Anda di halaman 1dari 17

GENETIC STRUCTURE OF POPULATIONS (Genetika Populasi)

Genetika Populasi
Genetika Populasi adalah cabang dari ilmu genetik yang terfokus pada sifat turun temurun
yang muncul pada populasi (kumpulan dari individu). Populasi genetik mempelajari tentang
populasi konstitusi genetika yang berubah dari generasi ke generasi berikutnya. Sifat turuntemurun berubah seiring dengan peristiwa evolusi.

Populasi dan Gene Pools


Unit yang nyata dari materi kehidupan adalah organismenya. Pada organisme uniseluler,
tiap sel adalah satu individu, sedangkan pada organisme yang multiseluler terdiri atas
banyak sel yang saling tergantung. Banyak yang mati dan diganti oleh sel lain sepanjang
hidup dari individu tersebut. Pada evolusi, unit yang bersangkut paut adalah populasi.
Populasi adalah kumpulan dari individu-individu yang dihubungkan oleh ikatan perkawinan
dan induk, dengan kata lain populasi adalah kumpulan dari individu-individu yang sejenis (1
spesies). Ikatan dari induk yang menghubungkan antar anggota pada populasi yang sama
selalu ada, tetapi perkawinan selalu tidak ada pada organisme yang reproduksinya secara
aseksual. Populasi mendelian adalah kumpulan dari interbreeding, individu yang melakukan
reproduksi secara seksual dimana populasi mendelian adalah reproduksi yang melibatkan
kematangan individu.
Individu bukan merupakan unit yang relevan pada evolusi karena genotip pada
individu tidak dapat berubah selama hidupnya, bahkan individu bersifat ephemeral (juga
pada beberapa organisme seperti pohon konifer yang mungkin dapat hidup lebih dari
beberapa ribu tahun). Populasi, dengan kata lain, telah terjadi kesinambungan dari generasi
ke generasi, bahkan konstitusi genetik dari populasi mungkin berubah -berkembangberakhirnya generasi. Kelangsungan dari populasi diatur oleh mekanisme hereditas biologi.
Populasi mendelian berfokus pada spesies. Spesies adalah unit evolusi yang bebas.
Perubahan genetik menempati pada populasi lokal dapat dikembangkan ke semua anggota
spesies yang berbeda.
Spesies tidak selalu didistribusikan secara homogen tetapi mereka dapat lebih
bertahan hidup atau kurang padapopulasi lokal. Populasi lokal adalah suatu grup dari
individu-individu yang memiliki spesies yang sama, bersama pada wilayah yang
sama. Konsep dari gen pools sangat menguntungkan untuk mempelajari evolusi. Gen
pools ini adalah pengumpulan dari genotip yang semua individual di sebuah populasi
untuk organisme diploid. Gen pools pada sebuah populasi dengan N individual terdiri dari
2N haploid genom.

Variasi Genetik Dan Evolusi


Kehadiran variasi genetik merupakan kondisi penting yang dibutuhkan untuk evolusi.
Diasumsikan bahwa lokus gen tertentu pada semua individu dari suatu populasi adalah
homozygous untuk alela yang sama. Evolusi tidak dapat terjadi pada lokus tersebut, karena
frekuensi alela tidak dapat berubah dari generasi ke generasi. Asumsi saat ini bahwa pada
populasi yang berbeda terdapat 2 alela pada lokus tertentu. Perubahan evolusioner dapat
terjadi pada populasi ini, satu alela mungkin meningkat dalam hal frekuensinya pada alela
yang lainnya.
Teori modern tentang evolusi didasarkan pada Charles Darwin (1809-1882) dan teori
klasiknya, On The Virgin of Spesies dipublikasikan pada tahun 1859. Kehadiran dari variasi
hereditas pada populasi alami merupakan titik awal dari pendapat Darwin tentang evolusi
melalui suatu proses seleksi alam. Darwin berpendapat bahwa beberapa variasi hereditas
alami mungkin dapat lebih menguntungkan daripada yang lainnya dalam hal bertahan hidup
dan reproduksi dalam masa hidupnya. Organisme mempunyai barbagai keuntungan antara
lain dapat lebih bertahan hidup dan bereproduksi daripada organism yang tidak seperti
mereka. Konsekuensinya, berbagai variasi yang berguna akan terjadi dengan lebih sering
melalui generasi, sedangkan variasi yang berbahaya atau kurang/jarang digunakan akan
tereliminasi. Hal ini adalah proses seleksi alam yang memainkan peran utama dalam evolusi.
Korelasi langsung di antara sejumlah variasi genetik dalam populasi dan rata-rata
perubahan evolusioner oleh seleksi alam telah didemonstrasikan secara matematis dengan
baik oleh Sir Ronald A. Fisher dalam Teori Fundamental Seleksi Alam (1930) : rata-rata
peningkatan kemapuan populasi pada setiap waktu adalah sebanding dengan kemampuan
variasi genetik pada waktu tersebut.
Teori Fundamental mengaplikasikan variasi alela pada lokus gen tunggal, dan hanya
dibawah kondisi lingkungan tertentu. Akan tetapi korelasi diantara variasi genetik dan
kesempatan evolusi secara intuisi telah jelas. Dengan sejumlah besar lokus variabel
(berubah-ubah) dan lebih banyak alela yang ada pada masing-masing lokus variabel, maka
semakin besar kemungkinan perubahan frekuensi beberapa alela kepada lainnya.
Hal ini dibutuhkan, karena akan ada seleksi untuk merubah beberapa sifat dan variasi
tersebut akan sesuai dengan perubahan sifat yang terseleksi tersebut.

