kode genetik

Kode genetik adalah cara pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA untuk
menentukan urutan asam amino pada saat sintesis protein. Informasi pada kode genetik
ditentukan oleh basa nitrogen pada rantai DNA yang akan menentukan susunan asam amino.
Para peneliti melakukan penelitian pada bakteri E. Coli mula-mula digunakan basa
nitrogen singlet maka diperoleh 4 asam amino saja yang dapat diterjemahkan padahal ke 20
asam amino ini harus diterjemahkan semua agar protein yang dihasilkan dapat digunakan.
Kemudian para ilmuwan mencoba lagi dengan kodon duplet dan baru dapat untuk
menterjemahlkan 16 asam amino, maka ini pun belum cukup juga. Selanjutnya dicoba
dengan triplet dan dapat menterjemahkan 64 asam amino. Hal ini menjadikan ada beberapa
kodon yang memiliki fungsi yang sama diantaranya (kodon asparagin (GAU dan GAS),
tirosin (UAU, UAS). Hal tersebut sangat menguntungkan pada proses pembentukkan protein
karena dapat menggantikan asam amino yang kemungkinan rusak. Dari 20 asam amino
diantaranya ada yang berfungsi sebagai agen pemotong gen agar tidak dapat bersambung lagi
dengan doubel helix. Asam amino yang berfungsi sebagai agen pemotong gen diantaranya
(UAA, UAG, UGA) atau kodon stop.

Sifat-sifat kode genetik
1. Kode genetik bersifat berdegenerasi
Berdegenerasi artinya asam amino yang diuji bisa dispesifikasikan lebih dari satu
kodon. Kecuali pada metionin (AUG) dan triptofan (UGG) yang memiliki kodon tunggal atau
sebagai kodon start. Perlu diketahui bahwa degenerasi kode tidaklah seragam. Sebagai
contoh, leusin dan serin mempunyai enam kodon, glisin dan alanina mempunyai empat
kodon, dan glutamat, tirosin, dan histidin mempunyai dua kodon. Ketika satu asam amino
mempunyai kodon ganda, perbedaan antara kodon biasanya terlihat pada basa yang ketiga
(pada ujung 3'). Sebagai contoh, alanina dikode oleh triplet GCU, GCA, GCG, GCC.
2. Tidak tumpang tindih
Kode genetik tidak tumpang tindih, artinya tiada satu basa tungggalpun yang dapat
mengambil bagian dalam pembentukan lebih dari satu kodon, sehingga 64 itu berbeda-beda
nukleotidanya. Kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat
memperinci lebih dari satu asam amino. Tidak ada kombinasi dari tiga basa yang sama yang
mongkode suatu asam amino. Satu macam asam amino dapat disandi oleh lebih dari satu
triplet kodon, namun satu macam triplet kodon tidak bisa menjadi lebih dari satu macam
asam amino yang berbeda, misalnya pada triplet kodon UUU akan menjadi Fenilalanin ,
tetapi triplet kodon ini tidak akan bisa menjadi macam asam amino lain.
3. Tidak Bersifat Ambigu
Kode genetic tidak bersifat ambigu (bermakna ganda). Artinya sebuah kodon spesifik
hanya menunjukkan satu asam amino tunggal. Perbedaan antara ambigu dan sifat
berdegenerasi merupakan konsep yang sangat penting. Pengenalan tRNA bergantung pada
region antikodon dan kaidah spesifik, komplementer terhadap kodon yang dinamakan
antikodon. Untuk sebuah kodon tertentu di dalam mRNA, hanya satu spesies tunggal molekul
tRNA hanya dapat dimuati oleh satu asam amino spesifik. Dengan demikian masing-masing
kodon menspesifikasi satu asam amino. Meskipun demikian sebagian molekul tRNA dapat
memanfaatkan antikodonnya untuk mengenali lebih dari satu kodon. Inilah yang
menunjukkan bahwa kode genetic bersifat tidak ambigu.
4. Bersifat universal
Didalam mitokondria mamalia, kodon AUA dibaca sebagai metionin dan kodon UGA
menkode triptofan. Kemudian AGA dan AGG dibaca sebagai kodon penghenti atau
pengakhir rantai bukan sebagai arginin.
Tabel kode genetik universal


