Anda di halaman 1dari 50

11

A S A M A M I N O DAN PROTEIN A S A M A M I N O DAN PROTEIN


b y b y
P u j i A r d i n i n g s i h,SSi.,Msi P u j i A r d i n i n g s i h,SSi.,Msi P u j i A r d i n i n g s i h,SSi.,Msi P u j i A r d i n i n g s i h,SSi.,Msi P u j i A r d i n i n g s i h,SSi.,Msi P u j i A r d i n i n g s i h,SSi.,Msi P u j i A r d i n i n g s i h,SSi.,Msi P u j i A r d i n i n g s i h,SSi.,Msi
SUB POKOK BAHASAN SUB POKOK BAHASAN
1. 1. ASAM AMINO ASAM AMINO
STRUKTUR ASAM AMINO STRUKTUR ASAM AMINO
STEREOKIMIA STEREOKIMIA ASAM AMINO ASAM AMINO
KELOMPOK ASAM AMINO KELOMPOK ASAM AMINO
SIFAT SIFAT--SIFAT RANTAI SAMPING ASAM AMINO SIFAT RANTAI SAMPING ASAM AMINO
22
SIFAT SIFAT--SIFAT RANTAI SAMPING ASAM AMINO SIFAT RANTAI SAMPING ASAM AMINO
ASAM AMINO SEBAGAI ASAM ASAM AMINO SEBAGAI ASAM--BASA BASA
2.PEPTIDA DAN IKATAN PEPTIDA 2.PEPTIDA DAN IKATAN PEPTIDA
3.PROTEIN 3.PROTEIN
A S A M A M I N O A S A M A M I N O
11. Terdapat 20 . Terdapat 20 LL--asam amino asam amino penyusun protein. penyusun protein.
Protein membran bakteri mengandung beberapa Protein membran bakteri mengandung beberapa DD--
Asam amino Asam amino
33
2. 2. Rantai samping ( R " ) membedakan asam Rantai samping ( R " ) membedakan asam
amino satu dengan lainnya amino satu dengan lainnya
3. 3. Asam amino Asam amino bersifat sebagai bersifat sebagai ZWITERION ZWITERION
4.Selama kelaparan ( 4.Selama kelaparan (starvation starvation ), beberapa asam ), beberapa asam
amino amino (dikenal (dikenal GLUKOGENIK GLUKOGENIK) berperan sebagai ) berperan sebagai
prekursor prekursor GLUKOSA GLUKOSA melalui melalui GLUKONEOGENESIS. GLUKONEOGENESIS.
5.Asam amino 5.Asam amino dietary dietary ada yang ada yang ESSENSIAL ESSENSIAL
(harus ada dalam diet) (harus ada dalam diet) atau atau NON ESSENSIAL NON ESSENSIAL
((dapat disintesis oleh tubuh ) dapat disintesis oleh tubuh )
44
((dapat disintesis oleh tubuh ) dapat disintesis oleh tubuh )
6. Asam amino 6. Asam amino adalah monomer unit pembentuk adalah monomer unit pembentuk
protein yang dihubungkan melalui ikatan kovalen protein yang dihubungkan melalui ikatan kovalen
dalam ikatan dalam ikatan PEPTIDA PEPTIDA
55
Zwiterion
STEREOKIMIA ASAM AMINO STEREOKIMIA ASAM AMINO
Bersifat Asimetrik , Pusat Kiral Bersifat Asimetrik , Pusat Kiral
Ada 2 bentuk Isomer yang berbeda, sifat kimia & Ada 2 bentuk Isomer yang berbeda, sifat kimia &
fisiknya identik, kecuali ARAH PUTARAN SINAR fisiknya identik, kecuali ARAH PUTARAN SINAR
66
fisiknya identik, kecuali ARAH PUTARAN SINAR fisiknya identik, kecuali ARAH PUTARAN SINAR
TERPOLARISASI (polarimeter) TERPOLARISASI (polarimeter)
Ke 20 as.amino bersifat Optis Aktif Kecuali Glisin Ke 20 as.amino bersifat Optis Aktif Kecuali Glisin
Stereoisomer dinamakan berdasarkan konfigurasi Stereoisomer dinamakan berdasarkan konfigurasi
absolut absolut
77
Atom Atom karbon asimetrik (pusat khiral) karbon asimetrik (pusat khiral) mengikat mengikat
