TRANSKRIPSI DAN REGULASI GEN

PENDAHULUAN
Dogma sentral genetika molekuler menerangkan bahwa informasi yang terdapat
pada DNA akan digunakan untuk menghasilkan RNA melalui suatu proses yang disebut
transkripsi, dan informasi yang terdapat pada sebagian RNA digunakan untuk menghasilkan
protein melalui suatu proses yang disebut translasi. Transkripsi dilaksanakan oleh RNA
polimerae, sedangkan translasi dikatalis oleh berbagai enzim yang bergabung dengan
ribosom. Molekul molekul RNA dan protein yang disintesis selama masa perkembangan
dan atau pemeliharaan suatu organism menentukan karakteristik organism tersebut.
!nformasi untuk mensintesis suatu RNA tertentu terletak hanya pada salah satu dari
kedua untai DNA. "ntai yang mengandung informasi untukmembuat sebuah molekul RNA
dan yang #diba$a% oleh RNA polymerase disebut sebagai untaian $etakan &template' atau
untai sense. "ntai yang merupakan komplemen $etakan kadang kadang disebut untai
nonsense karena tidak mempunyai informasi untuk membuat RNA atau protein. Namun
demikian, tidak semua $etakan yang mengkodekan RNA terletak pada untai DNA yang sama.
RNA messenger yang menentukan sintesis protein disebut RNA sense,sedangkan RNA
komplementer bagi RNA sense disebut RNA antisense.
(ebagian besar gen, terutama gen yang mengkode protein, diregulasi sehingga hanya
diekspresikan pada waktu tertentu dan pada kadar yang dibutuhkan untuk mendukung
kehidupan sel ataupun mendorong pertumbuhan dan pembelahan sel.
Gen - gen Prokariotik
)en struktural adalah sekuens nukleotida DNA yang berperan sebagai $etakan untuk
sintesis RNA. *ada *rokariota, pan+ang rata,rata gen struktural penentu protein adalahsekitar
-.... pasang basa &pb', sedangkan pada eukariota sepan+ang -..... pb. )en struktural
beserta situs pengontrol yang mengatur
Protein regulator adalah protein yang dapat mempengaruhi ekspresi gen struktural
dengan $ara berikatan dengan situs pengomtrol yang terletak didekat gen struktural tersebut
sehingga transkripsi dapat diakti/asi atau direpresi &dihambat'. *rotein regulator yang
merangsang ter+adinya transkripsi gen disebut faktor transkripsi atau aktivator. Represor
adalah protein yang menghambat ter+adinya inisiasi suatu transkripsi ketika protein itu
berikatan dengan sekuens pengontrol yang disebut operator. *rotein yang mengakhiri
&menterminasi' proses transkripsi disebut protein terinator. Namun demikian,
kebanyakan proses transkripsi berakhir akibat adanya suatu sinyal dari sekuens terminator
spesifik yang terdapat pada DNA tersebutn atau RNA yang baru ditranskripsi. (e$ara umum,
akti/ator akan merangsang RNA polimerase untuk berikatan dengan situs promotor yang
terletak pada DNA di awal gen struktural, sedangkan represor akan menghambat pengikatan
RNA polimerase dengan DNA. (itus pengontrol adalah sekuens nukleotida pendek pada
DNA yang pan+ang -0 ,1. pb, yang mengontrol ekspresi gen struktural yang terletak
disebelahnya.
2peron yang paling sederhana terdiri dari satu gen struktural dan satu romotor yang
berperan sebagai situs pengikatan RNA polimerase. 2peron ini bersifat konsisutif, artinya,
diekspresikan se$ara terus menerus. 2peron regulator pada gambar - merupakan $ontoh
operon sederhana. 3eberapa operon sederhana mungkin diregulasi oleh suatu atenuator, yang
mengkodekan struktur RNA yang dapat mengakibatkan RNA polimerase menghentikan
proses transkripsi lebih awal.
(ebagian besar operon pada bakteri terdiri dari banyak gen struktural dan situs
pengontrol. *ada bakteri, banyak operon mengandung lebih dari satu gen struktural atau
sistron. 2peron operon polisistronik ini akan ditranskripsi men+adi satu mRNA tunggal.
Tiap daerah pengkode protein pada mRNA ditentukan oleh kodon start,nya sendiri, dimana
sintesis protein diterminasi. 2peron pada eukariota biasanya bersifat monosistronik, yaitu
hanya mengandung sebuah gen. Regulon adalah sekelompok operon yang ekspresinya di
$ontrol oleh sebuah protein regulator. 2peron yang terdapat pada regulon letaknya umumnya
tidak bersebelahan.
