Anda di halaman 1dari 8

DECIPHERING THE CODE ( MEMECAHKAN KODE)

Gen tertentu membawa informasi yang dibutuhkan untuk membuat protein dan
informasi itulah yang disebut sebagai kode genetik. Dengan kata lain, kode genetik adalah
cara pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA utnuk menentukan urutan asam
amino pada saat sintesis protein. Informasi pada kode genetik ditentukan oleh basa nitrogen
pada rantai DNA yang akan menentukan susunan asam amino.
Memecahkan kode genetik telah dilakukan pada tahun 1968 Nirenberg, khorana dan
Holley menerima hadiah nobel untuk penelitian mereka yang sukses menciptakan kode-kode
genetik yang hingga sekarang kita kenal. Seperti kita ketahui asam amino dikenal ada 20
macam. Yang menjadi masalah bagaimana 4 basa nitrogen ini dapat mengkode 20 macam
asam amino yang diperlukan untuk mengontrol semua aktifitas sel? Para peneliti melakukan
penelitian pada bakteri E. Coli mula mula digunakan basa nitrogen singlet maka diper oleh 4
asam amino saja yang dapat diterjemahkan padahal ke 20 asam amino ini harus
diterjemahkan semua agar protein yang dihasilkan dapat digunakan, kemudian para ilmuwan
mencoba lagi dengan kodon duplet dan baru dapat untuk menterjemahlkan 16 asam amino ini
pun belum cukup juga. Kemudian dicoba dengan triplet dan dapat menerjemahkan 64 asam
amino hal ini tidak mengapa sekalipun melebihi 20 asam amino toh dari 64 asam amino yang
diterjemahkan ada yang memilii simbul/fungsi yang sama diantaranya (kodon asam assparat
(GAU dan GAS) sama dengan asam asam tirosin (UAU,UAS) sama juga dengan triptopan
(UGG) bahkan ini sangat menguntungkan pada proses pembentukkan protein karena dapat
menggantikan asam amino yang kemungkinan rusan selain itu dari 20 asam amino
diantaranya ada yang berfungsi sebagai agen pemotong gen atau tidak dapat bersambung lagi
dengan doubel helix asam amino yang berfungsi sebagai agen pemotong gen diantaranya
(UAA,UAG,UGA)
beberapa sifat dari kode triplet diantaranya :
1. Kode genetik ini mempunyai banyak sinonim sehingga hampir setiap asam
amino dinyatakan oleh lebih dari sebuah kodon. Contoh semua kodon yang
diawali dengan SS memperinci prolin, (SSU,SSS,SSA dan SSG) semua kodon
yang diawali dengan AS memperinci treosin (ASU,ASS,ASA,ASG).
2. Tidak tumpang tindih, artinya tiada satu basa tungggalpun yang dapat
mengambil bagian dalam pembentukan lebih dari satu kodon, sehingga 64 itu
berbeda-beda nukleotidanya.
3. kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat
memperinci lebih dari satu asam amino. Sebagai contoh: kodon UUU biasanya
merupakan kode untuk fenialanin, tetapi bila ada streptomisin dapat pula
merupakan kode untuk isoleusin atau leusin.
4. kode genetik itu ternyata universal, karena kode yang sama berlaku untuk
semua macam makhluk hidup.
5. Kode genetik tidak mempunyai tanda untuk menarik perhatian, artinya tiada
sebuah kodon pun yang dapat diberi tambahan tanda bacaan.
6. Kodon AUG disebut juga kodon permulaan, karena kodon ini memulai sintesa
rantai polipeptida.
7. Beberapa kodon dinamakan kodon non-sense ( tak berarti), karena kodon
kodon ini tidak merupakan kode untuk salah satu asam amino pun, misalnya
UAA, UAG dan UGA.
Tiap triplet yang mewakili informasi bagi suatu asam amino tertentu dinyatakan
sebagai kodon.Kode genetika bersifat degeneratif dikarenakan 18 dan 20 macam asam amino
ditentukan oleh lebih dari satu kodon, yang disebut kodon sinonimus.Hanya metionin dan
triptofan yang memiliki kodon tunggal.Kodon sinonimus tidak ditempatkan secara acak,
tetapi dikelompokkan.Kodon sinonimus memiliki perbedaan pada urutan basa ketiga.
Kode genetic berdegenerasi sebab kebanyakan asam amino dispesififikasikan oleh
lebih dari satu kodon. Kode genetic umumnya sama pada semua organisme, dan karenanya
disebut Universal.
INITIATION AND TERMINATION CODONS
Kode genetik juga menyediakan tanda baca informasi genetik pada tingkat
terjemahan. Di kedua prokaryotes dan eukariot, codon AUG yang digunakan untuk memulai
rantai polipeptida. Tiga kodon, UAA,UAG dan UGA merupakan polipeptida spesifik unrutk
terminasi (pemberhentian). Codons ini diakui oleh protein melepaskan faktor, bukan oleh
trnas. Prokaryotes mengandung dua rilis faktor, rf-1 dan rf-2. Rf-1 berakhir polypeptides
dalam menanggapi codons uaa dan uag, sedangkan rf-2 menyebabkan penghentian di uaa dan
uga codons. Eukariot mengandung satu melepaskan faktor yang mengakui ketiga penghentian
codons.









