Tugas Kimia Komputasi

NAMD

Oleh:

Dany Cahyo Hermawan

NIM. 101810301024

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS JEMBER
2014

Latar Belakang
Sains di masa lalu ditunjukkan oleh kaitan antara eksperimen dan teori. Dalam
eksperimen, sistem diukur dan hasilnya dinyatakan dalam bentuk numeric. Dalam teori, model
suatu sistem pada umumnya disusun dalam bentuk himpunan persamaan matematik. Pemodelan
diikuti oleh penyederhanaan permasalahan dalam rangka enghindari kompleksitas perhitungan,
sehingga sering aplikasi dari model teoritis ini tidak dapat menjelaskan bentuk riil dari sistem
makroskopis, seperti sistem larutan, protein dll.
Perkembangan komputasi yang sangat pesat sejak masuknya eksperimen computer.
Dalam eksperimen ini model masih tetap menggunakan hasil pakar kimia teoriti, namun
perhitungan dilakukan menggunakan omputer berdasar atas suatu resep ( algoritma yang
dituliskan dalam Bahasa pemrograman). Kimia komputasi ini selalu digunakan jika metoda
matematika disusun agar dapat dijalankan secara otomatis oleh computer. Dalam kimia
komputasi aspek kimia yang dapat diselesaikan secara eksak sangat sedikit. Hampir setiap aspek
kimia dijelaskan secara kualitatif atau kuantitatif melalui prosedur pendekatan komputasi.
Perhitungan kualittatif atau pendekatan kuantitatif baru dapat memberikan pengetahuan yang
berguna dalam kimia kalau kita dapat menjabarkan suatu sifat fisika atau kimia suatu senyawa
dari data yang terhitung dari kimia komputasi. Metoda yang digunakan dalam kimia komputasi
yaitu :
A. AB INITIO
Istilah ini menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip
teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada perhitunga mekanika
kuantum melalui beberapa pendekatan matematis seperti Born-Oppenheimer approximation.
B. Semi Empiris
Perhitungan ini disusun dengan cara yang secara umum sama dengan perhitungan
HF.beberapa perhitungan seperti integral electron ganda diselesaikan dengan cara
pendekatan atau sama sekali dighilangkan. Mekanika molekular
C. Mekanika molekular
Metode mekanika molekular ini menyediakan pernyataan aljabar yang sederhana
untuk energy total senyawa, tanpa harus menghitung fungsi gelombang atau kerapatan
electron total. Himpunan parameter dan fungsi matematikan dinamakan medan gaya (force-

field). Oleh sebab itu perlu dilakukan simulasi perhitungan dinamika molekular
menggunakan NAMD tutorial files.

Pembahasan
Dinamika molecular adalah bentuk simulasi computer dimana atom dan molekul
berinteraksi selama periode waktu tertentu berdasarkan hokum fisika. Dinamika molecular
mensimulasikan suatu persamaan pergerakan Newton [F=m.a], dimana gaya (F) ditentukan oleh
masa dan percpatan.energi yang ada didistribusikan antara energy potensial dan kinetic.
Persamaan newton memerlukan tahap waktu yang singkat (level femtosecond) untuk dapat
diintegrasikan sehingga membuat simulasi berlangsung singkat, umumnya saat ini menggunakan
satuan nanoseconds. Teknik dinamika molekuler merupakan alat penting untuk menyelidiki
struktur, pelipatan, dinamika dan fungsi biomolekul. Simulasi komputasi membuktikan dan
mengindikasikan bahwa ada keterkaitaan antara struktur biomolekul, dinamika internal dan
fungsi. Saat ini telah tersedia beberapa perangkat lunak yang dapat digunakan untuk simulasi
dinamika molecular. Contohnya adalah Amber, CHARMM, LAMPPS, GROMACS dan NAMD.
Simulai molecular dinamik sangat menarik karena simulasi bersifat deterministic tetapi
unpredictable. Simulasi ini memberikan output yang belum pernah kita ketahui sebelumnya dan
sebagian besar simulasi MD menjawab masalah yang tidak dapat terjawab hanya dengan
ekperimen. Deterministic

artinya output yang dihasilkan berkaitan erat dengan imputnya.

