Anda di halaman 1dari 14

YENI NURAENI

260110110010

STRUCTURE BASE DRUG DESIGN


Desain obat atau biasa disebut rancangan obat rasional atau hanya desain
rasional , adalah proses inventif menemukan obat baru yang didasarkan pada
pengetahuan
tentang sasaran
biologis.
Obat
ini
paling
sering
merupakan organik molekul kecil yang mengaktifkan atau menghambat fungsi
dari biomolekul seperti protein ,
yang
pada
gilirannya
hasil
dalam terapi bermanfaat bagi pasien .Dalam arti yang paling dasar, desain obat
melibatkan desain molekul kecil yang saling melengkapi dalam bentuk dan
bertanggung jawab terhadap target biomolekuler yang mereka berinteraksi dan
karena itu akan mengikat untuk itu. Desain obat sering tetapi belum tentu
bergantung pada model komputer teknik. Jenis model sering disebut
sebagai desain obat-dibantu komputer. Akhirnya, desain obat yang bergantung
pada pengetahuan struktur tiga dimensi dari target biomolekuler dikenal
sebagai berbasis-struktur desain obat.
Ada dua jenis utama dari desain obat. Yang pertama disebut
sebagai desain obat berbasis ligan dan yang kedua, berbasis struktur desain obat
(structure base drug design / SBDD)
Berbasis ligan
Desain obat berbasis ligan (atau desain obat tidak langsung) bergantung
pada pengetahuan tentang molekul lain yang mengikat target biologis yang
menarik. Molekul
lainnya
dapat
digunakan
untuk
menurunkan pharmacophore model yang mendefinisikan karakteristik struktural
yang diperlukan minimal molekul harus memiliki untuk mengikat target. Dengan
kata lain, model target biologis dapat dibangun berdasarkan pengetahuan apa
mengikat, dan model ini pada gilirannya dapat digunakan untuk merancang entitas
molekul baru yang berinteraksi dengan target. Atau, hubungan struktur-aktivitas
kuantitatif (QSAR), di mana korelasi antara sifat dihitung molekul dan aktivitas
biologis dapat ditentukan. Hubungan QSAR ini pada gilirannya dapat digunakan
untuk memprediksi aktivitas analog baru.

Structure base drug design / SBDD


Desain obat-struktur berbasis (atau desain obat langsung) bergantung pada
pengetahuan tentang struktur tiga dimensi dari target biologis yang diperoleh
melalui metode sepertikristalografi sinar-x atau spektroskopi NMR .Jika struktur
eksperimental target tidak tersedia, dimungkinkan untuk membuat model yang
homolog dari target berdasarkan struktur eksperimental dari protein
terkait. Menggunakan struktur target biologis, obat kandidat yang diperkirakan
untuk mengikat dengan tinggi afinitas dan selektivitas untuk target dapat
dirancang menggunakan grafis interaktif dan intuisi dari ahli kimia obat . Atau
berbagai prosedur komputasi otomatis dapat digunakan untuk menyarankan calon
obat baru.
Struktur 3D target biomolekuler diperoleh dari kristalografi sinar-X dan
NMR. Secara paralel, informasi tentang dinamika struktural dan sifat elektronik
tentang ligan yang diperoleh dari perhitungan. Hal ini telah mendorong
perkembangan pesat dari desain obat berbasis struktur. Metode saat ini untuk
berbasis struktur desain obat dapat dibagi secara kasar menjadi dua
kategori. Kategori pertama adalah tentang "Temuan" ligan untuk reseptor tertentu,
yang biasanya disebut sebagai database pencarian. Dalam hal ini, sejumlah besar
molekul ligan potensial disaring untuk menemukan orang yang cocok dengan
saku mengikat reseptor. Metode ini biasanya disebut sebagai desain obat berbasis
ligan. Keuntungan utama dari basis data pencarian adalah bahwa hal itu
menghemat upaya sintetis untuk mendapatkan senyawa timbal baru.

