Anda di halaman 1dari 7

LAPORAN DISKUSI TUTORIAL

BLOK BIOLOGI MOLEKULER


SKENARIO 3








KELOMPOK 7
Ida Bagus Ananta W. (G0011113)
R.A. Sitha Anisa P. (G0011161)
Rachmania Budiati (G0011163)
Arga Scorpianus (G0011035)
Rifqi Hadyan (G0011171)
Dhia Ramadhani (G0011073)
Egtheastraqita C. (G0011081)
Ery Radiyanti (G0011085)
Fitri Febrianti R. (G0011095)
Riyan Angga P. (G0011179)
Siti Nurhidayah (G0011199)
NAMA TUTOR
dr.Rosalia Nurhidayati, M.Kes

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
2011
I. Pendahuluan

SKENARIO 3
SERING BEKERJA DI MALAM HARI BERISIKO KANKER
PAYUDARA?

Wanita yang sering bekerja pada malam hari memiliki risiko
peningkatan terkena kanker payudara. Hal ini menimbulkan dugaan bahwa
gen yang berperan dalam memelihara ritme circadian berperan dalam proses
terjadinya kanker. Terkait dugaan ini, sekelompok peneliti melaporkan adanya
korelasi antara single nucleotide polymorphism (SNPs) yang terkait regulator
circadian central clock dengan risiko kanker payudara. Peneliti tersebut juga
melaporkan bahwa hipermetilasi pada promotor CLOCK menurunkan risiko
terjadinya kanker payudara. RNAi pada CLOCK secara in vitro yang diikuti
dengan pemeriksaan microarray menunjukkan adanya perubahan ekspresi
transkipsi yang terkait dengan kanker.
(Cancer Res;70(4);1459-68).

II. Diskusi dan Studi Pustaka
Langkah 1 : Membaca skenario dan memahami beberapa pengertian
istilah dalam skenario
Single nucleotide polymorphism (SNPs) adalah perubahan genetic kecil
atau variasi yang dapat terjadi dalam urutan DNA seseorang. Variasi sekuen
DNA ini terjadi ketika satu nukleotida (A,T,G,atau C) dalam urutan genom
diubah Bisa terjadi karena delesi,insersi,pertukaran nukleotida dll. Sebuah
variasi agar dapat digolongkan sebagai SNP harus terjadi minimal dalam 1%
populasi. SNP, yang mengubah sekitar 90% dari semua variasi genetik
manusia, terjadi setiap 100 hingga 300 basa sepanjang 3 miliar basa genom
manusia. Dua dari setiap tiga SNP melibatkan penggantian sitosin (C) dengan
timin (T). SNP dapat terjadi di daerah coding (gen) dan noncoding dari
genom.
Regulator circadian central clock adalah pengatur perubahan fungsi-fungsi
tubuh secara teratur. Sentral clock terletak pada hypothalamic SCN
(Suprachiasmatic Nucleus).
Ritme circadian adalah ritme perubahan fungsi tubuh selama 24 jam. Dapat
diartikan pula sebagai ritme jam tubuh manusia saat melakukan aktivitas dan
istirahat secara teratur. Ada juga yang mendefinisikan ritme circadian adalah
irama biologis yang terjadi dalam tubuh untuk mengatur respon tubuh
terhadap perubahan lingkungan.
RNAi adalah fenomena biologi dalam sel yang prinsipnya masuknya dsRNA
ke dalam sitoplasma yang akan membungkam ekspresi gen di tingkat post
transkripsional.
Hipermetilasi adalah proses epigenetik yang mengahambat ekspresi gen.
Microarray adalah teknologi yang digunakan untuk melihat urutan sekuen
asam nukleat yang berada di lokasi tertentu dan dapat digunakan untuk
menganalisa banyak sampel dalam satu waktu.
In vitro adalah perlakuan yang dilakukan di dalam laboratorium.
Promotor CLOCK
Kanker adalah sel yang tumbuh secara abnormal dan tidak terkontrol. Bisa
karena mutasi.

Langkah 2 : Menentukan atau mendefinisikan masalah
Beberapa permasalahan yang terjadi pada kasus skenario 3 kali ini adalah :
1. Adakah hubungan RNAi dengan gen silencing?
2. Adakah metode lain untuk melihat variasi genetic manusia?
3. Bagaimana korelasi SNPs dengan kanker payudara?
4. Gen apa yang memicu terjadinya kanker?
5. Bagaimana hiper,metilasi menurunkan resiko kanker payudara?
6. Macam-macam polimorfisme dan akibat yang ditimbulkan
7. Bagaimana proses terjadinya metialasi / hipermetilasi.
8. Keanekaragaman genomic manusia, macam-macam, dan penyebabnya.
9. Penyebab kanker selain gen.
10. Regulator circadian clock.

Langkah 3 : Menganalisis permasalahan dan membuat pernyataan
sementara mengenai permasalahan (tersebut dalam langkah 2)

Langkah 4: Menginventarisasi permasalahan-permasalahan secara
sistematis dan pernyataan sementara mengenai permasalahan-permasalahan
pada langkah 3

Langkah 5 : Merumuskan tujuan pembelajaran
Tujuan pembelajaran yang ingin kami capai adalah sebagai berikut :
1. Keanekaragaman variasi genetik.
2. Korelasi SNPs dengan kanker payudara.
3. Metode melihat variasi genetik.
4. Gen pemicu kanker dan peranannya.
5. Epigenetik

