Bioremediasi

oleh:irfanto
lingkungan kita sedang terancam. Secara mengejutkan udara yang kita hirup, air yang
kita minum dan tanah yang kita andalkan untuk menanam bahan makanan telah
terkontaminasi secara langsung oleh hasil aktivitas manusia. Polusi dari sampah industri
seperti tumpahan bahan kimia, produk rumah tangga dan peptisida telah menyebabkan
kontaminasi pada lingkungan. Bertambahnya jumlah bahan kimia beracun menyebabkan
ancaman bagi kesehatan lingkungan dan organisme hidup yang ada di dalamnya.
Hanya bioteknologi yang dipertimbangkan untuk menjadi kunci dalam
mengidentifikasi dan memecahkan masalah kesehatan manusia. Bioteknologi juga menjadi
peralatan yang bagus untuk pembelajaran atau perbaikan terhadap buruknya kesehatan akibat
polusi lingkungan. Dalam bab ini akan dijelaskan bagaimana bioteknologi bisa membantu
memecahkan beberapa dari masalah polusi dan menciptakan lingkungan yang bersih untuk
manusia melalui bioremediasi.
A. Pengertian Bioremediasi
Penggunaan organisme hidup seperti bakteri, jamur, dan tumbuhan untuk menghancurkan
atau mendegradasi susunan kimia, dinamakan bioregridasi. Proses ini memanfaatkan reaksi
kimia alami dan melalui proses pembongkaran materi oleh organisme untuk memenuhi
nutrisi dan menghasilkan energi. Sebagai contoh adalah bakteri, memetabolisme gula untuk
menghasilkan ATP. Selain mendegradasi senyawa alami untuk memperoleh energi, banyak
mikroba mengembangkan reaksi metabolik unik yang bisa digunakan untuk mendegradasi
bahan kimia yang dibuat oleh manusia. Bioremediasi merupakan porses pembersihan
lingkungan yang terkontaminasi oleh polusi kimia dengan menggunakan organisme
hidup untuk mendegradasi materi yang berbahaya menjadi senyawa yang berkurang
kadar toksiknya.
Bioremidiasi bukan sesuatu yang baru. Manusia telah bergantung pada proses biologi untuk
mengurangi sampah selama jutaan tahun. Dalam pengertian sederhana, diluar rumah-yang
memanfaatkan mikroba alami untuk mendegradasi sampah dari manusia-adalah satu contoh
dari bioremediasi. Pabrik pengolahan limbah juga telah menggunakan mikroba untuk
mendegradasi sampah manusia selama beberapa dekade. Memanfaatkan apa yang dilakukan
mikroba merupakan salah satu aspek bioremediasi. Tujuan pokok bioremediasi adalah untuk
meningkatkan mekanisme alami dan menaikkan tingkat biodegradasi untuk mempercepat
proses pembersihan.
B. Mengapa Bioremediasi Itu Penting?
Kualitas hidup kita secara langsung berhubungan dengan kebersihan dan kesehatan
lingkungan. Kita ketahui bahwa lingkungan kimia dapat mempengaruhi genetik kita dan
beberapa bahan kimia bisa bertindak sebagai penyebab mutagen pada manusia. Oleh sebab
itu, ada alasan untuk diperhatikan tentang dampak kimia jangka pendek maupun jangka
panjang dan dampak lingkungan kimia pada manusia dan organisme lain.
Menurut perkiraan, lebih dari 200 milyar materi yang berbahaya dihasilkan oleh Amerika
setiap tahun. Kecelakaan, seperti tumpahan bahan kimia bisa dan memang terjadi, tapi
kejadian seperti ini diatasi dan dibersihkan secara cepat untuk meminimalkan dampaknya
pada lingkungan. Masalah lain, yaitu praktek penimbunan ilegal secara langsung gudang
penyimpan bahan kimia yang mungkin akan bocor sehingga menyebabkan tempat menjadi
terkontaminasi. Pada tahun 1980, kongres menetapkan program superfund sebagai salah satu
inisiatif dari badan perlindungan lingkungan (EPA) untuk menindak ketidak pedulian dan
berbagai kelalaian langsung dari tumpukan dan tumpahan bahan kimia, sebaiknya dilakukan
pemfokusan pada bagaimana polusi ini mungkin mempengaruhi kesehatan manusia dan
lingkungan. Maksud dasar dari program superfund ini adalah untuk menempatkan dan
membersihkan tempat sampah yang berbahaya untuk melindungi kota USA dari area yang
terkontaminasi. Melalui cara ini anda juga bisa memeriksa pencemaran lingkungan dimana
anda tinggal yang merupakan prioritas dari daftar superfund untuk dibersihkan.