Situs Identifikasi Aktif


Situs identifikasi aktif adalah langkah pertama dalam program ini. Ini
menganalisis protein untuk menemukan saku mengikat, berasal situs interaksi
kunci dalam saku mengikat, dan kemudian menyiapkan data yang diperlukan
untuk link fragmen Ligan. Masukan dasar untuk langkah ini adalah struktur 3D
dari protein dan ligan pra-merapat dalam format PDB, serta sifat atom
mereka. Kedua atom ligan dan protein perlu diklasifikasikan dan sifat atom
mereka harus didefinisikan, pada dasarnya, menjadi empat jenis atom:

Atom hidrofobik: Semua karbon dalam rantai hidrokarbon atau dalam


kelompok aromatik.
Donor H-bond: Oksigen dan nitrogen atom terikat atom hidrogen (s).

Akseptor H-bond: Oksigen dan sp2 atau sp hibridisasi atom nitrogen dengan
pasangan elektron tunggal (s).
Atom Polar: Oksigen dan nitrogen atom yang tidak donor H-obligasi atau
akseptor H-obligasi, sulfur, fosfor, halogen, logam, dan atom karbon berikatan
dengan hetero-atom (s).

Ruang dalam ligan mengikat daerah akan dipelajari dengan atom penyelidikan
maya dari empat jenis di atas sehingga lingkungan kimia semua tempat di wilayah
mengikat ligan dapat diketahui. Oleh karena itu kita jelas apa jenis fragmen kimia
dapat dimasukkan ke dalam tempat yang sesuai mereka di wilayah mengikat ligan
reseptor.

Link Fragmen Ligan

Arus grafik untuk struktur berbasis desain obat


Database fragmen dapat mengaktifkan desain obat. Istilah "fragment"
mengacu pada kelompok-kelompok fungsional atau bagian dari molekul yang
mungkin memiliki bioactivitas. Molekul organik dapat didekomposisi menjadi
fragmen kimia. Jumlah jenis struktur fragmen terbatas.

Ada sejumlah besar kombinasi fragmen mungkin. Sebuah gangguan kecil


fragmen konformasi sebelumnya akan menyebabkan perbedaan besar dalam
kegiatan. Dalam rangka untuk mencari energi mengikat terendah di permukaan
potensi energi (PES) antara fragmen dan saku reseptor, perhitungan fungsi
penilaian akan dilakukan untuk setiap langkah perubahan konformasi dari
fragmen yang berasal dari setiap jenis yang mungkin fragmen kombinasi. Karena
ini memerlukan sejumlah besar perhitungan, menggunakan trik yang berbeda
dapat menggunakan komputasi daya yang lebih kecil dan biarkan program kerja
yang lebih efisien. Ketika ligan dimasukkan ke dalam situs saku reseptor,
kelompok pada ligan yang mengikat erat dengan reseptor harus memiliki prioritas
tertinggi dalam mencari konformasi energi terendah. Hal ini memungkinkan kita
untuk menempatkan beberapa biji ke dalam program pada saat yang sama dan
mengoptimalkan konformasi benih yang membentuk interaksi yang signifikan
dengan reseptor, dan kemudian menghubungkan benih menjadi ligan terus
menerus dengan cara yang membuat sisa ligan memiliki energi terendah.Benih
pra-ditempatkan memastikan afinitas mengikat tinggi dan konformasi optimal
menentukan cara di mana ligan akan dibangun, sehingga menentukan struktur
keseluruhan dari ligan akhir. Strategi ini efisien mengurangi beban perhitungan
untuk konstruksi fragmen.Di sisi lain, mengurangi kemungkinan kombinasi
fragmen, yang mengurangi jumlah kemungkinan ligan yang dapat diturunkan dari
program. Kedua strategi di atas secara luas digunakan di sebagian besar berbasis
struktur
program
desain
obat. Mereka
digambarkan
sebagai "Tumbuh" dan "Link". Dua strategi selalu dikombinasikan untuk
membuat hasil pembangunan yang lebih dapat diandalkan.
Desain obat-struktur berbasis mencoba untuk menggunakan struktur
protein sebagai dasar untuk merancang ligan baru dengan menerapkan prinsipprinsip yang diterima pengakuan molekul. Asumsi yang mendasari berbasis
struktur desain obat dasarnya adalah bahwa molekul ligan yang baik harus
mengikat erat target. Dengan demikian, salah satu prinsip yang paling penting
untuk merancang atau memperoleh potensi ligan baru untuk memprediksi afinitas
pengikatan ligan tertentu untuk target dan menggunakannya sebagai kriteria untuk
seleksi.
Salah satu metode awal dikembangkan oleh Bohm untuk
mengembangkan fungsi penilaian empiris umum bertujuan untuk menggambarkan
energi ikat. Berikut "Guru Persamaan" berasal:

