Learning issue

Mutasi [Latin Mutare, untuk mengubah] awalnya ditandai sebagai fenotipe

atau ekspresi fenotipik yang berubah. jauh sebelum adanya bukti langsung bahwa
mutasi itu stabil, mewariskan perubahan urutan nukleotida DNA, ahli memperkirakan
bahwa beberapa jenis dasar mutasi ditransmisikan bisa ada. Mereka percaya bahwa
mutasi bisa timbul dari perubahan pasang nukleotida tunggal dan dari penambahan
atau penghapusan satu atau dua pasang nukleotida di daerah pengkodean gen.
Mutasi terjadi pada salah satu dari dua cara. (1) mutasi spontan muncul
sesekali di semua sel dan berkembang dengan tidak adanya agen yang ditambahkan.
(2) mutasi induksi, di sisi lain, adalah hasil dari paparan organisme dengan beberapa
agen fisik atau kimia yang disebut mutagen.

a. Mutasi spontan
Mutasi spontan muncul tanpa paparan agen eksternal. Kelas mutasi ini
mungkin timbul dari kesalahan dalam replikasi DNA, atau bahkan dari
tindakan transposon. Umumnya kesalahan replikasi terjadi ketika dasar
template

nukleotida

mengambil

bentuk

tautomerik

yang

langka.

Tautomerisme adalah hubungan antara dua isomer struktural yang berada

dalam kesetimbangan kimia dan mudah berubah menjadi satu sama lain. Basa
biasanya ada dalam bentuk keto. Namun, mereka terkadang dapat menerima
baik sebagai imino atau bentuk enol. Pergeseran Tautomerik Ini mengubah
karakteristik ikatan hidrogen dari basa, memungkinkan substitusi purin
menjadi purin atau pirimidin menjadi pirimidin yang pada akhirnya dapat
menyebabkan perubahan yang stabil dari urutan nukleotida. Substitusi
tersebut dikenal sebagai mutasi transisi dan relatif umum, meskipun
kebanyakan dari mereka diperbaiki oleh berbagai fungsi proofreading. Dalam

mutasi transversi, purin diganti menjadi pirimidin, atau pirimidin menjadi

purin. Mutasi ini jarang karena masalah sterik dari pasangan purin dengan
purin dan pirimidin dengan pirimidin.
Mutasi spontan juga timbul dari frameshifts, biasanya disebabkan
oleh penghapusan segmen DNA mengakibatkan berubahnya kerangka
pembacaan kodon. Mutasi ini umumnya terjadi di mana ada bentangan
pendek dari nukleotida yang sama. Di lokasi tersebut, pasangan template dan
untai baru dapat digantikan oleh jarak dari urutan berulang menyebabkan
penambahan atau penghapusan base di untai baru

b. Mutasi induksi
Secara virtual setiap agen yang secara langsung merusak DNA,
mengubah sifat kimia, atau mengganggu mekanisme perbaikan akan
menyebabkan mutasi. Mutagen dapat dengan mudah diklasifikasikan menurut
mekanisme aksi mereka. Empat mode umum tindakan mutagen adalah
penggabungan analog basa, mispairing spesifik, interkalasi, dan bypass
replikasi.
Analog basa secara struktural mirip dengan basa nitrogen normal dan
dapat dimasukkan ke dalam rantai polinukleotida yang sedang tumbuh selama
replikasi. Begitu di tempatnya, senyawa ini biasanya menunjukkan sifat
pasangan basa yang berbeda dari basa yang mereka gantikan dan akhirnya
dapat menyebabkan mutasi yang stabil. Sebuah analog basa yang banyak
digunakan adalah 5-bromouracil (5-BU), sebuah analog timin. Hal ini
mengalami pergeseran tautomerik dari keto yang normal membentuk sebuah
enol yang jauh lebih sering daripada basa normal.

Enol membentuk ikatan hidrogen seperti sitosin dan mengarahkan

penggabungan guanin ketimbang adenin. mekanisme kerja analog itu dasar
lainnya adalah sama dengan 5-bromouracil.