Kita ketahui bahwa polusi adalah masalah serius yang bisa mempengaruhi kesehatan manusia,
dan bioremediasi merupakan pendekatan penting untuk pembersihan lingkungan.
Bagaimanapun banyak cara untuk membersihkan polusi dengan menggunakan teknik
bioremediasi? Melalui cara fisik kita dapat memindahkan materi pengkontaminasi seperti
minyak atau sifat kimia polusi, tapi proses ini sangat mahal. Kaidah terbesar dari
bioremediasi adalah keseluruhan pendekatan bertujuan untuk mengubah polusi
berbahaya menjadi materi yang relatif tidak berbahaya, seperti karbon dioksida,
klorida, air, dan molekul organik sederhana. Karena kehidupan organisme digunakan
sebagai pembersih, proses bioremediasi pada umumnya lebih bersih jika dibandingkan
dengan jenis strategi pembersihan yang lain dan tidak mengganggu lingkungan.
DASAR BIOREMEDIASI
A. Komponen Lingkungan Yang
Memerlukan Bioremidiasi
Tanah, udara, air, dan sedimen (gabungan tanah dengan pelapukan tanaman dan hewan dalam
satu tempat didasar air) semuanya mempengaruhi lingkungan lewat polusi. Tanah, air, dan
sedimen merupakan bagian dari lingkungan yang membutuhkan pembersihan melalui
bioremediasi, lewat perkembangan boiremediasi terbaru yang sedang dikembangkan untuk
mendeteksi dan membersihkan polusi udara pada masing-masing area menunjukkan
kekomplekannya untuk dibersihkan, karena pendekatan bioremediasi yang digunakan
tergantung pada kondisi tempatnya. Sebagai gambaran, pendekatan untuk pembersihan
minyak bisa sangat berbeda dengan cara yang digunakan untuk membersihkan air.
Polusi bisa memasuki lingkungan dengan banyak cara dan mempengaruhi bermacam-macam
komponen lingkungan. Polusi bisa memasuki lingkungan melalui bocornya sebuah tangki,
kecelakaan truk, atau pecahnya tangki kimia dari suatu industri. Sebuah contoh tumpahnya
tangki kimia di industri tanaman, jika jumlah bahan kimia yang dilepaskan serta kebocoran
tangki tidak terdeteksi dalam waktu yang lama, maka bahan kimia mungkin akan berpindah
ke dalam tanah, dan jika diikuti dengan hujan lebat, maka bahan kimia yang sama dapat
menghasilkan run-off yang bisa mengkontaminasi suplai air permukaan yang berdekatan
seperti kolam, danau, jurang dan sungai. Bahan kimia juga dapat tumpah lewat lubang bawah
tanah yang disebut leachate. Leachate bisa menyebabkan kontaminasi pada lapisan sub-tanah
yang dinamakan air bawah tanah yang merupakan sumber dari air minum.
Bahan kimia juga bisa memasuki lingkungan melalui pelepasan polusi pada udara, yang
mana ditangkap oleh awan dan mengkontaminasi permukaan air dan juga air bawah tanah
pada saat hujan. Polusi dari industri, pembukaan lahan baru, penimbunan secara ilegal,
peptisida yang digunakan dalam pertanian dan penggalian bahan tambang juga memberikan
kontribusi pada polusi lingkungan. Karena pendekatan bioremediasi digunakan untuk
pembersihan polusi yang tergantung pada kondisi lingkungan, sehingga pembersihan tanah
sangat berbeda dari pembersihan air. Bagaimanapun, penggunaan bioremediasi tergantung
dari jenis bahan kimia yang akan dibersihkan.
B. Bahan Kimia di Lingkungan
Setiap hari materi-materi rumah tangga seperti bahan pembersih, deterjen, pestisida,
pupuk, parfum, dan obat-obatan terkandung dalam limbah kita. Bahan kimia lain yang berada
di lingkungan kita berasal dari proses industri atau hasil dari kecelakaan. Jumlah bahan kimia
dari berbagai sumber yang berbeda, umumnya menjadi polusi bagi lingkungan. Beberapa
bahan kimia ini diketahui berpotensi sebagai mutagen dan karsinogen (penyebab kanker).
