Bagian ke-2: Protein dan enzim

PROTEIN DAN ENZIM

Disajikan sebagai Bahan Kuliah Biokimia bagi Mahasiswa D III
Kebidanan
Penyusun
!e"u #an$oso %ahi$o Nug"oho& #'Ke('& Ns'& M'M'Kes
Tele)on
*+,-./,-/0/ 1"umah2& *34++,-,4/-5 1mobile2& *+,4.36,-45
1kan$o"2
E.mail
he"uswn7yahoo'8o'id a$au he"uswn7$elkom'ne$
websi$e
www'he"uswn'$ea8h.nology'8om
Re)e"ensi
Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell V, 2!!", Biokimia !a"(e",
#disi $$V, Pener%ema& 'artono Andry, (akarta: #G)
*tryer +, ,--., Biokimia, #disi /V, Pener%ema&: *adikin dkk 01im
Pener%ema& Bagian Biokimia 2K3/4, (akarta: #G)
www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The
Biology P"oje8$.Bio8hemis$"y, #disi: 29 (anuari 2!!"
www56iowe65wku5edu78ourses7B/:+,,;7yatt7Bio8&em7meta6olism5&tm,
%K9 BIO 44+.:hemis$"y
;ungsi ("o$ein
Protein memegang <eranan <enting dalam 6er6agai <roses 6iologi5
Peran-<eran terse6ut antara lain:
,5 Katalisis enzimatik
'am<ir semua reaksi kimia dalam sistem 6iologi dikatalisis ole& enzim
dan &am<ir semua enzim adala& <rotein5
25 1rans<ortasi dan <enyim<anan
Ber6agai molekul ke8il dan ion-ion ditans<ort ole& <rotein s<esi=k5
Misalnya trans<ortasi oksigen di dalam eritrosit ole& &emoglo6in dan
trans<ortasi oksigen di dalam otot ole& mioglo6in5
"5 Koordinasi gerak
Kontraksi otot da<at ter%adi karena <ergeseran dua =lamen <rotein5
)onto& lainnya adala& <ergerakan kromosom saat <roses mitosis dan
<ergerakan s<erma ole& >agela5
?5 Penun%ang mekanis
Ketegangan kulit dan tulang dise6a6kan ole& kolagen yang
meru<akan <rotein =6rosa
;5 Proteksi imun
Anti6odi meru<akan <rotein yang sangat s<esi=k dan da<at mengenal
serta 6erkom6inasi dengan 6enda asing se<erti @irus, 6akteri dan sel
dari organisma lain5
.5 Mem6angkitkan dan meng&antarkan im<uls saraA
, Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
Res<on sel saraA ter&ada< rangsang s<esi=k di<erantarai ole& ole&
<rotein rese<tor5 Misalnya rodo<sin adala& <rotein yang sensitiA
ter&ada< 8a&aya ditemukan <ada sel 6atang retina5 )onto& lainnya
adala& <rotein rese<tor <ada sina<sis
B5 Pengaturan <ertum6u&an dan diAerensiasi
Pada organisme tingkat tinggi, <ertum6u&an dan diAerensiasi diatur
ole& <rotein Aaktor <ertum6u&an5 Misalnya Aaktor <ertum6u&an saraA
mengendalikan <ertum6u&an %aringan saraA5 *elain itu, 6anyak
&ormon meru<akan <rotein5
Kom(onen (enyusun ("o$ein
3nit dasar <enyusun struktur <rotein adala& asam amino5 Dengan kata
lain <rotein tersusun atas asam-asam amino yang saling 6erikatan5
#$"uk$u" asam amino
*uatu asam amino-C terdiri atas:
,5 Atom ) C5 Dise6ut C karena 6erse6ela&an dengan gugus kar6oksil
0asam45
25 Atom ' yang terikat <ada atom ) C5
"5 Gugus kar6oksil yang terikat <ada atom ) C5
?5 Gugus amino yang terikat <ada atom ) C5
;5 Gugus R yang %uga terikat <ada atom ) C5
Agar le6i& %elas da<at Anda 8ermati Gam6ar 25, 6erikut5
Gam6ar 25,
*truktur asam amino C
*um6er: www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The Biology
P"oje8$.Bio8hemis$"y
Ma8am asam amino
Ada 2! ma8am asam amino, yang masing-masing ditentukan ole& %enis
gugus R atau rantai sam<ing dari asam amino5 (ika gugus R 6er6eda
maka %enis asam amino 6er6eda5 )onto&nya ada <ada Gam6ar 2525 Dari
gam6ar terse6ut tam<ak 6a&wa asam amino serin, asam as<artat dan
leusin memiliki <er6edaan &anya <ada %enis gugus R sa%a5
2 Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
Gam6ar252
)onto& struktur dari 6e6era<a asam amino
*um6er: www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The Biology
P"oje8$.Bio8hemis$"y
Gugus R dari asam amino 6er@ariasi dalam &al ukuran, 6entuk, muatan,
ka<asitas <engikatan &idrogen serta reakti@itas kimia5 Kedua<ulu&
ma8am asam amino ini tidak <erna& 6eru6a&5 Asam amino yang <aling
seder&ana adala& glisin dengan atom ' se6agai rantai sam<ing5
Berikutnya adala& alanin dengan gugus metil 0-)'
"
4 se6agai rantai
sam<ing5 3ntuk selan%utnya, da<at Anda 8ermati nama dan struktur dari
2! ma8am asam amino <ada 1a6el 25, dan Gam6ar 25"5
1a6el 25,
Dama-nama asam amino
No Nama #ingka$an
,
2
"
?
