ANALISIS VARIASI GENETIK BEBERAPA POPULASI

Globba leucantha Miq. DI SUMATERA BARAT DENGAN

RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)
Putri Pratiwi1), Syamsuardi2), Mansyurdin2), Tesri Maedeliza2), Winda Varesa1)
1)Program Pascasarjana Biologi Universitas Andalas
2) Jurusan Biologi, FMIPA, Universitas Andalas
*korespondensi : pratiwi_putri25@yahoo.com

ABSTRAK

Penelitian mengenai analisis variasi genetik beberapa populasi Globba leucantha Miq. di
Sumatera Barat dengan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) telah dilakukan dari
bulan Mei sampai Desember 2011. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan diversitas
genetik dalam populasi, aliran gen antar populasi dan korelasi jarak geografis dan
ketinggian tempat dengan jarak genetik. Metode penelitian yang digunakan adalah metode
survey untuk pengkoleksian sampel dari lapangan dan tahapan analisis DNA dilakukan
dengan menggunakan teknik Random Amplified Polymorpich DNA (RAPD). Isolasi DNA
dilakukan dengan metode CTAB yang dimodifikasi. Analisis diversitas genetik dilakukan
pada 4 populasi di daerah Sumatera Barat dilakukan dengan menggunakan program
POPGENE 1.32. Diversitas genetik yang rendah H: 0,116 terdeteksi di dalam populasi
G.leucantha. Total dari diversitas genetik (HT: 0,3016) (70%) berada diantara populasi
(DST: 0,2137) dan sisanya berada dalam populasi (HS: 0,0879).Tingginya nilai GST: 0,7087
diantara populasi juga mengindikasikan tingkat aliran gen yang rendah yaitu 0,2056
(NM<1). Korelasi yang siginifikan antara jarak geografis dengan jarak genetik
menunjukkan bahwa isolasi geografis telah memainkan peran penting dalam pembangunan
struktur genetik dari spesies ini.

Kata Kunci :aliran gen,Globba leucantha,isolasi geografis, outcrossing, RAPD danvariasi

genetik

1. PENDAHULUAN
Globba leucantha merupakan salah satu jenis tumbuhan yang menarik perhatian para
peneliti, diantara penelitiannya sebagai berikut : menurut Takano (2000), G. leucantha
merupakan salah satu jenis dari Globba, yang berasal dari wilayah Sumatera Barat. Bentuk
bunganya berupa paniculata, dengan warna bunga berwarna putih, memiliki beberapa
varietas yaitu G. leucantha var. bicolor.danvar. falividula. Menurut Syamsuardi,
Mansyurdin dan Susanti (2010), tanaman globba salah satu genus dalam tribe Globbeae
dari famili zingeberaceae yang belum dikenal secara luas. Tumbuhan ini memiliki karakter
morfologi yang berbeda dari marga lainnya dalam Zingiberaceae yaitu memiliki organ
tambahan pada anthernya.
Diketahui genus globba ini memiliki sistem penyerbukan silang atau outcrossing,
dengan nilai polen/ovule tertinggi terdapat pada G. leucantha.Menurut Syamsuardi,
Mansyurdin dan Susanti (2010), jumlah polen per bunga pada jenis Globba leucantha
paling tinggi dengan perbandingan polen/ovule 1843 dan memiliki jenis penyerbukan
silang (outcrossing). Menurut Syamsuardi (2004), sistem reproduksi suatu jenis tumbuhan
merupakan faktor yang secara langsung mempengaruhi jumlah dan distribusi variasi
genetik dalam dan antar populasi. Diduga jenis tumbuhan yang memiliki jenis penyerbukan
outcrossing memiliki diversitas genetik yang tinggi.
G. leuchanta dikenal sebagai jenis yang memiliki potensial evolusi dan proses
spesiasi dari family zingiberaceae. Menurut Williams et.al., (2004) posisi Globba leucantha
yang memiliki tiga variasi pada peneilitiannya menunjukkan posisi evolusi dalam section
Ceranthera yang sangat penting dan berperan dalam spesiasi.
Memahami aspek aliran gen dan struktur genetik dalam dan di antara populasi G.
leucantha dapat memberikan pemahaman penting tentang pemahaman potensi evolusi
spesies ini. Menurut Syamsuardi dan Okada, (2002), jika ada tingkat tertentu diferensiasi
genetik antara populasidan subsisten struktur genetik dalam spesies, adalah mungkin untuk
mengatakan bahwa peristiwa tersebut di masa lalu mungkin telah mendorong terbentuknya
taksa baru.