Mispairing spesifik disebabkan ketika mutagen mengubah struktur

basa dan karenanya mengubah karakteristik pasangan basanya. Beberapa
mutagen dalam kategori ini cukup selektif, mereka secara istimewa bereaksi
dengan beberapa basa dan menghasilkan jenis kerusakan DNA yang spesifik.
Contoh dari jenis ini adalah mutagen metil-nitrosoguanidin, agen alkilasi yang
menambahkan kelompok metil ke guanin, menyebabkan mispair dengan
timin. Sebuah babak selanjutnya dari replikasi maka bisa mengakibatkan
transisi GC-AT.
Kerusakan DNA juga merangsang mekanisme perbaikan yang rawan
kesalahan. Contoh lain dari mutagen dengan mode ini tindakan adalah agen
alkylating

ethylmethanesulfonate

dan

hidroksilamin.

Hidroksilamin

hydroxylates C-4 nitrogen sitosin, menyebabkan ia pasangan seperti basa

timin. Ada banyak agen memodifikasi DNA lain yang dapat menyebabkan
mispairing. Agen intercalasi merusak DNA untuk menginduksi nukleotida
tunggal.

Pasangan

insersi

delesi

mutagen

Ini

adalah

planar

dan memasukkan sendiri (intercalate) antara basa helix. Hal ini menghasilkan
mutasi, mungkin melalui pembentukan dari sebuah loop dalam DNA. Agen
intercalasi termasuk Acridine seperti proflavin dan acridine orange. Banyak
mutagen, dan memang banyak yang karsinogen, kerusakan basa langsung
begitu parah bahwa ikatan hidrogen antara pasangan basa terganggu atau
dicegah dan DNA yang rusak tidak dapat lagi bertindak sebagai template.
Misalnya, radiasi UV menghasilkan cyclobutane jenis dimer, biasanya dimer
timin, antara pirimidin yang berdekatan. Contoh lain adalah radiasi ionisasi
dan karsinogen seperti aflatoksin B1 dan benzo (a) pyrene derivatif lainnya.
Kerusakan tersebut pada DNA umumnya akan mematikan, namun dapat
memicu mekanisme perbaikan yang mengembalikan banyak bahan genetik
yang rusak, meskipun dengan penggabungan error yang cukup besar.

Retensi dasar pasangan yang tepat sangat penting dalam pencegahan

mutasi. Seringkali kerusakan dapat diperbaiki sebelum mutasi terbentuk

secara permanen. Jika siklus replikasi DNA lengkap terjadi sebelum lesi awal
diperbaiki, mutasi sering menjadi stabil dan diwariskan.

Ekspresi Mutasi

Ekspresi

mutasi

hanya

akan

diketahui

dengan

mudah

jika

menghasilkan fenotipe yang berubah terdeteksi. Sebuah mutasi gen dari

bentuk yang paling umum, wild-type, menjadi bentuk mutan disebut mutasi
ke depan (forward mutation). Kemudian, mutasi kedua mungkin membuat
mutan muncul menjadi organisme wild type lagi. Mutasi seperti ini disebut
mutasi reversi karena organisme tampaknya telah dikembalikan kembali ke
fenotipe aslinya. Sebuah mutasi yang kembali benar mengubah urutan
nukleotida mutan kembali ke urutan wild type. Wild type fenotip juga dapat
kembali oleh mutasi kedua pada gen yang berbeda, mutasi supresor, yang
mengatasi efek dari mutasi pertama. Jika mutasi kedua adalah dalam gen yang
sama, perubahan dapat disebut situs reversi kedua atau suppression intragenic.
Jadi, meskipun fenotipe reversi tampaknya wild-type, urutan DNA asli
mungkin tidak dapat dipulihkan. Dalam prakteknya, mutasi yang jelas
dinyatakan pada saat protein yang dalam beberapa cara yang bertanggung
jawab untuk fenotip diubah cukup untuk menghasilkan fenotipe baru.
Namun, mutasi dapat terjadi dan tidak mengubah fenotip untuk
berbagai alasan. Meskipun delesi sangat besar dan mutasi insersi ada,
kebanyakan mutasi mempengaruhi hanya satu pasangan basa di lokasi tertentu