Sebagian besar bahan kimia ini juga diketahui dapat menyebabkan penyakit berbahaya pada
kulit. Secara sederhana, hadirnya polutan-polutan ini membawa pada ketidakstabilan
(kerusakan) pada lingkungan maupun organisme yang hidup didalamnya.
C. Reaksi Penting Bioremidiasi
Mikroba dapat mengubah beberapa bahan kimia menjadi bahan yang tidak berbahaya
melalui cara metabolisme aerob atau melalui metabolisme anaerob. Dua macam proses ini
merupakan reaksi oksidasi dan reaksi reduksi.
1. Reaksi Oksidasi Dan Reduksi
Oksidasi merupakan perpindahan satu atau beberapa elektron dari suatu atom atau
molekul yang dapat merubah struktur kimia dan bahan dari molekul tersebut. Dalam hal
polutan kimia, oksidasi dapat membuat bahan kimia yang tidak merugikan dengan cara
merubah sifat-sifat kimianya. Reaksi oksidasi hampir selalu terjadi bersama reaksi reduksi.
Selama reduksi, atom atau molekul mendapatkan satu atau lebih elektron. Karena oksidasi
dan reduksi saling berpasangan, reaksi transfer elektron ini
sering disebut reaksi redoks.
e
-

e
-

A
B
A teroksidasi
B tereduksi
Reduksi
Oksidasi

Gambar 2 Reaksi Redoks
Selama reaksi redoks berlangsung, molekul yang dinamakan agen oksidasi (yang juga
dikenal sebagai elektron akseptor karena memiliki atraksi yang kuat untuk elektron) yang
memindahkan elektron selama proses transfer. Saat agen oksidasi menerima elektron, mereka
tereduksi. Oksigen (O
2
), besi (Fe
3+
), sulfat (SO
4
-2
), dan nitrat (NO
3
) biasanya terlibat dalam
reaksi redoks dari bioremediation. Reaksi redoks sangat penting untuk beberapa fungsi
selular.
2. Biodegradasi Aerob dan Anaerob
a. Biodegradasi aerob
Pada suatu lingkungan, seperti air permukaan dan tanah yang selalu mengandung
oksigen, bakteri aerobik menurunkan tingkat polutan dengan mengoksidasi campuran kimia.
Pada reaksi biodegradasi aerob, O
2
dapat mengoksidasi berbagai macam bahan kimia yang
mengandung molekul organik (yang mengandung atom karbon) seperti produk petrolium.
Dalam proses ini, O
2
mereduksi untuk memproduksi air. Mikroba dapat mengurangi lebih
lanjut campuran organik yang teroksidasi menjadi lebih sederhana dan relatif tidak
merugikan, seperti karbon dioksida dan gas metana. Bakteri menurunkan energi dari proses
ini, yang kemudian digunakan untuk lebih banyak sel dan menambah biomasa. Suatu aerob
juga mengoksidasi campuran inorganik (molekul yang tidak mengandung karbon) seperti
logam dan amoniak.
D. Organisme Yang Berperan Dalam Bioremidiasi
Pada banyak tempat, bioremediasi melibatkan kombinasi bakteri aerob dan anaerob
untuk mengurangi kontaminasi di suatu tempat. Tepatnya, bakteri anaerob biasanya
mendominasi reaksi biodegradasi yang lebih dekat pada daerah yang terkontaminasi, dimana
oksigen cenderung lebih jarang digunakan daripada sulfat, nitrat, besi dan metana sebagai
anaerobes penerima elektron. Lebih jauh dari daerah yang terkontaminasi dimana oksigen
banyak tersedia, bakteri aerob diikutkan dalam biodegradasi.
1. Bakteri. Kemungkinan bakteri untuk mengurangi bahan kimia yang berbeda, tergantung
pada berbagai kondisi. Temperatur kimia, daerah yang terkontaminasi, nutrien, dan banyak
faktor lain berpengaruh pada efektivitas dan tingkat biodegradasi. Mikroba metabolisme yang
efektif dan digunakan untuk bioremediasi adalah bakteri indigen yang secara alami
ditemukan pada tempat yang berpolusi. Strain yang berbeda dari bakteri yang disebut
Pseudomonas, yang sangat melimpah di sebagian besar sumber diketahui dapat mengurangi
ratusan bahan kimia yang berbeda. Strain E. coli (yang umumnya berhabitat dalam usus
manusia dan mikroba yang penting untuk berbagai teknik rekombinan DNA) juga sangat
efektif dalam mengurangi berbagai polutan.
