Secara morfologis, jamur dapat ditentukan dengan melihat bentuk srukturnya
menggunakan mikroskop, dengan demikian identifikasi dan klsifikasi dapat ditentukan, secara fisual. Jamur dilihat seperti kapas atau benang berwarna, atau tidak berwarna, yang disebabkan karena adanya miselia dan spora. Miselia terbentuk dengan adanya hifa, baik yang bersepta atau yang tidak bersepta. Secara umum, jamur tidak memiliki klorofil, sel pada jamur ada yang uniseluler, ada pula yang mutiseluler. Dinding sel pada jamur terdiri dari kitin. Jamur multiseluler terbentuk dari rangkaian sel membentuk benang seperti kapas, yang disebut benang hifa. Hifa memiliki sekat-sekat yang melintang, tiap-tiap sekat memiliki satu sel, dengan satu atau beberapa inti sel. Namun adapula hifa yang tidak memiliki sekat melintang, yang mengandung banyak inti dan disebut senositik. Ada tidaknya sekat pada hifa ini dijadikan dasar dalam penggolongan jamur. Hifa ada yang berfungsi sebagai pembentuk alat reproduksi. Ada pula hifa yang tumbuh menjadi konidiofor yang artinya pembawa konidia, yang dapat menghasilkan konidium. Jamur uniseluler berkembang biak dengan dua cara yaitu dengan cara seksual dan aseksual. Pada perkembangbiakannya yang secara seksual jamur membentuk tunas, sedangkan secara aseksual jamur membentuk spora askus. Jamur multiseluler berkembang biak dengan cara aseksual, yaitu dengan cara memutuskan benang hifa (fragmentasi), membentuk spora aseksual yaitu zoospora, endospora dan konidia. Sedangkan perkembangbiakan secara seksual melalui peleburan antara inti jantan dan inti betina sehingga terbentuk spora askus atau spora basidium. Jamur dibedakan menjadi dua golongan yaitu kapang dan khamir. Kapang merupakan jamur yang berfilamen atau mempunyai miselium. Kapang dapat dibedakan menjadi dua kelompok berdasarkan struktur hifa, yaitu hifa tidak bersekat atau nonseptat dan hifa bersekat atau septat yang membagi hifa dalam mangan-mangan, dimana setiap mangan mempunyai inti satu atau lebih. Dinding penyekat pada kapang disebut dengan septum yang tidak tertutup rapat sehingga sitoplasma masih dapat bebas bergerak dari satu ruang ke ruang lainnya. Kapang bersepta yaitu terutama kelas Ascomycetes. Sedangkan kapang tak bersepta yakni kelas Phycomycetes. Kapang yang tak bersepta intinya tersebar disepanjang septa (Waluyo & Lud 2007). Khamir merupakan fungi bersel tunggal dan tidak berfilamen. Khamir mempunyai sel yang lebih besar daripada kebanyakan bakteri, tetapi khamir yang paling kecil tidak sebesar bakteri yang terbesar. Khamir sangat beragam ukurannya, berkisar antara 1-5 m lebarnya dan panjangnya dari 5-30 m atau lebih. Biasanya berbentuk telur,tetapi beberapa ada yang memanjang atau berbentuk bola. Setiap spesies mempunyai bentuk yang khas, namun sekalipun dalam biakan murni terdapat variasi yang luas dalam hal ukuran dan bentuk. Sel-sel individu, tergantung kepada umur dan lingkungannya. Khamir tidak dilengkapi flagellum atau organ-organ penggerak lainnya (Coyne & Mark 1999). Khamir pada umumnya diklasifikasikan berdasarkan sifat-sifat fisiologinya, dan tidak atas perbedaan morfologinya seperti pada kapang. Beberapa khamir tidak membentuk spora (asporogenous) dan digolongkan ke dalam Fungi Imperfekti, dan yang lainnya membentuk spora seksual sehingga digolongkan ke dalam Ascomycetes dan Basidiomycetes. Hasil isolasi dan morfologi jamur, setelah sampel jamur oncom melewati masa inkubasi selama 2x24 jam, membuktikan bahwa oncom tergolong ke dalam kelompok kapang. Hal tersebut dapat dilihat dari banyaknya mikroorganisme yang tumbuh dalam media PDA. Menurut Dwidjoseputro (2003), jamur oncom (Neurospora sithophila) digolongkan ke dalam kelompok ascomycota. Adapun ciri-ciri jamur yang tergolong ke dalam kelompok jamur ascomycotina yaitu hifa pada jamur ascomycota bersekat, sebagian membentuk tubuh buah seperti mangkuk, bulat, atau lonjong, ada pula yang tidak membentuk tubuh buah, habitat dari jamur ascomycota yaitu tumbuh di tanah lembap, sisa-sisa organisme, selain itu, jamur yang tergolong ke dalam ascomycota berperan sebagai parasit tumbuhan dan hewan laut dan bersimbiosis dengan ganggang membentuk lumut kerak. Berdasarkan hasil percobaan yang dapat dilihat pada Tabel 1 menunjukkan bahwa jamur oncom yang diamati dengan menggunakan mikroskop membentuk warna merah- orange. Dari hasil pengamatan dengan menggunakan mikroskop dapat dilihat struktur dari jamur oncom (Neurospora sithophila) yaitu berupa hifa vegetatif yang berupa konidia yang berada pada ujung konidiofor. Dari hasil pengamatan juga terlihat bahwa, jamur oncom memiliki hifa, dan kumpulan hifa yang membentuk miselium.