuensing dilihat semua
urutan nukleotidanya yang mana yang mengalami mutasi 2-3
minggu. Masalahnya, seringkali orang berkonsultasi ketika usia
kehamilan telah lanjut. Sebaiknya sedini mungkin terminasi lebih
aman.

PCR
Teknik untuk mengamplifikasi/memperbanyak DNA
Contoh:
Kelainan dari rantai beta disebut sebagai Sickle cell disease karena eritrositnya
seperti bulan sabit. Prevalensinya tinggi di populasi orang timur tengah.
Terjadi akibat mutasi salah satu basa N, dari Adenin menjadi Timin, sehingga
triplet GAG yang menyandi glutamin GTG yang menyandi valin.
Bagaimana bisa diketahui seseorang memiliki gen HbS (Sickle) atau HbA (Normal)?
Digunakan metode PCR RFLG.
Enzim Mst II akan memotong di A pada GAG HbA akan terpotong. A yang diubah
menjadi T pada GTG HbS tidak terpotong.
Caranya, dilakukan amplifikasi basa DNA dengan panjang 1,3 kB diinkubasi dengan
enzim Mst II HbA akan terpotong menjadi 1,1 dan 0,2, sedangkan HbS tidak akan
terpotong (tetap 1,3 kB) dielektroforesis dan dilihat pita-pitanya ditentukan
sampel homozigot normal (HbA HbA), heterozigot (HbA HbS), atau homozigot mutan
(HbS HbS). Dapat pula dengan manggunakan probe/pelacak. Satu probe untuk normal
sekuens, sedangkan yang lain untuk mutan sequence dimasukkan ke dalam tabung
tabung satu untuk mutant dan yang lain untuk normal. Kalau positif untuk tabung
mutan saja berarti HbS, tabung normal HbA, dan untuk kedua tabung positif berarti
heterozigot.

Screening Pasca Kelahiran
PKU (inborn errors metabolism)
Mutasi gen yang mengkode enzim phenylalanine hidroxylase yang mengubah
phenylalanine menjadi tirosin penumpukan penilalanin kerusakan sel otak
mental retardasi.
Dikoreksi dengan newborn screening/screening pas baru lahir dengan mengukur level
phenylalanine dalam darah. Dihilangkan phenylalanine dari makanannya. Kita perlu
segera mengetahui apakah anak ini menderita. New Born screening, Apakah kadar
penilalanine yang di dalam meningkat atau tidak.

TREATMENT KELAINAN GENETIK
Konvensional (diutamakan)
Restriksi dietari/membatasi makanan
Misalnya pada PKU dibatasi konsumsi makanan yang mengandung fenilanin.
Penggantian hormon
Congenital Adrenal Hyperplasia diberikan hormon cortison
Congenital Hypothyroidism diberikan hormon tiroksin
Penggantian protein
Hemophilia A diberikan faktor VIII
Thalasemia diberikan transfusi darah
Terapi obat
Hyperchlesterolemia diberikan antikolestelor.
Menghindari obat tertentu
Defisiensi enzim G6PD di eritrosit yang disebabkan faktor pencetus (obat-
obatan, seperti sulphonamide eritrosit akan lisis.


18

Terapi Gen
Tujuannya untuk mengkoreksi defect genetik di DNA dan dipastikan harus
diekspresikan. Terapi yang sukses baru cystic fibrosis.Caranya dengan memasukkan gen
normal ke sel target yang tepat dan mempertahankan ekspresi optimal dari gen yang
diperkenalkan memproduksi produk yang defisien pada pasien.

Klasifikasi
Germ line: gen disisipkan di sel germinasi karena sifat-sifatnya dilanjutkan
ke generasi berikutnya dilarang dalam konsensus internasional karena
merupakan satu langkah untuk menciptakan manusia super.
Sel somatik: perubahan hanya pada sel somatis saja boleh dilakukan.

Terapi Sel somatis
Setelah dikoreksi, gen yang baru diperbanyak melalui kloning gen, kemudian
dimasukkan ke sel target melalui dua cara, yaitu:
In vivo: disuntikkan ke pasien.
Ex vivo: dimanipulasi di luar, kemudian dimasukkan lagi dengan harapan gen
akan memperbanyak diri di dalam tubuh.
Namun, gen dapat hilang dalam 2-3 bulan karena tidak stabil.
Untuk mendapatkan 1 gen terapi Memerlukan waktu yang lama untuk penemuan ini
20 -30 tahun.

Aspek yang perlu diperhatikan:
Karakter gen
Harus dipikirkan bagaimana gen tersebut berekspresi dalam keadaan normal,
daerah yang mengontrol ekspresinya, promotornya, faktor yang menswitch
on dan off. Jika ditaruh sembarangan tidak ada pengaruhnya harus
diperbanyak dengan kloning 1 paket, tidak hanya gen tertentu, tetapi juga
daerah yang mengontrol ekspresi gen tersebut.
Target Sel/pemicu atau gen organ harus diidentifikasi sel mana yang tepat
dan mudah diakses oleh gen yang telah dibuat.
Vektor/ kendaraan; dibutuhkan trial dan error dengan tujuan untuk
mamasukkan gen secara efisien dan aman. Salah satunya dengan liposom,
yaitu dengan menggabungkan materi genetik yang digabungkan dengan suatu
plasmid (liposom) disuntikkan invitro ke dalam sel materi genetiknya
akan bergabung dengan materi genetik sel. Pada kenyataanya? Tidak mudah.

- REKAYASA GENETIKA -

Defenisi
Rekayasa genetik manipulasi DNA dengan menggunakan teknik DNA rekombinan.
Teknik DNA rekombinan: DNA dipotong dipisahkan berdasarkan ukuran
disekuensing untuk menentukan komposisi dan urutan nukleotidanya.

Tujuan
1. Isolasi gen tertentu, bagian dari gen atau daerah genomnya.
2. Menghasilkan RNA atau molekul protein yang diinginkan dalam jumlah
banyak.
3. Meningkatkan efisiensi dalam pembuatan enzim dan obat-obatan secara
komersil.
4. Memodifikasi organisme, sehingga dapat mengekspresikan suatu sifat baru
yang sebelumnya tidak dikode oleh gen.
5. Koreksi kelainan genetik di organisme, termasuk manusia.

Peralatan
Peralatannya meliputi Polmerase Chain Reaction (PCR) memperbanyak DNA supaya
dapat dianalisis, elektroforesis, etc.

Teknik Rekayasa Genetik
Struktur DNA (lihat tentir Asam Nukleat)
- DNA merupakan polimer dari nukleotida yang terdiri dari gugus fosfat, gula
deoksiribosa, dan basa Nitrogen. Gula deoksiribosa terbentuk karena atom C
no.2 pada gula ribosa kehilangan oksigen.
- Basa N terdiri dari purin (adenin & guanin) dan pirimidin (cytosin & timin).
- Basa N membentuk ikatan hidrogen dengan komplementernya, A x T dan G x
C membentuk untai nukleotida yang anti paralel. Untai pertama tersusun
oleh nukleotida dari arah 3 ke 5, sedangkan pasangannya terususun dari
arah 5 ke 3. Struktur inilah yang membentuk double helix pada DNA.
Replikasi Semikonservatif (lihat tentir Replikasi-Transkripsi)
Secara in vivo, terjadi replikasi dari arah 5 ke 3.
Terbentuk dua untai yang disebut leading strand dan lagging strand.
Lagging strand, untainya direplikasi terputus-putus, membentuk fragmen
yang disebut fragment okazaki.

19

ssBP membant fiksasi untai DNA template yang telah terbuka mencegah
kedua untai bersatu kembali.
Oleh karena itu, prinsip replikasi selalu diawali dengan membuka dsDNA
ssDNA.

Prinsip ini dapat diterapkan dalam denaturasi DNA secara in vitro.
Adonannya: ssDNA sbg template, topoisomerase, DNA polimerase III, etc.
DNA terdenaturasi melalui pemanasan, memerlukan suhu yang sangat tinggi,
90-95
0
C.

Enzim Restriksi Endonuklease
Enzim dapat memotong DNA pada untai tertentu, memotong ikatan
fosfodiester kedua untai.
Tempat pemotongannya (restriction site) dinamakan palindrom; prinsipnya
seperti cermin, di mana untai 3 ke 5 menjadi cermin 5 ke 3. Ex: Pada untai
3 ke 5 terbentuk urutan G A A T T C, maka cerminnya adalah kebalikan dari
urutan basa N tersebut, C T T A A G.
DNA yang kepotong bisa jadi berekor(sticky end) atau berujung rata (blunt
end).

Untuk yang ujung rata kodenya CCCGGG yg berpasangan dengan GGGCCC.
Kalo ekor, dipotong di urutan nukleotida G AATTC. Yang berekor ini lebih baik
digunakan karena ia membentuk lock and key dengan tempat pemotongan
pada vektor, misalnya plasmid bakteri.
Potongan DNA ini disebut fragment restriksi.
Bakteri memiliki kromosomal (mencapai Megabp) dan ekstrakromosomal
(kbp) yang disebut plasmid. Plasmid biasa digunakan untuk kloning karena
dapat bereplikasi secara mandiri, dan banyak mengandung restriction site.
Bagaimana melakukan kloning DNA ke plasmid? diperlukan enzim ligase.

Enzim Ligase
Ligase adalah enzim yang menautkan 2 fragmen DNA dengan menyambung
ikatan gula- fosfat yang terpotong endonuklease.
Misalnya, insert (DNA yang akan diklon) memiliki situs potongan untuk Enzim
EcoR1, vektor DNA (plasmid) juga harus punya samakan, kemudian
dipotong membentuk sticky end. Dengan bantuan ligase, keduanya akan
menyambung, dan terbentuk molekul rekombinan.
Suatu plasmid memiliki situs pemotongan untuk enzim Alu I dan Hind III.
Dipilih enzim yang memotong sesuai keinginan, jangan sampai motong di
sembarang tempat.
Tidak ketemu juga? Direkayasakan dengan PCR, daerah tersebut diamplifikasi,
primernya disisipi dengan daerah yang bisa dikenali, sehingga amplifikasi bisa
dilakukan dengan enzim yang tadinya tidak bisa digunakan.
Tidak semua mikroorganisme memiliki DNA, ada virus yang materi genetiknya RNA.
Dalam kloning, kita akan menggunakan materi genetik yang berupa DNA. Bagaimana
dengan virus RNA?

