Definisi Replikasi

Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan
sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel atau
perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai proses
replikasi. Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali
pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan
banyak proses yang saling berkaitan satu sama lain. Sel mempunyai mekanisme
replikasi bahan genetik yang dilengkapi dengan system penyutingan (editing) yang
sangat akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan kepada sel anakan (progeny)
mempunyai komposisi yang sangat identik dengan komposisi bahan genetik sel induk.
Replikasi bahan genetik diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yang membawa
duplikat bahan genetik hasil replikasi. Sehingga kesalahan dalam proses replikasi bahan
genetik dapat mengakibatkan perubahan pada sifasifat sel anakan.


Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak protein
yang masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat di dalam
proses replikasi bahan genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan
genetik itu sendiri. Oleh karena itu, ada kaitan fungsional yang sangat erat dan tidak
terpisahkan antara proses replikasi bahan genetik dengan proses ekspresi genetik dan
metabolisme sel secara keseluruhan. Hambatan yang terjadi pada proses metabolisme,
misalnya penghambatan produksi energy, dapat pula mempengaruhi proses replikasi
karena replikasi juga memerlukan pasokan energy.


Hipotesis Mekanisme Replikasi DNA
Sebelum mekanisme replikasi DNA dapat dibuktikan secara eksperimental oleh Matthew
dan Franklin Sthal pada tahun 1958, ada tiga hipotesis yang berkembang mengenai
mekanisme replikasi DNA, antara lain model replikasi secara:
1. Semikonservatif yang dikemukakan oleh Watson dan Crick, dimana setiap molekul
untaian ganda DNA anakan terdiri atas satu untaian-tunggal DNA induk dan satu
untaian-tunggal DNA hasil sintesis baru.
2. Konservatif. Molekul DNA untaian-ganda induk tetap bergabung sedangkan kedua
untaian DNA anakan terdiri atas molekul hasil sintesis baru.
3. Dispersif, menyatakan bahwa molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga
DNA anakan terdiri atas campuran molekul lama (berasal dari DNA induk) dan
molekul hasil sintesis baru.

Gambar macam-macam hipotesis mekanisme replikasi DNA


Pembuktian Replikasi Semikomservatif oleh Mattew
Meselson dan Franklin Stahl
Hipotesa tentang replikasi semikonservatif diusulkan oleh Watson dan Crick setelah
publikasi paper mereka tentang stuktur DNA; teori tersebut dibuktikan percobaan yang
didesign oleh Mattew Meselson dan Franklin Stahl pada tahun 1958. Meselson dan
Stahl menumbuhkan sel Escherichia coli selama beberapa generasi pada medium
dimana sumber nitrogen (NH4Cl) mengandung 15N, isotop nitrogen terberat disamping
isotop normal, yakni 14N. DNA yang terisolasi dari sel ini memiliki densitas 1% lebih
besar dari pada DNA normal DNA[14N]. Meskipun perbedaannya kecil, campuran
[15N]DNA berat dengan [14N]DNA ringan dapat dipisahkan dengan sentrifugasi untuk
keseimbangan pada garadien densitas klorida sesium.

Sel E.coli yang berkembang pada medium 15N ditransfer ke medium baru yang hanya
mengandung isotop 14N, dimana sel-sel tersebut dibiarkan berkembang sampai
populasi sel menjadi berlipat ganda. DNA yang terisolasi dari generasi pertama sel
membentuk pita tunggal pada gradient CsCl pada posisi yang mengindikasikan bahwa
DNA helik ganda dari sel turunan merupakan hibrida yang mengandung satu strand 14N
baru dan satu stran 15N inang.

Hasil ini menumbangkan replikasi konservatif, hipotesis lain dimana satu turunan
molekul DNA akan terdiri dari dua strand DNA hasil sintesa baru dan yang lainnya akan
mengandung dua strand inang, sementara tidak akan dihasilakan molekul DNA hybrid
pada percobaan Meselson-Stahl. Hipotesis replikasi semikonservatif kemudian
mendukung langkah selanjutnya pada percobaan. Pada medium 14N, sel dibiarkan
mengganda, dan produk hasil DNA dari lingkaran kedua replikasi ini menunjukan dua
pita, satu memiliki densitas yang sama dengan DNA ringan dan yang lainnya memiliki
densitas DNA hybrid yang diamati sel pertama menggandakan diri. Hasil eksperimen
seperti gambar dibawah ini:


Meskipun demikian, bukti-bukti baru menunjukkan adanya penyimpangan dari teori
replikasi semacam ini. Diketahui bahwa mekanisme replikasi DNA pada virus tertentu,
misalnya virus X174, yang genomnya berupa DNA untaian-tunggal, melibatkan
tahapan proses replikasi DNA dengan mekanisme yang berbeda yaitu dengan model
konservatif, meskipun hanya pada tahapan tertentu.