Unpredictable adalah sistem determistic yang memoliki output dapat dihitung namun tidak data
diprediksi dimana algoritma output peka terhadap eror. Sistem yang ingin dipelajari akan
dimanipulasi atau diganggu dengan keadaan lingkungan untuk mengetahui sifat dari sistem.
Suatu sistem dapat dimanipulasi sebelum sistem tersebut dalam keaaan tersekat atau sistem
masih terbuka atau tertutup. Model model yang disimulasi adalah model molekul, model
interaksi intramolekul, dan model interaksi sistem dengan lingkungannya. Beberapa tahap yang
dilakukan dalam simulasi model molekul adalah mengkonstruksi model, menghitung trajektori,
menganalisis trajektori dan mendapatkan nila-nilai yang diinginkan.
Pemodelan ini dapat dilakukan menggunakan software VMD (visualization molekul
program). VMD adalah sebuah program yang digunakan untuk memvisualisasikan suatu
molekul. Program ini dapat membaca format standar PDB ataupun output yang dihailkan oleh
berbagai program dinamika molecular seperti Amber, NAMD, Gromacs. Banyak hal yang bisa

dilakukan seperti membuat dan menghapus representasi, mengubah gaya penggambaran,

pemilihan kompone struktur, pengaturan tampilan lintasan dan pemilihan gambar periodic.

Beberapa metode penggambaran molekul juga dapat dilakukan. Diantaranya, Lines, Bonds,
Points, VDW, Tube, Ribbons, Cartoon, PaperChain, Orbital dan lain-lain.
Gambar 1. VMD
Proses simulasi dinamika molekular ini menghitung kedudukan atom dengan
memecahkan persamaan-persamaan dari pergerakannya secara numerik.proses perhitungan ini
dibantu oleh rumus medan energi empiris yang memperkirakan energi atom dalam sistem
biopolimer secara aktual. Untuk menghitung proses simulasi molekular yang lebih besar,
diperlukan komputer yang juga lebih bear. Salah satu caranya ialah menjalankan simulasi dengan
komputer paralel. NAMD merupakan program paralel pada UNIX yang dirancang khusus untuk
simulasi dinamika molekular. NAMD dirancang untuk berjalan dengan efisien diatas mesin-

mesin paralel. Software NAMD merupakan properti intelektual dari The Board of Trustees of the
University of Illinois.
Menjalankan Molekular dinamik menggunakan NAMD, ada 4 hal yang diperlukan yaitu :
1. File PDB
File ini menyimpan data koordinat atom dan atau kecepatan dari suatu sistem molecular.
File ini menyimpan keseluruhan informasi mengenai nama, jenis dan juga jaringan molekul
tersebut.serta catatan ATOM dan HET-ATM yang merupakan tempat menyimpan
koordinat-koordinat dari protein-protein, air-air dan macam-maam atom heterogen Kristal
lainnya.
2. File PSF
File ini menyimpan informasi structural dari suatu protein secara spesifik. Informasi ini
terbagi atas lima bagian utama yang kesemuanya diperlukan untuk mengaplikasikan medan
energy tertentu pada simulasi. Kelima bagian itu ialah, bond, angle, dihedral, imprope ,
macam-macam atom.
3. File parameter medan energy
File ini berisikan konstanta numeric yang dierlukan untuk mengevaluasi gaya dan energy
pada struktur dan koordinat atom-atom.
4. File konfigurasi NAMD
File ini berisikan semua konfigurasi dan pilihan yang dibutuhkan NAMD untuk
menjalankan sebuah simulasi.
Membuat struktur protein file (PSF)
Pembuatan file PSF ini diawali dengan file-file dari protein yang didapat dari file PDB,
yang merupakan file tempat menyimpan keseluruhan informasi mengenai molekul yang akan
kita simulasikan. Serta file parameter dan topologi untuk kelas tertentu bisa juga didapat dari
internet dengan alamat http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM ff params.html. NAMD
tutorials files memberikan pembelajaran bagaimana tata cara penggunaan program dalam
pengaplikasiannya terhadap molecular dinamik. Dalam tutorial tersebut terdapat beberapa folder
yang berisi tentang file-file yang memudahkan kita dalam mencoba melakukan perhitungan,
selain itu juga menyediakan sample output yang berguna bagi kita jika dalam pengerjaan suatu
tutorial kita tidak mendapatkan hasil akibat terjadinya suatu eror. Pembuatan file PSF ini dalam

tutorial dimulai dengan memindah direktori kita menuju file yang kita inginkan yaitu 1-1-build
menggunakan terminal window pada linux ataupun command prompt pada windows dengan cara
:
Cd partisi hardisk tempat penyimpanan:\folder penyimpanan\namd-tutorial-files\1-1build enter

