Baedah Madjid

BGN. MIKROBIOLOGI
FAK. KEDOKTERAN UNISA PALU
2013

Hasil Diag Lab tergantung pd:
1. Pemilihan specimen (specimen of choice)
2. Pengambilan, penanganan, pengiriman, dan
penyimpanan specimen
3. Yang paling sensitif pada isolasi virus adalah
pemilihan sistem atau medium hidup yg
akan digunakan.
Saliva
Bilasan nasal
Apusan atau aspirasi dari tenggorok , nasopharyng
Bilasan bronchus atau bronchoalveolar
Rectal swabs & tinja
Urine
Apusan lesi pada kulit dan membran mukos
LCS fluids dll cairan tubuh steril
Darah
Sumsum tulang
Jaringan
Serum untuk antibody testing

Idealnya specimen harus segera diproses
Bahan pemeriksaan untuk diag virus biohazard
potensial , perlu langkah2 prosessing & kontrol
kualitas yg canggih perlu laboratorium khusus.
Specimen ditempatkan dlm es dan segera dikirim ke
laboratorium.
Kl hrs ada penundaan lemsari es, bukan frizer
Specimen hrs sdh diproses paling lambat 12-24 jam
setelah pengamblan.
Kl mau disimpan sampai 5 hari, simpan specimen
pada 4
o
C .
Penyimpanan selama hari, harus pd -20
o
C
atau yg lebih baik lagi - -70
o
C.
Specific clinical diagnosis
Need Specific Laboratory Setting
Supporting Laboratory:
1. Direct microscopic examination
2. Serologic examination
3. Viral isolation and identification
4. Experiments to animals
5. Molecular biology detection
Nutrien broth
Sterile aqua destilata

Pengiriman jarak jauh: gunakan glycerol
50% sebagai pengawet atau dry ice,dan
segera dikirim ke laboratorium.

gbr
Prosedur pengiriman
Specimen

Harus ada izin pengiriman
Specimen dipak menurut peraturan
internasional.
Semua Vial diberi label
Disertai surat pengantar berisi kunci
sampel
Kuestionnair diisi, daftar specimen
1. Cytology
2. Electron Microscopy
3. Immuno-diagnosis
4. Nucleic acid Probes & PCR
5. Isolasi Virus
1. Cytology
Rapid test ntuk melihat viral inclusion yg khas,
Inclusion terdapat pd sel tunggal atau pada
syncytial cells,
Viral inclusion: Struktur intrasellular yg terbentuk
oleh aggregat virus di dalam st sel yg terinfeksi,
atau akumulasi abnormal dari dari bahan-bahan
sellular sebagai akibat gangguan metabolisme yg
diinduksi oleh virus.
Syncytial cells: Kumpulan sel-sel dengan
aggregat membentuk sel besar dengan inti
multipel.
1. Cytology
Cytology : untuk mendeteksi virus2
varicella-zoster, herpes simplex, &
cytomegalo virus
Untuk melihat inclusion atau syncyttia
biasanya digunakan Papanicolaou (Pap)
smear atau preparat hapus yang diwarnai
dgn pewarnaan Giemsa.
Syncytial Cells
HVS 2 Cytophatic Effect
Keuntungan dan Kerugian Rapid Test
Keuntungan
Hasil cepat didapat : 30 menit
Bermanfaat untuk mendeteksi wabah influenza
Bisa digunakan untuk penatalaksanaan klinik
Prosedurnya sederhana, bisaa dilakukan dgn
berbagai metode

Kekurangan
Kurang akurat dibanding dgn biakan virus atau PCR
Bbrp test tdk bs bedakan infeksi A & B
Tdk bs mengidentifikasi subtype virus
Tdk ada data strain, molecular atau sequence
Test kurang sensitif
2. Electron Microscopy
Bbrp lab gunakan EM Banyak kerja , tp relatif
tdk sensitif.
EM : sgt membantu dlm mendeteksi viruses yg
lambat tumbuh pd cell culture dan hasilnya
bagus pd jumlah virus yg sedikit 106 to 107
particles perml.
Immune EM visualisasi partikel virus dlm
jumlah kecil terlalu kecil untuk bs dideteksi
secara langsung. Dgn menambah antiserum
spsifik pd suspensi test partikel virus
membentuk aggregat (Virus-Ab bound
aggregates)
3. Immunodiagnosis
Sangat baik, sdh bisa dibeli
Metode:
- Fluorescence Antibody Test
- Enzymes Immuno Assay
- Radioimmunoassay
- Latex Agglutination Test
- Immunoperoxidase Test
Sudah tersedia sistem deteksi virus :
- Fluorescence
- Elisa
4. Nucleic acid Probes & PCR
Nucleic acid Probes
Probe: sepotong kecil DNA dipakai untuk
menghibridasi DNA atau RNA yg sesuai pd
sampel.
Probe ini dilabel dengan fluorescent
chromogenic, atau radioactive tag, shg
bisa dideteksi bila terjadi hibridisasi.
Reaksi probe terjd in situ, misalnya pd
irisan jaringan yg tipis, cairan, atau pd st
permukaan pembuluh darah atau membaran.
DNA
4. Nucleic acid Probes & PCR
Polymerase Chain Reaction = PCR
Pd metode ini terjd duplikasi st segmen
pendek DNA menjd seribu sampai sejuta
segmen.
Lebih sensitif bl diabnding dgn probe.
Sudah tersedia primer untuk deteksi virus.
Polymerase Chain Reaction = PCR
Polymerase Chain Reaction = PCR
5. Isolasi Virus
1. In ovo dlm telur berembrio
2. Invitro dlm tissue/cell culture
3. In vivo dlm biatang percobaan
di laboratorium

