Anda di halaman 1dari 12

TUGAS RESUME PROTEIN

Ikatan kovalen yang menyusun protein mengandung ratusan macam ikatan antar atom.
Karena adanya rotasi bebas yang mungkin terjadi pada setiap ikatan individu menyebabkan protein
dapat diasumsikan memiliki konformasi yang tidak terhingga. Namun pada kenyataannya, setiap
protein memiliki struktur dan fungsi yang spesifik, hal itu menegaskan bahwa setiap protein memilki
struktur tiga dimensi yang unik. Pada tahun 1920-an, beberapa protein dapat dikristalisasi termasuk
Hemoglobin dengan massa molekul relatif 64.500 gram/mol dan enzim urease dengan massa
molekul relatif 483.000 gram/mol.


Gambar 1 Enzim urease dan hemoglobin

Molekul pada kritasl umumnya hanya dapat terbentuk jika unit molekulnya identik, fakta
tentang adanya protein yang dapat mengkristal memberikan bukti bahwa bahkan protein dengan
ukuran yang sangat besar merupakan senyawa kimia entitis diskrit dengan strukur unik. Dari dasar
tersebut terdapat pemikiran tentang mengeksplorasi protein dan fungsinya.
Protein memiliki struktur tiga dimensi yang ditentukan oleh urutan residu asam amino. Fungsi
dari protein bergantung pada struktur tiga dimensinya. Protein yang terisolasi biasanya terdapat
dalam suatu bentuk atau struktur yang stabil. Gaya yang paling penting dan berperan dalam
kestabilan struktur protein yang spesifik merupakan interaksi nonkovalen. Dari variasi protein yang
jumlahnya sangat banyak, kita dapat mengenali beberapa pola struktural umum yang membantu
dalam pemahaman algoritma pembentukan protein.
Syariful Anam Rifai
10511088
Agar protein memiliki fungsi dieperlukan sebuah interkonversi antara dua atau lebih bentuk
struktural. Hubungan antara urutan asam amino dari protein dengan struktur tiga dimensi yang
rumit adalah suatu teka-teki yang secara bertahap menghasilkan teknik digunakan dalam biokimia
modern. Selanjutnya pemahaman tentang struktur merupakan hal yang penting untuk pembahasan
fungsi dari protein. Kita dapat menemukan dan memahami pola dalam suatu teka-teki pada biokimia
tentang struktur protein dengan menerapkan prinsip-prinsip dasar kimia dan fisika.
Yang dimaksud dengan konformasi adalah posisi atau suatu susunan spasial dari atom-atom
yang membentuk bangun tertentu. Kemungkinan konformasi protein mencakup bagian struktural
yang dapat dicapai tanpa memutus ikatan kovalen. Perubahan konformasi dapat terjadi, misalnya
karena adanya ikatan rotasi tunggal. Dari berbagai konformasi protein yang mengandung ratusan
ikatan tunggal dan secara teoritis mungkin terbentuk, satu atau beberapa umumnya mendukung
dalam kondisi biologis. Kebutuhan untuk beberapa konformasi yang stabil mencerminkan perubahan
yang harus terjadi di sebagian besar protein karena mereka mengikat molekul lain atau
mengkatalisis reaksi. Konformasi yang ada biasanya terdapat dalam kondisi termodinamika yang
paling stabil dan memiliki nilai energi bebas Gibbs (G) terendah. Protein dalam berbagai fungsinya,
konformasi lipatan (folded conformations) disebut sebagai native protein.
Konformasi protein sebagian besar distabilkan oleh interaksi lemah. Dalam konteks struktur
protein, stabilitas dapat didefinisikan sebagai kecenderungan untuk mempertahankan konformasi
asli. Protein asli hanya sedikit stabil G memisahkan bagian yang dilipat dan lipatan khas protein
