Anda di halaman 1dari 14

BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa organik salah
satunya adalah asam nukleat. Asam Nukleat terdapat didalam inti sel, hal
ini mengindikasikan pentingnya Asam Nukleat dalam menopang seluruh
proses kehidupan dalam tubuh. Dalam kenyataannya, memang kode
genetik yang tesimpan dalam rantaian DNA digunakan untuk membuat
protein, kapan, dimana dan seberapa banyak.
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga
polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).
Friedrich

Miescher

(1844-1895)

adalah

orang

yang

mengawali

pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium
Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah
bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam
encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada
sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat
memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel
diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
kemudian zat ini dinamakan nuclein sekarang dikenal dengan nama
nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan
salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.

1.2 Rumusan Masalah


Berdasarkan latar belakang diatas, rumusan masalah yang akan
dibahas selanjutnya adalah:
1.

Apa pengertian Asam Nukleat ?

2.

Bagaimana struktur Kimia Asam Nukleat ?

3.

Apa yang dimaksud Nukleosida dan nukleotida ?

4.

Apa yang dimaksud Ikatan fosfodiester ?

5.

Bagaimana Sekuens asam nukleat ?

6.

Bagaimana Struktur tangga berpilin (double helix) DNA


dan Modifikasi
struktur molekul RNA ?

7.

Apa saja Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat ?

1.3 Tujuan
Sejalan dengan latar belakang dan rumusan masalah diatas, adapun
tujuan yang ingin dicapai adalah sebagai berikut:
1.

Untuk mengetahui pengertian Asam Nukleat

2.

Untuk mengetahui bagaimana struktur kimia Asam


Nukleat.

3.

Untuk mengetahui
apa yang dimaksud dengan
Nukleosida dan nukleotida.

4.

Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Ikatan


fosfodiester.

5.

Untuk mengetahui
Nukleat.

6.

Untuk mengetahui
bagaimana Struktur tangga
berpilin (double helix) DNA

bagaimana sekuens dari Asam

dan Modifikasi struktur molekul RNA.


2

7.

Untuk mengetahui
Asam Nukleat.

apa saja sifat-sifat kimia dari

BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga
polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).
Asam nukleat memiliki beberapa fungsi penting, yaitu menyimpan,
menstransmisi,

dan

mentranslasi

informasi

genetik;

metabolisme

antara(intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi;


koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat gula,
senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi reduksi.
2.2 Struktur Kimia Asam Nukleat
Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid
(RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam
nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA
gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya
mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2 sehingga
dinamakan gula 2-deoksiribosa.

Gambar 2.1 Komponen-komponen asam nukleat(a:gugus fosfat, b:gula


pentose, c:basa N)

Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa Nnya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur
berupa cincin aromatic heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat
dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa
purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin
hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA,
purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin
ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin
terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan
sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya
karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga
dikatakan sebagai 5-metilurasil.
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas,
hanya basa N lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada
kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam
nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain,
identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya
4

sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam


nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.
2.3 Nukleosida dan Nukleotida
Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan
tanda aksen (1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya
dengan penomoran posisi pada cincin basa. Posisi 1 pada gula akan
berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada
basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik (Gambar 2.2).
Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah disinggung
bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida,
yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa,
dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat
dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian
nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau
lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat)
adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu
pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat,
guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat.
Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya
pada

DNA,

maka

(2-deoksiribo)nukleosidanya

terdiri

atas

deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin.


2.4 Ikatan fosfodiester
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan
basa N, pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus
fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5
gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3 gula pentosa nukleotida
berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia
gugus fosfat berada dalam bentuk diester (Gambar 2.2).
5

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu


nukleotida dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini
sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut.
Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang
masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester. Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada
kromosom dan plasmid bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung.
Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula
pentosa. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5.
Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3 gula
pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3. Adanya
ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai
arah tertentu. Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam
nukleat bermuatan negatif. Inilah alasan pemberian nama asam kepada
molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa
N. Kenyataannya, asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau
merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif.