Enzim Reverse Transkriptase
Digunakan reverse transkiptase. Enzim ini bertolakbelakang dengan dogma sentral:
DNA RNA protein.
Dahulu, orang berpikir, enzim tidak bisa balik. Tidak bisa menjadi RNA lagi
karena mengalami processing, sehingga gen manusia jika diamplifikasi akan
sukar karena memiliki ekson dan intron yang tidak mengkode gen. Klon DNA
yang gennya dibatasi oleh intron, jika dimasukkan ke dalam PCR, daerah
intronnya yang tidak dibutuhkan akan ikut teramplifikasi.
RNA ternyata dapat diranskripsi balik menjadi DNA. Dengan reverse dari RNA
yang hanya mengandung exon (intronnya telah dibuang melalui splicing)
diperoleh DNA.
Caranya? Template berupa RNA yang memiliki ekor yang kaya akan
polinukleotida A (AAAA) di ujung 3. DNA primer berisi oligo dT (TTTT) akan
berikatan dengan ekor RNA sebagai pasangan poli A, lalu dielongasi dari arah
5 ke 3 dengan reverse transkriptase. Terbentulah cDNA, komplementernya.
Setelah selesai, cDNA akan menjadi template untuk replikasi pasangannya
terbentuklah cDNA untai ganda diperbanyak dengan PCR, lalu dipotong
dengan retriksi endonuklease diklon.
Bagaimana kita mengetahui klon telah berhasil atau tidak?

Genome dan Analisis Protein
Untuk mengetahui keberhasilan kloning, digunakan jel elektroforesis dengan
menggunakan jel agarosa atau poliakrimilamida.

20

Diagar, lalu dibuat cetakannya, kemudian diberkukan cetakan sumur
diberikan DNA hasil amplifikasi.
DNA bermuatan negatif karena gugus fosfat DNA akan berjalan ke kutub
positif.
Hasilnya berupa separasi DNA berdasarkan berat molekulnya. DNA juga akan
terpisah sesuai berat molekulnya.
Misalnya 500 kb akan berbeda dengan 300 kb. Yang paling jauh adalah 300
karena lebih kecil, sehingga lebih mudah melewati pori-pori.
Pengecekan dapat menggunakan marker. Jika 300 yang kita amplifikasi, garis
visualisasi yang terbentuk pada agar akan berada di sekitar daerah 300 pada
marker. Marker adalah DNA yang dipotong-potong pada daerah tertentu yang
berfungsi seperti skala dengan ukuran tertentu.
Ex: Hasil elektroforesis DNA Lambda yang dipotong pake EcoRI. DI sini bisa
dilihat, ada berbagi macam ukuran dari potongan EcoRI. Setelah
dielektroforesis, DNA yg terdiri dari 21.2 kb (paling gede) akan berada paling
jauh dari kutub positif dan garisnya kelihatan tebal. Klo yg 3,6 kb paling dekat
ke kutub positif. Menunjukkan semakin kecil BM semakin cepat migrasinya ke
kutub yg berlawanan. Yg gede, yah harus jalan lambat karena kegedean.
Meskipun kesannya the biggest loser, to be honest, big means beautiful! :D

Hibridasi Asam Nukleat dan Pelacak (Probe)
Produk yang diinginkan bisa dideteksi atau dilacak denga probe.
DNA ketika didenaturasi akan menjadi ssDNA, jika didinginkan akan terjadi
renaturasi menjadi dsDNA.
Dua untai asam nukleat dengan urutan basa yang saling berkomplementer,
dapat bergabung satu sama lain. Gabungan ini dapat berupa DNA-DNA, DNA-
RNA, dan RNA-RNA. Sifat ini digunakan untuk merancang oligonukleotida
yang mengenali fragmen/sekuens DNA tertentu yang ingin dicari dengan
pelacak/probe. Supaya bisa dilihat, probenya dilabel dengan radioaktif atau
enzim. Teknik mendeteksi asam nukleat tertentu dengan probe RNA atau
DNA inilah yang disebut hibridisasi.
Radioaktif maupun enzim memiliki manfaat dan mudarat (kerugian) masing-
masing. Radioaktif memiliki sensitifitas yang tinggi, apalagi pada DNA yang
berukuran kecil, tetapi dapat berpotensi memancarkan radiasi, seperti
neutron yag dapat masuk ke dalam kulit dan mematahkan DNA yang
menyandi sel epidermis. Akibatnya, kulit terbuka, sehingga harus dirawat di
ruang steril.
Enzim kurang sensitif, tetapi resikonya jauh lebih kecil dibanding radioaktif,
sehingga tidak diperlukan peralatan mahal seperti antiradioaktif.
Mekanisme blot: Sampel dilarikan pada elektroforesis jel agarosa blot ke
membran hibridisasi dengan pelacak berlabel visualisasi.
Terdapat Southern Blot untuk sampel DNA dan Northern blot untuk sampel
RNA. Di samping itu, adapula hibridasisi balik tanpa label radioaktif. Hasilnya
nanti dianalisis.
Hasil analisis dapat dihasilkan gambar yang menyerupai titik2 hitam yang
banyak, digunakan untuk mengetahui dan membedakan strain dari suatu
mikroorganisme penyebab infeksi suatu penyakit.
Ex: dalam suatu keluarga yang terkena TB, apakah penularan pada anak
disebabkan oleh penularan dari ayah. Atau ketika seseorang menderita suatu
penyakit enam bulan lalu. Ingin diketahui apa ia sembuh dan terapinya
berhasil. Pada pemeriksaan awal, dicek dan hasilnya dijadikan sebagai
database untuk dibandingkan dengan pemeriksaan 6 bulan kemudian. Jika
sama, pasien masih terinfeksi bakteri yang sama dan disimpulkan bahwa
terapinya belum berhasil.

PCR
PCR ibarat seperti pintu. Apakah mutasi ini dapat menyebabkan suatu penyakit itu
hanya dapat dilakukan jika sampel diperbanyak hingga jutaan kopi.
Dulu ditaruh dalam wadah berbeda-beda. 30 siklus, berarti 2 pangkat 30.
Hasil akhirnya berupa miliaran kopi. Hehe...

Memperbanyak DNA secara in vitro (di luar jaringan)
Dibutuhkan primer, yaitu oligonukleotida sintetis yang dirancang untuk
mengenali bagian DNA yang akan diamplifikasi memungkinkan terjadinya
polimerasi/ pemanjangan untai DNA. Diperlukan suhu tinggi untuk denaturasi
DNA. Dibandingkan dengan probe, primer pada PCR harus memiliki syarat-
syarat tertentu, yaitu memiliki panjang antara 21-23bp dan bisa melakukan
annealing di suhu tertentu.
Walaupun kita sudah mendesign primer dengan bantuan komputer pada
kenyataan, ketika pCR akan menghasilkan hasil yang negatif karena primer
yang dipake tidak bisa nempel pada dna target.
Digunakan enzim DNA polimerase yang tahan pada suhu 95
o
C (misal enzim
taq polymerase dari Thermus aquaticus yang berasal dari kawah reaksi
enzimatik dilakukan pada suhu ekstrem). Jadi, harus enzim yang tahan akan
suhu yang panas karena enzim yang tidak tahan akan mengalami denaturasi.
Proses
1. Denaturasi: pemisahan untai ganda menjadi tunggal, terjadi pada suhu
90-95
0
C

21

2. Annealing/Priming: perlekatan primer pada ssDNA target; pada suhu 50-
65
0
C
3. Elongasi: reaksi polimerasi/pemanjangan rantai DNA; pada suhu 68-72
0
C
Di sini juga dapat kita lihat betapa menguntungkannya PCR ini karena dengan 6 siklus
saja, dapat dihasilkan 64 kopi DNA. 30 siklus milyaran kopi.

Sekuensing DNA
Dalam rekayasa genetik digunakan metode sekuensing untuk mengetahui urutan
nukleotida pada Gen.
Metode sanger; di mana dua utas dsDNA yang tidak diketahui urutan basa N
nya, akan didenaturasi membentuk ssDNA. Salah satu untai akan dijadikan
template untuk sintesis untai pasangannya. Intinya, dengan mengetahui satu
untai DNA, dapat diketahui untai lainnya karena saling berkomplementer.
ssDNA template kemudian ditambahkan banyak dNTP yang terdiri dari dATP,
dGTP, dCTP, dan DTTP.
Ditambahkan pula primer untuk memulai sintesis dan enzim DNA polimerase
untuk sintesis pasangan ssDNA yang menjadi template.
Adonan ini kemudian diramu dan dibagi ke dalam empat tabung. Dengan
demikian, setiap tabung memiliki ssDNA, dNTP yang kaya, serta enzim DNA
polimerase yang sama rata.
Yang berbeda, tabung I diberi ddATP yang diberi label dengan warna merah,
tabung II dengan dTTP (biru), tabung III dengan dCTP (hijau), serta tabung IV
dengan dGTP (kuning). Molekul ddNTP ini berbeda dengan dNTP karena tidak
memiliki molekul O pada karbon 3 dari ribosa, sehingga pemanjangan rantai
DNA terhenti bila rantai mengikat ddNTP spesifik di masing-masing tabung
tersebut (ddATP, ddGTP, ddCTP, atau ddTTP) atau diterminasi.
Hasilnya, ketika terjadi elongasi primer, dNTP akan berkompetisi dengan
ddNTP dalam berikatan dengan basa N pada ssDNA sebagai template.
Ex: Di ssDNA (template), sekuens basa N (setelah basa yang diduduki oleh
primer) adalah GATCA. Pada tabung I yang berisi dATP dari dNTP dan ddATP
sintesis akan berlangsung hingga mencapai posisi T, di mana dATP akan
berkompetisi dengan ddATP untuk berikatan. Bila diduduki oleh dATP, sintesis
tetap berlanjut. Bila tidak, ddATP yang mengikat, akan terjadi terminasi,
sehingga sintesis berhenti, terbentuk fragmen, dengan ujung yang berwarna
merah bila dianalisis.
Hasil akhirnya berupa fragmen-fragmen yang terpotong di daerah tertentu
akibat terminasi dengan berat molekul yang berbeda-beda
dielektroforesis, sehingga memberi warna yang berbeda. Hasilnya dapat
dianalisis secara statistik. Komputer akan membaca urutan-urutan tersebut.
Lihat yang mana yang paling atas.
Dulu, orang melakukannya dengan cara diekspos ke suatu film dan dibaca satu per
satu. Sekarang, cukup disinari dan akan ditangkap oleh sensor dibaca, lalu
disusun menjadi suatu grafik yang ditampilkan oleh layar komputer secara runut.
Adakalanya antara basa N yang satu berhimpitan dengan yang lain, sehingga
tinggal dibaca sinyal yang paling kuat.