dalam kondisi fisiologis kisaran hanya 20-65 kJ/mol. Sebuah rantai polipeptida yang membentuk
protein secara teoritis dapat mengasumsikan konformasi yang berbeda yang tak terhingga
jumlahnya, dan sebagai hasilnya keadaan protein yang tidak terlipat menyebabkan nilai entropi yang
tinggi konformasi. Dengan keadaan entropi ini dan interaksi ikatan hidrogen dari banyak kelompok
dalam rantai polipeptida dengan pelarut (air), cenderung mempertahankan keadaan tidak dilipat.
Interaksi kimia yang menetralkan efek ini dan menstabilkan konformasi asli termasuk ikatan disulfida
dan interaksi nonkovalen akan dijelaskan dalam pembahasan ikatan hidrogen, hidrofobik dan
interaksi ion. Peran dari interaksi lemah ini sangat penting untuk dipahami bagaimana rantai
polipeptida melipat menjadi struktur sekunder spesifik dan struktur tersier serta bagaimana mereka
bergabung dengan polipeptida lain untuk membentuk suatu struktur kuaterner.
Energi yang diperlukan untuk memecahkan satu ikatan kovalen adalah 200-460 kJ/mol,
sedangkan interaksi lemah bisa terganggu oleh hanya 4-30 kJ/mol. Ikatan kovalen sendiri yang
berkontribusi terhadap konformasi asli protein, seperti ikatan disulfida menghubungkan bagian yang
terpisah dari rantai polipeptida tunggal, yang jelas jauh lebih kuat dari interaksi antar atom. Namun,
karena mereka begitu banyak, interaksi lemah yang mendominasi sebagai kekuatan untuk
menstabilkan struktur protein. Secara umum, konformasi protein dengan energi bebas terendah
(konformasi yang paling stabil) adalah satu dengan jumlah maksimum interaksi lemah. Stabilitas
protein bukan hanya jumlah energi bebas dari pembentukan banyak interaksi lemah di dalamnya.
Setiap kelompok ikatan hidrogen dalam rantai polipeptida yang melipat adalah hidrogen yang terikat
pada air sebelum terlipat, dan untuk setiap ikatan hidrogen yang terbentuk dalam protein, ikatan
hidrogen (kekuatan yang sama) antara kelompok yang sama dan air yang rusak (ikatan hidrogen
antar molekul air). Stabilitas disumbangkan oleh interaksi lemah yang diberikan, atau perbedaan
energi bebas dari struktur yang dilipat dan bagian yang membuka, mungkin mendekati nol. Oleh
karena itu kita harus melihat tempat lain untuk menjelaskan mengapa konformasi asli dari protein
lebih disukai.
Kontribusi interaksi lemah protein stabilitas dapat dipahami dalam hal sifat air. Air murni
mengandung jaringan molekul H
2
O hidrogen berikatan satu sama lain. Tidak lain molekul memiliki
potensi hidrogen-ikatan air, dan molekul lain yang hadir dalam larutan mengandung air mengganggu
ikatan hidrogen dari air. Ketika air mengelilingi molekul hidrofobik, pengaturan optimal ikatan
hidrogen menghasilkan shell sangat terstruktur, atau solvasi lapisan, air dalam waktu dekat
disekitarnya. Urutan meningkat dari molekul-molekul air di lapisan solvasi berkorelasi dengan
penurunan yang tidak menguntungkan dalam entropi air. Namun, ketika kelompok nonpolar
terkumpul bersama, terjadi penurunan di tingkat lapisan solvasi karena masing-masing kelompok
tidak lagi menyajikan seluruh permukaan untuk kontak langsung dengan pelarut. Hasilnya adalah
peningkatan yang menguntungkan dalam entropi. Istilah entropi ini merupakan termodinamika
utama pendorong untuk asosiasi kelompok hidrofobik dalam larutan mengandung air. Asam amino
yang bersifat hidrofobik menjadi rantai samping dan cenderung mengelompok dalam protein