di mana:

desolvation - entalpi hukuman untuk menghapus ligan dari pelarut

gerak - entropis hukuman untuk mengurangi derajat kebebasan ketika ligan


mengikat reseptor

Konfigurasi - energi regangan konformasi diperlukan untuk menempatkan


ligan dalam "aktif" konformasi
Interaksi - gain entalpi untuk "resolvating" ligan dengan reseptor

Ide dasarnya adalah bahwa energi bebas secara keseluruhan mengikat dapat
diuraikan menjadi komponen-komponen independen yang diketahui penting
untuk proses mengikat. Masing-masing komponen mencerminkan jenis tertentu
perubahan energi bebas selama proses pengikatan antara ligan dan reseptor
target. Master Persamaan adalah kombinasi linear dari komponen ini. Menurut
persamaan energi bebas Gibbs, hubungan antara kesetimbangan disosiasi konstan,
K d, dan komponen energi bebas dibangun.
Berbagai metode komputasi yang digunakan untuk memperkirakan masingmasing komponen dari persamaan utama. Misalnya, perubahan luas permukaan
kutub pada ligan mengikat dapat digunakan untuk memperkirakan energi
desolvation. Jumlah obligasi yang dapat diputar beku pada ligan mengikat
sebanding dengan istilah gerak. Energi configurational atau strain dapat
diperkirakan dengan menggunakan mekanika molekul perhitungan. Akhirnya
energi interaksi dapat diperkirakan dengan menggunakan metode seperti
perubahan permukaan non polar, berasal statistik potensi rata-rata kekuatan ,
jumlah ikatan hidrogen yang terbentuk, dll Dalam prakteknya, komponen
persamaan induk yang sesuai dengan data eksperimen menggunakan beberapa
regresi linier. Hal ini dapat dilakukan dengan training set yang beragam termasuk
berbagai jenis ligan dan reseptor untuk menghasilkan kurang akurat tetapi lebih
umum model yang "global" atau satu set lebih terbatas dari ligan dan reseptor
untuk menghasilkan lebih akurat tetapi kurang umum Model "local.

Metode molekuler mekanik juga dapat digunakan untuk memberikan


prediksi semi-kuantitatif afinitas pengikatan. Juga, berbasis pengetahuan fungsi
penilaian dapat digunakan untuk memberikan perkiraan afinitas mengikat. Metode
ini menggunakan regresi linear , pembelajaran mesin , jaring saraf atau teknik
statistik lain untuk memperoleh persamaan afinitas prediksi mengikat dengan
afinitas eksperimental pas untuk komputasi energi interaksi berasal antara
molekul kecil dan target.
Idealnya, metode komputasi akan dapat memprediksi afinitas sebelum
senyawa disintesis dan karenanya dalam teori hanya satu senyawa perlu disintesis,
menghemat waktu dan biaya yang sangat besar. Kenyataannya adalah bahwa
metode komputasi saat ini tidak sempurna dan memberikan, di terbaik, hanya
perkiraan kualitatif akurat afinitas. Dalam prakteknya masih membutuhkan
beberapa iterasi desain, sintesis, dan pengujian sebelum obat yang optimal
ditemukan. Metode komputasi telah mempercepat penemuan dengan mengurangi
jumlah iterasi yang diperlukan dan sering disediakan struktur baru.