Metode dalam Teknologi Rekombinan
Kloning DNA
Mekanisme:
1. Mengambil gen atau bagian dari gen yang diinginkan dari 1 organisme
(donor).
2. Insersi gen yang diinginkan ke vektor (plasmid, virus, cosmid)
3. Memasukkan vektor yang telah mengandung insert DNA ke sel hospes yang
sesuai (cloning host), baik bakteri, jamur, ataupun sel mamalia.
4. Seleksi sel host yang berisi DNA yang diinginkan.
5. Konfirmasi dengan analisis DNA/protein.

Produknya macam-macam, bisa untuk memproduksi protein, menghasilkan tanaman
transgenik bebas hama misalnya, ataupun sumber pembelajaran DNA. Sebagai
tambahan, makhluk bernama E. coli ini teryata merupakan sel host dalam kloning yang
paling digunakan secara massive untuk amplifikasi rekombinasi DNA. Selain itu, suatu
penelitian menghasilkan pisang transgenik hasil klon DNA hepatitis yang dapat
menginduksi imunitas terhadap hepatitis yang tadinya diinsersi ke suatu vektor, mis.
plasmid. Pisang yang dihasilkan, jika dikonsumsi, dapat berperan sebagai vaksin
hepatitis pada manusia.

Sejarah
Awal tahun 70an, Herbert Boyer, Stanley Cohen, Paul Berg dan co-workers memulai
teknologi rekombinasi DNA dengan menyisipkan beberapa bagian DNA asing ke dalam

22

sel host dan mengklon sel host tersebut untuk memproduksi kopi dari DNA yang
disisipkan sebanyak mungkin.
Saat ini, terdapat berbagai teknik, yaitu dengan menyisipkan DNA dari satu spesies
(donor) ke spesies lain (resipien). Sel resipien kemudian akan bereplikasi, lalu
memproduksi banyak kopi dari DNA rekombinan yang baru. Organisme yang
mengandung fragmen DNA asing yang sengaja dibuat inilah yang disebut sebagai
transgenik.

Sifat-Sifat Penting Vektor untuk Kloning Gen
Punya oriC (origin of replication) supaya dapat berplikasi memperbanyak
DNA. Plasmid adalah materi genetik yang dapat bereplikasi secara mandiri.
Dapat menerima DNA insert, kecil, dan tidak mudah terdegradasi.
Mempunyai situs restriksi yang dapat digunakan untuk insersi/penyisipan gen
yang akan diklon.
Membawa gen marker, misalnya membawa sifat resistensi antibiotika
digunakan untuk seleksi. Misalnya kita ingin melakukan kloning DNA ke
plasmid pada sel bakteri. Bagaimana cara menyeleksi bakteri mana yang
mengndung plasmid rekombinan tersebut? Caranya, diinsersi pula gen
penyandi resistensi ampicilin dan tetracyclin. Kemudian, mediumnya diberi
kedua antiobiotik tersebut. Bakteri yang dapat tumbuh pada media tersebut
yang mengandung gen yang disisipkan. Tapi, harus dibuktikan lebih lanjut.
Selain sifat-sifat di atas, khusus untuk kloning yang bertujuan untuk ekspresi
protein, sifat tambahannya adalah mempunyai promoter, untuk transkripsi
dan ribosome binding sequence untuk translasi sebagai bagian dari ekspresi
gen pada prokaryot, sedangkan pada mamalia memiliki fragment Kozak.

Jenis-Jenis Vektor
Vektor yang digunakan untuk kloning gen antara lain:
Retrovirus
Adenovirus
Adeno-associated virus (AAV)
Herpes simplex virus
Rhinoviruses
Human Immunodeficiency Virus (HIV)
Plasmid of various types. Ex: plasmid pBR322 dan pUC; maksimal hingga 20
kb.
Faga lambda
Kosmid (hibrid plasmid dan faga lambda); maksimal sampai 50 kb.

Introduksi klon gen ke sel hospes
Sel hospes: Bakteri, sel mamalia, serangga, tanaman
Syaratnya: tumbuh cepat, non-patogen, genomnya sudah dipetakan, dapat menerima
vektor plasmid atau faga, mempertahankan gen asing selama multiplikasinya, serta
mengekspresi dan mensekresi protein klon dalam jumlah besar.

Metode
1. Transformasi
DNA diambil langsung dari medium dan direkombinasikan ke genom sel
kompeten, yaitu sel bakteri yang bisa mengambil DNA. DNA rekombinan
diinsersi ke DNA sirkuler untai ganda pada salah satu untai saja (misalnya di
luar), membentuk heteroduplex karena untai di dalam tidak mengalami
rekombinasi. Kedua untai mengalami replikasi, sehingga bakteri yang
dihasilkan ada yang mengandung gen insersi adapula yang tidak.
2. Transfeksi
Prosesnya dilakukan dengan memperkenalkan materi asing pada sel
eukariotik. Transfeksi melibatkan pembukaan pori di membran plasma,
sehingga materialnya bisa diambil. Materi genetik seperti supercoiled
plasmid DNA dan siRNA, bahkan protein antibodi dapat ditransfeksikan.
Metode ini sering diikuti dengan mencampur lipid kationik dengan material
tertentu untuk memproduksi liposom yang akan berfusi ke membran plasma
dan mendeposito isinya di dalam. Transfeksi sering digunakan untuk
transfeksi yang berkaitan degnan sel mamalia, sedangkan pada bakteri dan
terkadang, tumbuhan, jenis proses ini disebut transformasi.
Disebut juga transformasi untuk proses yang terjadi di bakteri dan tumbuhan.
HeBS (HEPES buffered saline solution) yang mengandung ion fosfat
dikombinasikan dengan larutan kalsium klorida yang mengandung DNA.
Ketika keduanya digabungkan, presipitat dari kalsium fosfat akan terbentuk
dan akan mengikat DNA untuk ditransfeksikan. Suspensi dari presipitat ini
kemudian ditambahkan ke dalam sel untuk ditransfeksikan (biasanya berupa
kultur yang tumbuh di lapisan tunggal). Lalu, dengan suatu proses yang belum
diketahui, sel akan mengambil beberapa presipitat, sehingga kandungan DNA
di dalamnya turut masuk. Caranya: elektroporasi, heat shock, lipofectamin
dan fugene, serta senjata gen (DNA dipasangkan dengan partikel nano dari
solid inert (emas), kemudian ditembakkan ke nukleus sel target.
3. Elektroporasi
Untuk host yang punya dinding sel, digunakan enzim untuk mencerna dinding
sel, menyisakan protoplasma. DNA asing dimasukkan melalui kanal yang
terbuka akibat tegangan listrik yang diekspose ke protoplast. Sel yang udah
ditransformasikan lalu dikultur dan dimedia yang menginduksi pembentukan

23

dinding sel dan pertumbuhan menjadi organisme utuh. Sel hewan gampang
karena tidak memiliki dinding sel.
4. Biolistik
Dibombardir dengan proyektil mikroskopis (terbuat dari substansi inert,
seperti emas) dan diselubungi DNA. Ditembakkan pada kecepatan tinggi ke
dalam sel atau jaringan. Teknik ini menjanjikan untuk digunakan pada
organisme yang masih hidup.
5. Transduksi
Melalui infeksi virus dengan afinitas tertentu untuk tipe sel tertentu, sehingga
dapat digunakan sebagai vektor jika diisi oleh DNA asing.
6. Mikroinjeksi
Tujuannya untuk memperbaiki genetik disorder, supaya sel yang DNA nya
mengalami kelainan bisa berubah dan mensubtitusi gen yang fungsional.
Contohnya untuk menghasilkan hewan transgenik, DNA diinsersi ke zigot atau
embryo awal dengan injeksi menggunakan pipet kecil/halus. Zigot/embrio
yang sudah ditransformasikan lalu diimplantasi ke rahim ibu untuk
pertumbuhan dan perkembangan.

Seleksi klon yang mengandung insert DNA yang dikehendaki
Sel bakteri : Ampicilin
Sel mamalia : Geniticin

DNA library berisi koleksi fragment klon terbatas yang berasal dari genom
suatu organisme. Tujuannya untuk memiliki semacam database.
Genomic library adalah perpus yang isinya genom komplit, dalam bentuk
fragment kecil DNA (oligonukleotida) yang merepresentasikan gen yang telah
diketahui.
Bioinformatika cabang ilmu yang mengaplikasikan penggunaan komputer
dalam analisa data genetik.
cDNA library adalah perpus yang berisikan cDNA yang direkonstruksi dengan
reverse transkriptase dari beberapa mRNA organisme.

Konfirmasi Klon
Untuk mengkonfirmasi klon dapat dilakukan:
Pemotongan dengan restriksi endonuklease
Southern blot
PCR
Western blot protein
Langkah-langkahnya, yaitu: pertama, protein dengan komposisi yang
berbeda-beda, dielektroforesis pada gel poliakrilamida. Hasilnya berupa
pemisahan molekul protein berdasarkan ukurannya. Lalu, blot protein/gel ke
membran nitroselulosa. Adanya protein tertentu akan dikenali dengan
antibodi spesifik. Antibodi sekunder berlabel radioaktif atau enzim. Kemudian
dilakukan visualisasi.

Analis Ekspresi Protein dengan DNA mikroarray
Contoh:
Untuk mengetahui perbedaan ekspresi gen pada sel kanker dan sel normal Pada
chip, direkatkan sejumlah probe oligonukleotida yang mengenali gen-gen yang akan
diteliti. Sementara itu, dilakukan isolasi mRNA dengan enzim reverse transkriptase,
dibuat cDNA dibuat pula label yang berbeda untuk sel kanker (merah) dan sel normal
(hijau) Campurkan cDNA, hibridisasikan pada chip microarray yang telah disiapkan
baca hasilnya.