Gambar 1. Korelasi antara sejumlah variasi genetik dan rata-rata evolusi

Korelasi di antara sejumlah variasi genetik dengan rata-rata evolusi dalam


populasi Drosophila serrata di laboratorium yang didedahkan pada kondisi baru. Grafik
menunjukkan bahwa perubahan jumlah lalat selama kurang lebih 25 generasi. Populasi
strain campuran memiliki variasi genetik yang lebih besar daripaad populasi strain tunggal.
Kedua populasi meningkat jumlahnya selama periode eksperimen, akan tetapi rata-rata
peningkatan lebih besar pada populasi strain campuran daripada populasi strain tunggal.
Peningkatan dalam jumlah lalat dari generasi ke generaasi mencerminkan peningkatan
adaptasi dari populasi terhadap lingkungan percobaan yang mana didorong oleh evolusi.
Tabel di bawah ini menggambarkan korelasi di antara sejumlah variasi genetic dan rata-rata
evolusi pada populasiDrosophila serrata dari Popondetta, Papua Nugini, dan Sydney,
Australia. Jumlah evolusi meningkat dengan jumlah lalat yang meningkat pada populasi
lebih dari 25 generasi.

Populasi

Jumlah rata-rata lalat Peningkatan


rata-rata
dalam populasi
pada sejumlah lalat per
generasi

Percobaan pada suhu 25o C


Strain tunggal (popendetta)

1863 = 79

Strain campuran (popendetta 2750 = 112


x Sydney)

31,5 = 13,6
58,5 = 17,4

Percobaan pada suhu 19o C


Strain tunggal (popendetta)

1724 = 58

Strain campuran (popendetta


2677 = 102
x Sydney)

25,2 = 9,9
61,2 = 13,8

Frekuensi Genotip Gen


Variasi dalam kelompok gen adalah ekspresi dalam tiap hubungan frekuensi genotip atau
frekuensi fenotip. Marilah kita mempelajari tentang golongan darah M-N. Disana ada 3
golongan darah, M, N dan MN, yang mana ditentukan oleh 2 alela LM dan LN, pada satu
lokus.
Penelitian pada 730 orang aborigin australia diketahui sebagai berikut: 22 memiliki gologan
darah M, 216 memiliki golongan darah MN dan 492 memilki golongan darah N. Frekuensi
dari golongan darah dan genotip yang sesuai dihasilkan dengan membagi angka dari setiap
macam penelitian dari jumlah total. Contoh frekuensi dari golongan darah M adalah 22/730
= 0,030.
Tabel di bawah ini menggambarkan golongan Darah M-N dan Frekuensi Genotip di dalam
Sebuah Populasi dari Orang Aborigin Australia
Golongan Darah

Genotip

Angka

Frekuensi

LMLM

22

0.030

MN

LMLN

216

0,296

LNLN

492

0,674

730

1.000

Total

Kita bisa menjelaskan variasi pada gen lokus M-N di dalam kelompok orang ini yang
mempunyai frekuensi dari 3 genotip. Jika kita menganggap bahwa 730 individu dari sampel
yang acak dari suku aborigin australia, kita dapat memperoleh frekuensi yang

diamati sebagai karakteristik dari orang aborigin australia secara umum, sebuah sampel
acak mewakili atau tidak bias (tidak condong pada suatu kesimpulan tertentu) dari suatu
populasi.
Sesuai dengan beberapa tujuan untuk menjelaskan variasi pada sebuah lokus yag tidak
menggunakan frekuensi genotip tetapi frekuensi alela. Frekuensi alela dapat dihitung dari
tiap angka genotip yang telah diteliti atau dari frekuensi genotip.
Untuk menghitung frekuensi alel secara langsung dari jumlah genotip, kita hitung secara
sederhana jumlah waktu setiap alel yang ditemukan dan membaginya dengan jumlah total
gen pada sampel. Sebuah individu LMLM terdiri dua alel LM, sebuah individu LMLN terdiri
dari saru alel LM. oleh karena jumlah alel LM pada sampel orang Aborigin Australia adalah
(2x22) + 216 = 260. Jumlah total gen pada sampel adalah kedua jumlah individu karena
setiap individu mempunyai dua gen: 2 x 730 = 1460. Frekuensi alel LM pada sampel
yaitu

=0,178. Sama dengan frekuensi alel LN yaitu

= 0,822.

Frekuensi alel dapat juga dihitung dari frekuensi genotip dengan mengamati sebelum
dua gen homozigot diberikan, sebaliknya hanya setengah gen hetrozigot yang diberikan.
Frekuensi sebuah alel ini adalah frekuensi individu homozigot untuk alel tersebut ditambah
setengah frekuensi heterozigot untuk alel tersebut. Antara orang aborigin australia,
frekuensi LM adalah 0,030 + V2(0,296) = 0,178, sama dengan frekuensi LN adalah 0,674 +
V2(0,296) = 0,822. Tabel di bawah ini memberikan frekuensi genotip dan alela untuk lokus
gen M-N pada empat populasi manusia. Kelihatan jelas bahwa populasi manusia tersebut
cukup heterogen dengan melihat lokus gen ini.
Tabel di bawah ini menggambarkan Frekuensi Genotip dan Frekuesi Alella untuk Gen Lokus
M-N pada Empat Populasi Manusia. Penghitungan frekuensi gen ketika jumlah alela pada
lokus lebih besar daripada dua yang didasarkan pada aturan sama yang digunakan untuk
dua alel: homozygot membawa dua kopi dari satu alel, heterozigot membawa satu dari
setiap dua alel.