Inisiasi !an Terinasi Transkripsi
Transkripsi suatu gen struktural hanya ter+adi +ika di dekat u+ung gen tersebutada
promotor untuk pengikatan RNA polimerase. *ada bakteri, pan+angpromotor umumnya
sekitar -0,1. pb. (ekuens pasangan basa promotor tersebutmenentukan efisiensi pengikatan
dengan RNA polimerase dan dengan demikianmenentukan pula efisiensi transkripsi. *ada
banyak kasus, ikatan yang ter+adiantara RNA polimerase dan promotor suatu bakteri biasanya
bergantung pada sekelompok protein yang disebut faktor sigma &4'. Masing,masing +enis
faktor sigma menentukan +enis promotor yang akan dikenali oleh RNA polimerase. 3aik
faktor sigma maupun RNA polimerase sangat dibutuhkan agar pengikatan dengan promotor
dapat berlangsung se$ara efisien. (etelah ter+adi inisiasi transkripsi, faktor sigma akan
terlepas dari RNA polimerase &)ambar -,5a,$'.
Meskipun promotor pada prokariota sangat ber/ariasi, namun terdapat dua daerah
pendek yang dimiliki oleh sebagian besar promotor. *ada untainonsense terdapat sebuah
daerah yang mempunyai konsensus 06,TA!AA716 yang terletak sekitar -. pb sebelum inisiasi
transkripsi &,-. sekuens nukleotida'. (edangkan daerah lain yang terletak sekitar 10 pb
sebelum inisiasi transkripsi &,10 sekuen nukleotida' mempunyai konsensus 08,TT)A9A,
18.(ekuens konsensus mengandung sekuens nukleotida yang mempunyai tingkat kesamaan
tinggi pada berbagai promotor.
(ebagian besar terminator yang terletak di akhir molekul mRNA mengkodekan
sebuah daerah beruntai tunggal yang melipat ke dalam akibat ikatan hidrogen antara
pasangan,pasangan basa komplementer dan mengkodekan daerah terakhir yang mengandung
banyak urasil. (trukt/ hairpin yang terbentuk tersebut berinteraksi dengan RNA polimerase
dan merangsang terlepasnya molekul tersebut dari DNA. 3eberapa terminator membutuhkan
protein terminator semisal Rho &p' untuk mengaktifkannya &lihat )ambar :,5d,e'. Terminator
yang bergantung,Rho tersebut tidak mempunyai daerah yang kaya akan urasil &poli,"' di
u+ung 18,nya. protein NusA merupakan suatu protein faktor terminator lain yang tampaknya
berikatan langsung dengan RNA polimerase dan mengkatalisis terlepasnya enzim tersebut
dari DNA saat mendekati ;itus terminasi.
"peron La#
2peron laktosa &lihat )ambar :,-' merupakan suatu sistem model yang baik untuk
se+umlah konsep regulasi gen pada prokariota. 2peron ini terdiri dari tiga gen strukrural
&lacZ, lacY, dan lacA' dan tiga situs pengontrol &lacCRP, lacPl , dan lacO'. )en,gen
struktural la$<, la$y, dan la$A, se$ara berurutan mengkodekan enzim $-galaktosi!ase%
perease, dan transasetilase. =atabolisme &peme$ahan' laktosa sangat membutuhkan
protein ini. (itus pengontrol la$9R*, la$*l. dat la$2 se$ara berurutan merupakan situs
pengikatan untuk protein reseptor $AM*, RNA polimerase, dan represor laktosa.
2peron reguiator laktosa terdiri dari satu gen struktural (lacl' dan satusitus
pengontrol (lacP2'. )en struktural mengkodekan represor laktosa, sedangkan situs
pengontrol merupakan situs pengikatan RNA polimerase &suatu promotor'.
Dengan tidak adanya in!user &inducer', yaitu suatu molekul yang mengaktilkan
transkripsi operon, maka ekspresi operon akan terhambat karena represor laktosa terikat di
la$2. Represor menghalangi se$ara sterik pengikatan RNA polimerase ke lacPl dan inisiasi
transkripsi. Namun +ika terdapatlaktosa di dalam sel. maka laktosa akan diubah men+adi
alolaktosa oleh sel,dan alolaktosa tersebut berlungsi sebagai induser untuk operon tersebut.