2. Jamur. Jamur pengurang sampah seperti Phanerochaete chrysosporium dan
Phanerochaete sordida dapat mengurangi racun kimia seperti creosote, pentachlorophenol,
dan polutan lain yang tidak dapat di degradasi oleh bakteri.
E. Rangsangan Bioremediasi
Beberapa bakteri asli sangat efektif dalam biodegradasi tergantung dari jenis polutan.
Para ilmuwan menggunakan beberapa strategi untuk membantu mikroorganisme dalam
mengurangi kontaminan. Hal ini tergantung dari kemampuan mikroorganisme tersebut untuk
membuat lingkungan menjadi bersih, dan mengurangi jumlah polutan kimia.
Memperkaya nutrien (pemupukan), adalah bioremediasi melalui pendekatan pupuk,
semacam fosfor dan nitrogen yang diberikan pada rumput, yang ditambahkan pada
lingkungan yang terkontaminasi untuk menstimulasi pertumbuhan mikroba asli yang dapat
mengurangi polutan. Beberapa pupuk, wood chips, dan straw mungkin ditambahkan untuk
melengkapi mikroba dengan karbon sebagai pupuk. Pupuk biasanya dibawa ke tempat yang
terkontaminasi dengan memompakannya pada air tanah atau mencampurnya pada tanah.
Konsep dalam pemupukan sangat sederhana. Dengan menambahkan lebih banyak nutrien,
mikroorganisme akan tumbuh dengan cepat dan menambah tingkat biodegradasi.
Gambar 5. Fertilization
Bioaugmentasi (pembibitan), merupakan cara lain untuk menambahkan bakteri pada
daerah yang terkontaminasi untuk membantu mikroba asli dengan proses biodegradasi.
Bioaugmentasi tidak selalu menjadi solusi yang efektif karena strain mikroba dari
laboratorium jarang tumbuh dan ilmuwan harus yakin bahwa bakteri pembibit tidak akan
merusak ekologi lingkungan.
F. Fitoremediasi
Selain melibatkan bakteri, pemanfaatan tanaman juga dapat digunakan dalam strategi
bioremediasi. Strategi ini disebut phytoremediation dengan langkah pemanfaatan tanaman
untuk membersihkan zat-zat kimia dalam air, tanah dan udara. Tanaman menyerap zat-zat
kimia polutan melalui akar-akarnya seperti pada proses penyerapan air. Sebagai contoh,
tanaman bunga matahari menyerap radioaktif cesium
telah akar menyerap zat kimia polutan tersebut, sel-sel tanaman akan
mendegradasinya. Konsentrasi zat kimia dalam sel tumbuhan yang terkontaminasi akan
dibuang atau dibakar.
Fitoremidiasi merupakan pendekatan bioremediasi yang efektif, murah, dan mudah.
Penanaman tanaman selain dapat mengurangi polusi juga dapat membersihkan lingkungan
dalam waktu yang sama.
MACAM-MACAM TKNIK BIOREMIDIASI
A. Bioremidiasi Tanah
Terdapat dua cara pembersihan tanah, yaitu:
Bioremediasi ex situ: merupakan pembersihan dengan memindahkan materi-materi kimia
dari area terkontaminasi ke area yang lain.
Bioremediation in situ: merupakan pembersihan tanpa adanya perpindahan materi-materi
kimia yang mengkontaminasi.
Bioremediation in situ merupakan metode yang lebih sering digunakan karena lebih
murah, tanah dan air tidak tergali atau terpompa ke luar area, area tanah yang terkontaminasi
dapat dibersihkan pada satu waktu. Pembersihan secara in situ ini mengandalkan peningkatan
mikroorganisme dalam tanah atau air. Metode yang digunakan sering melibatkan bioventing,
memompa udara lain atau hidrogen peroksida (H
2
O
2
) ke dalam tanah yang terkontaminasi.
H
2
O
2
sering digunakan karena mudah mengembangkan mikroba-mikroba penghasil oksigen.
Pupuk juga dapat ditambahkan ke dalam tanah tersebut untuk meningkatkan pertumbuhan
dan menurunkan aktivitas bakteri. Pembersihan dengan cara ini lebih efektif di tanah berpasir
dan tidak kompak terdapat mikroorganisme dan dapat menyebar dengan cepat.
Bioremediation in situ tidak cocok untuk tipe tanah berlempung dan berbatu.