dan oleh karena itu disebut mutasi titik. Ada beberapa jenis mutasi titik.
Salah satu jenis mutasi titik yang tidak dapat dideteksi sampai
munculnya teknik sekuensing asam nukleat adalah mutasi diam. Jika mutasi
merubah urutan nukleotida DNA, mutasi dapat terjadi dan tidak memiliki
pengaruh terlihat karena kode degenerasi. Bila ada lebih dari satu kodon
untuk asam amino, substitusi basa tunggal dapat mengakibatkan formasi dari
kodon baru untuk asam amino yang sama. Sebagai contoh, jika kodon CGU
diubah menjadi CGC, biasanya masih akan kode untuk arginin meskipun
mutasi telah terjadi. Ekspresi mutasi ini sering tidak akan terdeteksi kecuali
pada tingkat DNA atau mRNA. Bila tidak ada perubahan dalam protein atau
konsentrasi, tidak akan ada perubahan fenotipe organisme.

Tipe kedua dari mutasi titik adalah mutasi missense. Mutasi ini melibatkan
substitusi basa tunggal dalam DNA yang mengubah kodon untuk satu asam amino
menjadi kodon untuk yang lain. Misalnya, GAG kodon, yang menentukan asam
glutamat, dapat diubah menjadi GUG, yang kode untuk valin. Ekspresi mutasi

missense dapat bervariasi. Tentu mutasi dinyatakan pada tingkat struktur protein.
Namun, pada tingkat fungsi protein, efeknya mungkin berkisar dari hilangnya
lengkap kegiatan sampai tidak ada perubahan sama sekali.
Mutasi juga terjadi di urutan yang bertanggung jawab untuk mengendalikan
ekspresi gen dan dalam porsi noncoding lain dari gen struktural. Konstitutif operon
laktosa mutan pada E. coli adalah contoh yang sangat baik. Mutasi ini memetakan di
situs operator dan menghasilkan urutan operator yang diubah yang tidak dikenali oleh
protein represor, dan karena itu operon aktif secara terus menerus dalam transkripsi.
Jika mutasi membuat urutan promotor nonfungsional, daerah pengkode struktur gen
akan benar-benar normal, tetapi fenotipe mutan akan timbul karena tidak adanya
produk. RNA polimerase jarang sekali mentranskripsi gen dengan benar tanpa
promotor yang berfungsi penuh.
Operon lac dan regulasi gen. Mutasi juga terjadi pada rRNA dan tRNA gen
dan dapat mengubah fenotipe melalui gangguan sintesis protein. Bahkan, mutan ini
sering pada awalnya diidentifikasi karena mereka memperlambat pertumbuhan. Salah
satu jenis mutasi supresor adalah substitusi basa didaerah antikodon tRNA yang
memungkinkan penyisipan asam amino yang tepat pada kodon mutan

Sumber:
Anonym. Chapter 11, Genes: Structure, Replication, and Mutation. Available in
http://highered.mcgraw-hill.com/sites/dl/free/0072320419/1/pre20419_ch11.pdf

Kromosom 19
Kromosom 19 memiliki kepadatan gen tertinggi dari semua kromosom
manusia, lebih dari dua kali lipat rata-rata genome. Para keluarga besar
cluster gen, sesuai G + C kadar tinggi, pulau CpG dan kepadatan DNA
berulang menunjukkan kromosom kaya makna biologis dan evolusi. Di sini
kita menggambarkan 55,8 juta pasangan basa yang sangat akurat urutan
selesai mewakili 99,9% dari porsi euchromatin kromosom. Penanggulangan
Manual lokus gen mengungkapkan 1.461 gen protein-coding dan 321
pseudogen. Di antaranya adalah gen secara langsung terlibat dalam
gangguan Mendel, termasuk hiperkolesterolemia familial dan diabetes
insulin resisten. Hampir seperempat dari gen ini milik keluarga tersusun
secara tandem, meliputi lebih dari 25% dari kromosom. Analisis komparatif
menunjukkan gambaran menarik dari konservasi dan divergensi,
mengungkapkan blok besar orthology gen dengan tikus, daerah tersebar
dengan ekspansi keluarga gen yang lebih baru dan penghapusan, dan
segmen coding dan non-coding konservasi dengan ikan jauh Takifugu
spesies.

