Replikasi DNA

Dulu sebelum struktur DNA diketahui, para ilumuan tertarik pada kemampuan
organisme membuat salinan yang layak dari dirinya sendiri, dan kemudian kemampuan
sel memproduksi banyak salinan sama prcis makromolekul komplek. Spekulasi
tentang permasalahan ini terfokus pada konsep template. Template sel seharusnya
menjadi permukaan dimana molekul berada dalam susunan yang khusus dan bergabung
untuk membentuk makromolekul yang struktur dan fungsinya unik.
Proses replikasi DNA menunjukan contoh biologi pertama dari penggunaan template
untuk memandu sintesa makromolekul. Tahun 1940an mengantarkan pada pengetahuan
bahwa DNA merupakan molekul genetic, tetapi semuanya berubah ketika James
Watson dan Francis Crick menyimpulkan struktur DNA yang menjelaskan bagaimana
DNA bekerja sebagai template untuk replikasi dan penyaluran informasi genetic. Satu
strand merupakan pelengkap strand yang lain. Aturan keras pasangan basa berarti
bahwa penggunaan salah satu strand sebagai template akan menghasilkan strand lain
yang dapat diprediksi susunan complementarinya.
Ciri pokok proses replikasi DNA dan mekanisme yang digunakan enzim yang
mengkatalisasi DNA telah menunjukan kesamaan yang identik pada semua organisme.
Kesatuan mekanisasi akan menjadi tema utama seperti yang kita proses dari cirri umum
proses replikasi pada enzim replikasi E. coli dan akhirnya untuk replikasi eukaryotic.

Replikasi DNA diatur oleh kumpulan aturan pokok
Replikasi DNA dikatakan semikonservatif jika masing-masing strand DNA berlaku
sebagai template untuk sintesa strand baru, dua molekul DNA baru akan dihasilkan,
masing-masing dengan satu strand baru dan satu strand lama. Proses ini disebut
replikasi semikonservatif.
Hipotesa tentang replikasi semikonservatif diusulkan oleh Watson dan Crick setelah
publikasi paper mereka tentang stuktur DNA; teri tersebut dibuktikan percobaan yang
didesign dengan mahir oleh Mattew Meselson dan Franklin Stahl pada tahun 1957 (Gb.
24-2. Meselson dan Stahl menumbuhkan sel E.coli selama beberapa generasi pada
medium dimana sumber nitrogen (NH4Cl) mengandung 15N, isotop nitrogen terberat
disamping isotop normal, lebih banyak, ringan yakni 14N. DNa yang terisolasi dari sel
ini memilika densitas 1%lebih besar dari pada DNA normal DNA[14N]. meskipun ini
hanya perbedaan kecil , campuran [15N]DNA berat dengan [14N]DNA ringan dapat
dipisahkan dengan sentrifugasi untuk keseimbangan pada garadien densitas klorida
sesium.
Sel E.coli yang berkembang pada medium 15N ditransfer ke medium baru yang hanya
mengandung isotop 14N, dimana sel-sel tersebut dibiarkan berkembang sampai
populasi sel menjadi berlipat ganda. DNA yang terisolasi dari generasi pertama sel
membentuk pita tunggal pada gradient CsCl pada posisi yang mengindikasikan bahwa
DNA helik ganda dari sel turunan merupakan hibrida yang mengandung satu strand
14N baru dan satu stran 15N inang (Gb. 24-2)
Hasil ini menumbangkan replikasi konservatif, hipotesis lain dimana satu turunan
molekul DNA akan terdiri dari dua strand DNa hasil sintesa baru dan yang lainnya akan
mengandung dua strand inang, sementara tidak akan dihasilakan molekul DNA hybrid
pada percobaan Meselson-Stahl. Hipotesis replikasi semikonservatif kemudian
mendukung langkah selanjutnya pada percobaan. Pada medium 14N,sel dibiarkan
mengganda, dan produk hasil DNA dari lingkaran kedua replikasi ini menunjukan dua
pita, satu memiliki densitas yang sama denganDNA ringan dan yang lainnya memiliki
densitas DNA hybrid yang diamati sel pertama menggandakan diri.

Replikasi mulai pada dari yang asli dan biasanya berlangsung dua arah
Pertanyaan tentang inang sekarang muncul. Apakah strand inang dilepaskan seluruhnya
sebelum masing-masing tereplikasi? Apakah replikasi dimulai padatempat yang acak
atau selalu pada point unik tertentu? Setelah inisiasi pada titik tertentu dalam DNA,
apakah replikasi berlangsung searah atau dua arah? Indikasi awal menunjukan proses
koordinasi di mana strand inang dilepaskan dan direplikasi diajukan oleh John Cairns
menggunakan teknik autoradiograpi. Cairns membuat DNA sel E. coli radiaktif dengan
mengembangkannya dalam medium yang mengandung timidin berlabel tritium (3H).
Saat DNA diisolasi dengan hati-hati, menyebar dan terlapisi dengan emulsi potografik,
dan dibiarkan selama beberapa minggu, residu timidin radioaktif yang menghasilkan
lintasan grain perak pada emulsi, memproduksi gamabaran molekul DNA. Lintasan
ini menunjukan kromosom E. coli secara utuh merupakan lingkaran tunggal, sepanjang
1.7 mm (lihat Gb. 23-2). DNA radioactive yang teisolasi dari sel selama proses replikasi
menunjukan loop ekstra radioaktif (Gb. 24-3). Jumlah besar radioactivity dalam loop
terkait dengan DNA yang diajukan Chairns untuk menyimpulkan bahwa loop dalam
DNA merupakan formasi dua strand radioaktif yang saling berhubungan,
masing-masing melengkapi strand inang. Salah satu atau kedua loop merupakan titik
dinamis , yang diberi istilah cabang replikasi, dimana DNA inang dilepaskan dan
pemisahan strand secara cepat dengan replikasi. Hal ini menunjukkan bahwa kedua
strand DNA direplikasi secara serempak, dan variasi dari percobaan ini (Gb. 23-3b)
mengindikasikan bahwa replikasi kromosom bakteri berlangsung dua arah; kedua ujung
loop memiliki cabang replikasi aktif.
Untuk menentukan apakah loop berasal dari titik unik pada DNA, penunjukan
yang dibutuhkan dalam rangkaian DNA. Proses ini disediakan dengan teknik
denaturation mapping, yang dikembangkan oleh Ross Inmun dan teman-temannya.
Menggunakan 48502 pasangan basa kromosom dari bakteri fage , Inman menunjukan
bahwa DNa dapat dengan selektif diubah sifatnya pada susuna yang tidak selalu kaya
akan pasangan basa A=T. hal ini menghasilkan pola gelembung strand tunggal yang
dapat diproduksi (lihat Gb. 12-30). Ketika DNA yang terisolasi mengandung loop
replikasi dirubah sifatnya secara partial dengancara ini, perkembagan cabang replikasi
dapat diukur dan dipetakan menggunakan wilayah denaturasi sebagai titik awal
referensi. Teknik yang dipakai mengungkapkan bahwa loop replikasi selalu berawal
dari titik unik yang disebut origin. Disamping itu, hasil penelitian ini menguatkan
observasi awal yang mengatakan replikasi biasanya berlangsung dua arah. Untuk
molekul DNA sel, dua cabang replikasi bertemu pada suatu titik pada sisi lingkaran
yang berlawanan dengan origin.

