Kembali
kembali Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
ABSTRAK
ABSTRACT
*
P3TIE, BPP Teknologi Gd.II. Lt. 4, Jl. MH Thamrin 8 Jakarta 10340, e-mail: adja@cbn.net.id
**
Teknik Informatika, Fakultas Teknik, Universitas Al-Azhar Indonesia
435
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
LATAR BELAKANG
436
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
pada waktu itu terdiri dari 16 buah PC-DX4 digabungkan dengan channel bonded
Ethernet. Dewasa ini istilah Beowolf Cluster digunakan untuk PC Cluster berbasis
computer komoditas yaitu yang mudah didapat dipasaran setempat, menggunakan
open source software seperti Linux, dan memiliki kemampuan skalabilitas yang tinggi
untuk mendapatkan komputasi kinerja tinggi.
HPC Cluster dibutuhkan oleh hampir semua industri yang memerlukan sistem
komputer dengan kemampuan kinerja tinggi. Beberapa contoh pengguna intensif dari
HPC Cluster adalah Life science research untuk simulasi molekul protein untuk
penelitian penyakit Alzheimer; Eksplorasi Minyak dan Gas untuk analisa data
seismogram yang sangat besar jumlah datanya (terabytes) untuk menentukan lokasi
sumber minyak; simulasi untuk predikisi gempa bumi; Graphical rendering untuk
pekerjaan rekayasa untuk memanipulasi grafik beresolusi tinggi; simulasi astrofisis,
simulasi cuaca dan iklim, analisa model financial, special effects dalam dunia film;
dan juga di bidang teknologi nuklir sperti untuk simulasi reaktor fusi nuklir.
437
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
ke kategory tightly coupled problem yang tidak bisa diparalelkan. Untuk coupled
problem yang diparalelkan, komunikasi data menjadi sangat penting dan dapat
menurunkan kinerja komputasi dari PC Cluster.
Jalur komunikasi data ini terdiri sistem jaringan interkoneksi antara node dan
sistem pengiriman data (message passing). Dua buah sistem pengiriman data yang
populer adalah MPI (Message Passing Interface) [8] dan PVM (Parallel Virtual
Machine)[9]. Baik MPI maupun PVM, pengiriman data yang paling dasar dan primitif
adalah komunikasi data antara dua buah node tertentu, dimana sebuah node mengirim
sejumlah data ke node tertentu lainnya, sementara node penerima siap menunggu data
yang sedang dikirim oleh node pengirim tersebut. Contohnya dalam MPI proses
pengirim memanggil fungsi MPI_Send sementara proses penerima memanggil
MPI_Receive seperti terlihat digambar bawah ini.
438
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
Kajian yang dilakuan pada artikel ini adalah kinerja dari transfer data kolektif
jenis kedua khususnya broadcast. Artikel [2, 3] memperlihatkan bahwa tiga transfer
data kolektif ini (broadcast, scatter dan gather) diperlukan untuk algoritma perkalian
secara paralel, dan fungsi broadcast yang digunakan untuk mentransfer (copy) data
salah satu matriks dari proses utama ke semua proses lainnya memerlukan waktu yang
paling banyak dibanding dua transfer data kolektif lainnya.
439
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
Algoritma broadcast yang paling sederhana adalah dengan cara serial yaitu data
dikirim dari proses sumber ke masing-masing proses lainnya secara bergantian.seperti
terlihat digambar bawah ini untuk arsitektur interkoneksi ring. Algortima ini kita sebut
algortima naif[3], dan terbukti sangat tidak efisien dalam hal waktu pengiriman.
Kelemahan dari algoritma ini adalah kemungkinan terjadinya komunikasi bottleneck
dan congestion sangat tinggi dan juga jalur komunikasi tidak digunakan optimal
karena pada saat bersamaan hanya satu jalur yang digunakan.
7 6 5 4
0 1 2 3
1
2
3
4
5
6
7
4
3
7 6 5 4
2 4
0 1 2 3
1
2
3
440
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
PEMBAHASAN HASIL
12
10 MPICH on Torus[4]
Broadcast time
(seconds)
8
6 DOUBLE RING on
Torus [4]
4
MPICH (using Switch)
2
0
DOUBLE RING
0 2000000 4000000
(using Switch)
Number of Element
Dari grafik tampak algoritma broadcast menggunakan teknik double ring lebih
baik kinerjanya dibandingkan dengan standar MPICH. Yang menarik disini adalah
standar MPI_Bcast dari MPICH kinerjanya hampir tidak tergantung pada arsitektur
menggunakan switch maupun interkoneksi statik torus.
441
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
KESIMPULAN
Kesimpulan utama dari kajian ini adalah kinerja broadcast pada PC Cluster
dapat ditingkatkan dengan cara memperbaiki sistem interkoneksi nodenya dari sistem
interkoneksi sederhana menggunakan switch diubah dengan statis koneksi torus
bersaamaan dengan perbaikan algoritma komunikasi datanya.
DAFTAR PUSTAKA
442
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
5. G. C. MAI, C.A.F. DE ROSE, ”Low Cost Cluster Architectures for Parallel and
Distributed Processing”, CLEI Electronic Journal (3) 1 (2000).
7. GROPP W., DOSS N., MPICH Model MPI Implementation Reference Manual,
Argonne National Laboratory ,ANL-00, August 2004.
8. GROPP W., et.al., MPI-The Complete Reference, Vol. 1, The MPI Core,The MIT
Press , 1998.
10. JAMAL ADE, SAINJATI A., SUWARJONO A., “Parallel Algorithm for Solving
a block-tridiagonal system”, Jurnal Ilmu Pengetahuan, Teknologi dan Budaya Al-
Azhar Indonesia, (2) 1 (2003).
DISKUSI
RULIYANTI PARDEWI
ADE JAMAL
443
Risalah Lokakarya Komputasi dalam Sains dan Teknologi Nuklir XVII, Agustus 2006 (435-444)
444