Desain obat dengan bantuan komputer dapat digunakan di salah satu tahapan
penemuan obat:
1. hit identifikasi menggunakan screening maya (struktur- atau-ligan berbasis
desain)
2. hit-to-lead optimasi afinitas dan selektivitas (berbasis struktur
desain, QSAR , dll)
3. optimasi memimpin optimasi sifat farmasi lainnya tetap menjaga afinitas

Alur Analisis Clustering biasa untuk Struktur Berbasis Desain Obat


Untuk mengatasi prediksi cukup afinitas dihitung dengan fungsi scoring baru-baru
ini mengikat, interaksi dan struktur 3D senyawa protein-ligan informasi yang
digunakan untuk analisis. Untuk struktur berbasis desain obat, beberapa pascascreening analisis berfokus pada interaksi protein-ligan telah dikembangkan untuk
meningkatkan pengayaan dan efektif pertambangan calon potensial:

Konsensus scoring
Memilih calon dengan suara beberapa fungsi scoring

Mungkin kehilangan hubungan antara protein-ligan informasi struktural


dan kriteria scoring

Analisis geometrik
Membandingkan protein-ligan interaksi dengan visual memeriksa struktur
individu
Menjadi keras ketika jumlah kompleks untuk dianalisis meningkat

Analisis Cluster
Mewakili dan calon klaster menurut informasi 3D protein-ligan
Kebutuhan representasi berarti protein-ligan interaksi.

Contoh
Sebuah contoh tertentu rancangan obat rasional melibatkan penggunaan
informasi tiga dimensi tentang biomolekul yang diperoleh dari teknik seperti
kristalografi sinar-X dan spektroskopi NMR. Desain obat dibantu komputer
khususnya menjadi lebih penurut ketika ada struktur resolusi tinggi dari protein
target terikat ke ligan kuat. Pendekatan untuk penemuan obat kadang-kadang
disebut sebagai struktur berbasis desain obat. Contoh tegas pertama
penerapan berbasis struktur desain obat yang menyebabkan obat yang disetujui
adalah karbonat anhidrase inhibitor dorzolamide , yang disetujui pada tahun 1995.
Studi kasus lain yang penting dalam desain obat rasional adalah imatinib ,
sebuah tyrosine kinase inhibitor yang dirancang khusus untuk protein fusi bcr-abl
yang
merupakan
karakteristik
untuk
kromosom
Philadelphia positif leukemia ( leukemia myelogenous kronis dan kadang-kadang leukemia
limfositik akut ).

Lanskap dari penemuan obat modern


Secara historis, ligan endogen bioaktif diidentifikasi sebelum reseptor
biomolekuler dapat diisolasi dan sebelum struktur kimianya didirikan. Awal
informasi pada struktur ligan kimia adalah dasar dan langka dibandingkan dengan
banyak detail yang disediakan oleh eksperimen yang modern kimia dan fungsi
gelombang dihitung. Namun, itu awal informasi sering terbukti cukup untuk
menyimpulkan pengetahuan dan mengembangkan hipotesis pada relevansi
fisiologis ligan ini, bahkan meskipun mekanisme fisiologis yang mendasari tidak
diketahui.
Saat penemuan obat didorong oleh target biologis, penelitian genetik,
model hewan transgenik, biologi molekuler, teknologi gen, dan ilmu protein. Oleh
karena itu, struktur molekul target kepentingan praktis dari besar. Dengan
synchrotrons dan komputer, desainer obat dapat memvisualisasikan ligan terikat