Populasi

Angka yang memiliki


golongan darah

Total

Frekuensi Genotip

Frekuensi
Alellic

MN

Australian
Aborigin

22

216

492

Navaho
Indians

305

52

U.S
1787
Caucasians
Spaniards

726

LMLM

LMLN

LNLN

LM

LN

730

0,030

0,296

0,674

0,178 0,822

361

0,845

0,144

0,011

0,917 0,083

3039

1303

6129

0,292

0,496

0,213

0,539 0,461

1677

697

3100

0,234

0,541

0,225

0,505 0,495

Frekuensi genotip diperoleh dengan memisahkan/memutuskan beberapa kali masingmasing genotip yang diamati dengan jumlah total genotip. Jadi frekuensi dari 98/98 adalah
2/300=0,004. Frekuensi pembagian alel dapat diperoleh dari frekuensi genotip ditambah
frekuensi dari homozigot pada alel dan sebagian dari masing-masing frekuensi heterozigot
pada alel. Kemudian frekuensi dari alel 98 merupakan frekuensi dari 98/98 homozigot
ditambah sebagian dari frekuensi 98/100 heterozigot dan 98/103 heterozigot, atau 0,004 +
1/2 (0,076) + (0,040) = 0,006. Demikian halnya, pada frekuensi 100 dan 103 alel
dijumlahkan menjadi 0,596 dan 0,342 berturut-turut. Jumlah dari 3 frekuensi ini adalah
pasti 1000.
Frekuensi alel juga dapat dihitung dengan menambahkan beberapa kali masingmasing alel yang muncul dan memisahkannya dengan jumlah total gen pada sampel. 98 alel
yang muncul dua kali pada 98/98 homozigot, atau (2 2) + 38 +20 = 62 kali, karena jumlah
gen pada sampel adalah 2 500 = 1000, frekuensi alel 98 adalah 0,062.
Frekuensi alel
lebih sering muncul digunakan daripada frekuensi genotip untuk menambah variasi genetic
pada lokus, karena biasanya lebih sedikit alel daripada genotip. Dengan dua alel, jumlah
yang mungkin pada genotip adalah 3, 3 alel, genotip 6, 4 alel, genotip 10. Umumnya, jika
jumlah dari alel yang berbeda adalah k, maka jumlah genotip yang mungkin berbeda adalah
k(k+1)/2.

Dua Model Struktur Populasi


Dua hipotesis yang berbeda pada tahun 1940 dan 1950 mengenai struktur genetic
populasi. Model klasik yang membantah itu terdapat variasi gen yang sangat kecil. Model
keseimbangan itu merupakan suatu kesepakatan.

Berdasarkan model klasik, kumpulan gen dari sebuah populasi terdiri dari lokus-lokus,
lokus pada alel tipe liar (normal) mempunyai frekuensi yang sangat dekat dengan 1,
ditambah beberapa alela yang muncul karena mutasi tetapi tetap menjaga frekuensi rendah
karena seleksi alami. Individu tipe khusus akan bersifat homozigot dengan alela tipe liar
yang dekat pada tiap lokus, tetapi beberapa lokus akan heterozigot terhadap alela tipe liar
dan mutan. Genotip ideal normal akan menjadi individu yang homozigot terhadap alel
tipe liar pada setiap lokus. Evolusi akan terjadi karena pada waktu tertentu alel tertentu
akan muncul oleh karena mutasi. Melalui seleksi alam mutan yang benefisial (tertentu) akan
mengalami kenaikan frekuensi secara bertahap dan menjadi alel tipe liar baru, dengan
pembentuk alel tipe liar akan dikurangi menjadi frekuensi yang sangat rendah.
Menurut model keseimbangan, sering tidak ada alel tipe liar tunggal. Sebagian besar
lokus terdiri dari kesatuan alel dengan frekuensi yang beraneka ragam.Oleh karena itu,
beberapa individu bersifat heterozigot pada sebuah proporsi besar lokus-lokus tersebut. Di
dalamnya tidak ada genotip tunggal atau ideal, populasi terdiri dari kesatuan genotip yang
berbeda dari setiap lokus tetapi diadaptasi pada sebagian besar lingkungan populasi.
Model seimbang menunjukkan evolusi sebagai proses perubahan bertahap pada
frekuensi dan berbagai jenis alel pada banyak lokus. Alel tidak berpindah ketika diisolasi.
Kemampuan suatu alela tergantung pada eksistensi alella yang lain dalam suatu genotip.
Sejumlah sekumpulan alella pada berbagai lokus yang diadaptasikan dengan sekumpulan
alella pada lokus lain karena itu perubahan alella pada suatu lokus diikuti perubahan alella
pada lokus lainnya. Bagaimanapun seperti halnya model klasik, model keseimbangan
menerima bahwa banyak mutan yang tidak terkondisikan berbahaya ke karier mereka.
Alella yang hilang ini tereliminasi atau tetap tersimpan pada frekuensi rendah melalui seleksi
alam, tetapi hanya terjadi pada yang kedua, yaitu arah evolusi yang negatif.
Gambar dua model struktur gen populasi genetik hipotesis genotip dari tiga tipe
individu ditunjukkan berdasarkan masing-masing model. Huruf kapital menandakan gen
lokus dan masing-masing nomor mewakili alella yang berbeda, postulat alella wild type oleh
model klasik diwakili oleh sebuah tanda + berdasarkan model klasik individu yang homozigot
untuk alella wild type berdekatan setipe lokus walaupun mungkin heterozigot untuk alella
wild type dan alella mutan pada sebuah lokus umum (C adalah individu pertama, B kedua, O
ketiga). Berdasarkan model keseimbangan individu gen yang heterozigot pada kebanyakan
lokus gen.