gugus karboksil, gugus amino, gugus R & atom H gugus karboksil, gugus amino, gugus R & atom H
Substituen menempati dua susunan berbeda Substituen menempati dua susunan berbeda
dalam ruang, bayangan cermin yang tidak saling dalam ruang, bayangan cermin yang tidak saling
menutupi sesamanya ISOMER OPTIK menutupi sesamanya ISOMER OPTIK
kedua isomer optik alanin kedua isomer optik alanin
88
Hubungan letak ruang enansiomer Alanin .konfigurasi L & D Hubungan letak ruang enansiomer Alanin .konfigurasi L & D
gliseraldehida gliseraldehida
99
10 10
11 11
12 12
KLASIFIKASI ASAM AMINO BERDASARKAN RANTAI KLASIFIKASI ASAM AMINO BERDASARKAN RANTAI
SAMPING SAMPING
1. Asam amino dengan rantai samping (R) 1. Asam amino dengan rantai samping (R)
ALIFATIK : ALIFATIK : Glisin Glisin, , Alanin Alanin, , Valin Valin, , Leusin Leusin, , Isoleusin Isoleusin,,
Prolin, metionin Prolin, metionin
2. 2. Asam amino POLAR TIDAK BERMUATAN : Asam amino POLAR TIDAK BERMUATAN :
13 13
2. 2. Asam amino POLAR TIDAK BERMUATAN : Asam amino POLAR TIDAK BERMUATAN :
Serin Serin, s , sistein istein, , Treonin Treonin, , Metionin Metionin, asparagin, , asparagin,
glutamin glutamin
33. Asam amino AROMATIK: F . Asam amino AROMATIK: Fenilalanin enilalanin, , Tirosin Tirosin, ,
Triptofan Triptofan
4. 4. Asam amino BERMUATAN Asam amino BERMUATAN
POSITIF POSITIF (basa) (basa) :: Histidin, Histidin,
Lisin, Arginin Lisin, Arginin
5. Asam amino BERMUATAN 5. Asam amino BERMUATAN
NEGATIF (asam) : NEGATIF (asam) :
As.aspartat, As.Glutamat As.aspartat, As.Glutamat
14 14
Beberapa asam amino khusus Beberapa asam amino khusus
yang ada di protein yang ada di protein, ,
44--hidroksiprolin & 5 hidroksiprolin & 5--
hidroksilisin (kolagen ) hidroksilisin (kolagen )
Desmosin terdiri 4 mol lisin Desmosin terdiri 4 mol lisin
(elastin (elastin) )
ASAM AMINO BERPERAN SEBAGAI ASAM ASAM AMINO BERPERAN SEBAGAI ASAM--BASA BASA
Asam amino sebagai Asam amino sebagai ASAM ASAM (donor proton) (donor proton)
15 15
Asam amino sebagai Asam amino sebagai BASA BASA (akseptor proton) (akseptor proton)
16 16
Sifat Sifat asam asam basa basa dasar dasar analisa analisa asam asam
amino amino
Asam Asam amino amino memiliki memiliki reaksi reaksi kimia kimia spesifik spesifik
Contoh Contoh. . Ninhidrin Ninhidrin
17 17
Contoh Contoh. . Ninhidrin Ninhidrin
18 18
PEPTIDA PEPTIDA
Ikatan Ikatan kovalen kovalen yang yang menghubungkan menghubungkan antara antara --
amino amino dari dari satu satu asam asam amino amino dengan dengan --
karboksil karboksil dari dari asam asam amino yang lain amino yang lain dikenal dikenal
IKATAN PEPTIDA IKATAN PEPTIDA
19 19
Gugus Gugus amino & amino & karboksil karboksil ujung ujung yang yang tidak tidak
bereaksi bereaksi dikenal dikenal amino terminal/ N amino terminal/ N--terminal & terminal &
karboksil karboksil terminal/C terminal terminal/C terminal. .
