Anda di halaman 1dari 33

FAKULTAS BIOLOGI UGM

BIOLOGI UMUM FAKULTAS PERTANIAN


1

KATABOLISME
Reaksi eksergonik
(melepas energi)

ADP +

ATP

Pi

Reaksi endergonik
(perlu energi)

Enzim
biokatalis

ANABOLISME

Energi : kapasitas untuk melakukan kerja


Energi kinetik : energi gerak, digunakan menimbulkan kerja
Energi potensial : kapasitas melakukan kerja akibat posisi
Energi dibutuhkan semua benda hidup
Matahari sumber energi utama
Tumbuhan menangkap 0.02% energi matahari (energi matahari energi
kimia dlm molekul organik
Energi kimia dari tumbuhan ke binatang & manusia
Energi kimia energi potensial yang tersimpan dalam ikatan kimia (misalnya
energi kimia pada makanan diubah menjadi energi kinetik pada sel otot
untuk bergerak)
Hukum termodinamika I: Energi tidak bisa diciptakan atau dimusnahkan :
energi ditangkap dari lingkungan disimpan sementara digunakan untuk
aktivitas biologi
Hukum termodinamika II : tidak semua energi yang ditangkap dapat digunakan
untuk melakukan aktivitas, energi dikonversi ke bentuk yang kurang dapat
digunakan yaitu panas (entropi)
Sel : memperoleh energi dalam berbagai bentuk
Sel mempunyai mekanisme untuk konversi energi

Energi dalam sel berada dalam bentuk ATP


(temporer)
ATP nukleotida yang terdiri dari 3 bagian :
adenin (basa organik bernitrogen)
Ribosa (gula ber-atom karbon 5)
Tiga kelompok fosfat
ATP donasi energinya lewat transfer grup fosfatnya
ATP + H2O ADP + Pi reaksi endergonik
Glukosa + Fruktosa + ATP Sukrosa + ADP + Pi
ATP penghubung antara reaksi eksergonik dan
endergonik dan antara katabolisme dan anabolisme
4

Protein katalis
Katalis biologis
Memacu kecepatan reaksi
Tidak mengubah keseimbangan reaksi
Sangat spesifik

Struktur enzim
STRUKTUR:
Sebagian hanya terdiri dari protein saja
Sebagian besar adalah holoenzymes, terdiri dari komponen protein
(apoenzymes) and komponen nonprotein (cofactor).

Cofactors
Are nonprotein enzyme helpers
Coenzymes
Are organic cofactors
7

Bagian enzim yang mengikat substrat


sisi katalitik
Terletak pada permukaan enzim/dalam
cekungan
Luasnya < 5% dari seluruh enzim
Bentuk seperti substratnya
Bagian yang mengikat gugus prostetik
Berbentuk 3 dimensi
berisi residu polar penting untuk
pengikatan dan katalisis, juga gugus non
polar untuk memperkuat pengikatannya
8

Terikat

ke enzim selama katalisis


mempengaruhi geometri sisi aktif
Koenzim tidak terganggu oleh reaksi
Dapat dipakai ulang
dapat berupa:
molekul anorganik (ion-ion metal:
magnesium, kalsium, zinc, besi, manganase,
cobalt) atau
molekul organik coenzymes,
misalnyaVitamin B compleks: thiamin (B1),
ribovlavin (B2) dan nicotinamide
prekursor coenzymes
9

10

pH
Suhu
Konsentrasi enzim
Konsentrasi substrat
Kemurnian
inhibitor

11

12

Enzyme Inhibition (Mechanism)

Equation and Description

Cartoon Guide

Competitive

Non-competitive

Substrate

E
I

Compete for
Inhibitor active site
E + S
ES E + P
+
I

EI
[I] binds to free [E] only,
and competes with [S];
increasing [S] overcomes
Inhibition by [I].

I
S

Uncompetitive
E
I

Different site
E + S
ES E + P
+
+
I
I


EI + S EIS
[I] binds to free [E] or [ES]
complex; Increasing [S] can
not overcome [I] inhibition.