Kromosom 19.
http://ghr.nlm.nih.gov/chromosome/19

gen pada kromosom 19: (http://ghr.nlm.nih.gov/chromosome/19/show/Genes)

ADAMTS10

ERCC2

PEPD

AMH

ETFB

PRX

APOE

ETHE1

RNASEH2A

ATP1A3

FTL

RPS19

BCKDHA

GAMT

RYR1

C3

GCDH

SIX5

CACNA1A

HAMP

SLC5A5

CEBPA

ITPKC

SLC7A9

COMP

LDLR

SMARCA4

CRLF1

MAN2B1

STK11

DLL3

MAP2K2

TGFB1

DMPK

MCOLN1

TNNI3

DNM2

MEGF8

TSEN34

DNMT1

NLRP12

TYROBP

ELANE

NOTCH3

EPOR

OPA3

Fungsi kromosom 19 RyR1 yang berhubungan dengan kasus

Gen RYR1 menyediakan instruksi untuk membuat protein yang disebut reseptor
ryanodine 1. Protein ini merupakan bagian dari keluarga reseptor ryanodine, yang
membentuk channel yang mengangkut bermuatan positif atom kalsium (ion) dalam
sel. Channel dibuat dengan reseptor ryanodine 1 protein memainkan peran penting
dalam otot yang digunakan untuk gerakan (otot rangka).

Bagi tubuh untuk bergerak normal, otot rangka harus tegang (kontrak) dan rileks
dalam cara yang terkoordinasi. Kontraksi otot yang dipicu oleh aliran ion bermuatan
positif, termasuk kalsium, ke dalam sel otot.

Ketika otot saat istirahat, ion kalsium disimpan dalam struktur selular disebut
retikulum sarkoplasma dalam setiap sel otot. Sebagai respons terhadap sinyal
tertentu, channel RYR1 melepaskan ion kalsium dari retikulum sarkoplasma ke
bagian lain dari sel otot dikenal sebagai T-tubulus. Hasil peningkatan konsentrasi ion
kalsium merangsang serabut otot berkontraksi, memungkinkan tubuh untuk bergerak.
Proses di mana sinyal kimia tertentu memicu kontraksi otot disebut eksitasi-kontraksi
(EC) coupling.

1) Apa jenis mutasi yang dapat menyebakan Malignant Hyperthermia pada

kromosom 19 pada kasus ini?
Setidaknya 30 mutasi pada gen RYR1 diketahui meningkatkan risiko
hipertermi maligna. Sebagian besar mutasi ini mengubah asam amino tunggal
di daerah penting dari reseptor ryanodine 1 protein.
Gen RyR1 manusia yang telah dipetakan ke daerah 19q13.1 di lengan
panjang proksimal kromosom 19 (MacKenzie et al., 1990). Mutasi titik RyR1
lain telah dilaporkan, dan ini mungkin memperhitungkan bentuk tambahan
MH. Mutasi tersebut termasuk Arg163Cys, Gly248Arg, Gly341Arg,
Tyr522Ser, Gly2433Arg (Gillard et al, 1991, 1992;. Keating et al, 1994;.
Phillips et al, 1994;.. Quane et al, 1993, 1994a, b).
9) Gen RyR1 terletak pada kromosom 19. Mutasi di RyR1 terjadi pada
setidaknya 50% dari orang dengan MH dan semua keluarga penyakit inti
pusat. Lebih dari 30 mutasi dan 1 penghapusan berhubungan dengan kafein
halotan tes positif contracture (CHCT), seorang ganas episode hipertermia

klinis, atau keduanya. CHCT adalah standar kriteria untuk menegakkan

diagnosis MH.

2) Apa akibat terjadinya mutasi pada kromosom 19?

Mutasi ini mengubah struktur channel RYR1, menyebabkan ia
membuka lebih mudah dan menutup lebih lambat dalam menanggapi obatobatan tertentu (terutama beberapa gas anestesi dan jenis relaksan otot yang
digunakan selama operasi). Akibatnya, sejumlah besar ion kalsium dilepaskan
dari retikulum sarkoplasma dalam sel otot. Kelebihan ion kalsium yang
tersedia menyebabkan otot rangka berkontraksi secara abnormal, yang
menyebabkan kekakuan otot pada orang dengan hipertermi maligna.
Peningkatan konsentrasi ion kalsium dalam sel otot juga mengaktifkan proses
yang menghasilkan panas (yang mengarah ke peningkatan suhu tubuh) dan
menghasilkan kelebihan asam (menyebabkan asidosis).