interior yang posisinya jauh dari air. Dalam kondisi fisiologis, pembentukan ikatan hidrogen dan
interaksi ionik protein didorong oleh efek entropis yang sama. Gugus polar umumnya dapat
membentuk ikatan hidrogen dengan air sehingga dalam air. Namun, jumlah hidrogen per satuan
massa umumnya lebih besar untuk menjadi murni dalam air dibandingkan cairan lain, dan ada batas-
batas kelarutan bahkan molekul yang paling polar karena kehadiran mereka menyebabkan
penurunan ikatan hidrogen per satuan massa. Oleh karena itu, shell solvasi air terstruktur juga akan
membentuk sampai batas tertentu di sekitar molekul polar. Meskipun energi pembentukan dari
ikatan hidrogen intramolekul atau interaksi ionik antara dua kelompok polar dalam makromolekul
sebagian besar digantikan oleh penghapusan interaksi antara kelompok yang sama dan air,
pelepasan terstruktur air ketika interaksi intramolekul yang terbentuk memberikan kekuatan
pendorong entropis untuk terlipat. Sebagian besar perubahan energi bebas yang terjadi ketika
interaksi lemah terbentuk dalam karena itu protein berasal dari peningkatan entropi di sekitarnya
larutan yang dihasilkan dari pengurangan luas permukaan hidrofobik. Ini lebih dari counterbalances
hilangnya besar entropi konformasi sebagai polipeptida dibatasi menjadi konformasi dilipat tunggal.
Interaksi hidrofobik jelas penting dalam menstabilkan konformasi protein; interior protein umumnya
inti padat dari hidrofobik asam amino rantai samping. Hal ini juga penting bahwa setiap kelompok
polar dibebankan pada interior protein memiliki kecocokan mitra untuk ikatan hidrogen atau
interaksi ionik. Satu ikatan hidrogen tampaknya berkontribusi sedikit terhadap stabilitas struktur asli,
namun keberadaan ikatan hidrogen atau kelompok yang dikenakan tanpa mitra dalam inti hidrofobik
dari protein bisa begitu stabil bahwa konformasi yang mengandung kelompok-kelompok ini sering
secara termodinamika tidak bisa dipertahankan. Energi bebas menguntungkan perubahan wujud
dengan menggabungkan kelompok tersebut bersama mitra dalam larutan sekitarnya dapat lebih
besar dari perbedaan energi bebas antara folding protein dan bagian yang terlipat. Selain itu, ikatan
hidrogen antara kelompok protein membentuk kooperatif. Pembentukan satu ikatan hidrogen
memfasilitasi pembentukan ikatan hidrogen tambahan lain. Kontribusi keseluruhan ikatan hidrogen
dan interaksi nonkovalen lain untuk menstabilkan konformasi protein masih sedang dievaluasi.
Interaksi dibebankan kelompok malah yang membentuk pasangan ion (jembatan garam) juga
mungkin memiliki efek stabilisasi pada satu atau lebih konformasi asli beberapa protein.
Secara umum dapat dipahami tentang dua regulasi sederhana. Pertama, residu hidrofobik
sebagian besar tersimpan di pedalaman protein yang berada jauh dari air dan kedua, jumlah ikatan
hidrogen dalam protein dimaksimalkan.
Ikatan peptida bersifat kaku dan datar (planar). Struktur Protein konformasi-Dasar Ikatan
kovalen juga menempatkan kendala penting pada konformasi dari polipeptida. Pada akhir 1930-an,
Linus Pauling dan Robert Corey memulai serangkaian studi yang meletakkan dasar untuk
pemahaman kita tentang struktur protein. Mereka mulai dengan analisis yang cermat dari ikatan
peptida. Karbon dari residu asam amino yang berdekatan dipisahkan oleh tiga ikatan kovalen,
diatur sebagai C

