Metabolisme Nitrogen

Nitrogen merupakan unsur yang sangat penting dari molekul biokimia, seperti asam
amino, nukleotida, protein dan DNA.
Semua organisma dapat mengkonversi amoniak (NH
3
) menjadi senyawa nitrogen
organik (zat yang mengandung ikatan C-N).
Pengambilan nitrogen dari biosfer:
1. Reduksi N
2
(atmosfer) menjadi NH
3
(Fiksasi Nitrogen). Proses ini hanya dapat
dilakukan oleh organisma tertentu, seperti Azotobacter, cyanobacteria, and
Rhizobium, terkadang dengan bersimbiosis dengan tanaman.
2. Reduksi NO
3-
menjadi NH
3
. Proses ini dapat dilakukan oleh semua tanaman, fungi,
dan bakteri.
Dalam biosfer, keseimbangan antara bentuk organik dan anorganik dari nitrogen
selalu dijaga. Konversi nitrogen anorganik menjadi nitrogen organik melalui fiksasi
nitrogen dan reduksi ion nitrat, diimbangi dengan katabolisme, denitrifikasi dan
peluruhan


Reaksi-reaksi pemanfaatan amoniak
1. Pembentukan glutamat. Glutamat dehidrogenase mengkatalisis aminasi reduktif dari
-ketoglutarat: -ketoglutarat + NH
3
+ NAD(P)H + 2H
+
Glu + H
2
O + NAD(P)
+

2. Pembentukan glutamin. Glutamin sintetase mengkatalisis reaksi berikut: Glu + NH
3
+
ATP Gln + ADP + Pi
3. Pembentukan Asparagin. Asparagin sintetase mengkatalisis konversi aspartat
menjadi asparagin. Asp + ATP + NH
3
Asn + AMP + Ppi
4. Pembentukan karbamoil fosfat. Karabamoil fosfat sintetase mengkatalisis reaksi
berikut: NH
3
+ HCO
3-
+ 2 ATP Karbamoil Fosfat + 2 ADP + Pi
Sebagian besar organisma memiliki kapasitas yang kecil untuk menyimpan nitrogen.
Oleh karena itu, hewan harus terus menerus memanfaatkan nitrogen dari makanan
untuk mengganti nitrogen yang hilang akibat katabolisme.
Bila protein makanan kurang, maka produksi protein untuk tujuan lain, misalnya
untuk protein otot, akan terputus dan tidak akan tergantikan.
Seseorang dikatakan berada dalam kesetimbangan nitrogen bila Nitrogen yang
dikonsumsi dari makanan = Nitrogen yang hilang (melalui ekskreasi dan proses
lainnya)
1. Positive nitrogen balance: Dietary intake of nitrogen > Nitrogen loss
2. Negative nitrogen balance : Dietary intake of nitrogen < Nitrogen loss

Dalam keadaan biasa, seseorang yang berada dalam kesetimbangan nitrogen akan
mengkonsumsi 100 gram protein, mendegradasi 400 gram protein tubuh,
mensintesis kembali 400 gram protein, dan mengeksresi/katabolisme 100 gram
protein.
Setiap individu protein memiliki variasi waktu hidup, dari beberapa menit hingga
beberapa bulan. Degradasi protein mengikuti kinetika orde pertama.
Protein yang berada dalam lingkungan ekstrasel, seperti enzim pencernaan, hormon
polipeptida, dan antibodi, memiliki turn over yang cepat, tetapi protein yang
berperan dalam struktur, seperti kolagen lebih stabil.
Enzim yang mengkatalisis tahap penentu laju dalam jalur metabolisme juga memiliki
waktu hidup pendek. Oleh karena itu degradasi protein merupakan salah satu
regulasi yang penting dalam metabolisme.
Chemical signals for protein turnover
Ubiquitinasi
Ubiquitin adalah protein kecil (76-residu), protein tahan panas yang
ditemukan dalam semua sel eukariot. Ubiquitin melakukan reaksi yang
bergantung dengan ATP dengan protein target, dimana residu Gly pada
C-terminal dari ubiquitin berkondensasi dengan residu Lys pada
protein target. Protein yang telah mengalami modifikasi ini akan
segera terdegradasi oleh kompleks protease besar yang mengenali
ubiquitin sebagai marker.


Oksidasi residu asam amino
Residu yang rentan terhadap serangan oksidasi adalah Lys, Arg, dan Pro.
E. coli dan liver tikus memiliki protease yang memotong glutamine synthetase
teroksidasi in vitro, tetapi tidak menyerang native enzyme. Kemungkinan protein
teroksidasi lainnya juga merupakan target dari protease ini.
Urutan PEST
Fakta menunjukan bahwa semua protein berumur pendek (waktu paruh < 2 jam)
mengandung satu atau lebih daerah kaya akan Pro(P), Glu(E), Ser(S), dan Thr(T).
Insersi urutan ini pada protein berumur panjang akan menurunkan waktu hidup dari
protein tersebut.
Residu asam amino N-terminal
Protein yang memiliki residu Phe, Leu, Tyr, Trp, Lys, atau Arg di N-terminalnya
memilki waktu hidup lebih pendek.
Protein dengan ujung terminal lain biasanya memiliki waktu hidup lebih panjang.