1. In ovo dlm telur berembrio
Lbh baik dp in vivo, karena:
1. Embrio telur bersih dan steril, bebas
bakteri
2. Tdk memiliki mekanisme kekebalan
seperti yg dimiliki binatang percobaan
3. Tdk butuh makanan & kandang
4. Embrio ayam mempunyai beberap
amnionic pouch, allantoic cavity, dan
corialantoic membrane.
Kelemahan in OVO
Telur bs terkontaminasi mycoplasma &
latent poultry virus yg bs mengganggu
pertumbuhan virus lain
Embrio ayam sensitif hanya pada
beberapa jenis viruse
2. Invitro dlm tissue/cell culture
Ada 3 jenis tissue culture:
1. Culture of organs; dari tracheal ring
digunakan untuk isolasi coronavirus
2. Explant culture, tissue slash diletakkan pd
bekuan plasma. Cara ini tak digunakan lg.
Dulu dipakai untuk kulturi adenoviruses.
3. Cell culture; Cara yang terbaik dan banyak
dipakai secara rutin pd virologi.
Cell culture
Sel-sel pd irisan jaringan dilepaskan dengan
proteolytic enzym; tripsin dll atau secara
mekanik
Sel dicuci, kemudian disuspensikan dlm
medium untuk kultur, dismpan dlm lempeng
petri, tabung reaksi, atau botel.
Sel melekat dan membentuk sat lapisan
(monolayer) pd dinding yg bisa dilihat dgn
mikroskop pembesaran kecil
3 macam cell culture
1. Primary cell culture
2. Diploid cell strain
3. Continous cell pathway

1. Primary cell culture
Sel normal diambil dari tubuh untuk
pertama kalinya, yang kemudiaan bs
dipindahkan dan dibiak berulang-ulang.
Dipakai untuk isolasi viral dan biakan
untuk membuat vaccin;
Kidney cell culture dari rhesus monkey,
amnion cell culture manusia, chicken
embryo fibroblast culture, etc. .
3 kinds of cell culture
2. Diploid cell strain
Mampu membelah 100 kali dlm
culture. Dipakai untuk isoslasi virus
patogen yg sulit dibiak dan pada
pembuatan vaccine; strains of
human embryo lung cells (WI-38)
dan strain of rhesus embryo cells
(HL-8)



3. Continous cell pathway
Kelompok sel yg bisa membelah tanpa batas
seperti sel yang berasal dari sel kanker.
Bisa dibiak dlm beberapa generasi dgn
memindahkan dr st tabung ke tabung yg lain.
Misalnya HeLa cells (cell strain dari human ca
cervix), KB (cell strain dari human ca nasoph),
EP2 (cell strain dari epitelioma), Mc Coy (cell
strain dari human ca sinovia), BAK21 (cell strain
dari hamster baby kidney) dan Detroid-6 (cell
strain dari human chest SST)


1. Isatin beta-thiosemikarbason (IBT)
Menghambat pembentukan nuclear protein dan
menyebabkan kerusakan DNA menghambat
reproduksi pox dan adenovirus .
3 mg/lt IBT menghambat reproduksi virus vaccinia
Marboran (N-metil IBT) oral rmenurunkan infeksi
pox di India dan Pakistan
Cocok untuk profilaksis


