Resume 2 Genetika II, Sabtu 30 Agustus 2014 (Pengganti tgl 3 September 2014)

Kelompok 7 Teori
Denny Fahrudin Mardiansyah (120342422502)
Soyadesita (120342422490)

Mekanisme Pengaturan Transkripsi pada Eukariot Tingkat Tinggi
Pada prokariot, semua informasi yang diperlukan untuk memulai transkripsi secara akurat
diberikan oleh sinyal dari promoter dengan hati-hati. Pada eukariot, RNA polymerase II yang
menerjemahkan hampir semua kode gen, tidak dapat memulai proses transkripsi secara akurat
tanpa bantuan tambahan empat protein aksesori atau disebut factor transkripsi umum. Faktor
transkripsi tersebut terdiri atas factor A, B, D, dan E. Faktor D berikatan dengan TATA box pada
untaian DNA sebagai langkah awal. Lalu factor A berikatan dengan factor D dan untaian DNA.
Factor B selanjutnya bergabung dengan factor D dan membentuk komplek pemulaian transkripsi.
Pada saat itu sekuens DNA sudah terlindungi oleh factor-faktor tersebut dari nuclease. Lalu RNA
polymerase II berikatan dengan kompleks factor yang ada. Setelah itu factor E berikatan dengan
untaian DNA di ujung RNA polymerase. Lalu kompleks yang sudah lengkap tersebut memulai
proses transkripsi secara akurat. Adanya prasyarat tersebut memberikan kesempatan untuk
penambahan tempat pengaturan transkripsi. Namun masih belum dapat ditentukan apakah
protein-protein tersebut berinteraksi dengan protein lain dalam penentuan model transkripsi
ataukah benar-benar bekerja secara otonom. Pada kasus lain, protein-protein tersebut
menunjukkan gambaran transkripsi pada eukariot yang sedikit lebih rumit.

Hampir Semua Unit Transkripsi Eukariot Adalah Monogenic
Pada eukariot tingkat tinggi Operon sudah tidak lagi ada dan tidak lagi diperlukan, namun
pada eukariot tingkat rendah (jamur) masih dapat ditemukan Operon meskipun sudah sangat
jarang. Hampir semua mRNA dari eukariot tingkat tinggi adalah monogenic, yakni hanya
mengandung satu sekuens kode dari satu structural gen. Pada beberapa kasus ditemukan bahwa
transkrip primer masih bersifat poligenik , tetapi selanjutnya akan terpecah menjadi mRNA
transkrip monogenic.

Enhancer dan Silencer Memodulasi Transkripsi pada Eukariot
Pada eukariot ekspresi gen tetap diatur oleh promoter yang hanya bertempat di untai 5
dari tempat pemulaian transkripsi. Sebagai tambahan untuk promoter terdekat, banyak gen-gen
eukariot diatur oleh elemen aksi yang terletak lebih jauh yang disebut enhancer dan silencer.
Enhancer berfungsi untuk meningkatkan transkripsi, sedangkan silencer berfungsi untuk
mengurangi transkripsi. Terdapat perbedaan kemampuan dasar antara enhancer dan promoter
yakni enhancer dapat bekerja lebih jauh, berorientasi bebas, dan letaknya bebas tidak hanya di 5
dari tempat pemulaian transkripsi. Enhancer merupakan elemen yang tergolong besar, bekerja
untuk menyelesaikan keseluruhan atau bagian khusus dari jaringan tertentu, maka dari itu
enhancer hanya akan meningkatkan transkripsi dari gen-gen target yang bersifat kebutuhan
spesifik.

Regulasi Transkripsi oleh DNA Metil
Pada tanaman dan hewan tingkat tinggi terjadi modifikasi setelah sintesis, dari sitosin ke
5-metilsitosin. Ekspresi gen juga ditentukan oleh penambahan gugus metil, atau dengan kata lain
metilasi dapat menyebabkan perbedaan ekspresi gen pada jaringan. Beberapa bukti bahwa gugus
metil memberikan pengaruh dalam ekspresi gen antara lain: (1)hubungan antara level ekspresi
gen dan derajat metilasi yaitu, metilasi rendahekspresi gen tinggi, dan metilasi
tinggiekspresi gen rendah. (2) pola metilasi spesifik pada suatu jaringan. (3) basa analog 5-
azacytidin yang tidak dapat dimetilasi setelah bergabung dengan DNA, menunjukkan ekspresi
gen pada jaringan tersebut tidak terekspresikan.
Pola metilasi pada suatu jaringan bersifat spesifik. Hipotesis yang paling popular adalah
bahwa pola metilasi terbentuk selama perkembangan jaringan demetilase spesifik yang
mengembalikan grup metil dari sisi penting pada gen yang telah ditentukan sehingga gen
tersebut terekspresi pada tipe sel khusus
.
Apakah Z-DNA memainkan peran regulator?
Penemuan baru yang menarik bahwa segmen DNA yang memiliki urutan di mana purin
dan pirimidin di sepanjang tiap untai dapat membentuk heliks ganda yang kidal yaitu terpuntir ke
kiri dan disebut Z-DNA. Model Watson-Crick yaitu DNA-B adalah heliks ganda yang terpuntir
ke kanan.