Mutagenesis dengan oligonukleotida sintetik
DNA bakteri yang sirkuler dan beruntai ganda, terkadang ketika bereplikasi mengalami
mutasi DNA. Misalnya basa G yang berpasangan dengan T (seharusnya yang
berpasangan dengan T adalah basa C) ketika bereplikasi, terbentuk 2 DNA sirkuler
yang mengandung mutan replikasi semakin sering. Hasilnya, terdapat DNA sirkuler
yang mengandung mutan, ada pula yang tidak.

- ONKOGENESIS -

Onkogenesis adalah proses perkembangan sel-sel normal menjadi sel-sel tumor. Selama
proses tersebut, terjadi perubahan seluler dan genetik secara permanen
pembelahan tidak terkontrol.
Tumor atau neoplasma adalah pertumbuhan yang berlebihan (abnormal) secara
otonom dari sel atau jaringan.
Jenis Tumor
Berdasarkan sifat pertumbuhan, tumor dibagi menjadi 2 :
1. Tumor Jinak
2. Tumor Ganas
a. Karsinoma (epitelial)
b. Sarkoma (mesenkimal)
c. Karsinosarkoma (epitelial dan mesenkimal)


24

Tumor Jinak Tumor Ganas
Cara Pertumbuhan Ekspansif
Batas Tumor Jelas
Kecepatan Tumbuh Lambat
Diferensiasi Sel Baik
Inti Sel:
- Bentuk

- Mitosis

Normal/atipia ringan

Sangat Jarang

Pleomorfik, hiperkhromatik,
butir inti mencolok
Sering
Nekrosis Jarang ditemukan Sering ditemukan
Penyebaran Tidak bermetastasis Umumnya bermetastasis

Teori Multistep Karsinoma
Perubahan sel normal menjadi sel tumor ganas memiliki 3 tahap, yaitu :
1. Inisiasi
Transformasi genetik oleh karsinogen (inisiator)
2. Promosi
Perubahan lebih lanjut karena adanya promotor yang menyebakan proliferasi klonal
pada sel-sel yang ditranformasi
3. Persistensi
Terjadi bila proliferasi klonal dari sel tumor tidak lagi memerlukan initiator dan
promotor sel tumor tumbuh secara otonom.

Mekanisme Genetik Onkogenesis
1. Ekspresi Telomerase
Telomer adalah suatu kompleks nukleuoprotein (untaian DNA khusus) pada ujung
3 kromosom linear. Telomer terdiri dari sekuens basa (TTAGGG) berulang
sepanjang 2-20kb.
Pada sel normal, telomer tidak akan direplikasi sehingga menyebabkan
pemendekan telomer sebanyak 50 200 bp setiap pembelahan. Hilangnya telomer
hingga di bawah ambang batas dapat menginduksi senescence.
Telomerase adalah suatu RNA-dependent DNA polimerase yang menggunakan
komponen RNA nya sendiri sebagai template untuk elongasi ujung 3 pita DNA
dengan cara mensintesis ulang basa telomer. Fungsi telomerase : menstabilkan
panjang telomer, terlibat dalam proses pembelahan sel (diferensiasi, proliferasi,
hambatan apoptosis, tumorigenesis.) , perbaikan DNA. Telomerase terdapat pada
> 90 % sel tumor manusia, sel line, germ-line cells, dan stem cells.
2. Tumor Supresor Gen (TSG)
TSG merupakan gen penghambat pertumbuhan dan merangsang diferensisasi sel.
TSG adalah gen resesif. Inaktivasi TSG disebabkan oleh mutasi yang terjadi pada
kedua alel.
Mutasi protein inaktif kehilangan daya hambat.
Mekanisme kerja TSG:
- Gatekeeper
Menekan proliferasi sel secara langsung. (Rb, p53)
- Caretaker
Mengatur integritas genom dengan memperbaiki DNA yang rusak. (BRCA1,2)
3. Onkogen
Onkogen adalah gen yang menentukan sifat-sifat neoplastik tumor. Pembagian
onkoprotein :
- Faktor pertumbuhan (TGF,EGF)
- Reseptor faktor pertumbuhan (c-erbB2)
- Aktivitas terkait cyclic nucleotide
- Aktivitas tirosin kinase
- Nuclear-binding oncoprotein; pengaturan proliferasi seluler (c-
myc,c-H-ras,)

25

Onkoprotein:

Abnormalitas ekspresi onkogen tumor (protein yang dibuat dapat berupa ):
- Jumlah normal, molekul berbeda (ras mutan)
- Jumlah berlebih, molekul normal (erb B1, erb B2, C myc )
4. Pengatur Apoptosis
Gen perangsang apoptosis adalah Bax, sedangkan gen penghambat apoptosis adalah
bcl.
Karsinogenesis
Karsinogenesis adalah proses transformasi sel normal menjadi sel tumor karena adanya
perubahan genetik yang permanen. Penyebaran tumor ganas :
1. Invasi (penyebaran lokal)
Teradapat fase in situ dan fase invasi
2. Metastasis (penyebaran jauh)


26

Karsinogen
Agen penyebab kanker :
1. Kimia (Hidrokarbon polisiklik, Metilkloranten, Nitrosamina, Asbestos)
2. Fisik (ultraviolet)
3. Biologik (HPV, EBV, virus hepatitis)
4. Ko karsinogen (hormonal, imunologik)
Pertumbuhan Masa Tumor
Dipengaruhi oleh :
1. Kinetik pertumbuhan sel tumor
Waktu dari satu sel yang mengalami transformasi membentuk masa
tumor.
2. Angiogenesis tumor
Pembuluh darah memberikan aliran darah nutrisi untuk sel tumor.
3. Progresi dan heterogenitas tumor
Sel tumor mudah mutasi spontan dan kemungkinan klonal subklonal
dengan sifat sedikit berbeda.
Grading dan Staging Tumor Ganas
Latar belakang : tumor ganas apabila tidak diobati akan meningkat progresif.
Tujuan :
1. Perencanaan pengobatan
2. Petunjuk prognosis
3. Pertukaran informasi antar pusat pengobatan kanker
Grading : Menentukan derajat keganasan dan keagresifan. Grading merupakan
penilaian histologi yang mencakup jumlah mitosis, ukuran inti, dan derajat kesesuaian
dengan jaringan normal. Kelemahan dari grading adalah hubungan gambaran histologi
dengan sifat biologik tidak sempurna.
Staging : Merupakan penilaian klinik berupa ukuran tumor primer dan luas penyebaran
ke kelenjar getah bening (KGB) serta tempat yang jauh (metastatis).
Pengobatan Kanker
1. Pembedahan
2. Radiasi
3. Kemoterapi
4. Imunoterapi
5. Targeted Terapi

- PATOGENESIS MOLEKULER INFEKSI -

Pada tahun 1890 Robert Koch mengemukakan sebuah postulat yang disebut dengan
Postulat Koch. Isinya yaitu :
1. Mikroba harus ada dalam setiap kasus dari sebuah penyakit infeksi
2. Mikroba harus dapat diisolasi dari host dan dibiakkan di media kultur
3. Penyakit harus bisa di munculkan kembali ketika mikroba yang dikulturkan
tadi dimasukkan ke dalam host yang sesuai yang tidak menderita penyakit
4. Mikroba harus bisa diambil kembali dari host yang terinfeksi hasil eksperimen

Namun, postulat Koch memiliki pengecualian, yaitu :
1. Mikroba tidak selalu bisa dikulturkan di laboratorium. Hanya sekitar 30 %
mikroorganisme yang bisa dikulturkan
2. Faktor imunologik dan genetik dari host memainkan peran yang besar
3. Pertimbangan etik mencegah penerapan Postulat Koch pada penyakit dan
pathogen yang terjadi pada manusia
4. Penyakit ada yang tidak muncul dalam waktu yang singkat.
Misalnya AIDS, gejalanya tidak muncul dalam waktu yang sebentar melainkan
butuh waktu yang lama

Proses terjadinya infeksi bisa dimulai dari masuknya mikroorganisme ke dalam tubuh
host. Setelah itu mikroorganisme tersebut melakukan kolonisasi, adesi atau
penempelan, dan invasi. Selanjutnya akan menimbulkan reaksi yaitu sebuah penyakit
di tubuh host.

Ada sebagian mikroorganisme yang masuk ke tubuh host hanya melakukan kolonisasi,
tidak melakukan invasi. Maka dalam hal ini pasien/host tersebut tidak akan sakit. Host
hanya akan sakit jika mikroorganisme tersebut melakukan invasi.
Adapun jalan masuk mikroorganisme ke dalam tubuh kita melalui beberapa pintu, yaitu
:
1. Kulit, merupakan pintu masuk yang paling umum
2. Membran mukosa, memiliki sistem pertahanan yang lemah.
Antara lain : Saluran pernapasan, gastrointestinal atau saluran pencernaan,
saluran urin, saluran reproduksi, konjungtiva, membran tipis yang melapisi
permukaan bola mata, dan bagian bawah dari kelopak mata
3. Plasenta, ibu hamil dapat menularkannya ke anak yang dikandungnya
4. Rute parenteral, sebenarnya ini bukan pintu masuk. Seharusnya masuknya
mikroorganisme melalui jalan masuk ini bisa dielakkan.
Misalnya : suntikan, pemasangan kateter

Kolonisasi
Infeksi dari suatu organisme diawali dengan kolonisasi. Pada tahap kolonisasi ini, agen
penginfeksi menduduki suatu wilayah infeksi dan mengambil nutrient atau makanan
(siderophores). Organisme tersebut bisa mengatasi racun atau toksik yang mereka

27

produksi sendiri. Organisme tersebut juga bisa melakukan perlawanan terhadap sistem
pertahanan tubuh host yang dijangkitinya, misalnya dengan mengeluarkan IgA protease
(semacam enzim untuk menghancurkan protein atibodi), sehingga antibodi menjadi
tidak berperan.

