Mikrobiologi Akuatik

Mikrobiologi Akuatic : suatu cabang ilmu ekologi (lingkungan), yang lebih fokus
mempelajari tentang hubungan-hubungan organisme terhadap
lingkungannya seperti tempat hidupnya dan anggota komunitas hidupnya.
Mikrobiologi Akuatik lebih terfokus untuk mempelajari tentang struktur dan
kehidupan mikroorganisme didalam perairan, dan peranannya didalam
siklus nutrien/elemen didalam perairan dan sedimen. Hal ini termasuk juga
hubungan-hubungan antara mikroorganisme dengan tumbuhan dan hewan
perairan, bentuk dan perilaku daratan didalam lingkungan perairan.

Batasan yang dipelajari dalam ilmu MBA adalah semua biota yang mikroscopik
dari hewan dan tumbuhan yang disebut mikroorganisme diantaranya terdiri
dari bakteria, fungi/cendawan/jamur, algae satu sel/blue green algae,
protozoa dan metazoa, rotatoria/rotifer, dan serupa dengan organisme
(virus, plasmid/potongan DNA dan RNA).
MBA membatasi hanya mempelajari sebagian besar bakteria, dan sebagian
kecil jamur, virus dan blue green algae.

Mikroorganisme

Mikroorganisme perairan memainkan peran yang dominan didalam

kehidupan didalam perairan.

Mikroorganisme (bakteria dan jamur) mempunyai kemampuan

untuk menghancurkan bentuk bahan-bahan organik didalam
perairan dan tanah dasar perairan dan dengan secara cepat
merubahnya menjadi bahan-bahan an-organik dalam bentuk
nutrien yang pada siklus bahan disebut terjadinya bentuk organik
baru dalam bentuk hidup (tumbuhan hijau dalam air/produksi
primer)

Mikroorganisme perairan mempunyai peran produksi primer, siklus

nutrien, sebagai cyanobacteria dapat menfiksasi nitrogen, dan
dapat membentu koloni yang ekstrem dalam bagian-bagian
perairan.

Mikroorganisme perairan memberikan gambaran bahwa seorang

mikrobiologist perairan harus memahami dan menguasai ilmu-ilmu
seperti yang dipelajari didalam Limnologi dan Oceanografi. Selain
itu juga biologi, ekologi, geologist, chemist, biochemist, botanist,
dan zoologist

 Mikroorganisme hidup pada wilayah

a. Air dalam tanah
b. Air Permukaan tanah
1. Embung atau Spring dan sungai
2. Danau dan Waduk
3. Air Laut
Komponen ion dan kation penyusun air di
masing-masing daerah perairan.
Fresh water
Brackish water
Sea water

HUBUNGAN DENGAN DISIPLIN ILMU LAINNYA

1. Mikrobiologi aquatik adalah cabang ilmu ekologi

2. Berhubungan dengan ilmu limnlogi dan oceanografi

3. Sebagai cabang ilmu ekologi maka MBA bersifat tak
bebas terhadap keterkaitan secara tertutup dgn
cabang-cabang ilmu lain didalam ilmu-ilmu perairan
4. Seorang ahli MBA terkait dengan keahlihan lainya
seperti ahli kimia, botani, zoologi, geologi, teknik,
limnologi, oceanografi, akuakultur, serta konservasi
lingkungan

Prospek pemanfaatan pengetahuan MBA

1. Sebagai ilmu dasar untuk mempelajari penyakit yang
disebabkan oleh mikroba
misalnya, penyakit bakterial. Viral, dan jamur.
2. Sebagai pemanfaatan sifat-sifat dasar dari
mikroorganisme pada bidang perikanan budidaya
3. Sebagai material probiotik dan biokontrol
4. Sebagai material untuk pengelolaan limbah maupun
pencucian air
5. Sebagai material untuk peningkatan nilai ekonomi dari
suatu produk, khususnya berkaitan dgn pengelolaan air

Air sebagai Biotop untuk Mikroorganisme

Sebagian besar yang terakumulasi didalam air adalah sesuatu yang berada
dibawah dan dipermukaan tanah, seperti digambarkan pada perairan danau,
sungai, dan laut dimana mikroorganisme dapat hidup didalamnya.