Langkah 6 : Mengumpulkan informasi baru

Langkah 7 : Melaporkan, membahas, dan menata kembali informasi
baru yang diperoleh
Variasi dapat terjadi di tingkat sekuens maupun di tingkat struktur
(kromosom). Variasi di tingkat kromosom telah kita pelajari pada mutasi.
Sedangkan untuk variasi tingkat sekuens dapat terjadi pada mutasi dapat pula
merupakan kejadian polymorfisme.
Polimorfime merupakan suatu variasi normal yang banyak ditemukan
yaitu 1% dari total penduduk dunia. Polimorfisme ini akan diwariskan kepada
generasi berikutnya melalui proses replikasi DNA dan berperan dalam evolusi
melalui seleksi alam. Polymorfisme dapat dibedakan menjadi Copy Number
Variant (CNV), Variable Tandem Repeat (VTR), dan Single Nucleotide
Polymorphism (SNP).
Copy Number Variant (Variasi jumlah copy gen)
Sebagaimana kita ketahui bahwasanya kromosom manusia diploid dimana
masing-masing kromosom membawa gen yang merupakan pasangannya (alella).
Namun, setelah dipetakan ternyata tidak semua manusia memiliki kromosom yang
semuanya diploid ada pula kromosom yang ditemukan lebih dari dua atau bahkan
kurang.
Copy number variant ini biasa ditemukan pada system imun maupun
system regulasi (otak). Sedangkan pada proses pembelahan maupun
perkembangan manusia jarang sekali ditemukan karena mereka sangat esensial.
Contoh CNV misalnya kejadian di mana ditemukan banyaknya gen
pengkode amylase pada manusia jika orang yang bersangkutan sering
mengonsumsi pati atau amilum.
Variabel tandem repeat (variasi pengulangan yang teratur) terjadi jika
banyak sekuens DNA yang bersifat pengulangan di mana pengulangan tersebut
memiliki variasi untuk setiap orang atau beberapa orang. Variabel tandem repeat
ini biasanya terjadi pada daerah di dekat sentromer. Contohnya: sekuens
ATGGATGGATGGATGG. Pengulangan ini bisa saja terjadi 1000 kali atau
1002 kali pengulangan atau dan seterusnya yang mana bisa saja setap orang atau
beberapa orang mengalami pengulangan yang berbeda. Variabel tandem repeat ini
ada hubungannya dengan splicing maupun genomic imprinting.
Variabel tandem repeat ini dapat digunakan sebagai marker, memprediksi
bagaimana kemungkinan yang terjadi, gangguan apa saja yang terjadi dan apa
penyakitnya termasuk memprediksi adanya penyakit genetik. Jika didapatkan
pengulangan yang tidak stabil, hal ini diasosiasikan dengan lebih dari 20
kerusakan neurologic yang bermacam-macam.
Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) merupakan variasi normal yang terjadi
pada satu nukleotida. Misalkan pada basa nitrogen yang terletak pada posisi ke
100. Sebagian besar yaitu sekitar 99% orang dari total penduduk dunia diketahui
memiliki basa Adenine (A), sedangkan 1% sisanya didapatkan memiliki basa
nitrogen Timin (T). Kejadian pada 1% orang dari total penduduk dunia ini
merupakan Single Nucleotide Polymorphism (SNP) sedangkan 99% adalah
variasi normalnya.
Kejadian polymorphism ini dapat terjadi atau diturunkan dari pewarisan
ayah atau ibu atau dari keduanya.
Posisi polymorphism dapat terjadi pada coding sequence maupun pada
non coding sequence. Jika polymorphism ini terjadi pada posisi coding sequence,
daerah tersebut akan ditranslasikan menjadi asam amino. Polymorphism ini dapat
berupa synonym atau replacement. Jenis polymorphism synonym yang terjadi
pada coding sequence ini tidak mengubah asam amino hasil sintesis protein
karena nukleotida yang berubah atau berbeda akibat kejadian polymorphism ini
akan tetap mengkode protein yang sama. Sedangkan untuk yang replacement
dibedakan lagi menjadi fungsional dan nonfungsional. Pada repleacement-
fungsional, meskipun terjadi perubahan ekspresi asam amino namun hal ini tidak
menyebabkan perubahan fungsional bagi tubuh kita karena ternyata asam amino
tersebut memiliki fungsi yang sama. Replacement-nonfungsional berkebalikan
dengan repleacement-fungsional dimana pada replacement-nonfungsional terjadi
perubahan fungsi asam amino akibat terjadinya variasi pada sekuens yang
menyebabkan berubahan asam amino dengan fungsi yang berbeda.
Polymorphism pada posisi non coding sequence dapat terjadi pada daerah
yang nantinya tidak diekspresikan dalam proses sintesis protein seperti 5 end, 3
end, intron, regulator, protein activator, enhancer, maupun pada promoter. Efek
yang terjadi akibat polymorphism pada posisi non coding sequence tergantung
pada posisi spesifik di mana polymorphism terjadi, diantaranya dapat berpengaruh
pada splicing, regulasi transkripsi, dan sebagainya. Misalkan jika polymorphism
terjadi pada promoter, protein transkripsi (protein activator) menjadi tidak dapat
menempel atau mengenali promoter yang mana tugasnya adalah menginisiasi
transkripsi. Sehingga sintesis protein tidak dapat terjadi.
Tidak semua polymorphism mengubah fenotype. Polymorphism kaitannya
dengan perjalanan klinik atau penyakit. SNPs diketahui dapat menentukan
pengobatan personal dimana pengobatan tersebut dilakukan berorientasi pada
pasien (pasient-oriented) karena tidak semua orang memiliki efek yang sama pada
pemberian obat yang sama. Selain itu, polymorphism dapat pula digunakan dalam
pemecahan masalah makanan personal. (Robert L. Nussbaum et al, 2007)




DAFTAR PUSTAKA
Nussbaum, Robert L. et al. 2007. Thompson and Thompson Genetics in Medicine
Ed 7. Kanada: Saunders Elsevier.