Pada tahun 1961 Marshall Nirenberg dan Heinrich Matthaei mengumumkan hasil
observasi yang mengusulkan terobosan pertama. Mereka menginkubasi polyribonucleotide
polyuridylate sintetis (poly(U) yang didesign) dengan ekstrasi E. coli, GTP, dan campuran 20
asam amino dalam 20 tabung berbeda. Pada masing-masing tabung suatu asam amino yang
berbeda diberi label secara radioaktif. Poly(U) dapat dikatakan sebagai mRNA tiruan yang
berisi triplet UUU berurutan, dan triplet ini harus mempromosikan sintesis polipeptida hanya
dari salah satu 20 asam amino yang berbeda dari yang dilabel dengan triplet UUU. Suatu
polipeptida radioaktif dibentuk di dalam salah satu dari 20 tabung yang berisi fenilalanin
radioaktif. Nirenberg dan Matthaei menyimpulkan bahwa triplet UUU cocok untuk
fenilalanin. Pendekatan yang sama mengungkapkan bahwa polyribonucleotide polycytidylate
atau poly(C) sintetis mengkode formasi.
Saat ini, suatu pendekatan yang komplementer diperkenalkan oleh H.Gobind
Khorana, yang mengembangkan metoda-metoda untuk mensintesis polyribonucleotida
dengan yang digambarkan. Susunan pengulangan dari dua sampai empat basa. Polipeptida
yang dihasilkan dengan memakai RNAs ini sebagai pengirim pesan (messanger) mempunyai
satu atau beberapa asam amino dengan pola berulang. Pola-pola ini ketika dikombinasikan
dengan informasi dari polimer acak yang digunakan oleh Nirenberg dan rekan-rekannya,
memunculkan tugas kodon yang tidak jelas. Polipeptida yang disintesis responnya atas
polimer ini ditemukan untuk memiliki jumlah treonina dan histidina yang sama. Dengan cara
yang sama, satu RNA dengan tiga basa pada pola pengulangan harus menghasilkan tiga jenis
polipeptida yang berbeda. Masing-masing polipeptida berasal dari kerangka pembacaan
(reading frame) yang berbeda dan berisi suatu jenis asam amino.
Kode genetik mempunyai beberapa karakteristik penting. Kunci organisasi informasi
genetika dalam protein dapat ditemukan pada kodon dan pada susunan kodon pada kerangka
pembacaan (reading frame). Perlu diingat bahwa tanpa tanda baca atau isyarat diperlukan
untuk menandai ujung kodon dan permulaan kodon berikutnya. Kerangka pembacaan harus
ditetapkan dengan benar pada permulaan molekul mRNA dan lalu dipindahkan secara
berurutan dari satu triplet ke triplet berikutnya.
Jika kerangka pembacaan awal diputus oleh satu atau dua basa, atau jika ribosom
tanpa sengaja melompati suatu nukleotida dalam mRNA, semua kodon berikutnya akan
berantakan dan akan menjurus kepada pembentukan protein "missense" dengan susunan asam
amino yang kacau. Beberapa kodon memiliki fungsi khusus. Kodon inisiasi, AUG,
menandakan awal dari rantai polipeptida. AUG tidak hanya adalah kodon inisiasi dari
prokaryota dan eukaryot tetapi juga mengkode residu Met pada posisi internal polipeptida.
Dari 64 triplet nukleotida yang mungkin, tiga (UAA, UAG, dan UGA) tidak mengkode asam
amino yang dikenal. Ketiganya dikenal sebagai kodon penghentian (termination) atau juga
disebut stop codon atau nonsense codon, yang secara normal menandai akhir sintesis rantai
polipeptida.
Ketiga kodon penghentian dinamai "nonsense codon". Mutasi nonsens ini, dinamai
amber, ochre, dan opal, membantu identifikasi yang mungkin dari UAA, UAG, dan UGA
sebagai kodon penghentian. Pada urutan acak nukleotida, satu dari setiap 20 kodon pada
masing-masing kerangka pembacaan, rata-rata, merupakan kodon penghentian. Dimana
kerangka pembacaan ada tanpa kodon penghentian dari 50 atau lebih kodon, daerah itu
disebut satu kerangka pembacaan terbuka (open reading frame). Kerangka pembacaan
terbuka panjang biasanya berhubungan dengan gen yang mengkode protein. Contoh
ATGTATTCTTACGGAATCCCTGAT
Sel membaca kalimat di atas sebagai kata-kata 3 huruf:
ATG TAT TCT TAC GGA ATC CCT GAT
sel menterjemahkan kata-kata itu menjadi:
ATG TAT TCT TAC GGA ATC CCT GAT (DNA)
M Y S Y G I P D (Asam amino)

A TGT ATT CTT ACG GAA TCC CTG AT
Atau seperti ini:
AT GTA TTC TTA CGG AAT CCC TGA T
Dan apabla diterjemahkan hasilnya pun akan berbeda:
A TGT ATT CTT ACG GAA TCC CTG AT
C I L T E S L

AT GTA TTC TTA CGG AAT CCC TGA T
V F L R N P *