Variasi yang Tampak


Sekarang telah diketahui bahwa proses populasi alami adalah perlakuan besar dari
bentuk genetik. Fakta ini tidak berlaku hingga akhir 1960.

Variasi individu adalah suatu fenomena yang menyolok mata ketika organisme dari
spesies yang sama diuji coba secara hati-hati. Populasi manusia contohnya, menunjukkan
variasi pada bentuk wajah, pigmen kulit, warna rambut, dan bentuk tubuh, tinggi dan berat
badan, golongan darah dan hal lainnya. Tanaman biasanya berbeda pada bunga dan warna
biji dan juga pada bentuknya, begitu juga pada pertumbuhannya. Sesuatu hal yang sulit
adalah tidak dapat didapatkan secara jelas berapa banyak variasi morfologi yang sesuai
dengan variasi genetic dan berapa banyak efek dari lingkungan.
Sumber meyakinkan dari fakta mengindikasi bahwa variasi genetic beasal dari eksperimen
seleksi buatan. Pada seleksi buatan ini individu dipilih untuk dikawinkan dengan individu
dari generasi berikutnya yang menunjukkan ekspresi terbesar dari karakter yang diinginkan.
Misalnya , jika kita ingin meningkatkan hasil panen gandum, kita harus memilih tanaman
gandum yang dapat menghasilkan panen gandum terbanyak pada setiap generasinya
kemudian menggunakan biji tersebut untuk memproduksi generasi berikutnya. Jika
populasi yang diseleksi berubah maka jelas bahwa organisme asal telah mengandung variasi
genetic yang menjadi ciri bawaan.

Masalah Pengukuran Variasi Genetik


Fakta menyebutkan dalam bagian sebelumnya bahwa variasi genetik menyatu di dalam
populasi-populasi alami, oleh sebab itu ada banyak kesempatan untuk perubahan
evolusioner.
Sesuai dengan apa yang kita butuhkan untuk dapat melakukan tujuan menemukan proporsi
ukuran dari gen polimorf dari populasi kita dapat mempelajari setiap lokus gen dari
organisme, karena kita pernah tahu berapa banyaknya lokus di sana dan karena itu
merupakan tugas yang besar, solusinya kemudian lihat hanya sebuah contoh dari lokus gen
jika contohnya acak, yaitu tidak bias dan ion kebenaran yang bersifat representatif dari
populasi sejumlah penelitian dalam contoh ini dapat dieksplorasi dalam populasi.
Pemecahan dari permasalahan ini menjadi mungkin dengan adanya penemuan pada
molekuler genetik. Sekarang ini dikenal bahwa informasi pengkode genetik dalam rangkaian
nukleotida. Pada DNA dalam struktur gen diterjemahkan dalam sebuah rangkuman dari
asam amino yang membentuk sebuah polipeptida. Kita dapat memilih untuk mempelajari
rentetan protein tanpa mengetahui apakah tidak mereka berbeda dalam sebuah populasi
sebelumnya. Rangakain protein dengan berbagai variasi mengambarkan sample netral dari
semua struktur gen dalam organisme. Jika sebuah protein ditemukan sama diantara
individu, ini berarti bahwa pengkodean gen untuk protein juga sama, jika proteinnnya
berbeda kita mengetahui bahwa gen ini berbeda dan kita dapat mengukur bagaimana
perbedaannya, berapa banyak bentuk protein yang ada dan dalam frekuensi apa.
Mempelajari langsung rangkaian nukleotida dari sample gen juga sebuah kemungkinan

untuk memecahkan masalah. Sebuah gen bisa dirangka sejumlah individu tidak tergantung
apakah rangkaian berbeda antar individu.

Penghitungan Variasi Genetik


Mulai awal tahun 1950 ahli biokimia telah mengetahui bagaimana cara memperoleh rantai
asam amino dari protein. Satu cara yang memungkinkan digunakan untuk mengukur variasi
genetik dalam sebuah populasi alami memilih sejumlah protein yang cocok, kira-kira dua
puluh, tanpa melihat apakah diketahui atau tidak variabelnya dalam populasi, jadi mereka
akan mewakili sebuah sampel yang tidak diketahui. Kemudian masing-masing dari 20
protein akan dirangkai dalam individu, kira-kira 100 (pilih secara acak) untuk mengetahhui
barapa banyak variasi, jika ada beberapa untuk masing-masing protein. Jumlah rata-rata
variasi protein yang ditemukan dalam 100 individu untuk 20 protein akan ditaksirkan
sebagai jumlah variasi dalam genom dari populasi.
Hal yang sulit adalah memperoleh rantai asam amino dari single protein karena akan
membutuhkan waktu beberapa bulan bahkan beberapa tahun untuk mengerjakannya. Oleh
karena itu, butuh kerja keras untuk specimen 2000 rantai protein dalam menaksirkan variasi
genetik bagi masing-masing populasi yang masih dipelajari. Untungnya, ada sebuah teknik
gel elektroforesis sehingga memungkinkan untuk mempelajari variasi protein dengan hanya
mengetahui investasi dari waktu dan ruang. Sejak tahun 1960, diperoleh taksiran untuk
variasi genetik pada suatu populasi alami untuk bebarapa organisme dengan menggunakan
gel elektroforesis.
Teknik elektroforesis menunjukkan genotip dari individu, misalnya berapa yang homozigot,
berapa yang heterozigot dan bagaimana untuk alelanya. Untuk memperoleh perkiraan
jumlah variasi dalam suatu populasi, kira-kira 20 lokus gen atau lebih biasanya dipelajari. Hal
ini diperlukan untuk meringkas informasi yang dibutuhkan untuk semua lokus dengan cara
yang simple yang akan mengekpresikan tingkat perbedaan dari populasi dan akan
dibandingkan dari satu populasi dengan populasi lainnya. Hal ini dapat diselesaikan dengan
berbagai cara tapi dua langkah dari variasi genetic yang umum digunakan: polimorfisme dan
heterozigositas.

