BAB 8.

GENETIKA MIKROBA
Material genetik bakteri dan terdiri atas kromosom dan plasmid. Keduanya
terdiri atas DNA. Material genetik virus terdiri atas DNA atau RNA. Dua fungsi utama
materi genetik adalah replikasi dan ekspresi. Material genetik harus bereplikasi secara
akurat sehingga dihasilkan 2 replikan (anakan) yang identik dengan induknya. Materi
genetik uga terekspresi dalam bentuk karakter ter!bservasi atau fen!tip.
ORGANISASI GENOM
M!lekul DNA yang dapat bereplikasi sebagai unit genetik pada bakteri disebut
replikon. "ada beberapa bakteri replik!n hanya berupa kr!m!s!m (gen!m)# tetapi
sebagian besar bakteri replik!n terdiri dari kr!m!s!m dan plasmid.
Kromosom
$en!m bakteri bervariasi dari %#&'(%
)
Dalt!n sampai *#)'(%
)
Dalt!n. +umlah
DNA dalam gen!m menentukan umlah maksimum yang inf!rmasi genetik yang dapat
dik!de. ,ebagian besar bakteri memiliki genom haploid (kr!m!s!m tunggal) dan
sirkuler. Namun beberapa bakteri gram p!sitif seperti Borrelia dan Streptomyces
memiliki kr!m!s!m linier. -akteri gram negatif Agobacterium tumefaciens memiliki
kr!m!s!m linier dan sirkuler. -akteri E. coli saluran pencernaan memiliki ukuran gen!m
./(%
)
Dalt!n dengan &.0%% kil! pasang basa (kbp). $en!m E. coli tersebut hanya %#(1
(dibandingkan gen!m manusia)# tetapi mampu mengk!de ribuan p!lipeptida.
Kemampuan bakteri bereplikasi sangat cepat. E. coli mampu mereplikasi DNA
hanya dalam 2aktu &% menit. Namun pada bakteri yang tumbuh cepat replikasi dapat
dimulai sebelum replikasi DNA selesai.
Plasmid
"lasmid adalah material genetik ektrakr!m!s!mal. 3kuran plasmid lebih kecil
daripada kr!m!s!m. "lasmid biasanya mengk!de p!lipeptida yang tidak penting bagi
pertumbuhan secara langsung. "lasmid berbentuk sirkuler# tetapi terdapat plasmid
berbentuk linier seperti terlihat pada Borrelia dan Streptomyces. "lasmid dibedakan
menadi 2# yaitu plasmid k!nugatif dan n!n4k!nugatif. Plasmid konjga!i" adalah
plasmid yang mampu did!n!rkan ke resepien# sedangkan plasmid non#konjga!i"
tidak dapat did!n!rkan. "lasmid n!n4k!nugatif biasanya berukuran kurang dari 5#0 kbp
dan biasanya berumlah banyak ((%62% perkr!m!s!m). "lasmid didistribusikan secara
acak ke sel anakan.
Meskipun plasmid tidak berperan langsung dalam pertumbuhan# tetapi plasmid
memiliki fungsi penting secara medis. 7ungsi penting plasmid secara medis# yaitu
kemampuan plasmid mengk!de p!lipeptida resistensi antibi!tik# t!ksin# struktur
permukaan sel untuk perlekatan dan k!l!nisasi. "lasmid yang berperan dalam resistensi
antibi!tika disebur plasmid R atau fakt!r R.
$NA %ASAM N&K'EAT(
Asam nukleat merupakan p!limer nukle!tida. ,etiap nukle!tida terdiri atas f!sfat#
pent!sa# dan basa. "ent!sa asam nukleat adalah rib!sa atau de!ksirib!sa# sedangkan
basa asam nukleat adalah adenin dan guanin (purin) dan timin# urasil# dan sit!sin
(pirimidin). DNA berbeda dengan RNA dalam 2 hal# struktur dan k!mp!sisi asam
nukleat. ,truktur DNA adalah pita heliks ganda ($ambar *.()# sedangkan RNA adalah
pita heliks tunggal (beberapa virus memiliki RNA ganda). K!mp!sisi gula pent!sa dan
basa pirimidin DNA adalah de!ksirib!sa dan timin dan sit!sin. K!mp!sisi gula pent!sa
dan basa pirimidin RNA adalah rib!sa dan urasil dan sit!sin. DNA bakteri baik
kr!m!s!m maupun plasmid berbentuk sirkuler.
