BAB 14

REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI

Sekitar tahun 1947 beberapa tim penelitian membuktikan bahwa rekombinasi genetik
juga terjadi di lingkungan fag bakteri. Kajian tersebut tergantung pada penemuan banyak
mutan fag yang dapat di visualisasi atau diuji.
Rekombinasi Intergenik dan Pemetaan Fag Bakteri
Rekombinasi genetik di kalangan fag bakteri ditemukan selama perobaan infeksi
ampuran yang menggunakan dua strain mutan yang dibiarkan menginfeksi bakteri seara
simultan !melibatkan dua lokus"# dan hasilnya terjadi rekombinasi yang bersifat intergenik.
$ontoh perobaan yang dilakukan menggunakan bakteri %. $oli dengan dua strain
yaitu h&r !rentang inang wild type"# dan hr& !rentang inang lebar# lisis epat" yang
menginfeksi bakteri sejumlah ' buah. (asilnya didapatkan tipe rekombinasi hr& dan hr
disamping genotip induk. Kemudian dilakukan penghitungan frekuensi !presentase"
rekombinan dengan rumus sebagai berikut) !h&r&" & !hr" * plak total + 1,, - frekuensi
rekombinan. .ari data yang diperoleh terlihat kedua kelompok tipe rekombinan memiliki
frekuensi rekombinan yang sama# berarti tampaknya rekombinasi bersifat resiprok. Selain itu
strain mutan r yang terletak di kromosom beda diberi notasi sendiri seperti r1# r7.
(ershey dan Rotman mengemukakan bahwa mengau pada frekuensi rekombinan
yang keil banyak gen yang terangkai bersama !berdekatan" sebagai satu kelompok selalu
menunjukkan jarak kelompok pautan yang sama sebesar /,0. (ershey mengajukan hipotesis
yang menyatakan bahwa ada tiga kelompok pautan pada fag 12 yang berekombinasi seara
bebas antara kelompok tersebut ditandai oleh fekuensi rekombinasi sebesar /,0 bukan ',0.
Sekalipun ditemukan berbagai jarak pautan !frekuensi rekombinasi" tidak ada satupun yang
melampaui /,0.
.ilakukan juga perobaan menggunakan tiga strain bakteri !fag 12" yang melibatkan
/ gen yang hasilnya digunakan untuk memetakan gen fag. 3ertukaran genetik ketiga strain
berlangsung melalui dua alternatif) 1" terjadi dua rekombinasi yang berurutan dalam sel yang
sama4 pertama rekombinasi dua strain4 kedua rekombinasi antara rekombinan yang terbentuk
dengan strain ketiga# 2" terjadi perkawinan serempak antara ketiga kromosom dari ketiga
strain seara bersamaan.
3ada kebanyakan makhluk hidup interfensi genetik positip !nilai koefisien koinsidensi
51" yang berarti menghambat pindah silang di daerah kromosom terdekat. 3ada kondisi ini
nilai rekombinasi ganda lebih rendah daripada nilai harapan. Sedangkan pada fag nilai
interfensi genetik justru negatif akibat koefisien koinsidensinya61 yang berarti meningkatkan
frekuensi rekombinasi ganda yang lebih tinggi dibanding nilai harapan. 3enjelasan nilai
interferensi genetik yang negatif bersangkutan dengan dua keunikan reproduksi kromosom
fag yaitu lebih dari satu putaran 7perkawinan8 dapat terjadi antara kromosom9kromosom fag.
:rekuensi rekombinasi gen fag tampaknya tidak terjadi karena ada peningkatan
pertukaran genetik simultan yang riil pada dua interval kromosom berdekatan. :enomena ini
diatat oleh ;isonti dan .elbruk disebut interferensi rendah. <erkenaan dengan
peningkatan frekuensi ganda pada fag ada fenomena yang disebut interferensi negatif tinggi
dengan nilai frekuensi rekombinasi /, kali lebih tinggi yang sulit dijelaskan. .alam
hubungan ini terlihat bahwa perpasangan dan pertukaran yang terjadi di lingkup yang
kromosom yang keil akan meningkatkan peluang pertukaran genetik tambahan di dalam
batas daerah yang sempit.