Teknik/ cara bioremidiasi ex situ:
(1)
slurry-phase bioremediation. yaitu memindahkan tanah yang terkontaminasi ke tempat lain
dan mencampurnya dengan air dan pupuk ke dalam bioreaksi yang besar dimana
mikroorganisme dapat diamati dan dikontrol.
Gambar 7. Bioremidiasi ex situ
(2) solid-phase bioremediation. Proses ini lebih memakan waktu daripada slurry-phase dan
membutuhkan tempat yang lebih besar, namun merupakan cara yang paling baik untuk
menurunkan zat kimia tertentu.
a Composting. Dapat digunakan untuk menurunkan kotoran dalam tanah terkontaminasi
dengan menambahkan timbunan, jerami, rumput dan materi-materi lain untuk
mengembangkan nutrisi bagi bakteri yang dapat membersihkan zat-zat kimia dari
tanah tersebut.
b Land farming. Tanah terkontaminasi disebarkan sehingga air dapat memecahkan
polutan dari tanah.
(3) Soil biopiles digunakan secara partikular dengan menguapkan zat-zat kimia polutan dalam
tanah dan mikroba-mikroba dapat menurunkan polutan tersebut.
B. Bioremediasi air
Air yang terkontaminasi menunjukkan angka yang membahayakan. Kita akan melihat
bagaimana permukaan air dapat tercemar akibat luasnya tumpahan seperti tumpahan minyak.
Limbah cair dan air bawah tanah bisa tercemar melalui banyak cara tergantung pada materi
yang dibutuhkan oleh bioremediasi untuk pindahkan.
Ada tiga cara bioremidiasi air, yaitu
Wastewater treatment (Pengolahan limbah cair)
Langkah-langkahnya:
1. Air dari rumah tangga yang masuk ke dalam saluran air dipompa menuju fasilitas
pengolahan di mana feses dan produk kertas dibuang ke tanah dan disaring menjadi
partikel yang lebih kecil sehingga dihasilkan material berlumpur yang disebut sludge.
Sedangkan air yang mengalir keluar disebut effluent.
2.

Effluent ini digunakan untuk aerasi tangki karena bakteri aerobik dan mikroba lain akan
mengoksidasi bahan organik yang terdapat dalam effluent.
Gambar 8. Pengolahan Limbah Cair
3. Di dalam tangki ini, air disemprotkan di atas batu atau plastik yang ditutupi dengan biofilm
mikroba pendegradasi sampah yang secara aktif mendegradasi bahan organik dalam air.
4. Effluent dialirkan melalui system sludge dengan menggunakan tangki yang mengandung
sejumlah besar mikroba pendegradasi sampah yang tumbuh pada lingkungan yang
dikontrol.
5. Effluent didesinfeksi dengan klorin sebelum air dialirkan ke sungai atau laut.
6. Sludge dialirkan ke dalam tangki pengolah anaerob yang mengandung bakteri anaerob
yang akan mendegradasi sludge. Bakteri ini menghasilkan gas karbon dioksida dan
metana. Gas metana yang dihasilkan ini sering dikumpulkan dan digunakan sebagai
bahan bakar untuk menjalankan peralatan pada pengolahan sampah dengan
menggunakan tanaman. Cacing-cacing kecil yang sering muncul pada sludge, juga
membantu menghancurkan sludge menjadi partikel-partikel kecil.
7. Sludge ini kemudian dikeringkan dan dapat digunakan sebagai lahan pertanian atau pupuk.
Ilmuwan telah menemukan bakteri yang disebut Candidatus Brocadia Anammoxidans
yang memiliki kemampuan untuk mendegradasi ammonium pada suasana anaerob (sebagian
besar produk yang terdapat dalam urin). Penting sekali untuk menghilangkan amonium dalam
limbah cair sebelum air dialirkan ke sungai atau laut karena kadar ammonium yang terlalu
tinggi memberikan dampak negatif bagi lingkungan, misalnya menyebabkan alga blooms
dan berkurangnya konsentrasi oksigen dalam air. Sistem ini tergantung pada bakteri anaerob
seperti Nitrosomonas europaea untuk mengoksidasi ammonium dalam beberapa reaksi.
Groudwater clean-up
Kasus yang biasanya terjadi adalah tumpahan gasolin, dimana tumpahan tersebut
mencemari air dalam tanah. Hal ini dapat ditangani dengan mengkombinasikan antara
bioremidiasi ex situ (bagian atas permukaan tanah) dan bioremidiasi in-situ (di dalam tanah).

