Anda di halaman 1dari 3

Pembuatan Peta Restriksi DNA Plasmid

I. Tujuan Praktikum
Mahasiswa dapat menentukan peta restriksi DNA plasmid.
II. Hasil

(a) (b)


















M
M
3.I 3.II 4.I 4.II 1.I 1.II 2.I 2.II
5.I
7.I 7.II 8.II 8.I
5.II
6.I 6.II
Gambar 1. (a) Hasil visualisasi fragmen DNA plasmid oleh enzim retsriksi pada gel agarosa 0,8%,
volume 10 l per well. 1.I=EcoRI; 1.II=EcoRI+SacI; 2.I=BamHI; 2.II=BamHI+EcoRI; 3.I=SacI;
3.II=SacI+BamHI; 4.I=ddH2O; 4.II= EcoRI+SacI; 5.I= EcoRI; 5.II= EcoRI+BamHI; 6.I= BamHI;
6.II=BamHI+SacI; 7.I=SacI; 7.II=SacI+EcoRI; 8.I=ddH2O; 8.II=EcoRI+BamHI. (b) Marker DNA
yang digunakan HL 1 kb plus.








Perlakuan Jarak migrasi (cm) Ukuran fragmen (bp)
SacI (3I)
1,42
1.60
SacI+BamHI
(3II)
1,54
1,68


III. Pembahasan
Pada percobaan kali ini bertujuan agar praktikan dapat menentukan peta retriksi dari DNA
plasmid. Peta restriksi adalah gambaran struktural informasi DNA yang diperoleh melalui proses
pemotongan DNA tersebut dengan menggunakan enzim restriksi. Pembuatan peta restriksi didasarkan
pada besarnya potongan yang terbentuk yang diidentifikasi dari hasil elektroforesis.
Peta Restriksi yang dilakukan pada percobaan menggunakan plasmid EGAD berukuran 12594bp
yang dipotong dengan enzim restriksi EcoRI, SacI, BamHI dan gabungan antara dua enzim restriksi
tersebut. Jarak pergerakan fragmen DNA berbanding terbalik dengan logaritma besarnya fragmen
tersebut. Hasil regresi dari data jarak migrasi fragmen DNA pada marker DNA molecular Weight
Markers HL 1 kb plus dan logaritma besarnya fragmen DNA menghasilkan persamaan y= 0,539x+4,927
dengan nilai R
2
sebesar 0,995.
y = -0.5397x + 4.9277
R = 0.9952
0
1
2
3
4
5
0 2 4 6
l
o
g

u
k
u
r
a
n

(
b
p
)


jarak migrasi (cm)

kurva ukuran DNA vs Jarak migrasi
Marker (cm) Marker (bp) Log Marker (bp)
1,54 12007 4.07943451
1,72 10000 4
1,90 8000 3.90308999
2,10 6000 3.77815125
2,25 5000 3.69897
2,45 4000 3.60205999
2,70 3000 3.47712125
2,84 2500 3.39794001
3,04 2000 3.30103
3,28 1500 3.17609126
3,63 1000 3
3,96 700 2.84509804
4,17 500 2.69897
4,50 250 2.39794001
Tabel 1. Jarak migrasi marker (cm) dengan log
ukuran DNA (bp).
Gambar 2. Kurva regresi ukuran DNA terhadap
jarak migrasi dengan y= 0,539x+4,927 dan R
2

= 0,995.
Tabel 2. Perlakuan plasmid, jarak migrasi pita dan ukuran pita
kelompok tiga (3).

pEGAD
12594bp
Saat dilakukan pemotongan dengan enzim SacI, diperoleh dua band (....dan.... bp) yang
mengindikasikan plasmid ini memiliki dua situs restriksi SacI. Ketika dilakukan double digestion, antara
SacI dan BamHI diperoleh dua band (.... dan... bp).
Jika dilihat dari total ukuran DNA plasmid, setiap well memiliki total ukuran yang berbeda. Hal
ini disebabkan pergerakan DNA pada saat elektroforesis dipengaruhi oleh banyak hal, bukan hanya
ukuran fragmen DNA itu saja.Oleh karena itu umumnya molecular weight marker digunakan hanya
untuk memperkirakan besar fragmen saja, bukan untuk menghitung ukuran secara presisi seperti yang
praktikan lakukan di atas.

IV. Kesimpulan
- Untuk pembuatan peta restriksi dapat digunakan suatu metode di mana pemotongan dilakukan
dengan enzim secara individu dan secara campuran.
- Dengan demikian kita akan mendapatkan band-band hasil pemotongan enzim secara individu dan
data pemotongan dari campuran enzim. Potongan-potongan band tersebut yang nantinya akan
disusun menjadi peta restriksi.


V. Daftar Pustaka
Karp, Gerald. (2010). Cell And Molecular Biology: Concepts and Experiments sixth edition. RR
Donnelley.
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold spring
Harbor Laboratory Press. USA.
Teare JM et al. 1997. Measurement of nucleic acid concentrations using the DNA quant and the
genequant. Bio Techniques 22:1170-1174.