Haplogroup B4a1a1 yang meliputi motif Polinesia (PM) B4a1a1a (motif Polinesia
bukan sebuah haplogroup, hanya motif), telah dikaitkan dengan ekspansi bangsa
Austronesia yang mendukung perkembangan Budaya Lapita, dan sampai pada
pendudukan Polinesia dan Mikronesia. Mayoritas garis keturunan B di Asia
Tenggara jatuh dalam haplogroup B4a, yang paling banyak terdapat di antara
penduduk asli Taiwan, Filipina dan Indonesia (lihat gambar di atas). Namun,
hanya haplogroup B4a dan satu tipe turunan (yang mungkin lahir karena mutasi
berulang) terdapat di Asia Tenggara dan Taiwan. B4a1a sering ditemui pada
suku Amis dan Yami. Bahkan, sebagian besar garis keturunan B4a Taiwan
berada di cabang terpisah (B4a2a, umumnya ditemui suku-suku bagian selatan:
Paiwan, Puyuma, Rukai, dan Yami).
Nenek moyang bersama (TMRCA) baik pendahulu dari "Motif" (B4a1a) di Taiwan,
Filipina, dan Indonesia (Maluku & Nusa Tenggara), dan "Motif" di Oseania cukup
menimbulkan masalah secara genetik kepada hipotesis "Out of Taiwan". Estimasi
molekul lebih tua dari umur arkeologi (masalah klasik). Jaman Neolitik di Taiwan
yang diduga awal ekspansi Austronesia selanjutnya hanya berumur sekitar 6.000
tahun, sedangkan umur perpaduan terbaik untuk prekursor B4a1a di Taiwan dan
Maluku diperkirakan sekitar 13,169 3,841 tahun yang lalu. Di Kepulauan
Bismarck, dimana Budaya Lapita berumur tidak lebih dari 3.300 tahun yang lalu,
tetapi TMRCA untuk "Motif" di Papua pesisir (tapi sangat mungkin di pulau
Halmahera) dan Polinesia adalah 9,300 2.500 tahun yang lalu (sejak saat itu,
estimasi untuk "Motif" diperkirakan dalam 13 urutan, menggunakan dua metode
yang berbeda, di 7.900 1.700 tahun yang lalu, dan 6,200 1.800 tahun yang
lalu).
Mengkaitkan haplogroup B4a1a1, yang dominan di Polinesia dan Mikronesia,
dengan perpindahan penduduk pada pertengahan Holosen, dari Taiwan, telah
mendapat masalah lebih rumit seiring dengan cakupan yang lebih sempurna.
Yang jelas adalah bahwa prekursor dari "Motif" (B4a1a1) berasal di wilayah
barat daya dan timur dari Wallacea (meliputi Maluku, Nusa Tenggara) pada awal
Holosen; bahwa "Motif" secara utuh dengan ditandai transisi di np 14022 hanya
ada, atau lahir, di kawasan timur Indonesia (Halmahera, Wallacea, di mana
sampel berada, dengan frekuensi tertinggi).
Haplogroup B4a1a sangat beragam di Taiwan, Maluku, Nusa Tenggara
dan Filipina, akan tetapi subclade (B4a1a1) ditandai dengan mutasi di
np 14022 tidak ditemui di Taiwan dan Filipina. Mengapa B4a1a harus
berasal dari Taiwan jika sudah ada di Maluku, Nusa Tenggara dan Filipina sejak
awal? Sementara itu motif B4a1a1a tidak ada di tempat asalnya (Taiwan)?
Apakah semua suku pribumi Taiwan meninggalkan tanah air mereka tanpa
meninggalkan jejak? Bagaimana dengan suku Ami, Atalya, atau Paiwan atau apa
pun itu, yang sekarang dianggap sebagai turunan 'murni' Austronesia, hanya
karena mereka berbicara bahasa dari salah satu dari sembilan bahasa dalam
rumpun proto-Austronesia?