Gam)ar 8.* ,truktur DNA heliks ganda yang bergerak antipararel. Diameter heliks
ganda adalah 2 nm dan panang satu putaran penuh heliks ganda adalah .#& nm yang
terdiri atas (% pasang basa.
Replikasi $NA
DNA heliks ganda tereplikasi menadi 2 DNA heliks ganda# di mana ke42 DNA
heliks ganda me2arisi masing4masing ( pita DNA induk ($ambar *.2). 8leh karena itu
tipe replikasi DNA adalah semik!nservatif. Replikasi DNA dimulai dari tempat yang
disebut a+al replikasi %origin of replication(.
Gam)ar 8., Aut!radi!grafi replikasi kr!m!s!m bakteri E. coli.
Replikasi DNA dimulai dengan terbukanya pita DNA heliks ganda di daerah a2al
replikasi. Dengan terputusnya ikatan atarbasa# maka en9im DNA p!limerase dapat
bekera menyintesis pasangan basa baru. Dengan demikian masing4masing pita DNA
berperan sebagai cetakan (template) bagi DNA anakan. Replikasi DNA bergerak 2 arah
()iodireksi) dengan en9im DNA p!limerase berbeda untuk masing4masing arah.
Replikasi berakhir ketika kedua en9im DNA p!limerase bertemu (sekitar (*% dari a2al
replikasi). Masing4masing DNA p!limerase menyintesis 2 pita DNA anakan dengan
cetakan 2 pita induknya. Karena DNA p!limerase bergerak satu arah (dari .: ke 0: DNA
induk atau 0: ke .: DNA anakan)# maka teradi 2 tipe sintesis pita DNA anakan yaitu pi!a
meners %leading strand( dan pi!a senda! %lagging strand(. "ita menerus adalah pita
DNA anakan yang dicetak tanpa putus. "ita sendat adalah pita DNA anakan yang
dicetak terputus4putus. 3rutan replikasi DNA adalah pemisahan 2 pita DNA induk#
sintesis RNA primer# sintesis DNA anakan# pengantian RNA primer dengan DNA# dan
penyambungan pita DNA anakan (menadi pita sirkuler).
EKSPRESI $NA
DNA bakteri terekpresi melalui beberapa tahapan# yaitu transkripsi# translasi# dan
maturasi pr!tein. Disebut transkripsi karena teradi sintesis n!nidentik dari DNA menadi
RNA. ,eperti diketahui DNA dan RNA berbeda. Disebut traslasi karena urutan RNA
diubah menadi urutan asam amin!. Disebut maturasi karena teradi pr!ses finishing#
sehingga urutan asam amin! a2al (n!nfungsi!nal) berbeda dengan urutan asam amin!
baru (fungsi!nal).
Transkripsi
DNA ditranskripsi menadi RNA. "ita DNA yang menadi cetakan disebut DNA
template. Karena RNA hasil transkripsi memba2a ;pesan< untuk ditranslasi# maka RNA
tersebut disebut RNA messenger (mRNA). 3rutan basa mRNA sama dengan urutan
basa DNA n!n4template# kecuali timin diganti urasil. =n9im yang berperan dalam sintesis
mRNA adalah en9im RNA p!limerase. 3rutan DNA yang ditranskrip dapat terdiri atas (
gen atau lebih. >ranskripsi yang multigen teradi pada gen4gen yang terekspresi dalam
suatu paket fungsi!nal.