Gambar 9. Bioremidiasi pada groundwater
1. Bioremidiasi ex situ. Minyak dan gas dipompa keluar ke permukaan tanah menggunakan
bioreaktor dalam bioreaktor terdapat bakteri yang tumbuh pada biofilm bakteri ini
mendegradasi polutan pupuk/ nutrien dan oksigen ditambahkan pada bioreaktor
2. Bioremidiasi in-situ. Air bersih hasil dari bioreaktor yang terdiri atas pupuk, bakteri dan
oksigen dikembalikan lagi di dalam tanah (sebagai air tanah).
Turning wastes into energy
Pada waktu proses bioremidiasi, bakteri anaerobik menghasilkan soil nutrients dan
metana. Gas metana yang dihasilkan ini sering dikumpulkan dan digunakan sebagai bahan
bakar, sedangkan soil nutrients digunakan sebagai pupuk.

Contoh. Bakteri anaerobik Desulfuromonas acetoxidans merupakan bakteri anerobik
laut yang menggunakan sulfur dan besi sebagai penerima elektron untuk mengoksidasi
molekul organik dalam endapan dimana bisa menghasilkan energi. Karena bakteri ini
menggunakan reaksi redoks untuk mendegradasi molekul pada lapisan sedimen elektron
ditangkap oleh elektroda elektroda ini berfungsi mentransfer elektron ke generator arus
listrik.
PEMANFAATAN TEKNIK REKAYASA GENETIK UNTUK MEMBERSIHKAN
LINGKUNGAN
Sekalipun strategi bioremediasi efektif untuk membersihkan berbagai polutan
lingkungan, namun bioremadiasi bukanlah solusi untuk semua masalah pencemaran.
Misalnya, bioremediasi tidak efektif saat lingkungan yang tercemar mengandung konsentrasi
racun yang sangat tinggi seperti logam berat, senyawa radioaktif, molekul organik yang kaya
klorin, karena senyawa-senyawa ini dapat membunuh mikroba. Oleh karena itu, penemuan
dan pengaplikasian strategi baru dibutuhkan untuk memecahkan beberapa masalah
pembersihan lingkungan. Perkembangan teknik rekombinasi DNA membuat ilmuwan
berkeinginan untuk menciptakan mikroba hasil rekayasa genetika yang berperan dalam
proses bioremediasi.
A. Bakteri Pemakan Petroleum
Mikroba hasil rekayasa genetika pertama yang digunakan pada bioremediasi diciptakan pada
tahun 1970 oleh Ananda Chakrabarty. Penelitian ini dilakukan sebelum teknik kloning DNA
dan rekombinasi DNA tersebar luas. Lalu bagaimanakah Chakrabarty melakukan hal tersebut?
(1) mengisolasi strain Pseudomonas dari tanah yang terkontaminasi dengan perbedaan jenis
kimia yang terdiri dari pestisida dan minyak mentah.
(2) mengidentifikasi strain yang menunjukkan kemampuan mendegradasi senyawa organik
seperti naftalena, oktan, dan xylena. Sebagian besar strain dapat tumbuh pada senyawa ini
karena mengandung plasmid yang mengkode gen untuk menghancurkan masing-masing
komponen.
(3) memasangkan strain yang berbeda dan dihasilkan sebuah strain yang mengandung
beberapa plasmid yang berbeda. Kombinasi protein yang dihasilkan oleh plasmid ini
secara efektif dapat mendegradasi beberapa komponen kimia minyak mentah.
Chakrabarty mendapatkan penghargaan hak paten pertama dari Amerika Serikat untuk
penelitiannya dalam mengubah hidup organisme secara genetik.
Kelemahan dari teknik ini adalah: minyak mentah mengandung ribuan senyawa dan bakteri
hasil rekombinan ini hanya dapat mendegradasi beberapa senyawa saja. Sebagian besar zat
kimia yang terkandung dalam minyak mentah tetap tidak dipengaruhi oleh organisme
rekombinan.