Pembentukan ikatan peptida Pembentukan ikatan peptida
20 20
STUKTUR IKATAN PEPTIDA STUKTUR IKATAN PEPTIDA
Mempunyai karakter ikatan rangkap Mempunyai karakter ikatan rangkap
Atom yang terikat pada karbonil & N terletak dalam satu Atom yang terikat pada karbonil & N terletak dalam satu
bidang, sedangkan gugus atom disekitar ikatan peptida TIPE bidang, sedangkan gugus atom disekitar ikatan peptida TIPE
TRANS TRANS
21 21
22 22
Struktur Struktur Ser Ser Gly Gly Tyr Tyr Ala Ala -- leu leu, ,
Penamaan Penamaan peptida peptida dimulai dimulai dari dari residu residu TERMINAL AMINO TERMINAL AMINO
23 23
STABILITAS IKATAN PEPTIDA STABILITAS IKATAN PEPTIDA
Ikatan peptida dapat dihidrolisis dengan asam/basa Ikatan peptida dapat dihidrolisis dengan asam/basa
kuat seperti 6 M HCl kuat seperti 6 M HCl
Enzim Enzim Proteolitik Proteolitik (protease) katalis bersifat (protease) katalis bersifat
selektif untuk pemotongan ikatan (Table. 2.3) selektif untuk pemotongan ikatan (Table. 2.3)
24 24
Beberapa peptida menunjukkan aktivitas biologis Beberapa peptida menunjukkan aktivitas biologis
seperti insulin (sel B pangkreas), antibiotika seperti insulin (sel B pangkreas), antibiotika
Contoh lain pemanis buatan (aspartam) Contoh lain pemanis buatan (aspartam)
BEBERAPA ENZIM PROTEOLITIK BEBERAPA ENZIM PROTEOLITIK
25 25
Struktur Primer bovine insulin Struktur Primer bovine insulin
Beberapa spesies terjadi Variasi asam amino urutan Beberapa spesies terjadi Variasi asam amino urutan
26 26
Beberapa spesies terjadi Variasi asam amino urutan Beberapa spesies terjadi Variasi asam amino urutan
ke 8, 9,10 ke 8, 9,10
P R O T E I N P R O T E I N
Makromolekul polipeptida yang tersusun oleh Makromolekul polipeptida yang tersusun oleh
sejumlah L sejumlah L-- asam amino yang dihubungkan asam amino yang dihubungkan
ikatan peptida berbobot molekul ribuan ikatan peptida berbobot molekul ribuan-- jutaan. jutaan.
27 27
Protein mempunyai Protein mempunyai KOMPOSISI, DERET DAN KOMPOSISI, DERET DAN
PANJANG RANTAI PANJANG RANTAI asam amino urutan yang asam amino urutan yang
berbeda , memiliki konformasi tiga dimensi yang berbeda , memiliki konformasi tiga dimensi yang
berbeda & bersifat khusus sesuai dengan fungsi berbeda & bersifat khusus sesuai dengan fungsi
biologisnya biologisnya
28 28
SIFAT AKTIF BIOLOGI PROTEIN SIFAT AKTIF BIOLOGI PROTEIN
KATALITIK (enzim) : lipase, protesase, ribonuklease KATALITIK (enzim) : lipase, protesase, ribonuklease
STRUKTUR BIOLOGIS (protein struktural): kolagen, keratin, elastin STRUKTUR BIOLOGIS (protein struktural): kolagen, keratin, elastin
PENYIMPAN ZAT MAKANAN (protein nutrien): kasein, ovalbumin, gliadin PENYIMPAN ZAT MAKANAN (protein nutrien): kasein, ovalbumin, gliadin
PENGANGKUT (protein transport): hemoglobin, serum albumin, lipoprotein PENGANGKUT (protein transport): hemoglobin, serum albumin, lipoprotein
29 29
MOTIL (protein kontraktil) : aktin, miosin MOTIL (protein kontraktil) : aktin, miosin
PENGATUR (protein hormon): insulin PENGATUR (protein hormon): insulin
PERLINGUNGAN (antibodi,pengumpal darah): imunoglobin, fibrinogen PERLINGUNGAN (antibodi,pengumpal darah): imunoglobin, fibrinogen
PROTEIN TOKSIN : bisa ular,botulisme PROTEIN TOKSIN : bisa ular,botulisme
Proteins: Proteins: Polipeptida Polipeptida dengan dengan urutan urutan dan dan komposisi komposisi
asam asam amino amino tertentu tertentu
Mioglobin Mioglobin manusia manusia & lumba2 & lumba2 adalah adalah protein homolog protein homolog
Tersusun Tersusun 153 153 asam asam amino amino
Urutan Urutan serupa serupa/similar /similar tapi tapi tidak tidak sama sama (84% (84% identik identik) )
30 30
Gbr Gbr ..Urutan Urutan asam asam amino amino mioglobin mioglobin paus paus dan dan miolgonin miolgonin manusia manusia. .