>ranskripsi DNA terdiri atas . tahap# yaitu inisiasi# pemanjangan# dan
penghen!ian. ?nisiasi melibatkan pengikatan RNA p!limerase ke DNA template.
=l!ngasi adalah pr!ses sintesis mRNA !leh RNA p!limerase. "enghentian meliputi
penghentian pemanangan dan pelepasan mRNA dari DNA template.
Translasi
"r!ses translasi lebih k!mpleks daripada replikasi dan transkripsi. >ranslasi
melibatkan & hal# yaitu mRNA# tRNA# rib!s!m# dan asam amin!. mRNA adalah k!de
yang akan diteremahkan. tRNA adalah penteremah mRNA. Ri)osom adalah tempat
teradingan peneremahan. Asam amin! adalah hasil teremahan k!de mRNA !leh
tRNA. Rib!s!m terdiri atas 2 subunit# yaitu s)ni! )esar dan s)ni! ke-il. Ke42
subunit bergabung ika teradi translasi.
>ranslasi mRNA !leh rib!s!m dapat teradi sebelum transkripsi selesai dan
translasi dapat dilakukan !leh banyak r!b!s!m (poliri)osom). Mekanisme demikian
memungkinkan pertumbuhan dan resp!ns bakteri yang luar biasa cepat. >ranslasi
dimulai dari masuknya mRNA ke dalam rib!s!m (subunit kecil). 3rutan translasi adalah
sebagai berikut. mRNA terikat pada subunit kecil rib!s!m. Dengan terikatnya mRNA#
maka subunit besar beras!siasi dengan subunit kecil menghasilkan rib!s!m utuh.
"r!ses penteremahan berlangsung dengan teradinya pr!ses penteremahan mRNA
!leh tRNA menadi asam amin!. "r!ses penteremahan berhenti ketika tRNA mengenali
k!de berhenti pada mRNA.
K!de a2al mRNA adalah A3$. "r!ses teremahan mRNA berlangsung per .
k!de (!riple! kodon). >erdapat @& k!de untuk 2% asam amin!# sehingga terdapat lebih
dari (k!de untuk ( asam amin! (>abel *.(). Dengan demikian terdapat @& tRNA
beras!siasi dengan 2% asam amin!.
Ta)el 8.* >riplet k!d!n asam amin! pada mRNA
Kode
per!ama
Kode keda Kode
ke!iga
& . A G
&
7enilalanin
7enilalanin
Aeusin
Aeusin
,erin
,erin
,erin
,erin
>ir!sin
>ir!sin
,t!p
,t!p
,istein
,istein
,t!p
>ript!fan
&
.
A
G
.
Aeusin
Aeusin
Aeusin
Aeusin
"r!lin
"r!lin
"r!lin
"r!lin
Bistidin
Bistidin
$lutamin
$lutamin
Arginin
Arginin
Arginin
Arginin
&
.
A
G
A
?leusin
?leusin
?leusin
Meti!nin
>re!nin
>re!nin
>re!nin
>re!nin
Asparagin
Asparagin
Aisin
Aisin
,erin
,erin
Arginin
Arginin
&
.
A
G
G
Calin
Calin
Calin
Calin
Alanin
Alanin
Alanin
Alanin
Aspartat
Aspartat
$lutamat
$lutamat
$lisin
$lisin
$lisin
$lisin
&
.
A
G
Ma!rasi Pro!ein
"r!ses maturasi teradi selama pr!ses transl!kasi pr!tein dari sit!plasma ke
l!kasi kera pr!tein tersebut (di dalam sel# diluar sel# atau dimebran sel). "r!tein
fungsi!nal lebih pendek daripada pr!tein mentah hasil sintesis. -agian pr!tein yang
dihilangkan biasanya pada bagian urutan a2al pr!tein mentah. 3rutan a2al pr!tein
mentah berfungsi dalam pr!ses transl!kasi pr!tein.