2.5 Sekuens asam nukleat


Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan
spesifisitas suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita
6

menggambarkan suatu molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan


urutan basa (sekuens)-nya saja. Selanjutnya, dalam penulisan sekuens
asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5 di sebelah kiri
atau ujung 3 di sebelah kanan. Sebagai contoh, suatu sekuens DNA dapat
dituliskan 5-ATGACCTGAAAC-3 atau suatu sekuens RNA dituliskan
5-GGUCUGAAUG-3. Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain
ditentukan oleh sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah
pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak
berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari
arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang lain 3 5).
2.6 Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan Modifikasi
struktur molekul RNA
Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model
struktur molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan
dijadikan dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi
DNA. Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix).
Secara alami DNA pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga
berpilin ini.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai
dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan
arah pilinan ke kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai
menghadap ke arah luar sumbu pilinan, sedangkan basa N menghadap ke
arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai
pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa A pada
satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya,
sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa
ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A
dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan basa G
dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan
hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama
lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah
7

satu rantai diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat
ditentukan. 19 Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa
monosiklik, maka jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang
molekul DNA akan selalu tetap. Dengan perkataan lain, kedua rantai
tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu dibaca dari arah 5 ke 3,
maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3 ke 5. Jadi, kedua rantai
tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).

Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara
itu, di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga
jarak antara dua basa yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai
menjadi 3,4 nm. Namun, kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila
DNA berada dalam medium larutan fisiologis dengan kadar garam rendah
seperti halnya yang terdapat di dalam protoplasma sel hidup. DNA
semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau bentuk yang sesuai
dengan model asli Watson-Crick. Bentuk yang lain, misalnya bentuk A,
akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam
tinggi. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam setiap putaran
spiral. Selain itu, ada pula bentuk Z, yaitu bentuk molekul DNA yang
mempunyai arah pilinan spiral ke kiri. Bermacam-macam bentuk DNA ini

sifatnya fleksibel, artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain
bergantung kepada kondisi lingkungannya.
Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai
tunggal sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun,
modifikasi struktur juga terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di
dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler). Dengan adanya
modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal tiga macam RNA, yaitu
RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah atau transfer
RNA (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur mRNA dikatakan
sebagai struktur primer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan
sebagai struktur sekunder. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul
RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing.
2.7 Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat
a. Stabilitas asam nukleat
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktur sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut
menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang
berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen
di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan
ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada
dalambentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak
berpengaruh terhadap stabilitasstruktur asam nukleat, tetapi sekedar
menentukan spesifitas perpasangan basa. Penentu stabilitas struktur
asam

nukleat

terletak

pada

interaksi

penempatan

(stacking

interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang


bersifathidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari
sela-sela perpasanga basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.
b. Pengaruh asam

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO 4 dengan


suhu lebih dari 100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis
sempurna menjadi komponen 21 komponennya. Namun, di dalam
asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan
basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat
apurinik.
c. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH
akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto
menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah
proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan terputusnya
sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan
pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis
bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C
nomor 2 di dalam gula ribosanya.
d. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi
asam nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif
tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen.
Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang
dan rantai ganda mengalami denaturasi.

e. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat
tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat
mencapai beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut
10

berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang


relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang
tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan
terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
f. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan
kerapatan apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang
mengandung garam pekat dengan berat 22 molekul tinggi, misalnya
sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama
dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm 3. Jika larutan ini
disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl
yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk
gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju
posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal
sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium
density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan
berada di dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat
dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik
tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan
apung DNA () merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya.
Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G + C).

11

BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga
polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).
Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid
(RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam
nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA
gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya
adalah deoksiribosa.
Nukleosida adalah kompleks gula-basa pada basa pirimidin melalui
ikatan glikosidik atau glikosilik. Sedangkan Nukleotida secara umum
sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat.
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan
basa N, pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat
yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula
pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3 gula pentosa nukleotida
berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia
gugus fosfat berada dalam bentuk diester.
Sekuens asam nukleat atau pengurutan asam nukleat adalah proses
penentuan urutan nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA. Sebagai
contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5-ATGACCTGAAAC-3 atau

12

suatu sekuens RNA dituliskan 5-GGUCUGAAUG-3. Jadi, spesifisitas


suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya, juga harus
dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens
sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang
lain 3 5).
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai
dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan
arah pilinan ke kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai
menghadap ke arah luar sumbu pilinan, sedangkan basa N menghadap ke
arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai
pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa A pada
satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan
basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini
dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T
dihubungkan oleh ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen
tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan
saling komplementer.
Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain Stabilitas
asam nukleat, Pengaruh Asam, Pengaruh Alkali, Denaturasi kimia,
Viskositas dan kerapatan Apung.

13

DAFTAR PUSTAKA

Dryer, L Robert.1994.BIOKIMIA suat pendekatan berorientasi kasus.UI


press.Jakarta
Poedjiadi, Anna. 2005.Dasar-dasar Biokimia.UI press.Jakarta
Robinsson, Trevor. 1995.Kandungan Organik Tumbuhan Tinggi.ITB
press.Bandung

14

Anda mungkin juga menyukai