Polimorfisme Dan Heterozigositas


Polimorfisme populasi merupakan ketidaktepatan kadar variasi genetik yang disebabkan
sedikitnya jumlah lokus polimorfik yang tidak sebanyak pada lokus lainnya. Pada lokus yang
tepat ada 2 alel dengan frekuensi 0,95 dan 0,05, terhadap variasi lokus lain dengan 20 alel
masing-masing frekuensinya 0,05, ternyata lebih banyak variasi genetic ada pada lokus yang
kedua daripada yang pertama sebelum dihitung di bawah kriteria polimorfisme 0,95.

Kadar yang lebih baik dari variasi genetic yang tidak berubah dan tepat adalah frekuensi
rata-rata individu yang heterozigot pada tiap lokus atau heterozigositas dari populasi. Hal ini
dihitung melalui frekuensi pertama yang dihasilkan dari individu heterozigot pada tiap
lokusnya dan diambil rata-rata frekuensi dari semua lokus. Kita kaji 4 lokus dari suatu
populasi dan diperoleh frekuensi heterozigot sebagai berikut: 0,25; 0,42; 0,09 dan 0. Maka
heterozigositas populasi berdasarkan 4 lokus tersebut yaitu (0,25+0,42+0,09+0)/4=0,19.
Maka dapat disimpulkan bahwa heterozigositas populasi adalah 19%. Perkiraan
heterozigositas harus valid dan harus berdasar pada sampel yang lebih dari 4 lokus dengan
prosedur yang sama. Jika beberapa populasi dari spesies yang sama diuji, maka yang
pertama dihitung adalah heterozigositas dari masing-masing populasi dan rata-ratanya.
Misalnya 4 populasi dengan hasil 0,19; 0,15; 0,15; 0,17 maka rata-rata heterozigositas
adalah 0,16.
Heterozigositas populasi merupakan kadar variasi genetik yang lebih dominan oleh sebagian
besar populasi secara genetik. Suatu kadar variasi yang baik jika diperkirakan dari dua alel
diambil secara acak dari populasi yang berbeda. Masing-masing gamet dari individu yang
berbeda membawa alel dari tiap lokus yang dapat dipertimbangkan sebagai sampel acak
dari populasi.
Jika kesulitan, dapat dihitung dengan menghitung heterozigositas harapan, yaitu dari
frekuensi alel pada individu dalam suatu populasi yang melakukan mating satu sama lain
secara acak. Contoh, pada suatu lokus ada 4 alel dengan frekuensi f1, f2, f3 dan f4, maka
frekuensi harapan dari 4 homozigot jika melakukan mating acak adalah f12, f22, f32 dan f42.
Heterozigositas pada lokus menjadi:
He= 1- (f12+ f22+ f32 + f42)
Contoh: f1= 0,05; f2= 0,30; f3= 0,10; f4= 0,10
Maka He= 1 (0,052 + 0,302 + 0,102 + 0,102) = 0,64

Perkiraan Variasi Secara Elektroforetik


Teknik elektroforesis pertama diterapkan untuk menaksir variasi genetik di populasi alami
pada tahun 1966. Ketika tiga studi dipublikasikan satu penelitian manusia dan 2 pada
Drosophilla. Banyak populasi dari organisme dapat diselidiki mulai saat itu, dan banyak lagi
dipelajari tiap tahun. Dua studi akan diulas disini.
Tabel 22.9 menunjukkan daftar 20 lokus variable dari 71 lokus sampel pada populasi dari
orang Eropa. Simbol digunakan untuk menunjukkan lokus, enzim dikode oleh lokus dan
frekuensi dari heterozigositas individu pada lokus diberikan untuk setiap 20 lokus variabel.
Heterozigositas dari populasi adalah jumlah dari penyusun heterozigositas pada 20 lokus
variabel dibagi dengan total dari lokus sampel = 4,73/71 = 0,067.