M&TASI
Mutasi adalah perubahan urutan DNA gen!m dan di2ariskan. Mutasi sp!ntan
arang teradi pada bakteri. -eberapa mutasi dapat mengubah karakter fen!tip. "ara ahli
mikr!bi!l!gi sepakat bah2a !rganisme referensi disebut !ipe liar dan turunan yang
mengalami mutasi disebut m!an. +adi mutan adalah !rganisme yang berbeda dengan
nenek m!yangnya yang liar.
$e!eksi M!an
Media selektif dan difensial sangat membantu dalam mengis!lasi bakteri mutan.
-eberapa media selek!i" dapat menumbuhkan bakteri mutan tertentu# tetapi tidak
menumbuhkan bakteri tipe liar. Namun kebanyakan media selektif bekera sebaliknya.
Media di"erensial dapat membedakan kenampakan k!l!ni bakteri tipe liar dan mutan.
E. coli mutan (resisten strept!misin) biasanya secara sp!ntan teradi setiap (%
)
k!l!ni
bakteri E. coli tipe liar (sensitif strept!misin). Mutan E. coli ini dapat mudah diis!lasi
dengan media selektif berisi strept!misin. Mutasi yang teradi pada gen esensial pada
!rganisme hapl!id biasanya letal. Meskipun demikian !rganisme mutan letal dapat
diis!lasi dan dipelaari dengan manipulasi fakt!r4fakt!r pertumbuhan.
$asar Molekler M!asi
Mutasi dikel!mp!kan berdasarkan perubahan strukturan pada DNA (>abel *.2).
beberapa mutasi teradi pada segmen pendek DNA seperti s)s!i!si nkleo!ida#
mikrodelesi# dan mikro insersi. Mutasi lainnya dapat teradi pada segmen panang
DNA seperti delesi/ insersi/ dan aransemen lang segmen DNA. Ketika substitusi
nukle!tida teradi pada urutan DNA yang mengk!de asam amin!# maka terdapat .
kemungkinan# yaitu teradi perubahan asam amin! (m!asi missense)# penghentian
translasi (m!asi nonsense) dan tidak ada perubahan (m!asi diam). +ika teradi
mik!rdelesi atau mikr!insersi ( atau 2 nukle!tida# maka akan teradi perubahan
pengk!dean ("rameshi"! ) asam amin! dari a2al teradinya mutasi sampai ke akhir.
>entusaa frameshift urutan asam amin! akan mengubah struktur p!lipeptida# sehingga
kemungkinan besar teradi n!nfungsi!nal p!lipeptida.
Ta)el 8., +enis enis mutasi
Per)ahan pada
$NA
Pengarh
!erhadap s!rk!r
polipep!ida
Pengarh
!erhadap "ngsi
polipep!ida
0enis M!asi
,ubstitusi
nukle!tida
Mikr!delesi atau
mikr!insersi
?nsersi
Delesi
(. >idak ada
2. ,ubstitusi asam
amin!
.. "enghentian
prematur
7rameshift urutan
asam amin!
-erubah
-erubah
(. >idak ada
2. -ervariasi
.. Kehilangan
fungsi
Kehilangan fungsi
Kehilangan fungsi
Kehilangan fungsi
(. Mutasi diam
2. Mutasi
missense
.. Mutasi
N!nsense
Mutasi frameshift
?nsersi
Delesi
PER&BA1AN IN2ORMASI GENETIK
Mikr!ba arang berepr!duksi secara seksual. Reprduksi seksual akan
meningkatkan pr!babilitas# sehingga keanekaragaman gen!tip dan fen!tip teradi.
Namun mikr!ba khususnya bakteri mampu melakukan interaksi genetik di antara
sesama species maupun genus. ?nteraksi genetik ini dapat mengubah karakteristik
fen!tip# seperti variasi flagela pada Salmonella# variasi antigenik permukaan pada
Neisseria dan Borrelia.
Gam)ar 8.3 +enis4enis interaksi genetik pada bakteri.