Sintesis DNA berlangsung dengan arah 5 3 dan semiterputus
Strand DNA yang baru selalu disintesa dengan arah 5 3 (ujung 5 dan 3 strand
DNA digambarkan seperti Gb 12-7). Karena kedua strand DNA anti parallel, strand
tersebut bertindak sebagai template yang dibaca dari ujung 3 kemudian 5.
Jika sintesis strand DNA selalu berlangsung dari arah 5 3, bagaimana mungkin
kedua strand dapat disintesis secara seretntak? Jika dua-duanya disintesis secara
berkelanjutanseperti cabang replikasi berpindah, salah satu harus disintesis dengan arah
3 5. Permasalahn ini dipecahkan oleh Reiji Okazaki dan rekan-rekannya pada tahun
1960an. Okazaki menemukan bahwa salah satu dari strand DNA baru disintesis dalam
lembaran pendek, yang disebut fragmen Okazaki. Hasil ini kemudian membawa pasa
sebuah kesimpulan bahawa salah satu strand disinstesis secara berkelanjutan dan
satunya lagi terputus (Gb. 24-4). Strand yang berkelanjutan atau leading strand adalah
strand yang mana sintesis 5 3 berlangsung dengan arah yang sama seperti
perpindahan cabang replikasi. Strand teputus atau lagging strand merupakan strand
dimana sintesis 5 3 berlangsung dengan arah yang berlawanan dengan perpindahan
cabang. Panjang fragmen Okazaki berkisar dari ratusan samapi ribuan nukleotida,
tergantung jenis selnya.

DNA disintesis dengan DNA polymerase
Pencarian enzim yang dapat mensistesis DNA telah dimulai dari tahun 1955 oleh Arthur
Kornberg dan rekan-rekannya. Penelitian ini membawa pada pemurnian dan pencirian
DNA polymerase pada sel E. coli, enzim polipeptida tunggal yang sekarang dikenal
dengan sebutan DNA polymerase I (Mr 103.000). kemudian, ditemukan bahwa E. coli
mengandung skurang-kurangnya dua DNA polymerase yang berbeda , yang akan
dijelaskan dibawah.
Studi mendalam DNA polymerase I mengungkapkan ciri proses DNA sintetis yang
dibuktikan secara umum pada semua DNA polymerase. Reksi pokoknya adalah
serangan nukleopilik oleh kelompok nukleotida 3hidroksil pada ujung 3 strand yang
tumbuh di 5--posporus deoxynucleoside 5-trifospat yang baru masuk (gb. 24-5).
Pirofospat anorganik dihasilkan melalui reaksi tersebut. Persamaan reaksinya adalah:
(dNMP)
n
+ dNMP (dNMP)
n
+ PP
i


DNA perpanjangan DNA
Dimana dNMP dan dNTP merupakan deoxynucleoside 5-monofospat dan 5-trifospat,
secara berturut-turut.
Penelitian awal tentang DNA polymerase I membawa kepasa sebuah definisi tentang
dua persyaratan sentral untuk DNA polymerase. Pertama, semua DNa polymerase
membutuhkan template (Gb. 24-5). Reaksi polimerisasi dipandu oleh template strand
DNA sesuai denga aturan pasangan basa yang diasumsikan oleh Watson dan Crick:
dimana terdapat guanine pada template, sitosin ditambahkan pada strand baru, dan
sebagainya. Hal ini metupakan penemuan yang beda , tidak hanya karena penemuan ini
mengahsilkan dasar kimia untuk replikasi DNA semikonservatif, tetapi karena
penemuan ini memberikan contoh tentang penggunaan template untuk memandu reaksi
biosintetik. Kedua, dibutuhkan primer. Primer merupakan segmen strand baru
(pelengkap template)dengan kelompok 3-hidroksil kemana nukleotida ditambahkan.
Ujung 3 dari primer disebut primer terminus. Dengan kata lain, bagian dari strand baru
harus sudak ditempatkan; polymerase hanya dapat menambahkan nukleotida pada
strand yang sudah ada sebelumnya. Ini sudah dibuktikan sebagai kasus pada semua
DNA polymerase, dan penemuan ini dilengkapi dengan cerita pengerutan DNA yang
menarik. Tidak ada enzim sintesis DNA dapat memulai sisntesis pada strand DNA baru.
Seperti yang akan kita lihat kemudian pada bab ini, enzim yang mensintesis RNA
memiliki kemampuan memulai sintesis, dan akibatnya, primer sering merupakan
oligonukleotida RNA.
Setelah nukleotida ditambahkan pada strand DNA yang berkembang, DNA polymerase
harus harus dipisahkan atau dihilangkan dari template dan menambahkan nukleotida
yang lain. Pemisahan dan penggabungan kembali polymerase dapat membatasi
kecepatan reaksi keseluruhan, oleh karena itu kecepatan reaksi umumnya bertambah
jika polymerase menambahkan nukleotida tambahan tanpa pemisahan pada template.
Jumlah nukleotida yang ditambahkan , rata-rata, sebelum polymerase dipisahkan
didefinisikan sebagai processivity. DNA polymerase bervariasi dalam hal
processivitynya, dengan beberapa penambahan sedikit nukleotida dan penambahan
lainnya sebelum pemisahan terjadi.

Polimerasi merupakan rekasi yang menguntungkan secara termodinamik
Melalui buku ini kami menekankan pentingnya interaksi nonkovalen dan kovalen dalam
proses biokimia. Pembahasan tentang reaksi polimerisasi energetic dapat dilaksanakan
jika ada ikatan kovalen. Penyusunan kembali ikatan kovalen yaitu: satu ikatan anhidrid
posporik (dalam dNTP) dihidrolisis dan dibentuk satu ikatan phospodiester (dalam
DNA).hasil ini merupakan perubahan yang tidak terlalu bagus (tak diinginkan) dalam
standar energy bebas ( G=2 kJ/mol)untuk semua reaksi yang ditunjukan pada
persamaan 24-1. Hidrolisis pirofospat menjadi 2 molekul fospat anorganik oleeh
pirofospat yang ada pada sel menghasilkan G= -30 kJ/mol, dan dengan
menggabungkan dua reaksi ini sel mampu menyediakan termodinamika kuat secara
penuh dapa arah polimerisasi, dengan menerima energy sebesar G= -28kJ/mol. Hal
ini sangat penting untuk sel, namundalam kasus ini, ini bukanlah keseluruhan cerita.
Jika kalkulasi ini telah lengkap, polymerase cenderung mengkatalisasi degradasi DNA
dengan keberadaan hidrolisis pirofospat. Polymerase DNA murni, melangsungkan
pilimerisasi secara efisien di dalam vitro dengan ketidakadaan pirofospatase. Penjelasan
paradokx ini kini menjadi jelas: interaksi nonkovalen yang tidak diketahui pada kalkulai
di atas memberikan kontribusi termodinamika yang penting untuk reaksi polimerisasi.
Setiap nukleotida baru yang ditambahkan pada cincin yang berkembanng dilakukan di
sana tidak hanya dengan ikatan pospodiester baru tetapi juga dengan ikatan hydrogen
pada pasangannya di dalam template dan interaksi penumpukan basa (base-stacking)
dengan nukleotida yang berdekatan pada cincin yang sama (p. 330). Tambahan energy
yang dihasilkan interaksi lemah ganda ini mampu menggerakkan reaksi dalam
arah ;polimerisasi.