Tabel di bawah ini menggambarkan heterozigositas pada 20 variabel gen loci yang keluar
dari 71 loci sampel dalam populasi dari Eropa yang dihasilkan dengan elektroforesis.
Lokus gen

Enzim yang dikode

Heterozigositas

ACP1

Acid phosphatase

0,52

PGM1

Phosphoglucomutase-1

0,36

PGM2

Phosphoglucomutase-2

0,38

AK

Adenylate kinase

0,09

PEPA

Peptidase-A

0,37

PEPC

Peptidase-C

0,02

PEPD

Peptidase-D

0,02

ADA

Adenosine deaminase

0,11

PGD

Phosphogluconate dehydrogenase

0,05

ACP2

Alkaline phosphatase (placental)

0,53

AMY2

-amilase (prancreatic)

0,09

GPT

Glutamate-pyvurate transaminase

0,50

GOT

Glutamate-oxaloacetate transaminase

0,03

GALT

Galactose-1-phosphat uridyltransferase

0,11

ADH2

Alcohol dehydrogenase-2

0,07

ADH3

Alcohol dehydrogenase-3

0,48

PG

Pepsinogen

0,47

ACE

Acetylcholinesterase

0,23

ME

Malic enzyme

0,30

HK

Hexokinase (white-cell)

0,05

Rata-rata heterozigositas (termasuk 51 loci invarian)

0,067

Total 39 lokus gen yang mengkode enzim telah dipelajari dalam populasi ikan marin air
panas (Phillum pharanida) phacanopsis viridis dari Bodega Bay, California. Tabel di bawah
ini memberi symbol yang digunakan unt uk mewakili 27 lokus yang padanya tidak
ditemukan 2 alel. Tabel ini menunjukkan observasi dan menunjukkan heterozigositas
sebagaimana lokus yang polimorfik ketika kriteria polimorfisme pada frekuensi alel yang
paling umum tidak lebih besar dari 0,95. Dengan kriteria 28,2% dari 39 lokus yang dipelajari
adalah polimorfik. Bagaimanapun dengan menggunakan 0,99 kriteria polimorfisme 20 dari
39 lokus atau 51,2% adalah polimorfik. Heterozigositas yang diobservasi adalah 7,2%
berkemungkinan lebih sedikit dari pada heterozigositas 9,4%. Perbedaan ini mungkin terjadi
pada keakuratan dan fertilisasi sendiri karena P.viridis adalah hewan hermaprodit.
Tabel di bawah ini menggambarkan frekuensi alela pada 27 variabel loci dalam 120 individu
cacing lautPhoromopsis viridis. Angka digunakan untuk menunjukkan alela (1, 2, 3 dan
seterusnya) yang mengindikasikan peningkatan mobilitas dalam elektrik medium dari
protein yang dikode oleh beberapa alela.
Lokus
gen

Frekuensi alela
1

Acph1

0,095

0,005

Acph2

0,009

0,066

Adk-1

0,472

Est-2

Heterozigot
3

Yg
Diamati

Yg
Diharapkan

0,010

0,010

Tidak

0,005 0,024 0,160

0,217

Ya

0,528

0,224

0,496

Ya

0,008

0,992

0,017

0,017

Tidak

Est-3

0,076

0,924

0,151

0,140

Ya

Est-5

0,483

0,396

0,122

0,443

0,596

Ya

Est-6

0,010

0,979

0,012

0,025

0,041

Tidak

Est-7

0,010

0,990

0,021

0,021

Tidak

Fum

0,986

0,014

0,028

0,028

Tidak

Gpd

0,005

0,995

0,010

0,010

Tidak

G3pd1

0,040

0,915

0,011 0,006 0,159

0,161

Ya

0,882

0,017

0,014

0,011

Polimorfik
<1

G6pd

0,043

0,900

Hk-1

0,996

0,004

Hk-2

0,005

0,978

Idk

0,992

Lap-3

0,057

0,130

0,185

Ya

0,008

0,008

Tidak

0,043

0,043

Tidak

0,008

0,017

0,017

Tidak

0,038

0,962

0,077

0,074

Tidak

Lap-4

0,014

0,986

0,028

0,027

Tidak

Lap-5

0,004

0,551

0,326

0,542

0,576

Ya

Mdh

0,008

0,987

0,004

0,025

0,025

Tidak

Me-2

0,979

0,021

0,042

0,041

Tidak

Me-3

0,017

0,824

0,125

0,296

Ya

Odh-1

0,992

0,008

0,017

0,017

Tidak

Pgi

0,995

0,005

0,010

0,010

Tidak

Pgm-1

0,159

0,827

0,013

0,221

0,290

Ya

Pgm-3

0,038

0,874

0,071

0,185

0,229

Ya

Tpi-1

0,929

0,071

0,000

0,133

Ya

Tpi-2

0,008

0,004

0,076

0,074

Tidak

0,016

0,119

0,159

0,962

0,017

0,013

0,013

Rata-rata (termasuk 12 invarian loci)


Heterozigot
Polimorfisme

0,072 0,094
11/9=0,282

Tabel di atas juga menunjukkan frekuensi alel pada 27 lokus variabel. Jumlah alel per lokus
berkisar hanya 1 (pada 12 lokus varian) sampai 6 (pada lokus Acph-2 dan G3pd-10. Lokus
dengan jumlah alel yang lebih besar tidak selalu mempunyai heterozigositas yang lebih
besar. Sebagai contoh, observasi dan penelitian heterozigositas pada lokus Acph-2 adalah
masing-masing 0,16 dan 0,17 sedangkan pada lokus Adk-1 hanya mempunyai 2 alel dengan
heterozigositas 0,222 dan o,496.

Gambar di bawah ini menunjukkan distribusi heterozigot diantara 180 studi loci dalam 6
hubungan spesiesDrosophilla. Karakteristiknya, distribusi penyebarannya luas (jarak H dari O
sampai 0,6 s) dan semuanya tidak menyerupai distribusi normal.
Penelitian dengan elektroforesis mengindikasikan bahwa sekitar 20 gen loci sampel
biasanya cukup, perkiraan heterozigositas biasanya berubah sedikit pada jumlah gen loci
sampel yang lebih dari 20. Misalnya, nilai H = 0,072 yang diperoleh dari manusia yang
menggunakan 26 gen loci sampel. Ketika sampel total sampai 71 loci, maka perkiraan
menjadi H = 0,067.

