Anda di halaman 1dari 54
DRH.M. Isa, M. Si ASAM NUKLEAT
DRH.M. Isa, M. Si
ASAM NUKLEAT
Kegunaan Biomedis • Sebagai sumber energi (ATP dll) • Bagian dari koenzim • Sebagai regulator dan
Kegunaan Biomedis
• Sebagai sumber energi (ATP dll)
• Bagian dari koenzim
• Sebagai regulator dan 2 nd messenger
(cAMP dan cGMP)
• Sebagai penyusun RNA dan DNA
   

ASAM NUKLEAT

Asam nukleat atau asam inti, dikatakan demikian karena asam tersebut pertama

 

kali diketemukan didalam inti sel

Didalam inti sel asam nukleat ada dalam bentuk: DNA dan RNA

DNA (Deoksiribo Nukleic Acid) merupakan bahan genetik yang disebut Gen

RNA (Ribo Nukleic Acid) merupakan bahan cetakan (template) informasi gene

   
MACAM ASAM NUKLEAT • DNA (deoksiribonucleic acid) • RNA (ribonucleic acid • DNA: Pentosa: deoksiribosa •
MACAM ASAM NUKLEAT
• DNA (deoksiribonucleic acid)
• RNA (ribonucleic acid
• DNA: Pentosa: deoksiribosa
• Basa: adenin, guanin, sitosin, timin
RNA: Pentosa: ribosa
• Basa: adenin, guanin, sitosin, urasil
ASAM NUKLEAT
ASAM NUKLEAT
A T C G T A C G A T G C T A
A
T
C
G
T
A
C
G
A
T
G
C
T
A
Asam nukleat (nukleoprotein) Enzim proteolitik di usus Asam nukleat nukleotida Nuklease (DNAase & RNAase) digetah pankreas
Asam nukleat (nukleoprotein)
Enzim proteolitik di usus
Asam nukleat
nukleotida
Nuklease (DNAase & RNAase) digetah pankreas
Polinukleiotidase=fosfoesterase di usus
mononukleotida
Nukleiotidase & fosfatase
nukleiosida
Fosforilase di usus
Basa purin dan pirimidin
Asam urat
guanin
adenosin
urine
Inosin,hipoxantin
xantin
Asam urat
Absorbsi di
usus
eksresi
asam nukleat • Berperanan utama pada penyimpanan dan ekspresi dari informasi genetik • Menyimpan bioenergi pada
asam nukleat
• Berperanan utama pada penyimpanan
dan ekspresi dari informasi genetik
• Menyimpan bioenergi pada komponen
nukleiotida yaitu ATP (adenosin
triphosphat
• Asam nukleat secara utuh dibangun dari
gugus gula, gugus fosfat dan gugus
basa N-heterosiklik (basa N)
Phosphat e Nitrogenous Base Pentos e Sugar
Phosphat
e
Nitrogenous
Base
Pentos
e
Sugar
GUGUS GULA RIBOSA (b-D-furanosa) D-2 deoksiribosa 5 4 1 3 2
GUGUS GULA
RIBOSA (b-D-furanosa)
D-2 deoksiribosa
5
4
1
3
2
Gugus basa
Gugus basa
BASA BASA DALAM ASAM NUKLEAT
BASA BASA DALAM ASAM NUKLEAT
Gugus asam fosfat • Asam fosfat bervalensi 3 (H 3 PO 4 )
Gugus asam fosfat
• Asam fosfat bervalensi 3 (H 3 PO 4 )
• Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1). • Ikatan gula ribosa
Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon
nomor 1).
Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon
nomor 5).
Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
Dalam penulisan diberi tanda prime(') untuk membedakan penomoran pada basa nitrogen
Dalam penulisan diberi tanda prime(')
untuk membedakan penomoran pada basa
nitrogen
BASA NITROGEN • Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-b pada atom karbon nomor1' dari gula ribosa atau
BASA NITROGEN
• Basa nitrogen berikatan dengan ikatan-b pada
atom karbon nomor1' dari gula ribosa atau
deoksiribosa.
• Pirimidin berikatan ke gula ribosa pada atom N-1
dari struktur cincinnya.
• Purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari
struktur cincinnya.
NUKLEOSIDA dan NUKLEOTIDA • 2 komponen asam nukleat yaitu karbohidrat dan salah satu turunan basa (N,A,T,C,
NUKLEOSIDA dan NUKLEOTIDA
• 2 komponen asam nukleat yaitu karbohidrat dan
salah satu turunan basa (N,A,T,C, G atau U)
membentuk nukleosida
Nukleosida (Gula Ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen) + satu atau lebih gugus fosforil disebut nukleotida.
Nukleosida (Gula Ribosa yang berikatan dengan
basa nitrogen) + satu atau lebih gugus fosforil
disebut nukleotida.
RIBONUKLEOTIDA • Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon
RIBONUKLEOTIDA
• Gula ribosa yang berikatan
dengan basa nitrogen
(pirimidin, urasil dan sitosin)
pada atom karbon nomor 1‘nya
disebut ribonukleosida (dalam
contoh di samping adalah uridin
dan sitidin).
• Ribonukleosida yang
terfosforilasi pada atom karbon
nomor 5‘nya disebut
ribonukleotida (dalam contoh di
samping adalah uridilat atau
sitidilat)
• Penyampaian ribonukleotida
biasanya dalam bentuk
singkatan (misalnya) U, atau
UMP (uridin monofosfat)
RIBONUKLEOTIDA UTAMA Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang berikatan dengan atom C
RIBONUKLEOTIDA UTAMA
Perhatikan atom N9 (pada purin) dan N1 (pada pirimidin) yang
berikatan dengan atom C nomor 1’ dari ribosa
BASA + GULA = NUKLEOSIDA
BASA + GULA = NUKLEOSIDA
BASA + GULA + FOSFAT = NUKLEOTIDA
BASA + GULA + FOSFAT = NUKLEOTIDA
KERAGAMAN IKATAN FOSFAT • Hidrolisis RNA oleh enzim menghasilkan ribonukleosida 5’- mono-fosfat atau ribonukleosida 3'-monofosfat.
KERAGAMAN IKATAN FOSFAT
• Hidrolisis RNA oleh enzim
menghasilkan ribonukleosida 5’-
mono-fosfat atau ribonukleosida
3'-monofosfat.
KERAGAMAN JUMLAH FOSFAT 1 2 3 Nucleosida mono-, di-, dan trifosfat
KERAGAMAN JUMLAH FOSFAT
1
2
3
Nucleosida mono-, di-, dan trifosfat
   