Setelah itu kita ketik partisi tempat penyimpanan folder namd tutorial : enter. Sehingga kita akan
berada pada direktori 1-1-build seperti yang ditunjukkan pada gambar dibawah ini :

Setelah itu kita panggil software VMD menggunakan command prompt dengan langkah
c:\program files\university of Illinois\VMD\vmd.exe

Pemanggilan program ini bertujuan untuk memvisualisasikan serta juga digunakan untuk
mengubah protein menjadi sesuai dengan yang akan digunakan. Pemangilan VMD melalui
desktop dengan command prompt tidak ada yang beda. Hanya saja, penggunaan command
prompt memberikan pembelajaran bahwa penggunaan computer dalam menjalankan suatu

aplikasi tidaklah instan. Namun, ada langkah-langkah tertentu yang sangat kompleks yang
dilakukan. Langkah-langkah tersebut disimpan dalam suatu perintah, jika digunakan perintah
tersebut dalam command promt maka program yang diinginkan akan langsung muncul atau
keluar. Dengan kata lain command promt membantu mempermudah dalam penggunaan
computer.

Setelah program VMD dijalankan kita bisa membuat PSF builder secara otomatis,dengan
menggunakan program yang telah tersedia pada VMD. Program ini mempermudah kita dalam
pembuatan file PSF. Letak program ini pada Extensions Modeling Automatic PSF Builder.

Selain itu kita juga bisa membuat file PSF secara manual. Dalam pembuatannya, hal yang
pertama dilakukan ialah membuat file pgn, yang mana akan dijadikan sasaran dari psfgen.
Langkah yang dilakukan ialah membuka wordpad dengan mengklik program start programs
accessories wordpad. Kemudian kita ketik
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb ubqp.pdb}
coordpdb ubqp.pdb U

guesscoord
writepdb ubq.pdb
writepsf ubq.psf

setelah kita ketik, file tersebut disimpan dalam format teks sederhana (.txt) dengan nama ubq.pgn
kemudian keluar dari file tersebut dengan mengklik file-exit. File yang baru dibuat berisi tentang
perintah- perintah yang diperlukan dalam membuat file psf ubiquitin dengan atom hidrogen dan
tanpa air. Setiap perintah dari file pgn dapat dijelaskan :

Baris 1 menjelaskan bahwa paket psfgen tersedia untuk dipanggil oleh VMD

Baris 2 untuk me-load atau memanggil file topology top_all27_prot_lipid.inp

Baris 3 untuk mengubah nama dari residu histidine ke nama yang ditemukan tepat dalam
topologi file. HSE ini merupakan salah satu dari tiga nama untuk histidine.

Baris 4 merupakan penamaan untuk atom dengan nama CD1 ( carbon) pada residu
isoleusin dinama ulang menjadi CD,nama itu merupakan nama yang tepat berasal dari
topologi file.

Baris 5 merupakan perintah pembuatan segment U, yang berisi semua atom dari
ubqp.pdb. baris ini juga memberi perintah untuk juga menambahkan atom hidrogen.

Baris 6 adalah pembacaan coordinate dari ubqp.pdb dan juga pencocokan nama residu
dan atom. Nama dari segment lama di ganti dengan label segment baru yaitu U

Baris 7 coordinat dari atom yang hilang seperti hidrogen diduga berdasarkan pada
definisi residu dari topologi file

Baris 8 file pdb baru dengan coordinat yang telah lengkap dari semua atom ditulis kecuali
hidrogen.

Baris 9 penulisan file psf dengan informasi struktur yang lengkap pada protein.
Selanjutnya setelah dibuat file psf. Kita jalankan paket psfgen pada file ubq.pgn, PSF yang

dihasilkan dan file pdb dari ubiquitin dengan hidrogen. Menggunakan perintah source ubq.pgn
pada jendela Tk console yang terdapat pada VMD. Sehingga akan muncul seperti yang
digambarkan pada gambar dibawah ini

Secara umum pekerjaan diatas dapat digambarkan dengan diagram alir dibawah ini

Diagram tersebut menerangkan bahwa dalam proses perhitungan menggunakan NAMD

kita butuh beberapa file dari molekul protein yang ingin kita hitung, file protein tersebut kita
dapatkan dari protein data bank yang kemudian di split menggunakan VMD sehingga terbentuk
file psfgen. Kedua file tersebut kemudian digunakan bersama-sama pada perhitungan NAMD
dengan ditambahkan parameter-parameter tertentu.

