RNA (bukannya DNA). Setelah menginfeksi sel, virus tersebut akan membentuk replika DNA
dari RNA-nya dengan menggunakan enzim reverse transcriptase.
Terdapat pada kera-kera kecil, atau kera besar macam gorila atau simpanse yang ada di benua
Afrika, serta orangutan yang ada di Sumatera dan Kalimantan
Golongan Retrovirus
Ada tiga golongan retrovirus yang ditemukan pada primata yaitu oncornaviruses,
lentiviruses, dan spumaviruses. Meskipun jumlahnya sangat sedikit, ketiga golongan virus
tersebut beresiko menular pada manusia baik melalui gigitan, urin maupun feses (kotoran).
Berikut virus-virus tersebut :
Oncornaviruses
Ada empat jenis ornocavirus yang terdapat pada non human primata(ordo) (NHP) yaitu
Simian T-lymphotropic virus (STLV), Gibbon ape leukemia virus (GaLV), Simian sarcoma
virus, dan Simian retrovirus Type D (SRV). Simian T-lymphotropic virus (STLV) sangat mirip
dengan Human T-cell leukemia virus (HTLV) yang banyak sekali terdapat di Asia, Afrika
maupun Amerika. Meskipun kasus kejadiannya tidak banyak, HTLV dapat menyebabkan
leukemia pada sel T dewasa atau lymphoma pada manusia yang terinfeksi. Selain itu, strain virus
HTLV I juga berkaitan dengan tropical spastic paraparesis yaitu suatu gangguan syaraf yang
langka. Hal yang amat mengkhawatirkan, saat ini telah diketahui bahwa HTLV ternyata berasal
dari STLV purba yang menular antar spesies yang berbeda. Bahkan sebuah survei yang
dilakukan oleh Verschoor et al. (1998) terhadap 143 orangutan di Kalimantan Tengah
menunjukkan adanya dua ekor orangutan yang terinfeksi oleh virus HTLV I. Dengan demikian,
peluang virus golongan ini untuk menginfeksi manusia semakin besar. Gibbon ape leukemia
virus (GaLV) juga dapat mengakibatkan leukemia meskipun hewan yang dijangkiti masih
tampak sehat. Virus ini dapat berpindah antar spesies. Simian sarcoma virus, yang kemungkinan
merupakan mutan dari GaLV diketahui menginfeksi monyet wooly yang serumah dengan
gibbon. Simian retrovirus Type D (SRV) terdiri dari beberapa jenis virus. Virus ini biasanya
menyerang monyet dan menyebabkan penurunan sistem kekebalan tubuh. Namun demikian,
monyet yang terserang virus ini tetap terlihat sehat. Antibodi terhadap retrovirus tipe D telah
dilaporkan pada 2 dari 247 orang yang sehari-hari berhubungan dengan primata non manusia.
2. Lentivirus
Salah satu golongan lentivirus yang amat berbahaya adalah Simian immunodeficiency
virus (SIV). Virus ini berkerabat erat dengan HIV (Human Immunodeficiency Virus). Virus HIV
1 berasal dari strain SIV simpanse. Sedangkan virus HIV 2 berasal dari SIV sooty mangabeys.
Ada sejumlah besar monyet Afrika baik yang liar maupun tangkapan yang terinfeksi oleh SIV.
Jenis strainnya berbeda-beda, sesuai dengan jenis spesiesnya. Sebagian besar hewan yang
terinfeksi oleh virus ini, tetap terlihat sehat. Primata Asia bukanlah induk semang alami dari SIV.
Dengan demikian, apabila terkena SIV, primata Asia (termasuk orangutan) akan sangat mudah
mengalami penurunan kekebalan tubuh. Saat ini ada 0.06% (2 dari 3123) manusia yang biasa
bekerja dengan primata yang terinfeksi oleh virus ini. Satu di antara kedua orang tersebut
selanjutnya menunjukkan hasil uji serologi yang negatif, namun yang lainnya tetap positif.
Namun demikian mereka berdua tidak menunjukkan gejala penyakit.
3. Spumaviruses
Spuma virus yang terdapat pada primata adalah Simian Foamy Virus (SFV). Virus ini
banyak ditemukan pada primata dunia baru maupun lama. Ada 3,7% atau 11 dari 296 orang yang
biasa berhubungan dengan primata telah terinfeksi oleh virus ini.
Cara Penularan
Virus dan Cara Penularan
Simian T-lymphotropic virus
(STLV) hubungan seksual dan air susu induk
Gibbon ape leukemia virus
(GaLV) urin, feses dan kemungkinan hubungan seksual
Simian sarcoma virus Simian retrovirus Type D (SRV)
hubungan seksual, gigitan, dari induk ke anak
Simian Retrovirus-1 tipe D (SRV-1) ditemukan pertama kali antara tahun 1981-1983 sebagai
penyebab sindrom imunosupresif yang diderita banyak primata di New England Primate
Research Center (NEPRC) dan California Regional Primate Centres (CRPC), Amerika Serikat.
Virus SRV-1 ini tidak berkerabat dekat dengan HIV-1, namun memiliki kemiripan dengan
Mason Pfizer monkey virus (MPMV) yang diisolasi dari sel tumor payudara monyet betina. Pada
spesies primata M. nemestrina, ditemukan SRV-2 yang cukup jauh kekerabatannya dibandingkan
SRV-1 dan MPMV (SRV-3). SRV-2 tidak hanya menyebabkan imunosupresi fatal, namun juga
diikuti dengan proliferasi sel vaskuler dan mesenkimal yang disebut fibromatosis retroperitoneal
(RF). Infeksi SRV tidak menunjukkan aktivasi imunitas yang tinggi pada awal terjadinya infeksi,
namun virus ini menyerang berbagai sel pertahanan tubuh seperti sel T CD4+ dan sel T CD8, sel
B, makrofaga, dan sel epitelial di saluran pencernaan, kelenjar saliva, dan choroid plexus. Pada
tahap akhir infeksi SRV, terjadi penurunan limfoid pada kelenjar limfoid dan infeksi oportunistik
seperti yang juga terjadi pada tahap akhir dari infeksi HIV. Infeksi SRV pada primata menjadi
model studi mekanisme supresi sistem imun yang menarik para ahli karena kemampuan
reproduksi virus yang tinggi, transmisinya cepat, dan waktu turnover yang diperlukan relatif
pendek (7-10 hari). Untuk mendeteksi keberadaan virus ini yang bersifat onkogenik ini, dapat
digunakan uji serologis seperti ELISA dan western blot, analisis PCR, ataupun isolasi virus
secara langsung dengan menumbuhkan peripheral blood mononuclear cell (PBMC) asal primata
dan sel raji secara bersamaan.
Feline immunodeficiency virus (FIV), umumnya diketahui sebagai Feline AIDS adalah
lentivirus yang menyerang kucing rumah di seluruh dunia. 11% kucing di dunia terinfeksi
dengan FIV. Menurut penelitian lainnya, 2.5% kucing di Amerika Serikat terinfeksi FIV. FIV
berada pada famili retrovirus yang sama sebagai Feline leukemia virus (FeLV). FIV terbagi dari
dua retrovirus feline lainnya, feline leukemia virus (FeLV) dan feline foamy virus (FFV).
Terdapat vaksin untuk virus ini walaupun kemanjurannya tetap tidak menentu.[1]
FIV pertama kali ditemukan tahun 1986 koloni kucing yang mengalami infeksi oportunistik dan
kondisi yang merosot, dan telah diidentifikasikan sebagai penyakit endemik pada kucing
domistik di dunia.
FIV ditransmisikan melalui luka gigitan yang dalam, FeLV dengan mudah disebar oleh kontak
seperti merawat dan berbagi mangkuk. Ahli tidak setuju bahwa FIV dapat disebar melalui kontal
kasual. Virus ini juga masuk melalui mulut, dubur dan vagina.
FIV menyerang sistem kekebalan kucing, seperti human immunodeficiency virus (HIV) yang
menyerang sistem kekebalan manusia. FIV menginfeksi banyak tipe sel, termasuk limfosit CD4+
dan CD8+ T, limfosit B dan makrofage.