DNA Polimerase Sangat Akurat
Proses replikasi haru dilaksanakan dengan ketelitian yang tinggi. pada E. coli, kesalahan
terjadi hanya satu dari 10
9
sampai 10
10
nukleotida yang ditambahkan. Untuk kromosom
E. coli yang mengandung 4,7 x 10
6
pasangan basa, ini berate kesalahan akan dibuat
hanya 1000 sampi 10000 replikasi. Selama polimerisasi, pembedaan anta nukleotida
yang benar dan yang tidak benar bergantung pada ikatan hydrogen yang
mengkhususkan pasangan yang benar antara basa yang saling melengkapi. Basa yang
salah tidak akan membentuk ikatan hydrogen yang benar dan dapat dihilangkan
sebelum ikatan pospodiester terbentuk. Keakuratan reaksi polimerisasi tidak cukup
menghitung tingkatan keakuratan pada proses replikasi. Pengukuran dalam vitro secara
hati-hati menunjukan bahawa DNA polimerisasi memasukan satu nukleotida yang salah
untuk setiap 10
4
sampai 10
5
nukleotida yang benar. Kesalahan ini sering terjadi karena
basa dalam bentuk tautomerik yang tidak biasa (lihat Gb 12-9), membiarkan basa pada
ikatan hydrogen dengan pasangan yang salah. Tingkat kesalahan kemudian dikurangi
dalam vivo dengan mekanisme tambahan enzim.
Hakekat mekanisme pada hampir semua DNA polymerase adalah memisahkan aktivitas
eksonuklease 35 yang menyediakan pemeriksaan ganda masing-masing nukleotida
setelah ditambahkan. Aktivitas nuclease membiarkan enzim menghilangkan nukleotida
yang baru ditambahkan dan cendrung mengkhususkan pada pasangan basa yang salah
dipasangkan (Gb. 24-6). Jika nukleotida yang salah telah ditambahkan, translokasi
polymerase ke posisi dimana nukleotida berikutnya ditambahkan akan dihalangi.
Aktivitas eksonuklease 35 menghilangkan kesalahan pemasngan nukleotida, dan
polymerase akan dimulai kembali. Aktivitas ini disebut proofreading, aktivitas yang
tidak menyederhanakan kemunduran reaksi polimerisasi, karena pirofospat tidak
terlibat. Aktivitas polimerisasi dan proofreading DNA polymerase apat diukur secara
terpisah. Pengukuran seperti tersebut menunjukan bahwa proofreading meningkatkan
keakuratan reaksi polimerisasi dari lipatan 10
2
samapi 10
3
.
Pemisahan basa yang benar dan tidak benar tergantung pada interaksi pasangan basa
yang samayang digunkanan selama polimerisasi. Strategi peningkatan kekauratan
dengan interaksi nonkovalen yang saling melengkapi untuk pemisahan dua kali dengan
tahapan yang berurutan sangat umum dalam sintesis informasi yang mengandung
molekul. Strategi yang sama digunakan untuk meyakinkan kekauratan sintesis protein
(bab 26)
Secara keseluruhan, DNA polymerase melakukan kesalahan setiap 106 samapi 108 basa
yang ditambahkan. Keakuratan replikasi sel E. coli yang telah diukur menunjukan
tingkatan tinggi. sisa tingkatan akurasinya dihitung dengan sistem enzim terpisah yang
memperbaiki kesalahan pemasangan pasangan basa yang terjadi setelah replikasi.
Proses yang disebut perbaikan kesalahan pemasangan (mismatch repair) ini dijelaskan
dalam proses perbaikan DNA lainnya di bab ini.

E. coli setidak-tidaknya punya tiga DNA Polimerase
Lebih dari 90%aktivitas DNA polymerase pada ekstraksi E. coli dapat dicatat dengan
DNA polymerase I. sesegera setelah isolasi enzim ini ditahun 1955, fakta baru muncul
yang mengatakan bahwa enzim ini tidak cocok untuk replikasi kromosom E.coli.
Pertama, karena tingkatan dimana nuklotida ditambahkan oleh enzim ini (600
nukleotida/menit) terlalu lambat, dengan faktor 20 atau lebih, untuk mencatat tingkatan
perpindahan cabang yang diamatai pada sel bakteri. Kedua, karena DNA polymerase I
relative memiliki processival rendah; hanya sekitar 50 nukleotida ditambahkan sebelum
enzim memisah. Ketiga, karena studi genetic menunjukan banyak gen dan juga
protein terlibat dalam replikasi: DNA polymerase I tidak bekerja sendiri. Akhirnya,
sesuatu yang sangat penting, ditahun 1969 John Chairns mengisolasi strain bakteri
dimana gen untuk DNA polymerase dirubah, menonaktifkan enzim. Strain tersebut
dapat hidup.
Penelitian lain tentang DNA polymerase membawa pada penemuan lain yakni E.coli
DNA polymerase II dan DNA polymerase III di awal 1970an. DNA polymerase II
menunjukan fungsi memperbaiki DNA khusus yang tinggi (dijelaskan kemudian pada
bab ini). DNA polymerase III merupakan enzim replikasi utama pada E. coli. Cirri-ciri
ketida DNA polymerase diperlihatkan oleh table 24-1. DNA polymerase IIIlebih
kompleks daripada DNA polymerase I. DNA polymerase III merupakan multimerik
enzim yang terdiri dari setidak-tidaknya sepulun subunit yang berbeda (Tabel 24-2).
Khususnya, aktivitas polimerisasi dan proofreading DNA polymerase III berlangsung di
sununit terpisah. sununit dari enzim kompleks ini telah dikristalkan. Strukturnya
digambarkan pada Gb 24-7
DNA polymerase I sangat jauh dari menyimpang. Namun, enzim ini berfungsi sebagai
tempat pembersihan (clean up) ma replikasi, rekombinasi, dselan perbaikan seperti
yang akan dibahas kemudian di bab ini. Fungsi khusus ini ditingkatkatkan dengan
aktivitas enzimatik tambahan DNA polymerase I, yakni aktivitas eksonuklease 53.
Aktivitas ini dibedakan dengan eksonuklease proofreading 35 dan terletak pada
wilayah structural yang berebeda dimana dapat dipisahkan dari enzim dengan perlakuan
menggunakan protease lembut. Ketika wilayah eksonuklease 53 dihilangkan,
fragment sebelumnya (Mr68.000) menjaga aktivitas polimerisasi dan proofreading yang
kemudian disebut large fragment atau klenow fragment. Struktur dari fragmen
Klenow telah dijelaskan, dan fragmen inilah yang pada DNA polymerase I digambarkan
pada Gb. 24-8. Aktivitas eksonuklease 53 DNA polymerase I utuh membiarkan
fragment ini memperpanjang strand DNA bahkan jika template sudak dipasangkan pada
strand yang ada pada asam nukleat (Gb. 24-9). Melalui aktivitas ini, DNA polymerase I
dapat menurun dan menggantikan segmen DNA (atau RNA) yang dipasangkan pada
template dan menggantinya dengan DNA terbaru yang disentisis. Banyak DNA
polymerase lainnya, termasuk DNA polymerase III, kekurangan aktivitas 53