?nteraksi genetik pada bakteri dibedakan menadi .# yaitu konjgasi/
!rans"ormasi/ dan !ransdksi. K!nugasi adalah interaksi genetik secara langsung
(teradi k!ntak) antara d!n!r dan resepien. >ransf!rmasi adalah interaksi genetik secara
tidak langsung antara d!n!r dan resepien# di mana d!n!r melepaskan materi genetik ke
lingkungan# sedangkan resepien menyerap materi genetik d!n!r tersebut. >ransduksi
adalah interaksi genetik secara tidak langsung antara 2 d!n!r dan resepien dan melalui
perantara (bakteri!fag)# di mana d!n!r menginsersikan materi genetik ke dalam materi
genetik bakteri!fag dan resepien menerima materi genetik dari d!n!r setelah terinfeksi
bakteri!gag. Basil interaksi genetik disebut rek!mbinan. ?lustrasi ketiga m!del interaksi
genetik dapat dilihat pada $ambar *...
Konjgasi
K!nugasi memerlukan k!ntak langsung antara d!n!r dan resepien. K!ntak
teradi melalui embatan k!nugasi (pili) maupun tanta embatan k!nugasi. D!n!r
merupakan bakteri yang memiliki kemampuan mend!n!rkan materi genetik baik melalui
embatan k!nugasi (pili) ataupun tidak. Kemampuan tersebut terletak pada plasmid.
8leh karena itu plasmid yang mampu mend!n!rkan materi genetik disebut plasmid 2
atau plasmid seksal.
,etiap bakteri 7D memiliki (6. pili yang mampu mengikat pr!tein membran sel
resepien untuk memulai pr!ses inisiasi k!nugasi ($ambar *.&). ,etelah teradi k!ntak#
maka pili berubah fungsi menadi embatan k!nugasi. +embatan k!nugasi biasanya
memendek untuk mempermudah pr!ses k!nugasi. "lasmid bakteri d!n!r memisah
menadi 2 pita tunggal dan salah satu untai plasmid ditransfer ke bakteri resepien. "ada
pr!ses transfer pita DNA plasmid# bakteri d!n!r segera mengganti pita terd!n!r dengan
mekanisme replikasi. Ketika bakteri resepien menerima DNA# maka dia uga melakukan
replikasi untuk DNA baru sehingga DNA plasmid d!n!r menadi 2 untai.
Gam)ar 8.4 "r!ses k!nugasi plasmid.
"lasmid 7 pada E. coli dapat dapat berintegrasi dengan kr!m!s!m bakteri
($ambar *.0). Bal ini dapat teradi karena kr!m!s!m dan plasmid 7 E. coli memiliki
elemen urutan insersi. ?ntegrasi intragenetik disebut mutasi h!ris!ntal dan menghasilkan
rek!mbinan yang mempunyai kemampuan mentransfer kr!m!s!m (k!nugasi) tinggi.
Gam)ar 8.5 Mutasi h!ris!ntal. 7
4
adalah sel n!nk!nugatif# 7
D
adalah sel k!nugatif# Bfr
sel rek!mbinan dengan kemampuan frekuensi tinggi k!nugasi# 7: adalah sel berplasmid
dengan gen kr!m!s!mal.
K!nugasi tanpa embatan k!nugasi teradi pada bakteri gram p!sitif. -akteri
gram p!sitif menghasilkan adesin untuk agregasi antara sel d!n!r dan sel resepien#
tetapi tidak melibatkan pili. "ada beberapa species Streptococcus resepien
menghasilkan fer!m!n seksual untuk menarik Streptococcus d!n!r mendekat dan
melakukan k!ntak.
Trans"ormasi
"ada transf!rmasi bakteri d!n!r melepaskan sep!t!ng pita ganda DNA dan
bakteri resepien menerimaEmenyerap hanya ( pita DNA saa. Materi genetik yang
ditransfer melalui transf!rmasi dapat DNA kr!m!s!m maupun DNA plasmid.