KOMPOSISI BASA PENYUSUN ASAM

 

NUKLEAT

   
 

Organisme

A

G

C

T

Escherichia coli

24,7

26,0

25,7

23,6

Khamir

31,3

18,7

17,1

32,9

Gandum

27,3

22,7

22,8

27,1

Salmon

29,7

20,8

20,4

29,1

Ayam

28,8

20,5

21,5

29,3

 
   
ASAM NUKLEAT Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom
ASAM NUKLEAT
Monomer nukleotida dapat berikatan satu
sama lain melalui ikatan fosfodiester
antara -OH di atom C nomor 3‘nya
dengan gugus fosfat dari nukleotida
berikutnya.
Kedua ujung poli- atau oligonukleotida
yang dihasilkan menyisakan gugus
fosfat di atom karbon nomor 5'
nukleotida pertama dan gugus
hidroksil di atom karbon nomor 3'
nukleotida terakhir.
KERANGKA GULA-FOSFAT • Oleh karenanya kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat tersusun atas residu fosfat dan
KERANGKA GULA-FOSFAT
• Oleh karenanya kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat
tersusun atas residu fosfat dan ribosa yang berselang-seling.
• Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang memiliki
gugus fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang memiliki
gugus hidroksil di atom karbon nomor 3‘, atau biasa disebut ujung
5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3'
• Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki muatan
negatif.
ASAM NUKLEAT ?? • Asam nukleat adalah polimer nukleotida dari nukleeotida mono-P • Nukleotida ada 2
ASAM NUKLEAT ??
• Asam nukleat adalah polimer nukleotida dari
nukleeotida mono-P
• Nukleotida ada 2 struktur yaitu Struktur
ribosa dan deoksiribosa yang menurunkan
ribonukleotida-mono-P dan
deoksiribonukleotida-mono-P.
• Polimer yang manomernya ribonukleotida-
mono-P menurunkan asam ribonukleotida-
mono-P (RNA)
• manomer deoksiribonukleotida-mono-P
menurunkan asam deoksiribonukleotida-
mono-P (DNA)
RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA • Turunan penting dari ribosa adalah 2'- deoksiribosa, sering hanya disebut deoksiribosa, yang
RIBOSA vs DEOKSIRIBOSA
• Turunan penting dari
ribosa adalah 2'-
deoksiribosa, sering
hanya disebut
deoksiribosa, yang pada
karbon nomor 2‘nya OH
digantikan oleh H.
• Deoksiribosa ditemukan di
DNA (deoxyribonucleic
acid)
• Ribosa ditemukan di RNA
(ribonucleic acid).
• Penggantian –OH oleh H
di atom C nomor 2
mempengaruhi struktur!
DNA
RNA
NUKLEOTIDA DAN ASAM NUKLEAT Ribonukleotida adalah penyusun RNA Ribonukleotida RNA
NUKLEOTIDA DAN ASAM NUKLEAT
Ribonukleotida adalah
penyusun RNA
Ribonukleotida
RNA
DEOKSIRIBONUKLEOTIDA – PENYUSUN DNA • Gula 2'-deoksiribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping
DEOKSIRIBONUKLEOTIDA – PENYUSUN DNA
• Gula 2'-deoksiribosa yang
berikatan dengan basa nitrogen
(dalam contoh di samping
adalah purin - adenin dan guanin)
pada atom karbon nomor 1‘nya
disebut deoksiribonukleosida
(dalam contoh di samping
adalah deoksiadenosin dan
deoksiguanosine).
• Deoksiribonukleosida yang
terfosforilasi pada atom karbon
nomor 5‘nya disebut
Penyampaian Deoksiribonukleotida
Deoksiribonukleotida (dalam
contoh di samping adalah
deoksiadenilat dan
biasanya dalam bentuk singkatan
(misalnya) A, atau dA (deoksiA),
atau dAMP (deoksiadenosin
monofosfat)
deoksiguanilat).
MASALAH RNA: KETIDAKSTABILAN • DNA, yang memiliki H sebagai pengganti OH di atom C nomor 2’,
MASALAH RNA: KETIDAKSTABILAN
• DNA, yang memiliki H sebagai pengganti OH di
atom C nomor 2’, lebih stabil
BIOSINTESIS ASAM NUKLEAT Dimulai dari sintesis cincin purin dan cincin pirimidin Rinidar
BIOSINTESIS ASAM NUKLEAT
Dimulai dari sintesis
cincin purin dan cincin pirimidin
Rinidar
   

Asam amino dan nukleotida

Asam amino adalah prekursor dalam biosintesis nukleotida

 

Asam amino dan nukleotida berhubungan satu sama lain, keduanya adalah unit dasar di dalam biokimiawi penurunan sifat

Nukleotida: unsur penyandi asam nukleat, bersifat vessensial pada pemeliharaan dan pemindahan informasi genetik

Asam mino: unit pembangun protein dibutuhkan untuk eskpresi informasi genetik

   
   

Biosintesis pirimidin dan purin

 

Pirimidin

Pirimidin

Dimulai dari Dibentuk cincin pirimidin

Diikat pada ribosa5’fosfat menjadi

nukleotida

Purin

Purin

Dimulai dari ribosa fosfat

   
 

PRODUK ANTARA

Produk antara yang terpenting pada sintesis asam nukleat adalah:

 

1. uridin monofosfat (UMP) pada susunan pirimidin

2. Inosin monofosfat (IMP, basa:Hipoxantin) pada purin

 
 
