Dua infeksi mikobakterium yang sering menjadi komplikasi AIDS
adalah Mycobacterium tuberculosis dan Mycobacterium avium-intracellulare. Tuberkulosis banyak dijumpai pada penyalah guna obat dan pasien AIDS di negara berkembang, kejadian meningitis tuberkulosis pada pasien dengan immunosupresi juga lebih besar dibanding populasi normal. Tidak ada perbedaan dalam hal diagnosis dan terapi, sama seperti pasien non-AIDS. Infeksi mikobakterium atipikal biasanya berhubungan dengan lesi destruktif serebral lainnya dan berespon buruk terhadap terapi.
Neuroshyphilis. Syphilitic meningitis dan meningovascular syphilis meningkat insidensinya pada pasien AIDS. Hitung jenis sel pada cairan serebrospinal merupakan tanda yang tak reliabel untuk aktivitas luetik, diagnosis sepenuhnya menggunakan tes serologi. AIDS tidak menyebabkan positif palsu untuk tes syphilis. Organisme lain yang jarang seperti Rochalimaea henselae (dari golongan Bartonella), yang menyebabkan cat-scratch fever, ditemukan dalam jumlah yang besar pada pasien AIDS dan dapat menyebabkan ensefalopati.
Tes Diagnosis untuk Infeksi HIV. Banyak uji penapis yang saat ini tersedia untuk mendeteksi antibodi HIV. Sebagian besar menggunakan ELISA, yang memiliki sensitivitas yang tinggi. Walaupun begitu masih terdapat kejadian reaksi positif palsu, terutama saat tes digunakan untuk menapis orang dengan resiko rendah terinfeksi HIV. Semua pasien dengan ELISA positif membutuhkan pemeriksaan ulang. Tes western blot mengidentifikasi antibodi protein viral spesifik, memiliki spesifisitas lebih besar dari ELISA sehingga digunakan untuk konfirmasi jika uji tapis positif. Tes terbaru yang sedang dikembangkan adalah menggunakan purified antigen yang memiliki spesifitas lebih tinggi dibanding alat tes terdahulu.
Terapi. Terapi untuk infeksi HIV/AIDS sangatlah sulit, karena penyakit berlangsung kronik dan mengancam jiwa. Pasien dan keluarganya perlu konseling dan edukasi, dan bantuan psikologis berkala dibutuhkan selain mengkonsumsi regimen obat. Terapi obat untuk HIV secara kontinyu berubah secara cepat. Kombinasi tiga, terkadang empat obat, termasuk inhibitor reverse transcriptase (AZT dan 3TC atau lamivudine, bekerja secara sinergis dan mampu menembus sawar darah otak), juga obat baru golongan protease inhibitor (contoh indinavir) yang pada 90% pasien mampu menghilangkan virus dalam waktu setahun. Saat ini terapi tersebut dipercayai dapat meningkatkan harapan hidup, tetapi peningkatan harapan hidup akan meningkatkan komplikasi neurologik AIDS, setiap komplikasi perlu diketahui dan ditangani dengan tepat. Rujukan ke spesialis mungkin dibutuhkan.