Mekanisme Replikasi DNA Semi-Konservatif
Tahapan mekanisme replikasi DNA semikonservatif secara garis besar adalah:
1. pemisahan (denaturation, denaturasi) untaian DNA induk,
2. peng-awal-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA,
3. pemanjangan (elongation, elongasi) untaian DNA,
4. ligasi (ligation) fragmen-fragmen DNA, dan
5. peng-akhir-an (termination, terminasi) sintesis DNA.

Gambar mekanisme replikasi DNA semikonservatif

Penjelasan tahapan replikasi DNA semikonservatif secara
SINGKAT

keterangan: (1) Lagging strand; (2) Leading strand; (3) DNA polimerase; (4) Enzim DNA
ligase; (5) Primer; (6) Primase; (7) Fragmen Okazaki (8) Molekul DNA polymerase;
(9) Enzim helikase; (10) Protein pengikat untaian tunggal; (11) Topoisomerase


1. Heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim helikase (9)
dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA.
2. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.
3. Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5)
4. Molekul DNA polimerase (3) & (8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak
sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA
baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1).
5. DNA polimerase yang membentuk lagging strand mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)).
6. Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan lagging strand.


Penjelasan tahapan replikasi DNA semikonservatif
secaraRINCI
1. Inisiasi, DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously replicating
sequence) yang berperan sebagai asal muasal replikasi dan mereka saling berlawanan
dari asal bakterial (ORI). ARCs terdiri atas 11 pasangan landasan rentetan tambah dua
atau tiga rentetan nucleotida pendek tambahan dengan 100 hingga 200 pasangan
landasan sepanjang area DNA. Grup utama dari enam protein, secara kolektif dikenal
dikenal sebagai ORC (Origin Recognition Complex), mengikat asal muasal replikasi,
menandai replikasi DNA dengan tepat pada saat waktu yang sesuai melalui siklus sel.
Pengenalan situs awal replikasi, oleh suatu protein komponen polymerase DnaA yang
dihasilkan oleh gen dnaA.

2. Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork)
ialah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat
enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian
DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-
masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut
menjadi cetakan untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan
nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
memperpanjang oligonukleotida (RNA) yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut
primer.

3. Pemanjangan Untaian DNA. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
menambahkan nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3 hidroksil bebas
nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru (DNA
anak) disintesis dari arah 53, sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA
induk dengan arah 35. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu
replikasi berorientasi 35, sementara untaian lainnya berorientasi 53, dan helikase
bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 53. Oleh karena itu, replikasi
harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

4. Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand)
ialah untaian DNA disintesis dengan arah 53 secara berkesinambungan. Pada
untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3-OH bebas
dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan,
searah dengan arah pergerakan garpu replikasi.

5. Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi
yang berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis
dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Panjang fragmen okazaki
mencapai sekitar 2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel bakterial dan sekitar 200
panjang nukelotides dalam sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini, primase membentuk
primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3 bebas
pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 53. Fragmen primer
RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan
deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh
RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga
sintesis lagging strand menjadi lengkap.

DNA polymerases tidak mampu mengisi ikatan covalent yang hilang. Celah yang
tersisa direkat oleh DNA ligase. Enzim ini mengkatalis pembentukan ikatan
phosphodiester antara 3 OH dari salah satu helaian dari 5-P dari helaian yang
lain.DNA ligase diaktifkan oleh AMP (adenosine monophosphate) sebagai cofactor
(faktor pengendali). Dalam E.coli, AMP dibawa dari nucleotide NAD+. Dalam sel-sel
eukaryotik, AMP ditandai dari ATP. Ligase-ligase tidak dilibatkan dalam pemanjangan
rantai; melainkan, mereka berperan pemasang enzim-enzim untuk perekatan celah
melalui molekul DNA.