Cincin pirimidin • Cincin pirimidin tersusun dari 3 komponen: • Atom karbon C-4 sd C-6 berasal
Cincin pirimidin
• Cincin pirimidin
tersusun dari 3
komponen:
Atom karbon C-4 sd
C-6 berasal dari
aspartat
• Atom C-2 berasal dari
HCO 3
-
• Atom Nitrogen ke dua
(N-3) dari gugus
glutamin
CINCIN PURIN • Lebih rumit • Komponen terbesar adalah Glisin yang menyumbangkan atom C-4,C-5 dan N-7
CINCIN PURIN
Lebih rumit
Komponen terbesar adalah
Glisin yang menyumbangkan
atom C-4,C-5 dan N-7
Atom atom lainnya dari cincin
dibentuk tersendiri
-
C-6 berasal dari HCO 3
Gugus amida glutamin
memberikan atom nitrogen N -
3 dan N-9
Aspartat berfungsi sebagai
donor gugus amino umtuk
membentuk N-1 yang diubah
menjadi fumarat
Atom karbon C-2 dan C-8
kembali ke gugus formil dari
N- 10 –formil tetrahidrofolat
Komponen langsung untuk sintesis cincin pirimidin Cincin Purin 1. Dimulai dari PRPP 1. karbomoilfosfat & asam
Komponen langsung untuk sintesis
cincin pirimidin
Cincin Purin
1. Dimulai dari PRPP
1.
karbomoilfosfat & asam amino
2. Pembentukan cincin diawali dengan
aspartat, diikat dengan Aspartat
pemindahan satu gugus
amino
karbomoiltransferase menjadi N-
karbamoil-aspartat (1b)
dan mendonorkan atom N-9 (2a)
3.
2.
penutupan cincin dan terbentuk
dihidroorotat (1c)
Glisin dan 1 gugus formil dari N 10
formil THF memberikan atom
lainnya dari cincin segi 5 tsb (2b,
2c)
3.
proses reduksi membentuk basa
pirimidin orotat
4.
4.
orotat bereaksi dengan
sebelum cincin ditutup (2f) mula
mula disisipkan atom N-3 dan
N-6 dari cincin segi 6 (2d, 2e)
5’fosforibosil 1’pirofosfat(PRPP)
5.
menjadi
nukleotida orotat 5’-
monofosfat (OMP)
Pemebentukan cincin segi 6
dilanjutkan dgn penambahan atom
N-1 dan C-2
5.
OMP mengalami dekarboksilasi
6.Penutupan cincin siklik dan terbentuk
menjadi UMP
inosin 5’monofosfat dan IMP
dirombak menjadi AMP dan GMP
Diagram reaksi sintesis cincin purin dan pirimidin n c
Diagram reaksi sintesis cincin purin dan pirimidin
n
c
Sintesis baru dari purin dan pirimidin menyediakan IMP dan UMP. Semua nukleotida dan deoksinukleotida lainnya disintesis
Sintesis baru dari purin dan pirimidin menyediakan IMP dan UMP.
Semua nukleotida dan deoksinukleotida lainnya disintesis dari kedua
prekursor tersebut.
Biosintesis nukleotida • Purin • Pirimidin 1. Dimulai dari IMP 1. UMP difosforlasi menjadi difosfat kemudian
Biosintesis nukleotida
Purin
Pirimidin
1.
Dimulai dari IMP
1.
UMP difosforlasi menjadi
difosfat kemudian terbentuk
2.
Basanya hipoxantin menjadi
trifosfat UTP
adenin atau guanin,
2.
3.
AMP atau GMP menjadi
difosfat ADP dan GDP oleh
fosfotransferase
UTP dirubah menjadi CTP oleh
CTP-sintase
3.
4.
ADP dan GDP menjadi ATP
dan GTP
Terjadinya reduksi pada tahap
difosfat menjadi deoksi
nukleotida, sehingga CTP harus
dihidrolisis terlebih dahulu oleh
5.
Terbentuk DNA dan RNA
melalui enzim nukleosida
difosfat reduktase
fosfatase manjadi dCTP dan
CTP
4.
komn DNA yaitu deoksi timidin
trifosfat (dTPP) dari UDP,
Basa timin dibentuk dari dUMP
via metilasi pada tahap
monofosfat
Sintesis deoksi ribonuklease • Reduksi ribonukleotida merupakan proses yang kompleks dan lebih dari satu protein yang
