ENZYME NOMENCLATURE

By
Laras Ragil Kuncoro Putri
1206212363
Teknologi Bioproses
OUTLINE
Definisi Nomenklatur
Sistem Nomenklatur
Klasifikasi Enzim
Kode Enzim
Enzim Alkil Sulfatase
Satuan Enzim
Label Enzim
Definisi Nomenklatur
Nomenklatur adalah tata
nama untuk memberikan
keseragaman nama
makhluk hidup yang
dipelajari sehingga
memudahkan dalam
berkomunikasi (Sutarno
dkk, 2007).
Sistem Nomenklatur
Enzim diklasifikasikan
menjadi enam kelompok
berdasarkan reaksi
katalisisnya. Nomenklatur
enzim ditentukan oleh
Enzyme Commission pada
tahun 1961 (dengan
perbaharuan terakhir pada
1992), oleh karena itu semua
enzim diberi nomor EC
(Spring, 2005).
Klasifikasi Enzim
Klasifikasi enzim secara internasional telah menempatkan semua
enzim ke dalam enam kelas utama, masing-masing dengan
subkelas, berdasarkan atas jenis reaksi yang dikatalisisnya.

Nama enzim Kelompok kecil
berdassarkan
subatratnya
Contoh Tipe reaksi
yang dikatalis
Oksidoreduktase Dehidrogenase Alkohol
dehidrogenase
Transfer
elektron
Katalase
Transferase Heksokinase Transfer gugus
fungsi
Hidrolase Karbohidrase amilase, maltase,
sukrase, laktase,
selulase, pektinase
Reaksi
hidrolisis
Esterase Lipase, fosfatase
Protease Peptidase, gelatinase,
renin
Nama enzim Kelompok kecil
berdassarkan
subatratnya
Contoh Tipe reaksi yang
dikatalis
Liase Piruvat
dekarboksilase
Pemutusan ikatan C-C,
C-O, C-N, membentuk
ikatan rangkap
Isomerase Maleat
isomerase
Pemindahan gugus di
dalam molekul ,
membentuk isomer
Ligase (sintetase) Piruvat
karboksilase
Pembentukan ikatan C-
C, C-S, C-O, dan C-N
oleh reaksi kondensasi
Klasifikasi Enzim
Klasifikasi enzim secara internasional telah menempatkan semua
enzim ke dalam enam kelas utama, masing-masing dengan
subkelas, berdasarkan atas jenis reaksi yang dikatalisisnya.

Urutan Subkelas
3.1. Bekerja pada ikatan ester
(esterase)
3.2. Bekerja pada senyawa
glikosil (glikosidase
3.3. Bekerja pada ikatan eter
3.4. Bekerja pada ikatan peptida
(peptidase)
3.5. Bekerja pada ikatan C-N
yang bukan peptida
(amidase)
3.6. Bekerja pada ikatan asam
anhidrida
3.7. Bekerja pada ikatan C-C
Klasifikasi Enzim Hidrolase
Urutan Subkelas
3.8. Bekerja pada ikatan halida
3.9. Bekerja pada ikatan P-N
3.10. Bekerja pada ikata S-N
3.11. Bekerja pada ikatan C-P
3.12. Bekerja pada ikatan S-S
3.13. Bekerja pada ikatan C-S
Klasifikasi Enzim Hidrolase
Kode Enzim
Pada tahun 1964, International Union of
Biochemistry menyusun sebuah urutan
nomenklatur enzim sebagai berikut:
Nomor urut kelompok I
Salah satu dari 6 pembagian umum
Nomor urut kelompok II
Subklas, substrat, atau jenis reaksi
Nomor urut kelompok III
Subklas, jenis reaksi yang lebih detail lagi,
biasanya memerlukan NAD dan ko-enzim
Nomor urut keompok IV
Nomor seri dalam subklas tersebut.