Adesi/Pelekatan
Merupakan suatu proses di mana mikroorganisme melekatkan diri ke sel.
Faktor-faktor yang mendukung terjadinya adesi yang dilakukan oleh mikroorganisme :
1. Mikroorganisme memiliki struktur yang spesial untuk menempel
Misalnya cakram pelekatan (pada Protozoa), pengisap, pengait (pada cacing).
2. Ligan, permukaannya disusun oleh lipoprotein dan glikoprotein (bakteri dan
virus). Beberapa ligan yang mendukung adesi yaitu :
- Adhesin (pada bakteri), ditemukan di fimbriae, flagel, dan glikokalises
- Protein perlekatan (pada virus)

Mekanisme perlekatan :
a. b.
c.

faktor-faktor yang mendukung mekanisme perlekatan
- Fili dan fimbriae merupakan media perlekatan
- Fili terkadang bisa muncul dan bisa dihilangkan, hal ini akan membuat fili bisa
terhindar dari fagositosis sistem imun tubuh
- Protein Adhesin, misalnya pada Streptococcus pyogenes, adhesins nonfibrillar
memediasi perlekatan bakteri dengan fibronektin. Fibronektin yaitu sebuah
protein yang ditemukan di banyak permukaan sel host (banyak terdapat di
reseptor)
- Transduksi sinyal, yaitu sinyal yang mendorong pengaktivan atau menekan
kemunculan dari ekspresi beberapa gen. Jadi pada miroorganisme bisa
diekspresikan suatu gen yang membuat miroorganisme tersebut bisa
melakukan perlawanan terhadap antibodi tubuh host
- Pengikatan adhesin dengan reseptor sel host bisa mengaktifkan atau
menekan gen virulen dari sel bakteri

Suatu mikroorganisme bisa kehilangan kemampuan dalam membuat ligan. Hai ini dapat
disebabkan oleh:
- Perubahan genetik atau mutasi
- Terkena bahan-bahan kimia atau fisika yang berbahaya
karena mikroorganisme tersebut tidak memiliki kemampuan untuk membuat ligan,
maka mereka tidak bisa menempel di reseptor sel host sehingga membuat mereka
menjadi tidak berbahaya atau avirulen.

3. Beberapa bakteri yang patogen tidak menempel pada sel host secara
langsung, melainkan berinteraksi satu sama lain dengan membentuk jaring
lengket yang berasal dari bakteri itu sendiri dan polisakarida yang dinamakan
Biofilm, yang bisa menempel di permukaan sel host (misalnya : plak pada
gigi). Biofilm ini bisa menyebabkan resistensi mikroorganisme terhadap anti
mikroba.

- Molekul reseptor yang ada di sel host biasanya berupa glikoprotein yang
mengandung molekul gula seperti manosa dan galaktosa. Reseptor ini ada bukan
untuk memberikan keuntungan pada agen penginfeksi, melainkan memiliki fungsi
khusus dalam hidup sel tersebut.
- Patogenitas = kemampuan suatu organisme untuk menyebabkan penyakit
- Virulensi = derajat patogenitas
- Kalau patogenitas tinggi, maka bisa dikatakan suatu mikroorganisme bersifat virulen
- Faktor-faktor virulensi

28

Sesuatu yang mempengaruhi yang berhubungan dengan host dan kemampuan
patogen untuk memasuki host, menempel pada sel host, mendapatkan akses untuk
makanan, dan bisa tidak terlacak atau melawan sistem pertahanan tubuh host.
- Faktor-faktor virulensi adalah:
- Enzim Ekstraseluler:
1. Hyaluronidase dan kolagenase yang menghancurkan molekul tertentu untuk
memudahkan bakteri untuk menginvasi jaringan yang lebih dalam
2. Koagulase, memberikan sebuah tempat persembunyian untuk bakteri di
dalam selubung
3. Kinase, seperti staphylokinase dan streptokinase yang mencerna selbung
bakteri tadi sehingga bakteri bisa masuk ke dalam pembuluh darah

- Toksin:
1. Eksotoksin, toksin yang disekresikan oleh suatu mikroorganisme
Cytotoxins, membunuh sel host atau mempengaruhi fungsinya
Neurotoxins, khususnya menyerang fungsi sel saraf
Enterotoxins, menyerang sel-sel pada sluran pencernaan
2. Endotoksin, merupakan bagian dari tubuh mikroorganisme itu sendiri
Lipid A, yaitu bagian dari lipid yang terdapat pada membran
lipopolisakarida suatu miroorganisme
- Faktor antifagositik:
1. Kapsul, yang tersusun atas zat-zat kimia yang secara normal ditemukan
dalam tubuh manusia (termasuk polisakarida) sehingga tidak memicu
munculnya respon dari sistem imun tubuh sebab bakteri tersebut dikenali
sebagai bagian dari tubuh, jadi bakteri tersebut bebas dari incaran
fagositosis antibodi. Kapsul bakteri ini mencegah pengikatan yang dilakukan
oleh C3.
2. Zat-zat kimiawi antifagosit, mencegah fusi antara lisosom dan vesikel fagosit
sehingga memudahkan bakteri untuk bertahan hidup di dalam fagosit.
Streptococcus pyogenes memproduksi protein di dinding selnya dan fimbrae
(protein M), yang tahan terhadap fagositosis dan dengan demikian
meningkatkan virulensinya.
- Faktor Invasi, yaitu mekanisme yang memudahkan bakteri untuk menginvasi sel
eukariotik dan masuk ke permukaan mukosa. Beberapa bisa berupa patogen
obligat intraseluler, dan sebagian besar ada yang patogen fakultatif intraseluler.
Faktor yang memediasi bakteri untuk melakukan invasi belum diketahui saat ini.
- Siderophores
Organisme membutuhkan zat besi untuk metabolisme dan pertumbuhan. Pada
darah, besi ditemukan di Hemoglobin atau di cairan tubuh lainnya bisa ditemukan
di air mata, air ludah, dsb. Besi diikat oleh laktoferin. Siderophores yaitu substansi
yang diproduksi oleh banyak bakteri untuk menangkap besi yang dimiliki oleh
host.
- Lipopolisakarida
Adalah situs untuk menempelnya C3b, modifikasi dari lipopolisakarida
mempengaruhi interaksi antara ikatan ini.
- Menghindari Respon Antibodi dari Host
Yaitu dengan cara:
1. Mengubah permukaan antigen menjadi sesuatu yang dikenali oleh antibodi
sehingga antibodi tidak lagi mengikat antigen
2. Bersembunyi dari sistem imun dengan cara menutupi dirinya sendiri dengan
protein host misalnya dengan fibronektin.

29

Superantigen
Biasanya antigen presenting cells (APCs) memproses protein antigen dengan cara
memotong mereka menjadi peptida dan memunculkan salah satu hasil peptida tersebut
ke dalam kompleks dengan MHC (Major Histocompatibility Complex) II di permukaan
APC. Hanya sedikit sel T helper yang memiliki reseptor yang mengenali kompleks ini
sehingga hanya sedikit sel T helper yang terstimulasi. Superantigen antara MHC II dari
makrofag atau APCs lainnya dan reseptor di sel T saling berinteraksi. Banyak APCs yang
akan memiliki ikatan molekul superantigen di permukaannya. Superantigen juga akan
berikatan dengan reseptor sel T tanpa memilih-milih dan nantinya akan membentuk
pasangan APC-T helper.

Biasanya respon antigen yang normal yaitu APC menstimulasi 1 dari 10000 sel T. Namun
pada superantigen, APC menstimulasi 1 dari 5 sel T. Hal ini menyebabkan peningkatan
yang berkelebihan dari IL-2 yang dilepaskan ke aliran darah yang menimbulkan gejala
mual, muntah dan demam. Produksi berlebihan dari sitokin lainnya dapat menimbulkan
syok. Misalnya akibat racun Staphylococcal.

Patogenenesis Penyakit yang disebabkan oleh Virus
- Memasuki sel host
- Melakukan kontak dan memasuki sel yang sesuai
- Bereplikasi di dalam sel
- Melepaskan diri dari sel host
- Interaksi antara virus dan host memicu respon imun sel host
- Virus bisa dimusnahkan dari tubuh, atau malah memperkuat infeksi, bahkan
membunuh sel host

Virus bisa masuk ke dalam sel melalui permukaan tubuh, jarum suntik, transfusi darah,
transplantasi organ, atau melalui vektor serangga. Adsorpsi adalah proses penetrasi ke
dalam sel host untuk mendapatkan akses untuk mekanisme replikasi sel host. Adsorpsi
terjadi karena adanya interaksi spesifik protein dan ligan. Virus yang memiliki envelop
menggunakan spike (protein viral yang menonjol dari membrannya), sedangkan virus
yang naked (telanjang) ligannya adalah protein kapsid.

Banyak penyakit yang gejala klinisnya sama, namun ternyata virus penyebabnya
berbeda, atau bisa juga Virus yang menyebabkan penyakitnya sama, namun gejala klinis
yang muncul bervariasi.
Tahap-tahap patogenesis dalam infeksi virus yaitu :
1. Virus memasuki host dan melakukan replikasi
Melalui port de entry, melakukan replikasi di situs port de entry, dan
mengalami periode inkubasi
2. Virus dan tropisme menyebar di dalam host
Bermacam-macam mekanisme penyebaran virus yaitu dengan sirkulasi darah,
limpa, jaringan saraf, dan antara sel-sel. Penyebaran virus ini menuju ke sel
yang sepesifik yang akan mereka infeksi. Faktor yang mempengaruhi tropisme
yaitu reseptor yang spesifik dan ekspresi gen virus. Pengikatan virus dengan
reseptornya di permukaan sel host yang kemudian menyebabkan penetrasi ke
dalam sel dan pegiriman materi genetik virus ke sitoplasma sel. Asam nukleat
memasuki sel host dengan cara :
- Masuk secara langsung, namun yang masuk hanya asam nukleat saja.
Misalnya poliovirus
- Melakukan fusi antara envelop virus dengan membran sel kemudian
virus menjadi tidak terselubung, misalnya pada virus influenza
- Melakukan endositosis dan melepaskan asam nukleat dari kapsid (yang
tidak memiliki selubung), misalnya Poxvirus.
3. Sel dan jaringan rusak dan menimbulkan manifestasi klinis
Kerusakan dapat bersifat lokal dan sistemik. Beberapa jaringan ada yang lebih
tebal dari yang lain misalnya jaringan organ sistem pencernaan. Kerusakan
dapat menimbulkan respons imun. Respon imun dapat berupa respon spesifik
maupun yang nonspesifik. Disini dilibatkan imunitas humoral dan seluler.
Yang dilakukan virus untuk mengatasi sistem imun yaitu:
- Menginfeksi sel sistem imun (ex: pada HIV)
- Menginfeksi sel-sel yang memproduksi non MHC I (ex: pada Herpes
virus)
- Memproduksi protein imunomodulator untuk menghambat aktivitas
MHC (ex: Adenovirus)
- Mutasi, sehingga antigen berubah (ex: virus influenza dan HIV)
- Merusak protein permukaan sel (ex: herpes virus)
4. Perubahan infeksi dan tipe infeksi
5. Penyebaran virus ke luar sel atau ke lingkungan luar tubuh host
Dua mekanisme pelepasan virus dari sel host yaitu:
- Virus dalam jumlah yang besar meninggalkan sel host dalam waktu yang
sama dan menyebabkan sel mati atau lisis.
- Membentuk budding atau blebbing, yaitu bentuk baru dari nukleolapsid
yang mendorong membran sel host. Kemudian sel yang menembus
membran sel tersebut mengambil membran sel host untuk menjadi
selubungnya yang akan menjadi envelop bagi virus tersebut. Proses ini
berlangsung lebih lambat dari pada lisis.