Pekerjaan diatas merupakan pembuatan psf file dimana hanya terdiri dari protein saja,
selanjutnya ialah pemberian pelarut yang berupa air. Protein yang telah ada dimasukkan kedalam
larutan. Langkah pembuatan water sphere tidaklah perlu jika seseorang ingin memeriksa protein
dalam air dikeliling oleh ruang hampa. Namun, itu adalah salah satu hal yang masuk akal. Jika
kotak air digunakan,minimisasi dan kesetimbangan hanya akan menyebabkan kotak untuk
berubah bentuk ke dalam bentuk yang mungkin paling stabil, memperkecil tegangan permukaan.
Bentuk itu ialah bola. Pembuatan bola sebelum memulai simulasi mengurangn waktu yang
diperlukan untuk mencapai kesetimbangan dan juga menghemat usaha dalam komputasi. Berikut
merupakan gambar dari water sphere:

Pembuatan water sphere diperlukan sebuah naskah atau script. Script ini akan
menciptakan file PDB dan file psf ubq ws.pdb dan ubq ws.psf. dalam VMD tk console ini kita
dapat memanggil water sphere tersebut dengan perintah %source wat_sphere.tcl. script tersebut
akan menempatkan protein dalam lingkup air. Naskah untuk membuat water sphere disiapkan
terlebih dahulu, naskah itu disebut wat_sphere.tcl. pada VMD OpenGL window akan muncul
gambar dari water sphere seperti dibawah ini :
Sedangkan pada vmd tk console akan muncul output seperti gambar dibawah ini:

Berhasil dalam pembuatan water sphere selanjutnya pembuatan water box dengan
menggunakan perintah solvate ubq.pdb t 5 o ubq_wb. Pembuatan water box ini akan
menempatkan protein yang disimulasikan dalam kotak air. Opsi t pada water box ini
menyebabkan adanya lapisan-lapisan air yang berukuran 5

A disetiap sisinya. Untuk opsi o

membuat file output ubq wb.pdb dan ubq.psf untuk ubiquitin dalam kotak air. Sehingga

dihasilkan bentuk:
Water box

Ukuran kotak air yang terbentuk akan lebih kecil dibandingkan dengan ukuran air yang
mengelilingi ubiquitin dalam water sphere. Selanjutnya, setelah kita dapatkan file-file pdb dan
file -file psf untuk ubiquitin yang berada dalam air, bersama dengan parameter untuk protein
pada umumnya kita hanya perlu file konfigurasi NAMD untuk dapat meminimalkan,
menyeimbangkan sistem ubiquitin-air. Meminimalisasi dan kesetimbangan pada dasarnya
berbeda

antara

satu

dengan

lainnya

dimana

dalam

pelaksanaannya

pada

medan

tekminimum.anan dinamika molecular. Minimalisasi energy melibatkan pencarian energi

molekul untuk. Yaitu dari memvariasi posisi atom secara sistematis dan penghitungan energy.
Kesetimbangan melibatkan dinamika molekul, penentuan lintasan untuk setiap atom. Pencapaian
keSetimbangan didapatkan jika kita berlatih lebih baik.
Melakukan seimulasi ubiquitin dalam water sphere dengan kondisi batas non-periodik.
Dalam bagian ini, kita akan menguji minimalisasi dan equilibrium dari suatu ubiquitin dalam
lingkup air yang diletakkan dalam ruang hampa. Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan
dalam menjalankan simulasi ini yaitu tentang pengetikan perintah dan file yang akan
disimulassikan harus benar agar tidak menyebabkan simulasi yang dilakukan tidak berjalan. Pada
simulasi ini digunakan software PuTty, dimana software ini berfungsi untuk menghubungkan
computer kita dengan computer server. Sehingga kita hanya melakukan sebuah perintah
kemudian computer serverlah yang akan mulai mengitung. Hal ini dikarenakan dalam
perhitungan dinamika molekul, waktu yang diperlukan dalam proses perhitungan tidak bisa
ditebak,kadang memerlukan 2,3 atau lebih dari 4 hari. Karena begitu kompleksnya molekul yang
akan dihitung. Selain itu kapasitas serta kemampuan computer juga berpengaruh, semakin bagus
dan tinggi suatu computer waktu yang diperlukan akan lebih cepat. Dibawah ini merupakan
gambar dari software putty