Ahli geografi membagi 3 wilayah distribusi mikroorganisme perairan, yakni

perairan dalam, perairan permukaan, dan diantaranya seperti perairan
pantai, sungai, danau, dan laut. Semua itu merupakan habitat terbesar dari
mikroorganisme perairan, karena mereka dapat hidup masing-masing
kondisi lingkungannya

Pada air dalam tanah, walau miskin mikroorganisme tetapi dapat

membentuk koloni yang dapat memberikan peran terhadap mikroorganisme,
tumbuhan dan hewan tingkat tinggi, sebagian terbatas kehidupannya.
Demikian juga terjadi di tempat yang lingkungannya mendukung akan
emberikan tingkat diversity/keragaman dan density/kelimpahan jenis dan
species yang sangat tinggi. Pengetahuan tentang perairan adalah suatu
bentuk tempat hidup dan kehidupan mikroorganisme inilah maka
pengetahuan tentang mikroorganisme di suatu perairan memberikan peran
untuk mengetahui Mikrobiologi akuatik. Dengan kata lain bahwa air
merupakan biotop bagi ikrobiologi akuatik.

Ciri-Ciri Prokaryotik Bakteria

Morfologi selnya tdk begitu jelas utk dibedakan, hanya bentuk spiral
dan silindris yg representatif bisa dibedakan.
Tidak mempunyai inti sel yg diselaputi oleh membran.
DNA-nya dibentuk seperti lingkaran didalam sitoplasma.
Tidak mempunyai organella
Ribosomanya sangat kecil
Secara fisiologis sangat cepat pertumbuhannya (mengikuti deret
ukur) dan keragamannya berbeda-beda.
Sebagian jenis dapat hidup tanpa oksigen dengan menggunakan
energi dari proses fermentasi dan respirasi dengan kondisi
anaerobic.
Sebagian dapat melakukan proses fotosintesa dengan chlorophyll a

KLASIFIKASI BAKTERI AKUATIK

ARCHAEBACTERIA
EUBACTERIA
Archaebacteria :
Aerobic Bacteria :

-Halophilic bacteria dan Thermoacidophilic bacteria

(Halobacterium, Haloccocus, Sulfolobus,Thermoplasma)

Anaerobic Bacteria :
-Methanobacteria
(Methanobacterium, Methanoccocus, Methanosarcina)

EUBACTERIA

AUTOTROPHIC BACTERIA
HETEROTROPHIC BACTERIA
BACTERIA DENGAN STRUKTUR YG KOMPLEK
(Bacteria with complicated structures)

Autotrophic bacteria :
1. Phototrophic / Photolitotrophic
Purple bacteria; -Chromatiaceae yang bersifat
anaerobic, dan donor ion H dari H2S (Chromatium,
Thiocapsa, Thiodiction, Thiopedia, dan
Ectothiorodospira)
-Rhodospirillaceae yg bersifat microaerophilic, donor
ion H dari organik komplek (Rhodospirillium,
Rhodomicrobium
Green Bacteria (Chlorobacteria) : Chlorobiaceae yg
bersifat anaerobik, donor H dari H2S (Chlorobium,
Prosthecocloris, Pelodyction, Chloroflexus)

Lajutan..
2. Chemoautotrophic (Chemolitotrophic)
-Bakteri yang merubah/berfungsi didalam siklus
Nitrogen (Nitrosomonas, Nitrosoccocus,
Nitrobacter, Nitrococcus, dan Nitrospira)
-Bakteri yg mengoksidasi sulfur (Thiobacillus,
Thiospira, dan Achromatium).
-Bakteri yg mengoksidasi Fe dan Mg
(Ferrobacillus, Siderocapsa)
-Bakteri yg mengoksidasi methan
(Methyllococcus, Methyllomonas)