Gambar 2. Distribusi heterozigisitas diantara 180 gen loci yang dipelajari melalui
elektroforesis dalam 6 spesies kelompok Drosophilla willistoni. Rata-rata heterozigositas
untuk 180 loci adalah 0.177.

Variasi Genetik pada Populasi Alami


Umumnya, inventebrata mempunyai lebih banyak variasi genetic dari pada
vertebrata. Pada kebanyakan manusia, dengan 6,7% keheterozigotannya dapat terdeteksi
dengan elektrophoresis. Jika diasumsikan terdapat 30000 lokus gen structural pada
manusia, keheterozigotannya seseorang menjadi 30000 x 0,067 = 2010 lokus. Individu
secara teoritis dapat menghasilkan 22010 = 10403
Penghitungan mengindikasikan bahwa dua gamet manusia adalah tidak sama atau
identik dan tidak ada dua individu manusia yang sekarang, telah ada sebelumnya atau ada di
waktu yang akan datang terlihat identik pada gen-gen.
Teknik elektroforesis telah membuat ini mungkin untuk memperkirakan variasi
genetic pada populasi alami. Ada dua hal untuk membuat perkiraan yang baik dari variasi
genetic:

a)

Bahwa sampel secara acak dari semua lokus gen dipelihara

b)

Bahwa semua alela terdeteksi pada setiap lokus

Beberapa metode digunakan untuk mendeteksi perbedaan muatan protein yang tidak
dikenali dengan teknik standart elektrophoresis. Salah satu metodenya adalah
elektrophoresis sekuen terdiri dari elektrophoresis dari sampel yang sama pada berbagai
kondisi. Metode lain adalah sampel jaringan atau enzim untuk temperatur yang tinggi.
Teknik lain adalah pemetaan protein atau sidik jari protein setelah mencerna tripsin atau
beberapa enzim lain yang menghidrolisis polipeptida ke sejumlah kecil peptide yang
disubjekkan ke dua kromatograpi dimensional atau kromatograpy pada satu dimensi dan
elektroporesis yang lain.
Berdasarkan pengamatan diperoleh ringkasan hasil yang didapatkan dengan elektroporesis
sekuan dan dua metode denaturasi. Rata-rata keheterozigotan adalah 0,04 dengan
elektrophoresis sekuen dan sekitar 0,08 dengan metode denaturasi atau meningkat pada
variasi jumlah 25%. Metode ini digunakan untuk membuka dan menutupnya variasi cryptic
ketika sampel lokus adalah 0,81 hingga 0,410 yang dilihat pada populasi Drosophila, ketika
sampel acak dari lokus yang diuji.
Jumlah variasi mutan yang dideteksi pada lokus adalah dari Drosophila
melanogaster dengan tiga metode yang berbeda. Pemetaan protein yang mendeteksi lebih
banyak variasi cryptic dari pada teknik yang lain. Jika kita mengasumsikan harga 20% untuk
mendeteksi perkiraan dari sejumlah variasi protein cryptic, kita dapat menghitung varisi
protein yang ditentukan secara genetic dalam populasi alami. Dengan standart
elektrophresis H=0,134 untuk invertebrate nc= 1/1 (1-0,134)=1,15 dan nc= 1,2x 1,15=1,38
dimana H=0,28. Untuk vertebrata nc=1,28 dan H=0,22 dan untuk tanaman nc= 1,37 dan
H=0,22 dan untuk tanaman nc=1,37 dan H=0,27. Rata-rata keheterozigotan menjadi
hampir dua kali untuk invertebrate dan tanaman serta tiga kali untuk vertebrata.

DNA Polymorphisme
Sebagian kecil dari semua perbedaan pada rangkaian DNA yang digambarkan dalam variasi
protein. Perbedaan antara codon synonymous tidak mengubah asam amino yang
dikodekan, dan 90% atau lebih dari DNA menjadi tidak diterjemahkan ke dalam protein.
DNA yang tidak diterjemahkan termasuk mencampuri antara rangkaian (intron-intron) dan
daerah pengkode (exon-exon) seperti rangkaian intergenik yang memisahkan satu gen dari
gen berikutnya. Kita mungkin bertanya berapa banyak variasi genetic (perbedaan pada
rangkaian DNA) yang ada melebihi yang mempengaruhi rangkaian asam amino dari protein
(meskipun banyak dari variasi DNA yang ditambahkan mungkin sedikit yang mempunyai
sifat adaptive yang signifikan dari variasi yang berasal dari rangkaian DNA yang