Kondisi yang berhubungan dengan mutasi gen pada kromosom 19

age-related macular degeneration

Aicardi-Goutieres syndrome

arteriopathy with subcortical

alpha-mannosidosis

infarcts and leukoencephalopathy

Alzheimer disease

Charcot-Marie-Tooth disease

atypical hemolytic-uremic syndrome

Coffin-Siris syndrome

branchiootorenal syndrome

cold-induced sweating syndrome

breast cancer

congenital fiber-type disproportion

Camurati-Engelmann disease

congenital hypothyroidism

cardiofaciocutaneous syndrome

cyclic neutropenia

Carpenter syndrome

cystinuria

central core disease

dense deposit disease

centronuclear myopathy

Diamond-Blackfan anemia

episodic ataxia

ethylmalonic encephalopathy

cerebral autosomal dominant

familial acute myeloid leukemia

polycystic lipomembranous

with mutated CEBPA

osteodysplasia with sclerosing

familial cold autoinflammatory

leukoencephalopathy

syndrome

pontocerebellar hypoplasia

familial erythrocytosis

prolidase deficiency

familial hemiplegic migraine

pseudoachondroplasia

familial hypertrophic

rapid-onset dystonia parkinsonism

cardiomyopathy

severe congenital neutropenia

familial restrictive cardiomyopathy

spinocerebellar ataxia type 6

glutaric acidemia type I

spondylocostal dysostosis

glutaric acidemia type II

trichothiodystrophy

guanidinoacetate methyltransferase

Weill-Marchesani syndrome

deficiency

xeroderma pigmentosum

hemochromatosis

hereditary sensory and autonomic

neuropathy type IE

hypercholesterolemia

hyperferritinemia-cataract syndrome

Kawasaki disease

malignant hyperthermia

maple syrup urine disease

3-methylglutaconic aciduria

mucolipidosis type IV

multiminicore disease

multiple epiphyseal dysplasia

myotonic dystrophy

neuroferritinopathy

persistent Mllerian duct syndrome

Peutz-Jeghers syndrome

3) Bagaimana keterkaitan Malignant Hiperthermia dengan mutasi kromosom 19?

Mutasi ini mengubah struktur channel RYR1, menyebabkan ia membuka lebih
mudah dan menutup lebih lambat dalam menanggapi obat-obatan tertentu
(terutama beberapa gas anestesi dan jenis relaksan otot yang digunakan selama
operasi). Akibatnya, sejumlah besar ion kalsium dilepaskan dari retikulum
sarkoplasma dalam sel otot. Kelebihan ion kalsium yang tersedia menyebabkan
otot rangka berkontraksi secara abnormal, yang menyebabkan kekakuan otot
pada orang dengan hipertermi maligna. Peningkatan konsentrasi ion kalsium
dalam sel otot juga mengaktifkan proses yang menghasilkan panas (yang
mengarah ke peningkatan suhu tubuh) dan menghasilkan kelebihan asam
(menyebabkan asidosis).

4) Apa faktor penyebab terjadinya mutasi kromosom 19 pada kasus?

Hipertermi maligna (MH) diwariskan sebagai sifat dominan autosomal dengan
penurunan penetrasi. Hal ini terkait dengan mutasi pada gen 2: RyR1 (ryanodine
reseptor tipe 1), yang mengkode isoform otot rangka dari saluran pelepasan
kalsium dari retikulum sarkoplasma, [5] dan CACNA1S, yang mengkode subunit
alpha dari L-jenis kalsium channel isoform dari sarcolemma (dihidropiridin
reseptor). Terminasi yang menyimpang dari RyR1 aktivitas ditemukan pada
orang MH-mudah terkena.
Gen RyR1 terletak pada kromosom 19. Mutasi di RyR1 terjadi pada setidaknya
50% dari orang dengan MH dan semua keluarga penyakit inti pusat. Lebih dari
30 mutasi dan 1 penghapusan berhubungan dengan kafein halotan tes positif
contracture (CHCT), seorang ganas episode hipertermia klinis, atau keduanya.
CHCT adalah standar kriteria untuk menegakkan diagnosis MH.

What is the official name of the RYR1 gene?