>ika terdapat induser di dalam sel. maka induser akan men,tikat represor &protein 7a$!'
sehingga represor ini rnen+adi tidak aktif. 7a$! yang tidak aktif tidak $lapat berikatan dengan
operator sehingga RNA polimerase dapat berikatan dengan la$*l dan menginisiasi transkripsi
gen yang dibutuhkan untuk katabolisme &peme$ahan' laktosa.
3ahkan saat operon diinduksi, sel tidak akan dengan $epat dipenuhi oleh mRNA dan
protein karena mRNA rata,rata mempunyai umur paruh hanya 5,0 menit Artinya, dalam
waktu 5,0 menit setelah mRNA disintesis, separuhnya akan terdegradasi. *rotein lebih stabil
dari mRNA. (elain itu, seiring disintesisnya mRNA dan protein oleh sel, sel menghabiskan
sebagian simpanan molekul energi tertentu yang dimilikinya. *ada saat sel sedang melakukan
metabolisme dengan $epat, represi kata&olit akan menghentikan banyak operon katabolik,
termasuk operon laktosa. proses ini membutuhkan suatu molekul ke$il yang disebut a!enosin
onofosfat siklik &cyclic adenosine monophosphate, $AM*'. =adar $AM* dalam sel akan
menurun saat sintesis mRNA dan enzim laktosa meningkat. (ebaliknya, saat gen,gen
katabolik tidak diekspresikan lagi, kadar $AM* akan meningkat. Makin tinggi kadar $AM*,
makin banyak $AM* yang berikatan dengan protein yang disebut protein reseptor A'P
siklik &cyclic AMP receptor protein, 9R*', yang kemudian akan mengalami perubahan
konformasi &bentuk' sehingga dapat berikatan dengan situs pengikatan akti/ator &lacCRP'.
?al ini akan meregulasi transkripsi gen,gen operon laktosa.
Regulasi Gen Eukariotik
(ama seperti pada bakteri, gen,gen pada eukariota +uga diregulasi sehingga gen,gen
tersebut diekspresikan pada waktu dan kadar yang tepat untuk mempertahankan sel ataupun
mendorong pertumbuhan dan pembelahan sel. *ada organisme multiseluler, sel tidak hanya
harus bereaksi dengan senyawa,senyawa kimiawi dari lingkunganya, namun +uga harus
saling beker+a sama melalui sinyal,sinyal kompleks yang seringkali mempengaruhi akti/itas
gen.
(itus pengontrol pada eukariota mirip seperti yang terdapat pada bakteri, namun
memiliki lebih banyak situs pengontrol dan protein yang mempengaruhi tiap gen pada sel
eukariotik. @aktor transkripsi &T@' melekat pada situs pengikatan di daerah,daerah promotor
dan merangsang RNA polimerase untuk berikatan dengan situs promotor &lihat )ambar :,
1a,b'.
@aktor transkripsi diproduksi se$ara konstitutif &mutlak' karena banyak sekali gen
yang sangat bergantung padanya untuk ekspresi. *enambah &enhan$er' terikat pada akti/ator
transkripsi &TA' yang disintesis sebagai respons terhadap adanya sinyal,sinyal spesifik.
(ebagian besar enhan$er, misalnya yang mengikat )a-:, berada ratusan atau ribuan pasang
basa +auhnya dari situs promotor. Akan tetapi, beberapa akti/ator yang terinduksi, misalnya
@os dan >un, akan berikatan sangat dekat dengan situs promotor. TA dapat menyebabkan
DNA melengkung balik ketika berinteraksi dengan T@ di dekat promotor. lnteraksi antara
situs enh$tn$er dengan situs inisiator ini biasanya diperlukan untuk transkripsi di atas tingkat
dasar &basal' &)ambar :,1$'. =oakti/ator adalah protein a$ti/ator yang seringkaii
menghubungkan T@ danatau TA dengan RNA polimerase dan bisa +adi sangat penting dalam
ekspresi gen &)ambar :,1d'.
*ada sel bakteri hanya terdapat satu RNA polimerase, sedangkan pada transkripsi sel
eukariota terdapat tiga +enis RNA polimerase yang terlibat dalam ranskripsi di nukleus.
=etiga polimerase ini menginisiasi transkripsi hanya dengan kombinasi spesifik antara T@
dan TA. RNA polimerase ! mentranskripsi gen yang mengkode rRNA 0,A(, 5A(, dan -A(.