Marker DNA seperti RAPD, RFLP, SSR dan AFLP telah banyak digunakan sebagai
penciri genotipe tanaman.Williams, Kubelik, Livak, Rafalski, dan Tingey (1990), telah
mengembangkan

metode

RAPD

(Random

Amplified

Polymorphic

DNA)

untuk

menghasilkan marker polimorfik yang tepat dan dapat digunakan untuk menentukan variasi
dan kekerabatan genetik pada tumbuhan.
Penelitian ini bertujuan untuk menentukan diversitas genetik,menentukan tingkat
aliran gen (gene flow) dan menentukan diferensiasi genetik antar populasi tumbuhan G.
leucantha Miq.Selain itu, penelitian ini merupakan tahap awalpemahaman tentang proses
spesiasi tumbuhan tropis.
2. BAHAN DAN METODA
Globba leucantha merupakan tumbuhan herba perennial, berumpun, tinggi 52-59 cm;
rizom dibawah permukaan tanah. Merupakan tumbuhan outcrossing dengan penyebaran
yang cukup luas.pengoleksian sampel dilakukan di daerah Sumatera Barat dari bulan Mei
Oktober 2011selanjutnya dilakukan di Laboratorium Balai Besar Bioteknologi dan
Genetika, Bogor dari bulan September Desember 2011.
Tempat pengambilan sampel dilakukan dibeberapa lokasi di wilayah Sumatera
Barat, empat lokasi yang ditemukan sampel yaitu :Padang, Hutan Pendidikan dan
Penelitian Biologi (HPPB) Universitas Andalas, 200-460 mdpl; Pasaman, Desa Geringging
Malampah, 200-500 mdpl; dan Tanah datar, Batusangkar 900-1000 mdpl; dan empat lokasi
yang tidak ditemukan sampel yaitu : Cagar Alam Lembah Anai, 400-800 mdpl;Tanah datar,
Tanjung Bonai, Bukit Batu jolang, 900-1500 mdpl. Padang Pariaman, Asam Pulau, 60-100
mdpl dan Solok, Laiang, 600-700 mdpl
Penelitian ini menggunakan metode survey untuk pengkoleksian sampel dari
lapangan dan tahapan analisis DNA dilakukan dengan menggunakan teknik Random
Amplified Polymorpism DNA (RAPD) dengan menggunakan 11 primer, untuk melihat dan
mengetahui diferensiasi secara molekuler tumbuhan G. leucanthaMiq. Cara kerja dan
analisis data yang digunakan diuraikan pada tiap tahapan penelitian.
Primer-primer yang akan diujicobakan pada sampel DNA: OPD 08 (5-GGGTAACGCC3); OPG 18 (5-GGCTCATGTG-3); OPJ 04 (5-CCGAACACGG-3); OPS 19 (5GAGTCAGCAG-3); OPA 06 (5-GGTCCCTGAC -3); OPF 07 (5-CCGATATCCC-3);