>ransf!rmasi alami ditemukan pada Streptococcus pneumoniae, Haemophilus,
Neisseria, Bacillus, dan Staphylococcus. -akteri yang biasanya tidak mampu (tidak
k!mpeten) mengambil DNA dari lingkungan dapat menadi kompe!en dengan
manipulasi eksperimental# seperti keutan elektrik v!ltase tinggi# keutan kalsium#
penambahan urutan nukle!tida tertentu. -akteri k!mpeten uga dapat menyerap semua
DNA bakteri!fag (!rans"eksi) maupun seluruh plasmid dan mereplikasikannya di dalam
sel. Namun ika yang terserap hanya sebagian materi geneti# maka materi genetik
tersebut tidak terekspresi dan tereplikasi sebelum terintegrasi ke dalam replik!n.
Transdksi
"ada transduksi# bakteri!fag berfungsi sebagai ;carrier< DNA dari d!n!r ke
resepien. Ketika bakteri!fag menginfeksi bakteri d!n!r# maka bakteri d!n!r mengalami
lisis (mati) dan bakteri!fag melepaskan diri. Namun ketika bakteri!fag menginfeksi
bakteri resepien# maka bakteri resepien tidak mengalami lisis.
>ransduksi dibedakan menadi !ransdksi mm %generalized transduction(/
!ransdksi a)or!i" %abortive transduction(/ dan !ransdksi khss %specialized
transduction(. >ransduksi umum menghasilkan rek!mbinan yang mampu
mengekspresikan DNA d!n!r# sedangkan transduksi ab!rtif tidak. >ransduksi khusus
berbeda dengan transduksi umum dalam hal bakteri!fag yang mampu menginfeksi
hanya bakteri!fag tertentu.
REKOMBINASI
Rek!mbinasi melibatkan pemutusan DNA resepien dan pengabungan DNA
d!n!r ke DNA induk menghasilkan hibrida (m!lekul rek!mbinan). =n9im khusus yang
berperan dalam rek!mbinasi DNA adalah eks!nuklease# end!nuklease# p!limerase# dan
ligase.
Rekom)inasi mm %generalized recombination( melibatkan DNA d!n!r dan
resepien yang memiliki urutan h!m!l!g. "erubahan resipr!kal dapat teradi pada
rek!mbinasi umum. "r!duk gen recA sangat penting dalam rek!mbinasi umum# tetapi
pr!duk gen lainnya uga berperan. Rekom)inasi lokasi khss %site-specific
recombination( hanya dapat teradi pada l!kasi khusus pada DNA d!n!r dan resepien.
"r!duk gen recA tidak berperan dalam rek!mbinasi l!kasi khusus. ?ntegrasi m!lekul
DNA bakteri!fag ( ke kr!m!s!m E. coli pada l!kasi khusus (attachment siteF att)
merupakan c!nt!h rek!mbinasi l!kasi khusus ($ambar *.@).
Gam)ar 8.6 Rek!mbinasi l!kasi khusus yang menghasilkan rek!mbinasi resipr!kal
Kloning
-anyak met!de untuk menghasilkan hibridisasi DNA secara in vitr! (DNA
rek!mbinan). Met!de tersebut meliputi is!lasi gen khusus pada replik!n hibrid#
menentukan urutan nukle!tida# dan membuat mutasi pada l!kasi yang ditentukan (site-
directed mutation). Klon adalah p!pulasi !rganisme atau m!lekul yang diper!leh dari
repr!duksi aseksual dari nenek m!yang tunggal. Kl!ning gen adalah pr!ses
penggabungan gen asing ke replik!n DNA hibrid. Kl!ning gen dapat terekspresi pada
sel yang c!c!k dan fen!tipnya dapat dianalisis.
-eberapa k!nsep dasar dalam kl!ning gen adalah sebagai berikut. "ertama
harus tersedia fragmen DNA d!n!r (diper!leh dengan met!de mekanik atau en9imatik).