target mereka menyediakan kekayaan rincian tentang interaksi non-terikat yang


mengontrol proses pengikatan (Van der Waals, Hidrogen-obligasi, jembatan
garam, dan mediasi oleh molekul air dan ion). Berbagai teknik komputasi
(visualisasi, docking, simulasi molekul, kimia kuantum, de novo desain) telah
dirancang untuk mencetak interaksi ligan-protein, termasuk upaya untuk
memperkirakan afinitas pengikatan entitas molekul novel dengan aktivitas
farmakologi.

Sebagai tanggapan, banyak kelompok penelitian di seluruh dunia memiliki


dedikasi terhadap struktur berbasis desain obat (SBDD) dan skrining ligan virtual
(VLS), sebagai yang paling ilmiah menjanjikan pendekatan untuk
mengidentifikasi ligan untuk target farmasi. SBDD memberikan wawasan dalam
interaksi protein-ligan pasangan tertentu, yang memungkinkan ahli kimia obat
untuk merancang modifikasi kimia yang sangat akurat sekitar perancah ligan,
sedangkan kekuatan dan fleksibilitas dari VLS yang jelas karena dapat digunakan
untuk menyaring senyawa yang akan diuji didasarkan pada alasan yang dapat
dinyatakan dalam hal sifat molekul (pharmacophores dan / atau deskripsi fisikakimia). SBDD menawarkan keuntungan tersendiri dibanding dengan teknik
berbasis ligan klasik seperti perbandingan analisis molekuler lapangan (CoMFA)
dan teknik berbasis pharmacophore, berdasarkan informasi hanya ligan, yang
memiliki keterbatasan terkenal. Keuntungan penting lainnya adalah bahwa

perpustakaan elektronik dapat mencakup senyawa yang sudah ada serta senyawa
yang belum disintesis belum tapi secara kimiawi relevan.
SBDD dapat secara luas dilihat sebagai salah satu komponen intrinsik dari
pendekatan rasional berdasarkan skrining tes yang lebih disesuaikan dengan
penemuan obat dari HTS. Misalnya, desain obat berbasis fragmen (FBDD) telah
muncul sebagai alat yang sangat kuat untuk membalikkan paradigma probabilitas
HTS dengan memanfaatkan fragmen molekul dengan berat molekul <150-250.
Fragmen ini dapat dipilih berdasarkan sifat fisiko-kimia yang memadai,
dikumpulkan di perpustakaan, diuji dan, dengan menggunakan informasi SBDD
diturunkan, disusun kembali menjadi molekul yang lebih besar dengan
peningkatan obat seperti karakteristik [25-27]. FBDD adalah cabang asli
rancangan obat rasional yang semua prinsip yang kita bahas dalam minireview ini
adalah valid dan dapat digunakan. Kita lihat pembaca untuk ulasan baru pada
FBDD.
SBDD dapat mengungkapkan informasi penting tentang hubungan
aktivitas struktur dari serangkaian kimia, terutama pada fase optimasi memimpin,
ketika modifikasi yang sangat akurat yang diperlukan untuk menyesuaikan profil
ADME / tox tetap menjaga afinitas mengikat.
Pendekatan berbasis ligan (misalnya, CoMFA dan metode berbasis
pharmacophore) dimaksudkan untuk menangkap dan / atau memanfaatkan pola
yang luar biasa terdeteksi terutama dari superposisi empiris satu set pengikat dan
non-pengikat senyawa eksperimental diidentifikasi. Dengan teknik ini skrining
perpustakaan maya cenderung untuk mengambil set besar senyawa (ratusan
hingga ribuan) yang biasanya lebih disaring berdasarkan pertimbangan empiris,
termasuk senyawa obat dan mengandalkan 'keberuntungan' untuk
mengidentifikasi baru pengikat dalam senyawa yang tersisa.
Sebaliknya SBDD bertujuan untuk memberikan gambaran yang lebih kaya
dari interaksi reseptor ligan. Namun, SBDD telah berkembang lebih lambat.
Banyak struktur X-ray target farmasi co-mengkristal dengan ligan dan / atau
inhibitor alami mereka tersedia secara publik, namun masih banyak lagi yang
telah diselesaikan oleh industri farmasi tanpa diterbitkan. Dengan demikian, sulit
untuk memperkirakan sejauh mana data ini telah memberikan kontribusi dalam
hamil obat baru. Situasi ini telah menghambat evaluasi yang adil dari potensi
sesungguhnya dari SBDD oleh komunitas ilmiah dan kebaikan SBDD mungkin
tidak tampak seperti banyak dipuji sebagai teknik berbasis ligan. Dalam banyak
kasus, pada konferensi dan selama diskusi informal antara para ahli, manfaat
SBDD dalam desain obat tetap menjadi isu kontroversial. Bagi banyak desainer
obat, kurangnya keandalan dalam memprediksi afinitas merupakan apa yang bisa