OPG 13 (5-CTCTCCGCCA-3); OPW 05 (5-GGCGGATAAG-3); OPW 16 (5CAGCCTACCA-3); OPY 08 (5-AGGCAGAGCA-3) dan OPZ 03 (5-CAGCACCGCA3).
Prosedur kerja pada penelitian ini dimulai dengan isolasi DNA yang berdasarkan
metode isolasi berbasis CTAB menurut prosedur Doyle Doyle (1987). Dilanjutkan dengan
uji kualitas dan kuantias DNA yang dilakukan dengan cara elektroforesis dan amplifikasi
DNA dengan teknik PCR, kegiatan amplifikasi ini menggunakan RTG-PCR Kit. Untuk
mendapatkan tingkat polimorfisme yang tinggi dari sample yang diuji, dilakukan screening
pada 11 primer.
Parameter-parameter seperti persentase lokus polimorfik (P), diversitas genetik Nei
(H), indeks diversitas fenotipik Shannon (I), heterozigositas dalam subpopulasi (HS) dan
heterozigositas total pada populasi (HT), koefisien diferensiasi genetik (GST) serta gene flow
(Nm) dianalisis dengan menggunakan program analisis POPGENE 1.32 (Yeh et al., 1997).
Nilai gene flow (Nm) dihitung menggunakan rumus Nm = 0.5 (1-Gst / Gst). Nilai jarak
genetik (genetic distance) dihitung dengan NTSYSpc 2.02 (Rohlf, 1997).Program PAST
Ver. 2.10 (Hammer, 2011) digunakan untuk menentukan korelasi jarak genetik dengan
jarak geografis dan ketinggian tempat serta Mantel test.
3. HASIL DAN DISKUSI
Hasil screeningterhadap 11 primer menunjukkan bahwa hanya 4 primer yang
memberikan hasil yang polimorfik.Primer-primer lain yang diujikan adalah OPA06, OPF
07, OPG13, OPW 16 dan OPY 08 (tidak menghasilkan amplikon), OPW 05 (sampel tidak
teramplifikasi semua), OPZ-03 (pita-pita hasil ampifikasinya monomorfis).Dari hasil uji
coba didapatkan masing-masing primer (OPD08, OPG18, OPJ 04 dan OPS 19)
menunjukkan adanya pita-pita dengan ukuran yang bervariasi dan pita polimorfik. Profil
pita-pita yang dihasilkan dari keempat primer yang telah diuji, dapat digunakan untuk
tujuan analisis variasi genetik G.leucanthakarena pita-pita yang dihasilkan cukup jelas.

Tabel 2.Primer-primer yang digunakan dalam RAPD dan profil pita-pita yang dihasilkan
dari 30 sampel G. leucantha
Jumlah
pita total

Jumlah pita
monomorfik

Jumlah pita
polimorfik

Presentasipita
polimorfik

5-GGGTAACGCC-3

87,5%

OPG 18

5-GGCTCATGTG-3

88,8%

3.

OPJ 04

5-CCGAACACGG-3

13

13

100%

4.

OPS 19

5-GAGTCAGCAG-3

83,3%

Rata-rata

36
9

4
1

32
8

359,6
89,9%

No

Primer

Urutan basa (5 3)

1.

OPD 08

2.

Total

Tabel 3. Primer-primer yang digunakan dalam RAPD dan ukuran pita yang dihasilkan
No
1

Primer
OPD 08

Urutan basa (5 3)
5-GGGTAACGCC-3

Ukuran pita (bp)

1400,1200,1100,900,550,450,350,200

OPG 18

5-GGCTCATGTG-3

1500,1400,780,750,600,500,450,400,250

OPJ 04

5-CCGAACACGG-3

1300,1100,1000,850,780,650,600,550,500,450,400,350,300

OPS 19

5-GAGTCAGCAG-3

900,750,600,500,450,400

Fragmen yang terbentuk dari data RAPD dengan empat buah primer yang
didapatkan adalah 36 pita dengan kisaran ukuran pita antara 200 bp sampai dengan 1450 bp
(Tabel 3). Dari total 36 pita tersebutdiantaranya 32 pita (88%) adalah polimorfik dan 4 pita
(12%) adalah monomorfik.
Tingginya polimorfisme pita pada penelitian ini menunjukkan tingginya keragaman
genetik pada tumbuhan G.leucanthayang diamati.Penelitian oleh Islam, Meister, Schubert,
Kloppstech dan Esch (2007), diversitas genetik dari family zingebaraceae Curcuma zedoria
juga menemukan hal yang sama dengan metoda RAPD, dari total 189 pita hasil amplifikasi
dengan 13 primer, diantaranya 151 pita (79,9%) adalah polimorfik dan 38 pita (20,1%)
adalah monomorfik.
Setelah diamati profil pita-pita DNA dengan menggunakan 4 primer pada masingmasing individu, terlihat adanya pita-pita unik yang membentuk suatu pola pada masingmasing daerah, yaitu di Limau manis, Harau, Pasaman dan Batusangkar. Pita unik hanya