Dipersiapkan en9im end!nuklease retriksi khususnya klas ??# sehingga dihasilkan
fragmen dengan kedua uung yang siap disisipkan (uung lancip atau uung rata)#
mempersiapkan vekt!r kl!ning dapat berupa fag# plasmid tergantung ukuran DNA yang
hendak disisipkan (fag dan plasmid hanya menerima (% kb DNA asing# c!smid fag "(
mampu menerima (%% kb DNA asing). Cekt!r kl!ning harus dapat mengenali pr!m!t!r
dan regulat!r ekspresi lainnya dari DNA asing. Kedua menghasilkan replik!n hibrid yang
terdiri atas fragmen DNA d!n!r dan vekt!r kl!ning dengan en9im ligase untuk
meggabungkan DNA d!n!r ke vekt!r kl!ning ($ambar *.5). >erakhir mengintr!duksikan
replik!n hibrid ke dalam sel yang c!c!k sehingga dapat dilihat ekspresi gen asing yang
disisipkan. ?ntr!duksi replik!n hibrid dapat secara langsung (transf!rmasi atau
transfeksi) atau secara tidak langsung (transduksi)
Ta)el 8.3 ,pesifikasi en9im end!nuklease retriksi klas ??
En7im $iisolasi dari $aerah pengenalan S!rk!r
"ragmen
kilo)asa 5838
Sau.A
Nla???
Dpn?
Ssp?
Pst?
EcoR?
la?
Nor?
Staphylococcus
aureus
Neissaria lactamica
Diplococcus
pneumoniae
Sphaerotilus
natans
Pro!idencia stuartii
Escherichia coli
aryophanon latum
Nocardia otitidis-
ca!iarum
&
&
&
@
@
@
@
*
$A>G
GA>$
$A>G
AA>AA>
G>$GA$
$AA>>G
A>G$A>
$G$$GG$G
Aancip uung 0:
Aancip uung .:
Rata
Rata
Aancip uung .:
Aancip uung 0:
Aancip uung 0:
Aancip uung 0:
Gam)ar 8.9 Diagram perc!baan kl!ning gen. "lasind vekt!r kl!ning adalah p-R.22
yang memiliki gen untuk resistensi ampisilin (amp
r
) dan tetrasiklin (tet
r
) dan hanya
memiliki ( l!kasi retriksi Hind???.
REG&'ASI EKSPRESI GEN
7en!tip bakteri ditentukan !leh pr!perti gen!tip dan k!ndisi pertumbuhan.
"erubahan k!ndisi pertumbuhan pada kultur murni bakteri sering menghasilkan adaptasi
fisi!l!gik terprediksi pada semua p!pulasi. Adaptasi fisi!l!gik biasanya beras!siasi
dengan perubahan aktivitas metab!lisme. Arus metab!lisme merupakan alur bi!kimia2i
yang dik!ntr!l !leh en9im baik en9im tersintesis baru dan en9im terdahulu. Karena
en9im merupakan ekspresi gen# maka regulasi ekspresi gen menentukan adaptasi
fisi!l!gik bakteri.
=kspresi gen dimulai dari aktivitas RNA p!limerase dalam mentranskrip DNA.
"engikatan RNA p!limerase ke DNA teradi di l!kasi khusus yang disebut pr!m!t!r.
"r!m!t!r kuat mampu berinteraksi dengan RNA p!limerase dan menginisiasi transkripsi
dengan cepat. Bal sebaliknya teradi pada pr!m!t!r lemah. >ranskripsi beralan dari
.:0: DNA template atau mRNA disintesis dari 0:.:. >ranskripsi berakhir ketika RNA
p!limerase mencapai daerah penghentian atau terminasi. Kemudia RNA p!limerase
keluar dari DNA# sehingga diper!leh ( pita mRNA lengkap.
