METABOLISME

Aktivitas seluler, seperti tumbuh (grow

and reproduce), gerak (move or
change shape) dan transport ion
secara aktif melalui membran plasma
memerlukan energi

In cpt (CO2 + H2O)

Hukum termodinamika I
Jumlah energi di dunia ini konstan,
artinya bahwa energi tidak dapat
diciptakan atau pun dimusnahkan.
Energi hanya dapat diubah dari satu
bentuk ke bentuk energi yang lain.
Jumlah total energi dalam suatu
sistem dan lingkungan sekitarnya
tetap/konstan,
karena
perubahan
energi berlangsung secara konstan
pula.

Cellular resp. in
mitochondria

ATP powers most

cellular works

Fermentation is a partial
degradation of sugar that
occurs without the help of
oxygen

Waste product of respirations CO2 and H2O are the very substances that chloroplasts use as raw materials for
photosynthesis, thus the chemical elements essentials to life are recycled but energy is not. It flows into an
ecosystem as sunlight and leaves as heat

Perubahan/transformasi energi di dalam tubuh

mahluk hidup
Berbagai reaksi kimia berlangsung di dalam sel dan jaringan tubuh
organisma hidup agar dapat tetap hidup
1. Perakitan molekul sederhana
kompleks

menjadi

molekul

yang lebih

(i) untuk membentuk struktur serta menjalankan fungsi sel

(ii) disekresikan dari sel-sel khusus untuk digunakan oleh bagian
lain dari tubuh mahluk hidup.
2. Energi potensial (ikatan kimia : karbohidrat dan lipida)
energi kimia (ATP) energi kinetik (mis. untuk menggerakkan
otot)
Energi ini dihasilkan dari proses oksidasi selama respirasi

Metabolisme : untuk homeostasis

Anabolisme

i. proses asimilasi/ penyusunan/ pembentukan molekul yang

lebih kompleks dari molekul yang sederhana
ii. Proses anabolisme seringkali memerlukan energi
reaksi endergonik.

Contoh-contoh:

sintesis protein dari asam amino,

karbohidrat dari gula dan
lemak dari asam lemak dan gliserol
Homeostasis: the steady-state physiological condition of the body

Katabolisme
i.

proses pemecahan atau penguraian molekul yang

kompleks menjadi molekul yang lebih sederhana

ii. respirasi sel merupakan proses katabolisme, pada

proses ini akan dihasilkan energi yang disimpan
dalam suatu ikatan kimia (reaksi eksergonik).

Stadium I, protein, karbohidrat

dan polisakarida dipecah menjadi
molekul pembangun
Molekul Pembangun
Stadium II, seluruh molekul
pembangun terdegradasi menjadi
hasil yang umum, yaitu kelompok
asetil dari asetil Ko-A

Hasil umum dari proses

degradasi/ penguraian
Stadium III, katabolisme
bergabung melalui siklus asam
sitrat (TCA) menghasilkan H2O,
CO2 dan amonia

Hasil akhir molekul

sederhana

Anabolisme dan katabolisme selalu berkaitan,

energi yang dihasilkan dari reaksi katabolisme akan digunakan
kembali pada saat terjadi penyusunan molekul baru.
Energi yang digunakan dalam metabolisme adalah energi kimia,
terutama ATP.

Jalur Metabolisme
Berbagai reaksi metabolisme terjadi melalui suatu jalur yang berupa
seri reaksi kimia
Manfaat jalur metabolisme digunakan untuk membangun molekul
kompleks atau aktivitas metabolik yang kompleks, menguraikan
molekul kompleks tersebut.

Jalur metabolisme dapat berlangsung secara linier, bercabang atau

membentuk suatu siklus.

Enzim
Reaksi kimia yang spontan dapat terjadi dengan sangat lambat
i.e. hidrolisis sukrosa (table sugar) menjadi glukosa dan fruktosa
Dalam air steril reaksi akan terjadi selama bertahun-tahun pada
temperatur kamar.
Tapi jika kita tambahkan sedikit saja sukrase, sukrosa akan
terhidrolisa dalam hitungan detik
Bagaimana enzim dapat melakukan hal itu?
Katalis : a chemical agent that changes the rate of a reaction
without being consumed by the reaction
Di dalam tubuh mahluk hidup, metabolisme dibantu oleh adanya
biokatalis, yang dinamakan enzim

Mempercepat terjadinya suatu reaksi dengan menurunkan energi aktivasi

Masing-masing enzim memiliki struktur yang unik berkaitan dengan fungsinya
Struktur enzim yang spesifik ini sesuai dengan struktur molekul
pereaksi/substratnya enzymes are substrate specific

Pada suatu reaksi yang dikatalisis oleh enzim

Substrat akan berikatan dengan sisi aktif dari enzim (active site)
membentuk kompleks sementara yang dinamakan kompleks enzim
substrat
Saat dihasilkan produk, enzim kemudian akan dibebaskan kembali tanpa
mengubah struktur awalnya
Oleh sebab itu, enzim dapat digunakan berulang kali untuk mengkatalis
reaksi kimia berikutnya karena struktur serta fungsinya tidak berubah.

