V.

ENZIM

Pendahuluan
1. Komponen enzim
2. Prinsip kerja enzim
3. Model Lock & Key dan Induced Fit
4. Tata nama
5. Klasifikasi
6. Faktor yang mempengaruhi aktivitas
enzim
7. Kinetika enzim
8. Koenzim dan Vitamin
9. Regulasi Enzim

ENZIM
Pendahuluan
Enzim adalah katalis untuk reaksi-reaksi dlm sistem
biologi
Sebagai katalis, enzim sangat luar biasa :
1. Mempunyai daya katalitik yang sangat baik; jauh
lebih baik dari katalis anorganik atau sintetik (kec.
reaksi dapat meningkat lebih 1 juta kali).
2. Mempunyai spesifisitas tinggi terhadap substrat
dan reaksi.
3. Dapat berfungsi baik dalam larutan pada pH dan
suhu sedang (mild condition).
4. Hasil samping jarang terbentuk.
5. Karena strukturnya yang kompleks, enzim dapat
1
diregulasi.

1. Komponen enzim
Semua enzim adalah protein, tapi ada sekelompok kecil
mol. RNA yang juga bekerja seperti enzim (ribozim)
Enzim utuh (holoenzim):
- Bagian protein (apoenzim)
- Bagian nonprotein (kofaktor):
. Ion anorganik (Fe 2+, Mg 2+, Mn 2+, Zn 2+)
. Mol organik kompleks:
Koenzim (tidak terikat kuat pada apoenzim , misal
NADH)
Gugus prostetik (terikat kuat secara kovalen pada
apoenzim ), misal FADH2

2. Mekanisme kerja enzim

Seperti katalis anorganik, enzim bekerja dengan
cara menurunkan energi aktivasi, dpl enzim
memberikan reaksi alternatif yang memerlukan
energi yang lebih rendah.
Suatu katalis mengubah energi bebas aktivasi
(G); bukan mengubah energi bebas standar
(G0).

A Catalyst Reduces the Activation Energy of a Reaction

A Catalyst alters the free energy of activation G and not
the standard free energy G0 of the Reaction

3. Model Lock and Key dan Induced fit

Lock and key (E. Fischer 1890)
Suatu enzim akan mengikat substrat tertentu karena
sisi aktif (active site) dan substrat mempunyai
struktur yang komplementer yang kaku.
Induced fit (Koshland)
Substrat tidak secara persis cocok (fit) ke dalam sisi
aktif enzim tetapi lebih fleksibel; interaksi
nonkovalen antara enzim dengan substrat dapat
mangubah struktur sisi aktif enzim sehingga cocok
dengan struktur substrat

4. Tatanama enzim
Kebanyakan enzim diberi akhiran -ase pada nama
substrat atau reaksi yang dikatalisisnya:
Urease : enzim yang menhhidrolisis urea
DNA polimerase : enzim yang mengkatalisis
reaksi polimerisasi nukleotida menjadi molekul
DNA
Ada beberapa enzim yang diberi nama trivial
seperti, pepsin, trispsin, papain, bromelin, renin
dll.

5. Klasifikasi dan tatanama enzim

(IUB/IUBMB)
Enzim digolongkan ke dalam 6 kelas utama berdasarkan
tipe reaksi yang dikatalisis yaitu oksidoreduktase,
transferase, hidrolase, liase, isomerase, dan ligase.
Enzim diberi 4 digit nomor klasifikasi dan suatu nama
sistematik.
ATP + Glukosa ADP + D-Glukosa-6P
ATP:gluko fosfotransferase (E.C. 2.7.1.1)
E.C. = Enzyme Commission
Digit pertama (2) = klas (transferase)
Digit kedua (7) = subklas (fosfotransferase)
Digit ketiga (1) = sub subklas (fosfotransferase
dg ggs -OH sbg akseptor)
Digit keempat (1) = D-glukosa sbg akseptor ggs fosfat

6. Kinetika enzim
Kinetika enzim adalah studi kuantitatif tentang katalisis
enzim; mempelajari kecepatan reaksi enzimatik dan
bagaimana responnya terhadap perubahan parametr
percobaan.

