Nama : Arifatul Umayah

NIM : G34120040
Kel. : 10

Asisten:
1. Annisa Nur Aini
2. Yusanti Setya Putri

G34110067
G34110087

PEMOTONGAN DNA DENGAN ENZIM RESTRIKSI

Tujuan
Memahami dan dapat melakukan pemotongan molekul DNA dengan enzim restriksi
Metode
Template/DNA 3 L
Tabung sampel dan tabung kontrol
Es 5 buffer 10x
EcoRI 0,5 L
akuades 14,5 L
vol. Akhir 20 Ldicampur
37C 1-2 jam
deteksi dengan gel elektroforesis agarosa
Hasil
Gambar 1 Hasil elektroforesis pemotongan DNA dengan enzim restriksi kelompok 10 ada
DNA.

Gambar 2 Marker DNA Ladder literatur

Pembahasan
Molekul DNA berukuran besar di dalam sel harus dipotong ke dalam fragmenfragmen yang lebih kecil. Pemotongan DNA ini dilakukan dengan menggunakan enzim
endonuklease restriksi. Nuklease ini adalah enzim yang memotong DNA pada tempat
tertentu dengan cara mengenali urutan basa yang spesifik. Enzim restriksi yang digunakan
dalam biologi molekuler umumnya mengenali urutan basa yang pendek (4-8 bp) dan
memotong pada posisi tertentu yang telah ditentukan dalam urutan sekuens DNA tersebut.
Contohnya adalah enzim EcoRI yang ditemukan pada strain Escherichia coli dan merupakan
enzim restriksi yang pertama (I) ditemukan pada spesies ini. Enzim ini mengenali urutan
DNA 5-GAATTC-3. Bagian pada DNA yang dikenai aksi pemotongan oleh enzim restriksi
dinamakan sekuens pengenal. Sekuens pengenal adalah suatu nukleotida(urutan basa) yang
dikenali oleh enzim restriksi sebagai situs tempat pemotongannya (Joung 2000). Enzim
restriksi yang biasa digunakan sekarang adalah enzim EcoR1 yang telah diisolasi oleh
Herbert Boyer pada tahun 1969 dari bakteri Eschericia coli. Enzim EcoR1 ini memutus/
memotong DNA pada bagian urutan basa GAATTC (sekuens pengenal bagi Enzim ecoR1
adalah GAATTC). Enzim ini memotong tidak pada sembarang tempat tapi diantara basa G
dan A(Guanin dan Adenin)( Joung 2000).
Elusi atau isolasi fragmen tunggal DNA adalah proses pemisahan fragmen DNA
target dari campuran fragmenfragmen DNA pengotornya. Fragmen tersebut berfungsi untuk
pelacak gen DNA lain dan bisa untuk divangkokkan ke fragmen DNA yang lain. Kegiatan
untuk mendapatkan fragmen murni tersebut dapat melalui beberapa tahap. Tahap pertama
adalah pemisahan fragmen yang ingin diisolasi dari fragmen lainnya dengan pemotongan
menggunakan enzim restriksi, kemudian dilanjutkan dengan elektroforesis pada gel. Tahap
selanjutnya adalah mendeteksi fragmen yang akan diisolasi dan apabila telah ditemukan gel
yang mengandung fragmen tersebut dipotong. Tahap terakhir adalah mengisolasi fragmen
DNA dari gel agarose dengan cara melewatkannya pada membran Hybon N netral dan
memberi larutan buffer elusi yang berisi Tris buffer dan Sodium Dodesil Sulfat (George
2001). Penggunaan DNA dari bakteri Eschericia coli dan enzim restriksi berupa EcoR1
menghasilkan pemotongan enzim restriksi ada dua jenis. Hasil pemotongan yang

menghasilkan ujung tumpul atau Blunt end dan hasil pemotongan yang menghasilkan
ujung lancip/ lengket atau sticky end. Dengan memanfaatkan kerja enzim kita dapat
membuat peta restriksi dari suatu molekul DNA. Percobaan ini menggunakan beberapa
larutan yaitu NaOAC, etanol, TAE dan H2O. larutan NaOAC dan Etanol iniberfungsi untuk
pemurni DNA. H2O berfungsi sebagai larutan pelarut. Enzim restriksi adalah enzim yang
bekerja untuk memotong fragmen DNA pada situs spesifik. Seperti diketahui, di dalam
Bioteknologi terdapat dua kategori enzim yang berperan dalam proses rekombinasi DNA,
yaitu enzim yang berperan dalam isolasi DNA dan penyiapan DNA rekombinan (di mana dua
molekul DNA dikombinasikan). DNA spesifik atau gen diisolasi/diambil dari DNA dengan
memotong sugarphosphat backbone DNA asalnya, dan DNA dari dua sumber yang berbeda
dicampur dan dikombinasi (George 2001). Hasil percobaan kelompok kami tetap
menghasilkan DNA, karena dalam melakukan pemotongan DNA dapat dilakukan dengan
benar, tetapi masih kurang dibanding kelompok lain. Ukuran yang didapat dari hasil
pemotongan dibanding dengan literatur sekitar bp marker 5000, jarak marker 15 dan sumuran
12.
Simpulan
Enzim restriksi memotong DNA bukan pada sembarang tempat, tetapi memotong
DNA pada bagian tertentu. Bagian pada DNA yang dikenai aksi pemotongan oleh enzim
restriksi ini dinamakan sekuens pengenal. Enzim EcoRI pada E.coli memotong DNA pada
bagian yang urutan basanya adalah GAATTC.
Daftar Pustaka
George SP. 2001. Molecular and Biochemical Aspects of Extremophilic Actinomycete Thesis.
Division of Biochemical Sciences National Chemical Laboratory Pune,India.
Glick BR. 1989. Molecular Biotechnology Principles and Application of Recombinant DNA.
Washington: ASM Press
Joung J. 2000. A bacterial two-hybrid selection system for studying protein-DNA and
protein-protein interactions. Proc Natl Acad Sci USA 13:73827387
Watson J D, TA Baker, S.P. Bell, A. Gann, M. Levine, & R. Losick. 2008. Molecular Biology
of The Gene. San Francisco : Pearson Education Inc.