Pengaruh faktor lingkungan (fisika dan kimia) sel pada

aktivitas enzim
Suhu dan pH
ko-faktor (non protein helpers)
(i) Inorganik: misalnya ion logam seng (Zn), tembaga (Cu)
dan besi (Fe)
(ii) Organik molekul : disebut juga ko-enzim
Kebanyakan vitamin yang kita kenal berfungsi sebagai
koenzim atau bahan dasar koenzim
Cofactor may be bound tightly to the active site as permanent
residents or they may bind loosely and reversibly along with
the substrate
Cofactor functions in various ways but in all cases they are
necessary for catalysis to take place

Enzyme inhibitors
i. Competitive inhibitors
reduce the productivity of enzymes by blocking
substrates
from entering active sites
ii. Noncompetitive inhibitors
do not directly compete with the substrate at the active
site

They binding to another part of enzyme molecule change its

shape
and so
- the active site unreceptive to substrate or
- leaving the enzyme less effective at catalyzing the
conversion
of substrate to product

Autotrofi
Tumbuhan hijau, alga, dan beberapa bakteri dikategorikan sebagai
organisme yang autotrof
Menggunakan energi matahari untuk merakit prekursor anorganik,
terutama CO2 dan H2O, untuk membentuk makromolekul organik
(proses fotosintesis)

Heterotrofi
Organisme heterotrof mendapatkan energi dari penguraian molekul
yang ada di sekitarnya (dalam bentuk makanan), yang berasal dari
organisme autotrof.
Penguraian molekul organik terjadi pada proses katabolisme (respirasi)
untuk membentuk ATP
ATP dibutuhkan untuk sintesis makromolekul yang dibuatnya dalam proses
anabolisme

INTRODUCTION TO CELLULAR
RESPIRATION
Nearly all the cells in our body break down sugars
for ATP production
Most cells of most organisms harvest energy
aerobically, like slow muscle fibers
The aerobic harvesting of energy from sugar is
called cellular respiration
Cellular respiration yields CO2, H2O, and a large
amount of ATP

Respiration
Respiration banks energy in ATP molecules

Cellular respiration breaks down glucose molecules and

banks their energy in ATP
The process uses O2 and releases CO2 and H2O
ATP powers almost all cell and activities

Glucose

Oxygen gas

Carbon
dioxide

Water

Energy

Cells tap energy from electrons transferred

from organic fuels to oxygen
BASIC MECHANISMS OF ENERGY RELEASE
AND STORAGE

Glucose gives up energy as it is oxidized

Loss of hydrogen atoms

Energy
Glucose
Gain of hydrogen atoms

Hydrogen carriers such as NAD+ shuttle

electrons in redox reactions
Enzymes remove electrons from glucose
molecules and transfer them to a coenzyme
OXIDATION
Dehydrogenase
and NAD+

REDUCTION

Redox reactions release energy when electrons

fall from a hydrogen carrier to oxygen
NADH delivers electrons to a series of electron carriers
in an electron transport chain
As electrons move from carrier to carrier, their
energy is released in small quantities

Electron flow
Figure 6.6

 In an explosion, 02 is reduced in one step

Energy released as
heat and light

Figure 6.6B

Two mechanisms generate ATP

1. Cells use the energy
released by falling
electrons to pump H+
ions across a
membrane

High H+
concentration
ATP synthase
uses gradient
energy to
make ATP

Membrane

The energy of the

gradient is
harnessed to make
ATP by the process
of chemiosmosis

Electron
transport
chain

Energy from

ATP
synthase

Low H+
concentration

2. ATP can also be made

by transferring
phosphate groups from
organic molecules to
ADP

Enzyme

Adenosine

This process
is called
substrate-level
phosphorylation

Organic molecule
(substrate)

Adenosine

New organic molecule

(product)

Figure 6.7B

Krebs cycle
= citric acid cycle
coz citric acid is
important
intermediate
= tricarboxylic
acid (TCA) cycle
coz citric acid
and isocitric acid
have 3 carboxyl
groups

STAGES OF CELLULAR RESPIRATION

AND FERMENTATION
Overview:
Respiration occurs in three main stages
Cellular respiration oxidizes sugar and produces ATP in
three main stages
Glycolysis occurs in the cytoplasm
The Krebs cycle and
the electron transport chain occur in the
mitochondria

An overview of cellular respiration

High-energy electrons
carried by NADH

GLYCOLYSIS
Glucose

Cytoplasmic
fluid

Figure 6.8

Pyruvic
acid

KREBS
CYCLE

ELECTRON
TRANSPORT CHAIN
AND CHEMIOSMOSIS

Mitochondrion

Glycolysis harvests chemical energy by

oxidizing glucose to pyruvic acid

Glucose

Pyruvic
acid

Details of
glycolysis

Steps 1 3 A fuel
molecule is energized,
using ATP.