Replikasi DNA membutuhkan banyak faktor enzim dan protein
Kita tahu bahwa replikasi pada E. coli tidak hanya membutuhkan DNA polymerase
tetapi juga membutuhkan 20 atau lebih enzim dan protein yang berbeda, yang
masing-masing memiliki tugas. Meskipun belum menjadi sesuatu yang nyata,
keseluruhan kompleks telah disebut sistem DNA replicase (DNA Replicase system)
atau replisome. Kompleksiti enzim replikasi menunjukan persyaratan yang ditentukan
pada saat proses oleh struktur DNA. Kami akan memperkenalkan nbeberapa kelas
utama replikasi enzim dengan mempertimbangkan permaslahan yang dipecahkannya.
Untuk menambah akses ke strand DNA yakni agar bertindak sebagai template dua inang
strand harus dipisahkan. Hal ini dikerjakan oleh enzim yang disebut Helicases, yang
bergerak sepanjang DNA dan memisahkan strand dengan menggunakan energy kimia
yang berasal dari ATP. Pemisahan strand membentuk penekatan topoligi pada struktur
DNA helix, yang dibebaskan olek aksi topoisomerase. Strand yang terpisah distabilkan
dengan ikatan protein-DNA. Primer harus ada atau disintesa sebelum DNA polymerase
mensintesis DNA. Primer umumnya menunjukan segment RNA yang dihentikan oleh
enzim Primases. Akhirnya, Primer RNA harus dihilangkan dan digantikan oleh DNA.
Pada E.coli, hal tersebut merupakan salah satu fungsi DNA polymerase I. setelah
penghilangan segmen RNA dan pengisian salah satu gap dengan DNA, titik pada bagian
belakang DNA dimana terdapat ikatan pospodiester rusak. Kerusakan tersebut,
disebut torehan, harus ditutup dengan ezim DNA ligase. Semua proses tersebut harus
dikoordinasikan dan diregulasi. Pengaruh dari proses dan enzim tersebut telah
dikarakterisasikan pada sistem E. coli.