disebut sebagai 'missing link' yang merusak efektif SBDD. Tapi, jika kita benarbenar percaya bahwa masalahnya maka kita hanya harus mengundurkan diri
desainer obat yang rasional karena tidak ada cara yang jelas kesenjangan akurasi
akan dijembatani.

Meskipun kemajuan yang dicapai dalam struktur berbasis screening ligan


virtual dan desain obat-dibantu komputer, prediksi yang handal dan praktis
afinitas mengikat tetap menjadi grail suci sulit dipahami. Bahkan ketika
mengetahui modus pengikatan ligan untuk reseptor, afinitas mengikat tidak dapat
disimpulkan andal meskipun, secara paradoks, dapat diukur sangat akurat dengan
titrasi kalorimetri dan permukaan plasmon resonansi.
Afinitas ligan untuk reseptor yang ditentukan tidak hanya oleh kontribusi
enthalpic timbul dari jarak dekat interaksi fisik (interaksi Van Der Waals, ikatan
hidrogen, pasangan ion), tetapi juga oleh kontribusi entropi yang merupakan
ukuran dari gangguan sistem secara keseluruhan. Dalam biologi meskipun,
konsep sistem teratur sulit untuk memahami dan kadang-kadang kontra intuitif,
sebagai ligan terikat dengan reseptornya mungkin tampak inheren negara lebih
teratur daripada ligan terikat dan reseptor ketika hal ini tidak selalu terjadi.
Memang, hukuman entropi yang dihasilkan hanya dari pengurangan translasi
tubuh secara keseluruhan dan kebebasan rotasi ligan dan reseptor dapat berjumlah
sampai 15 kkal / mol sedangkan hukuman entropi karena pengurangan kebebasan