UNIVERSALYTY OF THE CODE
Universalitiy of the code berpendapat bahwa hal itu harus telah dibentuk sangat awal
dalam evolusi. Mungkin kode dimulai dalam bentuk primitif di mana sejumlah kecil kodon
digunakan untuk mewakili asam amino, relatif sedikit, bahkan mungkin dengan satu kodon
yang sesuai dengan setiap anggota dari kelompok asam amino. Arti kodon lebih tepat dan
asam amino tambahan bisa telah diperkenalkan kemudian. Satu kemungkinan adalah bahwa
pada awalnya hanya dua dari tiga pangkalan di masing-masing kodon digunakan;
diskriminasi di posisi ketiga bisa berevolusi kemudian.
Evolusi kode bisa menjadi "beku" pada suatu titik di mana sistem telah menjadi
begitu kompleks sehingga setiap perubahan makna kodon akan mengganggu protein yang ada
dengan menggantikan asam amino yang tidak dapat diterima. Universalitasnya menyiratkan
bahwa ini harus terjadi pada tahap awal bahwa semua organisme hidup adalah keturunan dari
kolam tunggal sel primitif di mana ini terjadi.
Pengecualian untuk kode genetik universal yang jarang terjadi. Perubahan makna
dalam genom utama dari suatu spesies biasanya menyangkut kodon terminasi. Misalnya,
dalam, kode Mycoplasma UGA untuk triptofan, dan dalam spesies tertentu dari Tetrahymena
ciliates dan Paramecium, UAA dan kode UAG untuk glutamin. Perubahan sistematis dari
kode telah terjadi hanya dalam DNA mitokondria.
SUPPRESOR MUTATIONS PRODUCING tRNAs WITH ALTERED CODON
RECOGNITION
Hanya ada 61 triplet yang mengkode asam amino. Tiga triplet yang lain adalah kodon
terminasi (kodon penghentian) yang menghentikan sintesis protein. Ketiganya memiliki nama
sederhana berdasarkan sejarah penemuannya. Triplet UAG disebut amber codon, UAA
disebut ochre codon, dan UGA disebut opal codon.
Sifat dasar dari triplet tersebut ditunjukkan dari suatu tes genetik yang membedakan
dua tipe mutasi:
Titik mutasi yang merubah suatu kodon untuk menjadikan sebuah asam amino yang
berbeda yang disebut missense mutation. Satu asam amino menggantikan yang lain pada
protein, efek pada fungsi protein tergantung pada sisi dari mutasi dan sifat asam amino
yang berganti.
Ketika sebuah titik mutasi menciptakan satu dari tiga kodon terminasi, menyebabkan
terminasi prematur dari sintesis protein pada kodon mutan. Hal ini meniadakan fungsi
protein, karena hanya bagian pertama dari protein yang dibuat pada sel mutan. Perubahan
ini disebut nonsense mutation.
Pada setiap gen yang berupa sekuen, satu dari kodon terminasi terletak dekat kodon
menunjukkan C-terminal asam amino dari sekuen wild-type. Mutasi nonsense menunjukkan
bahwa satu dari tiga kodon cukup untuk menghentikan sintesis protein dalam suatu gen. Oleh
karena itu sekuen triplet UAG, UAA, dan UGA perlu dan cukup untuk mengakhiri sintesis
protein, baik terjadi secara alami pada akhir suatu gen maupun diciptakan dari mutasi dalam
mengkode sekuen.
Pada gen bakteri, UAA adalah kodon terminasi yang paling umum digunakan. UGA
biasanya lebih berat daripada UAG, meskipun terjadi lebih banyak kesalahan pembacaan
UGA. Kesalahan pembacaan sebuah kodon terminasi terjadi ketika asam amino t-RNA
memberi respon yang tidak tepat, hasilnya sintesis protein berlanjut sampai bertemu kodon
terminasi yang lain.
Tidak ada kodon terminasi yang ditunjukkan oleh t-RNA. Fungsinya sama sekali
berbeda dari kodon yang lain dan diakui langsung dari faktor protein. Karena reaksi tidak
tergantung pada pengenalan kodon-antikodon, sepertinya tidak ada alasan mengapa
memerlukan sekuen triplet. Kiranya ini reflek evolusi kode genetik.
Pada E. coli, dua protein yang sesuai mengkatalis terminasi, disebut release factors
(RF) dan spesifik untuk sekuen yang berbeda. RF-1 mengenal UAA dan UAG, RF-2
mengenal UGA dan UAA. Faktor ini bekerja pada ribosomal sisi A dan memerlukan t-RNA
polipeptidil pada sisi P. Faktor release berada pada level yang lebih rendah dibanding faktor
inisiasi atau elongasi, 600 molekul tiap sel, sepadan dengan 1 RF per 10 ribosom.
Kemungkinan pada satu waktu hanya ada satu faktor release tunggal, mengenali semua
kodon terminasi dan kemudian disusun menjadi dua faktor dengan spesifikasi untuk tiap-tiap
kodon.





