Gambar 1. Perbandingan struktur DNA-B (terpuntir ke kanan) yang sudah dikenal dan DNA-Z (terpuntir
ke kiri).

Biasanya, DNA-Z urutan purin dan pirimidinnya bertukar karena berada pada konsentrasi
garam tinggi. DNA-Z ada di kromosom kelenjar ludah raksasa Drosophila melanogaster dan di
macronucleus Stylonychia mytilus. A. Petunjuk lain dari kemungkinan keterlibatan Z-DNA
dalam mengatur ekspresi gen adalah bahwa struktur protein regulator tertentu menunjukkan
bahwa mereka dapat mengikat dalam alur utama heliks ganda yang kidal dan tidak heliks ganda
biasa. Protein represor mungkin bertindak dalam arah yang berlawanan, menstabilkan urutan
regulator dalam DNA-B dan mencegah transkripsi. Meskipun fungsi DNA-Z masih belum
diketahui, protein pengikat Z-DNA spesifik telah diisolasi dari Drosophila.

Struktur Kromatin: Sisi Sensitif Nuclease Berdekatan dengan Gen Aktif
Mikroskop elektron dan studi pencernaan nuclease gen aktif transcriptional dan kromatin
telah menunjukkan bahwa gen yang sedang ditranskrip memang dikemas ke dalam nukleosom
menampilkan frekuensi dan jarak yang sama sebagai nukleosom yang mengandung DNA dari
gen yang tidak sedang ditranskrip. Pada tahun 1976, M. Groudine dan H. Weintraub
menunjukkan bahwa gen hemoglobin hadir dalam kromatin dari sel darah merah ayam umur 18-
hari lebih sensitif terhadap degradasi oleh deoxyribonuclease pankreas I (DNase I) daripada yang
gen ovalbumin (tidak diekspresikan dalam sel darah merah) di kromatin dari sel-sel yang sama
atau gen hemoglobin dalam kromatin diisolasi dari fibroblast atau sel-sel otak dari ayam yang
sama.
Studi selanjutnya telah menunjukkan sensitivitas nuclease gen transcriptionally aktif di
beberapa organisme lainnya. Sensitivitas nuklease gen aktif tergantung pada kehadiran dua
protein non histon kromosom yang disebut HMG14 dan HMG 17. Ketika protein ini
dikembalikan dari kromatin aktif, sensitivitas nuclease hilang. Ketika ditambahkan kembali,
sensitivitas dipulihkan.

Pertanyaan dan Jawaban

1. Bagaimana interaksi antara promoter dan enhancer?

Jawaban:
Enhancer dan promoter dapat berinteraksi baik dalam bentuk positif maupun negative. Hal
tersebut menandakan bahwa kedua protein tersebut kemungkinan bertemu, setidaknya pada
suatu waktu, dan diperkirakan terjadi pertemuan antara untaian DNA (membentuk lipatan)
sehingga kedua protein tersebut dapat bertemu. Hal ini masih berupa hipotesis yang mengacu
pada mekanisme pengaturan ara Operon pada E.coli.

2. Bagaimana perbedaan DNA-Z dengan DNA-B yang sudah dikenal?

Jawaban:
Z-DNA memiliki urutan di mana purin dan pirimidin di sepanjang tiap untai membentuk
heliks ganda yang kidal yaitu terpuntir ke kiri, urutan purin dan pirimidinnya bertukar karena
berada pada konsentrasi garam tinggi. DNA-Z ada di kromosom kelenjar ludah raksasa
Drosophila melanogaster dan di macronucleus Stylonychia mytilus. A. Sedangkan DNA-B
merupakan DNA yang strukturnya sudah dikenal yaitu model Watson-Crick yaitu adalah
heliks ganda yang terpuntir ke kanan.



DAFTAR RUJUKAN

Gardner, E. J, dkk. 2000. Principle of Genetics. New York: Chichester-Brisbane-Toronto-
Singapore: John Wiley and Sons Inc.