Replikasi Kromosom E. coli Berlangsung dalam beberapa Tahapan
Sintesis molekul DNA dapat dibagi menjadi tiga tahapan: inisiasi, pemanjangan
(elongation), penghentian (termination). Ketiga tahapan tersebut dibedakan atas tempat
berlangsunganya reaksi dan enzim yang dibutuhkan. Pada dua bab berikutnya, kita akan
melihat sistesis polimer biologi utama lainnya, RNA dan protein, dapat disamakan
melalui tiga tahapam yang sama, masing-masing dengan karakter khusus. Peristiwa di
bawah ini menunjukan informasi yang berasal dari percobaan in vitro menggunakan
protein E. coli murni.
Inisiasi. Replicasi E. coli yang asli, oriC, terdiri dari 245 pasangan basa, banyak yang
diawetkan diantara bakteri. Penyususnan umum susunan pengawetan ditunjukan pada
Gb. 24-10. Susunan kunci pada diskusi ini adalan dua seri pengualang pendek , tiga
pengulangan sususnan 13 pasangan basa dan empat pengulangan susunan 9 pasangan
basa.
Setidak-tidaknya ada delapan enzim atau protein (disusun pada table 24-3) berperan
dalam replikasi terutama fase inisiasi. Enzim atau protein tersebut membuka DNA helix
pada asalanya dan menghasilkan prepriming kompleksyang membentuk tahapan reaksi
berikutnya. Komponen kunci pada tahapan inisiasi adalah protein DnaA (Gb 24-11).
Kompleks dari sekitar 20 DnaA molekul protein terikat dengan empat pengulangan 9
pasangan basa dalam origin. Pada reaksi yang membutuhkan ATP dan yang
dimudahkan oleh bakteri histon protein HU, protein DnaA menganggapi dan sukses
mengubah DNA pada wilayah tiga pengulangan 13 pasangan basa, yang kaya akan
pasangan A=T. Protein DnaA kemudian berikatan denga wilayah tersebut yang
membutuhkan protein DnaC. Protein DnaB merupakan helicase yang melepaskan DNa
secara dua arah, membentuk dua cabang replikasi potensial. Jika strand tunggal
E.coli-ikatan protein (SSB) dan DNA giras (DNA topoisomerase II) ditambahkan pada
reaksi in vitro, ribuan pasangan basa dilepaskan secara berkelanjutan oleh DnaB
helicase, berlanjut samapi keluar dari origin. Molekul ganda SSB berikatan dengan
DNA strand tunggal secara kooperatif, menstabilakan strand DNA yang dipisahkan dan
mencegah pengaslian kembali (renaturation). Girase membebaskan penekanan topologi
yang dibentuk oleh reaksi DnaB helicase. Saat replikasi protein tambahan ditambahkan
seperti yang dijelaskan di bawah ini, DNA yang dilepaskan dan dimediasi oleh protein
DnaB dipasangkan pada replikasi.
Replikasi DNA harus dengan celas diregulasi sehingga replikasi hanya terjadi sekali,
sekali pada masing-masing lingkaran sel. Inisiasi adalah tahapan satu-satunya pada
fase replikasi yang diregulasi, namun mekanismenya belum begitu dipahami. Studu
biokimia memberikan gambaran singkat. Protein DnaA menghidrolisi ikatan ATP nya
sendiri dengan lambat (sekitar 1 jam) untuk membentuk DnaA-Adp kompleks yang
tidak aktif. Pengaktivan kompleks ini (mengganti ADP dengan ATP) dimudahkan
dengan interaksi antara protein DnaA dan pospolipid acidic pada membrane plasma
bakteri. Inisiasi pada waktu yang tidak sesuai dicergah dengan keberadaan komplek
DnaA-ADP yang tidak aktif, melalui ikatan protein yang disebut IciA (inhibitor of
chromosomal initiation) dengan pengualang 13 pasangan basa , dan mungkin juga
dengan faktor yang lain. Menguraikan interaksi kompleks pada jaringan regulasi masih
merupakan lahan bagus untuk penelitian.
Pemanjangan (elongation)fase pemanjangan pada replikasi terdiri atas dua operasi yang
sama yang secara mekanis berbeda: sinstesis strand leading dan sisntesis strand lagging.
Beberapa enzim pada cabang replikasi sangat penting untuk sintesis kedua strand. DNA
helicase melepaskan DNA induk. DNA topoisomerase membebaskan penekanan
topologi yang dipengaruhi oleh helicase, dan SSB menstabilisasi strand yang dipisahkan.
Dengan kata lain, sintesis DNA pada dua strand sangat jauh berbeda. Kami akan mulai
dengan sintesis strand leading, yang paling terlihat diantara dua sintesis strand.
Sintesis strand leading dimulai dengan sintesis yang dilakukan primer dari primer RNA
pendek (10 sampai 60 nukleotida) di origin replikasi. Deoksirebunukleotida
ditambahkan kemudian pada promer ini dengan bantuan DNA polymerase III. Setelah
mulai, sintesis strand leading berlangsung secar berkelanjutan, menjaga proses pada
cabang replikasi (Gb. 24-12)
Sintesi strand lagging, yang seharusnya diselesaikan pada fragmen pendek (fragmen
Okazaki) yang disintesis dengan arah berlawanan perpindahan cabang, merupakan
permasalahn rumit. Permasalahn ini diselesaikan dengan mesin protein yang
menggabungkan beberapa protein khusus termasuk juga polymerase III. Masing-masing
fragmen harus memiliki RNA primernya sendiri-sendiri, yang disintesis primer, dan
memposisikan primers harus dikontrol dan dikoordinasikan dengan perpindahan cabang.
Alat regulasi sintesis strand lagging merupakan mesin protein berpindah (traveling
protein machine) yang disebut primosome, yang terdiri ayas tujuh protein berbeda
termasuk protein DnaB, DnaC, dan primase seperti disebutkan diatas (table 24-4).
Primosome bergerak sepanjang template strand lagging arah 53, menjaga
pergerakan terhadap cabang replikasi. Karena pergerakannya, primosom pada interval
mendorong primase untuk mensintesi residu pendek (10 sampai 60) RNA primer pada
DNA kemudian ditambahkan dengan bantuan DNA polymerase III (Gb. 24-13). Perlu
diperhatikan bahwa arah reaksi sintesis primase dan polymerase III berlawanan dengan
dengan arah pergerakan primosome. Ketika frgamen Okazaki yang baru selesai
tebentuk, RNA primer dihilangkan dengan DNA polymerase I (menggunakan aktivitas
eksonulease 53) dan digantikan dengan DNA dengan bantuan enzim yang sama.
Torehan yang tertinggal ditutup dengan bantuan DNA ligase (Gb. 24-14). Protein yang
berperang pada cabang replikasi ditabel pada table 24-4.
DNA ligase mengkatalisasi formasi ikatan pospodiester antara hidroksil 3 pada ujung
salah satu strand DNA dan fospat 5 pada ujung strand yang lain. Pada bateri E. coli
fospat diaktifkan dengan NAD
+
(ATP digunkan pada beberapa organisme) untuk
menyediakan energy kimia yang dibutuhkan. Jalur reaksi, seperti yang diajukan I.
Robert Lehman dan rekan-rekannya, diperlihatkan pada gambar 24-15. Penggunaan
oleh nukleotida NAD+ E. coli LIgase-kofaktor yang berfungsi secara normal pada
hydrid untuk menyalurkan reaksi (lihat Gb. 13-16)-sebagai sumber kelompok pengaktif
AMP merupakan sesuatu yang luar biasa. DNA ligase merupakan enzim lain dari
metabolime DNA yang menjadi reagen penting dalam percobaan DNA rekombin. (Bab
28)
Pada E. coli, sintesis strand leading dan lagging bisa digabungkan seperti yang
ditunjukan Gb 24-16. Penggabungan ini bisa diselesaikan dengan template strand
looping dan lagging sehingga sintesis bisa dilaksanakan secara bersamaan pada kedua
strand dengan polymerase III domeric tunggal yang berperan dengan primosome dan
semua protein pada cabang replikasi (Tabel 24-4).
Penghentian (termination), dengan cepat, dua cabang replikasi bertemu pada sisi yang
alain dari kromosom lingkar E. coli. Sangat sedikit yang diketahui tentang reaksi ini,
meskipun aksi topoisomerase tipe 2 , DNA topoisomerase IV, merupakan enzim yang
diperlukan untuk pemisahan akhir dua molekul DNA lingkar ynag sudah lengkap.
Proses penyekatan dua moleku DNA pada ini pun belum banyak diketahui divisi sel
anang.

Replikasi pada sel eukaryotic lebih kompleks
Molekul DNA pada sel eukaryotic lebih luas dari sel eukaryotic pada bakteri dan
terorganisir pada struktur nucleoprotein kompleks (kromatin) (Ban 23). Ciri esensial
dari replikasi DNA sama denga eukariot dan prokariot. Namun, beberapa variasi
menarik pada asas umum yang dijelaskan di atas memberikan pandangan baru tentang
regulasi replikasi dan hubungannya dengan lingkaran sel.
Origin replikasi disebut ORS (autonomously replicating sequence) telah teridentifikasi
dan diamati pada yeast. Elemen ARS menjangkau sampai region 300 pasangan basa dan
mengandung beberapa susunan yang dipelihara yang sangat penting untuk fungsi ARS.
Ada hampir 400 elemen ARS pada yeast, dengan kebanyakan kromosom yang memiliki
beberapa. Protein yang secara khusus mengikat region ARS telah diidentifikasi pada
yeast, meskipun fungsinya belum banyak diketahui.
Tingkatan perpindahan cabang replikasi pada eukariot (~50 nukelotida/detik) hanya
sepersepuluh yang diamati pada E. coli. Pada tingkatan ini replikasi rata-rata kromosom
manusia yang melanjutkan dari origin tunggal akan menghabiskan waktu 500 jam.
Namun sebalikanya, replikasi kromosom manusia berlanjut dalam dua arah dari origin
ganda yang ditempati 30.000 samapi 300.000 pasangan basa terpisah. Terkecuali
elemen ARS yeast; struktur origin replikasi pada eukaryotic belum diketahui. Karena
kromoskm eukaryotic hampir lebih besar secara seragam daripada kromosom bakteri,
keberadaan origin ganda pada kromosom eukaryotic merupakan aturan umum.
Seperti pada bakteri, ada beberapa tipe DNA polymerase pada sel eukaryotic. Beberapa
telah memiliki fungsi khusus sepertireplikasi DNA pada mitokondria. Replikasi inti
kromosom memerlukan enzim DNA polymerase , yang ada hubunganya denga
polymerase yang lain yaitu DNA polymerase . DNA polymerase merupakan
subunit empat enzim dengan struktur dan ciri yang sama pada semua sel eukaryotic.
Salah satu dari subunit tersebut memiliki aktivitas primase. Subunit yang paling luas
(Mr~180.000) mengandung aktivitas polimerisasi. DNA polymerase memiliki dua
subunit. Enzim ini menunjukkan asosiasi yang menarik dan stimulasi dengan protein
PCNA (proliferating cell nuclear antigen Mr~29.000) ditemukan pada jumlah yang
banyak dalam nukelus sel yang berkembangbiak. PCNA pada yeastakan berfungsi
bersama-sama dengan DNA polymerase dari timus anak sapi dan PCNA timus anak
sapi dengan DNA polymerase yeast, mengajukan konservasi struktur dan fungsi
dari komponen kunci alat divisi sel pada semua sel eukaryotic. PCNA menunjukan
fungsi yang sama dengan subunit DNA polymerase III E. coli (lihat Gb. 24-7), yakni
membentuk kelem lingkar yang mempertinggi prosesivas DNA polymerase .
DNA polymerase , yang memiliki aktivitas eksonuklease proofreading 35,
cenderung melaksanakan sintesis strand leading. DNA polymerase memiliki
prosesivas rendah, dan denga primase yang terasosiasi, DNA polymerase bisa
melaksanakan sintesis strand lagging sebagai bagian dari replikasi eukaryotic.
Polymerase lain adalah DNA polymerase , bisa menggantikan DNA polymerase
DNA polymerase pada situasi tertentu, seprti pada perbaikan DNA.
Dua protein kompleks lainnya, RFA dan RFC (RF singkatan dari replication factor),
telah dilibatkan dalam replikasi DNA eukaryotic. Dua-duanya ditemukan organisme
yang berkisar dari yeast samapi mamalia. RFA merupakan eukaryotic DNA strand
tunggal-ikatan protein, dengan fungsi yang sama dengan protein SSB pad E. coli. RFC
memudahkan pertemuan kompleks replikasi aktif.