-C-N-C

. Studi difraksi sinar-X kristal asam amino dan dari ikatan dipeptides
sederhana dan tripeptides menunjukkan bahwa ikatan peptida C-N agak lebih pendek dari pada
ikatan C-N dalam amina sederhana dan bahwa atom yang terkait dengan ikatan peptida coplanar. Ini
menunjukkan resonansi atau berbagi parsial dua pasang elektron antara oksigen karbonil dan
nitrogen amida.

Gambar 2 Resonansi pada ikatan peptida
Oksigen memiliki muatan parsial negatif dan nitrogen parsial positif, hal itu membuat adanya dipol
listrik kecil. Enam atom dari kelompok peptida terletak pada satu bidang datar, dengan oksigen atom
dari gugus karbonil dan atom hidrogen nitrogen amida berposisi trans satu sama lain.

Gambar 3 Linus Pauling, 1901-1994 dan Robert Corey, 1897-1971
Dari temuan Pauling dan Corey menyimpulkan bahwa ikatan peptida C-N tidak dapat memutar
bebas karena mereka memiliki karakter parsial double-ikatan. Rotasi yang diijinkan adalah ikatan N-
C

dan ikatan C

-C. Struktur utama dari rantai polipeptida dapat digambarkan sebagai rangkaian
bidang datar yang kaku dengan berturut-turut berbagi umum titik rotasi di C

(Gambar. 4-2b). Ikatan


peptida yang kaku membatasi berbagai konformasi yang dapat diasumsikan oleh rantai polipeptida.


Gambar 4 Tiga ikatan yang berbeda pada rantai polipeptida. Atom N-C


dan

C

-C dapat berotasi. Ikatan


peptida C-N tidak dapat berotasi bebas.
Dengan konvensi, sudut ikatan yang dihasilkan dari rotasi di C

diberi label (phi) untuk ikatan


N- C

dan (psi) untuk ikatan C

-C. Keduanya dan didefinisikan sebagai 180


o
ketika polipeptida
dalam konformasi yang sepenuhnya diperpanjang dan semua kelompok-kelompok peptida pada
bidang yang sama (Gambar. 4-2b). Pada prinsipnya, Dan dapat memiliki nilai antara -180
o
dan
+180
o
, tetapi banyak nilai-nilai yang dilarang oleh gangguan sterik antara atom-atom di rantai utama
polipeptida dan asam amino rantai samping. Konformasi di mana keduanya dan adalah 0
o

(Gambar 4-2c) dilarang untuk alasan berikut ini; konformasi ini digunakan hanya sebagai titik acuan
untuk menggambarkan sudut rotasi. Nilai yang diizinkan untuk dan secara grafis muncul saat
diplot terhadap pada plot Ramachandran (Gbr. 4-3), dimana plot tersebut diperkenalkan oleh G.N.
Ramachandran.











Gambar 6 Plot Ramachandran untuk residu L-Alanin

Struktur sekunder merujuk pada konformasi lokal dari beberapa bagian dari polipeptida.
Pembahasan struktur sekunder yang paling berguna berfokus pada pola lipat reguler umum tulang
punggung (rantai utama) polipeptida. Beberapa jenis struktur sekunder sangat stabil dan terjadi
secara luas dalam protein. Yang paling menonjol adalah -helix dan konformasi yang akan
dijelaskan selanjutnya. Dengan menggunakan prinsip-prinsip kimia dasar dan pengamatan beberapa
eksperimen, Pauling dan Corey meramalkan adanya struktur sekunder ini pada tahun 1951,
beberapa tahun sebelum struktur protein lengkap pertama dijelaskan.
Bentuk yang paling sering dijumpai pada struktur sekunder yaitu -helix. Pauling dan Corey
menyadari pentingnya ikatan hidrogen ketika berorientasi pada kelompok kimia polar seperti
Gambar 5 Dengan konvensi, dan didefinisikan sebagai 0
o
ketika dua ikatan peptida mengapit C