Transkripsi balik (Reverse transcription) merupakan proses kebalikan transkripsi yaitu mengkopi
RNA menjadi DNA. Definisi yang lain menyebutkan bahwa reverse transcription adalah proses
yang mentranskripsikan untai tunggal RNA menjadi DNA komplemennya (cDNA) dengan
katalisator enzim reverse transcriptase, primer dNTPs dan enzim RNAase Inhibitor. Tanpa
reverse transkripsi, pekerjaan mencari umumnya dilakukan dengan mengisolasi DNA total
genom kemudian memotong-motongnya menjadi ratusan ribu potongan dan diteruskan dengan
mempelajari masing-masing potongan dengan teliti, cara tersebut menghabiskan waktu dan
tenaga yang banyak dan tidak efisien. Dengan enzim yang sesuai, pekerjaan mencari gen tidak
harus dimulai dengan mengisolasi DNA genom total tetapi cukup dengan mengisolasi mRNA.
cDNA
cDNA merupakan terminology genetic yang mengacu pada untai DNA yang disintesis
dari template RNA melalui suatu reaksi yang dikatalisis oleh enzim reverse transcriptase dan
DNA polymerase. cDNA disebut juga DNA komplemen, beruntai tunggal atau untai ganda,
disintesis invitro dari template mRNA menggunakan enzim reverse transcriptase.
Tujuan mengkonversi mRNA menjadi cDNA adalah karena DNA sifatnya lebih stabil
dari pada RNA. Setelah dikonversi, untai cDNA tersebut dapat digunakan untuk PCR, sebagai
probe untuk analisis ekspresi dan untuk perbanyakan/ cloning sekuen mRNA. Jika seorang
peneliti ingin mengekspresikan suatu protein spesifik dalam sel yang tidak lazim memproduksi
protein tersebut satu cara sederhana adalah dengan mentransfer cDNA yang mengkode protein
tersebut ke sel resipien. Pada kondisi alamiah, cDNA tersintesis oleh reverse transcriptase yang
mengubah untai tungal RNA berdasarkan urutan pasanan basanya dan memasangkan dengan
basa DNA yang sesuai (A,U,G dan C berpasangan dengan T,A,C dan G).
transkriptase-balik ditemukan oleh Howard Temin dan David Baltimore secara terpisah pada
tahun 1970 tidak lama setelah penemuan enzim restriksi. Enzim transkriptase-balik ini
kemudian digunakan untuk mengkonstruksi copy DNA yang disebut cDNA (complementary
DNA) dengan menggunakan RNA sebagai cetakannya. Dengan demikian gen atau bagian dari
gen dapat disintesis berdasarkan mRNA. Proses sintesis DNA dengan cara ini merupakan
kebalikan dari pada proses transkripsi. Oleh karena itu dinamakan transkripsi-balik.
Saat ini, enzim transkriptase-balik sudah diproduksi secara komersial. Ketersediaan
enzim transkriptase-balik ini telah memberikan kemudahan bagi para peneliti untuk mempelajari
gen yang bertanggung-jawab terhadap sifat-sifat tertentu.
Enzim reverse transcriptase sebenarnya bukanlah merupakan katalisator yang efektif.
Selama satu periode transkripsi setidaknya terdapat rata-rata 10 kesalahan seperti salah baca
kodon, melompati pembacaan beberapa kodon dan sebagainya. Kesalahan-kesalahan tersebut
relative lebih parah dibandingkan dengan kesalahan yang umum terjadi pada replikasi normal,
hal tersebut karena proses transkripsi normal mempunyai mekanisme koreksi yang mengurangi
frekuensi kesalahan transkripsi. Frekuesi kesalahan transkripsi yang tinggi ternyata justru
menguntungkan sel prokaryotic yang bersangkutan. Fenomena tersebut merupakan salah satu
factor yang menyebabkan partikel prokaryotic seperti virus sulit untuk diberantas, pola genetic
virus cenderung cepat berubah sehingga tidak terkoreksi oleh system imun manusia
(Stowell,2009).
Primer
Tiga jenis primer yang umum digunakan dalam proses reverse transkripsi; (1) Primer
Oligo(dT) atau dNTPs, (2) Primer random hexamer, (3) Gen spesifik primer. Primer dNTPs yang
paling sering digunakan sebagai primer karena peneliti bisa mendapatkan salinan cDNA lengkap
dari full mRNA juga afinitas dNTPs terhadap ekor poly A pada mRNA. Primer dNTPs
menggandakan ekor poly A mRNA dan terfosforilasi pada ujung 5 untuk menfasilitasi cloning
cDNA.
mRNA yang panjang (>4 kb) atau tidak memiliki ekor poly A (mRNA prokaryota), maka
pilihannya adalah random primer. Dengan random primer, ujung 5 gen-gen yang panjang dapat
ditranskripsi balik, tetapi cDNA yang diperoleh mungkin tidak full dari seluruh gen. Biasanya
digunakan random primer 6-mers, tetapi 8 atau 9-mers dapat meningkatkan ukuran cDNA karena
primernya akan terhibridisasi lebih jarang.
Pilihan ketiga adalah primer spesifik gen yang dapat meningkatkan sensitivitas dengan
mengarahkan seluruh aktifitas enzim RT untuk mentranskripsi balik hanya RNA tertentu saja.
Jika yang kita lakukan adalah one-step RT PCR, primer spesifik gen digunakan karena primer
RT juga nantinya digunakan sebagai primer reverse pada reaksi PCR-nya (Yepyhardi,
Patogenesis virus merupakan suatu tahap akhir terjadinya penyakit setelah
infeksi virus. Patogenesis virus ini berakibat timbulnya suatu penyakit klinis atau
subklinis (tidak bergejala) yang merupakan hasil interaksi antara beberapa faktor
dengan virus dan inang.
Tahapan dalam patogenesis masuknya virus ke dalam tubuh inang pembawa
sering terjadi melalui selaput lendir saluran napas dan dapat pula terjadi melalui
selaput lendir pencernaan atau saluran kemih, namun terkadang dapat pula akibat
suntikan langsung virus ke dalam aliran darah melalui suntikan atau gigitan serangga.
Penyakit akibat petogenesis virus dapat berupa infeksi subklinik (bergejala)
dan klinis:
a. Penyakit patogenesis bergejala
Disebut juga infeksi subklinik karena tidak tampak adanya gejala
klinik. Sebagai besar infeksi virus hanya mengakibatkan infeksi subklinik
dan dapat merangsang kekebalan humoral maupun seluler.
b. Penyakit virus klinis
Jenis penyakit patogenesis ini sering tergantung dari banyaknya
virus yang masuk dan tidak selalu terjadi pada tiap infeksi sehingga bukan
merupakan indeks infeksi virus yang tepat. Jenis penyakit ini jauh lebih
jarang daripada infeksi subklinik dan penyakit golongan ini berkaitan
dengan organ sasaran tertentu untuk suatu virus tertentu.
Jenis-jenis infeksipada tahapan patogenesis dibagi dalam tahap-tahap:
a. Infeksi tidak nyata
Infeksi jenis ini memiliki ciri dan sifat sebagai berikut:
Terjadi bila jumlah sel yang terinfeksi tidak cukup banyak untuk dapat
menimbulkan gejala klinik.
Disebut pula penyakit subklinik.
Dapat merangsang pembuatan antibodi yang cukup banyak sehingga
tubuh menjadi kebal terhadap infeksi serupa berikutnya.
Sering terjadi jika jumlahnya virus yang masuk hanya sedikit atu virus
tidak dapat mencapai organ sasaran.
b. Infeksi akut
Terjadi jika gejala klinik penyakit hanya tampak dalam waktu yang
pendek setelah masa inkubasi.
Sembuh jika virus dapat dienyahkan dari dalam tubuh.
Dibagi menjadi infeksi lokal atau menyebar, tergantung apakah virus
langsung berada pada organ sasaran atau harus berjala dari tempat
infeksi ke tempat organ sasaran.
Dapat berkembang menjadi infeksi menetap atau laten.
c. Infeksi menetap
Virus infektif terus berada di dalam tubuh untuk jangka waktu lama.
Mungkin ada gejala klinik atau tanpa gejala.
Dapat berkembang menjadi pembawa virus atau karier.
d. Infeksi laten
Virus penginfeksi tetap berada di dalam tubuh dalam bentuk noninfektif
tetapi secara periodik dapat diaktifkan kembali menjadi virus infektif
yang menimbulkan penyakit klinis.