30

Interaksi antara virus dan host
1. Cytophatic virus, langsung membunuh sel host dengan menyebabkan nekrosis
lokal. Dapat memicu apoptosis atau kematian sel yang terprogram
2. Noncytophatic virus, tidak secara langsung menyebabkan sel mati namun
menyebabkan infeksi yang parah. Virus yang produktif menghasilkan infeksi
yang persisten dengan melepaskan sedikit partikel viral yang baru setiap
waktu. Virus yang tidak produktif membuat virus tidak terdeteksi pada
periode tertentu (masa laten).

EKSOTOKSIN
1. Tidak semua toksin yang dihasilkan oleh bakteri diperuntukkan kepada sel
manusia. Misalnya toksin yang dihasilkan oleh Bacillus thuringiensis digunakan
untuk insektisida.
2. Eksotoksin penting bagi bakteri untuk bertahan hidup dan berkembang biak.
Eksotoksin dapat membunuh neutrofil dan makrofag, selain itu eksotoksin dapat
melepaskan penyimpanan ion dan sumber karbon dari sel manusia. Penamaan dari
eksotoksin tidak memiliki dasar sistematis yang jelas. Penamaannya bisa
berdasarkan:
- Jenis sel host yang diserang. Misalnya: Cytotoxin, Neurotoxin,
Leukotoxin, dan Hepatotoxin.
- Spesies bakteri yang memproduksinya. Misalnya Cholera, Shiga,
Diphteria, Tetanus toxin
- Aktivitasnya, misalnya adenylate cyclase dan lechitinase
- Penandaan huruf, misalnya Exotoksin A dari Pseudomonas aeruginosa
- Beberapa toksin memiliki lebih dari satu nama, misalnya E.coli O157:H7:
shiga toxin dan verotoxin
- Enterotoxin, protein toksin yang dapat menyebabkan diare dan muntah
3. Lokasi dari gen penghasil toksin berada di kromosom maupun plasmid dan di
phage.
4. Toksin diproduksi dalam bermacam-macam keadaan tergantung kebutuhan. Ada
yang diproduksi secara terus menerus oleh bakteri yang sedang tumbuh, saat sel
memasuki fase stationary, atau pada waktu-waktu tertentu. Misalnya toksin
diphteria diproduksi besar-besaran ketika bakteri diphteria kekurangan zat besi.
Bakteri yang berspora kadang-kadang melepaskan racun selama fase spora,
misalnya toksin botulinum dan toksin tetanus.
5. Stuktur eksotoksin berupa A-B toksin. Bagian dari toksin yang berikatan dengan
reseptor sel host (B=binding) terpisah dengan bagian yang memediasi aktivitas
enzimatik yang bertanggung jawab untuk toksik (A=active).
6. Bagian B berikatan secara spesifik dengan molekul di permukaan sel host yaitu
protein dan karbohidrat di permukaan sel host, glikoprotein ataupun glikolipid.
Bagian B ini mendeterminasi spesifisitas sel host terhadap toksin. Toksin dari bagian
B yang mengikat glikoprotein yang ditemukan hanya di permukaan sel saraf maka
toksin yang dihasilkan hanya spesifik untuk sel saraf saja walaupun bagian A dapat
membunuh banyak jenis sel host jika ia bisa masuk ke dalam sel.

ENDOTOKSIN
Berupa lipopolisakarida (LPS) yang merupakan komponen dari membran terluar dari
bakteri gram negatif. Endotoksin LPS terdiri dari O-Polisakarida dan Lipid A yang
bertanggung jawab terhadap banyak aktivitas toksin. Lipid A mengelilingi membran
terluar bakteri. Sedangkan LPS melalui situs pengikatannya berinteraksi dengan
reseptor CD14 di monosit/makrofag/sel host lainnya misalnya endotelial.

- MEKANISME RESISTENSI TERHADAP ANTIBIOTIK,
ANTIVIRAL, ANTIFUNGAL, DAN ANTIMIKROBIAL -

Resistensi antimikrobial yaitu kemampuan dari mikroba (bakteri, virus, parasit, atau
jamur) untuk tubuh di tengah-tengah kehadiran zat-zat kimia (obat-obatan) yang
biasanya secara normal bisa membunuh mereka atau membatasi pertumbuhan
mereka.
Tahapan dari resistensi yang terjadi pada mikroba tersebut yaitu exposure
seleksi ekspansi

31

Bisa terjadi saat pemberian suatu antibiotik pada populasi yang sensitif, antibiotik
tersebut bisa membunuh populasi mikroba yang tidak resisten, namun mikroba yang
resisten tetap hidup dan bahkan mereka berkembangbiak menjadi banyak.
Agen antibacterial:
- Red azo dye protosil : pada tahun 1935 dilakukan perlindungan dari tikus untuk
melawan infeksi streptococcal sistemik, dilakukan perwatan terhadap pasien yang
mengalami infeksi yang sama.
- Kumpulan dari mikroorganisme yang menghalangi pertumbuhan mikroorganisme
lainnya (antibiotik):
- Alexander Flemming menemukan antibiotik Penisilin yang mencegah
pertumbuhan bakteri stapilokokus
- Pada tahun 1940 ditemukan Streptomisin
- Pada tahun 1950 ditemukan Tetrasiklins
Agen antibacterial yang baru telah diperkenalkan dan secara terus menerus
diperbarui mengingat kemampuan bakteri untuk mengembangkan resistensinya
terhadap antibacterial.
Yang dilakukan dan menjadi target dari agen antibacterial yaitu :
- Menghalangi sintesis dinding sel bakteri
- Menghalangi sintesis asam nukleat bakteri
- Menghalangi sintesis protein
- Antimetabolit
Menghalangi sintesis dinding sel, antara lain dengan menggunakan
- Penisilin - Bacitracin
- Cephalosporins - Monobactams/carbapenems
- Vancomycin - Fosfomycin
- Cycloserine - Isoniazid
Menghalangi sintesis membrane sel dengan Polymyxins akan menyebabkan
membrane sel bakteri kehilangan permeabilitasnya.
Menghalangi sintesis DNA/RNA, dengan cara menghalangi replikasi dan transkripsi,
menghalangi enzim gyrase dengan Quinolones(ciprofloxazin) dan menghalangi RNA
polimerasi dengan Rifampin.
Menghalangi sintesis protein. Obat yang bertugas di situs 50s adalah :
- Chloromfenikol
- Eritromisin
- Clyndamycin
- Oxazolidinones
Sedangkan obat yang bekerja di situs 30s adalah:
- Aminoglycosides
- Tetracyclins
- Streptomycin
- Amikacin
Menghalangi metabolism, dengan menggunakan obat
- Sulfonamides (sulfa drugs)
- Trimethoprin
- Dapsone
- Para-aminosalicyclic acid
Mekanisme resistensi
- Resistensi intrinsik (kromosomal)
Misalnya Pseudomonas pasti resisten terhadap amphicylin dan penisilin
karena memiliki resistensi intrinsic
- Resisten yang dibutuhkan, akibat adanya:
1. Mendapatkan properti untuk mendukung fungsi
Misalnya bisa terjadi akibat perpindahan materi genetik dari satu bakteri
ke bakteri lain, bahkan bisa juga terjadi antar spesies bakteri sehingga
diperoleh sifat baru yang lebih unggul
Selain itu bisa juga karena ada aktivitas enzimatik yang baru, misalnya
fosforilasi, asetilasi, dan pompa.
2. Mutasi atau keberadaan suatu protein tertentu
Misalnya terjadi perubahan subunit ribosom, permeabilitas dinding sel,
dsb.
Jadi mekanismenya adalah :
1. Penginaktivasian obat, misalnya Penisilin. Dinonaktifkan dengan
Penicillinase, sebuah enzim yang membelah molekul obat dan
menyebabkannya tidak aktif.
2. Menurunkan permeabilitas membrane, reseptor yang mentranspor obat
diubah sehingga obat tidak bisa memasuki sel.
3. Mengaktivasi pompa obat, diilakukan oleh protein membrane khusus
yang diaktifkan dan secara terus menerus memompa obat keluar sel
4. Mengubah situs perlekatan obat, situs perlekatan yang menjadi target
yaitu di ribosom diubah sehingga obat tidak bisa memberikan efek.
5. Menggunakan jalur metabolik alternatif, obat biasanya memblok jalur
metabolik, jadi mikroba tersebut mencegah dengan menggunakan jalur
metabolik alternatif sehingga jalur tersebut tidak terblok.
Penghambatan sintesis dinding sel
Dapat dilakukan dengan:
- Beta Lactam Antibiotik, merupakan antibiotik yang mengahambat sintesis
dinding sel paling utama. Berupa : Penicillins, Chepalosporins, Chapamycins,
Charbapenems, Monobactams, beta-Lactamase inhibitor
- Antibiotik lainnya, yaitu : Vancomycin dan Bacitracin

32

- Agen antimikobakterial, yaitu : Isoniazid, Ethambutol, Cycloserine,
Ethionamide

A. Penghambatan Sintesis Dinding Sel oleh Antibiotik Beta Lactam
1. Lapisan peptidoglikan adalah komponen utama pembangun dinding sel bakteri.
Struktur dasarnya yaitu rantai sepanjang 10 sampai 65 disakarida yang mengandung
molekul sebagai berikut : N-acetylglukosamin dan N-acetylmuramic acid.
2. Penicillin binding proteins (PBPs):
- Enzim spesifik yang membangun lapisan peptidoglikan dari dinding sel dan
dapat diikat oleh atibiotik beta-lactam yaitu : transpeptidase,
carboxypeptidase, dan endopeptidase.
- Antibiotik Beta-lactam biasanay bertindak sebagai agen antibacterial yang
membunuh bakteri. Pertama bakteri yang sedang tumbuh diberikan antibiotik
beta-lactam yang akan berikatan dengan PBPs di dalam dinding sel bakteri
yang sedang tumbuh tersebut, antibiotic tersebut menghambat sintesis
dinding sel namun tidak mendagradasi peptidoglikan, lalu bakteri tersebut
mati.