terdapat pada suatu daerah saja, dan berpotensi untuk terjadinya spesiasi.Terdapat lima pita
unik yang sebagian besarnya terdapat di daerah tertentu (Gambar 1),antara lain adalah alel
berukuran 1400 bp OPD08-1(ditandai dengan warna merah), alel berukuran 780 bp (OPG
18-3, ditandai dengan warna kuning), alel berukuran 750 bp (OPG 18-4, ditandai dengan
warna hijau), alel berukuran 350 bp (OPJ 04-12, ditandai dengan warna biru) dan alel
berukuran 750 bp (OPS 19-2, ditandai dengan warna ungu).

Gambar 1. Pita-pita unik yang terdapat pada populasi G. leucantha di empat populasi

Hasil analisis berdasarkan metode Nei (1979) (Tabel 4) menunjukkan adanya

diversitas genetik di dalam populasi Limau manis, Harau, Malampah dan Batusangkar.
Tabel 4. Hasil analisis diversitas genetik Globbaleucantha (Program POPGENE 3.20, Yeh
et al, 1997) pada masing-masing populasi Limau manis, Harau, Malampah dan
Batusangkar.
Populasi

Jumlah sampel

LimauManis
Harau
Malampah
Rerata

Na

Ne

13
13
3

2
1
1

1.2620.356
1.1790.322
1.1330.233

0.1570.187
0.1050.175
0.0880.147

0.2440.265
0.1610.253
0.1380.228

1.33

1.1920.304

0.0110.170

0.1380.250

Keterangan :Na : Rata-rata jumlah alel yang diamati; Ne : Rata-rata jumlah alel efektif, H : Ratarata Heterozigositas/diversitas genetik Nei; I : Rata-rata Indeks Shannon (Lewontin, 1972)

Nilai diversitas genetik tertinggi diperoleh pada populasi Limau manis dengan nilai
rata-rata heterozigositas (H) sebesar 0.1572 dan rata-rata nilai Indeks Shannon (I) sebesar
0.2442, kemudian dalam populasi Harau dengan nilai H sebesar 0.1059 dan nilai I sebesar
0.1618. Sedangkan dalam populasi Malampah didapatkan nilai H terendah yaitu sebesar
0.0885 dan I sebesar 0.1381. Pada populasi di Batusangkar didapat nilai H dan Isebesar
0,00, hal ini dikarenakan jumlah sampel yang ditemukan hanya satu individu.
Berdasarkan perhitungan analisis diversitas genetik (Tabel 5), nilai heterozigositas
total pada populasi (HT) sebesar 0.3016 dapat dilihat bahwa variasi genetik G. leucantha
berada antar populasi Limau manis, Harau, Malampah dan Batusangkar. Nilai HT dari
seluruh variasi genetik berada diantara populasi, dapat dilihat dari perbandingan nilai DST
dan nilai HT nya, dengan 70,8% variasi genetik terdapat antar populasi dan 29,2% terdapat
didalam populasi. Adapun nilai heterozigositas di dalam subpopulasi (HS = 0.0879) ternyata
lebih kecil dibandingkan dengan nilai heterozigositas antar populasi (DST = 0.2137).
Tingginya nilai DST (0.2137) dibandingkan dengan nilai Hs (0,0879) menunjukkan
bahwa variasi genetik G. leucantha antar populasinya lebih tinggi dibandingkan variasi
genetik didalam populasinya. Sedangkan menurut Nybom dan Bartish (2000), spesies
outcrossing memiliki nilai diversitas genetik yang lebih rendah diantara populasi.
Perbedaan ini mungkin berkaitan dengan jarak geografis yang sangat jauh antar populasi
Globba leucantha, isolasi geografis diduga salah satu pembatas antar populasi.
Tabel 5. Hasil analisis diversitas genetik 30 individu Globbaleucantha dan nilai gene flow
(Program POPGENE 3.20, Yeh et al., 1997)
Jumlah
Sampel
30