31 31
DENATURASI PROTEIN DENATURASI PROTEIN
PH & PH & suhu suhu ekstrim ekstrim, , pelarut pelarut
organik organik, urea, , urea, detergen detergen dll dll
Aktivitas Aktivitas enzim enzim biologis biologis
protein protein hilang hilang ((susunan susunan
tiga tiga dimensi dimensi khas khas
polipetida polipetida terganggu terganggu/ /
32 32
polipetida polipetida terganggu terganggu/ /
terbuka terbuka menjadi menjadi struktur struktur
acak acak tanpa tanpa terjadi terjadi
kerusakan kerusakan struktur struktur
kerangka kerangka kovalen kovalen) )
Protein Fibrous & Protein Globular Protein Fibrous & Protein Globular
PROTEIN FIBROUS / SERAT PROTEIN FIBROUS / SERAT
Rantai polipetida menbentuk untaian / lembaran panjang Rantai polipetida menbentuk untaian / lembaran panjang
Pertahanan luar (kulit, bulu, kuku, rambut); fungsi Pertahanan luar (kulit, bulu, kuku, rambut); fungsi
penyangga & pemberi bentuk penyangga & pemberi bentuk
33 33
penyangga & pemberi bentuk penyangga & pemberi bentuk
Keratin; Polipeptida membentuk Keratin; Polipeptida membentuk --helix (rambut/wol helix (rambut/wol, ,
- -keratin (fibroin & jaring laba) keratin (fibroin & jaring laba)
Kolagen & elastin Kolagen & elastin (urat, persendian, tulang) (urat, persendian, tulang)
bentuk helix dan sheet/lembaran bentuk helix dan sheet/lembaran
34 34
35 35
Gambar struktur fibroin sutera Gambar struktur fibroin sutera
36 36
KOLAGEN KOLAGEN
Protein yang paling berlimpah (1/3 total massa protein) dalam tubuh Protein yang paling berlimpah (1/3 total massa protein) dalam tubuh
seperti kulit, urat & tulang. seperti kulit, urat & tulang.
Jaringan pengikat berkolagen terdiri dari serat yang tersusun oleh fibril Jaringan pengikat berkolagen terdiri dari serat yang tersusun oleh fibril
kolagen yang terkoordinasi tergantung fungsi biologis jaringan. kolagen yang terkoordinasi tergantung fungsi biologis jaringan.