Disebut juga penyakit kambuhan.
e. Infeksi lambat
Masa inkubasi sangat lama.
Selama masa inkubasi tidak tampak gejala klinis dan tidak terbentuk
virus infektif.
Sering berupa penyakit virus pada susunan saraf pusat yang bersifat
kronis, progresif dan faal (misal penyakit Kuru).
fage digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain
yang tidak berinti sel).
Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup karena ia tidak dapat menjalankan
fungsi biologisnya secara bebas jika tidak berada dalam sel inang. Karena karakteristik khasnya
ini virus selalu terasosiasi dengan penyakit tertentu, baik pada manusia (misalnya virus influenza
dan HIV), hewan (misalnya virus flu burung), atau tanaman (misalnya virus mosaik
tembakau/TMV).
Etimologi
Kata virus berasal dari bahasa latin virion yang berarti racun, yang pertama kali digunakan di
Bahasa Inggris tahun 1392.[1] Definisi "agen yang menyebabkan infeksi penyakit" pertama kali
digunakan tahun 1728,[1] sebelum ditemukannya virus sendiri oleh Dmitry Iwanovsky tahun
1892.
Sejarah penemuan
Virus mosaik tembakau merupakan virus yang pertama kali divisualisasikan dengan mikroskop
elektron.
Virus telah menginfeksi sejak jaman sebelum masehi, hal tersebut terbukti dengan adanya
beberapa penemuan-penemuan yaitu laporan mengenai infeksi virus dalam hieroglyph di
Memphis, ibu kota Mesir kuno (1400SM) yang menunjukkan adana penyakit
poliomyelitis, selain itu, Raja Firaun Ramses V meninggal pada tahun 1196 SM dan
dipercaya meninggal karena terserang virus Smallpox.
Pada jaman sebelum masehi, virus endemik yang cukup terkenal adalah virus Smallpox
yang menyerang masyarakat cina pada tahun 1000. Akan tetapi pada pada tahun 1798 ,
Edward Jenner menemukan bahwa beberapa pemerah susu memiliki kekebalan terhadap
virus pox. Hal tersebut diduga karena Virus Pox yang terdapat pada sapi, melindungi
manusia dari Pox. Penemuan tersebut yang dipahami kemudian merupakan pelopor
penggunaan vaksin.
Pada tahun 1880, Louis Pasteur dan Robert Koch mengemukakan suatu "germ theory"
yaitu bahwa mikroorganisme merupakan penyebab penyakit. Pada saat itu juga terkenal
Postulat Koch yang sangat terkenal hingga saat ini yaitu :
Penelitian mengenai virus dimulai dengan penelitian mengenai penyakit mosaik yang
menghambat pertumbuhan tanaman tembakau dan membuat daun tanaman tersebut
memiliki bercak-bercak. Pada tahun 1883, Adolf Mayer, seorang ilmuwan Jerman,
menemukan bahwa penyakit tersebut dapat menular ketika tanaman yang ia teliti menjadi
sakit setelah disemprot dengan getah tanaman yang sakit. Karena tidak berhasil
menemukan mikroba di getah tanaman tersebut, Mayer menyimpulkan bahwa penyakit
tersebut disebabkan oleh bakteri yang lebih kecil dari biasanya dan tidak dapat dilihat
dengan mikroskop.
Pada tahun 1892, Dimitri Ivanowsky dari Rusia menemukan bahwa getah daun tembakau
yang sudah disaring dengan penyaring bakteri masih dapat menimbulkan penyakit
mosaik. Ivanowsky lalu menyimpulkan dua kemungkinan, yaitu bahwa bakteri penyebab
penyakit tersebut berbentuk sangat kecil sehingga masih dapat melewati saringan, atau
Setelah itu, pada tahun 1898, Loeffler dan Frosch melaporkan bahwa penyebab penyakit
mulut dan kaki sapi dapat melewati filter yang tidak dapat dilewati bakteri. Namun
demikian, mereka menyimpulkan bahwa patogennya adalah bakteri yang sangat kecil.[2]
Pendapat Beijerinck baru terbukti pada tahun 1935, setelah Wendell Meredith Stanley
dari Amerika Serikat berhasil mengkristalkan partikel penyebab penyakit mosaik yang
kini dikenal sebagai virus mosaik tembakau.[3] Virus ini juga merupakan virus yang
pertama kali divisualisasikan dengan mikroskop elektron pada tahun 1939 oleh ilmuwan
Jerman G.A. Kausche, E. Pfankuch, dan H. Ruska.[4]
Pada tahun 1911, Peyton Rous menemukan jika ayam yang sehat diinduksi dengan sel
tumor dari ayam yang sakit, maka pada ayam yang sehat tersebut juga akan terkena
kanker.[5] Selain itu, Rous juga mencoba melisis sel tumor dari ayam yang sakit lalu
menyaring sari-sarinya dengan pori-pori yang tidak dapat dilalui oleh bakteri, lalu sarisari tersebut di suntikkan dalam sel ayam yang sehat dan ternyata hal tersebut juga dapat
menyebabkan kanker.[5] Rous menyimpulkan kanker disebabkan karena sel virus pada sel
tumor ayam yang sakit yang menginfeksi sel ayam yang sehat.[5] Penemuan tersebut
merupakan penemuan pertama virus onkogenik, yaitu virus yang dapat menyebabkan
tumor. Virus yang ditemukan oleh Rous dinamakan Rous Sarcoma Virus(RSV).[5]
Pada tahun 1933, Shope papilloma virus atau cottontail rabbit papilloma virus
(CRPV)yang ditemukan oleh Dr Richard E Shope merupakan model kanker pertama
pada manusia yag disebabkan oleh virus.[6] Dr Shope melakukan percobaan dengan
mengambil filtrat dari tumor pada hewan lalu disuntikkan pada kelinci domestik yang
sehat, dan ternyata timbul tumor pada kelinci tersebut.[6]
Wendell Stanley merupakan orang pertama yang berhasil mengkristalkan virus pada
tahun 1935.[7] Virus yang dikristalkan merupakan Tobacco Mozaic Virus (TMV).[7]
Stanley mengemukakan bahwa virus akan dapat tetap aktif meskipun setelah
kristalisasi.[7]
Martha Chase dan Alfred Hershey pada tahun 1952 berhasil menemukan bakteriofage.[8]
Bakterofage merupakan virus yang memiliki inang bakteri sehingga hanya dapat
bereplikasi di dalam sel bakteri.[8]
Model skematik virus berkapsid heliks (virus mosaik tembakau): 1. asam nukleat (RNA), 2.
kapsomer, 3. kapsid.
Virus adalah organisme subselular yang karena ukurannya sangat kecil, hanya dapat dilihat
dengan menggunakan mikroskop elektron. Ukurannya lebih kecil daripada bakteri sehingga virus
tidak dapat disaring dengan penyaring bakteri. Virus terkecil berdiameter hanya 20 nm (lebih
kecil daripada ribosom), sedangkan virus terbesar sekalipun sukar dilihat dengan mikroskop
cahaya.[9]
Genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA.[10] Genom virus dapat terdiri dari DNA untai
ganda, DNA untai tunggal, RNA untai ganda, atau RNA untai tunggal.[10] Selain itu, asam
nukleat genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler.[10] Jumlah gen virus bervariasi
dari empat untuk yang terkecil sampai dengan beberapa ratus untuk yang terbesar.[10][9] Bahan
genetik kebanyakan virus hewan dan manusia berupa DNA, dan pada virus tumbuhan
kebanyakan adalah RNA yang beruntai tunggal.[10]
Bahan genetik virus diselubungi oleh suatu lapisan pelindung.[10] Protein yang menjadi lapisan
pelindung tersebut disebut kapsid.[10] Bergantung pada tipe virusnya, kapsid bisa berbentuk bulat
(sferik), heliks, polihedral, atau bentuk yang lebih kompleks dan terdiri atas protein yang
disandikan oleh genom virus.[10] Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut
kapsomer.[9][10]
Bakteriofag terdiri dari kepala polihedral berisi asam nukleat dan ekor untuk menginfeksi inang.