(Winarno, 1995)
Enzim Alkil Sulfatase
Nomenklatur enzim Alkil Sulfatase
berdasarkan IUBMB (international
Union of Biochemistry and
Molecular Biology) adalah EC
3.1.6.19.
Enzim Alkil Sulfatase
EC 3.1.6.19
Kepanjangan
dari Enzyme
Commision
Masuk ke dalam kelas
ezim HIDROLASE
Dalam kelas hidrolase
tergolong ke dalam
subkelas pertama yaitu
ESTERASE yang bekerja
pada ikatan ester
Tergolong ke
dalam subkelas
esterase yang
bekerja pada
ikatan SULFAT
Alkyl Sulfhatase masuk
ke dalam URUTAN 19
pada pada sub-
subkelas ke 6 dari
subkelas esterase.
Kode EC 3.1.6.19
Nama (R)-specific secondary-
alkylsulfatase;
S3 secondary
alkylsulphohydrolase;
Pisa1;
secondary
alkylsulphohydrolase;
(R)-specific sec-
alkylsulfatase;
sec-alkylsulfatase
Kelas Hydrolases;
Acting on ester bonds;
Sulfuric-ester hydrolases
Nama Sistematik (R)-secondary-alkyl sulfate
sulfohydrolase [(S)-
secondary-alcohol forming]
Enzim Alkil Sulfatase
Reaks (IUBMB) an (R)-secondary-alkyl
sulfate + H
2
O an (S)-
secondary-alcohol +
sulfate
Substrat (R)-secondary-alkyl
sulfate;
H
2
O
Produk (S)-secondary-alcohol;
sulfate
Kofaktor Zn(2+)
Sejarah EC 3.1.6.19 created 2013
Enzim Alkil Sulfatase
Substrat Keterangan Organisme Produk
(3R)-pentan-
3-yl sulfate +
H2O
Aktivitas rendah Pseudomonas
sp.
(3S)-
pentan-3-ol
+ sulfate
(4R)-heptan-
4-yl sulfate +
H2O
L-isomer jauh lebih mudah
dihidrolisis daripada D-isomer.
Enzim hidrolisis dari kelompok
ini disertai dengan inversi
konfigurasi pada atom karbon
asimetris.
Pseudomonas
sp.
(4S)-
heptan-4-ol
+ sulfate
(5R)-nonan-5-
yl sulfate +
H2O
L-isomer jauh lebih mudah
dihidrolisis daripada D-isomer.
Enzim hidrolisis dari kelompok
ini disertai dengan inversi
konfigurasi pada atom karbon
asimetris.
Pseudomonas
sp.
(5S)-nonan-
5-ol +
sulfate
Contoh Reaksi Enzim Alkil Sulfatase
Inhibitor Enzim Alkil Sulfatase
Inhibitor Organisme
decan-5-yl sulfate Pseudomonas sp.
K+ Pseudomonas sp.
octan-5-yl sulfate Pseudomonas sp.
Nilai Km (mM)
KM Value [mM] Substrat Organisme Keterangan
1.5
(5R)-nonan-5-yl
sulfate
Pseudomonas
sp.
pH 7.5, 30C
15
(4R)-heptan-4-yl
sulfate
Pseudomonas
sp.
pH 7.5, 30C
40
(3R)-pentan-3-yl
sulfate
Pseudomonas
sp.
pH 7.5, 30C
Aktivitas Spesifik Enzim Alkil Sulfatase
Aktivitas Spesifik Minimum
[mol/min/mg]
Keterangan Organisme
124.3 pH 7.5, 30C
Pseudomonas sp.
Temperatur
Optimum [C]
Temperatur
Optimum
Maksimum [C]
Organisme
30 - Pseudomonas sp.
22 -
Sulfolobus
acidocaldarius
30 - Rhodococcus ruber
Temperatur Optimum Enzim Alkil Sulfatase
pH Range Enzim Alkil Sulfatase
pH Range
pH Range
Maksimum
Organisme Keterangan
5 9.2
Pseudomonas
sp.
5.0: about of 40% of
maximal activity with
nonan-5-yl sulfate, about
80% of maximal activity
with heptan-4-yl sulfate. pH
9.2: about 55% of maximal
activity with nonan-5-yl
sulfate
6.5 9
Rhodococcus
ruber
pH 6.5: about 55% of
maximal activity, pH 9.0:
about 50% of maximal
activity
Satuan Enzim
Enzyme Commission of the International
Union of Biochemistry mengusulkan suatu
definisi suatu satuan enzim:
Satu satuan (unit) suatu enzim adalah
jumlah enzim yang mampu
mengkatalis perubahan 1 substrat
per menit pada kondisi tertentu.
Namun apabila substrat adalah
senyawa polimer, maka istilah 1
substrat diganti dengan 1 mikro
ekuivalen gugus penting senyawa
tersebut.
(Winarno, 1995)
EC 2.3.1.29 - glycine C-acetyltransferase
Merupakan enzim dari kelas Transferase
Contoh Reaksi:
Acetyl-CoA+glycine=CoA+L-2-amino-3-
oxobutanoat
Berasal dari Organisme E. Coli, Sus scrofa,
dll.
Aktivitas spesifik dari enzim ini adalah
2.76 mol/min/mg pada bakteri E.coli
Label Enzim
EC 3.2.1.23 - beta-galactosidase
Merupakan enzim dari kelas Hidrolase
Tipe Reaksi:
Hidrolisis dengan organisme Geobacillus
stearothermophilus
Hidrolisis ikatan O-Gglikosil oleh organisme Mus musculus
dan Aspergilus oryzae
Berasal dari Organisme Geobacillus stearothermophilus,
Aspergilus oryzae, Mus musculus , dll
Aktivitas spesifik dari enzim ini adalah 0.19 mol/min/mg
dengan bakteri Geobacillus stearothermophilus
Label Enzim
EC 4.4.1.22 - S-
(hydroxymethyl)glutathione synthase
Merupakan enzim dari kelas Liase
Reaksi:
S-
(hydroxymethyl)glutathione=glutathione+
formaldehyde
Berasal dari Organisme Paracoccus
denitrificans.
Aktivitas spesifik dari enzim ini adalah
350 mol/min/mg
Label Enzim
Reference
Winarno, F.G.1995.Enzim-Enzim Pangan.Jakarta: Gramedia Utama
ExplorEnz.2010.The Enzyme List Class 3-Hydrolase. (diakses dari
http://www.enzyme-database.org/downloads/ec3.pdf pada 12 September 2014)
Meyanto, Edi. 2008. VI. Konsep Dasar Enzim. (diakses dari
http://edymei.blog.ugm.ac.id/files/2008/12/vi-konsep-dasar-enzim.pdf pada 4
September 2014)
Np.nd. Enzyme Nomenclature. (diakses dari http://www.chem.qmul.ac.uk/
pada 11 September 2014)
Np.nd. EC 2.3.1.29 - glycine C-acetyltransferase. (Diakses dari
http://www.brenda-enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=2.3.1.29 pada 11
September 2014)
Np.nd. EC 3.1.6.19 - (R)-specific secondary-alkylsulfatase. (Diakses dari
www.brenda-enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=3.1.6.19 pada 11
September 2014)
Np.nd. EC 3.2.1.23 - beta-galactosidase. (Diakses dari http://www.brenda-
enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=3.2.1.23 pada 11 September 2014)
Spring.2005.Enzyme Nomenclature (diakses dari http://www.enzyme-
database.org/downloads/ec3.pdf pada 12 September 2014)