E + S
ES E + P
+
I

EIS
[I] binds to [ES] complex
only, increasing [S] favors
the inhibition by [I].
13

Juang RH (2004) BCbasics

14

Energy
Flows into an ecosystem as sunlight and leaves as
heat
Light energy
ECOSYSTEM

Photosynthesis
in chloroplasts
CO2 + H2O
Cellular respiration
in mitochondria

Organic
molecules

+ O2

ATP
powers most cellular work

Figure 9.2

Heat
energy
15

Rangkaian reaksi kimia pemecahan senyawa kompleks


menjadi senyawa sederhana: substrat awal (molekul besar)
dan substrat akhir (molekul kecil)
Bersifat eksergonik (menghasilkan/melepaskan energi)
Sebagian besar energi sel diproduksi dari oksidasi
karbohidrat
Glukosa adalah karbohidrat yang paling banyak digunakan
(selain lemak, protein )
Bertujuan untuk pembongkaran/penguraian molekul

Fungsi :
- Menyediakan bahan baku untuk sintesis molekul lain

- Menyediakan energi kimia (dalam bentuk ATP) untuk aktivitas sel

Meliputi :
1. respirasi aerob,

2. respirasi anaerob, dan


3. fermentasi
16

RESPIRASI
O2

CO2
a. Bernapas/respirasi organisme
Paru-paru trakea
Insang pertukaran gas di air

Paru-paru

CO2

Aliran darah

Sel-sel otot
dll

O2

b. Repirasi seluler
Glukosa + O2 CO2 + H2O + ATP

17

a.
b.
c.
d.

Glikolisis di sitoplasma
Pembentukan Asetil Co-A
Siklus Asam Sitrat (Krebs) di matriks
mitokondria
Sistem Transport elektron/fosforilasi
oksidatif di membran dalam mitokondria

Pada sel prokariotik di sitosol & plasma


membran
18

Glikolisis
Memecah glukosa menjadi 2 molekul piruvat

Siklus Asam Sitrat


Pemecahan glukosa lebih lanjut

Fosforilasi oksidatif
Dilakukan oleh rantai transport elektron
Menghasilkan ATP

19

Katabolisme

lanjutan

20

Glycolysis terdiri dari


2 fase :
Energy

investment

Citric
acid
cycle

Glycolysis

Oxidative
phosphorylation

ATP

ATP

ATP

Energy investment phase

phase
Energy payoff phase

Glucose

2 ATP + 2 P

2 ATP

used

Energy payoff phase

4 ADP + 4 P

2 NAD+ + 4 e- + 4 H
+

4 ATP formed

2 NADH + 2 H+

2 Pyruvate + 2 H2O

Glucose
4 ATP formed 2 ATP used

Figure 9.8

2 NAD+ + 4 e + 4 H
+

2 Pyruvate + 2 H2O
2 ATP + 2 H+
2 NADH

21

22

1.c. Siklus Krebs : citric acid cycle


disebut juga siklus TCA (tricarboxylic acid)
terjadi di dalam matrix mitokondria
2-carbon acetyl CoA bergabung dengan senyawa beratom C 4
(oksaloasetat) membentuk asam sitrat ( 6- karbon)
Asam sitrat dapat kembali ke senyawa dengan atom C 4
C dilepas dalam bentuk CO2
H bergabung dengan NAD membentuk NADH2 + ATP
2 Acetyl CoA + 2NAD+ + 2 FAD + 2 ADP + 2Pi + 2H2O 4 CO2 + 6
NADH + 2 FADH2 + 2ATP + 2CoA

1 molekul glukosa perlu 2 kali siklus Krebs


23

Pyruvate
(from glycolysis,
2 molecules per
glucose)