rotasi diperkirakan ca. 0,6 kkal / mol per obligasi diputar. Setelah mengikat,
interaksi yang menguntungkan dengan reseptor bersaing dengan istilah-istilah
energi tidak menguntungkan. Selain itu, gangguan cluster memerintahkan molekul
air di sekitar ligan gugus hidrofobik, suatu proses yang menyebabkan keuntungan
dari gangguan dalam pelarut, memberikan kontribusi positif terhadap stabilitas
asosiasi ligan-reseptor.
Pengukuran eksperimental menunjukkan bahwa peningkatan luas
permukaan nonpolar alkohol alifatik dengan memasukkan kelompok CH2
memiliki kontribusi entropis tidak menguntungkan dari 1,7 kcal.mol-1 dengan
energi bebas transfer dalam larutan air, yang hanya sebagian dikompensasi oleh
kontribusi enthalpic dari -1,3 kcal.mol-1. Hasilnya adalah dalam energi bebas
yang tidak menguntungkan secara keseluruhan 0,4 kcal.mol-1. Jika tidak
diimbangi dengan efek lain, perubahan sebesar ini di energetika hidrasi ligan
sesuai dengan peningkatan dengan faktor 2 di afinitas pengikatan yang diukur
(IC50); dan kita tahu bahwa optimasi timbal sering beroperasi di kisaran kurang
dari 1,4 kkal mol-1 (yaitu, kurang dari faktor 10 di IC50s). Meningkatkan
hidrofobisitas ligan adalah strategi sering digunakan dalam penemuan obat.
Ada sejumlah besar struktur X-ray kompleks reseptor-ligan untuk target
obat, termasuk protease, reverse transcriptase HIV, reseptor nuklir (NR), protein
kinase (PK), dan target bahkan RNA. Struktur juga mulai menjadi tersedia untuk
beberapa G-protein coupled receptors (GPCR). Beberapa reseptor ini sudah target
istimewa untuk SBDD (misalnya, NR, PK) dan beberapa orang lain mungkin juga
menyediakan cara lain untuk SBDD pada waktunya (misalnya, GPCR, RNA).
Kekayaan informasi struktural akan terus meningkat, juga sebagai akibat dari
struktur genomik inisiatif.
Ketika memanfaatkan informasi struktural, desainer obat dihadapkan
dengan situasi yang menanggung kemiripan dalam kelas yang sama dari target.
Hal ini menimbulkan apa yang kita sebut sebagai prototipe situasi pengakuan
ligan-reseptor, tetapi tidak hanya 'situasi rutin' karena setiap proyek membutuhkan
perkembangan logis sendiri. Berbagai jenis reseptor memiliki tantangan yang unik
untuk SBDD.

Studi akurat yang dilakukan docking dapat digunakan sangat efisien untuk
melengkapi teknik QSAR seperti CoMFA dan analisis indeks kesamaan
molekuler komparatif (CoMSIA) yang krusial bergantung pada bagaimana
senyawa overlay. Namun, validitas metodologi docking harus ditetapkan dengan
berhasil mereproduksi mode mengikat beberapa ligan milik set derivatif dipelajari
dan yang struktur X-ray yang tersedia di PDB. Senyawa-senyawa yang tersisa
merapat mengikuti docking protokol yang sama. Tujuan dari docking adalah
untuk memberikan rasional berasal keselarasan struktural (superposisi spasial)
dari himpunan dipelajari senyawa, yang pada gilirannya dapat digunakan untuk
mendapatkan model QSAR prediksi berdasarkan deskriptor molekul termasuk
sterik, elektrostatik, hidrofobik, dan bidang donor ikatan hidrogen serta PKA dan
logP.
Kita melihat bagaimana pendekatan multi-stage dan penggunaan dua
metode komputasi dapat saling melengkapi dan mengimbangi kelemahan masing-

masing metode, sehingga menciptakan sinergi di SBDD. Skor docking yang bisa
diandalkan, dan sebagian besar teknik QSAR tidak dapat diterapkan tanpa baik
pengetahuan atau hipotesis yang kuat dari konformasi terikat ligan dan
keselarasan spasial. Tetapi jika modus mengikat disukai senyawa kimia yang
terkait dapat disimpulkan, docking dapat memberikan konformasi ligan yang
benar dan keselarasan struktural yang akurat yang dibutuhkan untuk membangun
prediksi sebuah model QSAR.
Sumber :
Anonymous, 2013. Desain Obat. Tersedia Online di
http://translate.google.com/translate?hl=id&sl=en&u=http://en.wikipedia.o
rg/wiki/Drug_design&prev=search [diakses tanggal 17 November 2014]
Valre Lounnas , Tina Ritschel, Jan Kelder, Ross McGuire, Robert P. Bywater,
Nicolas Foloppe. 2013. Computational And Structural Biotechnology
Journal. Current Progress In Structure-Based Rational Drug Design Marks
A New Mindset In Drug Discovery.