Perbaikan DNA
Umumnya, sebuah sel hanya memiliki satu atau dua set DNA genomic, dan sementara
molekul protein dan RNA dapat, jika rusak, tergantikan dengan cepat dengan informasi
yang dikode dalam DNA, molekul DNA sendiri tak dapat tergantikan. Memelihara
integritas informasi yang terkandung dalam DNA merupakan sebuah lingkar penting
dan merupakan kumpulan rumit sistem perbaikan DNA yang ada pada setiap sel.
Seperti yang dijelaskan pada bab 12, DNA dapat dirusak oleh berbagai proses, beberapa
secara spontan, beberapa dikatalisasi oleh agen lingkungan. Disamping itu, replikasi
kadang-kadang tidak terjadi pada pasangan basa yang salah. Kimia dari DNA yang
rusak madalah berbeda dan kompleks. Tidak mengejutkan, respon seluler termasuk
jarak lebar dari sistem enzimatik yang mengkatalisasi beberapa dari banyak
trnasformasi kimia yang menarik yang ditemukan pada metabolism DNA. Kami akan
meneliti pengaruh perubahan pada susunan DNA dan kemudian pada sistem perbaikan
khusus.

Mutasi penyebab Kanker
Tidak ada cara yang tepat untuk menggambarkan pentinnya perbaikan DNA daripada
menyadari pengaruh dari bahaya DNA yang tidak diperbaiki (sebuah luka). Hasil yang
sangat penting adalah perubahan susunan basa DNA, yang jika direplikasi dan
ditrasmisikan ke generasi berikutnya akan menjadi permanen. Perubahan permanen
pada susunan nukleotida pada DNA disebut mutasi. Mutasi dapat berkisar antara
pengantian satu pasangan basa dengan yang lain (mutasi penggantian) pada
peenambahan atau delesi satu atau lebih pasangan basa (mutasi penyelipan atau mutasi
delesi). Jika mutasi mempengaruhi DNA yang tidak esensial atau jika mutasi memiliki
pengaruh yang tidak berarti terhadap fungsi gen, mutasi dikatakan mutasi sepi (silence
mutation). Mutasi yang baik yang membawa beberapa keuntungan bagi sel dimana
mutasi ini terjadi sangat jarang terjadi, meskipun frekuensi mutasi lumayan memberikan
variasi yang dibutuhkan untuk seleksi natural dan kemudian evolusi. Mayoritas mutasi
mengganggu sel.
Pada mammalian, ada korelasi yang kuat antara akumulasi mutasi dan kanker, seperti
yang dilihat pada tes sederhana senyawa mutagenic yang dikembangkan oleh Bruce
Ames (Gb. 24-17). Uji coba Ames mengukur potensial senyawa kimia yang diuji untuk
menaikan mutasi yang yang dideteksi dengan mudah tertentupada strain bakteri khusus.
Sedikit dari senyawa kimia yang mungkin kita temui setiap hari dipakai sebagai
mutagen pada uji coba berikut. Namun, senyawa yang diketahui sebagai karsinogenik
pada pemeriksaan binatang secara ekstensif, lebih dari 90% juga ditemukan sebagai
mutagenic pada uji coba Ames. Karena korelasi yang kuat antara mutagenesis dan
karsinogenesis, uji coba Ames lebih digunakan sebagai dan sekat cepat dan murah
untuk karsinogen potensial.
Kerusakan pada gen yang mengkode enzim perbaikan DNA dapam memberikan
pengaruh besar. Penyakit genetic pada manusia yang jarang terjadi disebut xeroderma
pigmentosum, disebabkan karena kerusakan pada proses multienzim dimana pyrimidine
dimmers dan luka besar pada DNA diperbaiki. Banyak dari luka tersebut dipengaruhi
oleh sinar UV (lihat Gb. 12-33), dan pasien dengan penyakit ini secara berangsur-angsur
menderita kangker kulit jika terkena cahaya matahari.
Genom dari sel mamalia khusus mengakumulasi banya luka dalam periode 24 jam.
Namun, sebagai hasil dari perbaikan DNA, kurang dari satu luka dalam 1000 luka
menjadi mutasi. DNA merupakan molekul yang stabil, namun tanpa sistem perbaikan
pengaruh kumulatif dari banyak yang jarang, tapi reaksi berbahaya akan membuat
hidum menjadi tidak mungkin.

Semua Sel memiliki Sistem Perbaikan DNA Ganda
Jumlah dan perbedaan sistem perbaikan menunjukan pentingnya perbaikan DNA pada
ketahanan sel dan bermacam-macam sumber kerusakan DNA. Untuk beberapa tipe luka
yang umum ada redundansi, dengan beberapa sistem yang berbeda yang memungkinkan
untuk memperbaiki DNA (contoh: pyrimidine dimmers; table 24-5), sebagai tema yang
saling melengkapi, tidak berarti apa-apa pada banyak proses perbaikan DNA
menunjukan ketida efisienan secara luar biasa pada perasaan energetic. Hal ini
menunjukan sebuah perkecualian pada pola yang telah diamati pada jalur metabolic,
seperti yang dijelaskan pada bagian III, dimana setiap ATP umumnya dicatat dan
digunakan secara optimal. Saat integritas informasi genetic pada posisi pancang, jumlah
energy kimia yang diinvestasi pada proses perbaikan sepertinya tidak relevan.
Perbaikan DNA sanga mungkin terjadi karena molekul DNA terdiri atas dua strand
yang saling melengkapi. Kerusakan DNA pada salah satu strand dapat dihilangkan dan
digantikan secara tepat dengan mengikuti instruksi template pada strand yang saling
melengkapi dan tidak rusak.
Kita sekarang beralih pada perhatian terhadap kelas prinsip dari sistem perbaikan, mulai
dari sesuatu yang memperbaiki kesalahan pemasangan nukleotida yang diakibatkan leh
replikasi.