Untuk virus berbentuk heliks, protein kapsid (biasanya disebut protein nukleokapsid) terikat
langsung dengan genom virus.[11] Misalnya, pada virus campak, setiap protein nukleokapsid
terhubung dengan enam basa RNA membentuk heliks sepanjang sekitar 1,3 mikrometer.[11]
Komposisi kompleks protein dan asam nukleat ini disebut nukleokapsid.[11] Pada virus campak,
nukleokapsid ini diselubungi oleh lapisan lipid yang didapatkan dari sel inang, dan glikoprotein
yang disandikan oleh virus melekat pada selubung lipid tersebut.[11] Bagian-bagian ini berfungsi
dalam pengikatan pada dan pemasukan ke sel inang pada awal infeksi.[11]
dengan koefisien T, yaitu sekitar 60t protein.[12] Sebagai contoh, virus hepatitis B memiliki angka
T=4, butuh 240 protein untuk membentuk kapsid.[12] Seperti virus bentuk heliks, kapsid sebagian
jenis virus sferik dapat diselubungi lapisan lipid, namun biasanya protein kapsid sendiri langsung
terlibat dalam penginfeksian sel.[12]
Beberapa jenis virus memiliki unsur tambahan yang membantunya menginfeksi inang.Virus
pada hewan memiliki selubung virus, yaitu membran menyelubungi kapsid.[13] Selubung ini
mengandung fosfolipid dan protein dari sel inang, tetapi juga mengandung protein dan
glikoprotein yang berasal dari virus.[13] Selain protein selubung dan protein kapsid, virus juga
membawa beberapa molekul enzim di dalam kapsidnya. Ada pula beberapa jenis bakteriofag
yang memiliki ekor protein yang melekat pada "kepala" kapsid. Serabut-serabut ekor tersebut
digunakan oleh fag untuk menempel pada suatu bakteri.[14] Partikel lengkap virus disebut virion.
Virion berfungsi sebagai alat transportasi gen, sedangkan komponen selubung dan kapsid
bertanggung jawab dalam mekanisme penginfeksian sel inang.[14]
Patogenesis Virus
Macam-macam infeksi virus
Virus dapat menginfeksi inangnya dan menyebabkan berbagai akibat bagi inangnya.[15] ada yang
berbahaya, namun juga ada yang dapat ditangani oleh sel imun dalam tubuh sehingga akibat
yang dihasilkan tidak terlalu besar.[15]
1. Infeksi
Akut
infeksi akut merupakan infeksi yang berlangsung dalam jangka waktu cepat namun dapat
juga
*
*
berakibat
Sembuh
Sembuh
fatal.[15]
tanpa
dengan
Berlanjut
Akibat
dari
kerusakan
kerusakan/cacat,
kepada
infeksi
akut
adalah :
(Sembuh
total)[15]
misalnya :
polio[15]
kronis[15]
infeksi
* Kematian[15]
2. Infeksi
Kronis
Infeksi kronis merupakan infeksi virus yang berkepanjangan sehingga ada resiko gejala
penyakit
muncul
kembali.[15]
Contoh
dari
infeksi
kronis
adalah :
Reaktivasi
Penyakit
yang
kronis
menyebabkan
yang
berulang
infeksi
akut,
(kambuh),
contoh :
contoh :
[15]
shingles[15]
HBV,
HCV
Poliovirus
mempunyai reseptor virus berupa protein membran integral yang juga anggota dari
molekul superfamily immunoglobulin.[18] Reseptor ini memiliki tiga domain yaitu satu
berupa variabel dan dua konstan.[18]
Virus influenza
Virus ini mempunyai dua tipe spike glikoprotein pada permukaan partikel virus yaitu
hemagglutinin (HA) dan neuraminidase.[19] HA akan berikatan dengan reseptor virus
influenza yang berupa asam sialat (N-asetil neuraminic acid).[19]
virus ini berikatan dengan muatan negatif dari moieties asam sialat yang ada pada rantai
oligosakarida yang secara kovalen berikatan dengan glikoprotein pada permukaan sel.[19]
adanya asam sialat pada hampir semua jenis sel menyebabkan virus influenza bisa
berikatan dengan banyak tipe sel.[19]
Penetrasi
Penetrasi terjadi pada waktu yang sangat singkat setelah pelekatan virus pada reseptor di
membran sel.[20] Proses ini memerlukan energi Tiga mekanisme yang terlibat:
Proses translokasi relatif jarang terjadi di antara virus dan mekanisme belom sepenuhnya
dipahami benar, kemungkinan diperantarai oleh protein di dalam virus kapsid dan
reseptor membran spesifik.[21]
fusi dari envelope dengan membran sel (untuk virus yang berenvelope)
Proses fusi virus berenvelop dengan membran sel baik secara langsung maupun dengan
permukaan sel maupun mengikuti endositosis dalam sitoplasma.[22] Diperlukan adanya
protein fusi spesifik dalam envelop virus, misalnya : HA influenza dan glikoprotein
transmembran (TM) Rhinovirus.[22]
Pelepasan Mantel
Tahap ini terjadi setelah proses penetrasi dimana kapsid virus baik seluruhnya maupun sebagian
dipindahkan ke dalam sitoplasma sel inang.[20] Pada tahap ini genom virus terekspos dalam
bentuk kompleks nukleoprotein.[20] Dalam beberapa kasus, tahap ini berlangsung cukup
sederhana dan terjadi selama fusi pada membran virus dengan membran plasma.[20] untuk virus
lainnya, tahap ini merupakan proses multistep yang melibatkan jalur endositosis dan membran
nukleus.[20]
7 Klasifikasi Baltimore.[23]
Strategi replikasi dari beberapa virus tergantung pada material genetik alami dari virus
tersebut.[24] Dalam hal ini, virus dibagi dalam 7 kelompok seperti pengelompokan [[David
Baltimore].[24] Proses ekspresi gen akan menentukan semua proses infeksi virus (akut, kronis,
persisten, atau laten).[24]
Perakitan
Perakitan merupakan proses pengumpulan komponen-komponen virion pada bagian khusus di
dalam sel.[20] Selama proses ini, terjadi pembentukan struktur partikel virus.[20] Proses ini
tergantung kepada proses replikasi di dalam sel dan tempat di mana virus melepaskan diri dari
sel.[20] mekanisme perakitan bervariasi untuk virus yang berbeda-beda. Contoh : proses perakitan
Picornavirus, Poxvirus, dan Reovirus terjadi di sitoplasma, sementara itu proses perakitan
Adenovirus , Poliovirus, dan Parvovirus terjadi di nukleus.[20]
Pematangan
Pematangan merupakan tahap dari siklus hidup virus dimana virus bersifat infeksius.[20] pada
tahap ini terjadi perubahan struktur dalam partikel virus yang kemungkinan dihasilkan oleh
pemecahan spesifik protein kapsid untuk menghasilkan produk yang matang.[20] protease virus
dan enzim seluler lainnya biasanya terlibat dalam proses ini.[20]
Pelepasan
Semua virus kecuali virus tanaman melepaskan diri dari sel inang melalui dua mekanisme :
untuk virus litik (semua virus non-selubung), pelepasan merupakan proses yang
sederhana, dimana sel yang terinfeksi terbuka dan virus keluar.[20]
untuk virus berselubung, diperlukan membran lipid ketika virus keluar dari sel melewati
membran , proses ini dikenal sebagai budding.[20]
Proses pelepasan partikel virus kemungkinan bisa merusak sel(Paramyxovirus, Rhabdovirus, dan
Togavirus) , dan kemungkinan sebagian lagi tidak merusak sel (Retrovirus).[20]
Klasifikasi virus
Virus dapat diklasifikasi menurut morfologi, tropisme dan cara penyebaran, dan genomik
fungsional.[25]
Berdasarkan morfologi, virus dibagi berdasarkan jenis asam nukleat dan juga protein
membran terluarnya (envelope) menjadi 4 kelompok, yaitu :[25]
1. Virus DNA
2. Virus RNA
3. Virus berselubung
4. Virus non-selubung
1. Virus Enterik
2. Virus Respirasi
3. Arbovirus
4. Virus onkogenik
5. Hepatitis virus
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
Contoh-contoh virus
Virus RNA
Virus RNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa RNA, kelompok yang
tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas III, IV, V, dan VI. Beberapa contoh familia
virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Retroviridae, Picornaviridae,
Orthomixoviridae, dan Arbovirus.[26]
Retroviridae
Retroviridae merupakan virus berbentuk ikosahedral. Virus ini memiliki genom RNA berjumlah
dua buah yang keduanya identik dan memiliki polaritas positif yang nantinya akan diekspresikan
menjadi enzim polimerase yang unik yaitu reverse traskriptase yang berguna untuk mengubah
RNA menjadi DNA.[26][27]DNA yang dihasilkan nantinya akan berintegrasi ke dalam DNA sel
inang sebagai provirus.[26] Virus ini termasuk ke dalam virus yang ganas, dapat menyebabkan
penekanan sistem kekebalan tubuh dan juga tumor.[26] Sifatnya yang ganas tersebut disebabkan
salah satunya karena virus ini mudah mengalami mutasi.[26]
Salah satu genus dari famili ini yang paling terkenal adalah genus Lentivirus, yang contoh
spesiesnya adalah HIV 1 dan 2.[26]
Picornaviridae
Picornaviridae merupakan berukuran kecil. Virus ini memiliki genom RNA dengan polaritas
positif sehingga termasuk virus kelas IV dalam klasifikasi Baltimore.[28] Virus dalam famili ini
mampu menyebabkan banyak penyakit pada manusia, di antaranya adalah penyakit polio yang
disebabkan oleh Poliovirus dan flu ringan yang disebabkan oleh Rhinovirus.[28]
Orthomixoviridae
Orthomoxoviridae merupakan virus yang memiliki selubung dengan materi genetik RNA
bersegmen berpolaritas negatif sehingga virus ini termasuk dalam kelas V dalam klasifikasi
Baltimore.[29] Ciri khan dari virus ini adalah virus ini memiliki protein permukaan yang
merupakan antigen utama yaitu Hemmaglutinin (HA) dan Neuraminidase (NA).[29]
Hemmaglutinin merupakan bagian virus yang menempel pada sel target oleh sebab itu antibodi
terhadap hemmaglutinin dapat melindung dari infeksi virus.[29] Neuraminidase berperan untuk
melepaskan virion dari sel oleh sebab itu antibodi terhadap NA dapat menekan tingkat keparahan
infeksi virus.[29]
Virus ini di klasifikasikan menjadi empat kelompok yaitu :
1. Influenza
tipe
A
Influenza tipe A merupakan virus yang menginfeksi berbagai spesies baik manusia,
burung (burung liar, ternak, domestik), babi, kuda, anjing, dan mamalia air(anjing laut
dan paus).[29] Virus influenza tipe A dapat mengalami antigenic drift dan antigenic shift.