Berpindah ke direktori 1-2-sphere merupakan hal yang terlebih dahulu kita lakukan. Hal
ini karena kita tidak akan bisa memulai suatu simulasi menggunakan water sphere jika kita tidak
berada pada direktori tersebut. Cara pindah direktorsi sama seperti diawal yaitu dengan
mengetikkan perintah cd \1-2-sphere.

File konfigurasi untuk meminimalkan dan menyeimbangkan dari ubiquitin dalam bidang
air terdapat pada folder tersebut. Kita juga dapat mengedit file konfiqurasi tersebut menggunakan
perintah nano ubq_ws_eq.conf akan muncul seperti dibawah ini :

Tanda # ketika muncul di awal baris, seluruh baris akan diperlakukan sebagai komentar
dan akan diabaikan oleh NAMD. Job description hanya berisi komentar dan bertujuan untuk
menginformasikan orang lain yang melihat berisi dan dimaksudkan buat apa file tersebut. Pada
adjustable parameter berisi 5 buah perintah yaitu:

Struktur, memanggil file psf yang menggambarkan sistem

Koordinat, memanggil koordinat data dari file tercantum

Pengaturan suhu, menciptakan variable yang berupa suhu

Outputname, mencitakan variable outputname dimana untuk menyimpan nama generic

untuk file output

Firsttimestep, yaitu penetapan nilai angka awal untuk langkah pertama kali simulasi
Setelah dilakukan pengeditan konfigurasi kita gunakan CTRL X kemudian Shift Y untuk

menyimpan konfigurasi tersebut. Dilakukan perintah

Namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log&
Tanda & ini untuk memberikan perintah simulasi tetap berjalan meski kita tidak lagi mengakses
computer. Dihasilkan nilai simulasi untuk water sphere yaitu :

Selanjutnya ialah simulasi ubiquitin dalam water box dengan kondisi bundari periodic.
Hal yang dilakukan sama dengan simulasi ubiquitin dalam water sphere. Terlebih dahulu kita
pindah ke direktori 1-3-box karena terdapat konfigurasi untuk water box. Caranya sama yaitu
Cd namd-tutorial-files_asli/1-3-box/
Setelah kita berada pada direktori 1-3-box, edit configurasi yang ada yaitu ubq_ws.psf dan
ubq_ws.pdb diganti menjadi ubq_wb.psf dan ubq_wb.pdb kemudian CTRL X dan Shift Y untuk
menyimpan konfigurasi yang tela diubah. Terdapat parameter baru dari konfigurasi ini, yaitu
periodic boundary condition, Particle mesh ewald . PME ini adalah metode yang berguna untuk
berurusan dengan interaksi elektrostatik dalam sistem ketika kondisi boundary periodic.

Setelah dilakukan pengeditan, kemudian kita jalankan simulasinya menggunakan perintah

Namd2 ubq_wb_eq.conf > ubq_wb_eq.log&

Simulasi ubiquitin di generalized born solvent implisit juga dilakukan. Pelarut implisit
adalah teknik simulasi yang menghilangkan kebutuhan untuk atom air secara eksplisit dengan
memasukkan banyak effects pelarut dalam perhitungan kekuatan antar atom. Misalnya, pelarut
polar sebagai dielektrik dan layar (mengurangi) interaksi elektrostatik. Untuk memulai simulasi
kita juga harus berpindah diektori menuju 1-4-GBIS dengan cara :
Cd namd-tutorial-files_asli/1-4-GBIS/

Setelah pindah lokasi kita liat terlebih dahulu apakah konfigurasinya telah sesuai apa
belum dengan menggunakan nano

ubq_gbis_eq.conf. jika telah benar maka kita langsung

jalankan simulasi menggunakan perintah namd2 ubq GBIS eq.conf> ubq GBIS eq.log&