BAKTERI HETEROTROPHIC
Gram Negatif
Aerobic

: Bentuk Coccus dan Rod

Pseudomonas,
Zoogloea,
Flavobacterium,
Alcaligenus,
Azotobacter.
Bentuk Sel Kurve, tanpa gerakan/motil atau
sedikit motil
Brachyarcus,
Microcyclus.
Bentuk Sel Kurve/spiral dengan gerakan/motil
Spirillum,
Bdellovibrio.
Fakultatif Anaerobic :

Lanjutan
Bentuk Rod (Enterobacteriaceae)
Echerichia,
Serratia,
Bentuk Rod (Vibrionaceae)
Aeromonas,
Photobacterium,
Vibrio.
Bakteri Anaerobic :
Bentuk Coccus, Rod, Kurve, dan Spiral yang
bersifat fermentatif
Bacteriodes
Bakteri yang menggunakan energinya dari sulfat atau bakteri
mereduksi sulfur.
Desulfovibrio

 Gram positiv:
Bentuk Coccus (Micrococcus)
Bentuk Rod (Lactobacillus)
Bentuk Rod dan Coccus tetapi membentuk
Formasi Spora (yang bersifat aerobic :
Bacillus, dan yang bersifat anaerobic
Clostridium)
Bentuk yang kadang Rod tetapi tidak
membentuk formasi spora (Corynebacterium
dan Arthrobacter)
Mycobacteria (Mycobacterium)

Bacteria dengan Struktur Sel yang Komplek

Actinomycetes, Mempunyai mycelium, dan formasi spora.
Nocardia, Rhodococcus, Actinoplanes, Streptomyces
Budding bacteria
Caulobacter, Gallionella,
Hyphomicrobium, Methallogenium,
Nevskia.
Sheathed Bacteria, filament bacteria.
Sphaerotilus, Leptothrix, Crenothrix
Gliding Bacteria, pada subtrat padat/semi padat
Beggiatoa, Thioploca, Cytophaga, Sporocytophaga,
Flexibacter, Flexithrix, Leucothrix, Thiothrix.
Gliding Bacteria, dengan tubuh menyerupai buah
Mycobacteria (Myxococcus, Archangium)

Uji Pengecatan Gram

Alat :
1.

Slide (Gelas Benda)

2.
3.
4.

Lampu Spiritus
Jarum Ose
Diamond Tips

Bahan :
1.

Biakan Murni Bakteri

2.
3.

Larutan Gram A, Gram B, Gram C dan Gram D

Aquades Steril

 Cara Kerja :
1.

2.
3.
4.

5.
6.
7.
8.

Slide yang sudah direndam dalam alkohol 95 % dibersihkan,

kemudian diberi label dengan menggunakan diamond tips.
Label mencakup nama/kode biakan, tanggal dan keterangan
lain.
Slide dilewatkan di atas nyala api 3x
Panaskan jarum ose, ambil aquadest steril dengan ose
tersebut, untuk setiap koloni dipersiapkan satu slide
Dengan jarum ose, ambil biakan bakteri dan oleskan ke slide
yang telah diberi aquadest steril, ratakan hingga terbentuk film
yang tipis
Kering anginkan selama 5 menit
Tuangkan cristal violet (Gram A), diamkan selama 1 menit
Cuci dengan air ledeng, kemudian kering anginkan
Tuangkan Grams iodin (Gram B), diamkan selama 1 menit

9.