[29]
Antigenic drift adalah terjadinya mutasi pada gen yang menyandikan protein
Hemmaglutinin. Hal tersebut menyebabkan antibodi yang ada tidak dapat mengenalinya
lagi.
Kejadian
tersebut
menyebabkan
terjadinya
endemik
musiman.[29]
Antigenic shift adalah munculnya subtipe barus virus influenza yang disebabkan karena
penggabunggan genetik antara manusia dengan virus hewan atau dengan transmisi
langsung dari hewan unggas ke manusia. karena tidak ada atau sedikitnya imunitas
terhada virus baru, maka pandemik dapat terjadi.[29]
2. Influenza tipe B
3. Influenza tipe C
4. Tick-Borne
virus ini merupakan virus yang berasal dari kutu.[29]
Influenza
Arboviruses
Arbovirus merupakan singkatan dari ARthropoda-BOrne virus yaitu virus yang berasal dari
kelompok Arthropoda.[30] Arbovirus dibagi menjadi empat famili yaitu :
1. Togaviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah Rubellavirus.[30]
2. Flaviviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah Hepatitis C virus dan
Denguevirus yang penyebabkan penyakit demam berdarah dengue.[30]
3. Bunyaviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah California encephalitis virus (CE)
yang menyebabkan penyakit encephalitis pada manusia.[30]
4. Reoviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah reovirus yang menyebabkan
Colorado tick fever dan Rotavirus yang menyebabkan diare epidemik pada anak-anak.[30]
Virus DNA
Virus DNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa DNA, kelompok yang
tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas I, II, VII. Beberapa contoh familia virus yang
termasuk ke dalam kelompok ini adalah Herpesviridae, Parvoviridae, dan Poxviridae.[31]
Herpesviridae
Herpesviridae merupakan kelompok virus berukuran besar dengan materi genetik DNA utas
ganda sehingga dikelompokkan ke dalam kelas 1 dalam klasifikasi baltimore. Virus dalam
kelompok ini dapat menyebabkan penyakit ganas dan juga dapat menyebabkan kelainan pasca
kelahiaran pada bayi.[31] Herpesviridae terbagi ke dalam beberapa genus, yaitu :
1. Alpha
Herpesvirus
Virus yang termasuk dalam kelompok Alpha herpesvirus biasanya menyebabkan
penyakit yang akut dengan gejala yang muncul saat itu juga.[31] infeksi virus ini bersifat
laten persisten disebabkan karena kemampuan genom virus ini untuk berintergrasi
dengan sel inang.[31] jika kondisi inang sedang lemah, maka ada kemungkinan penyakit
dapat
muncul
kembali
pada
tempat
yang
sama.[31]
contoh dari virus ini adalah Herpes simplex tipe 1 dan 2 dan Varicella zoster(VZ)
virus.[31]
2. Beta
Herpesvirus
Virus yang termasuk dalam kelompok beta herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit
yang akut akan tetapi tidak ditemukan gejala pada carrier.[31] virus ini menyebabkan
Selain manusia, virus juga menyebabkan kesengsaraan bagi hewan dan tumbuhan.[15] Tidak
sedikit pula kerugian yang diderita peternak atau petani akibat ternaknya yang sakit atau hasil
panennya yang berkurang.[15]
Penyakit hewan akibat virus
Penyakit tetelo, yakni jenis penyakit yang menyerang bangsa unggas, terutama ayam.
Penyebabnya adalah new castle disease virus (NCDV).[15] Penyakit kuku dan mulut, yakni jenis
penyakit yang menyerang ternak sapi dan kerbau.[15] Penyakit kanker pada ayam oleh rous
sarcoma virus (RSV).[15] Penyakit rabies, yakni jenis penyakit yang menyerang anjing, kucing,
dan monyet, disebabkan oleh virus rabies.[15]
Penyakit tumbuhan akibat virus
Penyakit mosaik, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman tembakau.[2] Penyebabnya
adalah tobacco mosaic virus (TMV) Penyakit tungro, yakni jenis penyakit yang menyerang
tanaman padi.[2] Penyebabnya adalah virus Tungro.[2] Penyakit degenerasi pembuluh tapis pada
jeruk. Penyebabnya adalah virus citrus vein phloem degeneration (CVPD).[2]
Penyakit manusia akibat virus
Contoh paling umum dari penyakit yang disebabkan oleh virus adalah pilek (yang bisa saja
disebabkan oleh satu atau beberapa virus sekaligus), cacar, AIDS (yang disebabkan virus HIV),
dan demam herpes (yang disebabkan virus herpes simpleks).[34] Kanker leher rahim juga diduga
disebabkan sebagian oleh papilomavirus (yang menyebabkan papiloma, atau kutil), yang
memperlihatkan contoh kasus pada manusia yang memperlihatkan hubungan antara kanker dan
agen-agen infektan.[34] Juga ada beberapa kontroversi mengenai apakah virus borna, yang
sebelumnya diduga sebagai penyebab penyakit saraf pada kuda, juga bertanggung jawab kepada
penyakit psikiatris pada manusia.[34]
Potensi virus untuk menyebabkan wabah pada manusia menimbulkan kekhawatiran penggunaan
virus sebagai senjata biologis. Kecurigaan meningkat seiring dengan ditemukannya cara
penciptaan varian virus baru di laboratorium.[34]
Kekhawatiran juga terjadi terhadap penyebaran kembali virus sejenis cacar, yang telah
menyebabkan wabah terbesar dalam sejarah manusia, dan mampu menyebabkan kepunahan
suatu bangsa.[34] Beberapa suku bangsa Indian telah punah akibat wabah, terutama penyakit
cacar, yang dibawa oleh kolonis Eropa.[34] Meskipun sebenarnya diragukan dalam jumlah
pastinya, diyakini kematian telah terjadi dalam jumlah besar.[34] Penyakit ini secara tidak
langsung telah membantu dominasi bangsa Eropa di dunia baru Amerika.[34]
Salah satu virus yang dianggap paling berbahaya adalah filovirus.[34] Grup Filovirus terdiri atas
Marburg, pertama kali ditemukan tahun 1967 di Marburg, Jerman, dan ebola.[34] Filovirus adalah
virus berbentuk panjang seperti cacing, yang dalam jumlah besar tampak seperti sepiring mi.[34]
Pada April 2005, virus Marburg menarik perhatian pers dengan terjadinya penyebaran di Angola.