Di bawah ini akan dijelaskan lebih rinci mengenai antibiotik2 yg berperan dalam
menghambat sintesis dinding sel bakteri serta macam-macam resistensi yang terjadi
terhadap antibiotik tersebut.

Mekanisme Resistensi Bakteri terhadap Antibiotik Beta-Lactam
1. Mencegah interaksi antara antibiotik dengan PBPs target, hanya terlihat di bakteri
gram negatif (biasanya spesies Pseudomonas), yaitu dengan cara:
- Perlindungan terhadap membrane terluar yang melapisi lapisan peptidoglikan
- Penetrasi dari antibiotic beta-lactam ke dalam bakteri gram-negatif
membutuhkan perpindahan melalui pori membrane terluar, maka bakteri
melakukan perubahan protein pori membrane terluar (porin) sehingga
merubah ukuran dari saluran porin sehingga menyingkirkan antibiotik yang
akan masuk tersebut.
2. Mengurangi pengikatan antibiotik terhadap PBPs. Bisa dilakukan bakteri dengan
memodifikasi PBP. Pemodifikasian ini tidak akan menyebabkan kerusakan pada
lapisan peptidoglikan melainkan justru membantu sintesis lapisan peptidoglikan
bakteri. Pemodifikasian ini bisa terjadi secara alami yaitu dengan mutasi yang terjadi
pada gen PBP, misalnya pada Streptococcus Pneumonniae yang resisten terhadap
penisilin. Selain mutasi, modifikasi pada PBP bisa terjadi karena kedatangan PBP
yang baru, misalnya saja masuknya PBP E.coli ke dalam staphylococcus aureus
menyebabkan bakteri ini resisten terhadap oxacillin.
3. Hidrolisis antibiotik oleh beta-lactamase. Yaitu dengan cara penginaktivasian
antibiotic beta-lactam. Ada sekitar 200 jenis yang berbeda dari beta-lactamase,
misalnya khusus untuk penisilin yaitu penicilinase dan khusus untuk chepalosporins
yaitu chepalosporinase. Aktivitas yang luas dari enzim ini bisa menonaktifkan
antibiotik beta-lactam. Extended-spectrum beta-lactamase (ESBLs) dikode oleh
plasmid yang bisa ditransfer dari satu organisme ke organisme lainnya yang bisa
menyebabkan kesulitan dan keterbatasan dalam penggunaan beta-lactam di
beberapa rumah sakit.

Mekanisme Resistensi Methicilin
1. Protein beta-lactamase pada staphylocococcal yang memotong struktur cincin beta
lactam hanya resisten terhadap penisilin namun tidak pada penisilin semi sintetis
seperti methicilin, oxacilin, atau cloxacilin. Perolehan gen mecA yang mana
mengkode Penicilin Binding Protein PBP2a melengkapi resistensi terhadap semua
jenis antibiotik beta-lactam, sehingga bahkan yang merupakan penisilin semi sintetis
juga bisa resisten terhadap antibiotik tersebut. PBP2a memiliki afinitas yang rendah
terhadap antibiotik beta-lactam dan ini menguntungkan untuk pembentukan
dinding sel saat PBPs normal dinonaktifkan oleh antibiotik. Gen mecA ditemukan
pada elemen genetik yang bergerak yang dinamakan staphylococcal chromosomal
cassette mec (SCCmec).

Glikopeptida dan resistensinya terhadap Vancomycin
1. Glikopeptida kompleks yang mengganggu sintesis dinding sel peptidoglikan pada
pertumbuhan bakteri gram positif. Glikopeptida ini berinteraksi dengan D-alanin-D-
alanin dari rantai pentapeptida pada dinding sel bakteri yang kemudian
mengganggu formasi rantai peptidoglikan. Glikopeptida digunakan untuk mengatur
infeksi yang disebabkan oleh resistensi oxacilin staphylococci dan bakteri gram
positif lainnya yang resisten terhadap antibiotik beta-lactam. Glikopeptida tidak
aktif ketika melawan bakteri gram negatif. Molekul glikopeptida terlalu besar untuk
menembus membran terluar dan mencapai situs target di peptidoglikan bakteri
gram negatif tersebut.
2. Resistensi intrinsik terhadap vancomycin terjadi ketika terminasi pentapeptida di D-
alanin-D-lactate glikopeptida tidak mengikat vancomycin. Misalnya pada bakteri
leuconostoc, lactobacillus, pediococcus, dan erysipelothrix. Juga bisa terjadi ketika
terminasi pentapeptida di D-alanin-D-serine misalnya pada Enterococcus gellinerum,
Enterococcus casselillavus.
3. Resistensi yang diperoleh dari Vancomycin dimediasi oleh plasmid. Misalnya pada
bakteri Enterococcus faecium dan Enterococcus faecalis. Hal ini merupakan
ancaman yang potensial untuk kegunaan vancomycin dalam perawatan terhadap
infeksi bakteri enterococcal. Ini menjadi pemikiran jika gen resisten ini ditransfer ke

33

staphylococci (terbukti melalui eksperimen laboratorium) resisten akan semakin
tinggi dan virulensi dari bakteri tersebut juga akan semakin tinggi.

Polipeptida
1. Antibiotik lain yang berperan dalam menghambat sintesis dinding sel bakteri adalah
Bacitracin. Merupakan gabungan dari polipeptida. Bacitracin menghambat dinding
sel dengan mengganggu defosforilasi dan daur ulang lipid yang bertanggung jawab
untuk memindahkan prekursor peptidoglikan melalui membran sitoplasmik menuju
dinding sel. Bacitracin juga menghacurkan membrane sitoplasmik bakteri dan
menghambat transkripsi RNA. Resistensinya terjadi ketika kegagalan antibiotik
tersebut untuk masuk ke dalam sel bakteri.
2. Selain itu terdapat juga antibiotik Polymixin yang merupakan polipeptida siklik.
Masuk ke dalam membrane bakteri dengan berinteraksi dengan lipopolisakarida
dan fofolipid di membrane terluar yang mana akan meningkatkan permeabilitas
membrane dan akan menyebabkan sel bakteri mati. Sebagian besar antibiotik ini
aktif melawan bakteri gram negative selama bakteri tersebut tidak memiliki
membrane terluar. Misalnya Polymixin B dan E (Colistin).

Jenis antibiotik lain yang sering digunakan yaitu Isoniazid, Ethionamide, Ethambutol dan
Cycloserine.
Isoniazid mempengaruhi sintesis dari asam mycolic bakteri dan mengganggu desaturasi
dari asam lemak rantai panjang dan mengganggu elongasi asam lemak serta hidroksi
lipid. Ethionamide berasal dari Isoniazid dan juga berfungsi untuk menghalangi sintesis
asam mycolic. Ethambutol menggangu sintesis arabinogalaktan di dinding sel bakteri.
Sedangkan Cycloserine menghambat sintesi D-alanin-D-alanin yang mana merupakan
katalis bagi sintesis dinding sel bakteri.

B. Penghambatan Sintesis Protein
Aminoglikosida
Aminoglikosida adalah antibiotik yang menghambat situs 30s protein ribosom. Contoh
aminoglikosida yaitu:
- Streptomycin, neomycin, kanamycin, tobramycin
- Amikacin merupakan derivat sintetis dari kanamycin
- Netilmicin merupakan derivat sintesis dari sisomycin
Aminoglikosida ini mempunyai kemampuan untuk menembus membrane terluar dari
bakteri (pada bakteri gram negatif), menembus dinding sel, dan menembus membrane
sitoplasmik. Situs aktif aminoglikosida yaitu di sitoplasma dan nantinya akan berikatan
dengan situs 30s protein ribosomal. Aminoglikosida yang masuk ke ribosom akan
memberikan dua efek yaitu :
1. Ribosom akan memproduksi protein yang salah sebagai akibat dari kesalahan
dalam pembacaan mRNA.
2. Interupsi terhadap sintesis protein dengan menyebabkan pelepasan protein
ribosom yang prematur atau belum matang dari mRNA.
Bakterisidal mampu melakukan pengikatan yang ireversibel pada ribosom. Penetrasinya
melalui membrane sitoplasmik bakteri yang aerobik dengan membutuhkan energi.
Namun bakteri yang anaerobik resisten terhadap aminoglikosida sehingga tidak bisa
dimasuki oleh aminoglikosida. Dinding sel bakteri Streptococci dan Enterococci tidak
bisa dimasuki oleh aminoglikosida. Pengobatan dengan aminoglikosida ini
membutuhkan bantuan antibiotik lain yang bisa menghambat sintesis dinding sel
bakteri (misalnya Penisilin, Vancomycin, dan Ampicillin) agar aminoglikosida bisa
masuk.
Resistensi yang terjadi pada aminoglikosida bisa terjadi dalam tiga langkah:
1. Mutasi yang terjadi pada situs perlekatan ribosom, namun biasanya hal ini
jarang terjadi dan hanya terjadi di bakteri genus Enterococcus.
2. Menurunnya jumlah antibiotic yang bisa masuk ke dalam sel, misalnya pada
bakteri Pseudomonas dan sering terjadi pada bakteri gram negatif.
3. Modifikasi enzimatik dari antibotik. Modifikasi ini bisa terjadi melalui
fosforilasi, adenilasi, dan asetilasi dari gugus amino dan gugus hidroksil
antibiotic.