Cuci dengan air mengalir dan kering anginkan

10. Cuci dengan alkohol 95 % (Gram C)

11. Cuci dengan air ledeng (air mengalir) dan kering anginkan
12. Lakukan counter strain dengan safranin 1% (Gram D) selama
20 detik

13. Cuci dengan air ledeng dan kering anginkan

14. Amati di bawah mikroskop, meliputi warna dan bentuk bakteri
Jika warna bakteri kelihatan Merah berarti bakteri bersifat
Gram Negatif karena sel bakteri tidak menyerap cat utama
(Grams iodin dengan kuat sehingga terbilas dengan alkohol
dan terwarnai dengan cat pelawan ; dan Jika warna bakteri
Ungu atau Biru berarti bakteri bersifat Gram Positif

Uji Oksidasi-Fermntasi (O/F)

Alat :
1. Tabung Reaksi
2. Jarum Tanam Tajam
3. Lampu Spiritus
4. Diamond Tips
Bahan :
1. Medium OF (Oksidasi-Fermentasi) Agar
2. Minyak Parafin
3. Air Laut Steril
4. Alkohol 95 %
5. Biakan Murni Bakteri

Cara kerja :
1. Inokulasikan biakan murni bakteri secara stab ke dalam medium OF
Agar, masing-masing 2 (dua) tabung
2. Biarkan dua tabung medium OF Agar tidak diinokulasi sebagai
kontrol
3. Tandailah setiap tabung dengan nama medium, nama bakteri yang
diinokulasikan, tanggal dan identitas diri
4. Kedalam satu tabung medium OF Agar yang masing-masing telah
diinokulasi dengan biakan murni bakteri, dituangkan minyak parafin
steril ke atas permukaan medium sampai ketebalan 2 cm di atas
permukaan agar.
5. Biarkan satu seri perlakuan tetap tanpa minyak parafin
6. Inkubasi tabung-tabung tersebut selama 48 jam, pada suhu kamar
7. Amati terjadinya perubahan warna medium akibat reaksi
pemecahan bakteri, bandingkan dengan kontrol. Perubahan warna
pada medium yang ditutup parafin menunjukkan terjadinya reaksi
fermentasi, sedangkan perubahan warna medium yang terbuka
menunjukkan reaksi oksidasi.

Hasil :
a. Fermentatif (F):
jika kedua tabung, baik terbuka (tanpa minyak paraffin)
maupun yang tertutup (dengan minyak paraffin)
berwarna Kuning
b. Oksidatif (O):
jika tabung terbuka Kuning, tabung tertutup berwarna
Hijau atau Biru
c. Alkaline (Alk) :
jika tabung terbuka Biru bagian atas; tabung tertutup
Hijau
d. Tanpa reaksi (NR):
jika kedua tabung berwarna Hijau, tetapi
perkembangan lambat
e. Tidak tumbuh (NG):tidak terdapat pertumbuhan

Uji Motility
Alat :
1. Slide (Gelas Benda)
2. Tissu
3. Jarum Ose
4. Lampu Spiritus
5. Mikroskop
Bahan :
1. Aquades Steril
2. Alkohol 95 %
3. Biakan Murni Bakteri

Cara kerja :
1. Slide dicuci bersih kemaudian dilap pakai tissu sampai
kering
2. Slide direndam dalam alkohol 95 % beberapa menit
3. Diambil dengan pinset dan dibakar diatas nyala api
bunsen sampai kering dan diletakkan diatas kertas HVS
bersih
4. Diambil 1 (satu) tetes aquades steril dengan pipet,
kemudian dengan jarum ose diambil bakteri dari
koloni/larutan pada biakan murni.
5. Diambil sampel bakteri dengan jarum ose, lalu diamati
dibawah mikroskop apakah ada bakteri yang bergerak
atau tidak bergerak.