Sejak Oktober 2004 hingga 2005, kejadian ini menjadi epidemi terburuk di dalam kehidupan
manusia.[34]
Diagnosis di laboratorium
Deteksi, isolasi, hingga analisis suatu virus biasanya melewati proses yang sulit dan mahal.[35]
Karena itu, penelitian penyakit akibat virus membutuhkan fasilitas besar dan mahal, termasuk
juga peralatan yang mahal dan tenaga ahli dari berbagai bidang, misalnya teknisi, ahli biologi
molekular, dan ahli virus.[35] Biasanya proses ini dilakukan oleh lembaga kenegaraan atau
dilakukan secara kerjasama dengan bangsa lain melalui lembaga dunia seperti Organisasi
Kesehatan Dunia (WHO).[35]
Pencegahan dan pengobatan
Karena biasanya memanipulasi mekanisme sel induknya untuk bereproduksi, virus sangat sulit
untuk dibunuh.[36] Metode pengobatan sejauh ini yang dianggap paling efektif adalah vaksinasi,
untuk merangsang kekebalan alami tubuh terhadap proses infeksi, dan obat-obatan yang
mengatasi gejala akibat infeksi virus.[36]
Penyembuhan penyakit akibat infeksi virus biasanya disalah-antisipasikan dengan penggunaan
antibiotik, yang sama sekali tidak mempunyai pengaruh terhadap kehidupan virus.[36] Efek
samping penggunaan antibiotik adalah resistansi bakteri terhadap antibiotik.[36] Karena itulah
diperlukan pemeriksaan lebih lanjut untuk memastikan apakah suatu penyakit disebabkan oleh
bakteri atau virus.
Prion adalah pembawa penyakit menular yang hanya terdiri dari protein. Prion tidak dapat
dimusnahkan dengan panas, radiasi, atau formalin. Prion menyebabkan berbagai penyakit
degenerasi seperti kuru, scrapie, Creutzfeldt-Jakob disease (vCJD), dan bovine spongiform
encephalopathy (BSE atau sapi gila). Semua penyakit ini menyerang otak atau sistem syaraf
lainnya, mematikan, dan belum dapat disembuhkan. Namun sebuah vaksin telah dikembangkan
untuk tikus dan sedang dikembangkan lebih lanjut untuk manusia.
Virologi ialah cabang biologi yang mempelajari makhluk suborganisme, terutama virus. Dalam
perkembangannya, selain virus ditemukan pula viroid dan prion. Kedua kelompok ini saat ini
juga masih menjadi bidang kajian virologi.
Virologi memiliki posisi strategis dalam kehidupan dan banyak dipelajari karena bermanfaat
bagi industri farmasi dan pestisida. Virologi juga menjadi perhatian pada bidang kedokteran,
kedokteran hewan, peternakan, perikanan dan pertanian karena kerugian yang ditimbulkan virus
dapat bernilai besar secara ekonomi.
Struktur Virus
Virus adalah organisme subselular yang karena ukurannya sangat kecil, hanya dapat dilihat
dengan menggunakan mikroskop elektron. Ukurannya lebih kecil daripada bakteri sehingga virus
tidak dapat disaring dengan penyaring bakteri. Virus terkecil berdiameter hanya 20 nm (lebih
kecil daripada ribosom), sedangkan virus terbesar sekalipun sukar dilihat dengan mikroskop
cahaya.
Genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA. Genom virus dapat terdiri dari DNA untai ganda,
DNA untai tunggal, RNA untai ganda, atau RNA untai tunggal. Selain itu, asam nukleat genom
virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler. Jumlah gen virus bervariasi dari empat untuk
yang terkecil sampai dengan beberapa ratus untuk yang terbesar. Bahan genetik kebanyakan
virus hewan dan manusia berupa DNA, dan pada virus tumbuhan kebanyakan adalah RNA yang
beruntai tunggal.
Mikrobiologi adalah sebuah cabang dari ilmu biologi yang mempelajari mikroorganisme.[1]
Objek kajiannya biasanya adalah semua makhluk (hidup) yang perlu dilihat dengan mikroskop,
khususnya bakteri, fungi, alga mikroskopik, protozoa, dan Archaea. Virus sering juga
dimasukkan walaupun sebenarnya tidak sepenuhnya dapat dianggap sebagai makhluk hidup.[2]
Mikrobiologi dimulai sejak ditemukannya mikroskop dan menjadi bidang yang sangat penting
dalam biologi setelah Louis Pasteur dapat menjelaskan proses fermentasi anggur (wine) dan
membuat vaksin rabies[2] Perkembangan biologi yang pesat pada abad ke-19 terutama dialami
pada bidang ini dan memberikan landasan bagi terbukanya bidang penting lain: biokimia.
Penerapan mikrobiologi pada masa kini masuk berbagai bidang dan tidak dapat dipisahkan dari
cabang lain karena diperlukan juga dalam bidang farmasi, kedokteran, pertanian, ilmu gizi,
teknik kimia, bahkan hingga astrobiologi dan arkeologi.[1]
Sejarah Perkembangan Mikrobiologi
Ilustrasi dari mikroskop yang digunakan oleh Robert Hooke pada tahun 1664. Lensa objektif
dipasang di ujung tuas pengatur (G), dengan fokus pada spesimen menggunakan lensa tunggal
(1)
Wajah Antoni van Leewenhoek diabadikan dalam prangko di Belanda pada tahun 1937
Orang pertama yang melihat bakteri adalah Antoni van Leeuwenhoek (1632-1723), seorang
pembuat mikroskop amatir berkebangsaan Belanda.[2] Pada tahun 1684, van Leeuwenhoek
menggunakan mikroskop yang sangat kecil hasil karyanya sendiri untuk mengamati berbagai
mikroorganisme dalam bahan alam.[2] Mikroskop yang digunakan Leeuwenhoek kala itu berupa
kaca pembesar tunggal berbentuk bikonveks dengan spesimen yang diletakkan di antara sudut
apertura kecil pada penahan logam.[3] Alat itu dipegang dekat dengan mata dan objek yang ada di
sisi lain lensa disesuaikan untuk mendapatkan fokus[3]. Dengan alat itulah, Leewenhoek
mendapatkan kontras yang sesuai antara bakteri yang mengambang dengan latar belakang
sehingga dapat dilihat dan dibedakan dengan jelas[3]. Beliau menemukan bakteri di tahun 1676
saat mempelajari infusi lada dan air (pepper-water infusion).[2]Van Leeuwenhoek melaporkan
temuannya itu lewat surat pada Royal Society of London, yang dipublikasikan dalam bahasa
Inggris pada tahun 1684.[2] Ilustrasi van Leewenhoek tentang mikroorganisme temuannya
dikenal dengan nama "wee animalcules".[2]
Era Pasteur
Seorang pekerja di laboratorium sedang mengamati pertumbuhan bakteri pada cawan petri
Memasuki abad ke-20, mulai berkembang dua cabang mikrobiologi yang masih saling
berhubungan: mikrobiologi dasar (basic) dan mikrobiologi teraplikasi (applied).[2] Mikrobiologi
dasar mengacu pada penemuan-penemuan baru di bidang ini.[2] Sedangkan mikrobiologi
teraplikasi mengacu pada aspek pemecahan masalah (problem solving) yang berhubungan
dengan bidang ini.[2] Sejak ditemukannya konsep tentang DNA maka bidang mikrobiologi pun
memasuki era molekuler.[2] Keberhasilan sekuensing DNA berhasil mengungkap hubungan
filogenetik (evolusi) di antara berbagai jenis bakteri.[2]
Istilah yang dipakai pada anti mikroorganisme
Bakteriostatik : Kemampuan menghambat perkembangbiakan bakteri temporer. [6] Jadi pada saat
zat ini tidak ada, bakteri dapat berkembangbiak kembali
Bakterisidal : Bahan kimia yang mematikan bakteri secara permanen. [6] Disinfektan : Bahan bahan kimia yang digunakan untuk mematikan mikroorganisme patogen yang ada pada benda
mati. [6]
Steril : Bebas dari kehidupan mikroorganisme patogen.
dalam jaringan hidup yang dalam suatu proses infeksi.[8]
[7]
Perusakan DNA
Denaturasi protein
Gangguan pada gugus Sulfhidirl
Antagonisme kimiawi
perusakan pada dinding sel bakteri
Protein adalah makromolekul yang unik sekaligus memiliki struktur yang kompleks. Meskipun
protein hanya tersusun atas asam amino yang ada 20 jenis saja, namun untuk dapat berfungsi, ia
akan melipat-lipat dan membentuk suatu struktur tertentu yang sangat presisi sekaligus sulit
diprediksi hingga saat ini. Karena strukturnya yang unik dan presisi itulah maka protein memiliki
fungsi
yang
spesifik
yang
berbeda
satu
dengan
lainnya.