;
.
B
9
-
,!
,,
,2
,"
,?
,;
,.
,B
,9
,-
2!
Alanin 0alanine4
Arginin 0arginine4
As<aragin 0as<aragine4
Asam as<artat 0as<arti8
a8id4
*istein 08ystine4
Glutamin 0Glutamine4
Asam glutamat 0glutami8
a8id4
Glisin 0Gly8ine4
'istidin 0&istidine4
/soleusin 0isoleu8ine4
+eusin 0leu8ine4
+isin 0+ysine4
Metionin 0met&ionine4
2enilalanin 0<&enilalanine4
Prolin 0<roline4
*erin 0*erine4
1reonin 01&reonine4
1ri<toAan 01ry<to<&an4
1irosin 0tyrosine4
Valin 0@aline4
Ala
Arg
Asn
As<
)ys
Gln
Glu
Gly
'is
/le
+eu
+ys
Met
P&e
Pro
*er
1&r
1r<
1yr
Val
" Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
Alanin
Arginin
As<aragin 0as<aragine4
? Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
Asam as<artat 0as<arti8 a8id4
*istein 08ystine4
Glutamin 0Glutamine4
; Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
Asam glutamat 0glutami8 a8id4
Glisin 0Gly8ine4
'istidin 0&istidine4
/soleusin 0isoleu8ine4
. Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
+eusin 0leu8ine4
+isin 0+ysine4
B Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
Metionin 0met&ionine4
2enilalanin 0<&enilalanine4
Prolin 0<roline4
*erin 0*erine4
9 Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
1reonin 01&reonine4
1ri<toAan 01ry<to<&an4
1irosin 0tyrosine4
- Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
Valin 0@aline4
Gam6ar 25"
*truktur 2! ma8am asam amino
*um6er: www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The Biology
P"oje8$.Bio8hemis$"y
Ika$an (e($ida
Kedua <ulu& ma8am asam amino saling 6erikatan, dengan urutan yang
6eraneka ragam untuk mem6entuk <rotein5 Proses <em6entukan <rotein
dari asam-asam amino ini dinamakan sintesis <rotein5 /katan antara asam
amino yang satu dengan lainnya dise6ut ikatan <e<tida5 /katan <e<tida
ini da<at dise6ut %uga se6agai ikatan amida5
)o6a Anda <ela%ari kem6ali struktur dasar asam amino5 Pada <rotein atau
rantai asam amino, gugus kar6oksil 0-)::'4 6erikatan dengan gugus
amino 0-D'
2
45 *etia< ter6entuk satu ikatan <e<tida, dikeluarkan , molekul
air 0'
2
:45 Agar le6i& %elas, 8o6a Anda 8ermati Gam6ar 25?5
,! Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
Gam6ar 25?
Pem6entukan ikatan <e<tida
*um6er: www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The Biology
P"oje8$.Bio8hemis$"y
Soal Latihan:
Pada gambar berikut, ikatan peptida ditunjukkan oleh nomor berapa
saja?