Rekombinasi Intragenik
Seymour <en=er melaporkan rekombinasi intragenik tidak hanya terjadi pada
mahkluk hidup seluler eukariotik tetapi juga terjadi pada fag sebagaimana yang telah
dilaporkan dimana rekombinasi intragenik terjadi pada fag 14. 3ada awal dekade 19',
<en=er mengkaji lokus r11 fag 14 dan penelitian ini berhasil mengungkapkan sangat
jarangnya keberadaan rekombinan9rekombinan genetik yang terjadi akibat pertukaran yang
berlangsung dalam gen# bukan antar gen. Selain itu penelitian ini juga menunjukkan bahwa
rekombinasi genetik semaam itu terjadi antar .>? fag @fag bakteri selama infeksi simultan
terhadap E. coli. (asil kerja <en=er mengungkapkan peta rini lokus rll dan disebut sebagai
analisis struktur halus dari gen yang selanjutnya menjadi dasar pengembangan teknik DNA
sequencing.
Apaya pertama yang dilakukan <en=er dalam penelitiannya adalah melakukan isolasi
sebanyak9banyaknya mutan dalam lokus rll fag 14 dimana dalam upayanya <en=er berhasil
mengisolasikan sekitar 2,,,, mutan dalam lokus rll fag 14. Kuni analisis <en=er terletak
pada kenyataan bahwa mutan9mutan rll tidak dapat melisis suatu strain E. coli yang lain
!K12" yang telah dilisogenasi fagB meskipun mutan9mutan tersebut mampu menginfeksi dan
melisis E. coli <. <en=er juga menghitung jumlah ttal turunan mutan dan jumlah total
rekombinan wild-type untuk mengungkapkan frekuensi rekombinan. Antuk mengamankan
pelaksanaan perobaan dan menjaga ketelitian hasil perobaan dilakukan uji komplementasi.
Celalui uji komplementasi seluruh mutan lokus rll dipidahkan menjadi 2# yakni bagian
istron ? dan istron <# dari sinilah perobaan rekombinasi intragenik dalam istron ? dan <
dapat dilakukan.
>ilai frekuensi rekombinan dapat dihitung dengan membandingkan jumlah
rekombinan dan jumlah total turunan kemudian dikalikan 2. >ilai frekuensi rekombinan
dipandang setara dengan jarak antara 2 mutan. .ari hasil perobaan <en=er yang
mengungkapkan yang berupa peta lokus rll terlihat terdapat tapak9tapak yang mengalami
banyak mutasi !sehingga memiliki banyak mutan" yang selanjutnya disebut titik panas !hot
spots"# selain itu juga terdapat tapak9tapak yang tidak pernah mengalami mutasi sehingga
tidak memiliki mutan. .ari perobaan <en=er dapat dibuktikan bahwa suatu gen bukanlah
suatu partikel yang tidak dapat dibagi# dibuktikan bahwa gen adalah unit9unit mutasi dan
rekombinasi yang tersusun dalam suatu susunan spesifik.
Pertanaan
1. Delaskan bagaimana hasil dari yang diperoleh dari perobaan (ershey dan Rotman
terkait dengan hasil tipe rekombinan E
<erdasarkan hasil perobaan yang menggunakan dua strain# didapatkan kedua
kelompok tipe rekombinan mempunyai frekuensi yang hampir sama# berarti
tampaknya rekombinasi bersifat resiprok. Kemudian (ershey dan Rotman
mengemukakan frekuensi rekombinan yang keil banyak gen yang terangkai bersama
!berdekatan" sebagai satu kelompok selalu menunjukkan jarak kelompok pautan yang
sama sebesar /,0. Selain itu juga mengemukakan bahwa ada tiga kelompok pautan
pada fag 12 yang berekombinasi seara bebas antara kelompok tersebut ditandai oleh
fekuensi rekombinasi sebesar /,0 bukan ',0. Sekalipun ditemukan berbagai jarak
pautan !frekuensi rekombinasi" tidak ada satupun yang melampaui /,0.
2. <agaimana bisa nilai interferensi genetik pada fag bakteri bernilai negatifF :aktor apa
yang menyebabkan hal tersebutF
3enjelasan nilai interferensi genetik yang negatif bersangkutan dengan dua keunikan
reproduksi kromosom fag yaitu lebih dari satu putaran 7perkawinan8 dapat terjadi
antara kromosom9kromosom fag. .alam hal ini satu kromosom yang sebelumnya
telah mengalami satu kejadian rekombinasi dapat 7kawin lagi8 dan dapat mengalami
rekombinasi kembali pada suatu daerah !interval" kromosom yang berdekatan.
Sebagai ontoh a b&& dapat kawin dengan suatu kromosom a b dan a
1
b sehingga
terbentuk rekombinan ganda ab&.