Konstanta Michaelis-Menten:
k1
k3
E + S <====> ES E + P
k2
Steady state:
Kecepatan pembentukan ES = Kecepatan disosiasi ES
k1[E][S] = (k3 + k2)[ES]

Konstanta dan persamaan MichaelisMenten

[E][S]
[E][S]
[ES] = ------------- = --------(k2 + k3)/k1 Km
Km = konstanta Michaelis-Menten
Vmaks[S]
V = ------------ (Pers Michaelis-Menten)
Km + [S]
Jika V = 1/2 Vmaks ----> Km = [S]
Jadi Km = konsentrasi substrat ketika V = 1/2 Vmaks

Reaction Velocity v and Substrate Concentration [S] for

A typical Enzyme-Catalyzed Reaction
Km is the substrate concentration at which the enzyme has
half-maximal velocity.

Lineweaver-Burk plot
Pers Michaelis-Menten:
Vmaks[S]
Km + [S]
V = ------------ 1/V = ----------Km + [S]
Vmaks[S]

Km
1/V = ------------ + 1/ Vmaks (Pers. Lineweaver-Burk)
Vmaks[S]
Pers. Lineweaver-Burk jika diplot antara 1/V terhadap
1/[S], akan memberikan garis lurus. Harga Km dan Vmaks

Lineweaver-Burk Plot
If an enzyme obeys Michaelis-Menten kinetics, a plot of the reciprocal of
the reaction velocity 1/v as a function of the reciprocal of the substrate
concentration 1/[S] will fit a straight line. The slope of the line is Km/Vmax.
The intercept on the vertical axis is 1/Vmax. The intercept on the horizontal
axis is 1/Km

7. Faktor-faktor yang
mempengaruhi aktivitas enzim
Pengaruh pH:
Enzim mempunyai pH optimum (rentang pH) dimana
enzim mempunyai aktivitas maksimal; di atas atau di
bawah pH optimum kativitas enzim berkurang.
Konsentrasi ion hidrogen (pH) dapat mempengaruhi
enzim dalam beberapa cara:
- Perubahan pH dapat mempengaruhi ionisasi
pada sisi aktif enzim.
- Perubahan pH dapat mempengaruhi struktur
tersier dari apoenzim; perubahan pH yang drastis
dapat menyebabkan denaturasi protein.

Pengaruh suhu
Semua reaksi kimia dipengaruhi suhu; makin tinggi
suhu makin tinggi kecepatan reaksi
Pada reaksi enzimatik, suhu tinggi dapat
menyebakan denaturasi enzim; aktivasi enzim akan
berkurang.
Suhu dimana enzim mempunyai aktivitas maksimal
dinamakan suhu optimum.

Effect of temperature on
Enzyme Activity

Effect of PH on
Two Enzymes

Pengaruh inhibitor
Inhibitor enzim: senyawa yang bersifat menghambat
katalisis; memperlambat atau menahan reaksi
enzimatik.
Inhibisi aktivitas enzim dapat bersifat irreversibel
(biasanya terikat secara kovalen pada enzim) atau
reversibel (dapat terdisosiasi dari enzim).
Inhibitor reversibel yang umum adalah inhibitor
kompetitif dan inhibitor nonkompetitif.
Irreversibel : Iodoasetat
E-CH2-SH + I-CH2-COO - ----> E-CH2-S-CH2- COO - + H+
(Gliseraldehid-3P dehidrogenase)
Reversibel : Malonat
[O]
Suksinat =======> Fumarat + 2H