6. Modifikasi Post-Replikasi DNA, Setelah DNA direplikasikan, dua helaian tersintesis
terbaru dipasangkan ke modifikasi enzimatik. Perubahan-perubahan ini biasanya
melibatkan penambahan molekul-molekul tertentu untuk mengkhususkan titik-titik
sepanjang helix ganda. Pada cara ini, tags sel, atau label-label, DNA, sehingga ini bisa
membedakan material genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing yang mungkin bisa
masuk ke dalam sel. Modifikasi post-replikasi DNA mungkin juga mempengaruhi cara
molekul diikat. DNA merupakan faktor utama modifikasi dengan penambahan kelompok
methyl ke beberapa adenine dan residu-residu cytosine. Grup methyl ditambahkan oleh
DNA methylasess setelah nucleotides telah digabungkan dengan DNA polymerases.

Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine dan methylasi dari
adenine membentuk 6-methyladine. Methyladine lebih umum daripada methylcytosine
dalam sel-sel bakterial, di mana dalam sel-sel eukaryotik, grup methyl paling banyak
ditambahkan ke cytosine. Methylase muncul hanya pada beberapa rentetan nucleotide
khusus. Dalam sel-sel eukaryotik, sebagai contoh, methylasi secara umum muncul pada
saat cytosine berdampingan ke guanine di sisi 3-OH (5 P-CG-3OH).Pola methylasi
bersifat spesifik untuk spesies yang diberikan, berperan seperti tanda tangan untuk DNA
spesies tersebut. Hal ini patut diperhatikan karena grup methy melindungi DNA melawan
perlawanan enzim-enzim tertentu disebut restriction endonucleases Oleh karena itu
DNA asing melalui sebuah sel dicerna dengan restriction endonucleases. Dalam sel
tertentu, restriction endonucleases bisa memotong DNA di titik khusus tertentu di mana
DNA methylase menambah sebuah grup methyl.

Pola methylasi melindungi DNA dari cernaan oleh sel yang memiliki endonucleases tapi
tidak melawan pembatasan enzim-enzim yang diproduksi sel-sel spesies yang lain.
Pembatasan ini menyederhanakan pertukaran DNA antar sel dari spesies yang
diproduksi sel-sel spesies yang berbeda. Methylasi DNA pada titik-titik tertentu mungkin
akan berakhir pada konversi terdekat dari B-DNA ke bentuk-bentuk Z-DNA. Dalam
bentuk B-DNA, grup-grup hydropholic methyl dari alur utama, menghasilkan pengaturan
yang tepat. Dengan mengubahnya ke bentuk Z, grup-grup methyl membentuk area
hydropholik yang membantu menstabilkan DNA. Konversi lokal ini (dari B-DNA ke Z-
DNA) mungkin mempengaruhi fungsi beberapa gen.


Enzim-enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA
No. Nama Enzim Keterangan Fungsi
1 Helikase
(DnaB)
memutuskan ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan
kedua untaian DNA sehingga terbentuk garpu/cabang
replikasi
2 Topoisomerase mengurangi ketegangan superheliks DNA dengan
menciptakan istirahat sementara pada satu atau kedua
untai DNA
3 Primase mensintesis RNA-primer
menghentikan perkembangan garpu/cabang replikasi
untuk mencegah leading strand melampaui lagging strand
mengawali pembentukan DNA baru pada leading strand
atau DNA fragmen Okazaki pada lagging strand oleh DNA
Polimerase
4 DNA
polimerase
enzim utama yang mengkatalisi proses polimerisasi
nukleotida menjadi untaian DNA
menambahkan nukleotida bebas hanya pada ujung 3' dari
rantai yang baru terbentuk, sehingga terjadinya elongasi
(pemanjangan) pada rantai baru dengan arah dari ujung 5'
ke ujung 3'.
menggunakan gugus OH 3' bebas pada RNA-primer
untuk mensintesis DNA dengan arah 5'3'
hanya bisa menambahkan nukleotida ke ujung 3' yang
sudah ada, karena itu butuh primer sehingga nukleotida
dapat ditambahkan
5 DNA ligase menggabung fragmen-fragmen okazaki (lagging strand)
saat proses replikasi
menyambung potongan-potongan DNA yang baru
disintesis