#$"uk$u" a"si$ek$u" ("o$ein
Ada ? tingkat struktur <rotein yaitu struktur <rimer, struktur sekunder,
struktur tersier dan struktur kuartener5
,5 *truktur <rimer
*truktur <rimer adala& urutan asam-asam amino yang mem6entuk
rantai <oli<e<tida 0Gam6ar 25;45
Gam6ar 25;
*truktur <rimer <rotein
*um6er: www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The Biology
P"oje8$.Bio8hemis$"y
,, Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
25 *truktur sekunder
*truktur sekunder <rotein 6ersiAat reguler, <ola li<atan 6erulang dari
rangka <rotein5 Dua <ola ter6anyak adala& al<&a &eliE dan 6eta s&eet5
+i&at Gam6ar 25.5
Gam6ar 25.
Al<&a &eliE dan 6eta s&eet se6agai struktur sekunder <rotein
*um6er: www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The Biology
P"oje8$.Bio8hemis$"y
"5 *truktur tersier
*truktur tersier <rotein adala& li<atan se8ara keseluru&an dari rantai
<oli<e<tida se&ingga mem6entuk struktur " dimensi tertentu5 *e6agai
8onto&, struktur tersier enzim sering <adat, 6er6entuk glo6uler5 +i&at
8onto& Gam6ar 25B5

Gam6ar 25B
*truktur tersier dari <rotein enzim triosa AosAat isomerase 01P/4
?5 *truktur kuartener
Be6era<a <rotein tersusun atas le6i& dari satu rantai <oli<e<tida5
*truktur kuartener menggam6arkan su6unit-su6unit yang 6er6eda
di<ak 6ersama-sama mem6entuk struktur <rotein5 *e6agai 8onto&
adala& molekul &emoglo6in manusia yang tersusun atas ? su6unit,
yang di<a<arkan <ada Gam6ar 2595
Gam6ar 259
,2 Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
*truktur &emoglo6in yang meru<akan struktur kuartener <rotein
*um6er: www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The Biology
P"oje8$.Bio8hemis$"y
Penge"$ian en<im
#nzim meru<akan katalis dalam sistem 6iologi5 Masi& ingatka& Anda a<a
yang dimaksud dengan katalisF Katalis adala& molekul yang 6erAungsi
mem<er8e<at reaksi kimia5 'am<ir semua enzim meru<akan <rotein5
Dua siAat <enting enzim adala& memiliki daya katalitik yang sangat 6esar
dan sangat s<esi=k5
Daya ka$ali$ik en<im
Daya katalitik enzim sangat 6esar, yaitu mam<u mem<er8e<at reaksi
kimia minimal se%uta kali5 1an<a enzim, ke8e<atan se6agian 6esar reaksi
kimia di dalam sistem 6iologi sangatla& renda& se&ingga tak da<at
diukur5 Ba&kan reaksi yang seder&ana sekali<un se<erti &idrasi ):
2
&arus
dikatalisis ole& enzim kar6onat an&idrase5
Kar6onat an&idrase
):
2
G '
2
: HHHHHHHHHI '
2
):
"
#(esi=$as en<im
#nzim sangat s<esi=k, 6aik ter&ada< ter&ada< %enis reaksi yang
dikatalisisnya mau<un ter&ada< su6strat atau reaktan yang diola&nya5
Gam6aran s<esi=tas enzim ter8antum <ada Gam6ar 25-5 *atu enzim
6iasanya mengkatalisis satu %enis reaksi kimia sa%a, atau se<erangkat
reaksi yang se%enis5 Dalam reaksi enzimatik sangat %arang ter%adi reaksi
sam<ingan yang menye6a6kan ter6entuknya &asil sam<ingan yang tak
6erguna5
Gam6ar 25-
Model s<esi=tas enzim ter&ada< su6strat dan reaksi tertentu
*um6er: www56iowe65wku5edu78ourses7B/:+,,;7yatt7Bio8&em7meta6olism5&tm, %K9
BIO 44+.:hemis$"y

Kom(leks en<im.subs$"a$
," Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
*e6agian 6esar daya katalitik enzim 6erasal dari kemam<uan enzim
menem<atkan su6strat ke dalam kedudukan yang menguntungkan <ada
kom<leks enzim-su6strat5 #nzim memiliki situs aktiA, yaitu tem<at
tertentu <ada molekul enzim untuk mengikat su6strat5 #mil 2is8&er
mengum<amakan su6strat dan situs aktiA se6agai anak kun8i dan kun8i5
+i&at Gam6ar 25,! untuk ilustrasi le6i& %elas5
Gam6ar 25,!