Struktur protein memiliki tingkatan, kita akan melihat bagaimana asam amino sebagai monomer
penyusun
protein
tersusun
sehingga
membentuk
struktur
protein.
Interiaksi ionik
Terjadi antara gugus samping yang bermuatan positif (memiliki gugus NH2 tambahan) dan
gugus negatif (COOH tambahan).
Gambar 3. Nukleotida
Satu hal yang perlu diingat adalah posisi triphosphate dan basa nitrogen yang terikat pada ribosa.
Gugus triphosphat terikat pada atom C no 5 dari ribosa (Lihat gambar di atas). Gugus
triphosphate ini hanya dimiliki oleh nukleotida bebas. Sedangkan nukleotida yang terikat pada
rantai DNA kehilangan dua dari gugus phosphate ini, sehingga hanya satu phosphate yang masih
tertinggal.
Ketika nukleotida bergabung menjadi DNA, nukleotida-nukleotida tersebut dihubungkan oleh
ikatan phosphodiester. Ikatan kovalen yang terjadi antara gugus phosphate pada satu nukleotida,
dengan gugus OH pada nukleotida lainnya. Sehingga setiap rantai DNA akan mempunyai
backbone phosphate-ribosa-phosphate-ribosa-phosphate. Dan seterusnya..
Replikasi DNA
Mengenal Teknik DNA Sequencing
Struktur Molekul Protein
Cara Membuat Adapter Enzim Restriksi untuk Kloning PCR
Tanya Jawab Seputar Analisa DNA Sequencing
Proses Perbaikan DNA yang Rusak: Mencari Jarum dalam Tumpukan Jerami
Faktor Penentu Keberhasilan Analisa DNA sequencing
Tags: a
Kode genetik mungkin merupakan sandi tertua di dunia. Ia sudah ada sejak makhluk hidup
pertama diciptakan. Sandi ini terdapat pada DNA yang terdapat pada setiap makhluk hidup,
berupa urutan 3 huruf yang mengkodekan asam amino penyusun protein. Yang membuat kita
terkagum-kagum, sandi ini nyaris sama di setiap makhluk hidup. Kode DNA pada manusia sama
artinya dengan kode pada binatang, tanaman, jamur, bakteri bahkan virus (tentu saja Ada sedikit
pengecualian tetapi tidak signifikan).
Meskipun keberadaan makhluk hidup di dunia ini sudah amat sangat lama, sandi genetik ini baru
dapat dipecahkan misterinya di penghujung abad ke-20 tepatnya tahun 1961. Diawali dengan
penemuan struktur DNA oleh dua ilmuwan jenius James Watson dan Francis Crick, George
Gamow kemudian membuat postulat kode 3-huruf (kodon), yang dibuktikan dengan eksperimen
Crick, Brenner et al. Selanjutnya Marshall Nirenberg dan Heinrich J. Matthaei menemukan
kodon pertama yaitu UUU yang menyandikan phenylalanine, diikuti oleh penemuan kodon AAA
yang menyandikan lysine, CCC menyandikan proline. Nirenberg dan Philip Leder kemudian
berhasil memecahkan 54 dari 64 kodon, sedangkan sisanya berhasil dipecahkan oleh Har Gobind
Khorana. Karena jasanya ini, Khorana, Holley dan Nirenberg menerima Hadiah Nobel bidang
Fisiologi atau Kedokteran di tahun 1968.
Pada prosesnya di dalam sel, terjadi proses transkripsi yaitu sintesis RNA dengan DNA sebagai
cetakannya. RNA yang membawa sandi alias pesan yang sama dengan resep pada DNA ini
kemudian bertindak sebagai cetakan untuk sintesis protein. Setiap kodon mengkodekan 1 asam
amino. Karena jenis basa DNA ada 4 (A, G, C dan T), maka kombinasi 3 basa memiliki 43 atau
64 kemungkinan.
Sementara itu jumlah asam amino penyusun protein diketahui hanya 20 saja (dengan beberapa
tambahan asam amino yang jarang). Dengan demikian berarti ada asam amino yang
dikodekan oleh lebih dari satu kodon. Untuk mempermudah melihat kode genetik, berikut ini
adalah grafik kode genetik yang diperoleh dari Wikipedia sebagai acuan.
Othe
Replikasi DNA terlihat sulit pada awalnya. Namun ketika anda sedikit berusaha mempelajarinya
ternyata sangat simple dan mudah untuk di mengerti.
Agar lebih mudah dalam memahami artikel ini, sangat disarankan agar lebih dulu membaca
Mengenal DNA Lebih Dekat (anatomi DNA).
Proses replikasi pertama kali di mulai ketika enzyme Helicase memutus ikatan kimia yang paling
lemah diantara dua rantai polinukleotida. Untaian DNA diputus tepat di tengah memisahkan
pasangan-pasangan basa. Rantai polinukleotida yang baru dipisahkan menjadi rantai tunggal
akan menjadi rantai dasar (template) untuk membentuk dua untai rantai DNA baru.
Di dalam sel-sel nucleus, terdapat banyak nukleotida-nukleotida bebas. Basa-basanya akan
berikatan dangan basa-basa yang ada di dalam rantai dasar (template), yang berdasarkan aturan
Chargaff, akan berpasangan hanya dengan basa lain yang merupakan pasangannya (baca:
Mengenal DNA Lebih Dekat ).
Misalnya,katakanlah di dalam rantai dasar(template) terdapat basa Guanine (G),maka basa
Cytosinlah (C) yang terikat padanya. Proses terbentuknya ikatan basa-basa ini dibantu oleh
enzyme yang disebut enzyme DNA Polymerase III. Enzyme ini hanya bekerja dari ujung 5 ke
ujung 3 dari rantai DNA. Hal ini terjadi juga pada rantai dasar (template) yang lainnya. Hanya
saja sedikit berbeda prosesnya dengan rantai dasar yang pertama.
Agar lebih mudah dalam memahami, coba simak video berikut.
Karena proses replikasi oleh enzyme polymerase III hanya berlangsung dari ujung 5 ke ujung
3, maka pada rantai dasar (template) ke dua dibutuhkan peran RNA primase yang membuat
RNA Primer sebagai jembatan awal bagi enzyme polymerase III bekerja. Selanjutnya dengan
bantuan DNA polymerase I dan DNA ligase akan diperoleh sebuah rantai DNA baru dari rantai
dasar (template) ke dua.
Proses ini terjadi berulang ribuan kali untuk menciptakan dua molekul DNA yang persis sama
dengan molekul DNA asal. Sehingga saat mitosis terjadi, sel saudaranya akan menerima molekul
DNA yang betul-betul sama.
Jika terjadi sesuatu yang salah dalam replikasi DNA, mutasi-pun terjadi. Kesalahan mutasi akan
menyebabkan protein dalam DNA memiliki urutan asam amino yang salah, misalnya susunan
basa yang berubah atau hilangnya basa tertentu.