B. Pemanfaatan E. coli Untuk Membersihkan Logam Berat
Logam berat yang meliputi tembaga, timah, cadmium, khromium, dan merkuri dapat
membahayakan manusia dan lingkungan. Merkuri merupakan logam yang bersifat toksik
yang dapat mengkontaminasi lingkungan. Merkuri digunakan pada pabrik pengolahan
tanaman, baterai, colokan listrik, peralatan medis, dan banyak produk yang lain. Merkuri dan
metilmerkuri dapat terakumulasi dalam organisme melalui sebuah proses yang disebut
bioakumulasi. Dalam bioakumulasi, organisme yang lebih tinggi pada rantai makanan
mengandung bahan kimia yang lebih banyak dibandingkan dengan organisme yang ada di
bawahnya. Misalnya, dalam suplai air, merkuri mungkin dicerna oleh ikan kecil, yang
kemudian dimakan oleh burung, ikan besar, anjing laut, rakun, dan hewan lain termasuk
manusia. Ikan besar atau burung memakan ikan kecil dalam jumlah yang banyak, sehingga
kedua hewan ini mengakumulasi merkuri dalam tubuhnya dibandingkan ikan kecil yang
hanya makan sedikit. Sama halnya jika manusia memakan ikan besar sebagai sumber
makanan primer, maka manusia akan mengakumulasi merkuri dalam jumlah besar selama
beberapa waktu. Pengkonsumsian ikan dan kerang-kerangan yang telah terkontaminasi
metilmerkuri dan merkuri secara terus-menerus dapat mengancam kesehatan manusia,
misalnya cacat sejak lahir atau kerusakan otak
Ilmuwan telah mengembangkan strain hasil rekayasa genetika, yaitu Escherichia coli yang
bermanfaat untuk pembersihan merkuri dan logam berat lainnya. Para ilmuwan juga
mengidentifikasi terjadinya ikatan logam oleh protein dalam tanaman dan organisme lain.
Protein metallothioneins dan phytochlatin memiliki kapasitas tinggi dalam mengikat logam.
Beberapa bakteri hasil rekayasa genetika dapat mengabsorbsi merkuri secara langsung,
sementara yang mengikat merkuri dari suplai air dapat tumbuh pada biofilm. Biofilm harus
diganti secara periodik untuk menghilangkan bakteri yang mengandung merkuri. Hal yang
sama terjadi pada sel tunggal alga yang diubah secara genetik yang mengandung gen
metallothioniein dan bakteri yang disebut Cyanobakteri, yang telah menunjukkan
kemampuan untuk mengabsorbsi cadmium, yaitu logam berat lain yang bersifat toksik yang
dapat menyebabkan masalah kesehatan yang serius pada manusia.
C. Biosensor
Peneliti telah mengembangkan strain bakteri Pseudomonas fluorescens hasil rekayasa
genetika yang dapat secara efektif mendegradasi struktur kompleks karbon dan hydrogen
yang disebut Polycyclic Aromatic Hydrocarbon (PAHs) dan bahan kimia beracun lainnya.
Dengan menggunakan teknik rekombinasi DNA, ilmuwan mampu untuk menyambung gen
bakteri yang mengkode enzim yang dapat memetabolisme kontaminan untuk melaporkan gen
seperti gen lux. Gen ini dapat mengkode enzim luciferase. Jika PAHs telah terdegradasi,
bakteri mengeluarkan cahaya yang dapat digunakan sebagai indikasi tingkat degradasi.
Teknik yang sama digunakan untuk mengembangkan biosensor dari bakteri rekombinan yang
mengandung lux gen. Teknik ini digunakan untuk mendeteksi jenis pencemaran lingkungan.
KERUSAKAN LINGKUNGAN: STUDI KASUS UNTUK PERISTIWA
BIOREMIDIASI
Beberapa kasus yang menggunakan startegi bioremidiasi untuk mengatasi kerusakan
lingkungan.
A. Peristiwa tumpahan minyak bumi di
Exxon Valdez
Minyak mentah yang tumpah di laut tersebut memiliki dampak negatif yang cukup
besar bagi sejumlah besar kehidupan dan lingkungan. Seperti kejadian di Exxon Valdez pada
tahun 1989, terjadi peristiwa tangki minyak tumpah di laut Alaska sebanyak 11 juta. Salah
satu cara untuk mengatasi masalah tersebut adalah dengan cara bioremidiasi.
(1) Tahap pertama.
a Memindahkan sejumlah besar minyak dengan menggunakan jaring yang dapat
mengapung di permuakaan air,
b Menggunakan semacam pompa utnuk mengangkat minyak untuk dimasukkan dalam
tangki pengolahan.
c Pantai dan karang dibersihkan dengan air tawar dibawah tekanan yang tinggi untuk
menyebarkan minyak.