Perbaikan kesalahan pemasangan.
Perbaikan kesalahan pemasangan setelah proses replikasi pada E.coli meningkatkan
keakuratan keseluruhan proses replikasi dengan faktor 10
2
samapi 10
3
. Kesalahan
pemasangan hampir selalu diperbaiki untuk menghubungkan dengan informasi pada
strand template, oleh karena itu sistem harus dibedakan antara template dengan strand
terbaru yang disintesis. Sel menyelesaikan pembedaan dengan member label DNA yang
tua (template) dengan kelompok metal untuk membedakannya dari stran terbaru yang
disintesis. Sistem perbaikan kesalahan pemasangan pada E. coli termasuk
setidak-tidaknya 9 komponen protein (table 24-5) yang berfungsi baik sebagi
pembedaan strand maupun proses perbaikannya.
Pembedaan strand didasarkan pada aksi pada enzim yang disebut Dam metylase, yang
methylates DNA pada posisi N6 dari semua adenine yang terbentuk dalam susunan
(5)GATC. Segera setelah replikasi ada kelajuan pendek (beberapa detik atau menit)
selama strand template dimetilasi namun strand yang disintesis terbaru yang
membiarkan pembedaan strand. Kesalahan pemasangan replikasi pada susunan GATC
kemudian diperbaiki tergantung informasi pada strand induk yang dimetilasi (template).
Jika kedua strand dimetilasi pada susunan GATC, hanya sedikit perbaikan yang akan
berlangsung. Jika tidak ada strand yang dimetilasi, perbaikan akan terjadi namun tidak
akan memperbaiki kedua strand. Sistem ini kadang-kadang mengacu pada perbaikan
kesalahan pemasangan metil secara langsung, memperbaikii kesalahn pemasangan
secara tepat sebanyak 1000 pasangan basa jauh dari susunan GATC secara parsial dan
hemimetilasi.
Mekanisme dimana permaikan kesalan pemasangan dilakukan oleh susunan GATC jauh
masih belum diketahui secara mendalam, namun protein yang terlibat telah dimurnikan
dari sel E. coli dan reaksinya pada in vitro. Penelitian ini memberikan petunjuk model
penggambaran pada Gb. 24-19. Protein MutS, MutH, MutL memegang peranan pada
proses. Protein MutS berikatan dengan pasangan basa yang salah dipasangkan. Protein
MutH berikatan dengan susunan GATC. MutL mungkin merupakan protein
penghubung, menghubungkan protein MutS dan MutH dalam kompleks. Jika hanya
satu dari dua strand yang dimetilasi pada susunan GATC dan sebuah pasangan basa
yang salah dipasangakan dan dekat (dalam ~1000 pasangan basa), protein MutH
bertindak sebagai endonuklease pada tempat khusus (site-specific endonuclease),
membelah strand yang tidak dimetilasi sisi 5 G pada GATC, dengan demikian
menandai strand untuk perbaikan. langkah selanjutanya pada jalur tergantung pada
dimana kesalahan pemasangan tersebut terletak berdekatan dengan daerah perpecahan.
Ketika kesalahan pemasangan pada sisi 5 daerah perpecahan, fakta menunjukan bahwa
strand yang tidak dimetilasi dibebaskan dan didegradasi dengan arah 35 dari daerah
perpecahan sepanjang kesalahan pemasangan, dan digantikan dengan DNA yang baru.
Proses ini membutuhkan aksi kombinasi DNA helicase II, SSB, eksonuklease I (yang
hanya mendegradasi DNA strand tunggal pada arah 35), DNA polymerase III, dan
DNA ligase (Gb. 24-19). Jalur perbaikan kesalahan pemasangan pada sisi 3 daerah
perpecahan adalah sama, kecuali eksonukleus VII (yang mendegradasi strand DNA
tunggal 53 atau 35) atau protein RecJ (eksonuklease yang mendegradasi strand
DNA tunggal 53) mengganti eksonuklease I.
Secara enerjik, perbaikan kesalahn pemasangan umumnya merupakan proses yang
sangat susah. Kesalahan pemasangan bisa pada 1000 pasangan basa. Atau dari susunan
GATC, dan degradasi serta penggantian segmen strand susunan ini menunjukan
sejumlah besar investasi pada precursor nukleotida aktif untuk memperbaiki kesalahan
pemasangan DNA tunggal. peristiwa ini sekali lagi menggambarkan pentingnya
perbaikan DNA pada sel.
Semua kesalahan pemasangan diakui dan diperbaiki oleh sistem, namun belum baik.
Kesalahan pemasangan G-T, yang umumnya diperbaiki lebih efisien dari pada yang lain,
dan kesalahan pemasangan C-C, yang diperbaiki dengan tidak baik.