pada
bidang dan posisi yang sama seperti gambar
kelompok ikatan peptida C=O dan N-H. Mereka juga memiliki hasil eksperimen William Astbury, yang
pada tahun 1930-an telah melakukan perintis studi x-ray protein. Astbury menunjukkan bahwa
protein yang membentuk rambut dan landak duri (fibrous protein -keratin) memiliki struktur yang
teratur dan berulang setiap 5,15 samai 5,2 . (Nama angstrom, , dinamai fisikawan Anders J.
angstrom, yang bernilai sama dengan 0,1 nm. Meskipun bukan unit SI, satuan ini digunakan secara
universal oleh para ahli biologi struktural untuk menggambarkan jarak atom.) Dengan informasi dan
data mereka tentang ikatan peptida, serta dengan bantuan model yang tepat dibangun, Pauling dan
Corey ditetapkan untuk menentukan konformasi kemungkinan molekul protein.
Paling sederhana pengaturan rantai polipeptida bisa diasumsikan dengan ikatan kaku peptida
(tapi ikatan tunggal lainnya bebas berputar) adalah struktur heliks, yang Pauling dan Corey disebut
-helix (Gambar. 4-4). Dalam struktur utama ini polipeptida di sekitar sumbu imajiner yang ditarik
melalui longitudinal tengah heliks, dan gugus R residu asam amino menonjol keluar dari tulang
utama heliks. Unit yang mengulangi adalah giliran helix tunggal, yang membentang sekitar 5,4
sepanjang sumbu, sedikit lebih besar dari periodisitas Astbury yang diamati pada analisis x-ray dari
keratin rambut. Residu asam amino dalam -helix memiliki konformasi dengan = -45
o
sampai 50
o

dan = 60
o
, dan setiap giliran heliks mencakup 3,6 residu asam amino. Putaran heliks yang
ditemukan di semua protein adalah tangan kanan (Kotak 4-1). The -helix terbukti menjadi struktur
dominan dalam -keratins. Secara umum, sekitar seperempat dari semua residu asam amino dalam
polipeptida ditemukan dalam bentuk -helix, fraksi yang tepat sangat bervariasi dari satu protein ke
yang berikutnya.

Gambar 7 Empat model dari -helix yang menunjukkan perbedaan aspek dari setiap strukturnya

Struktur -helix mengoptimal ikatan hidrogen di dalam. Struktur distabilkan oleh ikatan
hidrogen antara atom hidrogen yang terikat pada atom nitrogen elektronegatif dari ikatan peptida
dan atom oksigen karbonil elektronegatif dari asam amino keempat pada sisi amino-terminal dari
ikatan peptida (Gambar. 4-4b) .

Gambar 8 Ikatan hidrogen pada -helix

Beberapa faktor penyebab penstabil helix yaitu interaksi ionik residu asam-basa i dengan i+4
dan rsidu aromatik yang berbentuk datar sehingga akan berinterakis satu sama lain. Ada pula faktor
pelemah helix yaitu adanya residu prolin dan glisin, timbulnya konfigurasi D-asam amino dan tidak
adanya dipol.

Gambar 9 Bentuk helix dari samping dan dari atas dengan berurutan 3
10
-helix, -helix dan -helix

Konformasi dari rantai peptida yang dikenal sebagai lembar lipit (sheet), karena bidang
peptida disusun seperti selembar kertas terlipat secara teratur. Sekali lagi, ikatan hidrogen hanya
dapat terbentuk antara rantai tetangga ("untaian") dalam lembaran lipit. Ketika dua helai berjalan
dalam arah yang berlawanan, struktur ini disebut sebagai lembar lipit antiparalel. Ketika mereka
berjalan ke arah yang sama, itu adalah lembaran lipit paralel. Dalam kedua kasus, atom C


menempati titik tertinggi dan terendah dalam struktur, dan rantai samping titik bergantian lurus ke
atas atau lurus ke bawah. Struktur a, dengan hampir linier ikatan hidrogen, lebih menguntungkan.
Dalam keadaan diperpanjang lembar lipit, satu helai lembar biasanya tidak sejajar, tapi memutar
relatif terhadap satu sama lain.


Gambar 10 Struktur pleated-sheet

Konformasi -Turn sering ditemukan di lokasi di mana arah perubahan rantai peptida. Ini
adalah bagian di mana empat residu asam amino yang diatur sedemikian rupa sehingga jalannya
rantai berbalik sekitar 180 ke arah yang berlawanan. Dua putaran ditampilkan (tipe I dan II) sangat
sering. Keduanya distabilkan oleh ikatan hidrogen antara residu 1 dan 4 ternyata sering terdapat di
antara helai individu antiparalel lembar lipit, atau antara helai lembar lipit dan heliks.

