8.

Aplikasi PCR (Polymerase Chain Reaction)

Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) dapat diaplikasikan ke dalam beberapa
bidang, seperti ke dalam bidang kesehatan, forensik, dan juga penelitian. Berikut adalah
penjabaran lebih lanjut mengenai aplikasi PCR.
8.1. Bidang Kesehatan
8.1.1. Deteksi Penyakit
Dalam bidang kesehatan, PCR merupakan salah satu teknik yang dapat
digunakan untuk mendeteksi berbagai penyakit. Hal ini dimungkinkan karena teknik
PCR dapat mendiagnosis suatu penyakit dalam hitungan jam dengan hasil akurat,
karena PCR dapat mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas
suatu virus yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya. Prinsip dasar dari
konseling genetik dan PCR yang digunakan sebagai bagian dari tes diagnostik untuk
penyakit genetic adalah primer dapat dibuat yang hanya akan mengikat dan
memperkuat alel tertentu gen atau mutasi gen.
Beberapa contoh penyakit yang dapat dideteksi oleh PCR adalah Influenza A
(H1N1), penyakit kelamin seperti gonorrhea; klamidia; dan trikomoniasis vaginal,
Huntingtons Disease (HD), Cystic Fibrosis (CF), dan Human Immunodeficiency
Virus (HIV). DNA dari penderita penyakit tersebut dapat diteksi melalui PCR dan
sequencing (teknik dimana urutan nukleotida yang tepat ditentukan). Pada penyakit
HIV, Tes HIV mengandalkan PCR dengan primer yang hanya akan memperkuat
bagian dari DNA virus yang ditemukan dalam cairan tubuh seseorang yang terinfeksi
HIV. Oleh karena itu, jika terdapat produk PCR ketika pengujian dilakukan, berarti
orang yang diuji cenderung positif HIV. Sementara itu, jika tidak ada produk PCR
berarti orang yang diuji cenderung negatif HIV.
PCR dapat PULA digunakan untuk tes genetic dimana sampel DNA dianalisis
untuk diketahui keberadaan mutasi gen penyakit. Analisis PCR juga esensial terhadap
diagnosis gen preimplantasi dimana sel individu dari embrio yang sedang
berkembang diuji akan keberadaan mutasi. PCR dapat digunakan sebagai bagian dari
tes pengelompokan jaringan yang bersifat sensitif karena sangat vital terhadap
transplantasi organ. Selain itu, tes antibodi untuk golongan darah spesifik yang
biasanya dilakukan bisa diganti dengan tes berdasarkan PCR. Karena kebanyakan
bentuk kanker melibatkan perubahan oncogenes, tes berdasarkan PCR dapat
digunakan untuk mempelajari mutasi tersebut.
8.1.2. Isolasi Gen
Para ahli seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi. Sebagai
contoh, dulu kita harus mengekstrak insulin langsung dari pancreas sapi atau babi,
kemudian menjadikannya obat diabetes, proses yang rumit dan tentu saja mahal serta
memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi tidak benar-benar sama
dengan insulin manusia. Namun, berkat adanya teknologi rekayasa genetik, kini dapat
dilakukan isolasi gen penghasil insulin dari DNA genome manusia, lalu
menyisipkannya ke sel bakteri (dalam hal ini E. coli) agar bakteri dapat memproduksi
insulin juga. Hasilnya insulin yang sama persis dengan yang dihasilkan dalam tubuh
manusia, dan sekarang insulin tinggal diekstrak dari bakteri, lebih cepat, mudah, dan
tentunya lebih murah daripada cara konvensional. Dalam keperluan mengisolasi gen,
diperlukan probe yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang
diinginkan. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang
sesuai dengan gen tersebut.
8.1.3. DNA Sequencing
Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA Sequencing,
dimana metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger (chain
termination method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-dideoxy terminator,
dimana proses awalnya adalah reaksi PCR dengan pereaksi yang agak berbeda, yaitu
hanya menggunakan satu primer (PCR biasa menggunakan 2 primer) dan adanya
tambahan dideoxynucleotide yang dilabel fluorescent. Karena warna fluorescent
untuk setiap basa berbeda, maka urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa
ditentukan.
8.1.4. Transplantasi Organ
PCR juga dapat digunakan sebagai bagian dari tes sensitif dalam tissue typing,
yang merupakan bagian penting dalam transplantasi organ . Pada tahun 2008, bahkan
ada usulan untuk menggantikan tes antibodi berbasis tradisional untuk jenis darah
dengan berbasis tes PCR.
8.1.5. Terapi Sel Kanker
Banyak bentuk kanker melibatkan perubahan terhadap onkogen. Dengan
menggunakan tes berbasis PCR untuk mempelajari mutasi ini, regimen terapi
terkadang dapat secara individual disesuaikan dengan pasien.
8.2.Bidang Forensik
Identifikasi seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban), atau
korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan. Jika identifikasi secara fisik sulit atau
tidak mungkin lagi dilakukan, maka pengujian DNA adalah pilihan yang tepat. DNA
dapat diambil dari bagian tubuh manapun, kemudian dilakukan analisis PCR untuk
mengamplifikasi bagian-bagian tertentu DNA yang disebut fingerprints alias DNA sidik
jari, yaitu bagian yang unik bagi setiap orang. Hasilnya dibandingkan dengan DNA sidik
jari keluarganya yang memiliki pertalian darah, misalnya ibu atau bapak kandung. Jika
memiliki kecocokan yang sangat tinggi maka bisa dipastikan identitas orang yang
dimaksud (Paternity Test).
DNA profilling dengan menggunakan teknik AMP-FLP (Amplified Fragment
Length Polymorphism) memiliki beberapa keunggulan, yaitu lebih cepat dibandingkan
dengan metode analisis dan biaya yang dibutuhkan lebih murah. Teknik ini berdasarkan
pada polimorfisme VNTR untuk membedakan alel yang berbeda. Teknik ini
menggunakan PCR untuk mengamplifikasi daerah VNTR dan kemudian hasil amplifikasi
dipisahkan dengan gel poliakrilamid dan diwarnai dengan teknik silver stained . Salah
satu locus yang sering digunakan dalam teknik ini adalah locus D1S80.
8.3. Bidang Arkeologi
Sejarah kehidupan diketahui telah ada dari sekitar 3,6 milyar tahun yang lalu, dan
sejarah manusia sendiri telah mulai terjadi sejak kurang lebih sekitar 100 ribu tahun yang
lalu. Fosil manusia purba yang tersebar dan telah ditemukan merupakan satu-satunya
peninggalan sejarah yang memungkinkan kita untuk menelusuri sejarah tentang
kehidupan manusia secara hampir mendektai sempurna. Fosil-fosil yang ada mengandung
DNA yang dapat memungkinkan peneliti untuk mengukur dan memperkirakan seberapa
tua peradaban manusia dimulai. Selain manusia, DNA yang terdapat dalam fosil-fosil
hewan dan tumbuhan yang tersebar di dunia juga memungkinkan peneliti untuk
mengukur usia kehidupan dimulai. Metode yang dilakukan untuk mencapai tujuan ini ada
tiga, yakni metode penanggalan radiokarbon, metode termoluminisen, serta metode
penanggalan argon-argon. Untuk tahapan ketiga metode tersebut secara umum dapat
dilihat pada gambar berikut.

Gambar 6. Proses Penanggalan Usia Fosil
Sumber: Nagatomo, 2008