Perbaikan penghilangan basa (Base-Excision)
Setiap sel memiliki kelas enzim yang disebut DNA glycosylasesyang menyadari luka
DNA umum (seperti produk sitosin dan adenine deamination; lihat Gb. 12-32a) dan
menghilangkan basa yang dipengaruhi oleh ikatan N-glycosyl yang membelah. Hal ini
membentuk daerah apurinic dan apyrimidinic pada DNA, dua-duanya terkait dengan
abasic daerah AP. Masing-masing DNA glycosylase umunya khusus untuk satu tipe
luka.
Contoh yang umum dipakai pada sel adalah uracil glycosylase, yang menghilangkan
uracil yang dihasilkan oleh deaminasi sitosin secara spontan dari DNA. Glycosylase
merupakan keperluan yang sangat khusus; enzim ini tidak menghilangkan residu uracil
dari RNA, dan juga tidak tidak menghilangkan residu timin dari DNA. Permasalahan
yang muncul akibat sitisin deaminasi mengbawa pada sebuah alasan pada fakta yang
kabur bahwa DNA disamping mengandung timin juga mengandung urasil (p.344)
DNA glikosilase menyadari dan menghilangkan hiposantin (timbul dari adenine
deaminasi) dan alkylated basa seperti 3-metiladenin dan 7-metilguanin. Glikosilase
yang menyadari luka lain, termasuk pyrimidine dimmers, telah diidentifikasi. Ingat,
bahwa daerah AP muncul dari sesuatu yang lambat, hidrolisis spontan ikatan
N-glycosyl pada DNA (lihat Gb. 12-32b).
Ketika daerah AP dibentuk, grup lain dari enzim harus memperbaikinya. Perbaikan
tidak dilakukan dengan hanya penyelipan basa yang baru dan pembentukan kembali
ikatan N-glycosyl. Selain, deoxyribose 5fospat tertinggal setelah dihilangkan dan
digantikan dengan nukleotida yanga baru . Proses ini dimulai dengan enzim yang
disebut AP endonuklease, yang memotong strand DNA yang mengandungdaerah AP.
Posisi torehan nisbi dengan daerah AP (5 atau 3) bervariasi dengan endonuklease AP
yang berbeda. Segmen DNA termasuk daerah AP kemudian dihilangkan, DNA
digantikan dengan aksi DNA polymerase I, dan luka yang tertinggal ditutup dengan
DNA ligase (Gb. 24-20)
Perbaikan nukleotida-penghilangan (excision) luka DNA yang menyebabkan distorsi
besar pada struktur helix DNA umunya diperbaiki oleh sistem penghilangan nukleotida.
Pada bakteri E. coli enzim kunci yang dipakai dapat dibagi menjadi tiga subunit, produk
gen uvrB, uvrB, dan uvrC, dan disebut ABC eksinuklease (Mr 246.000). Enzim ini
menyadari banyak tipe luka, termasuk siclobutane pyrimidine dimmers, 6-4
photoproduct (lihat Gb. 12-33), beberapa tipe basa yang lain (adducts). Aktivitas
nukleolitik ABC eksinuklease merupakan sesuatu yang baru bahwa dua ptongan dibuat
dalam DNA (Gb. 24-21). Istilah eksinukleaseberati untuk membedakan aktivitas ini dari
aktivitas endonuklease standar.
Perbaikan langsung. Beberapa tipe kerusakandiperbaiki tanpa menghilangkan basa
ataupun nukleotida. Contoh yang bagus adalah fotoreaktivasi langsung cyclobutane
pyrimide dimmers, reaksi yang dipertimbangkan oleh DNA potoliase. Pyrimidine
dimmers berasal dari reaksi yang dipengaruhi cahaya (light-induce) fotoliase
menggunakan energy yang berasal dari penyerapan cahaya pada arah kebalikan dari
kerusakan tersebut (Gb. 24-22). Fotoliase umumnya mengandung dua kofaktor yng
bertindak sebagai E. coli dan yeast.
Contoh yang lain adalah perbaikan O6metilguani, yang membentuk dalam agen
alkylating dan merupakan luka mutagenic yang umum. Agen ini cenderung berpasangan
dengan timin daripada sitosin selama proses replikasi, sehingga menyebabkan mutasi
GC menjadi A=T (Gb. 24-23).

Perbaikan langsung O6-methylguanin dilakukan oleh O6-methylguanine-DNA
methyltransferase, yang mengakatalisasi transfer kelompok methyl O6-methylguanine
ke residu Cys khusus pada protein yang sama. Methyltransferase bukanlah enzim murni,
karena sebuah transfer methyl menonaktifkan protein. Konsumsi keseluruhan molekul
protein untuk memperbaiki kerusakan basa tunggal merupakan ilustrasi yang hidup dari
pentingnya menjaga ibtegritas dari DNA lingkar.

Ketika kerusakan DNA terlalu parah, perbaikan cenderung tidak bisa
Sampai pada titik ini, pembahasan kita terpusat pada keakuratan perbaikan luka DNA
yng jarang yang terjadi setiap hari pada sel. Namun, pada E.coli, ketika kromosom
diperlakukan pada kerusakan keras melalui sinar UV atau reagen kerusakan DNA,
perbaikan DNA kurang akurat dan mutasi tingkat tinggi diamati. Hal ini cenderung pada
perbaikan yang tidak bisa (error-prone repair), jalur yang berbeda dan tidak biasa.
Investasi energetic yang diberikan memelihara integristas struktur dan susunan DNA
lingkar, hal ini sepertinya tidak layak mekanisme ada untuk menaikan tingkat mutasi.
Dan merupakan kasus yang sering terjadi dalam biokimia, namun pemeriksaan
perkecualian yang nyata pada aturan umum dapat melempar cahaya pada aturan itu
sendiri. Secara sederhana, kita harus memerikasa hubungan komoleks antara perbaikan,
replikasi dan rekombinasi. Pada E.coli, replikasi DNA normal dengan DNA polymerase
III tidak dapat dilaksanakan terhadap tipe luka DNA yang banyak. Dibawah lingkungan
normal, sebagian besar luka diperbaiki sebelum replikasi kompleks terjadi. Luka yang
tidak diperbaiki menutup replikasi, namun replikasi berlanjut kembali lebih di atas
daerah luka (Gb. 24-24) dan luka DNA sendiri dapat diperbaiki secepatnya dengan
pertolongan proses rekombinan (perbaikan postreplication)yang akan dijelaskan
berikutnya pada bab ini. Kerusakan yang tinggi pada DNA, secara efektif memberikan
replikasi DNA normal pada penghentian dan percepatan respon stress pada sel yang
melibatkan peningkatan regulasi (induksi) pada tingkat jumlah protein. Respon tersebut
adalah respon SOS. Beberapa protein yang dipengaruhi adalah protein UvrA dan UvrB,
yang juga berperan dalam perbaikan DNA (table 24-6). Sejumlah protein yang
dipengaruhi merupakan bagian sistem replikasi khusus yang dapat mereplikasi luka
DNA yang menghalangi DNA plimerase III. Kare pemasangan basa yang sesuai sering
tidak mungkin pada daerah luka, replikasi antar luka cenderung tida bisa (error-prone).
Hasil peningkatan mutagenesis tidak bertentangn dengan prinsip umum bahwa
keakuratan replikasi adalah sesuatu yang penting-hasil mutasi umumnya membunuh
banyak sel. Hal ini merupakan keharusan bilogi untuk memberikan rintangan pada
replikasi dan membiarkan sedikit sel mutan untuk tetap bertahan.
Replikasi antar luka membutuhkan DNA polymerase III, dan juga protein UmuC,
UmuD, dan RecC aktif. Mekanisme dimana kemudian tiga protein tersebut membiarkan
DNA polymerase III mereplikasi luka DNA masin belum diketahu sampai saat ini.
DNA polymerase II juga bisa memengan peranan pada ketidak berhasilan perbaikan
DNA (error-prone). Polymerase yang dipengaruhi sebagai bagian dari respon SOS,
berbeda halnya dengan DNA polymerase III, mampu membatas replikasi luka seperti
pada daerah AP. Enzim ini memiliki beberapa subunit seperti hanya DNA polymerase
III.
Protein RecA memberikan patut untuk diperhitungkan karena protein ini memiliki
beberapa fungsi berbeda (disamping mutagenesis) pada sel bakteri. Protein RecA
terlibat pada rekombinasi dan pada regulasi respon SOS, dan pada kasus ini fungsi
molekulernya dikaraterisasi dengan baik. Regulasi respon SOS dijelaskan pada bab 27.
Sekarang kita beralih pada pembahasan rekombinasi genetic.