Uji NaCl
Alat :
1. Tabung Reaksi
2. Tissue
3. Jarum Ose
4. Lampu Spiritus

Bahan :
1. KCl (0,15 gram)
2. MgSO4 (1,4 gram)
3. NaCl (1 %, 3 % dan 5 %)
4. Aquades Steril
5. Alkohol 95 %
6. Biakan Murni Bakteri

Cara kerja :
1. Disediakan tempat yang telah disterilkan dan bahan yang akan
digunakan.
2. Bahan KCl 0,15 gram, MgSO4 1,4 gram, NaCl ditimbang sesuai
kebutuhan dengan ketentuan 1 %, 3 % dan 5 % dalam 100 ml
akuades
3. Semua bahan KCl, MgSO4 dan NaCl dilarutkan ke dalam akuades
4. Ditempatkan ke dalam tabung yang ditutup alumunium foil lalu
sterilisasi dalam autoclave pada suhu 121 oC tekanan 1 atm selama
15 menit.
5. Media didinginkan dalam suhu ruang, setelah dingin inokulasikan
biakan murni bakteri ke dalam tabung
6. Inkubasi tabung-tabung tersebut selama 48 jam, pada suhu kamar
7. Amati terjadinya perubahan kekeruhan cairan, jika terjadi kekeruhan
pada cairan maka reaksi (+) sedangkan jika tidak terjadi kekeruhan
pada cairan maka reaksi (-)

Uji Aerobik/Anaerobik/Fakultatif
Alat :
1. Tabung Reaksi
2. Jarum Ose
3. Lampu Spiritus
Bahan :
1. Medium Nutrien Agar Miring
2. Biakan Murni Bakteri
Cara kerja :
1. Cairkan medium agar dalam penangan air, dinginkan sampai
suhunya mencapai 40 oC
2. Ambil biakan bakteri dengan cara membuaka cawan petri dengan
tangan kiri dan cawan petri agak dimiringkan. Semua pekerjaan
dilakukan secara aseptis di atas nyala api spiritus, ini untuk
mengurangi adanya kontaminasi
3. Ambil inokulum dengan jarum ose. Panaskan mulut cawan petri dan
tutup kembali cawan petri tersebut.

4. Ambil medium agar miring yang akan diinokulasi, lepas

tutup karetnya dan goreskan ujung ose yang sudah
mengandung biakan mikroba pada medium miring
tersebut. Panaskan kembali mulut tabung dan karet
ditutupkan kembali.
5. Pijarkan lebih dahulu jarum ose sebelum diletakkan.
6. Tabung biakan diberi etiket dengan balpoin. Tuliskan
nama bakteri dan tanggal inokulasi.
7. Inkubasi biakan bakteri pada suhu suhu ruangan untuk
mikroba aerob.
8. Inkubasi biakan bakteri dengan memasukkannya ke
dalam anaerobik jar atau inkubator anaerob dimana
didalamnya telah terdapat gas genering kit, anaeobik
indikator dan penyerap udara.
9. Amati pertumbuhan biakan bakteri yang terjadi

Uji Katalase
Alat :
1. Slide (Gelas Benda)
2. Jarum Ose
3. Lampu Spiritus
Bahan :
1. Biakan Murni Bakteri
2. Larutan H2O2 3 %
Cara kerja :
1. Bersihkan gelas obyek, teteskan beberapa tetes larutan H2O2 3 %
diatas gelas obyek
2. Ambil sedikit biakan murni bakteri dengan jarum ose, letakkan di
dalam tetesan H2O2 3 % dan campurkan secara hati-hati.
3. Lakukan hal yang sama untuk mikroba yang lain
4. Amati munculnya gelembung-gelembung O2 di dalam tetesan H2O2
3%

Uji Oksidase
Alat :
1. Oksidase Stick
2. Lampu Spiritus
Bahan :
1. Biakan Murni Bakteri
Cara kerja :
1. Ambil sedikit kultur bakteri dan goreskan pada ujung
(bagian kertas) oxidase stick
2. Tunggu beberapa saat, amati perubahan warna yang
terjadi
3. Warna ungu atau merah jambu menunjukkan reaksi
positif. Reaksi negatif ditunjukkan dengan tidak
munculnya perubahan warna.