HT

HS

DST

GST

NM

0,3016

0,0879

0,2137

0,7087

0,2056

Keterangan : HT : Nilai heterozigositas total populasi (HS+DST); HS : Nilai heterozigositas

dalam populasi; DST : Nilai heterozigositas antar populasi; GST : Genetik diferensiasi antar
populasi; NM : Aliran gen (gen flow)
Tingginya nilai GST di antara populasi juga mengindikasikan tingkat aliran gen yang
rendah. (Frankham, Ballou dan Briscoe, 2002). Dibuktikan dengan nilai aliran gen yang
juga rendah pada populasi G. leucantha yaitu 0,2056 (Nm<1). Isolasi reproduksi dan

isolasi geografis tampaknya memainkan peranan yang penting dalam struktur populasi G.
leucantha.
Berdasarkan hasil perhitungan jarak genetik antar 30 individu G. leucantha
dilakukan analisis pengelompokan (cluster analysis) yang hasilnya berupa fenogram pada
gambar 2.

Gambar 2. Fenogram analisis cluster genetic distance (UPGMA) data RAPD pada
individu-individu G. leucantha dari 4 populasi (Limau manis, Harau, Malampah dan
Batusangkar)
Fenogram pada Gambar 2 memperlihatkan sebagian kelompok individu
mengelompok berdasarkan asal dari populasinya dan sebagiannya acak bergabung dengan
kelompok populasi lain, yaitu individu M1, M2 dan M3 (Malampah) yang bergabung
dengan kelompok individu Limau manis, yaitu M1 bergabung dengan LM14, M2 dan M3
mengelompok sendiri tapi masih dalam satu kelompok dengan individu Limau manis.
Terjadinya perbedaan pengelompokan berdasarkan jarak genetiknya disebabkan adanya
diferensiasi genetik antar populasi G. leucantha yang mengindikasikan adanya struktur
genetik sebagai awal proses dimulainya spesiasi.
Berdasarkan hasil analisis menunjukkan korelasi yang signifikan (Gambar 3) antara
jarak genetik dengan jarak geografis di antara populasi (r = 0,1203, P<0,05 ) yang
mengindikasikan bahwa isolasi geografis memainkan peranan yang penting dalam
penentuan perbedaan genetik antar populasi G. leucantha. Hasil penelitian Syamsuardi
(2003), memperlihatkan bahwa perbedaan struktur genetik karena adanya jarak juga terjadi
pada tumbuhan Ranunculus japonicus di Jepang.Penelitian oleh Zhou et.al.(2007), pada

tumbuhan

G. lancangensis juga menunjukkan adanya korelasi positif yang signifikan

antara jarak genetik dan geografis. Nilai r tertinggi 0,099 di kelas 1,0-2,0 m jarak. Korelasi
positif yang signifikan lain (Mantel t test r = 0,059, P <0,01, terjadi pada 8-12 m kelas. Pola
ini bisa menjadi refleksi dari gerakan migrasi gen melalui serbuk sari oleh penyerbuk.
Sedangkan untuk korelasi antara jumlah allel dengan ketinggian tempat tidak
terdapat hubungan yang signifikan, karena didapatkan nilai r= -0,14227; r2 = 0,02024 dan
nilai p = 0,45329. Dimana nilai p>0,05 menunjukkan tidak terdapat hubungan yang
siginifikan.
4. Kesimpulan
Populasi Globba leucantha di Limau manis memiliki diversitas genetik yang lebih
tinggi (Na = 2, Ne = 1.2627, H = 0.1572, I = 0.2442) dibandingkan dengan populasi Harau
(Na = 1, Ne = 1.1794, H = 0.1059, I = 0.1618) dan Malampah (Na = 1, Ne = 1.192, H =
0.0117, I = 0.138).Diferensiasi genetik antar populasi cukup tinggi (GST = 0.7087) dengan
nilai aliran gen (Nm) sebesar 0,2056.Terdapat korelasi yang signifikan antara jarak genetik
dengan jarak geografis pada G. leucanthadimanar = 0,1203, p = 0.0234 (p<0,05)sedangkan
jumlah alel dengan ketinggian tempat (altitude)tidak terdapat korelasi yang signifikan
dimana r = -0,14227dan p = 0,45329 (p>0,05).
5. Ucapan Terimakasih
Penulis mengucapkan terimakasih kepada Prof. Dr. Syamsuardi, MSc., tim Zingiberaceae
Herbarium Universitas Andalas atas kerjasamanya. Penulis juga mengucapkan terimakasih
pada Prof. Dr. Mansyurdin dan Dr. Tesri Maedeliza atas masukannya dalam penelitian ini.
Kepada Hibah Penelitian Tim Pascasarjana, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi
Departemen Pendidikan Nasional dengan Surat Perjanjian Pelaksanaan Pekerjaan
Penelitian No: 001/H.16/PL/HB-MT/III/2011
DAFTAR PUSTAKA
Doyle, J.J. and J.L. Doyle. 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of
fresh leaf tissue. Phytochem. Bull, 19: 11-15
Frankham, R, J. D. Ballou and D. A. Briscoe. 2002. Introduction to conservation
genetics.Cambridge University Press.UK
Hammer, yuind, 2011. Paleontological statistic version 2.10.natural history museum.
University of Oslo