The official name of this gene is ryanodine receptor 1 (skeletal).
RYR1 is the gene's official symbol. The RYR1 gene is also known by other names, listed below.
Read more about gene names and symbols on the About page.

How are changes in the RYR1 gene related to health

conditions?
central core disease - caused by mutations in the RYR1 gene

More than 40 mutations in the RYR1 gene have been identified in people with central
core disease (CCD). Most of these mutations affect single protein building blocks (amino
acids) in critical regions of the ryanodine receptor 1 protein. These mutations change the
structure of the RYR1 channel, which alters the normal flow of stored calcium ions
within muscle cells. A disruption in calcium ion release prevents muscles from
contracting normally, leading to the muscle weakness characteristic of central core
disease.
Researchers have proposed two mechanisms to explain how RYR1 gene mutations
underlie muscle weakness in people with central core disease. Some genetic changes
cause the RYR1 channel to be "leaky," allowing calcium ions to flow slowly but
continually out of the sarcoplasmic reticulum. The leaky channels greatly reduce the
amount of stored calcium ions. As a result, not enough calcium ions are available in the
sarcoplasmic reticulum to trigger muscle contractions. Muscle weakness results from the
inability of skeletal muscles to contract appropriately.
Other RYR1 gene mutations change the structure of the RYR1 channel in a way that
impedes the normal flow of calcium ions. Although the sarcoplasmic reticulum stores
plenty of these ions, the receptor cannot release them into T-tubules in response to the
usual signals. Without enough calcium ions flowing out of the sarcoplasmic reticulum at
the appropriate time, muscles cannot contract normally and muscle weakness results.
This mechanism is known as E-C uncoupling.
congenital fiber-type disproportion - caused by mutations in the RYR1 gene

At least seven mutations in the RYR1 gene have been found to cause congenital fibertype disproportion. Some mutations change single amino acids in the ryanodine receptor
1 protein. Other RYR1 gene mutations create a premature stop signal in the instructions
for making the receptor, resulting in an abnormally short, nonfunctional protein.
Researchers suspect that disruption of the RYR1 channel may play a role in the muscle
weakness and other features of congenital fiber-type disproportion, although the role of
RYR1 gene mutations in this condition is unclear.

multiminicore disease - caused by mutations in the RYR1 gene

Several mutations in the RYR1 gene have been found to cause atypical forms of
multiminicore disease. These mutations change single amino acids in the ryanodine
receptor 1 protein, which alters the structure and function of the protein. The effects of
these changes are unclear. Some mutations may reduce the amount of ryanodine receptor
1 protein produced by the cell or lead to an unstable version of the protein. Other
mutations may interfere with the normal regulation of the RYR1 channel. Researchers
believe that some RYR1 gene mutations change the shape of the channel in such a way
that calcium ions cannot flow through properly. A disruption in calcium ion transport
prevents muscles from contracting normally, leading to the muscle weakness
characteristic of multiminicore disease.
malignant hyperthermia - increased risk from variations of the RYR1 gene

At least 30 mutations in the RYR1 gene are known to increase the risk of malignant
hyperthermia. Most of these mutations change single amino acids in important regions of
the ryanodine receptor 1 protein. These mutations alter the structure of the RYR1
channel, causing it to open more easily and close more slowly in response to certain
drugs (particularly some anesthetic gases and a type of muscle relaxant used during
surgery). As a result, large amounts of calcium ions are released from the sarcoplasmic
reticulum within muscle cells. An overabundance of available calcium ions causes
skeletal muscles to contract abnormally, which leads to muscle rigidity in people with
malignant hyperthermia. An increase in calcium ion concentration within muscle cells
also activates processes that generate heat (leading to increased body temperature) and
produce excess acid (leading to acidosis).
Many other changes in the RYR1 gene have been described in people with an increased
risk of malignant hyperthermia. It is unclear, however, whether these variations are
directly related to malignant hyperthermia risk.

Where is the RYR1 gene located?

Cytogenetic Location: 19q13.1
Molecular Location on chromosome 19: base pairs 38,924,339 to 39,078,203

The RYR1 gene is located on the long (q) arm of chromosome 19 at position 13.1.
More precisely, the RYR1 gene is located from base pair 38,924,339 to base pair 39,078,203 on
chromosome 19.