Sintesis deoksi ribonuklease
Reduksi ribonukleotida merupakan
proses yang kompleks dan lebih
dari satu protein yang berperan
Ekuivalen pereduksi yang
dibutuhkan berasal dari NADPH +
H +,
Ekuivalen ini tidak langsung
mencapai substrat, tetapi via
reaksi redoks yaitu:
1. teoredoksin dengan enzim
teoredoksin reduktase via FAD,
memecahkan 1 jembatan disulfida
pada tioredoksin secara reduktif.
2. radikal tirosin menghasilkan 1
radikal substrat (a)yang
melepaskan air sehingga berubah
menjadi radikal kation, (b)
akhirnya melalui reduksi terbentuk
residu deoksi ribosa ©
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN • 1. Karbomoilfosfat sintentase, 2. aspartat karbomoiltransferase (Zn2+),3. dihidroorotase,4. dihidroorotat dehidrogenase (Fe),5. orotat
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN
1. Karbomoilfosfat sintentase, 2. aspartat karbomoiltransferase (Zn2+),3. dihidroorotase,4. dihidroorotat
dehidrogenase (Fe),5. orotat fosforibosiltransferase,6.orotidin5-fosfat dekarboksilase,3.6.1.6: nukleosida
difosfatase, 1.17.4,1: ribonukleosida difosfat reduktase (Fe)
1. Ribosa fosfat pirofosfoknase,2. Amidofosforibosiltransferase, 3.Fosforibosilamin glisin ligase, 4.Fosforibosilaminoimidazolkarboksamid formiltransferase,5.Fosforibosilformilglisinamidin sintase,6.Fosforibosilformilglisinamidin sikloligase,7.Fosforibosilaminoimidazol (f)karboksilase,8.f. suksinokarboksamid sintase, adenilsuksinat
1.
Ribosa fosfat pirofosfoknase,2. Amidofosforibosiltransferase, 3.Fosforibosilamin glisin ligase,
4.Fosforibosilaminoimidazolkarboksamid formiltransferase,5.Fosforibosilformilglisinamidin
sintase,6.Fosforibosilformilglisinamidin sikloligase,7.Fosforibosilaminoimidazol (f)karboksilase,8.f.
suksinokarboksamid sintase, adenilsuksinat liase, 9. fosforibosilaminoimidazolkarboksamid formiltransferase,10.
IMP-siklohidrolase, 11, adenilsuksinat sintase, IMP dehidrogenase,12. adenilsuksinat liase, GMP-sintase
BIOSINTESIS ASAM NUKLEAT
BIOSINTESIS ASAM NUKLEAT
Biosintesis nukleotida • Purin • Pirimidin 1. Dimulai dari IMP 1. UMP difosforlasi menjadi difosfat kemudian
Biosintesis nukleotida
Purin
Pirimidin
1.
Dimulai dari IMP
1.
UMP difosforlasi menjadi
difosfat kemudian terbentuk
2.
Basanya hipoxantin menjadi
trifosfat UTP
adenin atau guanin,
2.
3.
AMP atau GMP menjadi
difosfat ADP dan GDP oleh
fosfotransferase
UTP dirubah menjadi CTP oleh
CTP-sintase
3.
4.
ADP dan GDP menjadi ATP
dan GTP
Terjadinya reduksi pada tahap
difosfat menjadi deoksi
nukleotida, sehingga CTP harus
dihidrolisis terlebih dahulu oleh
5.
Terbentuk DNA dan RNA
melalui enzim nukleosida
difosfat reduktase
fosfatase manjadi dCTP dan
CTP
4.
komn DNA yaitu deoksi timidin
trifosfat (dTPP) dari UDP,
Basa timin dibentuk dari dUMP
via metilasi pada tahap
monofosfa
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN
SINTESIS NUKLEOTIDA
SINTESIS NUKLEOTIDA
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN •
BIOSINTESIS NUKLEOTIDA PIRIMIDIN
.... Akhirnya selesai juga….
....
Akhirnya selesai juga….