Substansi Anti viral
2. 2-Hidroksi-bensil-bensimidasol (HBB)
dan guanidin
Menghambat enteroviruspolio virus
Menghambat replikasi RNA SS
In vivo tdk bermanfaat sebagai antivirus,
mudah bermutasi.
Substansi Anti viral
3. Rifampisin
Dihasilkan dari fermentasi Streptomyces
mediterania
Berx dgn RNA polymerase menghambat
transkripsi
Konsentrasi tinggi menghambat
reproduksi pox dan adenovirus
Substansi Anti viral
4. Cytarabine
Menghambat sintesis DNA dgn cara bergabung
dengan dan menghambat polimerasi DNA
Berbahaya bl diberikan secara sistemik,
karena toksisitasnya
5. Dactinomycin
Menghambat ssintesis RNA
Imenghambat reproduksi Myxovirus
Toksik terhadap sel binatang

Substansi Anti viral
6. Phosphonoacetic acid
Menghambat repslikasi virus herpes
symplex
Meghambat polimerasi DNA herpes,
bagus dipakai sebagai khemoterapi infeksi
herpes virus
Substansi Anti viral
7. Amantadine dan rimantadine
Menghambat proses awal infeksi dan
morfogenesis virus
Mempengaruhi proses penetrasi dan
pelepasan envelope virus.
Menghambat M protein dari influenza A
virus
Dgn cell membrane
Bagus juga untuk rubella virus dan
arenavirus.


Substansi Anti viral
8. Vidarabine
Aktif terhadap human herpes virus
Menghambat sintesis DNA virus
Bukan immunosupressive
Indeks terapeutiknya tinggi untuk herpes bl
dibandingkan dgn ARA-C--cytarabine
Substansi Anti viral
9. Acyclovir
Menghambat sintesis DNA virus tetapi
memerlukan enzim dr sel (viral thymidine
kinase dan cellular thymidin kinase)
Khusus untuk herpes simplex virus dan
varicella zoster tp bs juga dipakai untuk
cytomegalovirus dan epstein barr
Substansi Anti viral
10. Ganciclovir
Menganggu sintesis DNA synthesis dgn
polimerasi DNA
Lebih bagus untuk cytomegalovirus dp
untuk herpes simplex
Reaksi toksiknya kecil
Substansi Anti viral
11. Zidovudine (AZT)
Analog Pyrimidine, bekerja pada
perubahan transcriptase enzyme.
Menghentikan sisntesis DNA
Aktif terhadap retrovirus;HTLV1, HIV1
dan HIV2

Substansi Anti viral
12. Ribavirin (virazole)
Aktif terhadap bermacam-2 virus RNA dan
DNA; RSV, influenza A dan B, parainfluenza
1, rubeola virus, hepatitis A dan HIV

13. Phosphonoformat PFA
Menghambat aktivitas polimerasi DNA
dari Herpes simplex, cytomegalo, hep B.
dan juga retrovirus

Substansi Anti viral
14. Thymidine analog
IDU; 5-iodo-2-deoksi uridin
TFT; triflorotimidin
BVDU; bromovinil deoksiuridin
Mengganggi translasi dan transkripsi
genome
Aktif terhadap simplex and cytomegalo
Pemakaian sistemik toksik

Anti viral substance
15. Protein synthesis inhibitor
Berguna pd penelitian virus c;
Menghambat replikasi virus pd berbagai
stadium siklus replikasi.
Cyclohexamida, puromycin,
p-fluronilalanin
Semua menghambat sintesis protein virus
dan sel.

Anti viral substance
Interferon
Substansi Antiviral yang dihasilkan oleh sel
host yg preinfektif dan bs digunakan untuk
mencegah reinfeksi pada sel binatang
normal
Sifat utama;
1. Sangat aktif, biasanya bergabung dgn
protein lain dlm serum. Interferon
adalah protein pd pH=2, 4
o
C, selama 48
jam, melindungi sel dari infeksi virus.


2. Interferon: species specific, dan terbentuk
setelah infeksi virus atau bakteri, atau
setelah uptake bahan kimia tertentu.
3. Interferon tidak menghambat reproduksi
virus tetapi melindungi sel dari effect yang
disebabkan oleh virus. Interferon
menstimulasi sel untuk membentuk protein
yang menghambat reproduksi virus.
4. Ada 3 jenis interferon manusia; Interferon
leucocyte dari leucocyte, Interferon
fibroblast dan Interferon immune dari
lymphocyte.

Interferon
Obat-obat lain
Levamisol isoprinosin In-osiplex
sebagai immunostimulant
Effective terhadap virus RNA dan DNA
Amonium 21 tungsto 9 antimonate (HPA)
suramin dicoba terhadap HIV AIDS
Beberapa zat untuk pewarnaan
Penggunaan pewarnaan dan illuminasi untuk
mematikan virus infektif yang baru terbentuk