PROTEIN

Teti Estiasih
PERHATIKAN PRODUK PANGAN BERIKUT
Yupi Jelly Keju
Puding
gelatin
Kaldu
ayam
Busa Putih
Telur
Tahu
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
PROTEIN
Seperti polipeptida, protein terdiri dari AA yang
dihubungkan melalui ikatan peptida
Protein dapat mengandung komponen lain
selain AA
Phosphoprotein: mengandung ester fosfat, contoh
kasein dan fosvitin
Glikoprotein: mengandung karbohidrat, contoh
kolagen, protein serum darah, putih telur
Lipoprotein: protein berikatan dengan lipid, misal
HDL-kolesterol
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Protein - ikatan
5 ikatan atau gaya yang menentukan
struktur protein
Ikatan peptida -CO-NH-
Ikatan hidrogen -H------H-
Ikatan disulfida -S-S-
Ikatan ionik Glu----Lis
Gaya hidrofobik Val----Phe
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
STRUKTUR PROTEIN
Struktur Primer
Struktur Sekunder
Struktur Tersier
Struktur Kuarterner
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Protein
Primer
Sekunder
Tersier
Kuaterner
Assembly
Folding
Packing
Interaksi
S

T

R

U

K
T

U

R

P

R

O

S

E


S
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
STRUKTUR PRIMER
Merupakan struktur linear yang
terdiri dari urutan asam amino
yang terikat secara kovalen melalui
ikatan amida yang disebut ikatan
peptida
Ikatan peptida terbentuk antara
karbonil asam amino ke-i dengan
-amino asam amino ke-i+1
dengan melepaskan air
Semua AA dalam konfigurasi L
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Jika jumlah AA dalam protein adalah n maka
akan terdapat ikatan peptida sejumlah n-1
Ujung rantai dengan gugus amino bebas
disebut ujung N atau N-terminal
Ujung rantai dengan gugus karboksil bebas
disebut ujung C atau C-terminal
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
2. Struktur Sekunder
Merupakan struktur ruang dari rantai
polipeptida dalam bentuk keteraturan unit
AA yang berulang
Secara umum ada 2 struktur sekunder:
a. Struktur heliks, yaitu -helix, 3
10-
helix, and -helix
b. Struktur sheet, misal: beta pleated sheet
c. Struktur random coil
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Sekunder
Sifat kimia gugus karboksil dan amino dari
seluruh asam amino memungkinkan
pembentukan ikatan hidrogen yang
membentuk struktur sekunder
Gugus R berpengaruh besar terhadap struktur
sekunder (misal: proline )
Heliks dan beta sheet merupakan struktur
sekunder yang teratur
Struktur sekunder yang tidak teratur ada dan
berpengaruh terhadap fungsi biologis protein
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Sekunder
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
a. Struktur Heliks
Merupakan struktur sekunder yang paling
umum
Biasanya right-handed -helix karena left-
handed -helix tidak sesuai untuk L asam
amino
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
- helix
Bentuk dijaga oleh
ikatan hidrogen
antara gugus C=O
dan N-H dalam
rangka polipeptida
Gugus R
mengarah keluar
From: Elliott, WH. Elliott, DC. (1997) Biochemistry and Molecular
Biology. Oxford: Oxford University Press. p28
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
15
Alpha Heliks
Ada 3.6 residu asam
amino per putaran
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
b. - sheet
Struktur terbentuk
oleh ikatan
hidrogen antara
gugus C=O dan
N-H dalam rantai
polipeptida
Gugus R berada
di atas atau di
bawah rantai
From: Elliott, WH. Elliott, DC. (1997) Biochemistry and Molecular
Biology. Oxford: Oxford University Press. p29
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
17
Beta Sheet
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
ANTIPARALEL PARALEL
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Beta Pleated Sheet
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Pharm201 Lecture 1 2010 20
Beta Sheet
Terbentuk dari rantai-rantai polipeptida yang berdekatan
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
c. Random coil
Tidak benar-benar struktur
acak, tetapi struktur tidak
mempunyai keteraturan atau
mempunyai unit yang
berulang
Random coil suatu protein
mempunyai struktur tertentu
Umumnya mempunyai wilayah
penghubung (connecting loop
region)
Struktur ditentukan oleh ikatan
dari gugus R (tidak selalu
dalam bentuk ikatan hidrogen)
From: Elliott, WH. Elliott, DC. (1997)
Biochemistry and Molecular Biology.
Oxford: Oxford University Press. p27