*olimerase ini seringkali ditemukan berasosiasi dengan kromosom di dalam nu$leolus. RNA
polimerase !! melakukan transkripsi dari promotor yang mengontrol sintesis pra,mRNA,
yang masih mengandung daerah pengkode &ekson' dan daerah bukan pengkode &intron'.
RNA polimerase !!! hanya mengenali promotor yang mengontrol sintesis RNA yang relatif
pendek, misalnya tRNA8 rRNA 0(, dan lain sebagainya.
Terikatnya RNA polimerase ke situs promotor bergantung pada +umlah T@, misalnya
kompleks T@!!D &lihat $amuar :,1a',yang mempunyai fungsi serupa dengan faktor sigma
pada bakteri. T@!!D merupakan yang pertama berikatan dengan suatu situs di dekat promotor
yang disebut boks TATA atau boks ?ogness yang tertetak ,5. sampai ,:. pb sebelum situs
awal transkripsi. (etelah terikat, T@!!D membantu pengaturan T@,T@ lain yang dibutuhkan
untuk inisiasi sintesis RNA &lihat gambar :,1b'. =ompleks faktor transkripsi dan RNA
polimerase membentuk kompleks pra,inisiasi yang menghasilkan transkripsi tingkat dasar.
!nduksi bagi transkripsi tingkat tinggi membutuhkan keberadaan akti/ator lainnya yang
berikatan dengan elemen enhan$er. *rotein akti/ator seperti 9tf, (p-, dan 2$t,- &lihat
)ambar :,1$' menyebabkan DNA melengkung balik sehingga protein akti/ator ini dapat
berinteraksi dengan kompleks pra,inisiasi dan memberi sinyal kepada RNA polimerase untuk
memulai sintesis RNA tingkat tinggi.
Perosesan RNA
(etelah ditranskripsi, RNA pada sel eukariotik akan mengalami suatu pemerosesan
&pro$essing'. Transkrip &hasil transkripsi' yang mengkode protein akan mengalami modifikasi
di dalam nukleus dengan penambahan tudung &$ap' B,metilguanin pada u+ung 08 dan ekor
poli,A pada u+ung 18 sepan+ang -..,50. nukleotida. 7alu pra,mRNA akan diubah men+adi
mRNA dengan $ara pemotongan intron,intron dan penyambungan &spli$ing' ekson,ekson.
*enyambungan ini sebagian besar dilakukan oleh kompleks enzim yang disebut spliceosome
di dalam nukleus. Spliceosome terdiri dari epat partikel ri&onukleoprotein nukleus ke#il
&small nuclear ribonucleoprotein particle, snRN*' berbeda yang beker+a sama membuat
u+ung,u+ung ekson pada transkrip &hasil transkripsi' primer berdekatan satu sama lain &lihat
)ambar :,:'. snRN* terdiri dari enam sampai sepuluh protein dan satu atau dua dari lima
RNA nukleus ke$il &small nu$lear,RNA, snRNA' yang dikenal dengan "l, A5, ":, "0, dan
"C. snRN* biasanya dinamai sesuai snRNA yang dibawanya.
"- snRN* akan berikatan dengan persambungan ekson,intron u+ung 08, sedangkan
"0 snRN* berikatan dengan RNA di dekat persambungan intron,ekson u+ung 18. (ementara
itu, ":,"C snRN* berikatan dekat "0, dan "5 akan berasosiasi dengan tempat di mana
nantinya terbentuk titik #a&ang lariat &lariat branch point, lihat )ambar :,:b,$'.
Spliceosome, khususnya "- snRN*, akan memotong u+ung 18 ekson &$ontohnya ekson 0
seperti pada )ambar :,:$'. "5 snRNA mengkatalisis pembentukan lariat, sementara itu "0
mengkatalisis pemotongan u+ung 08 ekson C dan menyambung ekson 0 dengan ekson C &lihat
)ambar :,:d'.
Dalam kasus yang paling sederhara, spli$eosome memi$u pemotongan sebuah intron
di antara dua ekson lalu menyambungkan kedua ekson tersebut. Namun dalam kasus yang
lebih kompleks, spliceosome dapat melakukan pen(a&ungan alternatif &alternative
splicing', yaitu penyambungan sebuah pra,mRNA men+adi kombinasi,kombinasi yang
berbeda dari ekson,ekson target. =emudian mRNA akan ditranspor ke sitoplasma untuk
ditranslasi men+adi protein.