dimodifikasi). Batasan analisis endonuklease dan rangkaian DNA telah diungkap untuk
menyelidiki masalah ini.
Gambar 22.14 menunjukkan perbedaan antara 2 alela, berasal dari 2 kromosom homolog
dari sebuah individu tunggal dari gen ^ globin pda manusia. Ada 13 substitusi dari satu
nukleotida oleh yang lain dan 3 segmen dihapus pada slah satu dari alela (atau diinsersi
kedalam yang lain). Tidak ada substitusi yang terjadi didalam exons, hampir (9) dipusatkan
pada ujung 5 sepanjang intron. 2 delesi yang mesing-masing panjangnya 4 np (posisi 741744 dan 791-794 dari rangkaian); yang ketiga terdiri dari 18 pasang nukleotida yang
berdekatan (mulai pada posisi 1080).
Jiga gen ^ adalah tipe contohnya, ini kelihatan seperti tingkatan dari rangkaian DNA setiap
individu yang disilangkan akan menjadi heterozigot mendekati semua, jika tidak semua, loci
ini, jika rangkaian nonkoding ditulis dalam catatan. Pertanyaan dari kebutuhan
heterozigot menjadi diformulasikan pada akhir dari proporsi dari perbedaan nukleotida,
yang mungkin disebut heterozigot nukleotida atau keanekaragaman nukleotida. Mencoba
menjawab pertanyaan ini, kita menemui beberapa hal ambigu. Jika hanya substitusi yang
dipertimbangkan, heterozigosity nukleotida dari ^ adalah 13/1647 = 0.008. tetapi jika
delesi juga ditulis dalam catatan, berapa banyak yang dijumlahkan? Jika masing-masing
segmen yang dihapus dijumlahkan sebagai satu perbedaan yang tidak terikat (independen)
dari panjangnya, ada 3 tambahan perbedaan antara 2 alela dan heterozigositasnya adalah
16/1647 = 0.010; jika masing-masing nukleotida yang dihapus dijumlahkan sebagai satu
perbedaan, heterozygosity adalah 39/1647 = 0.024 (tabel 22.15).
Heterozigositas nukelotida pada gen yang lain untuk 2 alela yang tidak terikat telah
dirangkai pada tabel 22.15. 3 gen (Adh pada Drosophila, C pada tikus, dan ^ pada manusia)
mempunyai substitusi heterozigosity mendekati 1% atau beberapa lebih tinggi. Rangkaian
DNA dari Adh dan C termasuk hanya pada daerah koding, dan kemudian tidak ada delesi
yang diamati. Untuk gen insulin substitusi heterozigosity hanya 1.003, tetapi daerah sisi 5
berisi sebuah delesi/insersi dari 467 pasangan nukleotida yang berdekatan, yang didalamnya
sebuah rangkaian yang tinggi berulang.
Daerah konstan pada rantai berat dari immunoglobulin tikus terdiri dari 8 protein. Salah
satunya, 2a, diketahui berbeda secara luas dari satu strain tikus yang dikawinkan sesama
jenis dari yang lain. Gen IgG2a, mengkode untuk protein ini telah dirangkai dalam 2 strain.
Dari 1108 rangkaian basa , 111 (10%) berbeda. Hanya 18 (16.2 %) dari substitusi nukleotida
adalah diam; hasil yang lain asam amino berbeda pada 15% dari tempatnya. Ada alasan
yang mengira bahwa variasi yang diobservasi pada gen IgG2a tikus mungkin bukan menjadi
tipe dari loci yang structural. Gen immunoglobulin adalah sangat polymorphic; 2 alela
dirangkai datang dari 2 strain yang kawin sesama bangsa, disbanding dengan dari individu
yang kawin berbeda bangsa, 2 protein telah diketahui menjadi sangat berbeda sebelum DNA
dirangkai. Tentu saja frekuensi dari perbedaan asam amino antara produk 2 alela adalah
satu pesanan dari jarak terbesar daripada rata-rata diobservasi pada jenis lain dari protein.

Perkiraan dari heterozigosity nukleotida telah dihasilkan pada 4 spesies urchin laut oleh
denaturasi DNA diikuti dengan gabungan yang competitive (hibridisasi). Teknik ini tidak
tepat tetapi keuntungannya yaitu untuk menguji kadar logam pada genom komplit dari
suatu organisme. Akibat dari copy DNA tunggal disimpulkan pada tabel 22.16. Diperkirakan
frekuensi dari substitusi nukleotida sekitar 2-4%.
Setelah koreksi selama substitusi diam, 2-4% substitusi nukleotida pada terjemahan DNA
menghasilkan 5-9% perbedaan asam amino. Pada studi electrophoretic dari sistem enzim
pada S.intermedius telah memberikan sebuah perkiraan heterozigosity 0.18, yang sangat
tidak berbeda dari rata-rata nilai untuk invertebrate (lihat tabel 22.11). Jika kita
memperkirakan bahwa H= 0.18 kurang lebih koresponden untuk perbedaan asam amino per
5 protein, dan bahwa rata-rata panjang dari protein adalam 300 asam amino, data
electrophoretic harus direfleksikan jadi satu substitusi per 1500 asam amino. Nilai
heterozigosity dihasilkan dari data gabungan sekitar 100 kali lebih besar (5-9% substitusi
asam amino sekitar I dalam 15). Perbedaan mungkin pada bagian ketidakmampuan untuk
mendeteksi semua substitusi asam amino dengan electrophoresis. Tetapi itu kelihatan
seperti proporsi terluas dari keanekaragaman nukleotida diobservasi dengan gabungan yang
meliputi DNA yang tidak mengkode untuk asam amino. Pada banyak kasus, yang pantas
menerima peringatan tentang frekuensi dari heterozigosity nukleotida diobservasi dengan
hibridisasi DNA (2-4%) tidak sangat berbeda dari nilai 1-2% dihasilkan dengan merangkai
gen Adh, C , dan ^.
Kita bisa menyimpulkan, dengan cara dari sebuah perkiraan sementara sampai data lebih
tersedia, yang rata-rata heterozigositas nukleotida untuk gen structural dan rangkaian DNA
tunggal yang lain dari makhluk hidup eukariot sekitar 1 atau 2%.