Fibril kolagen tersusun dari tropokolagen (struktur heliks tiga untai Fibril kolagen tersusun dari tropokolagen (struktur heliks tiga untai
37 37
Fibril kolagen tersusun dari tropokolagen (struktur heliks tiga untai Fibril kolagen tersusun dari tropokolagen (struktur heliks tiga untai
dengan 1000 residu). Tropokolagen yang berdekatan berikatan silang dengan 1000 residu). Tropokolagen yang berdekatan berikatan silang
sehingga protein ini tidak meregang sehingga protein ini tidak meregang
Jika didihkan dalam air terjadi transformasi menjadi Jika didihkan dalam air terjadi transformasi menjadi gelatin gelatin
Tabel. Komposisi asam amino beberapa protein fibrous Tabel. Komposisi asam amino beberapa protein fibrous
38 38
39 39
STRUKTUR PROTEIN STRUKTUR PROTEIN
Primer (kerangka Primer (kerangka
kovalen) kovalen)
Sekunder (susunan Sekunder (susunan
as.amino dalam ruang) as.amino dalam ruang)
40 40
as.amino dalam ruang) as.amino dalam ruang)
Tersier Tersier
Kuarterner Kuarterner
41 41
Protein Globular Protein Globular
Polipeptida berlipat rapat membentuk globular Polipeptida berlipat rapat membentuk globular
Fungsi biologisnya beragam: enzim, (transport Fungsi biologisnya beragam: enzim, (transport
oksigen, nutrien & ion anorganik didalam darah); oksigen, nutrien & ion anorganik didalam darah);
hormon; antibodi hormon; antibodi
Three Three--dimensional folding of the protein myoglobin dimensional folding of the protein myoglobin
42 42
43 43
FAKTOR YANG MEMPENGARUHI STRUKTUR SEKUNDER & FAKTOR YANG MEMPENGARUHI STRUKTUR SEKUNDER &
TERSIER TERSIER
Ikatan Hidrogen Ikatan Hidrogen diantara gugus R residu pada simpul diantara gugus R residu pada simpul
yang berdekatan : OH serin dengan N histidin yang berdekatan : OH serin dengan N histidin
Gaya tarik ionik Gaya tarik ionik diantara R yang bermuatan diantara R yang bermuatan --COO COO
--
asam glutamat dengan asam glutamat dengan --NH NH
33
++
lisin lisin
44 44
asam glutamat dengan asam glutamat dengan --NH NH
33
lisin lisin
Interaksi Hidrofobik ; Interaksi Hidrofobik ; gugus R hidrofobik berkelompok gugus R hidrofobik berkelompok
dibagian dalam globular dibagian dalam globular
Ikatan Kovalen Ikatan Kovalen; ribonuklease mengandung residu ; ribonuklease mengandung residu
sistin membentuk jembatan kovalen sistin membentuk jembatan kovalen
Gbr. Ikatan Hidrogen dalam polipeptida Gbr. Ikatan Hidrogen dalam polipeptida
45 45
PROSES REKAYASA BIOKIMIA PROSES REKAYASA BIOKIMIA
contoh contoh pengeritingan pengeritingan rambut rambut
46 46
47 47
Blood Clotting Blood Clotting
Blood clots Blood clots are composed of striated fibers of a protein called fibrin. are composed of striated fibers of a protein called fibrin.
Fibrin Fibrin fibers stick together in a staggered array. Before fibrin fibers can fibers stick together in a staggered array. Before fibrin fibers can
stick together, however, they must be derived from a stick together, however, they must be derived from a zymogen zymogen
precursor, called fibrinogen, by proteolytic cleavages that release precursor, called fibrinogen, by proteolytic cleavages that release
fibrinopeptides A and B from the molecule. Removal of these small fibrinopeptides A and B from the molecule. Removal of these small
48 48
fibrinopeptides A and B from the molecule. Removal of these small fibrinopeptides A and B from the molecule. Removal of these small
fibrinopeptides exposes sites in the fibrin molecules that allows them to fibrinopeptides exposes sites in the fibrin molecules that allows them to
stick together. Covalent cross stick together. Covalent cross--links between glutamine and lysine links between glutamine and lysine
residues also form to help stabilize the structure. Thus, activation of residues also form to help stabilize the structure. Thus, activation of
zymogens is a key aspect to clotting of blood in vertebrates. zymogens is a key aspect to clotting of blood in vertebrates.
Pelajari Pelajari kelainan kelainan protein protein pada pada
penderita penderita sel sel sabit sabit
49 49
50 50