Glucose
Step

PREPARATORY
PHASE
(energy investment)

Glucose-6-phosphate
2

Fructose-6-phosphate
3

Fructose-1,6-diphosphate

Step
A six-carbon
intermediate splits into
two three-carbon
intermediates.

Glyceraldehyde-3-phosphate
(G3P)
ENERGY PAYOFF
PHASE

Step 5 A redox
reaction generates
NADH.
6

Steps 6 9 ATP
and pyruvic acid
are produced.

1,3-Diphosphoglyceric acid
(2 molecules)

3-Phosphoglyceric acid
(2 molecules)

2-Phosphoglyceric acid
(2 molecules)

2-Phosphoglyceric acid
(2 molecules)
9

Pyruvic acid
(2 molecules
per glucose molecule)

6.10 Pyruvic acid is chemically

groomed for the Krebs cycle
Each pyruvic acid molecule is broken down to
form CO2 and a two-carbon acetyl group, which
enters the Krebs cycle

Pyruvic
acid

Acetyl CoA
(acetyl coenzyme A)

CO2
Figure 6.10

oxidation of organic fuel,

generating many NADH and
The Krebs cycleFADH2 molecules
Acetyl CoA

is a series of
reactions in
which enzymes
strip away
electrons and
H+ from each
acetyl group

KREBS
CYCLE

Figure 6.11A

2
CO2

2 carbons enter cycle

Oxaloacetic
acid

Citric acid
CO2 leaves cycle

5
KREBS
CYCLE

Malic
acid

4
Alpha-ketoglutaric acid

3
CO2 leaves cycle
Succinic
acid

Step 1
Acetyl CoA stokes
the furnace
Figure 6.11B

Steps 2 and 3
NADH, ATP, and CO2 are generated
during redox reactions.

Steps 4 and 5
Redox reactions generate FADH2
and NADH.

6.12 Chemiosmosis powers most

ATP production
The electrons from NADH and FADH2 travel
down the electron transport chain to oxygen
Energy released by the electrons is used to
pump H+ into the space between the
mitochondrial membranes
In chemiosmosis, the H+ ions diffuse back
through the inner membrane through ATP
synthase complexes, which capture the energy
to make ATP

 Chemiosmosis in the mitochondrion

Protein
complex
Intermembrane
space

Electron
carrier

Inner
mitochondrial
membrane
Electron
flow
Mitochondrial
matrix

ELECTRON TRANSPORT CHAIN

Figure 6.12

ATP SYNTHASE

6.13 Connection: Certain poisons

interrupt critical events in
cellular respiration
Rotenone

Cyanide,
carbon monoxide

ELECTRON TRANSPORT CHAIN

Figure 6.13

Oligomycin

ATP SYNTHASE

6.14 Review: Each molecule of

glucose yields many molecules of
ATPthat enters cellular
For each glucose molecule
respiration, chemiosmosis produces up to 38
ATP molecules
Cytoplasmic
fluid

Mitochondrion

Electron shuttle
across
membranes

GLYCOLYSIS
2
Glucose
Pyruvic
acid

by substrate-level
phosphorylation

2
Acetyl
CoA

used for shuttling electrons

from NADH made in glycolysis

KREBS
CYCLE

by substrate-level
phosphorylation

KREBS
CYCLE
ELECTRON
TRANSPORT CHAIN
AND CHEMIOSMOSIS

by chemiosmotic
phosphorylation

Maximum per glucose:

Figure 6.14

6.15 Fermentation is an anaerobic

alternative to aerobic respiration
Under anaerobic conditions, many kinds of cells
can use glycolysis alone to produce small
amounts of ATP
But a cell must have a way of replenishing NAD+