Peran protein makanan dalam metabolisme nitrogen keseluruhan
1. Jumlah protein makanan yang disarankan: Katabolisme asam amino menyebabkan
kehilangan 30 55 g protein per hari. Kehilangan ini harus dapat digantikan dari
protein makanan. Diperlukan sekitar 55 g protein per hari untuk orang dengan berat
badan 70 kg.
2. Konsekuensi kekurangan protein: kekurangan asam amino esensial akan memaksa
terjadinya degradasi protein jaringan dan menyebabkan efek klinis yang disebut
kwashiorkor.
3. Konsekuensi kelebihan protein: tidak ada gudang penyimpanan untuk asam amino.
Oleh karena itu, makanan yang mengandung asam amino berlebih akan
dimanfaatkan segera untuk meresintesis protein tubuh, dan senyawa-senyawa
nitrogen lainnya. Kerangka karbonnya akan dioksidasi atau dikonversi menjadi
glukosa atau lemak, dan gugus aminonya dikonversi menjadi amoniak.
Tahapan pencernaan protein makanan
1. Pencernaan protein oleh cairan lambung
Isi cairan lambung: HCl (pH 2-3) dan pepsinogen.
2. Pencernaan protein oleh protease pankreas.
Protease pankreas: tripsin, kimotripsin, elastase, karboksipeptidase
3. Pencernaan oligopeptida oleh protease usus kecil
Permukaan usus mengandung aminopeptidase, yaitu suatu eksopeptidase
yang memotong asam amino dari arah ujung N
4. Penyerapan asam amino dan dipeptida

Removal of Nitrogen from Amino Acid
Tahap pertama katabolisme semua asam amino dalah pengeluaran gugus -amino,
yang dapat dilakukan dengan dua cara:
1. Transaminasi


Semua asam amino, kecuali Lys dan Thr, berpartisipasi dalam transaminasi dalam
jalur katabolismenya. Pada reaksi transaminasi, aseptor gugus amino hampir selalu
-ketoglutarat, sehingga produknya adalah glutamat. Oleh karena itu, glutamat
merupakan kolektor nitrogen dari katabolisme asam amino.
2. Deaminasi oksidatif
Deaminasi oksidatif merupakan tahap kelanjutan dari transaminasi. Tidak seperti
transaminasi, deaminasi oksidatif mengeluarkan gugus -amino dari glutamat dengan
cara membebaskan gugus tersebut sebagai amoniak bebas oleh enzim glutamat
dehidrogenase. Glutamat merupakan asam amino unik karena mengalami deaminasi
oksidatif dengan cepat. Reaksi ini berlangsung di liver dan ginjal. Produk reaksi ini
adalah asam -keto (masuk ke jalur utama metabolisme energi) dan amoniak (sumber
N pada sintesis urea)


Urea disintesis dalam liver mamalia
melalui siklus urea. Reaksi total
untuk satu siklus urea adalah
CO
2
+ NH
4
+
+ 3 ATP + Asp + 2H
2
O
Urea + 2 ADP + 2 Pi + AMP + PPi
+ Fumarat
Reaksi dari siklus urea berlangsung
di dalam mitokondria dan sitosol
sel liver. Urea ditransport oleh
aliran darah menuju ginjal untuk
disaring dan dieksresikan.
Pengukuran level blood urea
nitrogen (BUN) merupakan tes klinis untuk fungsi ginjal. Pengukuran level amoniak
darah merupakan test klinis untuk fungsi liver.
Asam amino glukogenik dan ketogenik
Asam amino dapat diklasifikasikan sebagai ketogenik atau glukogenik bergantung pada
produk akhir dari metabolime.
Ketogenik: Asam amino yang katabolismenya menghasilkan asetoasetat atau salah satu dari
prekursornya, yaitu asetil-CoA atau asetoasetil-CoA (Ketone bodies).
Glukogenik: Asam amino yang katabolismenya menghasilkan piruvat atau salah satu
intermediet siklus asam sitrat, dimana intemediet2 tsb merupakan prekursor dalam proses
glukoneogenesis


Biosintesis Nukleotida
Pathways in Nucleotide Metabolism
1. De novo pathways: sintesis nukleotida dari prekursor-prekursor dengan BM kecil.
2. Salvage pathways: resintesis dari komponen hasil pemecahan nukleotida
sebelumnya.