Islam, M.A., A., Meister, V., Scuberrt, K., Kloppstech, and E., Esch, 2007. Genetic
Diversity and Cytogenetic Analyses in Curcuma zedoaria (Christm.)Resoed from
Bangladesh.Genetic Resources and Crop Evolution (2007) 54 : 149-156
Nei M, W. Li. 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of
restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. USA., 76: 5269-5273.
Nybom, H., and V.I., Bartish, 2000. Effects of life history traits and sampling strategies on
genetic diversity estimates obtained with RAPD markers in plants. Perspectives in
Plant Ecology, Evolution and Systematic. Vol. 3(2) : 93-114.
Rohlf (1997) NTSYS-pc.Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. Version
1.8. Exeter Software (NY, USA)
Syamsuardi dan Okada, Hiroshi.,2002. Genetic diversity and genetic structure of
populations of Ranunculus japonicus Thunb.,(Ranunculaceae). Plant Species
Biology (2002) 17, 59-69
Syamsuardi. 2003. Pollination and breeding system of Ranunculus japonicus Thunb. In
Japan. Biota 8 (1) : 27-32
Syamsuardi. 2004. Mating system variation in Ranunculus japonicus Thunb.
(Ranunculaceae): Evidence from electrophoretic data.Makalah Semirata Bidang
MIPA BKS-PTN Wilayah Indonesia Barat di Pontianak tanggal 27-30 Juli
Syamsuardi, Mansyurdin, dan Susanti, 2010. Variasi morfologi polen genus Globba
(Zingiberaceae) Di Sumatera Barat.Jurnal Hayati, 2010 : 1-5
Takano, A. 2000. Studies on The Diversification of Globba (Zingiberaceae) in The Wet
Tropics. Disertasi S3. Osaka City University. Osaka. Japan
Williams, J. G., A. R., Kubelik, K.J., Livak, J. A., Rafalski and S. V. Tingey, 1990. DNA
polymorphisms amplified by arbitrary promers are useful as genetic markers. Nucl.
Acid Res., 18: 6531-6535
Williams, J.K., Kress, J.W., and Manos, S.P., 2004. The Phylogeny, Evolution, and
Classifiationofthe Genus Globbaand Tribe Globbae(Zingiberaceae): Appendagesdo
Matter. American Journal of Botany 91(1): 100114. 2004
Yeh FC, Yang R-C, Boyle T et al. (1997) POPGENE, the user-friendlyshareware for
population genetic analysis.Molecular Biology andBiotechnology Centre,
University of Alberta, Canada. http://www.ualberta.ca/fyeh/
Zhou, H., J.,Chen and F., Chen, 2007. Ant-mediated seed dispersal contributes to the local
spatial pattern and genetic structure of Globba lancangensis (Zingiberaceae).
Journal of Heredity, hal 1-8