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Random Coil
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Tersier Protein
Struktur sekunder berlipat dan
mengatur dirinya membentuk struktur
tersier
Biasanya bentuk globular
Struktur tersier distabilisasi oleh ikatan
antara gugud R (rantai samping)
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Jenis Struktur Tersier
Protein serat (fibrillar, fibrous, atau
scleroproteins
Protein globular atau protein yang berlipat
(folded)
Contoh:
Globular: protein putih telur
Serat: protein kolagen
Struktur tersier (spiral: -heliks, panah: pleated sheet) dari
rantai hemoglobin (a), triosephosphate isomerase (b) dan
carboxypeptidase (c)
Struktur Tersier
Non-linear
3 dimensi
Menyeluruh tetapi terbatas
pada satu polimer asam
amino
Terbentuk dan distabilisasi
oleh ikatan hidrogen,
kovalen, gaya hidrofobik
pada bagian dalam dan
bagian hidrofilik di luar
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Tersier
Residu AA hidrofobik di bagian dalam
Residu AA hidrofilik di bagian
permukaan/luar
Ikatan yang menstabilisasi
Ikatan hidrogen
Ikatan disulfida
Ikatan ionik
Gaya hidrofobik
Struktur Tersier - Ikatan Hidrogen
Ikatan hidrogen
bersifat lemah dan
mudah putus
sehingga mudah
mengalami reformasi
Memungkinkan
struktur berubah
Menghasilkan sifat
fungsional molekul
protein
Hydrogen
bond
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur tersier Ikatan disulfida
Ikatan kovalen
antar atom sulfur
pada dua asam
amino sistein
From: Elliott, WH. Elliott, DC. (1997)
Biochemistry and Molecular Biology. Oxford:
Oxford University Press. p32
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Tersier Ikatan Ionik
Ion pada gugus
R membentuk
jembatan garam
(salt bridges)
melalui ikatan
ionik
From: Summerlin, LR. (1981) Chemistry for the Life Sciences. New
York: Random House, p459
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Tersier Gaya Hidrofobik
Gaya tarik antara gugus R
non polar
Sangat lemah akan tetapi
banyak interaksi
hidrofobik yang terjadi
mengakibatkan stabilisasi
struktur
Menolak molekul atau
partikel yang bermuatan
atau polar
Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry
(International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing,
p302
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Pharm201 Lecture 1 2010 32
Klasifikasi berdasarkan
Struktur
Globular
Fibrous/Serat
mioglobin
Kolagen
Bacteriorhodopsin
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Protein Serat
Protein Globbular
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
34
Struktur Kuarterner
Fungsi biologis protein ditentukan oleh beberapa
rantai polipeptida atau protein multimerik
Rantai-rantai protein tersebut dapat bersifat
sejenis (homodimer) atau berbeda (heterodimer)
Interaksi pada struktur kuarterner sama dengan
interaksi yang terdapat pada struktur sekunder
dan tersier
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur kuarterner merupakan pengaturan ruang
protein yang mengandung beberapa rantai
polipeptida
Biasanya dalam bentuk dimer, trimer, tetramer, dll
Rantai polipeptida penyusun struktur kuarterner bisa
bersifat sama (homogen) atau berbeda-beda
(heterogen)
Contoh: laktoglobulin merupakan dimer pada pH
5-8, dan oktamer pada pH 3-5, dan monomer pada
pH di atas 8. rantai polipeptida bersifat
identik/homogen
Contoh: hemoglobin bersifat tetramer yang terdiri
dari dua jenis polipeptida yairu rantai dan
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Kuarterner Hemoglobin
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
Struktur Kuarterner Protein
Pengaturan
beberapa struktur
sekunder menjadi
satu kompleks
protein
Memungkinkan
struktur berubah
sebagai respon
terhadap
lingkungan
From: Elliott, WH. Elliott, DC. (1997) Biochemistry and
Molecular Biology. Oxford: Oxford University Press. p27
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB
TUGAS
1. Mengapa protein membentuk struktur
sekunder, tersier, dan kuarterner?
2. Jika protein dihidrolisis dengan asam, struktur
protein mana yang mengalami kerusakan?
3. Mengapa protein serat bersifat tidak larut air?
4. Apa arti denaturasi?
5. Bagaimana sifat kelarutan protein dalam air jika
terdenaturasi?
6. Bagaimana sifat nutrisi protein jika
terdenaturasi?
Teti Estiasih PS ITP THP FTP - UB