Gambar 11 Struktur -Turns

Struktur tersier adalah bentuk tiga dimensi lengkap dari struktur rantai polipeptida. Struktur
tersier terbentuk dari pengemasan struktur sekunder dengan pola pengemasan yang bermacam-
macam.

Gambar 12 Pola pengemasan struktur tersier dalam protein

Ada dua kelas umum protein berdasarkan pada struktur tersier, antara lain protein fibrous dan
protein globular. Protein fibrous, yang melayani terutama peran struktural, memiliki unsur-unsur
yang berulang sederhana struktur sekunder. Rantai polipeptidanya memanjang paralel dengan
sumbu. Protein fibrous umumnya memiliki sifat mekanik yang kuat sehingga memiliki fungsi sebagai
material struktural. Protein fibrous biasanya tidak larut dalam air. Contoh protein serabut antara lain
-Keratin dan -Keratin yang memiliki banyak jembatan S-S serta Kollagen yang tidak memiliki
jembatan S-S.
Protein globular memiliki struktur tersier yang lebih rumit, sering mengandung beberapa jenis
struktur sekunder dalam rantai polipeptida yang sama. Pertama struktur protein globular yang akan
ditentukan, dengan menggunakan metode difraksi sinar-x, adalah dari mioglobin. Struktur kompleks
protein globular dapat dianalisis dengan memeriksa substruktur stabil disebut struktur
supersecondary, motif, atau lipatan. Ribuan struktur protein yang dikenal umumnya dirakit dari
repertoar hanya beberapa ratus motif. Kawasan rantai polipeptida yang dapat melipat secara stabil
dan mandiri disebut domain. Pada protein globular Heliks dan sheets membangun inti (core).
Residu-residu polar mengahadap ke luar dan berinteraksi dengan pelarut. Residu-residu hidrofobik
menghadap bagian interior dan berinteraksi satu sama lain. Umumnya rasio volume VdW terhadap
volume total hanya 0,72 0,77, sehingga ada ruang-ruang kosong dalam bentuk rongga-rongga
sempit. Keberadaan rongga-rongga ini memberikan fleksibilitas untuk protein dan memfasilitasi
perubahan konfromasi dan dinamika protein.
Bagian inti (core) protein biasanya -heliks dan -sheet. Bagian core dari protein sebagian
besar adalah hidrofobik. Gugus polar N-H dan C=O dari ikatan peptida harus ternetralkan dalam inti
hidrofobik. Pemaksimalan ikatan hidrogen antara N-H dan C=O untuk menetralkan kedua gugus ini
dapat terakomodasi dalam struktur -heliks dan -sheet. Urutan asam amino dari rantai -heliks dan
-sheet yang membangun bagian inti (core) umumnya lestari. Bagian permukaan protein memiliki
beberapa perbedaan dari bagian inti. Banyak bagian permukaan terdiri dari loop dan turn yang
menjadi penghubung antar rantai struktur sekunder yang membangun struktur inti. Bagian
permukaan memiliki landskap yang kompleks yang dibangun oleh residu yang berbeda dengan
bagian inti. Residu pada permukaan dapat berinteraksi dengan molekul-molekul kecil atau dengan
protein atau asam nukleat. Bagian permukaan bagian yang harus dapat mengakomodasi interaksi
dengan substrat, ligan, pelarut dan lain-lain. Permukaan protein adalah bagian yang kompleks harus
memiliki bentuk yang komplemen dengan ligan yang akan diikat.

Gambar 13 Permukaan protein yang mengikat ligan
Air adalah penstabil bentuk permukaan dari protein globular. Struktur permukaan dari protein
globular itu termasuk juga molekul air. Struktur rangka polar dan rantai samping polar yang ada pada
permukaan protein dapat membentuk ikatan hidrogen dengan air. -heliks pada permukaan protein
biasanya ampifatik, dimana residu polar dan bermuatan menghadap pelarut dan residu nonpolar
menghadap interior.

Gambar 14 Stabilisasi molekul air pada permukaan protein