,atu mRNA dapat mengk!de ( atau lebih p!lipeptida. mRNA yang dapat
mengk!de lebih dari ( p!lipeptida disebut mRNA p!lisistr!nik. mRNA p!lisistr!nik
ditranslasi menghasilkan beberapa p!lipeptida terpisah dalam sekali translasi. >ranslasi
berlangsung di dalam rib!s!m. ,etelah dutranslasi mRNA akan terdegradasi dengan
cepat dalam beberapa menit.
Reglasi Transkripsi
-eberapa mRNA disintesis dengan kecepatan k!nstan dan terk!de
menghasilkan en9im k!nstitutif. +umlah mRNA dan p!lipeptida yang dipr!suksi dari
beberapa en9im k!nstitutif bervariasi tergantung kekuatan pr!m!ternya. ,elain
pr!m!ter# !per!n berperan dalam menentukan kecepatan transkripsi. -anyak !per!n
diregulasi secara tidak langsung !leh perubahan k!ndisi lingkungan. Namun regulasi
transkripsi pada pr!m!t!r dan !per!n secara langsung dilakukan !leh pr!tein regulasi.
"r!tein regulasi mengikat !per!n pada daerah yang disebut !perat!r atau l!kasi
regulasi. "engikatan pr!tein regulasi pada !perat!r dapat meregulasi transkripsi dalam
2 bentuk# yaitu reglasi posi!i" (menaikan kecepatan) dan reglasi nega!i"
(menurunkan kecepatan) inisiasi transkripsi. Aakt!sa !per!n E. coli merupakan c!nt!h
regulasi negatif !per!n.
,elain diregulasi !leh pr!tein regulasi# !per!n uga diregulasi !leh struktur
sekunder mRNA. ,truktur sekunder mRNA yang dapat meregulasi transkripsi adalah
tusuk k!nde. ,truktur tusuk k!nde mRNA menghasilkan . bentuk regulasi# yaitu
penndaan %pausing(/ a!enasi %attenuation(/ dan an!i!erminasi. Ketiga struktur
tusuk k!nde terletak di l!kasi sangat dekat. >usuk k!nde penundaan terletak di segmen
( dan 2# tusuk k!nde atenuasi terletak di segmen . dan &# sedangkan tusuk k!nde
antiterminasi terletak di segmen 2 dan . dari segmen !per!n# tepatnya di r!an
pemimpin %leader sequence(. Dengan demikian hanya akan diumpai maksimal 2
tusuk k!nde pada satu mRNA.
Mutasi n!nsense uga dapat menghentikan transkripsi secara prematur pada
pr!ses el!ngasi. +ika pada regulasi atenuasi tidak menghasilkan p!lipeptida# tetapi pada
regulasi n!nsense menghasilkan p!lipeptida. Namun p!lipeptida hasil regulasi
n!nsense dapat berfungsi maksimal# sebagian# bahkan tidak sama sekali. Bal ini
tergantung l!kasi teradinya mutasi n!nsense. +ika mutasi teradi di urutan a2al sampai
pertengahan# maka p!lipeptida yang dihasilkan tidak berfungsi. Namun ika mutasi
teradi pada urutan akhir# maka p!lipeptida yang dihasilkan dapat berfungsi sebagian
atau penuh.
Reglasi Translasi
A!kasi pengikatan mRNA pada rib!s!m yaitu urutan k!mplementer uung .:
rRNA (@,. ?nteraksi rRNA (@, dengan mRNA menghasilkan k!mpleks yang dapat
menginisiasi sintesis pr!tein. K!ntr!l translasi tergantung pada umlah tRNA# pr!duksi
rib!s!m dan umlah rib!s!m bebas. +umlah tRNA pasti mempengaruhi kecepatan
translasi# karena tRNA memba2a asam amin! untuk mentranslasi mRNA. ,emakin
banyak pr!duksi rib!s!m# maka semakin cepat pr!ses translasi. ,emakin sedikit umlah
rib!s!m bebas# maka semakin cepat translasi. -eberapa rib!s!m bebas dapat
menghambat translasi mRNA p!lisistr!nik yang seharusnya dik!de.