(2) Tahap bioremidiasi.
a Dengan menambahkan pupuk nitrogen dan fosfor untuk merangsang pendegradasian
minyak oleh bakteri Pseudomonas pada umumnya. Indikator adanya bakteri indigen
adalah dapat terdegradasinya minyak.
b Bakteri indigen berperan untuk memecah gugus aromatik (PAHs) menjadi rantai
linier (rantai karbon) dan menghasilkan karbon dioksida dan air. Langkah-langkah
pemulihan ini memerlukan waktu yang lama.
B. Ladang minyak di Kuwait
Padang pasir di Kuwait merupakan obyek penelitian yang tepat dalam kajian
bioremediasi. 10 tahun setelah terjadinya perang teluk suatu area yang cukup luas di Kuwait
tercemar oleh minyak. Para ahli Kuwait mempelajari bahwa pencemaran minyak tersebut
mempengaruhi kehidupan tumbuhan dan hewan. Beberapa spesies tumbuhan dinyatakan
telah musnah dan diperkirakan masih memberikan efek negatif dalam beberapa waktu
kedepan.
Berbeda dengan kasus Valdez bioremediasi di padang pasir ini memiliki beberapa
masalah yang berbeda. Tidak seperti halnya di Alaska di padang pasir ini tidak ada
gelombang yang membantu membersihkan minyak, kondisi tanah yang kering di padang
pasir mempengaruhi mikroba-mikroba yang menguraikan minyak serta adesi yang relatif
menyulitkan proses degradasi. Kajian penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa
seperangkat strain bakteri pendegradasi minyak bekerja relatif lambat di bawah permukaan
tanah.
STRATEGI DAN TANTANGAN BIOREMEDIASI MASA DEPAN
Bioteknologi merupakan suatu hal yang penting dalam upaya rehabilitasi lingkungan
tercemar baik yang terjadi melalui kecelakaan, industri pabrikan, dan kesalahan manajemen
pada ekosistem. Para ahli telah mempelajari mikroba yang secara genetik mampu
mendegradasi zat kimia serta mengembangkan biosensor yang mampu mendeteksi dan
mengawasi polusi. Pemulihan logam berharga seperti tembaga, nikel, boron dan emas
merupakan ruang lingkup lain dari bioremediasi. Melalui reaksi oksidasi berbagai mikroba
mampu mengubah logam menjadi substansi yang disebut metaloksida yang nantinya akan
terakumulasi dalam sel tubuh bakteri. Beberapa bakteri perairan yang hidup di dasar laut
memiliki kemampuan mempresipitasi logam secara tepat. Pemanfaatan bakteri dalam upaya
pemulihan logam berbahaya merupakan suatu bagian dalam proses industri pabrik.
Ruang lingkup lain dari penelitian-penelitian yang mengembangkan bioremediasi yaitu upaya
membersihkan materi radioaktif dari lingkungan. Uranium, plutonium, dan senyawa
radioaktif yang lain telah ditemukan secara alami di perairan lepas. Meskipun sebagian besar
materi radioaktif dapat membunuh mikroba, beberapa strain bakteri mampu mendegradasi
senyawa radioaktif. Sebelumnya, tidak ada bakteri yang ditemukan dapat menguraikan
elemen radioaktif secara sempurna.
DOE sangat tertarik dalam memanfaatkan Deinococcus radiodurans sebagai agen
bioremediasi di tempat-tempat yang tercemar oleh radioaktif. Bahkan, para peneliti dari DOE
maupun Universitas Minnesota telah merekombinasikan strain ini dengan menggabungkan
sekuen promoternya terhadap gen (toluene dioksigenase) yang terlibat dalam metabolisme
toluene. Strain ini menunjukkan kemampuan mendegradasi toluene di lingkungan yang
tercemar. Dalam usaha tersebut, para peneliti berharap strategi yang sama dapat digunakan
untuk menangani pencemaran zat berbahaya. Terakhir, ada beberapa hal yang perlu dicermati.
Yakni sebelum upaya pembersihan tempat-tempat yang tercemar tersebut dilaksanakan, para
ahli harus terlebih dahulu memikirkan dampak lain yang mungkin saja muncul. Lain hal,
proses industri pabrik menghasilkan ratusan zat kimia baru setiap tahunnya. Dengan adanya
proses yang berkelanjutan tersebut diharapkan zat-zat kimia baru tidak berbahaya bagi
lingkungan. Bioremediasi tidak selalu mampu membersihkan polutan dari lingkungan, tetapi
perencanaan yang baik dalam pemanfaatan zat-zat berbahaya merupakan upaya yang paling
ampuh untuk mengawasi tingkat pencemaran lingkungan.