Kerusakan DNA bisa saja terjadi secara tiba-tiba. Penyebabnya juga bermacam-macam, bisa
berupa radiasi UV, bahan kimia mutagen, ataupun oksidasi; dan salah satu bentuk kerusakan
DNA adalah terpotongnya kedua utas DNA. Hal ini bisa menjadi masalah yang serius karena sel
tidak bisa menggunakan DNA yang terpotong-potong seperti itu untuk beraktivitas secara
normal. Jika dibiarkan saja, maka hal ini juga bisa menjadi penyebab timbulnya kanker. Namun
demikian, kita tidak perlu kuatir karena sebenarnya sel-sel kita sendiri mempunyai suatu sistem
reparasi yang luar biasa canggih, efisien, dan nyaris tidak pernah salah. Nah, pertanyaannya
adalah bagaimana cara kerjanya?
Keterangan gambar: Setelah molekul DNA mengalami kerusakan, ujung-ujung DNA yang rusak
akan mencari utas DNA lain yang utuh yang memiliki urutan basa yang sama dengan dirinya
supaya bisa memperbaiki diri. Gambar ini merupakan pencitraan dari titik temu antara molekul
protein RecA-DNA (horizontal) dengan molekul DNA lain yang utuh (vertikal), dimana
keduanya akan dicocokkan apakah memiliki urutan yang sama atau tidak. Jika tidak, maka
ikatan yang terbentuk tidak akan cukup kuat dan segera terpisah. Sedangkan bila urutan basa
yang sesuai ditemukan maka akan terbentuk ikatan yang kuat dan stabil sehingga proses
reparasi dapat berlangsung. (Credit: Image courtesy Cees Dekker lab TU Delft / Tremani)
Sekelompok peneliti di Belanda dari Delft University mencoba mengungkapkannya
menggunakan bakteri E.coli. Dan hasil penelitian mereka menunjukkan ada dua langkah utama
dalam proses reparasi DNA ini. Langkah pertama, protein-protein reparasi yang diketahui
sebagai protein RecA akan membentuk suatu struktur berfilamen pada ujung DNA yang rusak.
Kemudian langkah yang kedua, filamen-filamen ini bertanggung jawab memeriksa utas-utas
DNA yang baru-baru saja digandakan atau pada kromosom DNA yang kedua (kita mempunyai
dua kopi untuk tiap-tiap kromosom, kan?). Tujuan pemeriksaan ini adalah untuk mencari urutan
DNA yang cocok dengan ujung DNA yang rusak tadi. Tentunya terdengar cukup sederhana
bukan? Tetapi coba kita lihat lagi, genom manusia ada sekitar tiga milyar pasang basa, dan
mencoba menemukan seutas DNA berisi beberapa ratus pasang basa yang diinginkan, tentu
bukan menjadi hal yang mudah. Ibarat mencari sebuah jarum di tengah tumpukan jerami.
Tetapi coba kita lihat lagi, genom manusia ada sekitar tiga milyar pasang basa, dan mencoba
menemukan seutas DNA berisi beberapa ratus pasang basa yang diinginkan, tentu bukan menjadi
hal yang mudah. Ibarat mencari sebuah jarum di tengah tumpukan jerami.
Tetapi sekali lagi, sel-sel tubuh kita melakukan pekerjaan yang amat luar biasa. Proses pencarian
ini ternyata hanya memakan waktu beberapa menit dan tentunya dengan efisiensi dan ketepatan
yang tidak kalah mengagumkan. Ketika urutan basa DNA yang sesuai sudah ditemukan maka
kedua molekul akan saling berikatan dengan kuat sehingga proses perbaikanpun dapat
berlangsung.
Bagaimana prinsip analisa DNA Sequencing berbasis Sanger Method yang fenomenal dan kini
menjadi andalah jutaan ilmuwan di seluruh dunia?
Informasi genetik pada suatu makhluk hidup tersimpan pada DNA-nya. Nah, untuk mengetahui
informasi genetik tersebut digunakan teknik DNA Sequencing, yaitu metode yang digunakan
untuk menentukan urutan basa nukleotida (adenine, guanine, cytosine dan thymine) pada
molekul DNA. Saat ini teknik DNA Sequencing sudah memasuki tahap baru yang mengarah
pada large scale atau high-throughput sequencing, jutaan bahkan miliaran basa nukleotida DNA
dapat
ditentukan
urutannya
dalam
sekali
run
saja.
Meskipun begitu, teknik lama berbasis chain-termination masih umum digunakan, bahkan sangat
efisien untuk menentukan sekuen DNA fragmen pendek (masih dalam hitungan kilobasa). Jadi
ditemukannya teknik DNA Sequencing yang lebih canggih tidak serta merta bakal menggusur
Primer yang digunakan hanya satu untuk satu arah pembacaan, tidak dua (sepasang)
seperti PCR
ddNTPs (dideoxy-Nucleotide Triphosphate) adalah modifikasi dari dNTPs dengan
menghilangkan gugus 3-OH pada ribosa.
Struktur molekul dNTP dan ddNTP, perhatikan bedanya (Image from csa.fi.it)
Saat proses ekstensi, enzim polimerase akan membuat rantai baru DNA salinan dari template
dengan menambahkan dNTP-dNTP sesuai dengan urutan pada DNA cetakannya. Nah, jika yang
menempel adalah ddNTP, maka otomatis proses polimerisasi akan terhenti karena ddNTP tidak
memiliki gugus 3-OH yang seharusnya bereaksi dengan gugus 5-Posfat dNTP berikutnya
membentuk ikatan posfodiester.
Pada akhir cycle sequencing, yang dihasilkan adalah fragmen-fragmen DNA dengan panjang
bervariasi. Jika fragmen-fragmen tersebut dipisahkan dengan elektroforesis, maka akan terpisahpisah dengan jarak antar fragmennya satu basa-satu basa. Lalu bagaimana caranya menentukan
urutan basa DNA dari produk cycle sequencing ini?
Cara Klasik
Metode yang pertama kali dikembangkan oleh Frederick Sanger pada tahun 1975, yaitu dengan
melakukan reaksi cycle sequencing pada empat tabung terpisah yang masing-masing berisi
semua pereaksi yang dibutuhkan. Khusus untuk ddNTP, yang ditambahkan hanya 1 jenis untuk
setiap tabung. Setiap tabung diberi tanda, A jika yang ditambahkan adalah ddATP, G jika
ddGTP, C jika ddCTP dan T jika ddTTP.
Setelah reaksi cycle sequencing selesai, keempat hasil reaksi tersebut dilarikan pada gel
electrophoresis sehingga fragmen-fragmen yang dihasilkan dapat terpisah. Urutan basa DNA
dapat ditentukan dengan mengurutkan fragmen yang muncul dimulai dari yang paling bawah
(paling pendek). Fragmen DNA dapat divisualisasi karena primer yang digunakan dilabel dengan
radioaktif atau fluorescent. Pada teknik lain, bukan primer yang dilabel melainkan dNTP.
Prinsip Sanger Method dengan primer fluorescent labelling yang berbeda-beda (Image from
appliedbiosystems.com)
Dengan teknik ini visualisasi dan penentuan urutan basa dapat dilakukan dengan lebih mudah
karena keempat reaksi dipisahkan dalam satu lajur electrophoresis dengan 4 warna berbeda.
Coba bandingkan cara ini dengan cara sebelumnya, lebih mudah mana membacanya?
Prinsip Sanger Method dengan dye dideoxy terminator (Image from appliedbiosystems.com)
Dengan ditemukannya mesin Automated Capillary Sequencer, proses pemisahan fragmen dan
pembacaan urutan basa DNA dapat dilakukan dengan lebih simple, cepat dan terotomatisasi.
Jumlah kapiler pada mesin ini bervariasi, mulai dari 1, 4, 16, 48 hingga 96 kapiler dalam satu
mesin, semakin banyak jumlah kapiler, semakin banyak pula jumlah sampel DNA yang bisa
ditentukan urutan basanya.
Hasil pembacaan mesin sequencer disebut electropherogram, yaitu peak-peak berwarna yang
menunjukkan urutan basa DNA-nya.
Struktur Protein
Protein merupakan senyawa makromolekul yang terbentuk dari hasil polimerisasi kondensasi
berbagai asam amino. Protein termasuk kopolimer. Setiap molekul protein mengandung sekitar
20 jenis asam amino yang berikatan, dengan jumlah asam amino yang dapat mencapai ribuan.
Antarmolekul asam amino tersebut berikatan kovalen yang disebut ikatan peptida. Ikatan peptida
ini terjadi antara atom C (dari gugus -COOH) dan atom N dari (gugus -NH2).