1. Bagaimana hubungan antara tiga kodon terminasi dengan faktor-faktor dalam
penghentian sintesis protein?
Masing-masing release factors (RF) spesifik untuk sekuen yang berbeda. RF1 dan RF2
mengenali tiga kodon terminasi dan mengaktifkan ribosom untuk menghidrolisis tRNA
peptidil. Selanjutnya RF1 atau RF2 dilepaskan dari ribosom oleh RF3, yang merupakan
sebuah protein GTP terikat berhubungan dengan EF-G. RF3 mirip domain GTP terikat dari
EF-Tu dan EF-G, dan RF1/2 mirip terminal-C dari EF-G, yang meniru tRNA. Kerja dari tiga
kodon terminasi dan faktor-faktor tersebut pada sisi yang sama dari ribosom (umumnya sisi
A atau daerah luas yang overlapping dengannya). Ekspresi RF-1 atau RF-2 meningkatkan
efisiensi penghentian dari kodon. Faktor RRF, ribosome recycling factor, bekerja bersama
dengan EF-G untuk memutus subunit 50S dan 30S. IF-3 juga diperlukan, membuat roda
berputar penuh pada posisi aslinya, diusulkan menjadi suatu dissociation factor. RRF bekerja
pada subunit 50S dan IF-3 bekerja memindah tRNA deasilasi dari subunit 30S. Sekali subunit
terpisah, RF-3 diperlukan untuk mencegah penggabungan kembali.
2. Apa yang dimaksud dengan kodon yang memiliki arti unik?
Kodon yang memiliki arti unik disini dapat diartikan sebagai kodon yang hanya menandakan
1 asam amino. Hanya ada 3 kasus, dimana arti unik ini diberikan pada basa tertentu pada
urutan ke-3: AUG (metionin), UCG (triptofan), dan UGA (terminasi). Jadi C dan U tidak
pernah memiliki arti yang unik pada urutan ke-3, dan A tidak pernah menandakan 1 asam
amino yang unik.

SPLICING, THREE CODONS, GENETIC CODE


RESUME GENETIKA 1
Disusun untuk memenuhi tugas mata kuliah Genetika I
Yang dibina oleh
Prof Dr. Siti Zubaidah, M.Pd


Oleh Kelompok 16
Offering H 2012
Genetika Hari Rabu :

AJENG WIJARPRASIDYA 120342422451
YOGA ADETYA GUMELAR 120342422500







The Learning University




UNIVERSITAS NEGERI MALANG
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
PROGRAM STUDI BIOLOGI
Februari 2014