Michaelis-Menten Plot of Uninhibited Enzyme Activity

Versus Competitive Inhibition

Michaelis-Menten Plot of Uninhibited Enzyme Activity

Versus Noncompetitive Inhibition

Kinetic Analysis of Enzyme Inhibition

(a) Competitive Inhibition
(b) Noncompetitive Inhibition

8. Koenzim dan vitamin

Kebanyakan koenzim berasal dari vitamin
Ada 2 golongan besar vitamin : yang larut dalam air
( vit. B1, B2, B3, B6, B12, C) dan yang larut dalam
lemak (Vit. A, D, E dan K).
Ada nutrien yang menyerupai vitamin (vitamin like
nutrients), seperti asam lipoat, karnitin, PABA;
dapat dibuat dalam tubuh dalam jumlah kecil dan
dapat memfasilitasi reaksi enzimatik.

9. Regulasi enzim
Organisme hidup mempunyai mekanisme rumit
untuk mengatur (regulasi) lintasan biokimia.
Regulasi ini penting untuk:
- Mempertahankan keadaan teratur
- Konservasi energi
- Sebagai respon terhadap perubahan lingkungan
Regulasi metabolisme sangat kompleks, dapat
dicapai dg mengubah konsentrasi dan aktifitas
enzimatik melalui :
1. Kontrol genetik (genetic control)
2. Modifikasi kovalen (covalent modification)
3. Regulasi alosterik (allosteric regulation)
4. Kompartementasi (compartmentation)

Kontrol genetik
Induksi enzim : sintesis enzim sebagai respon thd
kebutuhan metabolik; memungkinkan sel merspon
secara spesifik thd lingkungannya.
Contoh : Bakteri E. coli yang tumbuh pada medium
(mengandung glukosa) tidak dapat mengkonversi
laktosa. Jika ditumbuhkan pada medium (tanpa
glukosa) dapat mensintesis enzim laktase yang
dapat mengkonversi laktosa.
Represi enzim : suatu proses dimana produk akhir
suatu lintasan biokimia dapat menghambat sintesis
enzim kunci dalam lintasan tsb.
Contoh : dalam E. coli, beberapa produk dalam
lintasan sintesis asam amino meregulasi sintesis
enzim kunci (feed back inhibition).

Modifikasi kovalen
Beberapa enzim diregulasi melalui interkonversi antara
bentuk aktif dan bentuk inaktif (dengan fosforilasi,
metilasi, asetilasi, adenilasi)
Fosfat

Glikogen fosfolilase b ----------> Glikogen fosforilase a

(inaktif)
(aktif)
Proenzim (zimogen) ----------> Enzim + Peptida
(inaktif)
(aktif)
Kimotripsinogen --------> Kimotripsin + peptida
(inaktif)
(aktif)

Regulasi alosterik
Dalam sutu lintasan biokimia sekurang-kurangnya ada
satu enzim sebagai pace maker (pace maker enzyme;
regulatory enzyme).
Regulasi alosterik melibatkan efektor positif (aktivator,
modulator) atau efektor negatif (inhibitor).

FIGURE 626 Subunit interactions in an allosteric enzyme, and

interactions with inhibitors and activators.
In many allosteric enzymes the substrate binding site and the modulator binding
site(s) are on different subunits, the catalytic (C) and regulatory (R) subunits,
respectively. Binding of the positive (stimulatory) modulator (M) to its
specific site on the regulatory subunit is communicated to the catalytic
subunit through a conformational change. This change renders
the catalytic subunit active and capable of binding the substrate (S)
with higher affinity. On dissociation of the modulator from the regulatory
subunit, the enzyme reverts to its inactive or less active form.

Kompartementasi
Dalam sel eukariot, lintasan-lintasan biokimia
dipisah dalam organel-organel sel yang berbeda.
Contoh :
Lintasan biosintesis asam lemak terjadi di dalam
sitoplasma, reaksi pembentukan energi (oksidasi
asam lemak, -oksidasi) terjadi di dalam
mitokondria.
Kontrol metabolisme asam lemak terjadi dengan
cara mengatur transpor molekul spesifik melalui
membran mitokondria.