 In alcoholic fermentation, pyruvic acid is

converted to CO2 and ethanol

This recycles NAD+ to keep glycolysis working

released
GLYCOLYSIS

Glucose
Figure 6.15A

2 Pyruvic
acid

2 Ethanol

Figure 6.15C

 In lactic acid fermentation, pyruvic acid is

converted to lactic acid
As in alcoholic fermentation, NAD+ is recycled

Lactic acid fermentation is used to make

cheese and yogurt

GLYCOLYSIS

Glucose
Figure 6.15B

2 Pyruvic
acid

2 Lactic acid

INTERCONNECTIONS BETWEEN
MOLECULAR BREAKDOWN AND
SYNTHESIS
Cells use many kinds of organic molecules as fuel
for cellular respiration
Polysaccharides can be hydrolyzed to
monosaccharides and then converted to
glucose for glycolysis
Proteins can be digested to amino acids,
which are chemically altered and then used in
the Krebs cycle
Fats are broken up and fed into glycolysis and
the Krebs cycle

Pathways of molecular breakdown

Food, such as
peanuts

Polysaccharides

Fats

Proteins

Sugars

Glycerol Fatty acids

Amino acids
Amino
groups

Glucose

G3P
GLYCOLYSIS

Pyruvic
acid

Acetyl
CoA

KREBS
CYCLE

ELECTRON
TRANSPORT CHAIN
AND CHEMIOSMOSIS

Food molecules provide raw materials for

biosynthesis
In addition to energy, cells need raw materials for
growth and repair
Some are obtained directly from food
Others are made from intermediates in glycolysis
and the Krebs cycle
Biosynthesis consumes ATP

 Biosynthesis of macromolecules from

intermediates in cellular respiration
ATP needed to
drive biosynthesis

KREBS
CYCLE

GLUCOSE SYNTHESIS

Acetyl
CoA

Pyruvic
acid

G3P

Glucose

Amino
groups
Amino acids

Fatty acids Glycerol

Sugars

Proteins

Fats

Polyscaccharides

Cells, tissues, organisms

The fuel for respiration ultimately comes

from photosynthesis
All organisms have the ability
to harvest energy from
organic molecules
Plants, but not animals,
can also make these
molecules from inorganic
sources by the process of
photosynthesis

Mitokondria

organel yang termasuk ke

dalam sistem membran

tersebar pada sitosol

organisme eukariot.

Struktur Mitokondria

1.

Membran luar

Fungsi utama :
pengubahan energi potensial
(dalam bentuk makanan) menjadi
ATP

mengelilingi struktur mitokondria secara

keseluruhan
memiliki protein integral pada membran,
yang membentuk saluran untuk memfasilitasi
berbagai macam molekul keluar masuk
mitokondria

2. Membran dalam

mengelilingi matriks yang berisi cairan

membentuk suatu lekukan ke dalam matriks
krista
Mengandung 5 kelompok protein integral
membran

5 kelompok protein integral membran :

1. NADH dehidrogenase,
2. suksinat dehidrogenase,
3. sitokrom c reduktase (juga dikenal sebagai kompleks
sitokrom b-c1),
4. sitokrom c oksidase,
5. ATP sintase

Glikolisis

Glikolisis merupakan proses katabolisme glukosa secara anaerob

terjadi pada setiap jenis sel
Berlangsung di dalam sitosol
Persamaan reaksi :
C6H12O6 + 2NAD+ 2C3H4O3 + 2 NADH + 2H+
asam piruvat

Pada glikolisis terdapat 9 reaksi, masing-masing dibantu oleh

enzim yang spesifik

Pada tahap 1 dan 3 ATP diubah menjadi ADP dan terjadi

proses fosforilasi
Pada tahap 5 NAD diubah menjadi NADH + H+
Pada tahap 6 dan 9 ADP diubah menjadi meolekul berenergi
tinggi TP
Pada tahap 4, gula 6 C dipecah menjadi 2 senyawa 3 C,
yaitu :
1. Fosfogliseraldehid (PGAL)
2. Dihidroksiaseton
dapat diubah menjadi PGAL dengan bantuan enzim
isomerase

Akhir dari proses glikolisis

2 molekul asam piruvat (3 C),
dihasilkan 2 ATP dan 2 NADH per molekul glukosa

Pada kondisi anaerob (tanpa kehadiran oksigen),

asam piruvat dapat masuk ke jalur :
Fermentasi alkohol
Fermentasi asam laktat

Fermentasi alkohol : pada ragi

Asam piruvat didekarboksilasi

dan direduksi oleh NADH
membentuk CO2 dan ethanol

Persamaan reaksi
C3H4O3 + NADH + H+ CO2 +
C2H5OH + NAD+

Proses dinamakan fermentasi

alkoholik

Pada otot yang sedang berkontraksi

Asam piruvat direduksi oleh NADH membentuk molekul asam
laktat

Persamaan reaksi
C3H4O3 + NADH + H+ C3H6O3 + NAD+
Proses dinamakan fermentasi asam laktat