*um6er: www56iology5arizona5edu76io8&emistry76io8&emistry5&tml, 2!!", The Biology
P"oje8$.Bio8hemis$"y
Klasi=kasi en<im
#nzim diklasi=kasikan 6erdasarkan ti<e reaksi dan mekanisme reaksi
yang dikatalisis5 Pada awalnya &anya ada 6e6era<a enzim yang dikenal,
dan ke6anyakan mengkatalisis reaksi &idrolisis ikatan ko@alen5 *emua
enzim ini diidenti=kasi dengan menam6a&kan ak&iran Jase <ada nama
su6stansi atau su6strat yang di&idrolisis5 )onto&: li<ase meng&idrolisis
li<id, amilase meng&idrolisis amilum, <rotease meng&idrolisis <rotein5
Pemakaian <enamaan terse6ut ter6ukti tidak memadai karena 6anyak
enzim mengkatalisis su6strat yang sama teta<i dengan reaksi yang
6er6eda5 )onto&nya ada enzim yang megkatalisis reaksi reduksi
ter&ada< Aungsi alko&ol gula dan ada <ula yang mengkatalisis reaksi
oksidasi <ada su6strat yang sama5
*istem <enamaan enzim sekarang teta< menggunakan Jase, namun
ditam6a&kan <ada %enis reaksi yang dikatalisisnya5 )onto&: enzim
de&idrogenase mengkatalisis reaksi <engeluaran &idrogen, enzim
transAerase mengkatalisis <eminda&an gugus tertentu5 3ntuk
meng&indari kesulitan <enamaan karena semakin 6anyak ditemukan
enzim yang 6aru, maka International Union of Biochemistry IUB! tela&
mengado<si sistem <enamaan yang kom<leks teta<i tidak meragukan
6erdasarkan mekanisme reaksi5 Damun sam<ai sekarang masi& 6anyak
6uku-6uku yang masi& menggunakan sistem <enamaan lama yang le6i&
<endek5
,? Biokimia-Program D" Ke6idanan
Bagian ke-2: Protein dan enzim
*e8ara ringkas, sistem <enamaan enzim menurut IUB di%elaskan se6agai
6erikut:
,5 Reaksi dan enzim yang mengkatalisis mem6entuk . kelas, masing-
masing mem<unyai ?-," su6kelas
25 Dama enzim terdiri atas 2 6agian, <ertama menun%ukkan su6strat
dan kedua ditam6a& dengan Jase yang menun%ukkan ti<e reaksi
yang dikatalisis5 )onto&: &eksosa isomerase 0su6srat: &eksosa
dengan reaksi isomerase45
"5 (ika di<erlukan, ditam6a& dengan inAormasi tam6a&an tentang
reaksi dalam tanda kurung di 6agian ak&ir nama5 )onto&: ,5,5,5"B
+-malat:DAD
G
oksidoreduktase 0dekar6oksilasi45
?5 *etia< enzim mem<unyai nomor kode 0#)4 yang terdiri atas:
- Digit <ertama : kelas ti<e reaksi
- Digit kedua : su6kelas ti<e reaksi
- Digit ketiga : su6su6kelas ti<e reaksi
- Digit keem<at : untuk enzim s<esi=k
)onto&: 25B5,5, diuraikan men%adi:
- Kelas 2 : transAerase
- *u6kelas B : transAer AosAat
- *u6su6kelas , : alko&ol meru<akan akse<tor AosAat
- #nzim s<esi=k , : &eksokinase atau A1P:D-&eksosa .-
AosAotransAerase
*uatu enzim yang mengkatalisis <eminda&an AosAat dari A1P ke
gugus &idroksil atom ) ke enam molekul glukosa5
Koen<im
Banyak enzim yang memerlukan koenzim untuk da<at 6erAungsi aktiA
se6agai katalisator5 Koenzim akan mem<er6esar kemam<uan katalitik
suatu enzim se&ingga %au& mele6i&i kemam<uan yang ditawarkan5
Koenzim yang 6erikatan se8ara erat dengan enzim melalui ikatan ko@alen
atau non ko@alen sering dise6ut se6agai gugus ("os$e$ik5 Reaksi-reaksi
yang memerlukan koenzim antara lain: reaksi oksidoreduksi,
<eminda&an gugus serta isomerisasi, dan reaksi yang mem6entuk ikatan
ko@alen5
,; Biokimia-Program D" Ke6idanan