Glycolysis

Citric
acid
cycle

ATP

ATP

Oxidative
phosphorylatio
n

ATP

CO2
CoA
NADH
+ 3 H+ Acetyle CoA
CoA
CoA

FADH2

Citric
acid
cycle

FAD

2 CO2
3 NAD+
3 NADH
+ 3 H+

ADP + P i
ATP

Figure 9.11
24

1.d. Transport elektron dan Chemiosmosis


(pembentukan ATP)
terjadi pada membran mitokondria (membran dalam)
tahapan akhir respirasi aerob
elektron dibawa ke rantai transport elektron oleh NADH
rantai transport elektron terdiri dari pembawa : flavoproteins, cytochromes,
dan ubiquinones.
oksigen sebagai aseptor elektron terakhir
waktu elektron berpindah dari satu aseptor ke aseptor lain, sebagian
energi digunakan untuk memindah ion hidrogen (proton) melewati
membran dalam mitokondria, dan membentuk proton gradient
energi dari proton gradient digunakan untuk produksi ATP pada ATP
synthase dengan bantuan enzim ATPase
dari 1 molekul glukosa dihasilkan 32 ATP
NADH + 3 ADP + 3Pi + O2 NAD+ + 3 ATP +H2O (x6) 18 ATP
FADH2 + 3 ADP + 3Pi + O2 FAD+ + 2 ATP +H2O (x 2) 4 ATP
25

The electron transport chain and chemiosmosis


Oxidative
phosphorylation.
electron transport
and chemiosmosis

Glycolysis

ATP

Inner
Mitochondrial
membrane

ATP

ATP

H+

H+
H+
Intermembrane
space

Protein complex
of electron
carners

I
Inner
mitochondrial
membrane

Figure 9.15

IV
III

II
FADH2
NADH+

Mitochondrial
matrix

H+

Cyt c

NAD+

FAD+

2 H+ + 1/2 O2

ATP
synthase

H2O
ADP +

(Carrying electrons
from, food)

ATP

Pi

H+

Chemiosmosis
Electron transport chain
+
ATP
synthesis
powered by the flow
Electron transport and pumping of protons (H ),
+
+
which create an H gradient across the membrane Of H back across the membrane
Oxidative phosphorylation
26

The main processes in this metabolic enterprise


Electron shuttles
span membrane

CYTOSOL

MITOCHONDRION

2 NADH

or
2 FADH2

2 NADH

2 NADH

Glycolysis
Glucose

2
Pyruvate

2
Acetyl
CoA

+ 2 ATP
by substrate-level
phosphorylation

Maximum per glucose:

6 NADH

Citric
acid
cycle

+ 2 ATP

2 FADH2

Oxidative
phosphorylation:
electron transport
and
chemiosmosis

+ about 32 or 34 ATP

by substrate-level by oxidative phosphorylation, depending


on which shuttle transports electrons
phosphorylation
from NADH in cytosol

About
36 or 38 ATP

Figure 9.16
27

28

Alaninpiruvat

Aspartat
oksaloasetat
Glutamat
ketoglutarat

NH3
29

Katabolisme

lanjutan

2. Respirasi anaerob
Tidak menggunakan oksigen sebagai aseptor terakhir
Terjadi pada sejumlah bakteri yang hidup di lingkungan
anaerob (misalnya tanah tergenang, intestinum hewan)
Substrat : glukosa
Elektron ditransfer dari glukosa ke NADH
Kemudian ke transport elektron disertai sintesis ATP
Nitrat (NO3-) /sulfat (SO42-) dapat menggantikan
oksigen (sebagai aseptor elektron)
Produk akhir : CO2, 1/lebih substansi anorganik dan ATP
Contoh reaksi : (pada siklus nitrogen)
C6H12O6 + 12 KNO3 6CO2+6H2O+12KNO2+ATP
30

Katabolisme

lanjutan

3. Fermentasi

Proses pelepasan energi dari gula atau molekul organik lain dengan
oksidasi
tidak perlu oksigen
tidak melalui Siklus Krebs atau rantai transport elektron
Misalnya pada bakteri dan beberapa fungi
Hanya 2 ATP terbentuk per glukosa (fosforilasi substrat lewat glikolisis)
NADH transfer hidrogen ke molekul organik, dan kembali ke NAD+
glikolisis tetap berlangsung
Produk substansi organik (alkohol/laktat)
Fermentasi alkohol (oleh ragi) pembuatan tape, bir dll.
C6H12O6 2CO2 + 2 ethyl alkohol + 2 ATP
Fermentasi laktat (pada fungi, bakteri, sel otot hewan)
- pada bakteri untuk pembuatan yogurt, asinan sayur ,

C6H12O6 2 laktat + 2 ATP


31

FERMENTASI

32

33