Tetracyclin
Tertracyclin ini bersifat broad-spectrum. Tetracyclin mengikat secara reversibel situs
30s subunit ribosom. Antibiotik ini menghalangi pengikatan aminoasil-transfer RNA
(tRNA) ke kompleks 30s ribosom-mRNA. Resistensi yang terjadi karena :
1. Penurunan jumlah antibiotik yang bisa masuk ke dalam sel bakteri
Bisa terjadi karena mutasi pada gen kromosom yang mengkode porin protein
membrane terluar bakteri. Level resistensi yang rendah terhadap tetrasiklin
juga terjadi pada antibiotik lain misalnya beta-lactam, quinolone, dan
chlorampenicol.
2. Pengeluaran antibiotik dari dalam sel. Banyak variasi dari gen bakteri yang
berbeda yang mengontrol pengeluaran antibiotik tetracycline dari dalam sel.
Inilah penyebab resistensi yang paling umum. Ternyata bakteri nggak
sebodoh yang dikira.
3. Perubahan situs target ribosom. Produksi protein serupa dengan faktor
elongasi yang melindungi 30s ribosom, dalam hal ini antibiotik masih dapat
berikatan dengan ribosom namun sintesis protein tidak akan terganggu.
4. Modifikasi enzimatik dari antibiotik itu sendiri

Oxazolidone

34

Antibiotik ini merupakan represntatif dari Linezolid dan bersifat narrow-spectrum.
Antibiotik ini menghambat inisiasi dari sintesis protein dengan mengganggu formasi
dari kompleks inisiasi di subunit 30s ribosom. Resistensi silang yang biasa terjadi pada
penghambat sintesis protein yang lain tidak terjadi di sini. Sehingga antibiotic ini dapat
digunakan untuk pengobatan terhadap infeksi bakteri strain Staphylococci,
Streptococci, dan Enterococci yang mana resisten terhadap penisilin, vancomycin, dan
amiboglikosida.

Chloramphenicol
Berfungsi untuk menghambat sintesis protein di sel sumsum tulang belakang. Dapat
mengikat peptydil transferase yang merupakan komponen dari subnunit 50s ribosom
secara reversibel sehingga menghalangi elongasi peptide. Resistensi terhadap antibiotik
ini disebabkan karena plasmid bakteri yang mengkode chloramphenicol
acetyltransferase mengkatalisis asetilasi grup 3 hidroksil dari chloramphenicol sehingga
antibiotic ini tidak bisa berikatan dengan subunit 50s. selain itu resistensi juga bisa
terjadi karena mutasi kromosom yang mengubah protein porin membrane terluar
sehingga membuat bakteri gram negatif menjadi kurang permeable. Namun resistensi
yang disebabkan oleh mutasi ini jarang terjadi.

Macrolide
Antibiotic ini bersifat bakteriostatik. Struktur dasarnya yaitu cincin macrocyclic lactone
yang berikatan dengan dua gula. Antibiotik ini mengikat subunit 50s ribosom secara
reversibel dan menghalangi elongasi polipeptida. Resistensi terhadap antibiotic ini bisa
disebabkan karena metilasi yang terjadi pada 23s ribosomal RNA sehingga mencegah
pengikatan antibiotik. Selain itu bisa disebabkan karena rusaknya cincin lactone yang
disebabkan oleh enzim erythromycin esterase. Dan yang terakhir resistensi disebabkan
karena efluks atau keluarnya antibiotic dari sel bakteri.

Clindamycin
Menghalangi elongasi protein dengan melakukan pengikatan dengan subunit 50s
ribosom dan kerjanya yaitu menghalangi peptydil transferase dengan mengganggu
pengikatan asam amino acyl kompleks tRNA. Resistensiya disebabkan oleh metilasi di
23s ribosomal RNA.

C. MENGHAMBAT SINTESIS ASAM NUKLEAT
Quinolone
Merupakan agen kemoterapetik sintetis. Kerjanya yaitu menghalangi enzim yang
dibutuhkan oleh DNA untuk bereplikasi, rekombinasi, dan perbaikan yaitu enzim DNA
Gyrase atau Topoisomerase. Resistensi terhadap antibiotic ini di mediasi oleh
kromosom dengan dua mekanisme yaitu perubahan subunit alfa dari DNA Gyrase serta
mengurangi pemasukan antibiotic ke dalam sel dengan cara mengubah protein porin di
permukaan sel bakteri.

Biofilm
Beberapa bakteri ada yang berinteraksi satu sama lainnya dengan membentuk jaringan
lengket bakteri dan polisakarida yang dinamakan biofilm, yang mana akan menempel di
permukaan sel host, misalnya plak gigi, menempel pada kateter atau alat-alat intravena
lainnya. Bakteri yang memiliki biofilm memiliki resistensi terhadap obat-obatan sekitar
100x lebih kuat daripada bakteri biasa. Hal ini disebabkan karena :
- Mikroba tersebut dilindungi oleh lapisan anti penetrasi alami yang tebal di
matriks ekstraseluler.
- Bakteri memperlambat pertumbuhannya dan menurunkan aktivitasnya

MENGHAMBAT REPLIKASI VIRUS DENGAN AGEN ANTIVIRAL
Perkembangan dari kemoterapi antiviral jauh lebih lambat daripada obat-obatan
antibacterial. Virus adalah makhluk obligat intraseluler di mana virus tersebut
menggunakan enzim dan mesin biosintetik sel host untuk membantunya bereplikasi.
Lebih susah untuk menghambat replikasi virus dengan antiviral tanpa meracuni sel host

35

itu sendiri. Obat antiviral sekarang ini lebih mentargetkan kepada sintesis DNA dan RNA
virus.
Antibiotik terbaru saat ini targetnya adalah :
1. Enzim yang dikode oleh virus
2. Struktur virus yang sangat penting dalam proses replikasinya

Aktivitas dari obat aniviral ini biasanya terbatas hanya untuk famili virus yang spesifik.
Misalnya menggunakan anti reverse transcriptase untuk terapi virus HIV.
Resistensi terhadap obat antiviral telah menjadi masalah dalam proses pengobatan
pasien yang membutuhkan jangka waktu yang panjang, misalnya resistensi terhadap
obat antiviral pada orang yang mengidap AIDS.
Ketidakhati-hatian dalam menggunakan oseltamivir (Tamiflu) bisa memicu resistensi
terhadap obat oleh virus H5N1.

Sintesis protein virus sebagai target antiviral bukan merupakan sasaran antivirus yang
baik karena tidak memungkin obat untuk melakuan penghambatan selektif terhadap
sintesis protein virus karena replikasi virus itu sendiri memanfaatkan ribosom dan
mekanisme sintesis sel host.
Mekanisme resistenis yang terjadi antara lain disebabkan karena :
1. Inaktivasi protein yang mengaktifkan antivirus dalam sel, misalnya kinase
timidin
2. Perubahan target obat, misalnya reverse transcriptase, protease, dan GP41

Analog Nukleosida
Dapat melakukan penghambatan atau inhibisi selektif karena :
1. Berikatan lebih baik dengan DNA polymerase virus dibandingkan dengan DNA
Polimerase sel host
2. Obat digunakan lebih ekstensif pada sel yang terinfeksi, karena sintesis DNA
nya lebih cepat dibandingkan dengan sel yang tidak terinfeksi

a. Acylovir, Valacylovir, Penciclovir dan Famciclovir
Memiliki rantai samping asiklik (buka merupakan gula ribosa atau deoksiribosa) dan
bersifat selektif terhadap HSV (virus herpes simpleks) atau VZV (virus varicella zoster),
karena kedua virus herpes tersebut menyandi kinase timidin. Kinase timidin virus
mengaktivasi obat melalui fosforilasi (inisiasi fosforilasi), enzim-enzim sel penjamu/host
melanjutkan proses pembentukan menjadi bentuk difosfat kemudian ke bentuk
trifosfat. Pada sel yang tidak terinfeksi obat-obat ini terdapat dalam bentuk tidak aktif
karena tidak terjadi inisiasi fosforilasi. Akibat obat ini bentuk trifosfat berkompetisi
dengan guanosin trifosfat sehingga menghambat polymerase serta terminasi
perpanjangan rantai DNA virus. Obat-obat ini digunakan 100x lebih banyak oleh DNA
polymerase virus dibandingkan oleh DNA polymerase sel.
b. Ganciclovir
Obat ini aktif terhadap CMV, CMV ini tidak menyandi kinase timidin, tetapi dapat
melakukan fosforilasi GCV oleh suatu protein kinase yang disandi oleh virus ini. Obat ini
digunakan 30x lebih banyak oleh DNA Polimerase virus dibandingkan oleh DNA
polymerase sel. Obat ini digunakan dalam terapi antitumor dengan terapi gen.

Kemoterapi antivirus
1. Nukleosida Analog
- Acylovir (Acycloguanosine)
- Lamivudine (3TC)
- Ribavirin
- Vidarabine (Adenin Arabinosida)
- Zidovudine (Azidothymidine = AZT)
2. Nukleotida Analog, ex : Cidofovir (HPMPC)
3. Non nukleosida Reverse Transcriptase Inhibitor, ex : Nevirapine
4. Protease Inhibitors, ex : Saquinavir, Indinavir, Ritonavir

Antivirus Tipe Lain
Amantadine dan Rimantadine menghambat uncoating virus, ex : virus influenza dan
profilaksis
Foscarnet (Phosphonoformic acid, PFA) menghambat DNA polymerase virus dan
reverse transcriptase
Methisazone menghambat tahap akhir replikasi virus sehingga partikel virus menjadi
imatur dan non infeksius (Poxvirus)
Oseltamifir (Tamiflu) menghambta neuraminidase virus influenza, menghambat
perakitan atau budding
Fuzeon menghambat perlekatan GP41 pada reseptor seluler


36

Setelah perjuangan dan pertumpahan darah (lebay) yang dilakukan para pejuang-
pejuang kita, akhirnya tentir ini selesai. Dibawah ini adalah nama-nama para pejuang
kita yang rela mengorbankan waktu tidur dan waktu belajarnya buat ngebuat tentir ini:

Afifah Putri H
Deriyan Sukma Widjaja
Karina Maharani Pramudya
Monika Besti Yolanda
Randy Satria Nugraha Rusdy
Wendy Damar Aprilano

Kalo ada saran atau kritikan langsung bilang aja ke Siepend terdekat. Kalo mau ikutan
bantu juga sangat diterima :D. Semoga tentiran kali ini berguna dan 2009 dapet A
semua di modul BioMol ini hahahahahaha! Amin.

Biologi Molekuler Sumatif 2

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Biologi Molekuler Sumatif 2

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Biologi Molekuler 2010

Anda mungkin juga menyukai